维燕的数字花园

用 Docker 来解决 LinearDesign 的 GLIBC 版本过低问题

shenweiyan — Tue, 03 Mar 2026 00:00:00 +0000

LinearDesign 介绍¶

LinearDesign 是一款用于优化 mRNA 设计的软件，旨在提高 mRNA 的稳定性和免疫原性。该项目由 He Zhang、Liang Zhang、Ang Lin 等研究人员开发，并已在 Nature杂志上发表相关研究成果。LinearDesign 通过算法优化 mRNA 序列，使其在保持高翻译效率的同时，具有更好的结构稳定性。

GitHub 地址：https://github.com/LinearDesignSoftware/LinearDesign

项目快速启动¶

确保你的系统满足以下依赖要求：
- Clang 11.0.0 或更高版本，或 GCC 4.8.5 或更高版本
- Python 2.7
- GLIBC≥2.29

glibc (GNU C Library) 是 GNU 发布的 C 标准运行库，是 Linux 系统中最底层、最核心的 API，几乎所有应用软件都依赖它。它主要负责封装 Linux 内核系统调用，并提供内存管理、字符串操作、文件操作等标准函数。

在 Ubuntu 18.04.6 LTS 中，GLIBC 最高只有 2.27，在不升级系统更新 GLIBC 风险太大，因此可以考虑用 Docker 的方式来解决 LinearDesign 的 GLIBC 版本过低问题。

构建 LinearDesign 的 Docker 镜像¶

编写 Dockerfile¶

# GUESSING....
# dfimage shenweiyan/lineardesign:1.0
# WARNING: The requested image's platform (linux/amd64) does not match the detected host platform (linux/arm64/v8) and no specific platform was requested
# FROM shenweiyan/lineardesign:1.0

FROM ubuntu:jammy-20230425

ARG RELEASE
ARG LAUNCHPAD_BUILD_ARCH
LABEL org.opencontainers.image.ref.name=ubuntu
LABEL org.opencontainers.image.version=22.04
# ADD file:2fc6364d149eccc7f94ead482a0dcf24b0e44cc0d00ac6a2c1797776153e9608 in /

RUN apt-get update && apt-get install -y git

# Need to add Python2 (should be 2.7.18)
# https://linuxconfig.org/install-python-2-on-ubuntu-22-04-jammy-jellyfish-linux

RUN apt-get install -y python2

# Need to add GCC
# https://linuxconfig.org/how-to-install-gcc-the-c-compiler-on-ubuntu-22-04-lts-jammy-jellyfish-linux

RUN apt-get install -y build-essential

RUN apt-get clean

RUN git clone https://gitcode.com/bio-mirrors/LinearDesign.git /lineardesign # buildkit

RUN cd /lineardesign && make

RUN mkdir /mnt/data             # buildkit
WORKDIR /lineardesign
VOLUME [/mnt/data]
CMD ["/bin/bash"]

构建镜像¶

$ docker build -t lineardesign:1.0 .

查看镜像¶

docker images

运行容器¶

可以使用下面的方式开启 docker 容器。

交互方式
```
$ docker run  -it -v /home/steven/data:/data lineardesign:1.0 bash
```
这种方式，通过 exit 退出容器后，容器被终止，可以通过 docker ps -a 来看终止状态的容器，可以通过 docker rm <CONTAINER ID> 删除终止状态的容器。
Daemon 方式，守护态运行
```
$ docker run -d -it -v /home/steven/data:/data lineardesign:1.0 bash
```
守护态运行运行的容器，在容器内 exit 退出后，容器不会终止，可以使用 docker exec -it <CONTAINER ID> bash 再次进入容器。
这种方式可以让软件作为长时间服务运行，可通过 ocker stop <CONTAINER ID>终止容器，通过 ocker rm <CONTAINER ID>删除终止状态的容器。

将本地镜像推送到远程仓库¶

这是指把我们构建好的镜像 push 到 Docker Hub、阿里云 ACR、Harbor 等远程 Registry，这里我们 push 到 Docker Hub。

登录远程仓库¶

首次登录会提示输入用户名/密码或 Access Token。

# Docker Hub
docker login

# 阿里云 ACR
docker login registry.cn-hangzhou.aliyuncs.com

# 私有 Harbor
docker login harbor.yourcompany.com

为镜像打标签¶

远程仓库要求镜像名称格式为：<registry>/<namespace>/<repo>:<tag>。

# 推送到 Docker Hub（用户名：shenweiyan）
docker tag lineardesign:1.0 shenweiyan/lineardesign:1.0

# 推送到阿里云 ACR
docker tag lineardesign:1.0 registry.cn-hangzhou.aliyuncs.com/shen-lab/lineardesign:1.0

推送镜像¶

# 推送到 Docker Hub
$ docker push shenweiyan/lineardesign:1.0
The push refers to repository [docker.io/shenweiyan/lineardesign]
5f70bf18a086: Pushed
f307a02003d0: Pushed
67721cd40298: Pushed
593672012667: Pushed
52bfb0e9f36b: Pushed
5dd52f89c1a9: Pushed
8fb8ac00d103: Pushed
c90d82bb7e29: Pushed
b8a36d10656a: Pushed
1.0: digest: sha256:aa43b247010b964a9b3faf434409463df12002bd9ecf03b1d41bf55f74df988e size: 2204

# 推送到阿里云
$ docker push registry.cn-hangzhou.aliyuncs.com/shen-lab/lineardesign:1.0

验证推送¶

# 查看远程仓库（网页或 CLI）
# 或拉取测试：
docker pull shenweiyan/lineardesign:1.0

丙午马年 2026 春节

shenweiyan — Mon, 23 Feb 2026 00:00:00 +0000

丙午年是中国传统干支纪年体系中的第 43 个组合，以天干“丙”与地支“午”相配构成双火格局，对应生肖马，故称火马年或赤马年，每 60 年循环出现于 1906、1966、2026 等年份。

2026 年的春节转眼就过去了，还在初六的时候就已经感受到即将要上班的无力和抗拒。

回家越来越方便¶

和往年不一样的是，今年的回老家选择高铁+顺风车的方式。提前一周的时间成功候补了一家三口的三张高铁票，加上顺风车到家门的 1.5H 车程，全程 4 个小时把今年回家的体验感直接提升了好几个档次 —— 终于再也不用担心像往年一样的堵堵堵了！

大潮收费站（S26中阳信高速出口）无疑是今年回家，在交通方面最大的惊喜之一，极大的提升了从老家到进出市区、走亲访友的体验，第一次真真切切感受到了高铁修道家门口所带来的便捷和幸福感。

年味¶

其实快乐和年味一直都有，只是换了一批人去感受。人长大了，都各有各的家庭需要兼顾，过年也不例外，这样子相聚在一起的时间也就更少了。

不要动不动就说，现在过年没有年味了，没有小时候的乐趣了。快乐和年味一直都有，只是自从你接替了父母的角色，担起了生活的重担，过年的快乐就不再属于你了。

随着年龄的增长，你从看烟花变成放烟花，从吃年夜饭变为做年夜饭，你不再是曾经的那个少年，你已经成为放烟花给孩子看的人了，所以你要什么年味，你已经不是主角了。你会发现过年最重要的，是让你身边的人感受过年的快乐。

失落¶

为什么每年大年初一的下午，会有一种莫名的失落感？

因为过年的真正意义，是在年前十五天左右，是在过年回家的路上，是在除夕前一天晚上。

一旦过了年初一初二就没意思了。古人讲乐在将至，而非已至。人总是在无限接近幸福的时候最幸福，就像周五的下午永远比周末更让人开心。即将拥有时，期待的感觉永远比拥有更快。

不一样的变化¶

在知乎看到《回家过年发现今年过年的10大新变化现象》这一篇文章，有几点的确感触很深。

往年回来过年的人要初六初七才开始陆陆续续出门，今年才初四村里就看不到什么人了。
基本没有人组织同学聚会了，就算有，绝大部分人也不参与了，顶多几个玩得好的私下聚聚。
大家好像进入了低欲望阶段，年夜饭一大桌就意思了几口，红包收着也就收着了，春晚是不想看的，和同辈聊聊天、打打牌也很无聊，只想回家睡大觉，门根本不想出，旅游更是没兴趣，只想爆睡到初八。
各个微信群都不发红包了，好像大家都商量好了，让彼此过个没有负担的年，你不打扰我，我也不麻烦你。
放烟花的，放大炮仗的很少，鞭炮声也变小时间变短了。
时间好像开了二倍速、三倍速，一晃几天就过完了，还没来得及品味其中的滋味，又将踏上漂泊的行程，过个年像做了场梦，该醒了。

祝福¶

人们用 300 多天的勤劳换来了 5-6 天的热闹，团聚，欢乐，吵闹，这一切过后的安静更为震耳欲聋。

2026，烟火向星辰，愿新的一年，所愿皆成真，我们越来越好，越来越顺。

我的博客图床新方案 R2-Explorer

shenweiyan — Sat, 07 Feb 2026 00:00:00 +0000

博客站点图床的问题，纠结了很久，也一度以为很难会找到一个自己满意的 Pages 工具。但幸运的是，2025 年 12 月时候看到了 R2-Explorer 这个基于 Worker 的 Cloudflare R2 存储管理工具，部署完成后一番体验下来，发现这就是我一直要找的图床。

在线访问¶

首先，它是基于 GitHub Actions 部署到 Cloudflare 的 Workers 边缘计算平台上，通过绑定域名提供基于网页的在线访问。

身份验证¶

其次，它提供了基本的身份验证支持，可以通过配置 GitHub Secrets and variables 实现用户名、密码登录。

R2EXPLORER_CONFIG => { readonly: false, basicAuth: { username: 'shenwy', password: '123456' }, }

文件管理¶

支持的文件管理包括： - 拖放式文件上传 - 文件夹的创建和组织 - 大文件分段上传 - 右键单击上下文菜单可查看高级选项 - HTTP/自定义元数据编辑 - 可共享链接 - 创建安全的公开文件 URL，可选择设置密码保护、过期时间和下载次数限制

复制图片的直接链接的功能目前也已经支持，不过个人测试发现还是有一些问题，未来可期。

文件处理¶

支持 PDF 文档、图片、文本文件、Markdown、CSV 等，浏览器内文件预览。

部署与构建¶

虽然官方文档有很详细的部署和配置说明，但有一些细节并未给出。

Cloudflare API Token¶

进入 https://dash.cloudflare.com/profile/api-tokens 申请 Cloudflare API Token，对应权限如下：

GitHub Secrets and variables¶

配置 GitHub Secrets
- CF_API_TOKEN => Cloudflare API Token
配置 GitHub Variables
- R2EXPLORER_WORKER_NAME => gitimg-r2-explorer
- R2EXPLORER_CONFIG => { readonly: false, basicAuth: { username: 'steven', password: '123456' }, }
- R2EXPLORER_BUCKETS => gitimg-r2-explorer:gitimg
- R2EXPLORER_DOMAIN => gg.weiyan.tech

最后¶

最后总得写点什么，搜索枯肠墨枯笔涩，只能说好好码字，努力生活！

年底迷思

shenweiyan — Thu, 29 Jan 2026 00:00:00 +0000

此时此刻，距离 2026 年的春节还剩大约 2 周的时间，记录一下这段时间的一些糟心。

上一篇文章的 X 项目，终于是走到了最后阶段，在年底这个节骨眼，细枝末叶的琐事一件接一件，压得喘不过气。

加班好像成了常态。

一月上旬频繁人事变动和压抑带来的躁动和不安，随着时间竟有种事过境迁，淡忘如水的错觉，时间静默地抚平一切波澜。

心底依旧割裂，永远摸不到安全的边界。

生活愧歉良多。

2025 致敬每一个人都在拼命地苟活着人

shenweiyan — Wed, 31 Dec 2025 00:00:00 +0000

千言万语，无从下笔！

2025 已接近尾声，在这个时间节点，也确实该对自己做一个阶段性的总结了，也顺便对我的来时路做个回顾。2025 对于个人来说，可以用几个关键词串起来：AI、社区开源、项目、户外徒步。

AI¶

2025 年初，DeepSeek 爆火让各大公司开始对 AI 趋之若鹜，蠢蠢欲动。对于我自己来说，最开始，完全是出于个人兴趣，陆陆续续对着 Ollama、OpenWebUI、AnythingLLM 一通瞎折腾，尝试 DeekSeek、Qwen 本地安装和 API 调用，大多都浅尝截止，只追求能用上能问答能简单推理，总有一种知其然不知其所以然的困惑。

后来，细化到具体业务方向考虑，开始跟各大厂商接触，知道了 MaxKB、Dify、FastGPT，开始本地和线上的部署，开始流程编排的各种尝试，在 CPU 服务器上的尝试失败后，又被应用开发的权限、前端开发问题拦住，原地踏步。

在生信方向，蛋白核酸的模型接触的越来越多，从老破旧的 RHEL 6 到 Ubuntu-22.04，虽然都是 CPU，但也总能勉勉强强跑起来解决一部分问题。随之而来的 HelixFold、AlphaFold3 这种在线工具也用的多了起来，也算是真真切切对 AI 有了一个相对直观的认识。

项目¶

姑且叫它 X 项目。

这是一个机会与挑战并存的项目。从匆匆的接手到后面推进的每一步，都耗费了我极大的心力，为了这个项目有过太多的煎熬、彷徨和无法消解的压力，也曾一度让我对自己的职业生涯产生过怀疑。不管主观原因还是客观因素，在项目的最后冲刺阶段，退无可退，只能咬咬牙继续往前推。

X 带给自己的除了面对压力，面对未知的负面情绪和咬咬牙后的坚持外，也让我看到一些优秀的人在处理事情做决策的果敢与睿智。在复杂棘手的状况面前，他们总能迅速抽丝剥茧，精准地抓住问题的核心要点，以冷静客观的态度分析局势，权衡利弊。

社区开源¶

这一年，GitHub 成了每天必逛的地方，GitCode 使用的频率大幅上升。GitHub 的 Discussions 承载了个人博客站点的一篇篇文章，GitCode 的 Issues 成了个人情绪的小黑屋。公众号更新的频率越来越低，博客和 Issues 越写越多。

在开源项目的付费尝试中，也算勉勉强强填平了一个 top 域名十年续费的成本，自娱自乐。

户外徒步¶

国庆回来后，便开启了每周一山的户外徒步小目标 —— 从四小只的油麻山森林公园开始，到后面的龙神线、金麦线、龙渔线，每周不一样的风景，不一样的收获。

希望每一次的经历，都能让这几个 “萌娃小队” 们的友谊像山顶的风景一样开阔，也像攀登过程一样充满乐趣和成长。

羽毛球¶

入手了人生的第一把高端拍 77 Pro，球衣、球包、球鞋、手胶、拍线花费的不多，但都很满意，尤其是球包和球鞋。开始爱上 25/27 的差磅感觉，持续对 80 线情有独钟。

每周至少一场球，足迹遍布羽括1号、羽括9号、羽括5号、奥力派、荔湖城、风羽、威力、搜羽，遗憾的是离家最近的新动力羽毛球馆在这一年的下半年下线了。

寄语¶

2025 是焦虑、煎熬，与压力的一年，经济发展有所下降、企业利润降低、债务、裁员、降薪、找不到工作、难以承受的房贷车贷等等这些成为了这一年的主题，每一个人都在拼命地苟活着。

希望接下来的 2026 年，健康，和顺。After all, tomorrow is another day！

2026，加油！

每周一山 | 广州龙渔线徒步

shenweiyan — Wed, 17 Dec 2025 00:00:00 +0000

广州龙渔线是一条从龙眼洞至渔沙坦的城郊徒步路线，全长约12公里。它以交通便利、难度适中著称，串联起山林、水库与陡峭石壁，其中二战碉堡遗址是途中标志景观。

我们这一次走的是从植物园 → 鬼王山 → 龙洞（民族文化村）总站的路线 —— 从地铁 6 号线看植物园的下一站就是龙洞，相当于绕一圈就走了一站地铁站。

搭乘地铁6号线植物园G出口出来，从旁边的宝翠园进去，穿过广东工业大学（龙洞校区）。

穿过广东工业大学（龙洞校区）后，我们从旁边一小片菜地边开始上山。

龙渔线我们走的大部分都是碎石路，前一天周六下了大半天的绵绵小雨，本以为第二天的路多少会有些泥泞，没想好却是恰到好处的潮而不黏，反而少了一分灰尘，多了几分雨后的清新干爽。

碎石路的后面是泥路，湿而不软，加上时而透过林间的阳光，一路上也是惬意满满。

龙渔线其实也是有几段坡度比较大的泥路，包括上坡和下坡。

鬼王山的陡峭石壁，算是整个龙渔线最震撼的一段，据说旁边还有个二战碉堡遗址的标志景观，可惜这一次没看到。

鬼王山过后，我们穿过一路杂草丛生的山路，开始下山。

最终，我们到达 “龙洞（民族文化村）总站”，在这里可以乘坐公交直达龙洞地铁站。

这一次的龙渔线全程约 8.5 公里，我们 5 个大人 4 个小孩，耗时 3 个小时左右完成，总体来说速度还是相当快的。三个一年级小学生，加上一个五年级的姐姐，四个萌娃像开了挂一样引领了全程。作为幼儿园的同班同学和一路走过来的爬山搭子，希望每一次的经历都能让你们的友谊像山顶的风景一样开阔，也像攀登过程一样充满乐趣和成长。

期待下次继续挑战更高更远的目标！

Python 包和项目管理工具 UV 安装与更新

shenweiyan — Fri, 12 Dec 2025 00:00:00 +0000

uv 有人评价是近十年来 Python 生态出现的最好东西，它彻底改变了 Python 的安装和使用方式，尤其在快速解决依赖冲突（这对大型项目至关重要）方面，速度快得惊人。作为一个由 Astral 开发，用 Rust 编写，几乎可以在任何操作系统或平台上运行的免费的开源工具，个人在越来越多的开源模型、项目中都能看到它的身影，uv 似乎已经和 conda 成为了现在 Python 环境构建与管理的标配。

Installing Trio's dependencies with a warm cache.

官方文档 Installing uv 大多数都是先下载 install.sh，然后 sh install.sh 执行安装。

install.sh¶

首先，sh install.sh 默认把 uv 和 uvx 安装到 ~/.local/bin 目录，当然我们也这两个可执行文件 mv 到任何想要的目录，然后把目标目录添加到 $PATH 环境变量中。如果我们想要指定安装目录，可以：

curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | env UV_INSTALL_DIR="/ifs1/software/uv" sh

其次，sh install.sh 会默认使用 curl 或者 wget 先去 github 下载对应 prebuilt binaries 压缩包，然后解压缩到指定目录。

我们验证一下： 1. 首先，在 install.sh 的 downloader 部分增加一个 curl 执行输出。

其次，我们对下载后的结果解压缩（unpack the archive）的执行也增加一个输出。
最后，直接在本地执行 sh install.sh。

所以，如果由于网络原因 install.sh 和 uv-x86_64-unknown-linux-gnu.tar.gz 无法正常下载，推荐使用下面的方法安装。

首先，下载好 install.sh。

其次，下载好 uv-x86_64-unknown-linux-gnu.tar.gz，然后在 install.sh 中替换 ARTIFACT_DOWNLOAD_URL 为该压缩包所在的路径。

#ARTIFACT_DOWNLOAD_URL="${INSTALLER_BASE_URL}/astral-sh/uv/releases/download/0.8.3"
ARTIFACT_DOWNLOAD_URL="file:///ifs1/software/uv/src"

第三，指定安装目录，执行安装。

$ env UV_INSTALL_DIR="/ifs1/software/uv" sh uv-installer.sh
downloading uv 0.9.11 x86_64-unknown-linux-gnu
no checksums to verify
installing to /ifs1/software/uv
  uv
  uvx
everything's installed!

To add /ifs1/software/uv to your PATH, either restart your shell or run:

    source /ifs1/software/uv/env (sh, bash, zsh)
    source /ifs1/software/uv/env.fish (fish)

直接安装¶

综合 install.sh 的操作，其实我们可以直接去 https://github.com/astral-sh/uv/releases 下载对应的 prebuilt binaries 压缩包，然后解压缩到指定目录。但是这种安装会导致后续无法通过 uv self update 自动更新，需要再次去手动下载 prebuilt binaries 压缩包，然后再解压。

wget https://github.com/astral-sh/uv/releases/download/0.8.3/uv-x86_64-unknown-linux-gnu.tar.gz
tar xf uv-x86_64-unknown-linux-gnu.tar.gz --strip-components 1 -C /usr/local/uv

升级¶

当 uv 通过独立安装程序（install.sh）安装时，可以通过下面的方式更新。

$ uv self update

提示

Updating uv will re-run the installer and can modify your shell profiles. To disable this behavior, set INSTALLER_NO_MODIFY_PATH=1.

卸载¶

如果您需要从系统中去除 uv，请按照下列步骤作。

清理存储的数据（可选，在删除二进制文件之前，您可能希望删除 uv 存储的任何数据）
```
uv cache clean
rm -r "$(uv python dir)"
rm -r "$(uv tool dir)"
```
删除 uv 和 uvx 二进制文件
```
rm ~/.local/bin/uv ~/.local/bin/uvx
```

广州金麦线徒步下集

shenweiyan — Tue, 09 Dec 2025 00:00:00 +0000

自从上一次我们走完了金麦线从金坑到华峰寺的前半段，这一次我们走的是从华峰寺 → 石牙顶天坑 → 麦村的下半段。出发点是华峰寺山脚下的华峰寺总站-公交站，穿过华圣公园的小路，沿着登山步道一路向上，到达华峰寺。

到达华峰寺短暂休息后，从华峰寺大雄宝殿的左侧指示牌处，开始上山。

从华峰寺上山的这一段路会比较陡，也比较滑，算是金麦线下半段中最吃力的一小段。

上完山后，沿着石牙顶天坑方向进发，这一段路线的上坡会相对平缓一些，但起起伏伏的路段会比较多，中后半程也会有几段坡度比较陡的，可以沿着绳索慢慢向下。

过完下坡最陡的这一段山路，迎面的是一小段平坦的小公路，过去后又回到山路继续向前。走到黄埔增城界碑，距离石牙顶天坑就剩 2、300米的路程了。

从相对平坦的小公路到黄埔增城界碑（我在黄埔石牙顶很想你）这一段，前一段公路的路程很短，大部分是后面的泥山路。

从黄埔增城界碑出发，下一个点就是整个金麦线最大最漂亮的打卡地 —— 石牙顶天坑了。在这里可以从上往下俯瞰整个天坑的全貌，非常震撼漂亮，下山后也可以在山腰的登山步道打卡点打卡更加漂亮的天坑风景。

从石牙顶天坑往下走，也能沿途欣赏天坑不同角度的风景。

最后的路线，就是下山直达麦村了，都是水泥路。

总体来说，从华峰寺 → 石牙顶天坑 → 麦村的这次徒步还是挺好走的，沿途风景也极好，我们五个大人三个小孩一行人走走停停，全程 7.2 公里左右也就花了 3 个小时。

广州金麦线徒步上集

shenweiyan — Mon, 01 Dec 2025 00:00:00 +0000

金麦线一般是金坑地铁站 B 出口开始徒步，到达油麻山山顶约 2 小时，再到达华峰寺（12 点之前可以吃斋饭哦）、石牙顶天坑，最后到达麦村，终点也可以选择镇龙西地铁站（不想徒步公路的小伙伴，麦村也可以坐公交去地铁站）。

从油麻山下 21 号线的金坑地铁站 B 口出来，沿着村道水泥路走上几百米，就正式进入了本次金麦线的山间小路。

村里面环境也挺好的，中间还有一条小溪，小卖部也挺多了，可以买些水。

金坑到油麻山的山间小路，前面部分其实还是挺好走的，沿途风景也很好，路的不算陡，也很少有那种又陡松散泥土又多且易滑的路段。

其实，金麦线从金坑到油麻山、华峰寺，这一段真正有难度的，是中后半程才出现的那几段坡度极大且易滑的，起起伏伏的路线，尤其是从油麻山到华峰寺下山这一段，上下起伏，陡坡大、松散泥土多、易滑，不管是爬升还是下坡都难度极大，特别容易摔跤，需要特别注意。

总体来说，这应该是个人在 2025 年爬过的难度最大的一次山，三个一年级的孩子加上 4 个大人历经 5 个小时，终于是爬完了前半段，在华峰寺休息了大半个小时，一拨人才慢悠悠的下山，回家。

这个双十一小剁手

shenweiyan — Thu, 20 Nov 2025 00:00:00 +0000

2025 年的双十一并没有往年的热闹，不管是各大商家的促销力度和阵仗，还是周围人的反应，都透着一股冷清的氛围。或许正应景了当下低迷的就业环境，大家的购买欲望都被按下了减速键，愈发谨慎。

服务器¶

这应该是今年双十一最大的一笔投入，把香港 4 核 8G 100G 的云服务器续费了一年，八五折共计 ¥425 块。这个来自臻讯云的服务器，用了将近一年，从价格，包括续费价格，和稳定性都让自己很满意。

运动¶

国庆后带娃出去爬山和徒步的次数多了，刚好趁着这个双十一入手了两支登山杖，碳纤维，性价比，两相考虑在拼多多入手了原始人的这两支。到手后，11月16日去京溪森林公园环线使用体验了一下，还挺不错，轻便稳固，大人小孩都挺满意。

羽毛球装备，在京东给自己换了一个双肩的羽毛球包，价格，空间，舒适度，颜值都很满意。

羽毛球的另外一个大支出是球鞋。最开始，入手的是安踏的低帮后卫篮球鞋空域 5，这鞋子虽然颜值在线，但穿上发现蹬脚弯曲时候脚掌两侧会有点被硌到，始终不太舒服，不知道是因为鞋子太窄还是尺码不合适，只好选择了退掉。

后来又来来回回看了一圈，纠结了一波 P9200NTD，P9200TD 巭，P9200 巭到底哪一款性价比更高后，最终在 PDD 下单了 VICTOR 威克多的 P9200NTD，比较神奇的是同样一款鞋子在京东要 ¥310 多，在拼多多 ¥240 多就可以拿下了！

开心就好¶

这个双十一的剁手还算是比较理性的，入手的四样东西都比较满意，情绪价值满满。手上的 Mate30 Pro 虽然用了 4 年多，清清存储后还是能支撑到明年的，而且今年的手机目前也没等到什么满意的，也算是给下一年定个目标。

要和过去以及未来的自己对话

shenweiyan — Tue, 18 Nov 2025 00:00:00 +0000

网站的初心就是要和过去以及未来的自己对话，可以在未来的某一天，坐在电脑旁打开，几年前，甚至十几年前的文章或者说说，可能会看到以前的自己与今天的自己有什么不同，重拾与回味在互联网洪流里自己留下独特印记。

为什么要有一个属于自己的博客？

似乎是每一位博主都会提及的一个老生常谈的话题。

只是深知，真正会为它驻足的人不多，远不及最初设想的热闹。

但是拥有一个属于自己的域名还有服务器，已是件足够浪漫并且很酷的事！

可以在这里随意的写一些自己喜欢的东西，记下生活与工作里撞见的困惑与解法，就已经很好。

统计之都中文博客

shenweiyan — Fri, 14 Nov 2025 00:00:00 +0000

统计之都有一个帖子收集了上百个博客，《大家贴一下自己的博客地址吧》，各种高人满天飞，拜读了一下，深感折服！

网络文章

shenweiyan — Thu, 13 Nov 2025 00:00:00 +0000

很多年前在语雀开设了一个 “网络文精选” 的专题知识库，记录了一些在互联网看到的个人比较喜欢的文章。个人站点在 2025-05 初的时候也增加了一个 “摘录” 的导航分类，本意是想着把这些来源于互联网、自己喜欢的精选文章，或者是自己翻译而来的一些文章，放到里面。

现在看来需要重新考虑一下这个分类的一些潜在风险。首先，是知识产权和是转载授权的问题。其次，是站点（仓库，或者是 Issues）敏感内容的风险问题。

做猪呢最重要的是开心

shenweiyan — Thu, 30 Oct 2025 00:00:00 +0000

在知乎看到这张图片，被它呆萌与天真的眼神圈粉了，画的也很生动传神，不是么？底下的评论也很有爱，足以让这段时间身心俱疲的一些工作和生活阴霾得以短暂的休憩。

国庆假期结束后，工作与生活的琐事便如潮水般接连涌来，再加上天气逐渐转凉且变幻无常，整个人忙得如同飞速旋转的陀螺，一刻也不得停歇。心中太多对未知的惴惴不安，还有那患得患失的隐隐担忧。正好看到了这只可爱又传神的呆萌猪，在给我带来些许的欢乐和温暖的同时，也把它挪到了个人的站点上，希望它也能给所有看到的人带去欢乐。

看看另外一个网友画的 —— “画的不错，以后就是我的了”，再感受一下评论的画风。

你这个看着没他那个开心。
瞧把孩子瘦的
饿了多久
像浪浪山出来的
被社会毒打啦😆

“鸟山明风格😍”，”有娇养的感觉”。

粉嫩版的~

还有 AI 豆包风格版本的 —— 把野猪认成家猪了😂

微信公众号当朋友圈

shenweiyan — Wed, 22 Oct 2025 00:00:00 +0000

微信公众号年久没有更新，脑子里突然蹦出来的这么一个想法 —— 微信公众号能不能当朋友圈使用？仔细想一下，其实应该也是可以，但最大的区别应该在于微信公众号是所有人都能看，朋友圈只有好友能看。

就归档来说，微信公众号查看以前的文章好像也没那么好用。

今年的最后一个法定长假

shenweiyan — Thu, 09 Oct 2025 00:00:00 +0000

籍此纪念一下 2025 年刚刚过去的最后一个法定长假，也是给这八天的中秋国庆长假作个记录。

念¶

自6月1日端午节与儿童节不期而遇，开启三天小长假以来，便开始满心期盼着今年的中秋国庆黄金周。整整三个月，期待与日俱增，几乎到了望眼欲穿的地步。一方面，长期工作的压力如暗流般长久涌动、不断堆积，身心仿佛被无形的绳索紧紧束缚，急切地渴望一处能让灵魂栖息、压力消散的港湾，去尽情释放与放松；另一方面，故乡的山水、故人的音容，宛如一幅幅温暖而鲜活的画卷，时常在心间浮现，对家乡人和物的思念，如藤蔓般在心底肆意生长，缠绕不休。

堵¶

“堵” 是每次来回老家无法避免的一个主题。从十月一下午 16 时动身出发到凌晨 1 点半到家，将近 11 个小时的返程，为这个长假添上了一抹别样的况味。一路上，高速公路上的走走停停，服务区的车水马龙，仿佛是一场漫长的修行，每一寸的前进都显得那么艰难。车窗外，不断掠过的路灯，像是一串串被拉长的时光符号，记录着这无尽等待的时光。

也不得不感慨一番现如今交通的发达，打车的方便。从老家到老丈人家，从姐夫店里到距离老家最近的镇上，以往得提前好久安排交通工具，要么麻烦亲戚开车送，要么在路边苦等不知何时才来的乡村巴士。现在好了，顺风车一叫，约定好时间就能出发，而且价格实惠，直接把我们送到想去的地方，大大节省了时间和精力，体验感也极好。

慢¶

在老家待了三天，老丈人家待了两天，都深深感受到了农村生活慢节奏带来的舒适和宁静。没有城市里的喧嚣和浮躁，只有邻里家人之间简单而真实的交流，家长里短到国家大事，温暖且充实。

难得的是，小孩子能在这里找到玩伴，忘却了作业的压力，在村里奔跑嬉戏，在水边捉鱼摸虾，在空地跳房子，逮个不知名小动物也能好奇玩上半天，还能玩上去年过年的烟花存货。

安¶

父母一辈年纪大了，习惯不了大城市的喧嚣和冰冷，反而能在邻里亲朋的老家找到慰藉，力所能及农活，虽然累点，但却能让他们觉得充实。

城市，就像一个巨大而又冰冷的机器，日夜不停地运转着。父母在其中，就像两颗渺小的螺丝钉，被忙碌和喧嚣裹挟着，找不到自己的方向。高楼大厦遮住了他们的视线，车水马龙淹没了他们的声音，他们在这座繁华的城市里，内心充满了孤独和迷茫。而老家，却是他们心灵的港湾，是他们永远的根。当他们踏足这片熟悉的土地，闻着那熟悉的泥土气息，听着那亲切的乡音，邻里亲朋们的热情招呼，就像一束束温暖的阳光，照亮了他们内心深处的角落。

祝愿所有的父母们能平安喜乐，健健康康。

羽毛球拍

shenweiyan — Mon, 29 Sep 2025 00:00:00 +0000

人到中年，能坚持下来的运行少之又少，唯有羽毛球还能一如既往没有放弃掉。回想当年大学还没毕业，出来实习后开始正式接触羽毛球，此间断断续续，一直到现在，真是弹指一瞬间。

球打的多了，面对拍子按说早已经波澜不惊，但最近不知道怎么回事，又开始对装备这个事情念念不忘，走火入魔。

手持一把亮剑 12N 和一把天斧 69，都是 3U。BS12N 在中前场平抽快杀以及防守个人还是很满意的，但是后场高远球和杀球感觉总差那么一点意思。ASTROX 69 虽然杀球尖，鞭击感明显，但在放网、劈吊以及搓球技术方面有所欠缺，且连续进攻的能力较弱，但是作为一个 ¥200 出头淘来的二手拍打了四五年也就那样了。

于是，开始心念念新版的天斧 88d Pro，4UG5，但却纠结于线下将近 ¥1900 的价格。

为兴趣买单，早买早享受，会不会是一个极好的剁手理由！还有就是，任何人，想坚持打羽毛球，都，一定，且，必须，买一把千元球拍。

时隔一个月后，终究还是 ¥1000 大洋从朋友手里入手了这把 4U G5 的天斧 77 Pro。

来来回回使用这个拍子打了五六场球，渐入佳境，对自己而言还算满意。虽然一开始给我的感觉还是偏木，中杆太硬，但综合打感还不错，后场网前都能兼顾，也无震手感，对于 3U 拍子打久了的我来说，简直是福音，打的多了发现这个拍子更加适合那些比较有爆发力的小伙伴。

桦加沙

shenweiyan — Thu, 25 Sep 2025 00:00:00 +0000

作为 2025 年的风王，”桦加沙” 算是一定程度上满足了多年以来对台风的期待值 —— 2025 年第 18 号台风 “桦加沙” 来势汹汹，强度与 2018 年超强台风 “山竹” 相当，或成为今年以来影响我国的最强台风。

台风没来之前，朋友圈的热闹，各种严阵以待的信息，超市抢购一空的景象，让人对这个号称今年最强风王的期待拉满，既担心又激动。

对 2018 年超强台风 “山竹” 的印象比较浅，唯一的印象仅剩下当时个人租住的公寓中，在大风中砰砰乱响的的落地玻璃。

“桦加沙” 的影响更加直接。

提前两天，晚上将近 21 点多才收到停课通知，大晚上急急忙忙联系托管，确不曾想第二天风平浪静，艳阳高照。
公司层面做足了措施，下班前把服务器关停了。
下班后才收到确认公司停工的通知，具体复工时间未定。
回到家，看到朋友圈热闹非凡，超市蔬菜鲜肉抢购一空。
停工当天，想给老婆打车发现滴滴、哈罗、高德地图一众平台都无法打车了，恰好一大早老婆的公司也发布了停工通知。
虽然停工，还是被上班日的生物钟搞醒，7点就起来了，窗外狂风日渐大作。
游戏，帮孩子打卡学习，安装两个新买的书柜，看看电视，一天就这样过去了。

复工后的第一天，服务器还是出现了一些意外，给原本紧凑的工作更添了一丝阴霾，所幸的是最后还是有惊无险成功修复了。

GitHub Notifications 无法清除或标记为已读

shenweiyan — Tue, 23 Sep 2025 00:00:00 +0000

GitHub 使用多了，最近总是遇到一些奇奇怪怪的问题。这不，今天又遇到了一个 Notifications 无法清除或标记为已读的神奇问题。

这个问题，在 https://github.com/orgs/community/discussions/174310 也有人遇到过，在 V2EX 也有相关的讨论 ——《疑似 GitHub × Gitcoin 的骗局》，是这样子解释的。

这是 GitHub 上一个已知的边缘情况。当触发通知的仓库或用户被删除时，有时相关通知会“卡住”，无法清除或标记为已读。这是一个偶尔会发生的错误，尤其是在垃圾邮件或已删除的帐户中。

GitHub 在这个讨论中给了四个方法：尝试将所有通知标记为已读、使用 GitHub 移动应用程序、等待 GitHub 维护、联系 GitHub 支持。都未能很好解决问题，反而是讨论中的其他用户提供了解决的方案，个人试了一下，的确可行。

参考：《Mark GitHub notifications as read》

import requests

TOKEN = '<TOKEN>'

headers = {
    'Accept': 'application/vnd.github+json',
    'Authorization': f'Bearer {TOKEN}',
    'X-Github-Api-Version': '2022-11-28',
}

notifications = requests.get('https://api.github.com/notifications', headers=headers)

for notification in notifications.json():
    print(f"{notification['id']}: {notification['subject']['title']}")
    requests.delete(f'https://api.github.com/notifications/threads/{notification["id"]}', headers=headers)

把站点域名从 cc 换成 com 了

shenweiyan — Wed, 17 Sep 2025 00:00:00 +0000

在 V2EX 看到《请谨慎使用 .cc 域名作为产品域名， Google 提交 Sitemap 始终失败》的帖子，发现 cc 域名发布的文章 Google 收录好像的确不如必应，也认同目前 “com > net/org” 的现状，想着 weiyan.com 肯定没戏了，自己对 org 也没什么想法，com 空着也是空着，于是，就把 weiyan.cc 换成了 shenwy.com。

好了，现在个人的站点通过 https://shenwy.com 也能正常访问了。在站点主题上，“mkdocs-material” 依然是目前的首选！

一次发生在 GitHub 的 Trigger security scan 异常事件

shenweiyan — Thu, 04 Sep 2025 00:00:00 +0000

2025年9月4日，早上起来看邮件时候，突然发现，邮箱一下子多了几百封 GitHub Actions 构建异常的邮件！

震惊紧张后，第一个反应就是，该不会是个人的 personal access token，或者密码泄露了，被人动态进行 commit 提交，以至于出现批量的 Actions 异常。于是，赶紧登录 GitHub 看一下到底发生了什么事。

