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用 AI 优化 mRNA 序列设计软件 LinearDesign 的一次尝试

在 OpenClaw 如火如荼，全民养虾的当下，聚焦一下自己更加关注的 AI 在编程中的应用场景 —— 在编程中如何让 AI 更好为自己服务。本次优化的 LinearDesign 代码也已经提交到 GitHub，感兴趣的小伙伴可以参考。

LinearDesign

LinearDesign 是百度自主研发的 mRNA 序列设计优化算法，其核心功能是同时优化 mRNA 的折叠自由能（MFE）和密码子适应指数（CAI），为研究人员提供专业的序列设计解决方案。

LinearDesign 项目的源代码托管在 GitHub 上，全球的开发者和研究人员都可以共同协作和改进。安装和使用过这个软件的小伙伴，都会发现几个问题：

  1. 默认仅支持 Python2 语法；
  2. 编译后的程序默认只能在当前目录执行，不支持绝对路径；
  3. LinearDesign 自 203 年 4 月开源发布以来，基本没有任何实际性的更新，各种 Issues 也是没有任何响应。

Qwen Code CLI

Qwen Code CLI 是阿里巴巴通义千问团队推出的一款，基于 Gemini CLI 改造、针对 Qwen3-Coder 模型优化的开源命令行工具，专为终端用户设计，能够实现自然语言生成代码、调试 bug、解释代码、文件操作及自动化工作流，显著提升开发效率。

虽然 Gemini CLI 能力更强（如联网搜索、长上下文），但 Qwen Code 在本地文件操作、代码生成方面更成熟，而且主打国产自主、每天 2000 次免费额度，适合中文社区和阿里生态。因此，我们在这里选择使用 Qwen Code CLI 对 LinearDesign 上面提到的两个尝试进行 AI 优化修复。

优化修复

  1. 把 LinearDesign 的开源代码 clone 到本地。

  2. 进入 LinearDesign 源码根目录，打开 qwen，输入需求。 

    优化 LinearDesign 项目，要求可以在任何路径下通过绝对路径调用编译好的 lineardesign 进行mRNA序列优化，要求支持 python >= 3.7 语法
    qwen-lineardesign-start

  3. Qwen 接下来就会分析整个项目的代码逻辑，并开始进行优化修改，每次如果需要编辑源码，或者执行命令，Qwen Code CLI 都会让你进行选择。
    qwen-code-apply-change

  4. 优化修改完成后，还会对代码进行编译测试，直至最后完成。 qwen-lineardesign-test

测试验证

优化完成后，验证了一下，的确能正常执行。

lineardesign-run

想法

从这一次的尝试体验来看，AI 的确是给编程带了巨大的变化，在效率的提升上极其明显，这也为一些历史项目的优化更新甚至重构提供了支持。作为程序员，不管是 Qwen Code CLI，还是 Gemini CLI，都是值得我们去折腾的。