首先，看到个人账号下基本每个 Public 仓库，甚至包括 organization 下个人创建的所有 Public 仓库，都出现了类似 “Trigger security scan” 的 commits 提交。

点击进去一看，好家伙，直接往 README 里面进行注释性的提交。

再回到 commits 记录一看，果然有连续多次的提交。

第二，回去仓库的 .github/workflows 下一看，还莫名其妙多了一个 github_actions_security.yml 自动化流程。

这就直接把 PERSONAL_ACCESS_TOKEN 的信息提交到了一个 https://bold-dhawan.45-139-104-115.plesk.page 的未知站点。

这一连串的骚操作下来，可以肯定的是 token 或者其他密码泄露，或者是某个共用的 actions 出问题了，所以：

第一件事情，先把 personal access token 全部删除。
清除所有仓库已存在的 github_actions_security.yml。
最后，静观后效。

在文章最后，感谢 @guedou 在问题仓库中的建议。

GitHub 2FA 双因素身份验证浏览器插件

shenweiyan — Wed, 27 Aug 2025 00:00:00 +0000

在 GitHub 贡献一定的代码量后，GitHub 会要求启用双因素身份验证，否则登录会受到影响。GitHub 提供了短信验证（SMS/Text message，但是不支持 +86 国内手机号），APP 扫码验证（Authenticator app），GitHub 移动 APP（GitHub Mobile），Security keys。

如果手机不在身边，想要在另外一台电脑登录自己的 GitHub 账号，这里推荐一种最简单的方式，就是用浏览器插件验证。

安装插件¶

Authenticator 可以直接去 https://authenticator.cc/ 下载包括 Chrome、Firefox、Edge 对应的插件，或者是源码。

Chrome 插件：身份验证器

配置 GitHub Authenticator app¶

GitHub 头像 → Settings → Password and authentication，在 Two-factor methods 栏点击 Authenticator app 的 Edit 按钮，会得到一个 2FA 的二维码。

身份验证器¶

点击浏览器的 “身份验证器” 插件，点击扫描图标，扫描上一步 GitHub Authenticator app 页面中生成的二维码。

扫描后会自动生成6位数代码。

这就是在 GitHub 登录账号时需要输入的 Two-factor authentication。

导出备份¶

点击浏览器的 “身份验证器” 插件，左上角设置图标 → 备份 → 下载备份文件，会得到一个 authenticator.txt 的文件。

导入备份¶

登录另外一台电脑，同样先安装 “身份验证器” 插件，安装完成后导入上一步得到的 authenticator.txt，即可在该电脑，即可得到该电脑自动生成6位数 Two-factor authentication 代码，从而完成 GitHub 账号登录。

这个夏天

shenweiyan — Thu, 14 Aug 2025 00:00:00 +0000

2025 年，立夏是 5 月 5 日。这一天是二十四节气中的第七个节气，标志着春季的结束和夏季的开始。立夏表示阳气开始旺盛，万物进入快速生长期的开始，昼长夜短，气温升高，雷雨增多，是温度明显升高，炎暑将临的节气。

工作只是生活的一部分¶

从端午过后的六月开始，先是工作遇上了一大堆的变动，不管是工作内容还是其他上层为了应对降本增效带来的一系列迷之操作，给原有的工作带来了很大的困扰。每天的工作开始精神内耗，再加上自己本身是一个事情会想的比较多的人，导致了这几个月以来工作都过得很压抑，很纠结。

很多悲观的情绪不是好事，时时刻刻跟自己说，工作是人生一部份，但绝不是全部！不是真的要尽全力，不要入戏太深，不要让自己落入情绪陷阱！

打不死的小强¶

2025 年上半年的工作非得要说收获，只能说自己在 AI，尤其 RAG 这一块多了一分熟悉，从技术路线到在极其有限的云服务器上手动实践，漫漫长征有了第一步，在 AI 领域的投入或许是个人职业生涯的第二次重大转变，也是一次学习的机会，没有放弃，需要鼓起勇气撸起袖子加油干。

认清生活的真相后依然热爱生活¶

其次是七月初老母亲突如其来的生病，让原本按部就班的日子一下子变的紧凑起来。一方面担心老母亲的病情，另一方面为下班后的孩子接送学习事宜忙碌。

7 月中老母亲病情加剧 —— 于是辗转几十公里的市人民医院疼痛科前前后后看了三次，终于有所缓解，后续还需多加修养。现如今的老家地处边远山区，只有镇上一个卫生站，虽然也还有不少私人诊所，医疗条件终归有限，市里有更好的三甲医院却又路途遥远，农村慢节奏的生活下医疗保障始终是一个挑战。

现如今的大环境下，子女不能常伴身边，农村独居老人也成了一种常态。回想起我们的父辈，他们经历了从农村到城市到最终回归农村，经历了农村从曾经热闹安详到现如今的冷落凋零，他们吃过的苦也非我们 90 一代所能体会得到的。历史的大幕褪去，现在只剩下他们佝偻的身影，还在曾经熟悉的土地上坚守着。

Dify 上的 Ollama 不支持 Rerank 模型

shenweiyan — Tue, 15 Jul 2025 00:00:00 +0000

在 Dify Cloud 平台调用各大平台的大模型 API 一直都没发现这个问题，随着开始折腾本地化使用，才发现 Ollama 部署大模型虽然方便，但是 RAG 中 Dify 知识库混合检索，需要 Rerank 模型时，这一点上，Ollama 居然是不支持 Rerank 模型的。

Dify Cloud 的系统模型设置，在接入了阿里云百炼的通义千问 API Key 后，Rerank 模型会默认显示通义千问的 gte-rerank 和 gte-rerank-v2。

本地部署 Ollama + Dify，在 Dify 选择 Ollama 模型供应商，发现 Ollama 只支持 LLM 和 Text Embedding，不支持 Rerank 模型。

看到有提到使用 Xinference 平台来部署 Rerank 模型的，特意去看了一下 Xorbits Inference，发现的确是除了 LLM 和 Text Embedding 还支持 Rerank、Speech2text、TTS。

参考资料¶

NCBI Blast 源码编译安装

shenweiyan — Sun, 13 Jul 2025 00:00:00 +0000

记录一下在老破旧服务器从源码编译安装 NCBI Blast 2.15.0+ 遇到的一些问题。

先说一下，总体的安装步骤。

首先，根据 ncbi-blast-2.xx.x+-src/c++/src/algo/blast/core/README 的说明，blast+ 的源码编译安装，直接通过下面命令即可：

./configure --with-projects=scripts/projects/blast_core_lib.lst \
            --without-debug --with-mt --with-build-root=ReleaseMT
cd ReleaseMT/build
make all_p

其实 configure 这一步的最后也会有提示：

$ ./configure --with-projects=scripts/projects/blast_core_lib.lst \
            --without-debug --with-mt --with-build-root=ReleaseMT
===============================================================================
NCBI C++ Toolkit documentation:
  Online:   https://www.ncbi.nlm.nih.gov/toolkit/doc/book/
  Local:    ./doc/public/index.html
For the available configuration flags run:  ./configure --help

CFLAGS   =  -Wall -Wno-format-y2k  -pthread -fopenmp -O2 -fPIC
CXXFLAGS =  -Wall -Wno-format-y2k  -pthread -fopenmp -O2 -fPIC
CPPFLAGS = -DNDEBUG -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE   -D_MT -D_REENTRANT -D_THREAD_SAFE
LDFLAGS  =  -Wl,--enable-new-dtags -Wl,-export-dynamic  -pthread -fopenmp   -O2

LIBRARIES:  build as static by default
FEATURES:   Int8GI GCC MT LFS DLL unix WinMain Linux
PACKAGES:
  enabled:  UUID Iconv Z BZ2 PCRE LocalPCRE MBEDTLS GMP GMP OPENSSL KRB5 CURL MySQL BerkeleyDB BerkeleyDB++ PYTHON PYTHON27 PYTHON3 PERL Boost.Iostreams Boost.Program-Options Boost.Regex Boost.Serialization Boost.Spirit Boost.Test.Included OpenGL GLUT GLEW EXPAT LIBXML LIBXSLT LIBEXSLT SQLITE3 HDF5 JPEG PNG TIFF XPM FreeType LMDB LocalLMDB LIBUV
  disabled: FUSE LIBUNWIND LIBDW BACKWARD_CPP LocalZ LocalBZ2 LZO ZSTD GCRYPT NETTLE GNUTLS Sybase DBLib FreeTDS ODBC PYTHON25 PYTHON26 Boost.Chrono Boost.Filesystem Boost.System Boost.Test Boost.Thread C-Toolkit NCBICRYPT MESA wxWidgets wx2.8 Fast-CGI FASTCGIPP LocalSSS LocalMSGMAIL2 SSSUTILS LocalNCBILS NCBILS2 SSSDB SP ORBacus ICU SABLOT Xerces Xalan Zorba SQLITE3ASYNC VDB NGS OECHEM SGE DRMAA2 MUPARSER GIF UNGIF GL2PS FTGL MAGIC MIMETIC GSOAP AVRO Cereal SASL2 MONGODB MONGODB3 LEVELDB LIBURING ROCKSDB GMOCK LAPACK LIBSSH2 CASSANDRA NGHTTP2 H2O INFLUXDB LIBXLSXWRITER PROTOBUF GRPC MSGSL AWS_SDK CRC32C GOOGLE_CLOUD HIREDIS APACHE_ARROW LIBRDKAFKA CPPKAFKA THRIFT NLohmann_JSON YAML_CPP OPENTRACING JAEGER
PROJECTS:
  enabled:  cgi serial objects dbapi app algo
  disabled: bdb ctools gui gbench

Tools / flags / paths:  /software/src/build/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/ReleaseMT/build/Makefile.mk
Configuration  header:  /software/src/build/ncbi-blast-2.15.0+-src/c++/ReleaseMT/inc/ncbiconf_unix.h

To build everything:  cd /software/src/build/ncbi-blast-2.15.0+-src/c++/ReleaseMT/build && /opt/rh/devtoolset-7/root/usr/bin/make all_r
or simply run /opt/rh/devtoolset-7/root/usr/bin/make in the current directory
To build selected projects (as listed in "scripts/projects/blast_core_lib.lst"):
  cd /software/src/build/ncbi-blast-2.15.0+-src/c++/ReleaseMT/build && /opt/rh/devtoolset-7/root/usr/bin/make all_p

******* CONFIGURATION SUCCESSFUL *******

梳理一下它整个步骤，其实就是 configure → 生成 Makefile.mk → make。

Makefile.mk¶

很不幸的是，个人在 CentOS 6.5 的老破旧服务器上执行 configure 或者 make 出现了 Makefile.mk:682: *** missing separator. Stop. 的异常。

对于这个突如其来的错误，本人最开始也想当然的认为这是 Makefile 语法的一个BUG，很明显 Makefile 中命令的前缀默认要使用 Tab, 不能使用 4 个空格代替，因此需要在 Makefile.mk 682 行开始用 Tab 替换四个空格开头的行。

事实上，这个问题的根本原因并非单纯的 Makefile 语法的问题，而是问题出现在 configure → 生成 Makefile.mk 这一步。经过对 configure 源码排查了一下发现，问题就出在 curl-config --static-libs 的错误输出被直接插入到了 Makefile 中，导致 make 误解析这些文本（如 --ca, --cc 等）为 Makefile 规则，从而引发 missing separator 和 ignoring old recipe 错误。

因此，有几个解决方法。

方法1，修改 Makefile.mk，确保正确处理 curl-config 的输出。例如：

# 安全获取静态库链接信息（避免错误输出污染 Makefile）
CURL_STATIC_LIBS := $(shell curl-config --static-libs 2>/dev/null || echo "-lcurl")

方法2：如果系统支持 pkg-config，可以改用更可靠的方式获取 libcurl 链接信息。

CURL_LIBS   := $(shell pkg-config --libs libcurl)
CURL_STATIC_LIBS := $(shell pkg-config --static --libs libcurl 2>/dev/null || echo "-lcurl")

方法3：在 configure 一步中通过 --without-curl 来禁用 libcurl。

ZLIB_VER_MAJOR¶

make 过程中出现 ZLIB_VER_MAJOR 相关错误：

$ make all_r
Build session ID: 37264a70-80c7-4bfb-857e-3fcc536c2046
/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/bin/make -C corelib   all_r  ||  exit 5
......
/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/bin/make[3] (Makefile.compress.lib): Nothing to be done for `flag-stamps'.
/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/bin/make -f /software/ncbi-blast-2.16.0+/build/Makefile.lib.tmpl srcdir=/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/util/compress/api TMPL=compress -w all
make[4]: Entering directory '/software/ncbi-blast-2.16.0+/build/util/compress/api'
/opt/rh/devtoolset-7/root/usr/bin/g++  -std=gnu++17 -msse4.2 -c  -Wall -Wno-format-y2k  -pthread -fopenmp -O2 -fPIC   -DNDEBUG -D_LARGEFILE_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE   -D_MT -D_REENTRANT -D_THREAD_SAFE -I/software/ncbi-blast-2.16.0+/inc -I/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/include      -DNCBI_BUILD_SESSION_ID=37264a70-80c7-4bfb-857e-3fcc536c2046 /software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/util/compress/api/zlib.cpp -o zlib.o
/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/util/compress/api/zlib.cpp: In member function ‘virtual ncbi::CVersionInfo ncbi::CZipCompression::GetVersion() const’:
/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/util/compress/api/zlib.cpp:333:25: error: ‘ZLIB_VER_MAJOR’ was not declared in this scope
     return CVersionInfo(ZLIB_VER_MAJOR, ZLIB_VER_MINOR, ZLIB_VER_REVISION, "zlib");
                         ^~~~~~~~~~~~~~
/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/util/compress/api/zlib.cpp:333:25: note: suggested alternative: ‘ZLIB_VERSION’
     return CVersionInfo(ZLIB_VER_MAJOR, ZLIB_VER_MINOR, ZLIB_VER_REVISION, "zlib");
                         ^~~~~~~~~~~~~~
                         ZLIB_VERSION
/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/util/compress/api/zlib.cpp:333:41: error: ‘ZLIB_VER_MINOR’ was not declared in this scope
     return CVersionInfo(ZLIB_VER_MAJOR, ZLIB_VER_MINOR, ZLIB_VER_REVISION, "zlib");
                                         ^~~~~~~~~~~~~~
/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/util/compress/api/zlib.cpp:333:41: note: suggested alternative: ‘ZLIB_VERSION’
     return CVersionInfo(ZLIB_VER_MAJOR, ZLIB_VER_MINOR, ZLIB_VER_REVISION, "zlib");
                                         ^~~~~~~~~~~~~~
                                         ZLIB_VERSION
/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/util/compress/api/zlib.cpp:333:57: error: ‘ZLIB_VER_REVISION’ was not declared in this scope
     return CVersionInfo(ZLIB_VER_MAJOR, ZLIB_VER_MINOR, ZLIB_VER_REVISION, "zlib");
                                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~
/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/util/compress/api/zlib.cpp:333:57: note: suggested alternative: ‘ZLIB_VERSION’
     return CVersionInfo(ZLIB_VER_MAJOR, ZLIB_VER_MINOR, ZLIB_VER_REVISION, "zlib");
                                                         ^~~~~~~~~~~~~~~~~
                                                         ZLIB_VERSION
make[4]: *** [/software/ncbi-blast-2.16.0+/build/Makefile.rules:103: zlib.o] Error 1
make[4]: Leaving directory '/software/ncbi-blast-2.16.0+/build/util/compress/api'
FAILED: src/util/compress/api/Makefile.compress.lib
make[4]: Entering directory '/software/ncbi-blast-2.16.0+/build/util/compress/api'
/bin/rm -f libxcompress.a .xcompress.dep .libxcompress.a.stamp
/bin/rm -f /software/ncbi-blast-2.16.0+/lib/libxcompress.a /software/ncbi-blast-2.16.0+/status/.xcompress.dep \
    /software/ncbi-blast-2.16.0+/lib/libxcompress-static.a /software/ncbi-blast-2.16.0+/status/.xcompress-static.dep
make[4]: Leaving directory '/software/ncbi-blast-2.16.0+/build/util/compress/api'
make[3]: *** [/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/build-system/Makefile.meta_l:336: all.nonusr] Error 2
make[3]: Leaving directory '/software/ncbi-blast-2.16.0+/build/util/compress/api'
make[2]: *** [/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/build-system/Makefile.meta_r:41: all_r.real] Error 5
make[2]: Leaving directory '/software/ncbi-blast-2.16.0+/build/util/compress'
make[1]: *** [/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/build-system/Makefile.meta_r:41: all_r.real] Error 5
make[1]: Leaving directory '/software/ncbi-blast-2.16.0+/build/util'
make: *** [/software/ncbi-blast-2.16.0+/src/ncbi-blast-2.16.0+-src/c++/src/build-system/Makefile.meta_r:41: all_r.real] Error 5

最后，想说的是，以上扒拉扒拉折腾了那么多，到最后还是没能完整安装起来，只好先放弃了，后面有时间再慢慢去 debug 看看吧。

带着女儿泡星巴克

shenweiyan — Sat, 05 Jul 2025 00:00:00 +0000

外面将近 40 度的似火艳阳把我们的户外活动彻底给劝退了，今天尝试着带女儿过来家里旁边的星巴克，她在画画做练习题，我在忙自己的一些事情，看起来也算是一个挺好的选择。

虽然有空调的舒适，但小孩子好动，想着应该也呆不了太长时间，但出乎意外的是她居然可以很专注沉浸在自己的玩具时间。

热爱生活

shenweiyan — Mon, 23 Jun 2025 00:00:00 +0000

世界上只有一种真正的英雄主义，那就是在认清生活的真相后依然热爱生活。

前一阵子的一个经历。

晚上跟一众同事打完球，打车回家的路上，碰到一个很有意思的司机，一路上听着他分享了从 90 年代上大学，进国企，下岗，开公司，前几年公司注销的诸多经历，谈到当下社区大众迷茫，裹挟着压力前行，心中很是感慨。

对于压力这个问题，近两年感触很深。大环境下的各行各业总有种越卷越烈的感觉，很多公司企业订单腰斩，于是开始内卷，卡各种考核卡各种日报周报月报，卡的让人喘不过气。消费上大家日益谨慎，除了必要的吃喝拉撒，娱乐旅游什么的也越来越提不起兴趣。那种说走就走的旅程，也因为挤不出时间变成了时常挂载嘴边的自我安慰。

心态这个问题，很多时候都充斥着焦虑，打球、游戏、徒步或许都能暂缓，但也正如 “世界上只有一种真正的英雄主义，那就是在认清生活的真相后依然热爱生活” 中所说，需要更多积极的勇气。

抱怨没用，需要给自己信心，需要努力，需要在认清生活的真相后依然热爱生活。

这些年打过的羽毛球线

shenweiyan — Sat, 07 Jun 2025 00:00:00 +0000

Categories: 博客/好玩

打羽毛球这么多年，用过的羽毛球线也就那么几款，从最开始的 NBG95 到现在的 BG80，感觉差不多就认准了 BG80。

性能维度	80线（BG80）	80P线（BG80P）	95线（NBG95）
弹性	极致弹性，蓄力强，扣杀球速快	弹性优异，略优于80线	弹性良好，平衡性佳
击球感	硬朗，进攻性强	硬中带弹，控球精准	软硬适中，全面均衡
耐打性	耐用性一般，易断线	耐磨性提升约20%（聚氨酯涂层）	耐打性优秀，适合高频使用
控球性	包裹性强，但易走线	棱形线芯设计，控球稳定	平衡性佳，易培养手感
适用磅数	26-28磅（建议）	26-30磅（可调）	24-28磅（通用）

拿到这把亮剑 12N 的时候也用过一段时间 XB63 线，虽然感觉比 80 线更舒服，但总体来说 BG80 性价比更高，XB63 相对价格更高而且也也一定能买得到。

端午节难看龙舟

shenweiyan — Mon, 02 Jun 2025 00:00:00 +0000

Categories: 博客/乱弹

今年的端午节和六一儿童节叠在一起了，但是看龙舟却比往年更难，不只是人多，更多是龙舟排期更加分散。

端午假期的第一天就去了海珠区的国家湿地公园，公园是极好的，很多荔枝、菠萝蜜、黄皮，还是一堆叫不上名字的水果，环境很好，还能看到一大片叫不出名字的花海。从龙潭地铁站 G 出口出来步行一小段就到了海珠湿地的北门，20 块买个门票进去，就可以开启湿地公园之旅。

除了人多，更遗憾的是没看上在爱莲亭举行的龙舟赛，一早蹲守的小伙伴说整个龙舟赛也就持续了 2 分钟左右，还目睹了亚洲飞人苏炳添参加划龙舟的风采。

不死心。

第二天，再接再厉，约了 4、5 个娃拖家带口浩浩荡荡往中大北门广场进发，开始第二波看龙舟之旅。没想到被现场人山人海，人头挤人头的场面给狠狠打脸了，费劲九牛二虎之力好不容易挤了进去，连个站的位置都没有。化身人肉梯子抱起娃看了不到十分钟，就跟着大部队匆匆忙忙败兴而归。

没看上龙舟，看到海珠区老城区一些烟火气息的小巷，看到了补鞋的、补衣服的、小菜市场、小商贩等等，现在高楼大厦和过去传统融合在一起，有种很神奇的感觉。

域名证书端口转发网络存储一站式解决

shenweiyan — Mon, 26 May 2025 00:00:00 +0000

IPv6/IPv4 端口转发、Web 服务、动态域名、语音助手网络唤醒、IPv4 内网穿透、计划任务、自动证书、webdav、ftp、filebrowser、挂载阿里云盘/webdav 等多项功能。

使用 GitHub Discussios 写作博客一直都有一个很大的痛点就是图床的问题，没有接触 Lucky 的 “网络存储” 功能前，个人一直在用自搭建的 PicX v2 —— 这个方案有一个比较纠结的点：每次上传图片都要触发一次 pages 自动构建，这中间的耗时有点让人受不了。第二个问题是无法自动新创建目录。

今天来介绍一个好玩的应用：Lucky —— 一个集合了端口转发、Web 服务、自动证书、WebDAV、FTP 和 FileBrowser 模块等功能的家用软硬路由公网利器。个人在阿里云 99 元/年 2 核 2G 配置的阿里云服务器上用了几个月，体验相当不错。

自动证书¶

阿里云、腾讯云各大平台免费 SSL 证书的有效期都调整到 3 个月，及时续签是个问题。Lucky 的 ACME 证书默认启用全自动续签机制，无须人工干预。

Web 服务¶

Cloudflare 对每个托管的域名都有 3 个免费页面规则，例如，通过这个页面规则可以实现 https://weiyan.tech 跳转到 https://github.com 或者 https://baidu.com 任何一个你想要的域名。当然这种跳转通过《使用 meta 实现页面的定时刷新或跳转》也可以实现。

但是这一切在 Lucky 的 Web 服务都是免费一键化配置，再配合上面的自动化证书，可以做很多好玩的事情。

网络存储¶

这是最近个人才摸索到的另外一个好玩的用法。基本上可以让我把自搭建的 PicX v2 抛弃了。

网络存储包含了存储管理、WebDAV、FTP 和 FileBrowser 模块，它提供了将本地存储、WebDAV 和阿里云盘挂载到 Lucky 内部的各个文件类服务功能。

个人在阿里云 99 元/年的阿里云服务器上，开启 File Browser 可以完美解决文件上传、下载、分享的问题。

借助 Web 服务下的文件服务，可以实现类似 Pages 的图床服务。

说到图床的应用，网上一搜有很多，但是像 PicGo、PicList 之类都没有提供 Web 端的管理使用，需要下载安装。个人的使用更加注重于是否提供浏览器 Web 端的操作管理，一定要避免切换电脑再次安装带来的繁琐，仅一个浏览器可以完成上传、下载、删除等一系列管理操作。其次，可以上传图片到指定的目录！

其他功能¶

Lucky 的升级、备份、重新部署也是相当方便，只要备份好配置目录，一切都可以从头再来，基于 Docker 的安装大大降低了折腾的复杂性。

域名越来越贵了

shenweiyan — Thu, 08 May 2025 00:00:00 +0000

Categories: 博客/乱弹

最近的这几天在续费域名的时候，发现在阿里云 com 都涨到 95 一年了，cc 也涨到了 80，有种马上就要突破百元大关的感觉。

更离谱的是 cc 的普通域名，新购 10 年才 320，换成续费要 800，价格相差了 2 倍多。同样的 cc 域名在阿里云续费 80/年，腾讯云 65/年。

太魔幻了。

蚊子再小也是肉，为了省那每年 15 块大洋，看来把我那个 WeiYan.CC 转到腾讯云也是不错。

最后，手头有一个已注册长达 10 年的优质域名 bioinfo.top（到期时间为 2034 年），现打算转让。价格十分实惠，对生物信息领域感兴趣的小伙伴们，欢迎咨询！

MkDocs Material 大法好

shenweiyan — Fri, 25 Apr 2025 00:00:00 +0000

Categories: 博客/好玩

自从用上了 MkDocs Material，除了可以用作专业的文档生成器，发现其实也可以干些其他的杂活，例如用它自定义一个更加有辨识度的 Homepage，用它搭建一个属于自己的导航站点。

Hugo 的 Navpage 导航虽然颜值上更舒服一些，但是和博客、站内搜索的集成依然有些割裂，自己对 Hugo 越来越缺乏学习的热情。另外一方面，反而更加热衷于在 GitHub Discussions 持续记录自己的一些胡言乱语。

感谢自己省吃俭用薅下来的 4 核 8G 小 VPS，几经折腾下，终于让 Homepage + Documents + Navigation 都集成在了一个 MkDocs Material 里面，先贴几张图，后面可能会开源，也可能会和 Navpage 整合在一起付费提供使用。

Homepage

文档页面

文档页面 - 目录

博客页面

导航页面

Vim 缩进插入删除使用技巧

shenweiyan — Fri, 25 Apr 2025 00:00:00 +0000

在服务器环境下，Vim 因其高效、轻量、无需图形界面的特性，确实是开发者最常用的代码编辑工具之一。针对 vim 使用过程中最常遇到的一些操作技巧简单记录一下。

多行缩进¶

没有学会使用技巧前，最常规的做法还是一行行的缩进，针对大片段的长代码简直就是灾难。

向前或向后缩进4个空格¶

按 shift + v 组合键进入 Visual Line 模式，可使用方向键选择多行；
按 < 或 >，进行向前或向后缩进。注：有些设置为缩进一个 Tab 单位。

向前或向后缩进n个空格¶

向前缩进，实则是使用 Visual Block 模式删除多余空格以达到向前缩进的效果。

按 ctrl + v 组合键进入Visual Block模式；
使用上下方向键可选择多行，使用前后方向键可选择空格大小长度；
按下 d 删除选中内容。

向后缩进，实则是使用 Visual Block 模式批量添加空格以达到向后缩进的效果。

按ctrl + v组合键进入Visual Block模式；
使用上下方向键可选择多行；
按shift + i组合键进入编辑模式；
输入需要缩进的空格数量；
按esc按键完成操作。

删除¶

d^：删除光标至行首内容
d$：删除光标至行尾内容
dgg：删除光标前的所有内容
dG：删除光标后的所有内容
dd：删除当前行内容

多行注释插入与删除¶

多行注释插入字符¶

进入 vi/vim 编辑器，按 CTRL+V 进入可视化模式（VISUAL BLOCK）；
移动光标上移或者下移，选中多行的开头，如下图所示
选择完毕后，按大写的 I 键，此时下方会提示进入 “insert” 模式，输入你要插入的注释符，例如 #；
最后按 ESC 键，你就会发现多行代码已经被注释了。

多行删除注释¶

方法同上，Ctrl+v 进入列选择模式，移到光标把注释符选中，按下小写的 d 键，注释就被删除了。

一杯热茶一个下午

shenweiyan — Sun, 13 Apr 2025 00:00:00 +0000

Categories: 博客/乱弹

除了图书馆、自习室，其实星巴克也算的上是一个码字的好地方，如果再点上一杯自己喜欢的热茶，伴随着耳机传来的音乐，也算的上极致的享受。

外面的世界很复杂，陌生人之间的沟通交流已然处处勾心斗角，夫妻家庭之间的摩擦磕碰更是加剧内心的孤独。总希望有人可以关心，总希望能一家人和睦平安，事实上不会事事如意。

“人到中年的男人，时常会觉得孤独，因为他一睁开眼睛，周围都是要依靠他的人，却没有他可以依靠的人。”
—— 张爱玲

其实说白了，就是人到中年不如狗，不敢老，不敢死，因为上有老下有小。于是开始卖笑：讨老人欢心是孝顺；给儿女做榜样是责任；看老婆脸色过日子是爱情；出门还要迎合所有人。

圣贤有云：三十而立，四十不惑，五十而知天命。中年男人的人生，就是距离真实的自己最远的时刻。有家的男人是幸福，可有家的男人也辛苦。人到中年可以没有豪情万丈，更不能只剩惆怅，生活本身已经是不能承受之重，那些身外之物更应看透。

所谓一叶知秋，见好就收。

清明时节雨纷纷

shenweiyan — Sat, 05 Apr 2025 00:00:00 +0000

Categories: 博客/乱弹

自打搬进新家，生活的节奏就像按下了快进键，琐碎的事务如潮水般涌来，让自己始终没能腾出完整的时间，像从前在图书馆那样，沉浸式地做些自己喜欢的事。

时间匆匆忙忙，难有时间停下来想一些事情，尤其过完年后的这一段时间里，焦虑与躁动忙碌交错。身边人生病的来回折腾，孩子补习班兴趣班辅导的鸡飞狗跳，让整个人下班后、周末的时间被切割得支离破碎。每次刚有点想做喜欢事情的念头，就被各种琐事打断。有时候好不容易抽出点时间，却又觉得缺少了图书馆那种宁静专注的氛围，很难静下心来。

虽然知道这些都是暂时的，也在等着工作生活慢慢渐入佳境。

清明时节雨纷纷，趁着这个假期，好不容易在家附近找到一个可以静静呆着一下的小图书馆。接着，把在家里尘封已久的 ThinkPad 小钢炮又翻了出来 —— 破 PC 用久了，切换回已经有 7、8 个年头的 T460p，依然感受到了这个笔记本的倔强 —— 很有一股“老兵不死”的错觉。

“世上只有一种英雄主义，就是认清生活的真相之后依然热爱生活。”

很多人都曾被这句话鼓舞过，特别是在长大之后，我们慢慢发现“生活的真相”其实就是，总会有这样那样的“坏事”发生，但还是得咬紧牙关迎难而上。

一路披荆斩棘、披星戴月，虽然辛苦，但却在这个过程里变得更加勇敢和坚强。

Python 3.6 不能产生 libpython3.6m.so 文件

shenweiyan — Fri, 21 Mar 2025 00:00:00 +0000

在 Python-3.6.9 中测试 Cheetah 包的时候遇到了找不到 libpython3.6m.so.1.0 静态库，记录一下填坑。

$ python3 -c "import Cheetah._namemapper; print(Cheetah._namemapper.file)"
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
ImportError: libpython3.6m.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory

编译第三方静态库，在 configure 阶段需要增加 --enable-shared CFLAGS=-fPIC 参数！

./configure --prefix=/usr/local/python3 --enable-optimizations --enable-shared CFLAGS=-fPIC

在安装后，才会在 /usr/local/python3/lib 目录下产生 libpython3.6m.so 和 libpython3.6m.so.1.0 两个文件。如果不加上面的添加，产生的文件是 libpython3.6m.a。

Galaxy 安装应该选择哪个版本

shenweiyan — Wed, 19 Mar 2025 00:00:00 +0000

2025-03-192026-03-05

Galaxy 是一个用于生物学研究的工作流程开源平台，用网页作为界面，让不熟悉编程语言的生物科学家更容易将手上的资料做进一步分析。Galaxy 的工作流程包含: 资料筛选与整合、资料分析与发布。虽然最早是为了基因组学研究而开发，但现在通常做为一般的生物资讯学工作流程管理系统。 —— Galaxy (计算生物学) · 维基百科

随着新技术的更新换代，Galaxy Project 这个项目现在的变化也是越来越大，不管是 UI 界面还是各种框架技术，好像是越来越复杂。从业务角度出发，面对每年至少 2+ 次的 Release 版本，我们应该怎么选呢？

首先，在 UI 上 release_24.0 和 release_24.1 是一个分水岭。

传统三栏界面，以 release_22.x 为例。

从 release_24.0 开始增加了四栏模式（最左侧增加了一栏 Activity Bar），但通过管理员可以通过设置保留传统的左中右三栏模式。到 release_24.1 后一律强制变成了四栏模式，即 Activity Bar 不再支持隐藏（Activity bar is now enabled by default.）。

到了 release_24.2，更是把中间栏头部的 Masthead Revision 导航去掉整合到左侧的 Activity Bar 里面去了。

第二，release_24.x 在安装过程中对 CPU 要求更高，以前的 2 核 4G 服务器现在基本没法安装。

可以说，从 release_24.x 起 Galaxy 开始真正贯彻 Galaxy = workflows 的理念 - Create complex workflows and deploy via UI or CLI.

所以，总的来说，如果只是想借助 Galaxy 的平台完成命令行工具(程序)到 UI 可视化操作这一业务需求，可以简单选择 ≤ release_24.0 的版本；如果更加侧重 workflows，或者两者兼顾，可以选择 release_24.1 或者更高的版本 - 从颜值上个人更喜欢 24.2 这一个对 Masthead Revision 导航优化后的布局。

git clone 设置临时代理

shenweiyan — Mon, 17 Mar 2025 00:00:00 +0000

很多时候我们在国内使用 git 克隆，或者拉取、推送代码时总是显示连接不上，这时我们就需要设定 git 代理解决。

一次性代理¶

git clone -c http.proxy="http://127.0.0.1:1080" https://github.com/

全局设置代理¶

git config --global https.proxy http://127.0.0.1:1080
git config --global https.proxy https://127.0.0.1:1080
git config --global --unset http.proxy
git config --global --unset https.proxy

参考资料¶

git 设置和取消代理

如何在 Win11 上恢复旧的右键菜单？

shenweiyan — Sat, 01 Mar 2025 00:00:00 +0000

家里的 Win11 使用了一段时间，最近发现它的这个鼠标右键的 ‘显示更多选项’ 实在太让人反感了，以至于每次想通过鼠标右键选择其他功能时必须要多点击一次 “显示更多选项”。因此迫切希望能够将 Win11 显示更多选项这个反人类的设置恢复成 Win10 的状态，或者让 Win11 的鼠标右键的默认打开 ‘显示更多选项’。

网上的普遍使用，且很多人反馈完美解决的解决方案。

步骤1. 按 Win+S 打开搜索框，输入 cmd 并以管理员身份运行命令提示符。

步骤2. 输入以下命令并按 Enter 键执行。

reg add HKCU\Software\Classes\CLSID\{86ca1aa0-34aa-4e8b-a509-50c905bae2a2}\InprocServer32 /ve /d "" /f

2025年的更新操作： 如果上述命令无效的话，还可以继续执行这个命令：

reg.exe add "HKCU\Software\Classes\CLSID\{86ca1aa0-34aa-4e8b-a509-50c905bae2a2}\InprocServer32" /f /ve

注意： 如果您想要重新打开 Win11 新样式的右键菜单的话，以同样的方式在命令提示符中执行此命令：

reg delete "HKCU\Software\Classes\CLSID\{86ca1aa0-34aa-4e8b-a509-50c905bae2a2}" /f

步骤3. 重启资源管理器，运行以下命令：

taskkill /f /im explorer.exe & start explorer.exe

我刚开始的时候也是按照这样的方法去设置了，后来打开文件夹的时候鼠标右键的确完美解决了，但是一回到桌面，还是原来 Win11 新样式的右键菜单。反反复复试了很多次，包括直接去修改注册列表、尝试 Windows 11 Classic Context Menu v1.2 插件等等，最终都无法解决。

后来静下心想了一下桌面和打开文件夹有什么不一样的，才发现原来自己在桌面还装了一个腾讯的桌面整理，实话实说，这个的确是个好用的小工具。

这个桌面插件在 “实用功能” → “设置中心” 里面居然还有一个 “启用Windows11风格桌面右键菜单”，只要把这个选项去掉，Win11 右键菜单恢复成 Win10 状态就立马生效了。

DeepSeek 本地部署与使用初探

shenweiyan — Fri, 21 Feb 2025 00:00:00 +0000

DeepSeek 相关的人工智能现在是火得一塌糊涂，本着学习的心态，基于现在的一些有限资源，也来体验一下。

参考文章¶

注意事项¶

1. 依赖的一些问题¶

open-webui 安装完成后，在 backend 目录执行 bash start.sh 如果出现 ImportError: libGL.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory 错误，可以考虑降低 transformers 版本，个人测试 mamba install transformers=4.36 --force-reinstall 重装后恢复正常。

2. 有限的资源，也能跑起来¶

一台 2 核 4G 的云服务器，跑个 deepseek-r1:1.5b 模型毫无压力，非常流畅，一些简单的问题也能回答出来。

3. 交互问题¶

ollama serve，或者 systemctl start ollama 默认可以通过 http://localhost:11434 看到 ollama 是否已经在运行，但无法与模型进行交互。《用本地文件调教 DeepSeek》一文说在终端运行 ollama serve 命令启动 Ollama 服务，服务启动后，可以通过访问 http://localhost:11434 来与模型进行交互。这是不正确的。

4. 通过网页端访问和使用。¶

如果想要通过网页把自己本地部署的 DeepSeek 模型开放给自己或者其他小伙伴使用，open-webui 是一个比较好的选择，安装和启动都很简单。

那些偶尔想起的幸福时刻

shenweiyan — Mon, 17 Feb 2025 00:00:00 +0000

最近偶尔浮现一些记忆中画面，记忆中是在家附近的金黄的稻田间散步，走在田埂上感受阳光明媚风微凉，脑袋里没有想太多的事情，只是纯粹的感受美好......

那段关于童年放牛的记忆，如同一幅幅温馨而生动的画卷，那时的天空总是格外晴朗，阳光透过树叶的缝隙，洒下斑驳陆离的光影，与三两玩伴的欢声笑语交织在一起，构成了最纯粹的快乐。我们在山林间自由穿梭，仿佛整个世界都属于我们这群小小的探险家。

攀上枝头，与鸟儿嬉戏，那份无畏与好奇，探索那些隐蔽的小径，揭开大自然的神秘面纱，每一处新发现都像是宝藏，让我们的午后时光既舒适又充满了奇幻色彩。那时的我们，心中装满了对未知世界的好奇与向往，每一次探险都是对自我边界的拓宽。

即使时光荏苒，岁月如梭，那份记忆依旧鲜明如初。当暮色悄然爬上远处的山脊，天边最后一抹夕阳也依依不舍地隐去，我的鼻尖似乎还能捕捉到那熟悉而又遥远的山间篝火炊烟的味道。

高考完的那年暑假，和班上一大堆同学跑到了深圳观澜的一家电子厂打暑假工。白天在车间焊接电子配件，炎热又忙碌，晚上泡网吧，周末爬山、瞎逛，试图着用脚步去丈量着这座城市的每一个角落。那年夏天，第一次体验了打工的新鲜和艰辛，第一次接触手机，第一次注册了自己的 QQ 号，没作业，不知道未来，带着青葱的稚嫩和对未来的憧憬，只有炎炎夏日和蝉叫，以及几个对未来不知所措的少年，刻骨铭心......

感受一下AI修复后的旧时照片

那些记忆的画面很简单，但是那感受刻骨铭心。这种感受已经十几年没有过了，尤其在城市里，你甚至找不到一处安静的地方。人大了，事情多了，脑袋里总是有卸不完的事情，卸了一件再来一件。甚至这种回忆也不常有，有点麻木的感觉。

R 语言中的 libpng 版本冲突

shenweiyan — Fri, 14 Feb 2025 00:00:00 +0000

事情起因是在 R 语言中调用 png 包的 readPNG 读取 png 图片的时候，碰到了错误：libpng error: Incompatible libpng version in application and library。

> library(png)
> p1 = readPNG("/bioinfo/polyA/circos.png")
Error in readPNG("/bioinfo/polyA/circos.png") :
  libpng error: Incompatible libpng version in application and library
In addition: Warning messages:
1: In readPNG("/bioinfo/polyA/circos.png") :
  libpng warning: Application was compiled with png.h from libpng-1.6.37
2: In readPNG("/bioinfo/polyA/circos.png") :
  libpng warning: Application  is  running with png.c from libpng-1.2.49
>

这个问题，其实在《RamiGO 安装及库依赖解决备忘》曾经遇到过，当时的解决方法，在现在看起来其实是并不完善的。所以，在问题解决前，我们先来看看这个问题到底是怎么导致的。

首先，我的 R 是通过源码编译安装的，而且在安装的过程中 configure 时候指定了自己安装的 libpng-1.6.37。

./configure --prefix=bioinfo/software/r/r-4.4.2 --enable-R-shlib --with-libtiff --with-libpng --with-jpeglib --with-pcre1 \
LDFLAGS="-L/bioinfo/software/mylibs/zlib-1.2.6/lib \
            -L/bioinfo/software/mylibs/bzip2-1.0.6/lib \
            -L/bioinfo/software/mylibs/pcre-8.40/lib \
            -L/bioinfo/software/mylibs/tiff-4.0.9/lib \
            -L/bioinfo/software/mylibs/jpeg-9c/lib \
            -L/bioinfo/software/mylibs/libpng-1.6.37/lib \
            -L/bioinfo/software/mylibs/xz-5.2.3/lib \
            -L/bioinfo/software/mylibs/curl-7.64.1/lib -fopenmp" \
CPPFLAGS="-I/bioinfo/software/mylibs/zlib-1.2.6/include \
            -I/bioinfo/software/mylibs/bzip2-1.0.6/include \
            -I/bioinfo/software/mylibs/pcre-8.40/include \
            -I/bioinfo/software/mylibs/tiff-4.0.9/include \
            -I/bioinfo/software/mylibs/jpeg-9c/include \
            -I/bioinfo/software/mylibs/libpng-1.6.37/include \
            -I/bioinfo/software/mylibs/xz-5.2.3/include \
            -I/bioinfo/software/mylibs/curl-7.64.1/include"

第二，我使用的 png 是在 R 里面直接 install.package('png') 安装的。

$ ldd /bioinfo/software/r/r-4.4.2/lib64/R/library/png/libs/png.so
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff29dd9000)
        libpng12.so.0 => /usr/lib64/libpng12.so.0 (0x00007f1a614bc000)
        libz.so.1 => /bioinfo/software/r-3.3.2/lib/libz.so.1 (0x00007f1a612a4000)
        libm.so.6 => /lib64/libm.so.6 (0x00007f1a61020000)
        libR.so => /bioinfo/software/r/r-3.6.1/lib64/R/lib/libR.so (0x00007f1a6098e000)
        libgomp.so.1 => bioinfo/software/gcc-7.3.0/lib64/libgomp.so.1 (0x00007f1a60760000)
        libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007f1a60543000)
        libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007f1a601af000)
        libRblas.so => /bioinfo/software/r/r-3.6.1/lib64/R/lib/libRblas.so (0x00007f1a5ff83000)
        libgfortran.so.3 => /usr/lib64/libgfortran.so.3 (0x00007f1a5fc91000)
        libreadline.so.6 => /lib64/libreadline.so.6 (0x00007f1a5fa4e000)
        libpcre.so.1 => /bioinfo/software/r-3.3.2/lib/libpcre.so.1 (0x00007f1a5f81b000)
        liblzma.so.5 => /bioinfo/software/r-3.3.2/lib/liblzma.so.5 (0x00007f1a5f5f6000)
        librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007f1a5f3ee000)
        libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007f1a5f1e9000)
        libiconv.so.2 => /usr/local/lib/libiconv.so.2 (0x00007f1a5ef04000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003636a00000)
        libtinfo.so.5 => /lib64/libtinfo.so.5 (0x00007f1a5ece2000)

从 ldd 的结果可以很明显看到，install.package('png') 使用了系统默认的 libpng，也就是对应的 libpng-1.2.49。因此最后在调用 png 的时候就和编译使用的 libpng-1.6.37 发生了冲突。

第三，所以最终的解决方法就是，先设置 libpng-1.6.37的 PATH 和 LD_LIBRARY_PATH。

export PATH=/bioinfo/software/mylib/libpng-1.6.37/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/bioinfo/software/mylib/libpng-1.6.37/lib:$LD_LIBRARY_PATH

卸载原来的 png 包，再重新安装。

remove.packages('png')
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
install.packages('png')

总的来说，最开始碰到这个问题的时候，虽然知道问题在哪，也设置过 LD_LIBRARY_PATH 后去重装 png，但是一直都没成功，后面尝试了几个方法。

一是，怎么在 install.packages() 中指定 libpng-1.6.37 的 LDFLAGS 和 CPPFLAGS，因为没搞懂 --configure-args 具体是怎么用的，这条路没走通。另外，在 HOME/.R/Makevars 设置了 LDFLAGS 和 CPPFLAGS 进行了尝试，也依然不起作用。

二是，想通过 patchelf 去直接修改 png.so 的动态库链接，虽然修改成功，但直接把 png 搞崩溃。

直至把 libpng-1.6.37 的 bin 也一起增加到 PATH，才重装 png 后，这个问题才最终解决。个人猜测在安装 png 时检测 libpng 的过程中应该跟 libpng-config 的可执行文件有关系，因为系统默认的 /usr/bin/libpng-config 为 1.2.49 版本，而 libpng-1.6.37 的 bin/libpng-config 默认软连接至 bin/libpng16-config，对应 1.6.37。

事后，去 png 的源码仓库一看，果然在 src/Makevars 中发现了链接库和依赖中调用了 libpng-config：

PKG_LIBS=$(PNG_LIBS) `libpng-config --static --ldflags`
PKG_CFLAGS=$(PNG_CFLAGS) `libpng-config --cflags`

而系统的 libpng-config 和 libpng-1.6.37 的 bin/libpng-config 的链接库和依赖：

$ /usr/bin/libpng-config --static --ldflags
-L/usr/lib64 -lpng12 -lz -lm

$ /bioinfo/software/mylib/libpng-1.6.37/bin/libpng-config --static --ldflags
-L/bioinfo/software/mylib/libpng-1.6.37/lib -lpng16 -lm -lz -lm

正好印证了在安装 png 时，的确需要从默认 PATH 中调用 libpng-config，从而获取对应的链接库和依赖。

Python 包 matplotlib 安装的一些问题

shenweiyan — Wed, 12 Feb 2025 00:00:00 +0000

Python 的 matplotlib 在安装的过程中一直无法解决 freetype2 自动下载的问题，导致始终安装不成功。

Python-3.10.16 通过本地（或者是在线）方式安装 matplotlib-3.10.0 的时候，发现对应 freetype2、qhull 通过对应的 URL 无法正常下载，以至于 matplotlib 一直安装不成功，详细信息如下面代码所示。

$ pip3 install .
Looking in indexes: https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
Processing /bioinfo/src/py/matplotlib-3.10.0
  Installing build dependencies ... done
  Getting requirements to build wheel ... done
  Installing backend dependencies ... done
  Preparing metadata (pyproject.toml) ... error
  error: subprocess-exited-with-error

  × Preparing metadata (pyproject.toml) did not run successfully.
  │ exit code: 1
  ╰─> [48 lines of output]
      + meson setup /bioinfo/src/py/matplotlib-3.10.0 /bioinfo/src/py/matplotlib-3.10.0/.mesonpy-smx69lrx -Dbuildtype=release -Db_ndebug=if-release -Db_vscrt=md --native-file=/bioinfo/src/py/matplotlib-3.10.0/.mesonpy-smx69lrx/meson-python-native-file.ini
      The Meson build system
      Version: 1.7.0
      Source dir: /bioinfo/src/py/matplotlib-3.10.0
      Build dir: /bioinfo/src/py/matplotlib-3.10.0/.mesonpy-smx69lrx
      Build type: native build
      Program python3 found: YES (/bioinfo/software/Python-3.10.16/bin/python3)
      Project name: matplotlib
      Project version: 3.10.0
      C compiler for the host machine: cc (gcc 4.4.7 "cc (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-4)")
      C linker for the host machine: cc ld.bfd 2.20.51.0.2-5
      C++ compiler for the host machine: c++ (gcc 4.4.7 "c++ (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-4)")
      C++ linker for the host machine: c++ ld.bfd 2.20.51.0.2-5
      Host machine cpu family: x86_64
      Host machine cpu: x86_64
      Program python found: YES (/bioinfo/software/Python-3.10.16/bin/python3.10)
      Found pkg-config: YES (/usr/bin/pkg-config) 0.23
      Run-time dependency python found: YES 3.10
      pybind11-config found: YES (/tmp/pip-build-env-gf0psrg8/overlay/bin/pybind11-config) 2.13.6
      Run-time dependency pybind11 found: YES 2.13.6
      Downloading freetype-2.6.1 source from https://download.savannah.gnu.org/releases/freetype/freetype-old/freetype-2.6.1.tar.gz
      <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1007)>
      WARNING: failed to download with error: could not get https://download.savannah.gnu.org/releases/freetype/freetype-old/freetype-2.6.1.tar.gz is the internet available?. Trying after a delay...
      <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1007)>
      WARNING: failed to download with error: could not get https://download.savannah.gnu.org/releases/freetype/freetype-old/freetype-2.6.1.tar.gz is the internet available?. Trying after a delay...
      <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1007)>
      WARNING: failed to download with error: could not get https://download.savannah.gnu.org/releases/freetype/freetype-old/freetype-2.6.1.tar.gz is the internet available?. Trying after a delay...
      <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1007)>
      WARNING: failed to download with error: could not get https://download.savannah.gnu.org/releases/freetype/freetype-old/freetype-2.6.1.tar.gz is the internet available?. Trying after a delay...
      <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1007)>
      WARNING: failed to download with error: could not get https://download.savannah.gnu.org/releases/freetype/freetype-old/freetype-2.6.1.tar.gz is the internet available?. Trying after a delay...
      <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1007)>
      Downloading freetype-2.6.1 source from https://downloads.sourceforge.net/project/freetype/freetype2/2.6.1/freetype-2.6.1.tar.gz
      <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1007)>
      WARNING: failed to download with error: could not get https://downloads.sourceforge.net/project/freetype/freetype2/2.6.1/freetype-2.6.1.tar.gz is the internet available?. Trying after a delay...
      <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1007)>
      WARNING: failed to download with error: could not get https://downloads.sourceforge.net/project/freetype/freetype2/2.6.1/freetype-2.6.1.tar.gz is the internet available?. Trying after a delay...
      <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1007)>
      WARNING: failed to download with error: could not get https://downloads.sourceforge.net/project/freetype/freetype2/2.6.1/freetype-2.6.1.tar.gz is the internet available?. Trying after a delay...
      <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1007)>
      WARNING: failed to download with error: could not get https://downloads.sourceforge.net/project/freetype/freetype2/2.6.1/freetype-2.6.1.tar.gz is the internet available?. Trying after a delay...
      <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1007)>
      WARNING: failed to download with error: could not get https://downloads.sourceforge.net/project/freetype/freetype2/2.6.1/freetype-2.6.1.tar.gz is the internet available?. Trying after a delay...
      <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1007)>

      ../extern/meson.build:18:18: ERROR: could not get https://downloads.sourceforge.net/project/freetype/freetype2/2.6.1/freetype-2.6.1.tar.gz is the internet available?

      A full log can be found at /bioinfo/src/py/matplotlib-3.10.0/.mesonpy-smx69lrx/meson-logs/meson-log.txt
      [end of output]

  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
error: metadata-generation-failed

× Encountered error while generating package metadata.
╰─> See above for output.

note: This is an issue with the package mentioned above, not pip.
hint: See above for details.

[notice] A new release of pip is available: 23.0.1 -> 25.0.1
[notice] To update, run: pip3 install --upgrade pip

对于这种情况，可以： 1. 根据提示给出的 URL 下载好相应的依赖（这个 URL 也可以在 matplotlib-3.10.0/subprojects/*.wrap 中找到），并把依赖包保存的服务器任何一个目录下。
- freetype-2.6.1.wrap：/bioinfo/src/py/freetype-2.6.1.tar.gz；
- qhull.wrap：/bioinfo/src/py/qhull-8.0.2.tar.gz

修改 matplotlib-3.10.0/subprojects/*.wrap。

freetype-2.6.1.wrap

[wrap-file]
source_url = file:///bioinfo/src/py/freetype-2.6.1.tar.gz
source_fallback_url = file:///bioinfo/src/py/freetype-2.6.1.tar.gz
source_filename = freetype-2.6.1.tar.gz
source_hash = 0a3c7dfbda6da1e8fce29232e8e96d987ababbbf71ebc8c75659e4132c367014

patch_directory = freetype-2.6.1-meson

[provide]
freetype-2.6.1 = freetype_dep

qhull.wrap

[wrap-file]
# Also bump the cache key in `.circleci/config.yml`.
# Also update the docs in `docs/devel/dependencies.rst`.
directory = qhull-8.0.2
source_url = file:///bioinfo/src/py/qhull-8.0.2.tar.gz
source_filename = qhull-8.0.2.tgz
source_hash = 8774e9a12c70b0180b95d6b0b563c5aa4bea8d5960c15e18ae3b6d2521d64f8b

patch_directory = qhull-8.0.2

最后，再次执行安装。
```
pip3 install .
```

我的 2024 年总结

shenweiyan — Wed, 15 Jan 2025 00:00:00 +0000

2024 年已过去，距离农历新年还有将近半个月的时间，趁着这个时间简单来盘点一下 2024 年走过的一些坑坑洼洼。

工作那些事¶

工作上的事情，早在公司层面已经梳理了一次，到了这里实在是乏善可陈，也不太想再来这里赘述了，只想聊聊一些想法。

当一个人一年到头安装、测试过上百款软件/包，在 configure/make/make install 这条路上趟过太多坑后，会对 mamba/conda/virtualenv 一类的解决方案更加关注，但是对于老旧服务器甚至是集群 docker/singularity 却又是另一个可望不可及的痛 —— 想用却用不上。总的来说，软件这条路，依旧是源码加 conda 流混合双打的局面，借助 Google 或者是 AI 还是能打上几个回合的。

在另外一个赛道上，AI 火的一塌糊涂的今天，PyTorch/TensorFlow，AlphaFold 3/HelixFold 3，… 成为了个人的另外一个选择和挑战，2024 年没能真正躬身入局，2025 年的路还会远吗？GPU 带来的问题仿佛还在耳边，路漫漫看不见脚下的路。

都说这是艰难的一年，寒冬将至，2025 年又何尝不会更加艰难！

享受生活¶

2024 年绝对是陪娃打卡室外活动最多的一年。在爬山和徒步这条路上，从华峰寺、南香山、油麻山、火炉山，到博物馆、儿童公园、黄埔欢乐跑、玉岩书院徒步，萌鸡小队一年以来可谓战绩辉煌，欢乐满满。

2024 年 7 月中旬，经历了公司体检后，成功带领公司的小伙伴们入坑羽毛球。把公司附近大大小小的球馆打过一遍后，羽毛球成为了每周的常态，养生局和对抗局轮流转。随着周围羽毛球馆越开越多，打球虽然越来越方便，但人却越来越分散，价格也越加参差不齐。

聊聊其他¶

2024 年是全面游走在黄埔、增城两区的一年，通勤、生活日渐适应，完美的过渡。

2024 年家人经历了一些职场变动，经历了一些健康困扰，幸运的是这一年大家一路扶持一路鼓励，让包容给了这个家更多温暖。

愿你所愿¶

2025 年，愿你所愿 —— 这盛世每一天，山河无恙，烟火寻常。

生活跌宕，羽球向阳

shenweiyan — Tue, 03 Dec 2024 00:00:00 +0000

羽毛球这项运动真是很神奇，就想多巴胺一样，过程总能让人乐此不疲，就像平常生活中的一束光或是一拂尘，拂去生活的阴霾与不快。

生活无非就是上班下班，过了初出茅庐的迷茫与昂扬，一切都开始变得按部就班有条不紊，也经历了没遇到过的波折与离别，很多事情都只能放在心里，让别人放心。就这样不知不觉间成为了一些人事物的支撑，俗称高个的。但只有自己才知道，自己也需要一个支撑，一个途径，一个宣泄口，一个目标让自己能扛得下去，于是我说生活跌宕，羽球向阳。

或许这正是羽毛球的治愈力，它让疲惫的灵魂暂时抽离现实，在攻防的博弈里，找回对生活的掌控感与热忱。

年龄增长，体力也在以肉眼可见在退步，周围的球馆关了开开了关，身边的球搭子换了一批又一批，林林总总的背后总有神伤的时候。生活也总是这样，不能让人处处都满意。不同阶段有不同问题，生活态度也随之起起落落。但流过了汗，短暂的宣泄过后，咬咬牙，一切总能过去。

手机流量与套餐

shenweiyan — Fri, 22 Nov 2024 00:00:00 +0000

都到 2024 年了，还在为手机流量和套餐的事情纠结。身处广东，不管移动联通电信，还是新出来的广电，就想问一下现在还有比较便宜的套餐吗？

起源是老母亲现在用的移动 39 元/月的套餐，老人觉得费用太高，想要换一个费用低一点的套餐。所以问题就来了。

主要给老人（未满 60 周岁）用。
平时就用微信、抖音。
在不换号码前提下有没有比较便宜的套餐（例如，19 元的套餐挺好）。

看到一些建议，说给老人买一张副卡，把主卡转为 8 元保号套餐，这也是一个方法，但这样一来，问题就变成了：哪些副卡比较划算？

家里有老人的，不知道大家都是怎么给他们选择套餐的，现在的套餐五花八门，一时间还真不知道该怎么选。

GitHub Actions 更新 Submodule

shenweiyan — Wed, 06 Nov 2024 00:00:00 +0000

怎么通过 GitHub Actions 实时更新 Git 仓库中的子模块（submodules）。

name: Send submodule updates to parent repo

on:
  push:
    branches: 
      - main

jobs:
  update:
    runs-on: ubuntu-latest

    steps:
      - uses: actions/checkout@v2
        with: 
          repository: xxx/parent_xxx
          token: ${{ secrets.PRIVATE_TOKEN_GITHUB }}

      - name: Pull & update submodules recursively
        run: |
          git submodule update --init --recursive
          git submodule update --recursive --remote
      - name: Commit
        run: |
          git config user.email "actions@github.com"
          git config user.name "GitHub Actions - update submodules"
          git add --all
          git commit -m "Update submodules" || echo "No changes to commit"
          git push

git submodule update --init --recursive

这个命令用于初始化并更新仓库中的子模块。具体来说：

--init 参数会初始化在 .gitmodules 文件中指定的每个子模块的配置信息，但不会更新子模块的内容。这个步骤是必须的，因为 Git 不会自动初始化子模块的配置信息。
--recursive 参数确保命令递归地应用于任何嵌套的子模块。这意味着如果子模块本身还包含子模块，这些子模块也会被初始化。

简而言之，这个命令会初始化仓库中所有（包括嵌套的）子模块的配置，并更新它们到在父仓库中记录的提交。

git submodule update --recursive --remote

这个命令用于更新仓库中的子模块到它们的远程仓库中的最新状态（或指定的分支/标签）。具体来说：

--recursive 的作用与上述命令相同，确保命令递归地应用于所有嵌套的子模块。
--remote 参数指示 Git 更新每个子模块到其远程仓库的当前分支的最新提交。如果没有指定分支，则默认为在 .gitmodules 文件中为每个子模块指定的分支。

注意，这个命令并不会改变父仓库中记录的子模块的提交。它只是更新了子模块的工作目录和索引，以匹配远程仓库的最新状态。如果你想在父仓库中记录这些更新，你需要在子模块中执行提交，然后回到父仓库中，添加子模块的变更并提交。

总结
git submodule update --init --recursive 用于初始化并更新子模块到父仓库中记录的提交。
git submodule update --recursive --remote 用于将子模块更新到其远程仓库的最新状态，但不会在父仓库中记录这些更新。

Follow 初体验

shenweiyan — Tue, 29 Oct 2024 00:00:00 +0000

在 2024 年国庆前后的这一段时间，Follow 的这个号称 Next-Gen Information Browser 的 RSS 阅读器在各大平台相当的火，各种疯抢激活码的帖子也是起此彼伏。直到 10 月 24，开始公测，上去体验了一下，发现也就跟其它 RSS 软件没啥太大区别，并没有说的那么玄乎。

卡顿¶

有人提到的公测遇到的第一个问题 “卡”，加载缓慢。这个问题，我也感受到了，我一直用的 Web 版本，刚开始的时候的确不够流畅。有人说这跟代理工具和节点有关，通过更换工具和节点解决。

解析异常¶

一个 RSS 最核心的还是要能订阅并正常获取并解析订阅源的内容。这一点 Follow 给我的感觉不好。在订阅袁凡老师的博客，就出现了无法正常解析。

同样的订阅，在 QiReader 上却表现很好。

列表赚钱¶

之前为什么水军这么多到处发订阅列表，今天用了下才知道原来 RSS 列表真的可以赚钱。第一次见到这种创新，和之前的饥饿营销绝配了。然而阅读器本身做得不怎样。

很同意这个评论，对于这一种赚钱方式，的确第一次见到。

其他看法¶

在细节处理，希望这一款 Next-Gen Information Browser 继续打磨。

hisat2-build RAM 不足

shenweiyan — Wed, 23 Oct 2024 00:00:00 +0000

在 96G RAM 的节点跑 T2T-CHM13v2.0 的 HISAT2 index 时候，发现任务居然被系统 Killed 掉了。

排查一下才发现是因为 RAM 内存不够！

Note: If you use –snp, –ss, and/or –exon, hisat2-build will need about 200 GB RAM for the human genome size as index building involves a graph construction. Otherwise, you will be able to build an index on your desktop with 8GB RAM.

From hisat2-build manual with usage examples | BioQueue Encyclopedia

Galaxy 平台 release_24.x 升级之路

shenweiyan — Fri, 18 Oct 2024 00:00:00 +0000

2024-10-182026-03-05

记录一下 Galaxy 分析平台从 release_20.09 升级到 release_24.0，横跨九个发布版本的升级之路。

为什么要升级¶

很主要的一个原因是随着新技术的更新，旧版本的使用可能会存在一些安全隐患，尤其对于提供互联网公开访问的平台。新版本的升级有助于捕获并应用所有先前的安全更新，以确保平台的安全性。

版本选择¶

最开始选择的是 release_24.1 版本，但好不容易安装完成后才发现，这个新版本中增加了一个常规途径下无法隐藏的 Activity Bar Interface，一时间无法忍受。

第二个原因是，后台 PostgreSQL 数据库的升级遇到了 function gen_random_uuid() does not exist 异常，一下子没法解决也不想去升级 PostgreSQL 版本。

所以，最终选择了从 release_20.09 升级到次新的 release_24.0 版本方案。

安装系统环境¶

这里以 release_24.1 作为示例，该环境要求同样适用于 release_24.0。

Galaxy release_24.1 默认安装 node-v18.12.1，参考：run.sh → ./scripts/common_startup_functions.sh → ./scripts/common_startup.sh → nodeenv -n "$NODE_VERSION" -p 的安装代码。

node-v18.12.1 下载地址：https://nodejs.org/download/release/v18.12.1/

node-v18.12.1 要求 g++ 8.3.0 or clang++ 8.0.0：

可以通过安装 Devtoolset 的方式解决：

手动调整 CentOS 7 的 SCL YUM 源（也可以 yum 安装），注意变更 baseurl 为阿里云或者其他的源链接。

# 会默认在 /etc/yum.repos.d 下生成 2 个 repo 源文件
# CentOS-SCLo-scl.repo
# CentOS-SCLo-scl-rh.repo
yum install centos-release-scl centos-release-scl-rh

更新 yum 源的缓存。

cd /etc/yum.repos.d
yum clean all
yum makecache

安装 scl-utils，scl-utils 是管理 SCL (Software Collection) 环境设置和运行软件的一套软件工具。
```
yum install scl-utils
```
安装 devtoolset-9。
```
yum install devtoolset-9
```
激活 devtoolset-9。
```
source /opt/rh/devtoolset-9/enable
```

Python 环境¶

Galaxy 要求 Python >= 3.8，node-v18.12.1 要求 3.6<=Python<=3.10，这里选择 Python-3.9.18，安装如下。

wget https://www.python.org/ftp/python/3.9.18/Python-3.9.18.tgz
tar zvxf Python-3.9.18.tgz
cd Python-3.9.18
$enabledevtoolset9
export TCLTK_LIBS="-L/home/shenweiyan/software/tcltK-8.5.19/lib -ltcl8.5 -ltk8.5"
export TCLTK_CFLAGS="-I/home/shenweiyan/software/tcltK-8.5.19/include"
./configure --enable-optimizations --prefix=/home/shenweiyan/software/python-3.9.18 --with-openssl=/home/shenweiyan/software/openssl-1.1.1/ --with-tcltk-includes="-I/home/shenweiyan/software/tcltK-8.5.19/include" --with-tcltk-libs="-L/home/shenweiyan/software/tcltK-8.5.19/lib -ltcl8.5 -ltk8.5" 
make -j 4
make install

Python-3.9.18 安装完成后，避免 ssl 模块无法正常 import 使用，需要在环境中增加以下设置。

export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/openssl-1.1.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH

Node 环境¶

Galaxy 的 sh run.sh 默认通过 ssl 的方式安装已经提前编译好的 node-v18.12.1-linux-x64.tar.gz（直接解压即可使用），对于系统版本比较低的服务器（如 CentOS 7）会存在 GLIBC 异常，因此需要调整为 ignore_ssl_certs 的下载方式 + source 源码安装的方式安装 node-v18.12.1。

所以，最终的方法为调整 ./scripts/common_startup.sh 中 nodeenv -n "$NODE_VERSION" -p 的安装代码如下：

nodeenv -n "$NODE_VERSION" -p --source --ignore_ssl_certs --jobs=1

node-v18.12.1 下载地址：https://nodejs.org/download/release/v18.12.1/。

由于编译非常耗时（4核8G 的服务器编译了 1 个小时左右），且对 Python 版本有要求，建议手动安装，具体安装步骤如下。

shenweiyan@centos-vm-7 10:30:34 /home/shenweiyan/src/node-v18.12.1
$ ./configure --prefix=/home/shenweiyan/software/node-v18.12.1
Node.js configure: Found Python 3.11.6...
Please use python3.10 or python3.9 or python3.8 or python3.7 or python3.6.

$ wget https://nodejs.org/download/release/v18.12.1/node-v18.12.1.tar.gz
$ tar zvxf node-v18.12.1.tar.gz
$ cd node-v18.12.1
$ source /opt/rh/devtoolset-9/enable
$ ./configure --prefix=/home/shenweiyan/software/node-v18.12.1
Node.js configure: Found Python 3.9.18...
INFO: configure completed successfully
$ make -j 4
$ make install

Yarn 环境¶

注意要先设置 npm 的路径，如果有多个版本的 npm，会因为版本混乱导致语法异常。

export PATH=/home/shenweiyan/software/node-v18.12.1/bin:$PATH
/home/shenweiyan/software/node-v18.12.1/bin/npm install --global yarn

pip 源¶

Galaxy 在安装 requirements.txt 的时候默认使用下面两个源：

对于国内服务器，可以考虑更换为阿里云或者清华大学的 pip 源。可以：

在 scripts/common_startup.sh 中修改：

: ${PYPI_INDEX_URL:="https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/"}

在 requirements.txt 头部增加：

-i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
--extra-index-url https://wheels.galaxyproject.org/simple

数据库升级¶

这是本次 Galaxy 核心版本升级时候遇到的最大问题。

由于 Galaxy 在 release_21.05 新增加了一个 history_audit 数据表，release_20.09 的数据库直接执行 sh manage_db.sh upgrade 升级的时候 history_audit 数据表并不会一并创建和更新，因此最终导致在 Galaxy 服务启动的时候发生错误。

这应该是数据库升级时候的一个bug，经过摸索发现，目前可以参考下面的文章，通过分步升级的方式解决。

https://mp.weixin.qq.com/s/arRZ-3mMrpUIsXYuqg4sGQ

以上解决方法，参考：galaxyproject/galaxy #19016

总结¶

更新后的 release_24.0 界面看起来比旧版本要更加清爽舒服一些，各个页面的汉化功能也有所改善，新增的 Notifications 功能也挺不错，总之升级之后各个方面还是挺满意的，其他细节和功能还在体验中。

上下班听广播

shenweiyan — Sun, 29 Sep 2024 00:00:00 +0000

自从切换了电动车的通勤方式，同时就打开了广播的大门。

符合自己兴趣的电台不好找，尤其是下午下班的这段时间。

珠江第一线¶

珠江第一线，朝朝陪你饮早茶！

早上的选择中个人尤其喜欢珠江经济台的《珠江第一线》，它的播出时间是周一到周五的 07:30-09:00，是珠江经济台重点打造的一档粤语民生新闻名牌节目，李嘉、淼钧、郑达等一众名嘴的组合，加上独具的广府文化韵味，针砭时弊，作风硬朗，嬉笑怒骂，亦庄亦谐，让人在上班的路上更加放松。

《珠江第一线》开播之时，就在广东广播界率先提出“打造听众上班路上的新闻资讯大餐”的口号。节目立足民生视觉，着重在内容碎片化上下功夫，让海量资讯更有层次感，更适合伴随性收听的人群；另外增加生活化话题、软性资讯，讲老百姓身边的故事，塑造老百姓“贴心老友”节目品牌形象；同时强化新闻时评的针对性，聘请最强广播评论专家团队，与市民评论员联袂，每天对社会热点话题进行精辟点评；节目主持人也一改传统的新闻节目播报方式，使用个性化的“说新闻”，节目过程还不时插播上班路上的交通、天气状况，使节目更接地气，更具亲和力。

放工路上¶

下班时间段的选择，要说十分喜欢的节目目前没找到，虽然会听同样是珠江经济台的《珠江晚高峰》，但找不到《珠江第一线》的舒适感。

All in one

shenweiyan — Tue, 24 Sep 2024 00:00:00 +0000

写笔记，做表格的很多时候，总有一个 All in one 的魔咒在脑海挥之不去，以前用语雀就想当然 All in yuque，后来又想着 All in GitHub，但现实终究是现实。

没有十全十美的平台，语雀就没有邮箱、日历之类的功能；小记也没有浮墨笔记那么好用。

GitHub 虽好，但始终有一堵长城横亘在前面，时时刻刻提醒着你小心翼翼。

现在的飞书，各种功能都很齐全，但是不能实时查看文档的 Markdown，自己也没有能力去造这样一个轮子。有很多的时候，都有一个 All in feishu 的魔咒的诱惑着我，但又一次一次被它的木桶理论劝退。

知识的沉淀，对于承受的载体没有什么是可以从一而终一成不变的，很多东西虽然分散，但也印证了不要把所有的鸡蛋放进一个篮子。逐渐的，我用上了飞书国际版的邮箱，我用上了语雀（小记/知识库）来记录我的一些碎片想法和文字，最终还是选择 GitHub 来记录这一切。

不得不说，GitHub 真是个码字的好地方。

GCC 版本不一致导致的 R magick 包安装错误

shenweiyan — Tue, 10 Sep 2024 00:00:00 +0000

在安装 Y 叔的 yyplot 时候，发现 magick 依赖包安装的时候的一些棘手问题，特此记录一下。

R-4.0.3 安装¶

> library(remotes)
> remotes::install_github("GuangchuangYu/yyplot")
...
* installing *source* package ‘magick’ ...
** package ‘magick’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
Package Magick++ was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `Magick++.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'Magick++' found
Using PKG_CFLAGS=
Using PKG_LIBS=-lMagick++-6.Q16 -lMagickWand-6.Q16 -lMagickCore-6.Q16
--------------------------- [ANTICONF] --------------------------------
Configuration failed to find the Magick++ library. Try installing:
 - deb: libmagick++-dev (Debian, Ubuntu)
 - rpm: ImageMagick-c++-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 - brew: imagemagick or imagemagick@6 (MacOS)
If Magick++ is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a Magick++.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
-------------------------- [ERROR MESSAGE] ---------------------------
<stdin>:1:22: fatal error: Magick++.h: No such file or directory
compilation terminated.
--------------------------------------------------------------------
ERROR: configuration failed for package ‘magick’
* removing ‘/home/shenweiyan/software/R/R-4.0.3/lib64/R/library/magick’
Error: Failed to install 'yyplot' from GitHub:
  (converted from warning) installation of package ‘magick’ had non-zero exit status
> quit()
Save workspace image? [y/n/c]: n

仅在 Bash 环境配置了 PATH 和 PKG_CONFIG_PATH 是不够的，安装过程会提示动态库的问题。

# export PATH=/home/shenweiyan/software/ImageMagick-7.0.10/bin:$PATH
# export PKG_CONFIG_PATH=/home/shenweiyan/software/ImageMagick-7.0.10/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH

> library(remotes)
> remotes::install_github("GuangchuangYu/yyplot")
...
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
Error: package or namespace load failed for ‘magick’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/home/shenweiyan/software/R/R-4.0.3/lib64/R/library/00LOCK-magick/00new/magick/libs/magick.so':
  libMagick++-7.Q16HDRI.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/home/shenweiyan/software/R/R-4.0.3/lib64/R/library/magick’
Error: Failed to install 'yyplot' from GitHub:
  (converted from warning) installation of package ‘magick’ had non-zero exit status
> quit()
Save workspace image? [y/n/c]: n

最终解决方案：

手动安装 ggimage_0.3.1。

pkg <- 'http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggimage/ggimage_0.3.1.tar.gz'
install.packages(pkg, repos=NULL, type="source")

配置必要环境。

export PATH=/home/shenweiyan/software/ImageMagick-7.0.10/bin:$PATH
export PKG_CONFIG_PATH=/home/shenweiyan/software/ImageMagick-7.0.10/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/ImageMagick-7.0.10/lib:$LD_LIBRARY_PATH

安装。根据提示，先安装缺失的 meme 包，然后再安装 yyplot。

> library(remotes)
> options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
> install.packages('meme')
> remotes::install_github("GuangchuangYu/yyplot")

R-4.3.0 安装¶

R-4.3.0 安装 magick_2.8.4 会出现 ropensci/magick#166 的问题。根据 ropensci/magick#166#issuecomment-457875591 的描述，编译 ImageMagick 的 gcc 需要跟编译 R 的 gcc 保持版本一致。

重新编译安装 ImageMagick

wget https://download.imagemagick.org/archive/releases/ImageMagick-7.0.10-24.tar.xz
extract ImageMagick-7.0.10-24.tar.xz
cd ImageMagick-7.0.10-24
./configure CC=/home/shenweiyan/software/gcc-7.3.0/bin/gcc CXX=/home/shenweiyan/software/gcc-7.3.0/bin/g++ --prefix=/home/shenweiyan/software/ImageMagick-7.0.10-24
make 
make install

安装 magick 包

# export PATH=/home/shenweiyan/software/ImageMagick-7.0.10-24/bin:$PATH
# export PKG_CONFIG_PATH=/home/shenweiyan/software/ImageMagick-7.0.10-24/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
# export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/ImageMagick-7.0.10-24/lib:$LD_LIBRARY_PATH
/home/shenweiyan/software/R/R-4.3.0/bin/R
> options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
> install.packages('magick')
...

根据提示，先安装缺失的 meme 包，然后再安装 yyplot。

> library(remotes)
> options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
> install.packages('meme')
> remotes::install_github("GuangchuangYu/yyplot")

Linux 下 PostgreSQL 源码编译安装

shenweiyan — Tue, 03 Sep 2024 00:00:00 +0000

PostgreSQL 是一个功能强大的开源对象关系数据库管理系统(ORDBMS)，它从伯克利写的 POSTGRES 软件包发展而来（1995 年几个 UCB 的学生为 Post-Ingres 开发了 SQL 的接口，正式发布了 PostgreSQL95，随后一步步在开源社区中成长起来），经过十几年的发展， PostgreSQL 已经成为世界上发展最快最受欢迎的数据库系统之一。

本文章主要介绍在 CentOS 下源码编码安装 PostgreSQL-10.0 的一些简单步骤，以供参考。

1. 新增用户组及用户¶

PostgreSQL 默认是通过 postgres:postgres 来启动和使用的，因此在安装 PostgreSQL 前需要先创建 postgres 用户组及 postgres 用户。

# 在root权限下进行
groupadd postgres                    # 添加postgres用户组
useradd postgres -g postgres         # 添加postgres用户
passwd postgres                      # 设置postgres用户密码

2. 安装¶

$ wget https://ftp.postgresql.org/pub/source/v10.0/postgresql-10.0.tar.gz
$ tar zvxf postgresql-10.0.tar.gz
$ cd postgresql-10.0
$ ./configure --prefix=/data/softwares/pgsql
$ make
$ make install

解决依赖：

FAQ1：configure: error: readline library not found
$ yum install readline-devel

FAQ2：configure: error: zlib library not found
$ yum install zlib-devel

3. 启动¶

＃ 新建数据库数据文件目录
$ mkdir /data/softwares/pgsql/data

# 新建数据库 log 文件目录
$ mkdir /data/softwares/pgsql/log

# 修改目录拥有者
$ chown postgres:postgres /data/softwares/pgsql/data -R
$ chown postgres:postgres /data/softwares/pgsql/log -R

# 执行数据库初始化脚本
$ su postgres
$ /data/softwares/pgsql/bin/initdb --encoding=utf8 -D /data/softwares/pgsql/data

# 启动 PostgreSQL 服务
$ /data/softwares/pgsql/bin/pg_ctl -D /data/softwares/pgsql/data -l /data/softwares/pgsql/log/postgresql.log start    #postgres 用户下执行

# 登录 PostgreSQL 数据库
$ psql

4. 重启¶

$ su postgres
$ /data/softwares/pgsql/bin/pg_ctl -D /data/softwares/pgsql/data -l /data/softwares/pgsql/log/postgresql.log restart

5. 设置开机启动¶

解压后的 postgresql-x.x.x 下提供了基于 freebsd、linux、osx 3 个系统的 postgresql 启动命令。

1）对于通过源码自定义安装的 pgsql，需要修改相关启动脚本：

$ cd postgresql-10.0/postgresql-10.0/contrib/start-scripts
$ vi linux
......
......
# Installation prefix
prefix=/data/softwares/pgsql

# Data directory
PGDATA="/data/softwares/pgsql/data"

# Who to run the postmaster as, usually "postgres".  (NOT "root")
PGUSER=postgres

# Where to keep a log file
PGLOG="$PGDATA/serverlog"
......
......

2）设置数据库开机启动：

$ cp /data/softwares/source/postgresql-10.0/postgresql-10.0/contrib/start-scripts/linux /etc/init.d/postgresql

# 添加执行权限
$ chmod a+x /etc/init.d/postgresql

# 添加至开机启动
$ chkconfig --add postgresql
$ chkconfig postgresql on

3）查看 postgresql 状态

$ service postgresql status
pg_ctl: server is running (PID: 32586)
/data/softwares/pgsql/bin/postgres "-D" "/data/softwares/pgsql/data"

6. 禁止管理员空密码登录¶

在 PostgreSQL 中，如果你想禁止管理员（通常是 postgres 用户）使用空密码登录（正常情况下 postgres 用户可以直接使用 psql 命令直接登录 PostgreSQL），你可以通过修改 pg_hba.conf 文件来实现。

第一步，找到你的 pg_hba.conf 文件。这个文件通常位于 PostgreSQL 的数据目录中，例如 /var/lib/pgsql/data 或 /etc/postgresql/<version>/main。

第二步，修改 pg_hba.conf 文件，将管理员的登录方式从 trust 更改为 md5 或 password。这意味着所有连接，包括 postgres 用户的，都需要提供密码。

例如，将以下行：

local   all             postgres                                trust

修改为：

local   all             postgres                                md5

第三步，重新加载或重启 PostgreSQL 服务以应用更改。

重新加载配置的命令通常是：

pg_ctl reload

或者重启服务：

systemctl restart postgresql

或者在不同的系统中可能是：

service postgresql restart

完成这些步骤后，postgres 用户将不能再使用空密码登录数据库。其他用户如果想登录数据库，也需要提供密码。

R 包安装指定 GCC 和 G++ 并开启 C++11 支持

shenweiyan — Fri, 30 Aug 2024 00:00:00 +0000

如果你的 R 是使用比较低版本的 GCC（如 Red Hat 6.5 + GCC/G++ 4.4.7），但安装的 R 包需要开启 C++11 支持，或者需要更高版本的 GCC 和 G++，可以参考一下这个方法。

首先，在 home 目录创建一个 ~/.R/Makevars 文件。

mkdir ~/.R
vi ~/.R/Makevars

然后，在 Makevars 文件中加入以下内容。

CXX11 = /opt/rh/devtoolset-7/root/usr/bin/g++ -std=c++11 -fPIC
CXX14 = /opt/rh/devtoolset-7/root/usr/bin/g++
CXX14FLAGS = -g -O2 $(LTO)
CXX14PICFLAGS = -fpic
CXX14STD = -std=gnu++14

最后，重新打开 R，执行对应包安装。

options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
install.packages("gridtext")

参考资料：

ERROR: compilation failed for package ‘gridtext’ - wilkelab/gridtext#7

诛仙

shenweiyan — Tue, 20 Aug 2024 00:00:00 +0000

闲来看剧，无意中在腾讯视频看了几集《诛仙》动漫，虽然个别人物在建模还不算特别满意，但总体还是很不错，而且冲着对原著的高度还原，瞬间有种入坑不能自拔的感觉。

第一次接触诛仙小说应该也是十几年前的事情，高一高二一度沉迷网络小说，一发不可收拾，断断续续的看了不少。惊叹于作者对于诛仙世界架构和故事逻辑，主副线也很完整，人物鲜活丰满，而且文笔也不错。最引人瞩目的当属主人公的感情纠葛，碧瑶的虽死不悔的爱，陆雪琪的温婉素雅和为了张小凡的付出都是让那时的我特别特别感动的，从当时来说，诛仙确实是非常可以带给人一种震撼的感觉的。

如今从动漫入局，又把原小说看了一遍，梦回青春年少的仙侠错觉，总有种说不清道不明的神奇滋味。

解决 GitHub 提交次数多导致仓库体积过大的问题

shenweiyan — Mon, 12 Aug 2024 00:00:00 +0000

提交代码要控制节奏，不能随心所欲，尤其是团队协作开发；如果发现 .git 目录太大，推荐使用 Git LFS 来管理大文件。

参考以下几篇文章的解决方案：

完全重建版本库¶

$ rm -rf .git
$ git config --global init.defaultBranch main
$ git init
$ git add --all
$ git commit -m "Initial commit"
$ git remote add origin https://<github_token>@github.com/shenweiyan/Digital-Garden.git
$ git push -f -u origin main

巴黎奥运

shenweiyan — Mon, 29 Jul 2024 00:00:00 +0000

2024 年的巴黎奥运会各项比赛正在如火如荼进行，但是在个人感官上，这一届的奥运会热度好像有点低。

对于开幕式，有两点切身的感受比较深刻。一个是时间定于 7 月 27 日（星期六）凌晨，第二个是可以在电影院观看 2024 年巴黎奥运会开幕式直播。这些信息基于都是来源于自己在上班路上的听广播习惯，广州可进行奥运会开幕式观影预约的影院仅有 4 家，但需要达到最低拼场人数才可 “开团”！

作为史上第一次把开幕式放在室外搞，也是首次摈弃以往步行进入体育场的传统，让运动员乘船沿着巴黎的”主干道” ——塞纳河前进。这届奥运会的确有点别出心裁。个人对于开幕式并没有什么特别值得期待的，也就事后通过各种短视频看了一下中国代表团出场、点燃圣火，以及其他零零散散的一些画面，感觉相比上一届的日本奥运会，巴黎奥运会给人印象更加深刻，文化底蕴、开放性、包容性都很不错，但也不可否认开幕式过后的各种两极分化评论，这的确也是争议性相当大的异常奥运会。

奥运会最大的看点还是比赛。作为四年难得一遇的体育盛宴，各项赛程都很吸引人。

个人最大的期待，还是在于羽毛球，小组赛的赛程也追了很多场，接下来依旧值得期待。跳水、游泳、排球、篮球，时间允许下肯定也是不能错过的。

记录一下那些自己看过的一些赛事，为这个夏天的运动健儿们加油。

7 月 28 - 19:30 - 周日篮球 | 女子小组赛 - A组(1)：西班牙（90） VS 中国（89）
没顶住！女篮首战憾负西班牙！
7 月 29 - 21:40 - 周一羽毛球 | 男子双打小组赛 - D组(5)：丹麦（2） VS 中国（0）
7 月 30 - 20:30 - 周二乒乓球 | 混合双打金牌赛：中国（4） VS 朝鲜（2）
乒乓球中国的首个奥运混双金牌！终于到手！
7 月 30 - 21:40 - 周二羽毛球 | 男子双打小组赛 - D组(8)：中国（2） VS 日本（0）
保木卓朗/小林优吾 vs 欧烜屹/刘雨辰，图欧组合终于赢了，不容易。
7 月 31 - 19:30 - 周三篮球 | 女子小组赛 - A组(4)：塞尔维亚（81） VS 中国（59）
两连败！中国女篮22分惨负塞尔维亚，看的揪心，后面两节完全被碾压！
8 月 1 - 19:00 - 周四羽毛球 | 男子双打1/4决赛(2)：中国（2） VS 印尼（0）
梁王（梁伟铿/王昶） 2 比 0 胜双阿（阿尔菲安/阿迪安托），晋级巴黎奥运会 4 强！
8 月 1 - 21:20 - 周四羽毛球 | 男子单打16强赛(5)：中国（0） VS 新加坡（2）
李诗沣 0 比 2 不敌骆建佑，脑子不够叠加勇气不够，战术执行不起来，输得不冤。。。
8 月 2 - 22:10 - 周五羽毛球 | 混合双打金牌赛：中国（2）VS 韩国（0）
雅思组合（黄雅琼/郑思维）2:0 胜韩国金银组合（金元昊/郑那银），成就大满贯，圆梦巴黎！这场决赛不得不说，郑思维状态是真的好，打疯了！
8 月 3 - 00:45 - 周六羽毛球 | 男子单打1/4决赛(2)
爆冷，石宇奇 0-2 昆拉武特·威提讪，无缘羽毛球男单四强。第一次熬夜看的比赛，石头状态不好，战术上完全被压制，真的破防了！
8 月 3 - 22:10 - 周六羽毛球 | 女子双打金牌赛：中国（2）VS 中国（0）
凡尘组合（陈清晨/贾一凡）2:0 圣坛组合（谭宁/刘圣书），正如赛后她们身披国旗大喊 “中国女双第一”！
8 月 4 - 20:30 - 周日乒乓球 | 男子单打金牌赛
4-1！樊振东击败莫雷加德勇夺男单冠军，成国乒第11位大满贯得主！
8 月 4 - 22:30 - 周日羽毛球 | 男子双打金牌赛
梁王组合（王昶/梁伟铿）1-2 惜败羚羊组合（李洋/王齐麟），遗憾摘银。接发球失误太多，加上随意挑战，顶着夺冠压力和政治压力打到决胜局的 19-21，也算尽力了！

寒冬将至

shenweiyan — Mon, 15 Jul 2024 00:00:00 +0000

经济不景气，就像一股寒风，吹得人心颤颤，市场更是进入严冬，就业、消费和投资都变得如履薄冰。

从最近身边的很多人身上，由于大环境不景气带来的裁员比比皆是，IVD 行业、生信行业订单以肉眼可见的速度越来越少，小公司首先扛不住开启裁员，大公司从考核到绩效各种手段轮番上阵。

好一点的公司 N+1 赔偿，但凤毛麟角；次一点的公司礼仪性的赔偿 1、2 个月的工资；更多的是领完当月工资走人；更有甚者，老板跑路，变相裁人的 ......

裁人失业年年有，今年的暴风雨可能会更加猛烈些。铁打的营盘，流水的兵，除了比比谁更卷，还是要多思考一下自身的选择和规划。

晒桌面

shenweiyan — Mon, 08 Jul 2024 00:00:00 +0000

文艺男青年对于烟火气息的干净整洁桌面总有一种迷之吸引，热衷于各种晒桌面带来的解压感，其中的细节让我觉得这才是生活应该有的部分，尤其在这样的桌面上摆上各种我喜欢的影音娱乐设备，更能点亮我的生活。

Python 陷阱之 strip、lstrip、rstrip 可以删除比预期更多的内容

shenweiyan — Wed, 03 Jul 2024 00:00:00 +0000

本文章内容来源于《Python Gotcha: strip, lstrip, rstrip can remove more than expected》，由作者翻译，仅供个人学习使用，如有内容侵犯了你的权益，请联系管理员删除相关内容。

介绍¶

作为一名软件工程师，你处理过不少脏字符串。删除用户输入中的前导或尾随空格可能是最常见的工作之一。

在 Python 中，这是通过 .strip() 、 .lstrip() 或 .rstrip() 函数完成的，通常如下所示：

>>> "     Andrew Wegner     ".lower().strip()
'andrew wegner'
>>> "     Andrew Wegner     ".lower().lstrip()
'andrew wegner     '
>>> "     Andrew Wegner     ".lower().rstrip()
'     andrew wegner'

这非常简单，并且没有什么意外的事情发生。

陷阱¶

陷阱在于，这些函数中的每一个都可以接受一个要删除的字符列表。

>>> "Andrew Wegner".lower().rstrip(" wegner")
'and'

发生了什么？为什么结果不只是：

'andrew'

解释¶

再次仔细阅读文档中的这行说明：

A list of characters

不是字符串列表 (Not a list of strings.)。

str.rstrip([chars])

Return a copy of the string with trailing characters removed. The chars argument is a string specifying the set of characters to be removed. If omitted or None, the chars argument defaults to removing whitespace. The chars argument is not a suffix; rather, all combinations of its values are stripped.

From Built-in Types — Python 3.12.4 documentation

文档中已经明确并举例说明了这一行为及其含义。然而，对于新开发者来说，这是出乎意料的行为。毕竟，这些函数看起来都很直观。

我的示例执行以下操作： - 接收要删除的字符列表。在本例中，删除的字符是我姓氏中的所有字母，加上空格： wegner。 - 将输入字符串中的所有字母都转成小写，结果为 andrew wegner。 - 从字符串的右侧开始，删除输入列表中的字符。遇到列表中不存在的字符时停止。在本例中，这意味着从右到左删除了 rengew wer，然后遇到 andrew 中的 d ， rstrip 函数停止。 - 返回剩余的字符串 and。

解决方法¶

Python 有两个可以正确删除字符串的函数 - .removesuffix() 和 .removeprefix() 分别用于删除右侧和左侧的字符串。

>>> "Andrew Wegner".lower().removesuffix(" wegner")
'andrew'

这两个函数是作为 PEP-616 的一部分在 Python 3.9 中引入的。该 PEP 明确指出了用户对 *strip() 函数及其行为方式的困惑。引入这两个函数是为了实现所需的行为。

需要注意的是，这两个 remove* 函数最多只会删除字符串的一个实例。

>>> "Andrew Wegner Wegner".lower().removesuffix(" wegner")
'andrew wegner'

手机

shenweiyan — Tue, 25 Jun 2024 00:00:00 +0000

手机对大部分人来说，现在更像是一个外置的私密部位：能随意触碰的人只有自己，伴侣想碰也得防着，只有万不得已的时候，才能交到专业人士手上（指修手机的）。

最舒服的字号和字体大小

shenweiyan — Tue, 18 Jun 2024 00:00:00 +0000

最舒服的字号目前没有确切的定论，默认的微软雅黑还能接受。但是在字体大小这一块，个人对小字体情有独钟。

在手机端一直都会把系统(或者是常用 APP)的字体设置为最小，很重要的一个原因就是能在一页上容纳更多的信息，排版布局看起来更加舒服。在知乎看到有人说喜欢用小字体的人，其性格可能会相对内向，日常生活中并不是特别外向开放的人，或许也有一定的道理。

浏览器端最常用的 Google Chrome 和备用的 Edge 用的也是 14px 的字体大小。

生活的后花园

shenweiyan — Wed, 12 Jun 2024 00:00:00 +0000

年纪越大，越期待短暂的一些独处时光，安静且惬意。

不知道大家的后花园都是什么，在 V2EX 看到，对有些人来说，备菜+做饭的一个小时，不接收外界信息，完全沉浸在只有自己的世界里，是他近几年找到了最好的放松方式了。对我自己可能就在于游戏+看电影，但是能有这样时间的机会确实不多。

看到有人说家里玩游戏会有压力，这一点是同意的，尤其有了娃以后，放空自己的机会就更少了。所以，建立自己的精神后花园，去运运动其实也是一个不错的选择。

使用 Python 的 argparse 构建命令行界面

shenweiyan — Thu, 06 Jun 2024 00:00:00 +0000

原文：Build Command-Line Interfaces With Python’s argparse

命令行应用在普通用户空间中可能并不常见，但它们存在于开发、数据科学、系统管理和许多其他操作中。每个命令行应用都需要一个用户友好的命令行界面（CLI），以便你可以与应用本身进行交互。在 Python 中，您可以使用标准库中的 argparse 模块创建功能齐全的 CLI。

在本文中，你将了解如何：

命令行界面入门；
在 Python 中组织和布局命令行应用项目；
使用 Python argparse 创建命令行界面（command-line interfaces）；
使用 argparse 一些强大的功能深度自定义您的 CLI；

若要充分利用本教程，应熟悉 Python 编程，包括面向对象编程、脚本开发和执行以及 Python 包和模块等概念。如果您熟悉与使用命令行或终端相关的一般概念和主题，这也将很有帮助。

了解命令行界面¶

自从计算机发明以来，人类一直需要并找到与这些机器交互和共享信息的方法。信息交换在人、计算机软件和硬件组件之间流动。其中任意两个元素之间的共享边界通常称为接口(interface)。

在软件开发中，接口是给定软件的特殊部分，它允许计算机系统组件之间的交互。当涉及到人机交互和软件交互时，这个重要的组件被称为用户界面（user interface）。

您会在编程中找到不同类型的用户界面。图形用户界面（GUI）可能是当今最常见的。但是，您还可以找到为其用户提供命令行界面（CLI）的应用和程序。在本教程中，你将了解 CLI 以及如何在 Python 中创建它们。

命令行界面（CLI）¶

命令行界面允许您通过操作系统命令行、终端或控制台与应用程序或程序进行交互。

要了解命令行界面及其工作原理，请考虑此实际示例。假设您有一个名为 sample 包含三个示例文件的目录。如果您使用的是类 Unix 操作系统，例如 Linux 或 macOS，请继续在父目录中打开命令行窗口或终端，然后执行以下命令：

$ ls sample/
hello.txt     lorem.md      realpython.md

Unix 的 ls 命令列出目标目录中包含的文件和子目录，该目录默认为当前工作目录。上面的命令调用没有显示有关的内容 sample 的太多信息。它只在屏幕上显示文件名。

假设你想要获取有关目录及其内容的更丰富信息，那么你不需要寻找其他程序，因为 ls 命令有一个功能齐全的命令行界面，并且提供了一组有用的选项，可以用来定制命令的行为。

例如，继续执行带有 -l 选项的 ls 命令：

$ ls -l sample/
total 24
-rw-r--r--@ 1 user  staff    83 Aug 17 22:15 hello.txt
-rw-r--r--@ 1 user  staff  2609 Aug 17 22:15 lorem.md
-rw-r--r--@ 1 user  staff   428 Aug 17 22:15 realpython.md

现在，ls 命令的输出完全不同了。该命令显示了有关 sample 目录中文件的更多信息，包括权限、所有者、组、日期和大小。它还显示了这些文件在你计算机磁盘上使用的总空间。

这种更丰富的输出结果是由于使用了 -l 选项，这是 Unix ls 命令行界面的一部分，它启用了详细的输出格式。

命令、参数、选项、参数和子命令¶

在本教程中，您将深入了解命令(commands)及其子命令(subcommands)，同时还会学习到命令行参数(command-line arguments)、选项(options)和参数(parameters)的相关知识。因此，建议您将这些术语纳入您的技术词汇库中。

命令(Command)：在命令行或终端窗口中运行的程序或例程。通常，您可以通过其背后的程序(underlying program)或例程(routine)的名称来识别一个命令。
参数(Argument)：命令在执行其预期操作时所需或可选的信息片段。命令通常接受一个或多个参数，您可以在命令行中以空格分隔或逗号分隔的列表形式提供这些参数。
选项(Option)，也称为 flag 或 switch：一种可选的参数，用于修改命令的行为。选项通过特定的名称（如前一个示例中的 -l）传递给命令。
参数(Parameter)：一个选项用于执行其预期操作或动作时所使用的参数。
子命令(Subcommand)**：一个预定义的名称，可以传递给应用程序来执行特定的操作。

参考上一节中的示例命令结构：

$ ls -l sample/

在这个例子中，您组合了命令行界面（CLI）的以下组件：

ls：命令的名称或应用的名称；
-l：启用详细输出的选项(option)、开关(switch)或标志(flag)；
sample：为命令执行提供附加信息的参数(argument)；

现在，让我们来看下面的命令结构，它展示了 Python 包管理器 pip 的命令行界面（CLI）：

$ pip install -r requirements.txt

这是一个常见的 pip 命令结构，您可能之前已经见过。它允许您使用 requirements.txt 文件来给指定的 Python 项目安装依赖项。在这个例子中，您使用了以下命令行界面（CLI）组件：

pip：命令的名称；
install：pip 的子命令(subcommand)名称；
-r：install 子命令的选项(option)；
requirements.txt：一个参数，特别是 -r 选项的参数。

现在您已经了解了命令行界面（CLI）是什么以及其主要部分或组件有哪些。接下来，是时候学习如何在 Python 中创建自己的 CLI 了。

Python 中的 CLI 入门¶

Python 附带了一些工具，这些工具可帮助您为程序和应用程序编写命令行界面（CLI）。若您需要快速为小型程序构建一个简洁的 CLI，那么可以利用 sys 模块中的 argv 属性。这个属性会自动存储您在命令行中传递给特定程序的参数。

使用 `sys.argv` 构建最小的 CLI¶

以使用 argv 创建最小命令行界面（CLI）为例，假设您需要编写一个小程序，该程序类似于 ls 命令，能够列出给定目录下的所有文件。在这种情况下，您可以编写如下代码：

# ls_argv.py

import sys
from pathlib import Path

if (args_count := len(sys.argv)) > 2:
    print(f"One argument expected, got {args_count - 1}")
    raise SystemExit(2)
elif args_count < 2:
    print("You must specify the target directory")
    raise SystemExit(2)

target_dir = Path(sys.argv[1])

if not target_dir.is_dir():
    print("The target directory doesn't exist")
    raise SystemExit(1)

for entry in target_dir.iterdir():
    print(entry.name)

该程序通过手动处理命令行提供的参数来实现了一个简单的命令行界面（CLI），这些参数会自动存储在 sys.argv 中。sys.argv 的第一个元素始终是程序名称，第二个元素则是目标目录。由于应用程序不应接受超过一个目标目录，因此 args_count 不得超过 2。

在检查 sys.argv 的内容后，您创建一个pathlib.Path对象来存储目标目录的路径。如果该目录不存在，您将通知用户并退出程序。接下来的for循环将列出目录内容，每行一个条目。

如果从命令行运行该脚本，您将得到以下结果：

$ python ls_argv.py sample/
hello.txt
lorem.md
realpython.md

$ python ls_argv.py
You must specify the target directory

$ python ls_argv.py sample/ other_dir/
One argument expected, got 2

$ python ls_argv.py non_existing/
The target directory doesn't exist

您的程序接受一个目录作为参数，并列出其内容。如果您运行命令时没有提供参数，您将收到一个错误消息。如果您运行命令时指定了超过一个目标目录，您同样会收到一个错误消息。如果尝试运行命令并指定一个不存在的目录，程序将输出另一个错误消息。

虽然您的程序运行正常，但对于更复杂的 CLI 应用程序来说，使用sys.argv属性手动解析命令行参数并不是一个可扩展的解决方案。如果您的应用需要接受更多的参数和选项，那么解析sys.argv将变得复杂且容易出错。您需要一个更好的解决方案，这就是 Python 中的argparse模块所提供的。

使用 `argparse` 创建 CLI¶

在 Python 中创建 CLI 应用程序的更便捷方法是使用标准库中的 argparse 模块。该模块首次在 Python 3.2 中随 PEP-389 一同发布，是快速创建 Python CLI 应用程序的利器，无需安装如 Typer 或 Click 这样的第三方库。

argparse 模块是作为较旧的 getopt 和 optparse 模块的替代品而发布的，因为它们缺乏一些重要的功能。

Python 的 argparse 模块允许您：

解析命令行参数(arguments)和选项(options)；
在一个单一选项中接受可变数量的参数(variable number of parameters)；
在 CLI 中提供子命令(subcommands)。

这些特性使 argparse 成为了一个强大的 CLI 框架，您在创建 CLI 应用程序时可以放心地依赖它。要使用 Python 的 argparse，您需要遵循以下四个简单的步骤：

导入 argparse；
通过实例化 ArgumentParser 创建参数解析器(argument parser)；
使用 .add_argument() 方法向解析器添加参数(arguments)和选项(options)；
在解析器上调用 .parse_args() 以获取参数 Namespace。

例如，您可以使用 argparse 来改进您的 ls_argv.py 脚本。现在，您可以创建一个名为 ls.py 的脚本，并编写以下代码：

# ls.py v1

import argparse
from pathlib import Path

parser = argparse.ArgumentParser()

parser.add_argument("path")

args = parser.parse_args()

target_dir = Path(args.path)

if not target_dir.exists():
    print("The target directory doesn't exist")
    raise SystemExit(1)

for entry in target_dir.iterdir():
    print(entry.name)

随着 argparse 的引入，您的代码发生了显著的变化。与之前的版本相比，最明显的不同是，用于检查用户提供的参数的条件语句已经消失了。这是因为 argparse 会自动为您检查参数的存在性。

在这个新的实现中，您首先导入 argparse 并创建一个参数解析器。要创建解析器，您可以使用 ArgumentParser 类。接下来，您定义一个名为 path 的参数，用于获取用户的目标目录。

接下来，您需要调用 .parse_args() 方法来解析输入参数，并获取一个包含所有用户参数的 Namespace 对象。请注意，现在 args 变量保存了一个 Namespace 对象，该对象具有从命令行收集的每个参数所对应的属性。

在这个例子中，您只有一个参数，名为 path。Namespace 对象允许您使用点表示法通过 args 来访问 path。其余的代码与第一个实现相同。

现在继续从命令行运行这个新脚本：

$ python ls.py sample/
lorem.md
realpython.md
hello.txt

$ python ls.py
usage: ls.py [-h] path
ls.py: error: the following arguments are required: path

$ python ls.py sample/ other_dir/
usage: ls.py [-h] path
ls.py: error: unrecognized arguments: other_dir/

$ python ls.py non_existing/
The target directory doesn't exist

第一个命令的输出与您的原始脚本 ls_argv.py 相同。而第二个命令的输出则与 ls_argv.py 中的输出大不相同。程序现在会显示一个使用说明消息，并发出错误提示，告诉您必须提供 path 参数。

在第三个命令中，您传递了两个目标目录，但应用程序并未为此做好准备。因此，它再次显示使用说明消息，并抛出一个错误，告知您潜在的问题。

最后，如果您运行脚本时传递了一个不存在的目录作为参数，那么您会收到一个错误，告知您目标目录不存在，因此程序无法执行其工作。

现在，您可以使用一个新的隐式特性。现在，您的程序接受一个可选的 -h 标志。不妨尝试一下：

$ python ls.py -h
usage: ls.py [-h] path

positional arguments:
  path

options:
  -h, --help  show this help message and exit

太棒了，现在您的程序会自动响应 -h 或 --help 标志，并为您显示带有使用说明的帮助消息。这真是一个很棒的特性，而且您只需在代码中引入 argparse 就能轻松获得！

经过这个快速介绍如何在 Python 中创建 CLI 应用后，您现在就可以深入研究 argparse 模块及其所有炫酷特性了。

使用 Python 的 argparse 创建 CLI¶

您可以使用 argparse 模块为您的应用程序和项目编写用户友好的命令行界面。该模块允许您定义应用程序所需的参数和选项。然后，argparse 将负责为您解析 sys.argv 的参数和选项。

argparse 的另一个酷炫特性是它可以自动为您的 CLI 应用程序生成使用说明和帮助消息。该模块还会在参数无效时发出错误提示，并具备更多功能。

在深入研究 argparse 之前，您需要知道该模块的文档可识别两种不同类型的命令行参数：

位置参数(Positional arguments)，您称为参数(arguments)；
可选参数(Optional arguments)，即选项(options)、标志(flags)或开关(switches)。

在 ls.py 的示例中，path 是一个位置参数(positional argument)。这样的参数之所以被称为位置参数，是因为它在命令构造中的相对位置定义了其作用。

与位置参数不同，可选参数(Optional arguments)并不是必需的。它们允许你修改命令的行为。以 Unix 命令 ls 为例，-l 标志就是一个可选参数，它使得命令以详细模式显示输出。

在明确了这些概念之后，你就可以着手使用 Python 和 argparse 库来构建自己的命令行界面（CLI）应用程序了。

创建命令行参数解析器¶

命令行参数解析器是任何使用 argparse 的命令行界面（CLI）中最为关键的部分。你在命令行上提供的所有参数和选项都会经过这个解析器的处理，它会为你完成繁重的解析工作。

要使用 argparse 创建命令行参数解析器，您需要实例化 ArgumentParser 类：

>>> from argparse import ArgumentParser

>>> parser = ArgumentParser()
>>> parser
ArgumentParser(
    prog='',
    usage=None,
    description=None,
    formatter_class=<class 'argparse.HelpFormatter'>,
    conflict_handler='error',
    add_help=True
)

ArgumentParser 的构造函数接受多种不同的参数，你可以利用这些参数来微调你的 CLI 的多个特性。由于所有这些参数都是可选的，因此你可以通过不传入任何参数直接实例化 ArgumentParser 来创建一个最基本的解析器。

在本教程中，你将会更深入地了解 ArgumentParser 构造函数的参数，特别是在定制你的参数解析器的部分。目前，你可以开始使用 argparse 创建 CLI 的下一步了。这一步就是通过解析器对象来添加参数和选项。

添加参数和选项¶

要为 argparse 的 CLI 添加参数和选项，你将使用 ArgumentParser 实例的 .add_argument() 方法。请注意，这个方法对参数和选项都是通用的。在 argparse 的术语中，参数被称为位置参数(positional arguments)，而选项被称为可选参数(optional arguments)。

.add_argument() 方法的第一个参数决定了参数和选项之间的区别。这个参数被标识为名称（name）或标志（flag）。因此，如果你提供一个 name，那么你将定义一个参数(argument)。相反，如果你使用一个 flag，那么你将添加一个选项(option)。

你已经在使用 argparse 时处理过命令行参数了。现在，考虑以下你自定义的 ls 命令的增强版本，它向 CLI 添加了一个 -l 选项：

# ls.py v2

import argparse
import datetime
from pathlib import Path

parser = argparse.ArgumentParser()

parser.add_argument("path")

parser.add_argument("-l", "--long", action="store_true")

args = parser.parse_args()

target_dir = Path(args.path)

if not target_dir.exists():
    print("The target directory doesn't exist")
    raise SystemExit(1)

def build_output(entry, long=False):
    if long:
        size = entry.stat().st_size
        date = datetime.datetime.fromtimestamp(
            entry.stat().st_mtime).strftime(
            "%b %d %H:%M:%S"
        )
        return f"{size:>6d} {date} {entry.name}"
    return entry.name

for entry in target_dir.iterdir():
    print(build_output(entry, long=args.long))

在这个例子中，第 11 行代码创建了一个带有 -l 和 --long 标志的选项。参数(arguments)和选项(options)在语法上的区别在于，选项名称以短横线 - 开头表示简写标志，以双短横线 -- 开头表示完整标志。

请注意，在这个特定例子中，与 -l 或 --long 选项一同设置了一个 action 参数为 "store_true"，这意味着这个选项将存储一个布尔值。如果你在命令行上提供了这个选项，那么它的值将为 True。如果你省略了这个选项，那么它的值将为 False。在 “设置 Option 背后的 Action” 部分内容中，你将了解更多关于 .add_argument() 中的 action 参数的信息。

在第 21 行的 build_output() 函数中，当 long 为 True 时，它会返回一个详细的输出，否则返回一个简短的输出。详细的输出将包含目标目录中所有条目的大小、修改日期和名称。它使用了诸如 Path.stat() 这样的工具，以及带有自定义字符串格式的 datetime.datetime 对象。

继续在 sample 上执行您的程序，以检查 -l 选项如何工作：

$ python ls.py -l sample/
  2609 Oct 28 14:07:04 lorem.md
   428 Oct 28 14:07:04 realpython.md
    83 Oct 28 14:07:04 hello.txt

新增的 -l 选项允许你生成并显示关于目标目录内容的更详细输出。

既然你已经知道了如何向 CLI 添加命令行参数和选项，接下来就是深入解析这些参数和选项的时候了。这将是你在接下来部分要探索的内容。

解析命令行参数和选项¶

解析命令行参数是基于 argparse 的任何 CLI 应用中的另一个重要步骤。一旦你解析了参数，你就可以根据它们的值来执行相应的操作。在你自定义的 ls 命令示例中，参数解析发生在包含 args = parser.parse_args() 语句的行上。

这个语句调用了 .parse_args() 方法，并将其返回值赋给 args 变量。.parse_args() 的返回值是一个 Namespace 对象，其中包含了在命令行上提供的所有参数和选项以及它们对应的值。

考虑以下简单的示例：

>>> from argparse import ArgumentParser

>>> parser = ArgumentParser()

>>> parser.add_argument("site")
_StoreAction(...)

>>> parser.add_argument("-c", "--connect", action="store_true")
_StoreTrueAction(...)

>>> args = parser.parse_args(["Real Python", "-c"])
>>> args
Namespace(site='Real Python', connect=True)

>>> args.site
'Real Python'
>>> args.connect
True

通过在命令行参数解析器上调用 .parse_args() 方法得到的 Namespace 对象，你可以使用点表示法(dot notation)访问所有输入参数、选项以及它们对应的值。这样，你就可以检查输入参数和选项的列表，并根据用户在命令行上的选择来执行相应的操作。

你将在应用程序的主代码中使用这个 Namespace 对象。这与你在自定义 ls 命令示例中的 for 循环下所做的类似。

到目前为止，你已经了解了创建基于 argparse 的 CLI 的主要步骤。现在，你可以花些时间学习如何在 Python 中组织和构建 CLI 应用程序的基础知识了。

设置 CLI 应用程序的布局和构建系统¶

在继续你的 argparse 学习之旅之前，你应该暂停一下，思考如何组织你的代码和规划一个 CLI 项目。首先，你应该考虑以下几点：

你可以创建模块和包来组织代码。
你可以将 Python 应用的核心包命名为应用本身的名字。
你会根据每个 Python 模块的具体内容或功能来命名它们。
如果你希望某个包可以直接执行，你可以在该 Python 包中添加一个 __main__.py 模块。

将这些想法铭记于心，并考虑到模型-视图-控制器（MVC）模式是一种有效组织应用程序结构的方法，你在规划 CLI 项目时可以采用以下目录结构：

hello_cli/
│
├── hello_cli/
│   ├── __init__.py
│   ├── __main__.py
│   ├── cli.py
│   └── model.py
│
├── tests/
│   ├── __init__.py
│   ├── test_cli.py
│   └── test_model.py
│
├── pyproject.toml
├── README.md
└── requirements.txt

hello_cli/ 目录是项目的根目录。在那里，您将放置以下文件：

pyproject.toml 是一个 TOML 文件，用于指定项目的构建系统(build system)和其他配置(configurations)。
README.md 文件提供了项目的描述以及安装和运行应用程序的说明。为你的项目添加一个描述性且详细的 README.md 文件是编程中的最佳实践，特别是如果你打算将项目作为开源解决方案发布的话。
requirements.txt 是一个常规文件，列出了项目的外部依赖项(external dependencies)。你将使用这个文件，结合 pip 的 -r 选项，来自动安装这些依赖项。

接下来是 hello_cli/ 目录，它包含了应用的核心包，该包包含以下模块：

__init__.py 文件使得 hello_cli/ 可以作为一个 Python 包被识别。
__main__.py 文件提供了应用程序的入口点脚本(entry-point script)或可执行文件，这是启动程序的主要入口。
cli.py 文件为应用提供了命令行界面。在此文件中的代码将扮演基于 MVC 架构中的视图-控制器角色。
model.py 文件包含了支持应用主要功能的代码。这部分代码将在你的 MVC 布局中扮演模型角色。

你还需要一个 tests/ 包，其中包含针对应用程序组件的单元测试文件。在这个具体的项目布局示例中，你有 test_cli.py 用于检查 CLI 功能的单元测试，以及 test_model.py 用于检查你的模型代码的单元测试。

pyproject.toml 文件允许你定义应用程序的构建系统以及许多其他常规配置。以下是一个如何为你的示例 hello_cli 项目填写此文件的简单示例：

# pyproject.toml

[build-system]
requires = ["setuptools>=64.0.0", "wheel"]
build-backend = "setuptools.build_meta"

[project]
name = "hello_cli"
version = "0.0.1"
description = "My awesome Hello CLI application"
readme = "README.md"
authors = [{ name = "Real Python", email = "info@realpython.com" }]

[project.scripts]
hello_cli = "hello_cli.__main__:main"

[build-system] 表头将 setuptools 设置为应用程序的构建系统，并指定 Python 需要安装哪些依赖项来构建应用程序。[project] 表头为你的应用提供了通用元数据。这些元数据在你想要将应用发布到 Python 包索引（PyPI）时非常有用。最后， [project.scripts] 表头定义了你的应用程序的入口点。

经过这次对 CLI 项目布局和构建的快速探索，你已经准备好继续学习 argparse 了，特别是如何自定义你的命令行参数解析器。

自定义你的命令行参数解析器¶

在前面的部分中，你已经学习了如何使用 Python 的 argparse 模块为你的程序或应用实现命令行接口的基础知识。同时，你也了解了如何按照 MVC 模式组织和规划 CLI 应用项目。

在接下来的部分中，你将更深入地探索 argparse 的许多其他强大功能。特别是，你将学习如何在 ArgumentParser 构造函数中使用一些最有用的参数，这将使你能够自定义 CLI 应用的一般行为。

调整程序的 Help 和 Usage 内容¶

向 CLI 应用程序的用户提供使用说明和帮助是一种最佳实践，可以通过出色的用户体验 (UX) 让用户更加愉快。在本节中，你将了解如何利用 ArgumentParser 的一些参数来微调 CLI 应用程序向用户显示帮助和使用消息的方式。你将学习如何：
- 设置程序名称 - 定义程序的描述和结束消息 - 对参数和选项进行分组显示帮助

首先，你将开始设置你的程序名称，并指定该名称在帮助或使用说明消息中的显示方式。

设置程序名称¶

默认情况下，argparse 会使用 sys.argv 中的第一个值来设置程序的名称。这个第一项包含你刚刚执行的 Python 文件的名称。这个文件名在使用说明消息中看起来会有些奇怪。

例如，继续使用 -h 选项运行自定义 ls 命令：

$ python ls.py -h
usage: ls.py [-h] [-l] path

positional arguments:
  path

options:
  -h, --help  show this help message and exit
  -l, --long

命令输出中的高亮行显示 argparse 正在使用文件名 ls.py 作为程序的名称。这看起来有些奇怪，因为在使用说明消息中，应用名称很少包含文件扩展名。

幸运的是，你可以使用 prog 参数来指定你的程序名称，就像下面的代码片段所示：

# ls.py v3

import argparse
import datetime
from pathlib import Path

parser = argparse.ArgumentParser(prog="ls")

# ...

for entry in target_dir.iterdir():
    print(build_output(entry, long=args.long))

使用 prog 参数，你可以指定将在使用说明消息中使用的程序名称。在这个例子中，你使用了字符串 “ls”。现在，继续运行你的应用：

$ python ls.py -h
usage: ls [-h] [-l] path

positional arguments:
  path

options:
  -h, --help  show this help message and exit
  -l, --long

很好！这个输出的第一行中的使用说明消息显示程序名称为 ls，而不是 ls.py。

除了设置程序名称外，argparse 还允许你定义应用的描述和结尾信息。在接下来的部分中，你将学习如何进行这两方面的操作。

定义程序的描述和结语消息¶

你还可以为你的应用定义一个通用的描述和一个结尾或结束语。为此，你将分别使用 description 和 epilog 参数。接下来，请更新 ls.py 文件，在 ArgumentParser 构造函数中添加以下内容：

# ls.py v4

import argparse
import datetime
from pathlib import Path

parser = argparse.ArgumentParser(
    prog="ls",
    description="List the content of a directory",
    epilog="Thanks for using %(prog)s! :)",
)

# ...

for entry in target_dir.iterdir():
    print(build_output(entry, long=args.long))

在这次更新中，description 参数允许你为应用提供一个通用的描述。这个描述将显示在帮助消息的开头。epilog 参数则允许你定义一些文本作为应用的结尾或结束语。请注意，你可以使用旧式的字符串格式化操作符(%)将 prog 参数插入到 epilog 字符串中。

如果再次运行该应用程序，你将得到如下输出：

$ python ls.py -h
usage: ls [-h] [-l] path

List the content of a directory

positional arguments:
  path

options:
  -h, --help  show this help message and exit
  -l, --long

Thanks for using ls! :)

现在，输出会在使用消息之后显示描述消息，并在帮助文本末尾显示结语消息。

显示参数和选项的分组帮助¶

帮助分组(Help groups)是 argparse 的另一个有趣特性。它们允许你将相关的命令和参数进行分组，从而帮助你组织应用的帮助消息。要创建这些帮助分组，你将使用 ArgumentParser 的 .add_argument_group() 方法。

作为一个例子，请考虑你自定义的 ls 命令的以下更新版本：

# ls.py v5
# ...

parser = argparse.ArgumentParser(
    prog="ls",
    description="List the content of a directory",
    epilog="Thanks for using %(prog)s! :)",
)

general = parser.add_argument_group("general output")
general.add_argument("path")

detailed = parser.add_argument_group("detailed output")
detailed.add_argument("-l", "--long", action="store_true")

args = parser.parse_args()

# ...

for entry in target_dir.iterdir():
    print(build_output(entry, long=args.long))

在这次更新中，你为显示一般输出的参数和选项创建了一个帮助分组，并为显示详细输出的参数和选项创建了另一个分组。

如果你在命令行中使用 -h 选项运行应用程序，那么你将获得以下输出：

python ls.py -h
usage: ls [-h] [-l] path

List the content of a directory

options:
  -h, --help  show this help message and exit

general output:
  path

detailed output:
  -l, --long

Thanks for using ls! :)

现在，你的应用的参数和选项在帮助消息中以描述性的标题进行了方便的分组。这个整洁的特性将帮助你为用户提供更多的上下文，并帮助他们更好地理解应用的工作原理。

为参数和选项提供全局设置¶

除了自定义使用说明和帮助消息外，ArgumentParser 还允许你对命令行界面（CLI）应用进行其他一些有趣的调整。这些调整包括：

为参数和选项定义全局默认值
从外部文件中加载参数和选项
允许或禁止选项缩写

有时，你可能需要为你的应用的参数和选项指定一个全局默认值。你可以通过在调用 ArgumentParser 构造函数时，将默认值传递给 argument_default 参数来实现这一点（注意：实际上 ArgumentParser 没有 argument_default 这个参数，但这里是为了说明可以全局设置默认值的概念。在实际应用中，你可能需要为每个参数单独设置默认值）。

这个特性可能并不常用，因为参数和选项通常具有不同的数据类型或意义，很难找到一个满足所有需求的值。

然而，argument_default(尽管 ArgumentParser 并没有直接提供这个参数，但这里是为了说明概念）的一个常见用例是当你想要避免将参数和选项添加到 Namespace 对象中。在这种情况下，你可以使用 SUPPRESS 常量作为默认值。这个默认值将确保只有命令行中提供的参数和选项才会被存储在 arguments 的 Namespace 中。

作为一个例子，请继续修改你的自定义 ls 命令，如下面的代码片段所示：

# ls.py v6

import argparse
import datetime
from pathlib import Path

parser = argparse.ArgumentParser(
    prog="ls",
    description="List the content of a directory",
    epilog="Thanks for using %(prog)s! :)",
    argument_default=argparse.SUPPRESS,
)

# ...

for entry in target_dir.iterdir():
    try:
        long = args.long
    except AttributeError:
        long = False
    print(build_output(entry, long=long))

通过将 SUPPRESS 传递给 ArgumentParser 构造函数，你可以防止未提供的参数被存储在 argparse.Namespace 对象中。这就是为什么在调用 build_output() 之前，你需要检查 -l 或 --long 选项是否实际被传递了。否则，你的代码会因为 args 中不存在 long 属性而引发 AttributeError 错误。

ArgumentParser 的另一个酷炫功能是允许你从外部文件中加载参数值。当你有一个具有冗长或复杂的命令行结构的应用，并希望自动化加载参数值的过程时，这个功能就非常有用。

在这种情况下，你可以将参数值存储在一个外部文件中，并让你的程序从该文件中加载它们。为了尝试这个功能，请继续创建一个简单的命令行界面（CLI）应用，如下所示：

# fromfile.py

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser(fromfile_prefix_chars="@")

parser.add_argument("one")
parser.add_argument("two")
parser.add_argument("three")

args = parser.parse_args()

print(args)

在这里，你向 ArgumentParser 的 fromfile_prefix_chars 参数传递 @ 符号。然后，你创建了三个必须在命令行中提供的必需参数。

现在，假设你经常使用此应用程序，并且总是使用相同的一组参数值。为了简化和优化你的工作流程，你可以创建一个文件，其中包含所有必需参数的适当值，每个参数占一行，就像下面的 args.txt 文件一样：

first
second
third

有了这个文件，您现在可以调用您的程序并指示它从 args.txt 文件加载值，如以下命令运行所示：

$ python fromfile.py @args.txt
Namespace(one='first', two='second', three='third')

在此命令的输出中，你可以看到 argparse 已经读取了 args.txt 的内容，并顺序地将值分配给了 fromfile.py 程序的每个参数。所有参数及其值都已成功存储在 Namespace 对象中。

接受缩写选项名称的能力是 argparse 命令行界面（CLI）的另一个酷炫特性。这个特性是默认启用的，当你的程序具有长选项名称时非常有用。例如，考虑以下程序，它会在命令行下打印出你在 --argument-with-a-long-name 选项后指定的值：

# abbreviate.py

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()

parser.add_argument("--argument-with-a-long-name")

args = parser.parse_args()

print(args.argument_with_a_long_name)

这个程序会打印出你在 --argument-with-a-long-name 选项后传入的任何参数值。现在，请继续运行以下命令来检查 Python 的 argparse 模块如何处理这些缩写：

$ python abbreviate.py --argument-with-a-long-name 42
42

$ python abbreviate.py --argument 42
42

$ python abbreviate.py --a 42
42

这些示例展示了如何缩写 --argument-with-a-long-name 选项的名称，而应用程序仍能正常工作。此功能是默认启用的。如果你希望禁用它并禁止缩写，那么可以在 ArgumentParser 中使用 allow_abbrev 参数：

# abbreviate.py

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser(allow_abbrev=False)

parser.add_argument("--argument-with-a-long-name")

args = parser.parse_args()

print(args.argument_with_a_long_name)

将 allow_abbrev 设置为 False 会禁用命令行选项中的缩写。从这一点开始，你将需要为程序提供完整的选项名称才能正确工作。否则，你会收到一个错误：

$ python abbreviate.py --argument-with-a-long-name 42
42

$ python abbreviate.py --argument 42
usage: abbreviate.py [-h] [--argument-with-a-long-name ...]
abbreviate.py: error: unrecognized arguments: --argument 42

第二个示例中的错误消息告诉你 --argument 选项没有被识别为有效的选项。要使用该选项，你需要提供它的完整名称。

微调你的命令行参数和选项¶

到目前为止，你已经学习了如何定制 ArgumentParser 类的多个功能，以改善你的命令行界面（CLI）的用户体验。现在，你知道了如何调整你的应用程序的使用说明和帮助信息，以及如何微调命令行参数和选项的一些全局方面。

在本节中，你将学习如何定制你的 CLI 的命令行参数和选项的其他几个功能。在这种情况下，你将使用 .add_argument() 方法及其一些最相关的参数，包括 action、type、nargs、default、help 等。

设置 Option 背后的 Action¶

当你向命令行界面添加一个选项或标志时，通常需要定义如何将选项的值存储在调用 .parse_args() 后得到的 Namespace 对象中。为此，你会使用 .add_argument() 的 action 参数。action 参数的默认值为 “store”，意味着提供的选项值将原样存储在 Namespace 中。

action 参数可以接受几个可能的值。以下是这些可能值的列表及其含义：

Chrome/Edge 地址栏正常显示完整的 URL

shenweiyan — Wed, 29 May 2024 00:00:00 +0000

对于在 Chrome/Edge 使用 IP 或者其他 URL 访问网页，地址栏想复制 IP/URL 非要给我自动加上 http://(或者 https://) 前缀。

Chrome¶

Google Chrome 对于这个问题的解决方法很简单：在 URL 地址栏点击 “鼠标右键” -> 选择 “总是显示完整网址”。

Edge¶

右键点击 Microsoft Edge 的桌面快捷方式，选择属性。
在启动目标结尾追加空格以及下面这段代码并保存。
```
--disable-features=msHideSteadyStateUrlPath
```
重启浏览器后地址栏就可以显示完整 URL 了。

适合我的 RSS 阅读器

shenweiyan — Tue, 21 May 2024 00:00:00 +0000

好多年前，写过一篇文章《使用RSS打造你的科研资讯头条》，但是由于没有趁手的 RSS 阅读器以至于让 RSS 信息聚合的这个念头荒废了好多年。直到最近用上了 QiReader - 优雅的在线 RSS 阅读器，我的 RSS 信息聚合好像又找到了延续下去的动力。

不得不说，它很好的满足了我 Web 端+移动端同步的使用需求，而且国内国外通用。

在价格层面，一年 Pro 会员￥38，二年￥68，五年￥128，也不算贵 —— 于是，果断入手了。

Twitter

shenweiyan — Thu, 16 May 2024 00:00:00 +0000

相比微博，Twitter 更有意思一些，除了可以获取到很多技术大咖的日常和动态，还能发现不少有意思的人和事。加上推特世界性的，开放性的一些特点，所以可以看到的自然是什么都有也比国内精彩。

能够翻出来的都是有点认知的人，虽然不一定全对，但也有一定道理。

微博用的比较少，感觉更加偏向娱乐和一些时事热点。

mamba 的两个分支 miniforge 和 mambaforge

shenweiyan — Sun, 28 Apr 2024 00:00:00 +0000

在安装 mamba 的时候在 release 页面和官方的安装页面总是看到关于 miniforge 和 mambaforge 的选择问题，傻傻搞不明白。

Miniforge 和 Mambaforge¶

参考：https://github.com/conda-forge/miniforge?tab=readme-ov-file#faq

What’s the difference between Mambaforge and Miniforge?
After the release of Miniforge 23.3.1 in August 2023, Miniforge and Mambaforge are essentially identical. The only difference is the name of the installer and subsequently the default installation path.

2023 年 8 月发布 Miniforge 23.3.1 后，Miniforge 和 Mambaforge 基本相同。唯一的区别是安装程序的名称以及随后的默认安装路径(一个默认是 miniforge3，一个默认是 mambaforge3)。

Before that release, Miniforge only shipped conda, while Mambaforge added mamba on top. Since Miniconda started shipping conda-libmamba-solver in July 2023, Miniforge followed suit and started shipping it too in August. At that point, since conda-libmamba-solver depends on libmambapy, the only difference between Miniforge and Mambaforge was the presence of the mamba Python package. To minimize surprises, we decided to add mamba to Miniforge too.

在之前的版本中，Miniforge 仅提供 conda，而 Mambaforge 在此基础上增加了 mamba。自 2023 年 7 月 Miniconda 开始提供 conda-libmamba-solver 以来，Miniforge 也紧随其后，于 8 月开始提供此功能。那时，由于 conda-libmamba-solver 依赖于libmambapy，Miniforge 和 Mambaforge 之间的唯一区别就是是否包含 mamba Python 包。为了尽量减少意外情况，我们决定也在 Miniforge 中添加 mamba。

Should I choose one or another going forward at the risk of one of them gettting deprecated?
Given its wide usage, there are no plans to deprecate Mambaforge. If at some point we decide to deprecate Mambaforge, it will be appropriately announced and communicated with sufficient time in advance.

鉴于 Mambaforge 的广泛使用，目前没有计划将其弃用。如果未来我们决定弃用 Mambaforge，我们会提前充分公告并通知相关用户。

That said, if you had to start using one today, we recommend to stick to Miniforge.

不过，如果你今天需要开始使用其中一个，我们建议你坚持使用 Miniforge。

Miniforge 和 Miniconda¶

参考：What’s the difference between Anaconda, conda, Miniconda, mamba, Mambaforge, micromamba? - bioconda#Faqs

Miniforge 是社区 (conda-forge) 驱动的简约 conda 安装程序。Miniforge 与 Miniconda 类似，但预配置了 conda-forge 通道，并且所有包都来自 conda-forge 而不是 defaults 通道。现在它还包含了 mamba 和 libmamba。

Miniconda 是公司 (Anaconda) 驱动的简约 conda 安装程序。随后的软件包安装来自 anaconda 频道（默认或其他）。

一句话¶

总的一句话来说，Mambaforge 类似于 Miniforge，但将 mamba 安装到基础环境中。虽然没有严格弃用，但从 2023 年 9 月起不鼓励使用它（请参阅 miniforge 自述 README 文件）。

版本选择¶

Miniforge3 的 Release 24.5.0-0 要求 Linux-x86_64: glibc >= 2.17，也就是对于 CentOS/RHEL 6.x (glibc = 2.12) 的旧服务器将无法正常安装使用。

$ lsb_release -a
LSB Version:    :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch
Distributor ID: CentOS
Description:    CentOS Linux release 7.7.1908 (Core)
Release:        7.7.1908
Codename:       Core

$ ldd --version
ldd (GNU libc) 2.17
Copyright (C) 2012 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
Written by Roland McGrath and Ulrich Drepper.

寻找 GitHub 的替代品

shenweiyan — Wed, 24 Apr 2024 00:00:00 +0000

与其说是在寻找 GitHub 的替代品，倒不如说在寻找 GitHub 的备用站点 —— 以防万一 GitHub 哪天登不上去了，也不至于把托管在上面的东西都丢了，尤其对于我这种几乎把所有可公开文档都记录在 GitHub Discussions 上的人，毕竟把所有的鸡蛋放在一个篮子里终究是很危险的。

代码¶

如果纯粹是代码托管，这样的备用平台多的是。

除去国内的那几家，国外优秀的托管平台更多一些。如 Framagit 和 Codeberg。Framagit 是一个基于 GitLab 的法国托管平台，而 Codeberg 则是一个站点（总部）在德国，由非盈利组织采用自由软件（Gitea）搭建的代码托管平台，两相比较，个人感觉 Codeberg 比 Framagit 体验更友好，最起码文档和各种导航操作更加清晰明了。

最最重要的一点是，这两个托管平台目前国内都可以直接连接。

Issues 和 Discussions¶

如果说 Issues 和 Discussions 的备用站点，这个就不好说了。国内的 GitCode 和 AtomGit 虽然都有类似的功能，但是都不能搜索内容，虽然他们说全文搜索已经在路上了，但是背后的 CSDN 运营和 UI 风格真是让人有点担忧重蹈 CSDN 的尿性体验。

尤其是最近（2024年6月）这一段时间 GitCode 被曝批量搬运 Github 项目的事件，让本来对 CSDN 厌恶至极的我瞬间好感全无，开始对 GitCode 也时刻保持警戒心态。

Pages¶

Gitee Pages 在五一悄悄关停了也终于让人对国内代码托管平台开启 Pages 服务不再抱有期待。虽然最近发现 AtomGit 也提供了 AtomGit Pages，而且也的确能正常的用起来了，但谁能确保未来会不会也跟 Gitee Pages 一个下场！

想法¶

由于国内监管的一些问题，国内的开源社区大多都让人一言难尽，曾经的极狐也因为收费的问题把个人用户的最后一根稻草给压垮了，总的来说，国内目前为止就还没有一家能跟得上 GitHub/GitLab 的开源平台，不管从开源本身还是功能体验，现在没有，未来也不一定能有。

用了一段时间 AtomGit，页面 UI 真是无法忍受，一堆的 BUG 毫无修复（issues#442、issues#668），用户体验全无。还是先在 GitCode，继续苟着吧！

我的独立站点 Knowledge-Garden

shenweiyan — Mon, 22 Apr 2024 00:00:00 +0000

使用 GitHub Discussions 写作文章大半年以来，越来越得心应手，最近起用了新的一个仓库，用于 Knowledge-Garden 静态资源的保存和使用。

文章¶

所有的文章都是以 markdown 的格式进行保存，实际上就一堆 text 文本，占用不了多少的空间。

静态资源¶

文章的静态资源，主要是图片，才是一个最耗流量和存储空间的东西。

前一段时间经历了腾讯云 cos 对象存储被盗刷的事件后，对于对象存储的使用也就越来越谨慎，今天终于狠下决心来把 Knowledge-Garden 这个仓库的所有包括图片在内的静态资源开始保存到另外一个 GitHub 仓库 PicKG，同时借助 Cloudflare Pages 来为图片提供访问链接。

也尝试了一下 Cloudflare 的 R2 这个号称零出口费用的对象存储，免费额度很有吸引力，但目前 Cloudflare R2 还没能找到一个比较顺手的图片管理工具，例如阿里云的 oss-browser、腾讯云的 cos-browser。虽然尝试了一些折中的方案，如 Picx4R2，但还是不太满意。

所以目前的解决方法就是 GitHub + PicX + Cloudflare Pages 进行组合，GitHub 单个仓库 5G 的存储空间应该应该也足够使用了，如果实在不够了再来考虑其他方案。

部署 PicX 图床到 Vercel

shenweiyan — Mon, 22 Apr 2024 00:00:00 +0000

由于 PicX 自 v3.0 起，不再支持自由选择仓库和分支，统一使用内置的仓库和分支。所以出于自定义的仓库和分支使用需求，这里主要对 PicX v2.0 进行 Vercel 自定义部署。

项目地址：https://github.com/XPoet/picx/tree/v2

利用 PicX 图床，直接把图片托管到 GitHub 上去。至于安装，参考子舒 Blog的《安装一个基于 Github 的静态图床程序》这两篇文章。可以把程序和图床直接托管在 GitHub 上，也可以把程序搭建在自己的服务器上，但是图片还是只能托管到 GitHub 上。PicX 图床不像简单图床和兰空图床，图片生成的链接可以是自己的域名链接，而因为图片是托管到 GitHub 上，所以 PicX 生成的图片外链接只能是 staticaly 和 cloudfalre 的 CDN 的外链。所以个人感觉也就没有必要再把程序上传到自己的服务器上了，直接使用 GitHub 不是更好嘛。

操作步骤¶

主要的操作步骤如下：

1 个 GitHub 账号；
1 个 Vercel 账号，可能需要科学上网环境；
Fork PicX v2 源码 (https://github.com/XPoet/picx/tree/v2) 到个人 GitHub 仓库；
在 Vercel 新建项目，绑定个人 GitHub 仓库的 PicX v2 源码；Framework Preset 选择 “Vue.js”；
部署完成后为域名添加一条 CNAME 到 cname-china.vercel-dns.com。

基于以上的步骤，个人成功部署的一个 PicX 站点，以供参考和使用：

https://github.com/shenweiyan/PicX
链接1：https://v2picx.vercel.app/
链接2：https://picx.weiyan.cc/

国内静态部署与托管平台

shenweiyan — Mon, 15 Apr 2024 00:00:00 +0000

Gitee Pages 由于审查原因，基本上已经是名存实亡的状态了；之前勉强可以使用的 Webbify 现如今也变成了每月至少 15 块的购买时长模式。

之前在《越来越难用的国内代码托管平台》吐槽过一波国内所谓开源平台的状况，今天又发现除了代码平台外，原来静态部署的平台也走上了这一条路。

Gitee Pages 就不说了，懂得都懂。

说一说腾讯云的 Webbify。今天 (2024年4月15) 上去想要部署一个新的站点，居然发现以前的 “按量付费” 计费模式已经消失，取而代之的是一个每月至少 15 块的购买时长模式。作为一个 2021 年就不再更新的产品，这样的收费模式真是让人瞬间欲望大减。

回过头来看一看国外的 Netlify、Vercel、Cloudflare Pages，甚至是 GitHub Pages，再看一下国内的这些平台，真是一言难尽，除了先培养用户再收割，好像也没剩下什么了。

RSS 订阅插件 mkdocs-rss-plugin 的一些问题

shenweiyan — Thu, 11 Apr 2024 00:00:00 +0000

聊一下 Mkdocs Material 的默认插件 mkdocs-rss-plugin 在使用上的一些问题。

对于 blog 插件，默认的 RSS 里边提供的地址有一部分会默认为目录链接(例如 category 和 archive)，而非文章地址。

针对这一种情况，需要使用 RSS 配置的 match_path，即可解决：

plugins:
  - rss:
      match_path: "(blog/posts|flinks|galaxy|message|note|readme|tech|yuque)/.*"
      date_from_meta:
        as_creation: date
      categories:
        - categories
        - tags

阿里云域名备案与使用

shenweiyan — Thu, 11 Apr 2024 00:00:00 +0000

在阿里云注册且完成备案的域名，在使用与解析中遇到的一些问题。

备案接入信息与实际接入信息不符¶

在阿里云注册且完成备案的域名，前两天收到了信息：如您的网站备案还要继续使用，请您务必于2024-04-18 09:05:39之前设置解析指向阿里云内地服务器且恢复该网站在阿里云内地节点服务器的正常访问。

如您的网站备案还要继续使用，请您务必于2024-04-18 09:05:39之前设置解析指向阿里云内地服务器且恢复该网站在阿里云内地节点服务器的正常访问。若在规定时间内未完成整改，可能会导致备案信息被取消接入或被注销，影响您网站的正常访问；若您的备案域名解析IP地址已指向阿里云备案的内地节点（不含香港）服务器，且保持正常访问，请忽略此邮件。

目前，参考知乎《阿里云服务器备案域名会掉吗》的方法 —— 先把目前 weiyan.cc 下的一到两个子域名增加一个 A 记录绑定到阿里云的 ECS 公网 IP，主域名继续按目前的要求通过 CNAME 绑定 weiyan.netlify.app。

再看看后续是否有影响。

2024年11月28日，半年过去了，这个方法好像的确可以。

已备案域名未使用阿里云中国内地节点服务器¶

这是 2024-11-19 收到的阿里云消息，发现个人博客类网站现在用起真的是门槛越来越高。

如您的网站备案还要继续保留阿里云的备案信息，请您务必于2024-11-25 14:12:51之前设置恢复使用阿里云服务器。若在规定时间内未完成整改，可能会导致备案信息被取消接入或被注销，影响您网站的备案状态。

参考了一些人的方法：将你的域名添加一个二级域名，解析到某些阿里云国内节点服务器上就行了。例如我博客域名为 www.abcde.com，就可以添加一个或者两个 A 记录，记录值为阿里云国内节点服务器的 IP。然后隔一段时间访问一下 1.abcde.com 或者 2.abcde.com ，确保有一点儿访问量就行了。

# 用最简单的方式在服务器开启一个 HTML 
nohup python3 -m http.server --cgi 80 &

也有人说，必须是 www 和根域名，其他不行，先试试二级域名吧！

目前尚不清楚这样的做法是否能确保备案不失效，如果备案失效，很可能导致域名被墙的，根据网络上一些人的说法，默认不影响站点访问，但是个别城市的运营商会屏蔽（和你没关系，是他们一刀切了国外 IP 的解析）。

无趣的人

shenweiyan — Sun, 07 Apr 2024 00:00:00 +0000

有趣的灵魂万里挑一，好看的皮囊千篇一律。

活得通透的人，没有特别想维持的关系，也没有特别想要的东西，走近的人不抗拒，离开的人不强留，就连吃亏也懒得计较。

从统计上来看，成年后还能重塑自我的人太罕见了。年纪越大就越相信命运，其中最大的一个原因就是理解人的改变之难。意图改变不如早早学会接纳。

腾讯云 cos 也被盗刷了

shenweiyan — Fri, 29 Mar 2024 00:00:00 +0000

我的 WebStack-Hugo 个人导航站点最开始用的是腾讯云的 cos 对象存储作为所有图片的存储和访问，在 2024 年 3 月底的时候收到腾讯云的通知说 200 万次的标准存储请求已经用掉了 180 多万次。

收到信息吓了一跳，心想我这一个小破网站不至于这么多的请求吧，肯定被攻击盗刷了。加上之前在网络上看到的阿里云/腾讯云对象存储被刷爆的新闻还历历在目，于是赶紧的上去腾讯云一看发现一天的读写请求居然达到了 25 万多次！

虽然之前一直设置了防盗链，但是一直允许着 “空 referer”，这无疑是一个巨大的漏洞，参考《COS被流量盗刷了》的经历，第一时间就把这个 “空 referer” 设置为了 “拒绝”，并开启了日志。

果不其然，一段时间过后从生成的日志文件，发现了这样的一个网址：https://123.wqydl.cn/。

这个网站一直在请求获取个人 cos 内的 /webstack/logos/default.webp 这个图片！为了安全起见，又赶紧第一时间把这个网站加入了黑名单，并且把对应的 cos 权限设置成了 “私有读写”。

但是从源源不断产生的日志可以看到这个恶心的网站还一直不依不饶在每隔几分钟就执行一堆读取请求！

但幸运的是这些请求现在都 “AccessDenied” 了，但对它的一些后续可能的动作也很是好奇，在持续观察中。

终于，第二天的晚上终于在他们的官网联系上了对应的客服，他们把相应的网站停掉后一切又回归正常。

最后，以此为鉴，希望大家在提供公共资源的时候擦亮眼睛，避免踩坑。

图床管理与使用

shenweiyan — Wed, 27 Mar 2024 00:00:00 +0000

随着博客和其他一些站点多了起来，日积月累的访问越来越觉得腾讯云 cos 和阿里云 oss 是远远不够的，于是开始想着寻找可以一劳永逸的图床管理和使用替代者。

GitHub 的图床虽然不错，但如果文件越来越多，终究不是一个很好的解决方案。

Cloudflare R2 目前看来是个不错的选项，但是图片的上传、删除和日常管理目前还没有找到一个比较顺手的工具。目前在用的一个 Picx4R2 还有一些不太满意的地方，即上传的图片无法保留原始的文件名！—— 不过幸运的是借助百度文心一言终于把保留原始文件名的这个问题给解决了。

Python 里面没 if 也能用 else

shenweiyan — Thu, 21 Mar 2024 00:00:00 +0000

这是来自于 Yang Zhou 发表在 Medium 的一篇文章《Beyond If-Else: Leveraging Python’s Versatile “Else” Statements》，作者觉得挺有意思的，拿过来简单翻译了一下在这里分享给大家。

当我们说到 “else”，必须先有 “if”。

这对于许多编程语言来说都是正确的，但对于 Python 来说却不然。

Python 的 else 语句比我们想象的更通用。

从循环后的 “else” 到 try- except 块后的 “else”，本文将探讨 else 语句鲜为人知的功能。

我们不一定需要在生产中使用这些技巧，尤其是当我们的同事还不知道它们时，但仅仅意识到它们的存在就可以让我们再次感受到 Python 的灵活性和多功能性。

1. While-Else 结构¶

在 Python 中， while 循环可以与 else 块配对。当且仅当循环正常完成时，else 块才会执行，这意味着它不会通过 break 语句终止。

换句话说，如果 while 循环被 break 终止，则 else 块将不会被执行。

leaders = ["Elon", "Tim", "Warren"]
i = 0
while i < len(leaders):
    if leaders[i] == "Yang":
        print("Yang is a leader!")
        break
    i += 1
else:
    print("Not found Yang!")

# Not found Yang!

如上面的示例所示， while 循环迭代 leaders 列表，搜索领导者 “Yang”。不幸的是，”Yang” 并不是该名单中真正的领导者。所以 break 语句没有被执行。因此，else 语句下的代码就被执行了。

else 语句的这种意外用法使我们无需添加额外的标志变量来标记循环是否被破坏。这样我们的 Python 程序就可以精简一些了。

2. 带有 For 循环的 Else 语句¶

For 循环和 while 循环是编程的孪生兄弟。如果我们可以在 while 循环中利用 else 语句的多功能性，那么毫无疑问它可以用于 for 循环。

这个想法是完全相同的：

The “else” block only executes when there is no break in the for loop.
“else” 块仅在 for 循环中没有中断时执行。

让我们用 for 循环重写前面的示例：

leaders = ["Elon", "Tim", "Warren"]

for i in leaders:
    if i == "Yang":
        print("Yang is a leader!")
        break
else:
    print("Not found Yang!")

# Not found Yang!

代码更简洁了，不是吗？你能用其他编程语言做到这一点吗？

3. 使用 Else 语句进行异常处理¶

异常处理是编写健壮且无错误的代码的一项重要技术。

在 Python 中，整个异常处理代码块的结构应该如下：

try:
    # Code that might raise an exception
except SomeException:
    # Code that runs if the try block raised 'SomeException'
else:
    # Code that runs if the try block did NOT raise any exceptions
finally:
    # Code that always runs no matter what, often for cleanup

除了 try 块之外，所有其他部分都是可选的。

当 try 块未引发异常时， else 块就会执行。这是放置仅当 try 块成功且无异常时才运行的代码的好地方。这对于阐明代码的意图并防止 except 块意外捕获非常有用。

例如，以下程序实现了一个非常简单的除法函数：

def divide(x, y):
    try:
        result = x / y
    except ZeroDivisionError:
        print("Error: Division by zero.")
    else:
        print(f"Result is {result}")
    finally:
        print("Executing finally clause.")

如果没有遇到 ZeroDivisionError，结果如下：

divide(2077, 1)
# Result is 2077.0
# Executing finally clause.

当然，如果满足定义的异常，则会打印相关的 Error 消息：

divide(2077, 0)
# Error: Division by zero.
# Executing finally clause.

要点总结¶

在 Python 中，else 语句不一定位于 if 语句之后。

它还有三个额外但鲜为人知的用途：

while-else 循环
for-else 循环
使用 else 块进行异常处理

但是，我不建议您在生产中频繁应用它们，因为使用鲜为人知的功能可能会降低可读性并使您的同事感到困惑。但理解并随意应用它们会给你的同事留下深刻的印象，并巩固你作为 “Python 大师” 的地位。 😎

RockyLinux 9 基础配置与使用

shenweiyan — Fri, 08 Mar 2024 00:00:00 +0000

今天终于在阿里云入手了一台 2核(vCPU)+ 2GiB + 3Mbps 的 ECS，安装了最新的 Rocky Linux release 9.3 (Blue Onyx)，记录一下开箱后的一些基础配置。

Hostname¶

[root@r0sasd1bQi ~]# hostnamectl   # 查看一下当前主机名的情况
[root@r0sasd1bQi ~]# hostnamectl set-hostname shen-server --static
[root@r0sasd1bQi ~]# hostnamectl status
[root@r0sasd1bQi ~]# reboot now    # 重启服务器

创建新用户¶

使用 adduser 命令将新用户添加到系统中：

adduser shenweiyan    # 创建新用户
passwd shenweiyan     # 修改密码

用户添加超级权限¶

把 shenweiyan 用户添加超级权限（/etc/sudoers）：

shenweiyan      ALL=(ALL)       NOPASSWD: ALL

自定义快捷方式¶

在 ~/.bashrc 最后新增一下用户自定义的快捷方式。

# User Specific Alias
alias disp='display'
alias rm='rm -i'
alias la='ls -al'
alias ll='ls -lh'
alias le='less -S'

# Custom History setting
# HISTFILESIZE 定义了在 .bash_history 中保存命令的记录总数
HISTFILESIZE=3000000
# HISTSIZE 定义了 history 命令输出的记录数
HISTSIZE=3000
# 定义 History 输出格式
export HISTTIMEFORMAT='%F %T '
# 使用 HISTCONTROL 从命令历史中剔除连续重复的条目
HISTCONTROL=ignoredups
# 将 bash 内存中历史命令追加到 .bash_history 历史命令文件中， 默认只有退出 shell 是才会保存
PROMPT_COMMAND="history -a"

# Login Style
PS1='\033[35;1m\u@\h \[\e[m\]\t \[\033[36;1m\]$(pwd) \n$ \[\e[m\]'
clear;

epel-release¶

企业版 Linux 附加软件包（Extra Packages for Enterprise Linux，以下简称 EPEL）是一个 Fedora 特别兴趣小组，用以创建、维护以及管理针对企业版 Linux 的一个高质量附加软件包集，面向的对象包括但不限于红帽企业版 Linux (RHEL)、 CentOS、Scientific Linux (SL)、Oracle Linux (OL) 。

参考：EPEL/zh-cn - Fedora Project Wiki

# 下面两个命令都可以安装
sudo dnf install epel-release
sudo dnf install https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/epel-release-latest-9.noarch.rpm

Htop 和 Btop¶

Htop 是一个基于 C 编写的跨平台的交互式流程查看器，htop 是 top 的一个增强替代品，提供了更加友好的用户界面和更多的功能，相比系统自带的 top 更加直观好用。

sudo dnf install htop

btop 也是一个改进版的 Linux top 命令，这个命令不仅列出了各种系统使用情况，包括内存、磁盘、网络和进程，而且还允许与鼠标互动。即使是在服务器安装上，你也可以在 btop 上指指点点，以树形方式查看进程，隐藏或显示某些显示，并访问选项菜单，在那里你可以调整显示的外观和感觉。

sudo dnf install btop

Docker 安装与使用¶

主要参考《How To Install and Use Docker on Rocky Linux 9》，具体步骤如下：

add the official Docker repository

sudo dnf config-manager --add-repo https://download.docker.com/linux/centos/docker-ce.repo

install Docker

sudo dnf install docker-ce docker-ce-cli containerd.io

start the Docker daemon
```
sudo systemctl start docker
```

Verify that it’s running

sudo systemctl status docker

Output
● docker.service - Docker Application Container Engine
   Loaded: loaded (/lib/systemd/system/docker.service; enabled; vendor preset: enabled)
   Active: active (running) since Sun 2016-05-01 06:53:52 CDT; 1 weeks 3 days ago
     Docs: https://docs.docker.com
 Main PID: 749 (docker)

make sure it starts at every server reboot
```
sudo systemctl enable docker
```

配置非 root 用户使用 Docker

sudo usermod -aG docker username
newgrp docker                     #更新docker用户组

我的随笔和博客

shenweiyan — Mon, 04 Mar 2024 00:00:00 +0000

我的站点中把随笔和博客分成了两个平行的导航，其实内容是一样的，只是原文托管的平台不一样而已。

随笔的内容最开始是在语雀的随笔与乱弹写的，导出来后加到现在的站点中，独立成了现在看到的随笔。博客则是从 2023 年起写在 Knowledge-Garden 的 discussions 上的一些非技术相关杂文。

如今迈步从头越

shenweiyan — Tue, 20 Feb 2024 00:00:00 +0000

2024 年应该是不太平凡的一年，农历新年后经历了很多的事情，生活也好工作也好，都不太平静。

尤其对于工作而言，有一些更加深入的体会，明白很多人和事都并非表面那么简单。职场多年一路走来，曾经的迷茫不解，焦虑，纠结，吐槽，走到最后不由得越来越小心翼翼、如履薄冰。时间实际上是人的积极存在，它不仅是人的生命的尺度，而且是人的发展的空间。总的来说，更加要学会保护好自己，做事情多留点心，多一些思考。

人家说，能力也大，责任越大。对于个人职业和工作，更多的是权限越大，责任越大，任何的权限并非是越大越好。

使用 Planemo 进行 Galaxy 工具开发

shenweiyan — Sun, 04 Feb 2024 00:00:00 +0000

2024-02-042026-03-05

说明：本文章原文发布于《使用 Planemo 进行 Galaxy 工具开发 - 语雀》，部分内容已更新。

文章开始前，我们先了解一下 Planemo 到底是个什么东西。

Command-line utilities to assist in developing Galaxy and Common Workflow Language artifacts - including tools, workflows, and training materials.

说白了，Planemo 就是用于 Galaxy 平台工具和 WDL 通用工作流语言相关产品辅助开发的一个命令行工具，这个程序集可以用于工具、流程，以及培训教材的开发。

安装 Planemo¶

无论是 pip 还是 conda 都可以安装 Planemo：

$ pip install planemo
$ pip install -U git+git://github.com/galaxyproject/planemo.git

$ conda config --add channels bioconda
$ conda config --add channels conda-forge
$ conda install planemo

接下来，进入今天的正题，我们来详细介绍一下怎么使用 Planemo 进行 Galaxy 工具开发。

基础用法¶

本指南将演示如何使用 Heng Li 的 Seqtk 软件包构建命令工具，该软件包用于处理 FASTA 和 FASTQ 文件中的序列数据。

首先，我们需要先安装

接下来，我们将下载一个

$ >EAS54_6_R1_2_1_413_324 CCCTTCTTGTCTTCAGCGTTTCTCC >EAS54_6_R1_2_1_540_792 TTGGCAGGCCAAGGCCGATGGATCA >EAS54_6_R1_2_1_443_348 GTTGCTTCTGGCGTGGGTGGGGGGG

有关功能齐全的 Seqtk 。在这里，我们使用 conda 来安装 Seqtk (你也可以使用其他的方法安装)。 t">

$ conda install --force --yes -c conda-forge -c bioconda seqtk=1.2 ... seqtk installation ... seqtk seq Usage:   seqtk seq [options] <in.fq>|<in.fa> Options: -q INT    mask bases with quality lower than INT [0] -X INT    mask bases with quality higher than INT [255] -n CHAR   masked bases converted to CHAR; 0 for lowercase [0] -l INT    number of residues per line; 0 for 2^32-1 [0] -Q INT    quality shift: ASCII-INT gives base quality [33] -s INT    random seed (effective with -f) [11] -f FLOAT  sample FLOAT fraction of sequences [1] -M FILE   mask regions in BED or name list FILE [null] -L INT    drop sequences with length shorter than INT [0] -c        mask complement region (effective with -M) -r        reverse complement -A        force FASTA output (discard quality) -C        drop comments at the header lines -N        drop sequences containing ambiguous bases -1        output the 2n-1 reads only -2        output the 2n reads only -V        shift quality by '(-Q) - 33' FASTQ 示例文件，并测试一个简单的 Seqtk 命令 seq ，该命令将 FASTQ 文件转换为 FASTA。 t">$ wget https://raw.githubusercontent.com/galaxyproject/galaxy-test-data/master/2.fastq seqtk seq -A 2.fastq > 2.fasta cat 2.fasta Seqtk 包封装，可以在 GitHub 上查看 Helena Rasche’s wrappers。
Galaxy 工具文件只是 XML 文件，因此此时可以打开文本编辑器并开始编写工具。Planemo 有一个命令 tool_init 可以快速生成一些样板 XML，因此首先开始。
$ planemo tool_init --id 'seqtk_seq' --name 'Convert to FASTA (seqtk)'

tool_init 命令可以采用各种复杂的参数，但如上面展示的 --id 和 --name 是其中两个最基本的参数。每个 Galaxy 工具都需要一个 ID（这是 Galaxy 自身用来标识该工具的简短标识符）和一个名称（此名称会显示给 Galaxy 用户，并且应该是该工具的简短描述）。工具名称可以包含空格，但其 ID 不能包含空格。
上面的命令将生成一个 seqtk_seq.xml 文件，这个文件看起来像这样：
<tool id="seqtk_seq" name="Convert to FASTA (seqtk)" version="0.1.0" python_template_version="3.5">
    <requirements>
    </requirements>
    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
        TODO: Fill in command template.
    ]]></command>
    <inputs>
    </inputs>
    <outputs>
    </outputs>
    <help><![CDATA[
        TODO: Fill in help.
    ]]></help>
</tool>

这个生成的模板 XML 文件具有了 Galaxy 工具所需的公共部分内容，但你仍然需要打开编辑器并填写命令模板、输入参数描述、工具输出信息、帮助部分信息等。
tool_init 命令也可以做得更好。 们可以使用在 seqtk seq -a 2.fastq> 2.fasta 上面尝试过的测试命令作为示例，通过指定输入和输出来生成命令块，如下所示。
$ planemo tool_init --force \
                    --id 'seqtk_seq' \
                    --name 'Convert to FASTA (seqtk)' \
                    --requirement seqtk@1.2 \
                    --example_command 'seqtk seq -a 2.fastq > 2.fasta' \
                    --example_input 2.fastq \
                    --example_output 2.fasta

这将生成以下 XML 文件- 该文件具有正确的输入和输出定义以及实际的命令模板。
<tool id="seqtk_seq" name="Convert to FASTA (seqtk)" version="0.1.0" python_template_version="3.5">
    <requirements>
        <requirement type="package" version="1.2">seqtk</requirement>
    </requirements>
    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
        seqtk seq -a '$input1' > '$output1'
    ]]></command>
    <inputs>
        <param type="data" name="input1" format="fastq" />
    </inputs>
    <outputs>
        <data name="output1" format="fasta" />
    </outputs>
    <help><![CDATA[
        TODO: Fill in help.
    ]]></help>
</tool>(

如本节开头所示，命令 seqtk seq 会为 seq 命令生成帮助消息。 tool_init 可以获取该帮助消息，并使用 help_from_command 选项将其正确粘贴在生成的工具 XML 文件中。
通常，命令帮助消息并不完全适用于工具，因为它们会提到参数名称和由工具抽象出来的类似细节，但它们可能是一个很好的起点。
以下 Planemo 的 tool_init 的调用已增强为使用 --help_from_command。
$ planemo tool_init --force \
                    --id 'seqtk_seq' \
                    --name 'Convert to FASTA (seqtk)' \
                    --requirement seqtk@1.2 \
                    --example_command 'seqtk seq -a 2.fastq > 2.fasta' \
                    --example_input 2.fastq \
                    --example_output 2.fasta \
                    --test_case \
                    --cite_url 'https://github.com/lh3/seqtk' \
                    --help_from_command 'seqtk seq'

除了演示 --help_from_command 之外，这还演示了使用 --test_case 从我们的示例生成测试用例并为基础工具添加引用。生成的工具 XML 文件为：
<tool id="seqtk_seq" name="Convert to FASTA (seqtk)" version="0.1.0" python_template_version="3.5">
    <requirements>
        <requirement type="package" version="1.2">seqtk</requirement>
    </requirements>
    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
        seqtk seq -a '$input1' > '$output1'
    ]]></command>
    <inputs>
        <param type="data" name="input1" format="fastq" />
    </inputs>
    <outputs>
        <data name="output1" format="fasta" />
    </outputs>
    <tests>
        <test>
            <param name="input1" value="2.fastq"/>
            <output name="output1" file="2.fasta"/>
        </test>
    </tests>
    <help><![CDATA[

Usage:   seqtk seq [options] <in.fq>|<in.fa>

Options: -q INT    mask bases with quality lower than INT [0]
         -X INT    mask bases with quality higher than INT [255]
         -n CHAR   masked bases converted to CHAR; 0 for lowercase [0]
         -l INT    number of residues per line; 0 for 2^32-1 [0]
         -Q INT    quality shift: ASCII-INT gives base quality [33]
         -s INT    random seed (effective with -f) [11]
         -f FLOAT  sample FLOAT fraction of sequences [1]
         -M FILE   mask regions in BED or name list FILE [null]
         -L INT    drop sequences with length shorter than INT [0]
         -c        mask complement region (effective with -M)
         -r        reverse complement
         -A        force FASTA output (discard quality)
         -C        drop comments at the header lines
         -N        drop sequences containing ambiguous bases
         -1        output the 2n-1 reads only
         -2        output the 2n reads only
         -V        shift quality by '(-Q) - 33'
         -U        convert all bases to uppercases
         -S        strip of white spaces in sequences


    ]]></help>
    <citations>
        <citation type="bibtex">
@misc{githubseqtk,
  author = {LastTODO, FirstTODO},
  year = {TODO},
  title = {seqtk},
  publisher = {GitHub},
  journal = {GitHub repository},
  url = {https://github.com/lh3/seqtk},
}</citation>
    </citations>
</tool>

至此，我们有了一个功能相当齐全的 Galaxy 工具，它带有测试和帮助。这是一个非常简单的示例——通常，您需要在工具中投入更多工作才能实现这一点， tool_init 实际上只是为了让您入门而设计的。
现在让我们检查并测试我们开发的工具。Planemo的 lint（或仅 l ）命令将检查工具的 XML 有效性，检查是否有明显的错误以及是否符合 IUC 的最佳做法。
$ planemo l
Linting tool /opt/galaxy/tools/seqtk_seq.xml
Applying linter tests... CHECK
.. CHECK: 1 test(s) found.
Applying linter output... CHECK
.. INFO: 1 outputs found.
Applying linter inputs... CHECK
.. INFO: Found 1 input parameters.
Applying linter help... CHECK
.. CHECK: Tool contains help section.
.. CHECK: Help contains valid reStructuredText.
Applying linter general... CHECK
.. CHECK: Tool defines a version [0.1.0].
.. CHECK: Tool defines a name [Convert to FASTA (seqtk)].
.. CHECK: Tool defines an id [seqtk_seq].
.. CHECK: Tool targets 16.01 Galaxy profile.
Applying linter command... CHECK
.. INFO: Tool contains a command.
Applying linter citations... CHECK
.. CHECK: Found 1 likely valid citations.
Applying linter tool_xsd... CHECK
.. INFO: File validates against XML schema.

默认情况下， lint 会在您当前的工作目录中找到所有工具，但是我们可以使用 planemo lint seqtk_seq.xml 指定一个特定的工具。
接下来，我们可以使用 test（或仅执行 t ）命令运行工具的功能测试。这将打印很多输出（因为它启动了 Galaxy 实例），但最终应该显示我们通过的一项测试。

如果你的服务器已经安装了 Galaxy 实例，你可以编辑 ~/.planemo.yml 文件，指定 Galaxy 实例路径。

## Specify a default galaxy_root for the `test` and `serve` commands here.
galaxy_root: /home/user/galaxy


完整的 ~/.planemo.yml 示例，参考：https://planemo.readthedocs.io/en/latest/configuration.html

$ planemo t
...
All 1 test(s) executed passed.
seqtk_seq[0]: passed

除了在控制台中将测试结果显示为红色（失败）或绿色（通过）外，Planemo 还默认为测试结果创建 HTML 报告。 还有更多测试报告选项可用，例如 --test_output_xunit，在某些持续集成环境中很有用。有关更多选项，请参见 planemo test --help ，以及 test_reports 命令。
现在，我们可以使用 serve（或仅使用 s ）命令打开 Galaxy。
$ planemo s
...
serving on http://127.0.0.1:9090

在网络浏览器中打开 http://127.0.0.1:9090 以查看您的新工具。
服务和测试可以通过各种命令行参数传递，例如 --galaxy_root，以指定要使用的 Galaxy 实例（默认情况下，planemo 将仅为 planemo 下载和管理实例）。
简单参数¶
我们为 seqtk seq 命令构建了一个工具包的封装，但是该工具实际上具有我们可能希望向 Galaxy 用户公开的其他选项。
让我们从 help 命令中获取一些参数，并构建 Galaxy 的 param 块以粘贴到该工具的 input 块中。
-V        shift quality by '(-Q) - 33'

在上一节中，我们看到了输入文件在 param 块中是一个 data 的类型，除此之外我们还可以使用许多不同种类的参数。如标志参数（例如以上 -V 参数），通常在 Galaxy 工具的 XML 文件中由 boolean 来表示。
<param name="shift_quality" type="boolean" label="Shift quality"
       truevalue="-V" falsevalue=""
       help="shift quality by '(-Q) - 33' (-V)" />

然后，我们可以将 $shift_quality 粘贴在 command 块中，如果用户选择了此选项，它将扩展为 -V （因为我们已将其定义为 truevalue ）。如果用户未选择此选项，则 $shift_quality 将仅扩展为空字符串，而不会影响生成的命令行。
现在考虑以下的 seqtk seq 参数：
-q INT    mask bases with quality lower than INT [0]
-X INT    mask bases with quality higher than INT [255]

这些可以转换为 Galaxy 参数，如下所示：
<param name="quality_min" type="integer" label="Mask bases with quality lower than"
       value="0" min="0" max="255" help="(-q)" />
<param name="quality_max" type="integer" label="Mask bases with quality higher than"
       value="255" min="0" max="255" help="(-X)" />

这些可以作为 -q $quality_min -X $quality_max 添加到命令标签中。
此时，该工具将如下所示：
<tool id="seqtk_seq" name="Convert to FASTA (seqtk)" version="0.1.0" python_template_version="3.5">
    <requirements>
        <requirement type="package" version="1.2">seqtk</requirement>
    </requirements>
    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
        seqtk seq
              $shift_quality
              -q $quality_min
              -X $quality_max
              -a '$input1' > '$output1'
    ]]></command>
    <inputs>
        <param type="data" name="input1" format="fastq" />
        <param name="shift_quality" type="boolean" label="Shift quality" 
               truevalue="-V" falsevalue=""
               help="shift quality by '(-Q) - 33' (-V)" />
        <param name="quality_min" type="integer" label="Mask bases with quality lower than" 
               value="0" min="0" max="255" help="(-q)" />
        <param name="quality_max" type="integer" label="Mask bases with quality higher than" 
               value="255" min="0" max="255" help="(-X)" />
    </inputs>
    <outputs>
        <data name="output1" format="fasta" />
    </outputs>
    <tests>
        <test>
            <param name="input1" value="2.fastq"/>
            <output name="output1" file="2.fasta"/>
        </test>
    </tests>
    <help><![CDATA[

Usage:   seqtk seq [options] <in.fq>|<in.fa>

Options: -q INT    mask bases with quality lower than INT [0]
         -X INT    mask bases with quality higher than INT [255]
         -n CHAR   masked bases converted to CHAR; 0 for lowercase [0]
         -l INT    number of residues per line; 0 for 2^32-1 [0]
         -Q INT    quality shift: ASCII-INT gives base quality [33]
         -s INT    random seed (effective with -f) [11]
         -f FLOAT  sample FLOAT fraction of sequences [1]
         -M FILE   mask regions in BED or name list FILE [null]
         -L INT    drop sequences with length shorter than INT [0]
         -c        mask complement region (effective with -M)
         -r        reverse complement
         -A        force FASTA output (discard quality)
         -C        drop comments at the header lines
         -N        drop sequences containing ambiguous bases
         -1        output the 2n-1 reads only
         -2        output the 2n reads only
         -V        shift quality by '(-Q) - 33'
         -U        convert all bases to uppercases


    ]]></help>
    <citations>
        <citation type="bibtex">
@misc{githubseqtk,
  author = {LastTODO, FirstTODO},
  year = {TODO},
  title = {seqtk},
  publisher = {GitHub},
  journal = {GitHub repository},
  url = {https://github.com/lh3/seqtk},
}</citation>
    </citations>
</tool>

条件参数¶
以前的参数很简单，因为它们总是出现，现在考虑一下下面的参数。
-M FILE   mask regions in BED or name list FILE [null]

我们可以通过添加属性 optional ="true" 将该数据类型参数标记为可选。
<param name="mask_regions" type="data" label="Mask regions in BED"
       format="bed" help="(-M)" optional="true" />

然后，不仅可以直接在命令块中使用 $mask_regions，还可以将其包装在 if 语句中（因为工具 XML 文件支持 Cheetah）。
#if $mask_regions
-M '$mask_regions'
#end if

接着，我们考虑这一组参数：
-s INT    random seed (effective with -f) [11]
-f FLOAT  sample FLOAT fraction of sequences [1]

在这种情况下，只有在设置了样本参数的情况下，才能看到或使用 -s 随机种子参数。我们可以使用 conditional 条件块来表达这一点。
<conditional name="sample">
    <param name="sample_selector" type="boolean" label="Sample fraction of sequences" />
    <when value="true">
        <param name="fraction" label="Fraction" type="float" value="1.0"
               help="(-f)" />
        <param name="seed" label="Random seed" type="integer" value="11"
               help="(-s)" />
    </when>
    <when value="false">
    </when>
</conditional>

在命令块中，我们可以再次使用 if 语句包括这些参数。
#if $sample.sample_selector
-f $sample.fraction -s $sample.seed
#end if

注意，我们必须使用 sample. 的前缀来引用这个参数，因为它们是在 sample 的条件块内定义的。
现在该工具的最新版本如下：
<tool id="seqtk_seq" name="Convert to FASTA (seqtk)" version="0.1.0" python_template_version="3.5">
    <requirements>
        <requirement type="package" version="1.2">seqtk</requirement>
    </requirements>
    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
        seqtk seq
              $shift_quality
              -q $quality_min
              -X $quality_max
              #if $mask_regions
                  -M '$mask_regions'
              #end if
              #if $sample.sample
                  -f $sample.fraction
                  -s $sample.seed
              #end if
              -a '$input1' > '$output1'
    ]]></command>
    <inputs>
        <param type="data" name="input1" format="fastq" />
        <param name="shift_quality" type="boolean" label="Shift quality" 
               truevalue="-V" falsevalue=""
               help="shift quality by '(-Q) - 33' (-V)" />
        <param name="quality_min" type="integer" label="Mask bases with quality lower than" 
               value="0" min="0" max="255" help="(-q)" />
        <param name="quality_max" type="integer" label="Mask bases with quality higher than" 
               value="255" min="0" max="255" help="(-X)" />
        <param name="mask_regions" type="data" label="Mask regions in BED" 
               format="bed" help="(-M)" optional="true" />
        <conditional name="sample">
            <param name="sample" type="boolean" label="Sample fraction of sequences" />
            <when value="true">
                <param name="fraction" label="Fraction" type="float" value="1.0"
                       help="(-f)" />
                <param name="seed" label="Random seed" type="integer" value="11"
                       help="(-s)" />
            </when>
            <when value="false">
            </when>
        </conditional>
    </inputs>
    <outputs>
        <data name="output1" format="fasta" />
    </outputs>
    <tests>
        <test>
            <param name="input1" value="2.fastq"/>
            <output name="output1" file="2.fasta"/>
        </test>
    </tests>
    <help><![CDATA[

Usage:   seqtk seq [options] <in.fq>|<in.fa>

Options: -q INT    mask bases with quality lower than INT [0]
         -X INT    mask bases with quality higher than INT [255]
         -n CHAR   masked bases converted to CHAR; 0 for lowercase [0]
         -l INT    number of residues per line; 0 for 2^32-1 [0]
         -Q INT    quality shift: ASCII-INT gives base quality [33]
         -s INT    random seed (effective with -f) [11]
         -f FLOAT  sample FLOAT fraction of sequences [1]
         -M FILE   mask regions in BED or name list FILE [null]
         -L INT    drop sequences with length shorter than INT [0]
         -c        mask complement region (effective with -M)
         -r        reverse complement
         -A        force FASTA output (discard quality)
         -C        drop comments at the header lines
         -N        drop sequences containing ambiguous bases
         -1        output the 2n-1 reads only
         -2        output the 2n reads only
         -V        shift quality by '(-Q) - 33'
         -U        convert all bases to uppercases


    ]]></help>
    <citations>
        <citation type="bibtex">
@misc{githubseqtk,
  author = {LastTODO, FirstTODO},
  year = {TODO},
  title = {seqtk},
  publisher = {GitHub},
  journal = {GitHub repository},
  url = {https://github.com/lh3/seqtk},
}</citation>
    </citations>
</tool>

对于这样的工具，这些工具有很多选项，但在大多数情况下使用默认值是首选——一个常见的习惯用法是使用条件将参数分为简单部分和高级部分。
使用惯用法，更新此工具后的 XML 如下所示：
<tool id="seqtk_seq" name="Convert to FASTA (seqtk)" version="0.1.0" python_template_version="3.5">
    <requirements>
        <requirement type="package" version="1.2">seqtk</requirement>
    </requirements>
    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
        seqtk seq
              #if $settings.advanced == "advanced"
                  $settings.shift_quality
                  -q $settings.quality_min
                  -X $settings.quality_max
                  #if $settings.mask_regions
                      -M '$settings.mask_regions'
                  #end if
                  #if $settings.sample.sample
                      -f $settings.sample.fraction
                      -s $settings.sample.seed
                  #end if
              #end if
              -a '$input1' > '$output1'
    ]]></command>
    <inputs>
        <param type="data" name="input1" format="fastq" />
        <conditional name="settings">
            <param name="advanced" type="select" label="Specify advanced parameters">
                <option value="simple" selected="true">No, use program defaults.</option>
                <option value="advanced">Yes, see full parameter list.</option>
            </param>
            <when value="simple">
            </when>
            <when value="advanced">
                <param name="shift_quality" type="boolean" label="Shift quality" 
                       truevalue="-V" falsevalue=""
                       help="shift quality by '(-Q) - 33' (-V)" />
                <param name="quality_min" type="integer" label="Mask bases with quality lower than" 
                       value="0" min="0" max="255" help="(-q)" />
                <param name="quality_max" type="integer" label="Mask bases with quality higher than" 
                       value="255" min="0" max="255" help="(-X)" />
                <param name="mask_regions" type="data" label="Mask regions in BED" 
                       format="bed" help="(-M)" optional="true" />
                <conditional name="sample">
                    <param name="sample" type="boolean" label="Sample fraction of sequences" />
                    <when value="true">
                        <param name="fraction" label="Fraction" type="float" value="1.0"
                               help="(-f)" />
                        <param name="seed" label="Random seed" type="integer" value="11"
                               help="(-s)" />
                    </when>
                    <when value="false">
                    </when>
                </conditional>
            </when>
        </conditional>
    </inputs>
    <outputs>
        <data name="output1" format="fasta" />
    </outputs>
    <tests>
        <test>
            <param name="input1" value="2.fastq"/>
            <output name="output1" file="2.fasta"/>
        </test>
    </tests>
    <help><![CDATA[

Usage:   seqtk seq [options] <in.fq>|<in.fa>

Options: -q INT    mask bases with quality lower than INT [0]
         -X INT    mask bases with quality higher than INT [255]
         -n CHAR   masked bases converted to CHAR; 0 for lowercase [0]
         -l INT    number of residues per line; 0 for 2^32-1 [0]
         -Q INT    quality shift: ASCII-INT gives base quality [33]
         -s INT    random seed (effective with -f) [11]
         -f FLOAT  sample FLOAT fraction of sequences [1]
         -M FILE   mask regions in BED or name list FILE [null]
         -L INT    drop sequences with length shorter than INT [0]
         -c        mask complement region (effective with -M)
         -r        reverse complement
         -A        force FASTA output (discard quality)
         -C        drop comments at the header lines
         -N        drop sequences containing ambiguous bases
         -1        output the 2n-1 reads only
         -2        output the 2n reads only
         -V        shift quality by '(-Q) - 33'
         -U        convert all bases to uppercases


    ]]></help>
    <citations>
        <citation type="bibtex">
@misc{githubseqtk,
  author = {LastTODO, FirstTODO},
  year = {TODO},
  title = {seqtk},
  publisher = {GitHub},
  journal = {GitHub repository},
  url = {https://github.com/lh3/seqtk},
}</citation>
    </citations>
</tool>

脚本封装¶
Tool Shed 上已经提供了许多常见的生物信息学应用程序，因此一项常见的开发任务是将各种复杂程度的脚本集成到 Galaxy 中。
考虑以下小型 Perl 脚本。
#!/usr/bin/perl -w

# usage : perl toolExample.pl <FASTA file> <output file>

open (IN, "<$ARGV[0]");
open (OUT, ">$ARGV[1]");
while (<IN>) {
    chop;
    if (m/^>/) {
        s/^>//;
        if ($. > 1) {
            print OUT sprintf("%.3f", $gc/$length) . "\n";
        }
        $gc = 0;
        $length = 0;
    } else {
        ++$gc while m/[gc]/ig;
        $length += length $_;
    }
}
print OUT sprintf("%.3f", $gc/$length) . "\n";
close( IN );
close( OUT );

可以按照以下步骤为此脚本构建 Galaxy 工具，并将脚本与工具 XML 文件本身放在同一目录中。这里的特殊值 $__ tool_directory__ 是指工具（即 xml 文件）所在的目录。
<tool id="gc_content" name="Compute GC content">
  <description>for each sequence in a file</description>
  <command>perl '$__tool_directory__/gc_content.pl' '$input' output.tsv</command>
  <inputs>
    <param name="input" type="data" format="fasta" label="Source file"/>
  </inputs>
  <outputs>
    <data name="output" format="tabular" from_work_dir="output.tsv" />
  </outputs>
  <help>
This tool computes GC content from a FASTA file.
  </help>
</tool>

Macros 宏集¶
如果您希望为单个相对简单的应用程序或脚本编写工具，则应跳过本节。如果您希望维护一系列相关工具——经验表明，您将意识到有很多重复的 XML 可以很好地做到这一点。Galaxy工具 XML 宏可以帮助减少这种重复。
通过使用 --macros 标志，Planemo 的 tool_init 命令可用于生成适合工具套件的宏文件。我们看一下以前的 tool_init 命令的变体（唯一的区别是现在我们添加了 --macros 标志）。
$ planemo tool_init --force \
                    --macros \
                    --id 'seqtk_seq' \
                    --name 'Convert to FASTA (seqtk)' \
                    --requirement seqtk@1.2 \
                    --example_command 'seqtk seq -A 2.fastq > 2.fasta' \
                    --example_input 2.fastq \
                    --example_output 2.fasta \
                    --test_case \
                    --help_from_command 'seqtk seq'

这将在当前目录中产生两个文件（ seqtk_seq.xml 和 macros.xml），而不是一个。
<tool id="seqtk_seq" name="Convert to FASTA (seqtk)" version="0.1.0" python_template_version="3.5">
    <macros>
        <import>macros.xml</import>
    </macros>
    <expand macro="requirements" />
    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
        seqtk seq -A '$input1' > '$output1'
    ]]></command>
    <inputs>
        <param type="data" name="input1" format="fastq" />
    </inputs>
    <outputs>
        <data name="output1" format="fasta" />
    </outputs>
    <tests>
        <test>
            <param name="input1" value="2.fastq"/>
            <output name="output1" file="2.fasta"/>
        </test>
    </tests>
    <help><![CDATA[

Usage:   seqtk seq [options] <in.fq>|<in.fa>

Options: -q INT    mask bases with quality lower than INT [0]
         -X INT    mask bases with quality higher than INT [255]
         -n CHAR   masked bases converted to CHAR; 0 for lowercase [0]
         -l INT    number of residues per line; 0 for 2^32-1 [0]
         -Q INT    quality shift: ASCII-INT gives base quality [33]
         -s INT    random seed (effective with -f) [11]
         -f FLOAT  sample FLOAT fraction of sequences [1]
         -M FILE   mask regions in BED or name list FILE [null]
         -L INT    drop sequences with length shorter than INT [0]
         -c        mask complement region (effective with -M)
         -r        reverse complement
         -A        force FASTA output (discard quality)
         -C        drop comments at the header lines
         -N        drop sequences containing ambiguous bases
         -1        output the 2n-1 reads only
         -2        output the 2n reads only
         -V        shift quality by '(-Q) - 33'
         -U        convert all bases to uppercases
         -S        strip of white spaces in sequences


    ]]></help>
    <expand macro="citations" />
</tool>

<macros>
    <xml name="requirements">
        <requirements>
        <requirement type="package" version="1.2">seqtk</requirement>
            <yield/>
        </requirements>
    </xml>
    <xml name="citations">
        <citations>
            <yield />
        </citations>
    </xml>
</macros>

如您在上面的代码中所看到的，宏是可重用的 XML 块，它们使避免重复和保持 XML 简洁变得更加容易。
参考资料¶

Macros syntax on the Galaxy Wiki.
GATK tools (example tools making extensive use of macros)
gemini tools (example tools making extensive use of macros)
bedtools tools (example tools making extensive use of macros)
Macros implementation details - Pull Request #129 and Pull Request #140
Galaxy’s Tool XML Syntax
Big List of Tool Development Resources
Cheetah templating



越来越难用的国内代码托管平台
shenweiyan — Fri, 02 Feb 2024 00:00:00 +0000
国内的代码平台对个人用户极其不友好，GitHub 可用的情况下，还是继续用着 GitHub 吧。


码云¶
Gitee 的 Issues 永远都无法搜索内容 - https://gitee.com/oschina/git-osc/issues/I7T4W6，感觉社区版本已经在摆烂了，现在他们的重点已经放在了企业版本，但是企业版本又难用的要死！
扣钉¶
Coding 现在的页面逻辑我是已经搞不明白了，注销的组织名称永远无法释放不说，在代码仓库更是连 Issues 都去掉了......
极狐¶
单是从体验上来说，背靠着 Gitlab 的 极狐(GitLab) 其实做的还不错，虽然也还没有 APP。      

- 极狐 GitLab 怎么样好不好_极狐 GitLab 优势有哪些-极狐 GitLab      

- 极狐 GitLab vs GitLab vs GitHub vs Gitee      


但是，现在问题来了，极狐从2024年1月2日起开始要收费了，这又是一个昙花一现可以放弃的托管平台，即使付费也总让人感觉这个平台套路不少。
最后¶
最后，对于国内的代码托管平台的一个感受 —— 对个人用户极其不友好，都热衷去倒腾企业的版本了，所以，GitHub 可用的情况下，还是继续用着 GitHub 吧；某些情况下登录不上 GitHub 了，国内的 GitCode 作为备用暂时凑合着用吧；至于 Gitee/Coding/Jihulab，还是不要浪费时间去折腾了。



从公众号到个人独立站点
shenweiyan — Thu, 25 Jan 2024 00:00:00 +0000
从 2023 年下半年以来 “BioIT爱好者” 这个公众号基本上很少更新了，这一点在《公众号许久没有更新了》就提到过，现在唯一有所区别的是在 GitHub Discussions 的基础上又多了一个个人的独立站点。




全面拥抱 GitHub 的感觉真的很好，加上手机 APP 的加持，更加如虎添翼。回归了最原始 markdown 的编辑和写作，也终于不用再担心在《富文本编辑器与 md 语法的一些困惑》中所顾虑的问题。
从 GitHub 到选择 Material for MkDocs 作为个人博客+文档独立站点，有很多的影响因素，但数据可控算是比较核心的一个出发点。这半年来混迹 GitHub 的确也收获良多，发现了很多有意思的博客和站点，学习到了很多优秀的项目。很多时候阅读别人的博客（站点），总能发现一些好玩的人和事物。
2023 年被椒盐豆豉的一篇《2023 年了你为什么需要写博客》所吸引，尤其是 “博客是赛博空间的另一个你，也能反过来定义你” 这一句，写出了很多心声。

比较反感 “个人品牌” 这个过于商业化的说法，不写技术不写学术的非实名博客甚至起不到简历作用。但它确是比简历更 “像个人”，比碎片化社交网络更全面展现我是怎样一个人的网络门面。当然这是我这个博客的用法，网上靠博客经营自己品牌的也比比皆是。总之，内容的自由度和高度的定制化让博客可以成为任何你想让它成为的东西。反之，博客写的久了，发现 “写博客” 也已经成为了自己（不只是线上） identity 的一部分——毕竟这是很多人认识我的渠道，也重塑了我的一部分自我认知。

虽然期间尝试过《飞书文档初体验》，从国内版本的飞书到 LarkSuite，但终究不如 GitHub + Material for MkDocs 组合来得顺畅。GitHub 也好，飞书也罢，各种五花八门的奇淫巧技和折腾组合，总有能玩出花来的一波人，找到自己喜欢的并持之以恒就已经足够。
趁着今天有时间，在公众号同步了这一篇，希望我们不忘初心，做到最好。



Mkdocs material 使用自定义 slug 和 url
shenweiyan — Tue, 23 Jan 2024 00:00:00 +0000
Mkdocs material 默认使用目录+文件名作为 post 展示的 URL，如果目录名/文件名太长的话，你的 URL 就会显得非常长。尤其是当你从浏览器地址栏中复制某一篇文档的链接时候，如果你的 URL 同时包含了中文，URL 转码后会导致你复制后粘贴的链接变得更加长。


Mkdocs material 目前我是没看到有什么具体的插件解决这个问题，只不过有人在 squidfunk/mkdocs-material#5161 基于 hook 提供了一个解决的方案。这个方案基本上能满足我们的需求，但也有一些限制。

slug 必须是不能以 / 作为开头，且必须以 / 作为结尾。
可能会导致内部链接引用出现问题。
会重复读取任务，如果文件非常多，会降低相对于文件量的整体性能。




Mkdocs material 对指定页面隐藏 H1 标题
shenweiyan — Fri, 19 Jan 2024 00:00:00 +0000
主要记录一下在 Mkdocs material 中对指定页面隐藏标题，尤其是指在 Home 页面把 H1 级别的标题隐藏的一些解决方法。


背景¶
对于一些特定的页面，不想显示顶级的标题，尤其是 H1 标题。Mkdocs material 讨论区给出了几个方案：

内联 CSS 的方法，参考 squidfunk/mkdocs-material#2163。  

   这个方法的确能解决隐藏当前页面的 H1 标题，但同时会把搜索栏搜索结果的 H1 标题给隐藏了。有点治标不治本！
自定义页面模板，参考 squidfunk/mkdocs-material#6185。
   这个参考的讨论里面没有给出具体的解决方法，本文章来详细介绍一下。

创建模板¶
首先，在 overrides 目录下创建一个名为 home.html 的文件(文件名可以随意命名)，内容可以参考 blog.html 的内容。
{% extends "base.html" %}
{% block htmltitle %}
      {% if page.meta and page.meta.title %}
        <title>{{ page.meta.title }}</title>
      {% elif page.title and not page.is_homepage %}
        <title>{{ page.title | striptags }}</title>
      {% else %}
        <title>{{ config.site_name }}</title>
      {% endif %}
{% endblock %}

{% block container %}
    <div class="md-content" data-md-component="content">
      <article class="md-content__inner md-typeset">
        {% block content %}
          {% include "partials/mycontent.html" %}
        {% endblock %}
      </article>
    </div>
{% endblock %}

{% block extrahead %}
      <!--style>.md-typeset h1,.md-content__button {display:none !important}; </style-->
      <style>.md-header__topic {font-weight:700 !important}</style>
{% endblock %}

第二，创建 overrides/partials/mycontent.html 文件，内容参考 content.html 文件，注意把 h1 的元素注释掉。
{#-
  This file was automatically generated - do not edit
-#}
{% if "material/tags" in config.plugins and tags %}
  {% include "partials/tags.html" %}
{% endif %}
{% include "partials/actions.html" %}
{% if "\x3ch1" not in page.content %}
  <!--h1>{{ page.title | d(config.site_name, true)}}</h1-->
{% endif %}
{{ page.content }}
{% include "partials/source-file.html" %}
{% include "partials/feedback.html" %}
{% include "partials/comments.html" %}

在页面中使用模板¶
例如，在个人站点的主页文件 docs/index.md 中头部，使用 template 指定使用的模板。
---
title: 维燕的知识花园
template: home.html
---

最后，重新启动 mkdocs 就可以看到对应页面 H1 隐藏后的效果。



MkDocs Material  的一些使用与问题汇总
shenweiyan — Thu, 18 Jan 2024 00:00:00 +0000
记录一下 MkDocs Material 在使用过程中遇到的一些问题。



如何避免锚点链接的非英文字符转换成数字    
How to disable converting non-english header links to numbers?#4682




MkDocs 的 Nav 导航结构与目录自定义调整插件使用
shenweiyan — Thu, 11 Jan 2024 00:00:00 +0000
很长一段时间都在使用 mkdocs_include_dir_to_nav 这个插件来自动包含目录下的所有 md 文件，但随着新需求的出现 —— 如何给某一个指定的子目录使用 reverse_sort_file，即升序排列展示子目录相应的 markdown 内容。这才开始接触到 MkDocs Awesome Pages Plugin 这个插件。
值得注意的是，MkDocs Awesome Pages Plugin 在 2025-02-17 发布的 v3.0.0 正式变更成了 mkdocs-awesome-nav！


开始¶
从 GitHub 可以很直观看到的是 mkdocs_include_dir_to_nav 自从 2022-05-01 更新了 V1.2.0 版本后基本就已经停止了更新，Star 也才 20 多人。     


反而是 MkDocs Awesome Pages Plugin 一直保持着非常积极的更新频率，而且维护者和关注和使用用户也远远比 mkdocs_include_dir_to_nav 多得多。   


于是，开始着入手 MkDocs Awesome Pages Plugin。不得不说，Awesome-Pages 这个插件的功能很强大，可以很好解决我”指定子目录自定义文档排序”的需求。但不可否认的是 Awesome-Pages 的文档写的的确有点糙，不认真看还真不知道应该如何上手，这也是花费我最多时间的地方。
使用¶
使用 MkDocs Awesome Pages Plugin 有两个很重要的前提：

如果你在 mkdocs.yml 定义了 nav 或 pages 条目，则此插件不会执行任何操作。要使用该插件列出的功能，我们必须完全删除该条目或向其中添加 ... 条目 (add a ... entry to it)。
自定义导航时，在目录(或者子目录)中创建一个名为 .pages 的文件时，使用 nav 属性只能自定义该级别的导航！然后，按照文件和子目录在导航中出现的顺序列出文件和子目录。

docs/
├── README.md
├── dirNamedA
│   ├── dirA-page01.md
│   ├── dirA-page02.md
│   └── subDirNamedA1
│   │   ├── subDirA1-page01.md
│   │   └── subDirA1-page02.md
│   └── subDirNamedA2
│       ├── subDirA2-page01.md
│       └── subDirA2-page02.md
├── dirNamedB
│   ├── dirB-page01.md
│   ├── dirB-page02.md
│   └── subDirNamedB1
│       ├── subDirB1-page01.md
│       └── subDirB1-page02.md
└── emptyDir

这就发现了 MkDocs Awesome Pages Plugin 和 MkDocs  、mkdocs_include_dir_to_nav 在设置 navigation 时候的区别：MkDocs Awesome Pages Plugin 的 nav 属性只能自定义该级别的导航！即无法只通过一个 .pages 实现所有目录+子目录的 navigation 排序配置。
所以，最好的做法就是在 docs 目录下(包含 docs) 给每个目录增加一个 .pages 文件，用于控制当前目录的所有子目录(或者 Posts) 的排序和展示。



2023 年年终总结
shenweiyan — Wed, 10 Jan 2024 00:00:00 +0000
本来没想着写年终总结 —— 主要是最近对于码字没太多的欲望，但翻到了 2021/2022 的一些年终记录，也看了不少其他网友博主 2023 年的总结，所以对自己说，还是写一写吧。
2023 年对个人来说是变动的一年，这个变动主要体现在工作上。反观生活，除去家庭的一些琐事基本上也就是波澜不惊的一个状态。


工作¶
2023 年工作最大的变动之一就是公司搬迁新的厂区。随之而来是上下班通勤的变更，这一切让原本相对充裕的时间变得更加紧凑。但时间是最大的习惯，久而久之这就成了生活的一部分，朝九晚五体现的淋漓尽致。
第二个变动最大的是新办公地点新办公规章。这一点影响很大，以至于让我不得不放弃了很多以前形成的一部分工具习惯，转身去重新接纳一些新的工具和平台。于是，有了现在的个人知识站点，有了飞书的使用体验，GitHub 更是一瞬间成为了个人最常逛和依赖的平台 —— 这也让我重新认识了这个平台的强大和无可替代。    

    


职业方向上探索了一把 AI，浅尝辄止又摸不着门道；mRNA 到 Protein 的优化道路上才刚刚看到入口，任重道远；只能背靠着老本行，在不断优化的道路上踉踉跄跄走着。
职业生涯的道路上人来人往，铁打的营盘流水的兵，走了就走了，无需留念。
生活¶
生活上其实没什么太多说的，感觉到微妙变化的是比以前更加注意到自己和身边人的健康问题了。从老婆孩子，到母亲的腰椎问题，再到自己，再加上这一年的流感、肺炎(尤其是支原体肺炎)，2023 年在健康这个问题上的确投入了很大的一部分时间和精力。
家庭琐事上，家人彼此磕磕碰碰的事情总会有，生活无律，人生无常，我们更需要的是相互之间相互理解与包容。对于老婆和孩子，需要更多的关心和陪伴。
运动这件事情上，基本还能保持着每周至少一场羽毛球，这是值得肯定的。虽然变换了新的地方，融入了新的面孔，但至少我们还能在一起用羽毛球找到属于彼此的快乐，那也足够了。
孩子的事情上，这一年约着她的同班同学打卡了不少地方，这也让集体一起遛娃成为了周末值得期待的活动之一。
最后¶
最后，2024 年就要搬进新的房子了，这是值得期待和努力的一件大事。希望自己和家人在新的环境中能收获新的惊喜，身体健康，和和美满。



苹果字体 PingFang SC 的一些踩坑记录
shenweiyan — Tue, 09 Jan 2024 00:00:00 +0000
曾经在 《为 Windows 系统替换优雅的苹果字体》中提到可在 Windows 中使用苹方字体替代默认的微软雅黑，这里就有一个问题即需要在 Wondows 下安装苹方字体 —— 如果你的字体安装错误，很有可能导致你的浏览器或其他应用出现乱码。
浏览器乱码¶
出现这个的原因主要是站点使用了 PingFang SC 的字体设置。
body {
    font-family: PingFang SC,microsoft yahei,sans-serif;
}

我们可以看到使用 F12 检查源码模式把 font-family 中的 PingFang SC 去掉后即可显示正常。


字体安装后不起作用¶
这里就涉及一个 萍方 vs 苹方 vs PingFang 区别的一个问题。

猛地看上去，萍方/苹方/PingFang 应该是同一个字体。但是，实际上的效果，却并不相同。那么，到底谁是真正的 pingfang sc呢？    
这里以能否以 PingFang SC 为名称识别出来，作为标准。为什么这么说呢？因为网页里面的 font-family，写的都是 pingfang sc，也许萍方/苹方都是差不多的字体，但是不能在网页里面自动识别出来。所以，就等于零。
body {
   font-family: PingFang SC,microsoft yahei,sans-serif;
}

比如，上述 css 定义，就来自于腾讯云主页。在实际的应用过程中，只有安装好的 pingfang sc 系列字体才能被识别【如下图中的右侧字体】。  

注意：萍方/苹方，在安装的时候，文件名也都是 pingfang-sc 之类的文件名。但是，安装完成的真正成品，可不是这个拼音名字。进而导致字体不能识别。

From 《由 pingfang sc 字体缺失，所暴露的字体加载顺序的潜规则》

解决方案¶
参考 《由 pingfang sc 字体缺失，所暴露的字体加载顺序的潜规则》 一文的方案。
安装 PingFang SC¶
名称为 PingFang SC (英文) 的字体找了很久才在 GitHub 翻到一个(以防丢失，个人 Fork 了过来)：shenweiyan/PingFangSC-Fonts，如有需要可以直接下载安装。

国内大多数网页，在定义网页字体的时候，都是先定义 PingFang SC，然后定义微软雅黑。那么：    

正常来说，win 系统是不会安装 PingFang SC 字体的，所以，显示微软雅黑，页面正常。    
但是，一旦单独安装了 PingFang SC Light，页面就会识别出这个 Light 字体，页面不正常。    
解决方案是：再安装一个 PingFang SC Regular，页面会在 Light 之前优先识别 Regular，页面正常。    

如果您非要在 win 下面安装 pingfang sc 字体，可能要三思而后安装了。李鬼似乎有点多…


删除 PingFang SC¶
个人用的就是这一个方法，但是在 C:\Windows\Fonts 中删除的时候会提示 该字体正在使用无法删除！所以，必须要关闭使用苹方字体的程序。
因此，我们需要：
参考：《电脑安装新字体，浏览器字体全变了，如何删除正在使用的苹方字体》 - 哔哩哔哩

在 Windows 任务管理的进程中把浏览器相关的全部结束掉，如 360 浏览器相关的进程、Microsoft edge、Google Chrome 等等，全部选择结束任务。    
把其他可能使用苹方字体的，如 OneNote、WPS、微信、… 这些的进程也全部结束掉。    

最后，回到 C:\Windows\Fonts 中再次删除相应的苹方字体，发现即可成功删除。删除了这些苹方字体，浏览器上的字体显示也就恢复正常了。
参考资料¶

苏南大叔，《由 pingfang sc 字体缺失，所暴露的字体加载顺序的潜规则》
科技猎手2023，《电脑安装新字体，浏览器字体全变了，如何删除正在使用的苹方字体》 - 哔哩哔哩




1-支持的 Python 版本
shenweiyan — Mon, 08 Jan 2024 00:00:00 +0000
2024-01-082026-03-05

编译：沈维燕   

原文：https://docs.galaxyproject.org/en/master/admin/python.html       

Galaxy 的核心功能目前支持 Python >=3.7。
如果 Galaxy 排斥你正在使用的 Python 版本：

完全删除 Galaxy 使用的 Python virtualenv（可以使用 GALAXY_VIRTUAL_ENV 环境变量配置，默认为 .venv ），例如： rm -rf /path/to/galaxy/.venv。
如果您在 conda 环境中使用 Python（可以使用 GALAXY_CONDA_ENV 环境变量进行配置，默认为 _galaxy_），请将其删除，例如： conda env remove -n _galaxy_。
让 Galaxy 知道要使用哪个 Python 的方法有以下几种：    
如果您想从 conda 使用 Python，只需激活 base 环境，Galaxy 将为自己创建一个新的 conda 环境。

否则：    

确保安装了受支持的 Python 版本。
验证您要使用的 Python 解释器是否位于 which -a python3 python 输出中的第一个位置（如果您使用的是 Galaxy <=19.09，则为 which -a python ）。如果不是这种情况：     
如果您使用的是 Galaxy >= 20.01，只需执行： export GALAXY_PYTHON=/path/to/python。
如果你使用的是较旧版本的 Galaxy，你可以操控你的 shell 的 PATH 变量，将正确的版本置于首位。你可以通过创建一个新目录，将 python 的符号链接添加到其中，并将该目录置于 PATH 的最前面来完成此操作：
     % mkdir ~/galaxy-python
% ln -s /path/to/python ~/galaxy-python/python
% export PATH=~/galaxy-python:$PATH




从 Python 2 升级时，删除已编译的 mako 模板：
   
% rm -rf /path/to/galaxy/database/compiled_templates/

   这些模板将在启动 Galaxy 时自动重新生成。


再次启动 Galaxy。



注意
如果您从源代码编译自己的 Python 解释器，请确保构建了 ssl、sqlite3、curses 和 bz2 模块，并且安装后可导入。这些 “额外” 模块是在编译过程的最后阶段构建的，并且是 Galaxy 框架所需的。如果在 Linux 上进行编译，您可能需要安装适用于 OpenSSL 和 Bzip2 的 -dev 包。您可能还需要使用共享库 (--enable-shared) 构建 Python。




2-框架依赖
shenweiyan — Mon, 08 Jan 2024 00:00:00 +0000
2024-01-082026-03-05

编译：Shen Weiyan    

原文：https://docs.galaxyproject.org/en/master/admin/python.html      




Galaxy Project 的 Sphinx 文档部署
shenweiyan — Fri, 05 Jan 2024 00:00:00 +0000
2024-01-052026-03-05
https://docs.galaxyproject.org/ 是 Galaxy Project 官方的文档地址链接，这是一个基于 Sphinx + Read the Docs 的文档站点。如果我们也想要创建一个这样一模一样的 Galaxy 文档需要怎么操作呢？


虽然 Galaxy 官方文档 也给出了关于构建该文档的一些说明，但没有太多细节。

If you have your own copy of the Galaxy source code, you can also generate your own version of this documentation. Run the following command from the Galaxy’s root:
$ make docs

The generated documentation will be in doc/build/html/ and can be viewed with a web browser. Note that you will need to install Sphinx and other module dependencies which are listed in the Makefile in the Galaxy root folder.

下面我们来详细分解一下 make docs 这个命令具体执行的构建步骤。
首先，在 Galaxy 根目录的执行 make docs，主要是执行了该目录下 Makefile 中的这几句命令：
docs: ## Generate HTML documentation.
# Run following commands to setup the Python portion of the requirements:
#   $ ./scripts/common_startup.sh
#   $ . .venv/bin/activate
#   $ pip install -r requirements.txt -r lib/galaxy/dependencies/dev-requirements.txt
    $(IN_VENV) $(MAKE) -C doc clean
    $(IN_VENV) $(MAKE) -C doc html

- $(MAKE)就是预设的 make 这个命令的名称（或者路径）。  

- -C：到指定目录下读取 Makefile 文件并执行（给出指定的目录的路径）。     
第二步，读取 doc 目录下的 Makefile 文件，并执行 make html。
html: $(GENERATED_RST)
    $(SPHINXBUILD) -b html $(ALLSPHINXOPTS) $(BUILDDIR)/html
    @echo
    @echo "Build finished. The HTML pages are in $(BUILDDIR)/html."

结合其中的一些参数，其实最终就是执行了下面这个命令完成最终的构建。
sphinx-build -b html -d build/doctrees source build/html


sphinx-build [OPTIONS] SOURCEDIR OUTPUTDIR [FILENAMES…]
sourcedir：path to documentation source files
outputdir：path to output directory
-b：BUILDER，builder to use (default: html)

了解了以上几个步骤后，我们就可以把 Galaxy 根目录的 doc 目录单独拎出来，通过 Sphinx 的命令实现独立构建部署。
1. 安装必须依赖¶
主要包括三个依赖。
pip3 install Sphinx sphinx_rtd_theme myst_parser

2. 修改配置¶
由于 sphinx-build 会读取 source/conf.py 并执行，但这个文件调用了 galaxy.version 模块：

所以，如果我们想要把 galaxy/doc 和 Galaxy 独立开来进行部署，就需要修改一下 source/conf.py：
# The short X.Y version.
#from galaxy.version import (
#    VERSION,
#    VERSION_MAJOR,
#)

VERSION_MAJOR = "23.1"
VERSION_MINOR = "5.dev0"
VERSION = VERSION_MAJOR + (f".{VERSION_MINOR}" if VERSION_MINOR else "")

3. 执行构建¶
$ sphinx-build -b html -d build/doctrees   source build/html
Running Sphinx v7.2.6
making output directory... done
myst v2.0.0: MdParserConfig(commonmark_only=False, gfm_only=False, enable_extensions={'deflist', 'attrs_block', 'substitution'}, disable_syntax=[], all_links_external=False, url_schemes=('http', 'https', 'mailto', 'ftp'), ref_domains=None, fence_as_directive=set(), number_code_blocks=[], title_to_header=False, heading_anchors=5, heading_slug_func=<function make_id at 0x7f46201a6a60>, html_meta={}, footnote_transition=True, words_per_minute=200, substitutions={}, linkify_fuzzy_links=True, dmath_allow_labels=True, dmath_allow_space=True, dmath_allow_digits=True, dmath_double_inline=False, update_mathjax=True, mathjax_classes='tex2jax_process|mathjax_process|math|output_area', enable_checkboxes=False, suppress_warnings=[], highlight_code_blocks=True)
loading intersphinx inventory from https://docs.python.org/3/objects.inv...
loading intersphinx inventory from https://requests.readthedocs.io/en/master/objects.inv...
intersphinx inventory has moved: https://requests.readthedocs.io/en/master/objects.inv -> https://requests.readthedocs.io/en/latest/objects.inv
building [mo]: targets for 0 po files that are out of date
writing output... 
building [html]: targets for 332 source files that are out of date
updating environment: [new config] 332 added, 0 changed, 0 removed
reading sources... [100%] ts_api_doc

...

generating indices... genindex done
highlighting module code... 
writing additional pages... search done
copying images... [100%] releases/images/23.1-hdf5.png
dumping search index in English (code: en)... done
dumping object inventory... done
build succeeded, 1223 warnings.

The HTML pages are in build/html.

最后生成的静态文件都保存在了 build/html 目录，我们可以借助 NGINX 或者其他 Pages 就可以直接看到一个一模一样对应当前 Repo 版本的 Galaxy Project 文档了。



不要使用 requirements.txt
shenweiyan — Wed, 03 Jan 2024 00:00:00 +0000

作者：Miikka Koskinen     

编译：沈维燕     

时间：原文发表于 2023-10-31     

原文：Do not use requirements.txt

你是否在用 Python 开发后端服务？我有两条建议：

不要使用 pip 和 requirements.txt 来管理 Python 依赖。它们缺乏一些应该内置的关键功能。
改用 Poetry。



对我来说，第一条建议毋庸置疑。第二条则更具有暂时性：Poetry 是一个很好的选择，但并非唯一值得考虑的选择。
我将在下面进行解释。
请注意：如果你使用 Python 做其他事情而不是构建后端服务，那么本文中的建议可能并不适用于你。例如，如果你是一个正在迁移 setup.py 的库开发者，Poetry 并不明显是一个完美的选择。
PIP 缺失的功能¶
pip 是一个工具，你可以用它从 The Python Package Index (PyPI) 中安装软件包。它随 Python 一起安装，如果你是 Python 开发者，你可能已经多次使用过它。
管理 Python 项目依赖的传统方式是将它们列在一个名为 requirements.txt 的文件中，并使用 pip install -r requirements.txt 进行安装。然而，pip 被设计成一个软件包安装工具，而不是一个功能齐全的项目工作流工具。pip 缺乏两个关键功能，即依赖的锁定文件 (dependency lockfiles) 和虚拟环境的自动管理(automatic management of virtualenvs)。
依赖锁定文件¶
如果你希望在所有环境中（比如你的笔记本电脑、持续集成(CI)、生产环境）获得相同的行为，你需要锁定你的依赖项及其传递依赖的版本。你可以在 requirements.txt 中锁定你直接依赖的版本，例如，使用 requests==2.31.0 而不是 requests。
然而，pip 不会锁定传递依赖的版本。这可以通过使用 pip-tools 来解决，将 requirements.txt 扩展成一个列出完整依赖图的文件，包括准确版本和构件的校验和(checksums for the artifacts)。pip-tools 很不错，但你需要自行设置并弄清楚它如何适应你的工作流程。
在其他编程语言中，这个功能是基本要求的 - 例如，npm 多年来一直有 package-lock.json，Cargo 也有 Cargo.lock。这个功能实在应该是一个项目工作流工具中的内置功能。
虚拟环境的自动管理¶
在 Python 中创建隔离环境的方式是使用 virtualenvs。传统上，你需要手动管理它们：通过一个 shell 命令创建一个（比如 python -m venv example 来创建名为 example 的虚拟环境），当你想要使用它时，需要用另一个 shell 命令来激活它。
这容易出错：忘记激活虚拟环境或者激活错误的虚拟环境是常见的错误。有一堆的解决方法。例如，你可以使用 pyenv-virtualenv，在进入项目目录时让你的 shell 自动激活一个虚拟环境。direnv 也可以做到。
同样，这也应该成为工作流工具中的一个内置功能。你不应该需要将多个工具粘合在一起。你不会听到 npm 或 Cargo 用户在虚拟环境上遇到问题的。
Poetry 及其他选择¶
幸运的是，许多人已经意识到这些问题并努力解决它们。不太幸运的是，这导致了大量的 Python 项目工作流工具涌现。那么该如何选择呢？
我的建议是：选择 Poetry。它有锁定文件，有虚拟环境管理，而且很受欢迎且在积极开发中。根据我的经验，它并不完美，但是它起作用。
你也可以考虑 Hatch 或 PDM。它们与 Poetry 相似。我自己没有使用过它们，但我听说其他人成功地使用了它们。Hatch 似乎在库作者 (library authors) 中特别受欢迎。
如果你正在寻找一个更强大的选项，可以处理多个子项目，Pants 构建系统在 Python 支持方面做得很好。然而，它的学习曲线相对陡峭。
最后，如果你正在寻找一个类似 rustup 那样可以为你安装 Python 的解决方案，那么有 rye。它是新的实验性工具，但也许它对你来说是正确的选择？
哪个是权威的工作流工具？¶
如果 Python 自带一个权威的项目工作流工具会很好。很多人希望 pip 成为这样一个工具。Node.js 自带 npm，Rust 自带 Cargo，那么为什么 Python 就不能有一个呢？为什么会有这么多竞争的选择呢？
据我所知，最大的障碍是，由于 Python 被广泛使用且用于许多不同的用例，制定一个通用的官方解决方案是困难且缓慢的（并且资金不足的）工作。另外，也不清楚 pip 是否适合这些功能。
如果你想了解更多信息，请阅读和听取这些与我不同、深度参与 Python 社区的人的意见：  

- Stargirl (Thea Flowers) on Fediverse：《所以你想解决 Python 打包问题：一个实用指南》
- Pradyun Gedam：《关于 Python 打包生态系统的思考》
- Talk Python to Me (podcast)：《重新构想 Python 的打包工作流程》
关于 Clojure¶
阅读我的博客的 Clojure 开发者可能会问：嘿，Clojure 怎么样？为什么我们没有锁定文件呢？这是一个很好的问题！
Clojure 社区通过始终使用明确的版本而不是版本范围来解决了这个问题，即使在库中也是如此。版本描述实际上支持范围，但没有人会使用它们。这样，只要版本解析算法稳定，你总是会得到相同的版本。
理论上，传递依赖项版本不匹配可能是一个问题，但 Clojure 支持一种编码风格，很少引起问题。
相比之下，在 Python 和 Node.js 社区，通常期望库列出其依赖项的版本范围，而软件包管理工具会抱怨版本不匹配的问题。



基于 Matrix 协议的 Elements 通讯加密应用
shenweiyan — Thu, 28 Dec 2023 00:00:00 +0000
Matrix 是一个开源、开放、轻量级、去中心化的即时聊天通讯协议，它是包括 deepin、Mozilla、Fedora、KDE、Archlinux、Debian 等开源社区均在广泛使用的即时聊天协议。


Element 是 Matrix 官方性质的，基于 Web 技术的 Matrix 客户端实现，除了网页环境外，也有桌面客户端可用。可以在你所使用的发行版的应用商店或包管理工具中搜索 element-desktop 或近似名称来检索和安装此客户端，然后即可运行并登录你的帐号。
Element 可以和 GitHub 的仓库实现关联，把 GitHub 仓库的诸多信息同步到 Element。



阅读别人的博客
shenweiyan — Wed, 27 Dec 2023 00:00:00 +0000
很多时候阅读别人的博客（站点），总能发现一些好玩的人和事物。2023 年被椒盐豆豉的一篇《2023 年了你为什么需要写博客》所吸引，尤其是 “博客是赛博空间的另一个你，也能反过来定义你” 这一句，写出了很多心声。



比较反感 “个人品牌” 这个过于商业化的说法，不写技术不写学术的非实名博客甚至起不到简历作用。但它确是比简历更 “像个人”，比碎片化社交网络更全面展现我是怎样一个人的网络门面。当然这是我这个博客的用法，网上靠博客经营自己品牌的也比比皆是。总之，内容的自由度和高度的定制化让博客可以成为任何你想让它成为的东西。反之，博客写的久了，发现 “写博客” 也已经成为了自己（不只是线上） identity 的一部分——毕竟这是很多人认识我的渠道，也重塑了我的一部分自我认知。

鉴于此，终于在个人的站点新增加了一个友链页面，把一部分有意思的博客与站点都以友链的方式放到了这里（会不定期清理失效域名、停更的博客）。



Pandas 处理 Excel 常用方法技巧
shenweiyan — Tue, 26 Dec 2023 00:00:00 +0000
在使用 Pandas 前需要学习了解一下 Series 和 DataFrame 的基本数据结构和索引的相关概念，之后就可以练习基本的 Excel操作。Pandas 读取一个 Excel 文件后会将其转化为 DataFrame 对象，每一列或行就是一个 Series 对象。这里我们看下如何对一个 excel 进行读写，以及 Sheet、行列、表头处理的一些常用技巧。
读取 Excel¶
如果您想读取 Excel 表格中的数据，可以使用 read_excel() 方法，其语法格式如下：
pd.read_excel(io, sheet_name=0, header=0, names=None, index_col=None,
              usecols=None, squeeze=False,dtype=None, engine=None,
              converters=None, true_values=None, false_values=None,
              skiprows=None, nrows=None, na_values=None, parse_dates=False,
              date_parser=None, thousands=None, comment=None, skipfooter=0,
              convert_float=True, **kwds)



下表对常用参数做了说明：



参数名称
说明




io
表示 Excel 文件的存储路径。


sheet_name
要读取的工作表名称，默认0，即读取第一个工作表作为 DataFrame(一定要加sheet_name=None，才能读取出所有的 sheet，否则默认读取第一个 sheet)。


header
指定作为列名的行，默认0，即取第一行的值为列名；若数据不包含列名，则设定 header = None。若将其设置为 header=2，则表示将前两行作为多重索引。


names
一般适用于Excel缺少列名，或者需要重新定义列名的情况；names的长度必须等于Excel表格列的长度，否则会报错。


index_col
用做行索引的列，可以是工作表的列名称，如 index_col = ‘列名’，也可以是整数或者列表。


usecols
int或list类型，默认为None，表示需要读取所有列。


squeeze
boolean，默认为False，如果解析的数据只包含一列，则返回一个Series。


converters
规定每一列的数据类型。


skiprows
接受一个列表，表示跳过指定行数的数据，从头部第一行开始。


nrows
需要读取的行数。


skipfooter
接受一个列表，省略指定行数的数据，从尾部最后一行开始。



示例如下所示：
import pandas as pd

# 读取所有Sheet
df = pd.read_excel('example.xlsx', sheet_name=None)

# 读取第一个、第二个和名为"Sheet5"的工作表作为 DataFrame 的字典
df = pd.read_excel('example.xlsx', sheet_name=[0, 1, "Sheet5"])

获取行数和列数¶
import pandas as pd

df = pd.read_excel('example.xlsx')
# 行索引
print(df.index)  
# RangeIndex(start=0, stop=3747, step=1)

# 输出元祖,分别为行数和列数,默认第一行是表头不算行数
print(df.shape) 
# (3747, 4)

获取表头¶
read_excel 默认是把 excel 的第一行当成表头。注意：如果 read_excel 的 sheet_name=None，读取的是所有 excel 的 sheet_name(key) 和 sheet_values(values) 组成的字典，df.keys() 的结果是所有 sheet_name，即名字(字典的键)。
获取第一个 sheet¶
这时候 df.keys() 和 df.columns 的结果是一样的，都是第一个 sheet 的表头。
import pandas as pd

df = pd.read_excel('input.xlsx')
print(df.keys())
print('---------------')
print(df.columns)

获取所有 sheet¶
import pandas as pd

# 参数为 None 代表读取所有 sheet
df = pd.read_excel('input.xlsx',sheet_name=None)

# 获取所有sheet名字, 如果read_excel参数不是None, 则df.keys()为表头
sheet_names = list(df.keys())
print(sheet_names)

参考资料¶

老董，《pandas获取excel的行数,列数,表头,sheet,前后行等数据》，Python编程网
《Pandas Excel读写操作详解》，C语言中文网
《pandas.read_excel — pandas 2.1.4 documentation》，pandas documentation — pandas 2.1.4 documentation




GitHub Discussions 使用与思考
shenweiyan — Wed, 06 Dec 2023 00:00:00 +0000
从2023年7月起我所有可公开的文档都保存在了 GitHub Discussions 上，作为博客、IED 编辑器，以及评论使用，GitHub Discussions 是完全没问题的。


开源的代名词¶
开源已成为 GitHub 的代名词。

当开发者谈论开源时，通常会想到 GitHub，它不仅仅是一个代码托管平台，更是一个汇聚了全球开发者的社交中心。过去，开发者发布一款软件后，都是在自己的小圈子里默默努力和交流，现在通过 GitHub 平台可以方便地与全球的开发者分享、交流和协作。贡献者在这里展示自己的才华，追随者在这里寻找强者的脚印，等待着被世人认可的时刻。

体验与感受¶
由于 GitHub 是直接 markdown 源码进行书写，正常的导出基本不会有格式错乱的问题，这一点非常好。不像有一些富文本的编辑器，动不动就给你增加几个换行或者空格什么的额外字符。
借助 GitHub GraphQL API + Python + GitHub Actions 进行每天定时导出非常顺滑，导出来的文档可以随意折腾，自由度非常大。
专业书籍文档¶
今天忽然想到的一个问题，即如果作为专业性比较强的系列文档写作，如《Hello 算法》 这样专业性和逻辑性非常明确的专业书籍，使用 GitHub Discussions 写作应该是有点不太合适。
但又仔细想了一下，如果只是写作应该是没问题的 —— 我们可以用 sections 或者 categories，甚至是 tags 进行书籍分类，最后在导出的时候借助这些标签把相关的文档整合到一块，再借助 nav 梳理成大纲展现给读者阅读就可以。所以，总的来说可以用于专业书籍写作(编辑)，但不太适合用于专业书籍的呈现和阅读 —— 主要是大纲和逻辑性会变得不明显。
目录和分类标签¶
GitHub Discussions 目前最多支持 25 个 categories，这是一个限制。因此，通过 section+category 我们在 Discussions 上最多只能实现两级的目录结构，所以对于三级和三级以上的目录结构目前暂时无能为力。
因此，想到一个折中的解决方法：使用 labels 来区分第三级目录结构。
1.1-生信
  - 1.1.1-算法
  - 1.1.2-数据
  - 1.1.2-软件

然后，导出 Discussions 的时候需要在本地先在本地建立一个 section+category: dictory 一一对应的字典，最后通过这个字典把不同的讨论 md 归档至对应的目录。
1.1-生信:
    1.1.1-算法: docs/cookbook/生物信息/算法
    1.1.2-数据: docs/cookbook/生物信息/数据
    1.1.2-软件: docs/cookbook/生物信息/软件
    ...

GitHub GraphQL API¶
GitHub Discussions 的 API 操作主要依赖 GitHub GraphQL API。

概述¶
GraphQL 是一种用于应用编程接口（API）的查询语言和服务器端运行时，它可以使客户端准确地获得所需的数据，没有任何冗余。
GraphQL 有什么用？¶
GraphQL 旨在让 API 变得快速、灵活并且为开发人员提供便利。它甚至可以部署在名为 GraphiQL 的集成开发环境（IDE）中。作为 REST 的替代方案，GraphQL 允许开发人员构建相应的请求，从而通过单个 API 调用从多个数据源中提取数据。
此外，GraphQL 还可让 API 维护人员灵活地添加或弃用字段，而不会影响现有查询。开发人员可以使用自己喜欢的方法来构建 API，并且 GraphQL 规范将确保它们以可预测的方式在客户端发挥作用。
From：《什么是 GraphQL？核心概念解析》- 红帽


中文文档：https://docs.github.com/zh/graphql/guides/introduction-to-graphql
在线使用：https://docs.github.com/en/graphql/overview/explorer

获取 discussions 主要信息¶
{
  repository(owner: "shenweiyan", name: "Knowledge-Garden") {
    discussions(orderBy: {field: CREATED_AT, direction: DESC}, categoryId: null, first: 5) {
      nodes {
        title
        number
        url
        createdAt
        lastEditedAt
        updatedAt
        body
        bodyText
        bodyHTML
        author {
          login
        }
        category {
          name
        }
        labels(first: 100) {
          nodes {
            name
          }
        }
        comments(first: 10) {
          nodes {
            body
            author {
              login
            }
          }
        }
      }
      pageInfo {
        hasNextPage
        endCursor
      }
    }
  }
}

获取 discussions categoryId¶
参考：《how to get github discussions categoryId》
{
  repository(owner: "shenweiyan", name: "Knowledge-Garden") {
    id
    name
    discussionCategories(first: 30) {
      nodes {
        id
        name
      }
    }
  }
}

其他的一些问题¶
目前，通过 GitHub GraphQL API 暂时无法获取 Sections 的信息。
简单的总结¶
拥抱 GitHub Discussions 的一个前提是你可以随时登录 GitHub，如果你已经解决了这个问题，也想着像我一样 Using Github discussions as your blog engine，那么你可以参考一下我的 shenweiyan/Knowledge-Garden 仓库。



MkDocs Material 安装部署和使用
shenweiyan — Wed, 06 Dec 2023 00:00:00 +0000
MkDocs 是一个快速、简单、华丽的静态网站生成器，适用于构建项目文档。文档源文件以 Markdown 编写，并使用一个 YAML 文件来进行配置。Material for MkDocs 是 MkDocs 的一个主题配置，更加简洁美观，更新和维护也更加及时和频繁，且社区也更加活跃。


安装¶
主要使用的一些软件包以及模块 (requirements.txt) 如下：
mkdocs==1.5.3
mkdocs-material
mkdocs-rss-plugin
mkdocs-git-revision-date-plugin
mkdocs-include-dir-to-nav==1.2.0
mkdocs-glightbox
jieba

pip3 install -r requirements.txt

查看 mkdocs-material, mkdocs 的版本：
$ mkdocs --version
mkdocs, version 1.5.3 from /usr/local/software/python-3.9.18/lib/python3.9/site-packages/mkdocs (Python 3.9)

$ pip3 show mkdocs-material
Name: mkdocs-material
Version: 9.4.4
Summary: Documentation that simply works
Home-page: 
Author: 
Author-email: Martin Donath <martin.donath@squidfunk.com>
License: 
Location: /usr/local/software/python-3.9.18/lib/python3.9/site-packages
Requires: babel, colorama, jinja2, markdown, mkdocs, mkdocs-material-extensions, paginate, pygments, pymdown-extensions, regex, requests
Required-by:

使用¶
本地预览：
$ mkdocs serve -a 0.0.0.0:8000

问题与解决¶

Pagination 分页与 git-revision-date 冲突，导致无法构建 - 参考 mkdocs-material/discussions/6156
Support Markdown in the copyright string #5134
如何在 MkDocs 的版权部分自动添加年份 - squidfunk/mkdocs-material#4969
如何定制博客插件的归档页面 - squidfunk/mkdocs-material#6324

期待的功能¶
这是一个个人非常期待的功能，大部分目前已经可以在 Insiders 版本中使用，社区公开的版本尚无法使用。

博客插件的自定义归档、目录页面每页文档数 - squidfunk/mkdocs-material#6383
内置隐私插件（方便内网/国内部署加速访问）- Built-in privacy plugin - Material for MkDocs  

    内置隐私插件(privacy plugin) 在 9.5.0 中已经k可以正常使用了，下一个值得期待的就是该插件的 assets_exclude 功能！




为 Material for MkDocs 增加博客插件
shenweiyan — Wed, 06 Dec 2023 00:00:00 +0000
Material for MkDocs 从 9.2.0 开始内置博客插件，内置博客插件添加了对从帖子文件夹构建博客的支持，这些帖子带有日期和其他结构化数据注释。


Material for MkDocs makes it very easy to build a blog, either as a sidecar to your documentation or standalone. Focus on your content while the engine does all the heavy lifting, automatically generating archive and category indexes, post slugs, configurable pagination and more.
Material for MkDocs 使构建博客变得非常容易，无论是作为文档的附属工具还是独立的博客。专注于您的内容，而引擎会完成所有繁重的工作，自动生成存档和类别索引、帖子段、可配置的分页等等。
存在的一些问题和使用体验：

在 Markdown 中使用 <!-- more --> 的写法分割 description 和全文，总感觉有点别扭；
Pagination 分页与 git-revision-date 冲突，会引发构建错误 - 参考 mkdocs-material/discussions#6156

写博客¶
有感于 Material for MkDocs 的博客结构，现在基本上可以实现使用 Discussions 进行 MkDocs blog 编辑与写作 —— 在 Discussions 上写完文章，借助第三方工具或者 GitHub Actions 导出为 Markdown 文件，保存到 docs/blog/posts 就可以啦！
加评论¶
借助 giscus，可以非常方便在文章页中插入指定的 discussions —— 在导出 discussions 的时候，在文章尾部增加类似以下 JavaScript 即可：
<script src="https://giscus.app/client.js"
        data-repo="shenweiyan/Knowledge-Garden"
        data-repo-id="R_kgDOKgxWlg"
        data-mapping="number"
        data-term="4"
        data-reactions-enabled="1"
        data-emit-metadata="0"
        data-input-position="bottom"
        data-theme="light"
        data-lang="zh-CN"
        crossorigin="anonymous"
        async>
</script>

自定义归档页面¶
mkdocs-material 的归档页面跟博客 index 主页面基本是一个样，如果想要列表式的自定义，可以参考 squidfunk/mkdocs-material#6324 和 squidfunk/mkdocs-material#6383。
官方在 8ecee7b (Insiders) 中增加了几个个性化的新设置参数：  

archive_pagination
archive_pagination_per_page
categories_pagination
categories_pagination_per_page

所以，等开放给公用版本使用后，可以再好好折腾一下。



跳过任意开屏广告和内部弹窗广告
shenweiyan — Wed, 06 Dec 2023 00:00:00 +0000
今天去用了一下 gkd—— 点击跳过任意开屏广告/点击关闭应用内部任意弹窗广告的应用，发现真不错，记录一下遇到的一些问题。


具体使用步骤如下。
1. 开启权限¶
应用安装后，“主页” 页面的这几个权限都需要开启（尤其是无障碍权限），否则应用无法跳过广告，不起作用。   

华为鸿蒙系统怎么开启无障碍模式（也可以参考：通过快捷方式启动无障碍功能）： 

打开辅助功能，进入手机设置界面，点击【辅助功能】。
打开无障碍，点击【无障碍】。
打开已安装的服务，下拉到页面底部，点击【已安装的服务】。
选择服务，选择要设置的服务【GKD】，点击进入。
打开服务开关，点击服务右侧【开关】按钮。
确定打开。

这里会有一个问题：鸿蒙手机无障碍打开后，点击清理后台会自动关闭！参考：gkd-kit/gkd#201
具体可以参考华为官方给出的解决方法——《华为手机/平板无障碍中的第三方应用的服务开关自动关闭》。
2. 更新订阅¶
应用安装后，“订阅” 页面的本地订阅如果没有规则，则需要下拉执行更新一下即可（参考：gkd-kit/gkd#100）。

3. 设置¶
这是个人在使用时候 “设置” 页面的一个截图。    




使用 meta 实现页面的定时刷新或跳转
shenweiyan — Tue, 05 Dec 2023 00:00:00 +0000
这个方法最开始是在 Linlin Yan (颜林林) 的 GitHub Pages 上第一次看到。后来，随着自己也用上了，就开始有了更深一些的认识。


跳转域名¶
在 yanlinlin82/yanlinlin82.github.io 看到一个通过 https://yanlinlin82.github.io 可以直接重定向到 https://yanlinlin.cn/ 的用法 —— 只需要把 index.html 写成这样就可以：
<!DOCTYPE html>
<html>
  <head><meta http-equiv="refresh" content="0; url=https://yanlinlin.cn/"></head>
  <body></body>
</html>

页面定时跳转与刷新¶
这部分的内容主要来源自：《小tip: 使用meta实现页面的定时刷新或跳转》。

meta 源信息功能之页面定时跳转与刷新¶
几乎所有的网页头部都有<meta>源信息。除了我们常用的定义编码、关键字(name=”keywords”)、描述(name=”description”)(for SEO)，还可以定义视区大小、缩放比例等(for 移动端)，如下：
<meta name="viewport" content="width=device-width,initial-scale=1.0">

以及，定义网页的过期时间，Cookie 的过期时间等等。
文本要介绍的内容，科科，跟上面都没关系。哦，抱歉，都有关系，只是名称我故意没提到。主角嘛，总要最后闪亮登场！
就是我们网页平时跳转，还可以使用 <meta> 实现，下面几个典型代码示例：  

<meta http-equiv="refresh" content="5">

这个表示当前页面每5秒钟刷一下，刷一下~
<meta http-equiv="refresh" content="2; url='/'">

这个表示当前页面2秒后跳到首页~    
<meta http-equiv="refresh" content="0; url='http://www.qq.com/'">

页面直接跳转到腾讯网~
所以，当我们下次遇到“登录成功，正在跳转到您之前访问页面……”的时候，可以使用<meta>的这个refresh刷新，跳转功能，可以说是成本最低的。    
您可以狠狠地点击这里：meta与当前页面定时刷新Demo   


上面 Demo 效果就是上面第1个示例代码效果。        
根据我的测试，此特性包括IE7在内的浏览器都是支持的。    
问题来了：为何 meta 跳转不火呢？¶
大家可以看到，meta 跳转，使用方便，不用写 JS，不用会后台代码，定时跳转刷新什么的玩得照样很溜，而且兼容性好，为啥总感觉不温不火，很少看见有人提及呢？    
新晋的小伙伴不知有没有听过这么一个词，叫做“万恶的IE6年代”。
据说，当年，这一批老旧的浏览器，问题很多，其中就有对meta 两个小小的不友好。我也是听说，不一定准确。坊间是这么传闻的：    

时间设为0的跳转，有时候页面会闪一下；    
跳转到其他页面，浏览器后退按钮是不能用的；     

但是啊，现在是什么年代啊，监狱风云都拍到第二季了，这些老问题，我觉得就可以忽略不计了。    
不妨大胆试试 meta 跳转，好好利用下浏览器的原生特性，说不定就会发现比什么 JS 跳转之流用得更开心。

所以，在文章的最后有一个小想法 —— 我们是不是也可以利用这个方法实现无数个链接 301 重定向( URL 转发)，再也不需要担心是否需要主机+Nginx 之类！



博客与写作的一些思考
shenweiyan — Tue, 05 Dec 2023 00:00:00 +0000
关于写作原本的想法，只是想写点自己在学习、工作、生活上的一些心得和体会，把一些知识点记录下来。
留言的初衷是，希望自己写下来的东西能够有人一起探讨。哪怕你把我的观点批评得一无是处也可以，哪怕你说我的句子狗屁不通也没关系，只要有评判，我相信总有一天我会变得更好。


写作也好留言也罢，博客也只是一种实现的载体，语雀、博客园也是同样的道理，平台的选择虽然重要，但根本还是在于内容。
每次看到人家一些内容翔实，界面优雅的博客，总要跟自己说，要忍住再去折腾博客的冲动，什么 UI，什么 CSS/HTML，都是浮云，内容才是核心，老老实实回归最简单的 Issues 和 Discussions 已经足够了。另外，需要知道的是，博客其实就是写给自己看的，什么 SEO 流量、关注度、知名度还是需要一颗随缘的心态。
使用 Issues 当作博客也是挺不错的~

https://github.com/Meekdai/Gmeek
https://github.com/yihong0618/gitblog
https://github.com/yutingzhao1991/github-blogs-collector

关于部分平台商业化的写作，有两点自认为讲的挺好：    

商业化已经改变了写作的初衷。    
当写文章变成盈利的手段，那么，写出来的东西是没有灵魂的。




2022 年的十大生物学突破
shenweiyan — Fri, 01 Dec 2023 00:00:00 +0000

作者 | Niko McCarty  

翻译 | 章鱼猫先生  

日期 | 原文发表于 2022.12.10  

来源 | Biology Breakthroughs of 2022 - Codon    
您正在阅读 Codon，这是一份关于生物 + 技术进步和为人类创造更光明未来的想法的时事通讯。  

这是今年的最后一部作品。几周后我会在这里见到你！    




    

    大约 1950 年代，戴着加压氧气面罩的男子



“当你经历历史时，历史永远不会像历史。它总是看起来很混乱和凌乱，而且总是让人感觉不舒服。”  

—— 约翰·W·加德纳

许多我非常敬佩的作家都对“进步的停滞”写出了令人信服的论战。科学越来越难，发现越来越小（平均而言），这两件事都很糟糕。
如果你召集来自世界顶级院系的 93 位物理学家，让他们将 1910 年代获得诺贝尔奖的发现与 80 年代的另一个发现进行比较，他们通常会说更早的发现更重要。
与五十年前相比，今天实现技术飞跃也更加困难。将计算机芯片上的晶体管数量增加一倍（又名摩尔定律）需要的研究人员数量是 1970 年代初期的 18 倍。今天发表的学术论文被美国专利引用的可能性不到 30 年前发表的论文的一半。
这些不断缩减的回报正处于历史高位之中。
美国每年授予超过 50,000 个科学和工程博士学位；这个数字在 1960 年还不到 10,000。联邦对科学的资助也（基本上）处于历史最高水平。科学论文的总数呈指数级增长，但每篇论文的平均作者人数在过去一百年里大约翻了两番。

    

    From "The Science of Science" by Wang and Barabási.


出于某种原因，这些都是生物学进步的不完美指标。但是有很多零散的证据表明，科学正在变得越来越不划算，即使感觉进步从未像现在这样快。我相信——基于轶事证据，真的——如果以每年获得诺贝尔奖的发现为基准，生物技术不会停滞不前。只是诺贝尔奖每年都会颁发一次，而且不乏令人惊叹的论文在排队等待获得最高奖项。所以，当然，并不是每个有价值的人都会赢。
哦，如果你拿我之前提到的物理学调查结果，对医学和化学做同样的实验，结果就会颠倒过来——20 世纪下半叶发现的相对重要性超过了上半叶。
不管停滞与否，生物学都存在巨大的低效率。它可以——应该！- 移动得更快。
许多论文需要一年多的时间才能发表，在期刊官僚的严密监视下，被搁置在数字化的边缘。漫长的等待可能也不值得——同行评审通常是无用的，而且很多糟糕的科学无论如何都能通过。许多伟大的想法也从来没有发表在论文上，因为，好吧，他们从来没有得到资助。NIH 拨款审查非常不一致。如果您向 43 位不同的审稿人提供 25 份拨款建议，他们的评定者间可靠性（衡量分数一致性的指标）基本上为零，即使拨款已经获得资金和先前评审小组的高分！给予相同审稿人的无资金资助与有资金资助的资助得分一样。
那么生物学文献呢？那也是一团糟。山姆·罗德里克斯 (Sam Rodriques) 在最近的一篇文章中写道，科学论文“因委托而变得不可靠”，并且“因遗漏而变得不可靠”。换句话说，一些研究（一小部分）只是编造的。教授或学生为了发表论文而捏造数字，如果有人说他们在胡说八道，编辑可能要过好几年才会撤稿。
不过，更大的问题可能是疏忽。科学期刊喜欢发表积极的结果，所以大多数消极的发现永远不会出现在光鲜的期刊上。如果有人进行的实验表明药物 A 与受体 B 结合，他们会发表它——但忽略提及药物 A 不会通过 Z 与受体 C 结合。无效结果很少传给科学家，他们中的许多人已经几个月来一次又一次尝试实验的痛苦经历，后来才发现 1970 年代的一篇不起眼的论文使他们所有的努力都变得毫无意义。
我告诉你这些悲伤的事情——停滞不前的科学和可怕的低效率的故事——是为了说明一个观点：生物学在去年取得了如此大的进步，真是令人惊讶。生物学的进步证明了人类渴望探索、失败，然后继续前进的愿望。这份时事通讯庆祝人类的成就，并重点介绍了过去 12 个月生物学领域的十大进步。
此列表中的所有内容均来自 Codon 的上一期，因此希望您能在评论中指出我的错误和遗漏。我的入选标准很简单：该列表仅包括 2022 年期间发布到 bioRxiv 或发表在期刊上的论文。我不包括公司成就——这实际上可能是它自己的列表——除非他们发布了数据。(入选)列表中的一些项目包括了多篇论文，因为整个子领域发展得非常快。
汇总“十佳排名”最大的危险是完全主观的，有很多优秀的东西没有入选，而且很多其他作家已经做到了(虽然我还没有看到专门针对生物学的清单)。诺亚·史密斯 (Noah Smith) 发布了他 2023 年的技术乐观主义清单 (techno-optimism list)，其中包括对生物技术的简要提及，而《大西洋月刊》(The Atlantic) 发表了他们的 “年度突破 (breakthroughs of the year)”，然后立即将该文章设置为付费文章。
然而，有必要专门为生物学列出一份完整的榜单，因为很多伟大的事情在人工智能的阴影下被忽略了。人类基因组计划（始于 1990 年）终于在今年完成了，一个庞大的科学家团队填补了最后 8% 的序列空白。科学家们还使用 mirror-image DNA 聚合酶制作了镜像 DNA (mirror-image DNA)，并发现了一类新的 CRISPR 蛋白质，它们可以剪切蛋白质而不是基因。机器学习正在蛋白质工程中掀起波澜，例如有一种基于算法被设计出来的酶，这种酶可以比自然界中发现的任何酶更快地分解 PET 塑料。
我不确定今年的进展是否与生物进展是否整体停滞不前有关。但有一件事是不变的：生物学变得越来越奇怪，而我会一直关注它。
10. 走向合成细胞¶
从纯化学成分构建合成细胞是生物学的圣杯。如果实现了这一壮举，将证明我们已足够详细地理解生命运作的大体轮廓，并有足够的细节可以在实验室中重现它。这也将成为定制细胞的起点，这些细胞可以检测有毒污染或制造药物，同时又不会成为生物安全风险或存在感染风险。
今年有几篇论文推动了合成细胞的发展，但其中有两篇让人印象深刻。第一篇是在 bioRxiv 上发表的预印本，据称是首次证明核糖体（大分子蛋白质，负责合成其他蛋白质）可以在活细胞之外制造。这是在合成细胞内从头生产蛋白质的重要起点。
我们还在合成细胞分裂方面取得了重要进展。一项研究报告说，仅使用五种蛋白质就可以在脂肪泡中制造合成分裂环！当这些蛋白质聚集在一起时，它们会收缩并向气泡施加力（下面的 GIF）。    

    

    合成分裂环在气泡内形成的延时摄影


9. 更好的碱基编辑器¶
早在 2016 年，《自然》杂志的一篇论文就报道了第一个碱基编辑蛋白，它可以将 DNA 中的 “C” 替换为 “T”，而无需将基因组一分为二。它的重要性立即显而易见——许多严重的遗传疾病是由 DNA 中的单个碱基交换引起的，现在这些突变可以被修复。
碱基编辑器已经成熟。这些基因编辑蛋白在发明后仅仅五年就以创纪录的速度进入临床试验，目前 Verve、Beam 和其他公司正在进行针对镰状细胞病、高胆固醇和 Stargardt 病的试验。
然而，碱基编辑的主要挑战之一是编辑线粒体基因组很棘手，许多遗传疾病都源于此。早在 2020 年，一篇论文就表明碱基编辑器可以成功进入线粒体并使 “C” 变为 “T”，但其前景并不乐观。今年 5 月，一篇后续论文称，实际上，这些线粒体基因编辑器诱发了 “大量” 脱靶突变，这意味着它们编辑的位置比预期的要多，弊大于利。
但创新不会因失败而受阻。仅今年一年就至少发表了三篇论文，使线粒体碱基编辑器变得更小或更准确。让碱基编辑酶进入线粒体或编辑其 DNA 从未如此简单。我相信我们很快就会看到一些针对线粒体相关疾病的临床试验。
8. 噬菌体传播病毒¶
今年对噬菌体来说是个好年头。这真的很合适，因为它也是 Felix d’Herelle 著名实验 100 周年纪念日。1922 年，这位巴黎微生物学家证明噬菌体（感染细菌的小病毒）可以根除兔子和小动物体内的 “痢疾杆菌和其他杆菌”。
我们现在正经历着临床疗法的准复兴时期，噬菌体经常被用来消除抗生素无效的感染（尤其是在欧洲医院）。几周前，一个欧洲科学家团队使用实验性噬菌体疗法挽救了一名幼儿的生命。器官移植后，这个小男孩感染了抗生素无法清除的耐药性感染。在用定制的噬菌体鸡尾酒 (a custom-made phage cocktail) 治疗两年多后，孩子在家中恢复了健康。
5 月，丹佛的一个团队使用噬菌体治疗一名患有严重囊性纤维化的男孩的脓肿分枝杆菌感染。噬菌体将感染控制了一年多，直到获得供体肺。我相信我们会在 2023 年看到定制噬菌体疗法进入临床。    

    



7. 血友病基因疗法¶
Hemgenix 是一种治疗 B 型血友病的基因疗法，几个月前获得了 FDA 的批准。它的价格达到了 350 万美元，使其成为有史以来最昂贵的药物（这并不好）。根据 III 期临床试验数据，它在患者的是安全有效期至少两年。
血友病 A 的基因治疗进展缓慢，该病由一种名为 VIII 的不同凝血蛋白突变引起。5 月的一项研究表明，针对肝脏的基因疗法在非人类灵长类动物中效果很好，可以导致 “总凝血因子 VIII 输出增加 10 倍以上”。3 月份发表的一项有 134 名参与者参与的 I/II 期临床试验表明，使用腺相关病毒进行的基因疗法，也用于肝脏，可减少血友病患者的出血事件。但是，它带来了很多副作用；每个试验参与者至少有一次不良事件。尽管如此，血友病仍是基因治疗的 “低悬” 目标之一，这些试验是其他正在进行中的目标的有用酸性测试。
6. 合成胚胎¶
今年，从老鼠身上采集的干细胞被用来制造 “类胚胎结构”，其中包含工作的肠道、跳动的心脏和头脑的雏形，而不需要精子或卵子。
以色列的 Jacob Hanna 团队发表了一篇最初的论文，于 8 月在 Cell 上发表。据《卫报》报道，这些作者后来成立了一家名为 Renewal Bio 的公司，”旨在培养人类合成胚胎，为医疗条件提供组织和细胞”。剑桥大学和加州理工学院的一个团队也在 8 月 2 日发布了一份预印本，表明这些 “合成胚胎”准确地概括了 “从胚胎第 5.5 天到第 8.5 天的发育事件，包括原肠胚形成、前后轴的形成、大脑，跳动的心脏结构，以及胚胎外组织（包括卵黄囊和绒毛膜）的发育。”
合成胚胎——正确形成的概率只有 0.5% 左右——有几个潜在的用途。例如，这些结构可以用于研究器官在发育过程中的形成，也可用于在不使用真实胚胎的情况下测试药物。    

    

    Embryoids after six days. From Kasey Lau et al. on bioRxiv. Link


5. 细胞重编程¶
今年的一大亮点：首次证明仅靠化学物质就能将人体细胞重新编程为干细胞。这一突破需要十多年的时间，并需使用 11 种不同的化学物质，以及一到两个月的工作时间，所以仍需要一些微调。早在 2013 年，同一个小组就已使用这种方法实现了小鼠细胞的转化，但人类细胞的转化过程要困难得多。
这也不是第一项重新编程人类细胞的研究。这一荣誉属于山中伸弥 (Shinya Yamanaka)，他在 2006 年通过表达四种蛋白质（现在著名的 “Yamanaka 因子”）对 iPS 细胞进行了重编程。在随后的几十年中，其他研究小组使用病毒或 mRNA 对细胞进行重编程。但这种仅使用化学物质的方法脱颖而出，因为它在体外使用简单，而且化学混合物可以通过静脉注射输送到体内——不需要基因编辑。该方法提供了一种相对简单的工具来生成可用于再生医学的人类多能干细胞。
4. 植物更容易设计¶
我们生活在人类世，这是人类历史上一个可怕的时刻，人造材料的重量超过地球上所有的生物量，而且重量每年都在继续增加一倍。    

    

    "Global human-made mass exceeds all living biomass," by Elhacham E et al. in Nature. Link


在我们现有的生物质中，据估计有 83% 由植物持有。如果我们想要走出这场行星垃圾场的困境，那么，那么我们可能不得不对植物进行工程改造：让它们捕获更多的碳，增强它们的光合作用，种植生产更多的食物，等等！
幸运的是，做到这一点从未如此简单。几十年来，合成生物学家已经对细菌和哺乳动物细胞进行了改造，使其具有越来越复杂的遗传回路，即使植物在很大程度上被忽视了。今年，两项重要进展改变了平衡。
先是基因编辑技术，如 CRISPR，现在已经过优化，可以在植物中更好地发挥作用。例如，Prime 编辑器是可以插入、删除或交换 DNA 的 “搜索和替换” 基因编辑器。与其他 Prime 编辑器相比，新的 Plant Prime Editor 在植物细胞中的效率提高了 3.4 倍，并被用于在实验室中迅速使水稻植物对除草剂产生耐受性。
但更大的进步是：斯坦福大学的一个团队发布了一个完整的基因工具包，可以像我们对细菌进行编程一样对植物进行 “编程”。新工具包包括大量合成启动子和转录因子，可用于控制植物中的基因表达。这些遗传部分被用于构建能够在本塞姆氏烟草和拟南芥中进行布尔逻辑运算的基因回路。作者还建立了逻辑门，可以控制植物根部的基因表达水平，从而控制它们的侧向密度。

    

    A genetic circuit controls how many lateral roots shoot out from a plant’s roots. Lateral density increases from left to right, with a wildtype plant shown on the far right. From Brophy et al. on bioRxiv.


3. 走向负碳¶
生物学的一个众所周知的困难部分是难以扩展（进行大规模的研究）。在试管中改造一个能将糖转化为抗癌药物的细胞是一回事，但在一个千升生物反应器中做同样的事却是完全不同的挑战。
这就是像 LanzaTech 这样的公司令人兴奋的原因。他们实际上已经在工业工厂扩大了生物学规模。他们有试点设施，将工厂的废碳回收成燃料和化学品。这些工厂每年可以生产数千亿加仑的燃料，并且已经达到相当于每年减少数千辆汽车上路的排放量。
几个月前，来自 LanzaTech 和西北大学的科学家们达到了另一个里程碑：使用一种名为 Clostridium autoethanogenum 的工程自养生物，他们在具有负碳足迹的过程中以工业规模生产丙酮和异丙醇。 “与导致温室气体释放的传统生产过程不同，我们的过程可以固定碳，” 他们在发表的论文中写道。这是大规模生物学向前迈出的一大步。经过改造的微生物可以在不拖累大气的情况下改善污染物并产生化学物质。
2. 异种移植成为现实¶
这将作为 “异种移植年” 载入人类史册。异种移植的历史可以追溯到 20 世纪 60 年代中期——法国外科医生勒内·库斯 (Renè Kuss) 将猪肾移植到人体中，结果很快被患者的身体排斥——异种移植一直是一个失败的领域。最著名的例子可能是 80 年代 Stephanie Beauclair 或 Baby Fae 的手术，她从狒狒那里接受了一颗心脏，但不久后就去世了。
不过，在过去四十年里，我们在从猪身上提取心脏并将其植入人体方面做得更好，因为基因编辑技术正在改进。现在比以往任何时候都更容易在猪的细胞中找到所有导致我们的身体排斥该器官的有害蛋白质，并从基因组中系统地消除这些蛋白质编码基因。但进步从来都不是没有陷阱的。
今年 1 月 7 日，马里兰大学的一组外科医生将一颗猪的心脏移植到 57 岁的老大卫贝内特体内，两个月后他去世了。
5 月，两只猪的肾脏被移植到脑死亡患者体内，并进行了 54 小时的监测，这让沮丧过后变得乐观起来。两个肾脏都产生了尿液，活组织检查没有显示出任何器官排斥的迹象。
心脏移植可能因为器官感染了猪病毒而失败，但肾移植研究的作者没有检测到这种病毒。猪肾可能很快就会进入人们的生活。
1. 我们离终结疟疾从未如此近¶
如果您相信约翰·惠特菲尔德 (John Whitfield) 2002 年在《自然》杂志发表的这篇文章（该说法未被引用），”疟疾已经杀死了所有曾经生活过的人的一半”。即使该说法是错误的，在整个人类历史上，蚊子也已经集体杀死了数十亿人。昆虫混蛋干掉了亚历山大大帝、哥特人阿拉里克和但丁。而且，在 2021 年，疟疾仍导致约 620,000 人死亡。这是令人震惊、悲伤和可以预防的。但今年是取得惊人进步的一年。
一种称为 R21/Matrix-M 的疟疾疫苗在四个非洲国家进行了 III 期试验。它在幼儿中的总体疗效为 75%。这是个好消息。在马里进行的一项 II 期试验还测试了一种名为 CIS43LS 的抗体，用于对抗健康成人中的恶性疟原虫感染。在六个月的时间里，单次注射的疗效为 88.2%。
不过，唯一能有效预防疟疾 90% 以上的免疫原是子孢子，这是一种在蚊子生命周期中形成的类孢子部分。这些子孢子被注射到手臂中并用作疫苗，但显然很难从真正的蚊子身上收集到这些东西。
本月早些时候，研究人员在实验室中创造了 “数亿” 子孢子，而不需要蚊子。他们基本上重新创建了整个”疟原虫从传染性配子体到传染性配子体的全部生命周期，而不需要蚊子。” 这项新技术将有助于更快、更便宜地研制出抗疟疾疫苗。

    






公众号许久没有更新了
shenweiyan — Fri, 01 Dec 2023 00:00:00 +0000
大家可能会发现自从 2023 年下半年以来，“BioIT 爱好者” 公众号的更新频率越来越低了。
这里面除了个人私人时间越来越少以外，还有一个原因就是个人把写文章从语雀转移到了 GitHub 的 Issues 和 Discussions 上。


虽然在很长一段时间以来，个人一直都在使用 语雀 来记录个人工作、生活的各种知识，但直到今年的下半年在考虑数据多平台使用+备份+搜索的一些使用场景时才发现语雀无法批量导出的一些弊端，更重要的一个原因是正如在 “博客与写作的一些思考” 里面所提到的 “博客其实就是写给自己看的”，“大部分人写所谓 ‘博客’ 到最后都把时间花在装潢 CSS HTML 主题上了”！几经考虑以后，选择了 GitHub 的 Issues 和 Discussions，对于其中的优点：

全免费，不需要租用域名和服务器；
不需要过多折腾，对不懂技术的人来说非常友好；
Issues/Discussions 自带评论功能，不需要后期为博客安装评论插件；
GitHub 有网页版和手机 App，只要有网，我们可以随时随地发布文章，而不仅仅局限于电脑；
发布到 GitHub 的内容，在 Google 的搜索结果中有非常高的权重；
回归 CommonMark 的编辑，方便各种支持 Markdown 平台间的备份迁移；
借助 GitHub REST/GraphQL API 可以很方便实现 Issues/Discussions 的导入导出；
借助 GitHub Pages 和 GitHub Actions，可以轻松把 Issues/Discussions 转化成静态博客

借助一些开源的工具，个人目前大部分文章都已经从语 语雀 同步到了 shenweiyan/Knowledge-Garden，并后续会继续在 GitHub 进行更新，由于公众号的各种限制和封闭性，如精力和时间允许后续会同步至公众号。





富文本编辑器与 md 语法的一些困惑
shenweiyan — Fri, 01 Dec 2023 00:00:00 +0000
在语雀写文档写得多的，会对原始的 Markdown 越来越不敏感。
语雀的富文本编辑器虽然支持的依然是 markdown，但也有它自身的一些与传统 markdown 不一样的写法，例如 高亮块。这样的编辑器把 markdown 的源码给隐藏了——在用户编辑的时候实时进行渲染，这样对于不熟悉 markdown 的用户也极容易上手。


但带来了一个问题，就是使用 markdown 对文档进行导出的时候，有时候会导致 markdown 格式错乱，尤其是当我们想要把语雀的一些文档导出到其他平台时候，这个问题特别烦人。

回到 GitHub，重新接触纯 Markdown 格式的写法，才真正感觉到这种模式的好处 —— 方便其他支持 Markdown 语法平台的转移，又可以最大限度解决 Markdown 语法错乱的尴尬。
但也有不好的地方，就是对于多级有序缩进，插入代码后，有序序列(多级缩进)会被打断。。。。
嵌套列表¶
通过增加空格，Github 可以实现在嵌套列表中插入代码块；但是这样的做法在 MkDocs 中是有问题的。关于 MkDocs 的嵌套列表，在 https://github.com/mkdocs/mkdocs/issues/545 有一个讨论。
参考的一个方法：https://github.com/mkdocs/mkdocs/issues/2153，即使用 superfences 插件，加上基于 Python 特有的 4 的倍数个空格进行缩进，可以比较好解决这个问题。



那些年，和微信公众号编辑器战斗的日子
shenweiyan — Fri, 01 Dec 2023 00:00:00 +0000
看到 HelloGitHub 公众号在 2019-09-25 发表的这篇文章《和微信公众号编辑器战斗的日子》，结合自己最近折腾的 React 版本应用 Markdown2Html，也想着来聊几句。


Md2All¶
在使用 Mdnice 前，一直在用 Md2All 的自搭建版本 Md2XEditor，这是一个源自 barretlee 最早在 2017 年的 online-markdown 项目，经过二次开发而来的 Markdown 在线转换工具。
个人在 2021 年的时候，浏览 GitHub 无意中发现了 Md2All 托管在 GitHub 的源码仓库 github.com/aclickall/aclickall.github.io，Fork 过来，利用自己微薄的前端知识做了一点点修改，才形成了一直使用到今天的 Md2XEditor。  


虽然说，Md2All 已经把 Markdown2Html 或者说把 Markdown2WeChat 的大部分功能实现了，但由于它目前能找到的源码都是 经过 build 构建后可以在生产环境中使用的最终版本的代码（诸如压缩和优化代码、打包文件、生成静态文件等），功能调整实在太费劲，而且自己对 Node/React 的开发基本是零基础。在没有找到好的替代品前，也只能将就着用，一直用到了 2023 年。
markdown-nice¶
Mdnice 的项目虽然很早就听说，也曾经试用过一段时间，但是由于收费，加上同样存在 超链接文字复制到公众号颜色失效 的问题，所以一直没有深入了解和使用。直到 2023 年下半年看到不少在关注的公众号推文都变换了风格，才知道原来都在用着 Mdnice，于是重新回来一看，发现这个应用原来还是开源的，还可以自己搭建和部署！
回来搜了一波 Mdnice，发现 UI 都大同小异，但也发现了 https://wechat.bmpi.dev/ 这一个长得很像 Mdnice 又不完全像的平台，从功能和 UI 上它似乎更符合个人的需求和审美，于是去搜源码，果然在 github.com/TaleAi/markdown2html 上找到了（虽然这个仓库里面包括 README 在内提供的链接已经失效），但还是果断 Fork 过来，开始了自己部署和折腾之旅。   


一点折腾¶
把自己的 Markdown2Html 站点部署起来后，一切看起来都很顺利，但在使用过程中就发现了这个一直存在的问题：超链接文字复制到公众号颜色失效！
于是开始去尝试看看 Mdnice 的源码，从最开始的一头雾水开始到慢慢摸到一点点头绪，也第一次知道了 markdown-it 这个目前使用最广泛的 markdown 解析器工具。但功夫不负有心人，借助 ChatGPT 的帮助，最后终于勉勉强强把 超链接文字复制到公众号颜色失效 给解决了。
后面还陆陆续续增加了一些自己喜欢的文章主题，增加了一些网格化的背景等等。由于 Mdnice 使用了非常多的开源插件，所以很多东西改动起来都非常方便。 

继续更新¶
个人 (包括本公众号) 很多的文章都是先写在 GitHub Knowledge-Garden 仓库的 Discussions 上，有了 Markdown2Html 后面想要转到公众号也就很方便了。
到这里，轮子也总算造完了，又该好好搬砖了。
希望后面能有更多的东西跟大家分享吧，也希望大家在 GitHub 上多多关注我，一起交流。
参考资料¶

Markdown-It 解析原理 - springleo’s blog




单行 Python 代码片段
shenweiyan — Fri, 01 Dec 2023 00:00:00 +0000

Via：https://muhammadraza.me/2023/python-oneliners

我已经沉浸在 Python 编程世界大约三年了。在这段时间里，我开始欣赏这种多功能语言的优雅和强大。在这篇既有趣又具有教育意义的文章中，我将展示一系列单行 Python 代码片段。无论您是经验丰富的开发人员还是初学者，这些简洁的代码行都可以让您深入了解 Python 的简单性和有效性，它们展示一行代码如何完成在其他语言中可能需要几行代码才能完成的任务。




反转字符串
reversed_string = "Hello World"[::-1]



检查数字是否为偶数
is_even = lambda x: x % 2 == 0
is_even(8)  #True



求两个列表的交集
intersection = list(set(list1) & set(list2))



从列表中删除重复项
no_duplicates = list(set(my_list))



不使用 len() 计算字符串的长度
length = sum(1 for _ in 'Hello World')



检查一个列表是否包含另一个列表的所有元素
contains_all = all(elem in list1 for elem in list2)



生成一串随机字符
import random; 
random_str = ''.join(random.choices('abcdefghijklmnopqrstuvwxyz', k=10))



将整数列表转换为单个数字
num = int(''.join(map(str, [1, 2, 3, 4, 5])))



回文(Palindromic)检查
is_palindrome = lambda s: s == s[::-1]



列表展开
flatten_list = sum([[1, 2], [3, 4]], [])



在一个列表中找到出现频率最高的元素
most_frequent = max(set(my_list), key=my_list.count)



合并两个字典
merged_dict = {**dict1, **dict2}



最后，我希望您喜欢阅读本文并有机会学习新东西。如果您有任何反馈，请随时在下面发表评论。如果您不想公开发表评论，可以随时给我发送电子邮件。我也很想看到你最喜欢的 python one liner 代码片段。



Python3 编译安装 --with-openssl 无效的问题
shenweiyan — Fri, 01 Dec 2023 00:00:00 +0000
很多人在使用 Python3 经常会遇到一些 openssl 版本太低从而导致包无法正常使用的问题，尤其是 urllib3 这个包。
Python 3.9.18 (main, Sep  7 2023, 14:32:17) 
[GCC 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-44)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import requests
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/software/python-3.9.18/lib/python3.9/site-packages/requests/__init__.py", line 43, in <module>
    import urllib3
  File "/usr/local/software/python-3.9.18/lib/python3.9/site-packages/urllib3/__init__.py", line 41, in <module>
    raise ImportError(
ImportError: urllib3 v2.0 only supports OpenSSL 1.1.1+, currently the 'ssl' module is compiled with 'OpenSSL 1.0.2k-fips  26 Jan 2017'. See: https://github.com/urllib3/urllib3/issues/2168
>>> import ssl
>>> import urllib3
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/local/software/python-3.9.18/lib/python3.9/site-packages/urllib3/__init__.py", line 41, in <module>
    raise ImportError(
ImportError: urllib3 v2.0 only supports OpenSSL 1.1.1+, currently the 'ssl' module is compiled with 'OpenSSL 1.0.2k-fips  26 Jan 2017'. See: https://github.com/urllib3/urllib3/issues/2168



网络上有很多关于这方面的教程，主要解决方案：

降级 urllib3 的版本，例如：pip install --upgrade urllib3==1.26.15；
重新安装一个更高版本的 OpenSSL，然后备份并替换系统原来的 openssl，最后重新编译安装 Python。

个人觉得这两个方法都不够好，尤其是第二个方法 —— 

新装了一个更高版本的 OpenSSL，但是又不想替换系统原来的 openssl 以免出现新的问题（或者没有管理员权限）；
在编译的时候使用 --with-openssl 指定了新装的 OpenSSL 路径，编译安装完成后 Python 仍然使用旧版本的 OpenSSL；

很不幸的是，个人在 CentOS 7.3 + Python-3.9.18 就遇到了这个问题。


新装了 OpenSSL 3.0.10 
wget https://www.openssl.org/source/openssl-3.0.10.tar.gz --no-check-certificate
tar zvxf openssl-3.0.10.tar.gz
cd openssl-3.0.10
./config --prefix=/usr/local/software/openssl-3.0.10 shared zlib
make && make install



添加 ~/.bashrc 环境变量
export PATH=/usr/local/software/openssl-3.0.10/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/software/openssl-3.0.10/lib64:$LD_LIBRARY_PATH



重新编译安装 Python-3.9.18
./configure --prefix=/usr/local/software/python-3.9.18 --with-openssl=/usr/local/software/openssl-3.0.10/
make && make install



等编译完成后，你会神奇的发现重新编译安装后 Python 3.9.18 仍然使用旧版本的 OpenSSL (OpenSSL 1.0.2k-fips  26 Jan 2017)！
其实，这还是因为 Python 在重新编译的时候没有识别到新编译的 OpenSSL，因此，我们需要把重新编译的命令调整一下：
/configure --prefix=/usr/local/software/python-3.9.18 \
--with-openssl=/usr/local/software/openssl-3.0.10/ \
LDFLAGS="-L/usr/local/software/openssl-3.0.10/lib64" \
CPPFLAGS="-I/usr/local/software/openssl-3.0.10/include" \
PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/software/openssl-3.0.10/lib64/pkgconfig"

这样子一来，问题就迎刃而解了，编译安装完后，你会发现 Python 3.9.18 已经成功用用上了 OpenSSL 3.0.10 1 Aug 2023：
$ python3 -c "import ssl; print(ssl.OPENSSL_VERSION)"
OpenSSL 3.0.10 1 Aug 2023


参考资料¶

Drop support for OpenSSL<1.1.1 - urllib3/urllib3#2168




不同版本服务器间 SSH 免密码登录失败
shenweiyan — Thu, 30 Nov 2023 00:00:00 +0000
今天从服务器 A（CentOS 7.3）配置 SSH 无密码登录服务器 B（CentOS Steam 9），发现执行以下常规操作后无法实现：
$ ssh-keygen
$ ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa.pub shenweiyan@66.xx.xx.xx  # ssh-copy-id user@rhel-9-server-IP
$ ssh shenweiyan@66.xx.xx.xx




后来，更换 ecdsa 算法，问题才解决：
$ ssh-keygen -t ecdsa
$ ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_ecdsa.pub shenweiyan@66.xx.xx.xx


根本原因就在于 SHA-1 已经在 RHEL9 中弃用了！
从 RHEL9 的官网文档《1.0.2. Crypto-policies, RHEL core cryptographic components, and protocols（加密策略、RHEL 核心加密组件和协议）》可以看到 SHA-1 已经在 RHEL9 中弃用了！

In RHEL 9, SHA-1 usage for signatures is restricted in the DEFAULT system-wide cryptographic policy. Except for HMAC, SHA-1 is no longer allowed in TLS, DTLS, SSH, IKEv2, DNSSEC, and Kerberos protocols. Individual applications not controlled by the RHEL system-wide crypto policies are also moving away from using SHA-1 hashes in RHEL 9.

在 RHEL 9 中，用于签名的 SHA-1 用法在 DEFAULT 系统范围的加密策略中受到限制。除 HMAC 外，TLS、DTLS、SSH、IKEv2、DNSSEC 和 Kerberos 协议中不再允许使用 SHA-1。不受 RHEL 系统范围的加密策略控制的单个应用程序在 RHEL 9 中也不再使用 SHA-1 hashes。
跨用户免密码登录¶
从服务器 A（CentOS 7.3）的 root 用户已配置 SSH 无密码登录服务器 B（CentOS Steam 9）的 shenweiyan 用户。

在服务器 A（CentOS 7.3）的 root 用户下执行以下命令，在 /root/.ssh 目录会得到两个文件：
私钥文件：id_ecdsa

公钥文件：id_ecdsa.pub
root@centos-vm-7 11:47:20 ~ 
$ ssh-keygen -t ecdsa
Generating public/private ecdsa key pair.
Enter file in which to save the key (/root/.ssh/id_ecdsa): 
Enter passphrase (empty for no passphrase): 
Enter same passphrase again: 
Your identification has been saved in /root/.ssh/id_ecdsa.
Your public key has been saved in /root/.ssh/id_ecdsa.pub.
The key fingerprint is:
ad:15:01:5c:a9:db:69:64:2b:0c:4c:5f:be:f9:e1:44 root@centos-vm-7
The key's randomart image is:
+--[ECDSA  256]---+
|       ..oo.     |
|      . . o.     |
|     o . +.      |
|      o o.+.E    |
|       oS=o*     |
|        +oB o    |
|        .o + .   |
|            o    |
|                 |
+-----------------+



把服务器 A 下 root 用户的公钥文件拷贝到服务器 B（CentOS Steam 9）的 shenweiyan 用户的 authorized_keys 中；
root@centos-vm-7 11:53:25 ~
$ ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_ecdsa.pub shenweiyan@66.xx.xx.xx



将公钥拷贝至目标服务器 B 后，在源服务器 A 通过密钥跨用户免密码登录云服务器。
root@centos-vm-7 11:58:47 /root 
$ ssh shenweiyan@66.xx.xx.xx  # ssh -i id_ecdsa shenweiyan@66.xx.xx.xx



参考资料¶

RHEL6 ssh 到 RHEL9 的 no hostkey alg 错误，语雀
How can I use a legacy ssh-rsa key on CentOS 9 Stream?，Server Fault




Micro/Mamba 安装与注意事项
shenweiyan — Mon, 27 Nov 2023 00:00:00 +0000
记录一下 Micromamba/Mamba 安装的步骤和注意事项。
Mamba 安装¶
Mamba 可以使用 Mambaforge 方法和已有 Mini/conda 的方式安装，官方推荐的是前面一种，即使用 Mambaforge 进行全新安装。
全新安装¶
关于 mamba 的安装，官方推荐 Fresh install，即全新安装。

We recommend that you start with the Mambaforge distribution. Mambaforge comes with the popular conda-forge channel preconfigured, but you can modify the configuration to use any channel you like. Note that Anaconda channels are generally incompatible with conda-forge, so you should not mix them.      

我们建议您从 Mambaforge 发行版开始。 Mambaforge 预配置了流行的 conda-forge 通道，但您可以修改配置以使用您喜欢的任何通道。请注意，Anaconda 通道通常与 conda-forge 不兼容，因此您不应混合使用它们。



其实就是：        

1. 先去 Mambaforge distribution 下载 Mambaforge-Linux-x86_64.sh。        

2. 执行 sh Mambaforge-Linux-x86_64.sh 安装命令。
在已有的 conda 中安装¶
官方文档中明确说不推荐这种安装 Mamba 的方式，他们强烈建议使用 Mambaforge 方法（见上文）。
这种方法，要获取 mamba ，其实只需将其从 conda-forge 通道安装到基础环境中即可；但是需要注意 Installing mamba into any other environment than base is not supported，即不支持将 mamba 安装到 base 之外的任何其他环境中。
首先，安装 Miniconda。
参考 https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html，下载完 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，sh 执行一下就可以安装了。
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

然后，安装 mamba。
~/miniconda3/bin/conda install -c conda-forge mamba


For both mamba and conda, the base environment is meant to hold their dependencies. It is strongly discouraged to install anything else in the base envionment. Doing so may break mamba and conda installation.    

对于 mamba 和 conda ， base 环境旨在保存它们的依赖关系。强烈建议不要在基础环境中安装任何其他东西。这样做可能会破坏 mamba 和 conda 安装。

Micromamba 安装¶
参考 https://mamba.readthedocs.io/en/latest/micromamba-installation.html。

micromamba is a fully statically-linked, self-contained, executable. This means that the base environment is completely empty. The configuration for micromamba is slighly different, namely all environments and cache will be created by default under the MAMBA_ROOT_PREFIX environment variable. There is also no pre-configured .condarc/.mambarc shipped with micromamba (they are however still read if present).                       

micromamba 是一个完全静态链接的、独立的可执行文件。这意味着 base 环境完全是空的。micromamba 的配置略有不同，即默认情况下将在 MAMBA_ROOT_PREFIX 环境变量下创建所有环境和缓存。micromamba 也没有预配置的 .condarc / .mambarc（但是，如果存在，它们仍然会被读取）。

脚本安装¶
如果您使用的是 macOS、Linux 或 Windows 上的 Git Bash，则有一种简单的安装方法 micromamba。只需在您喜欢的 shell 中执行安装脚本即可。
对于 Linux、macOS 或 Windows 上的 Git Bash，请使用以下命令安装：
"${SHELL}" <(curl -L micro.mamba.pm/install.sh)

自动更新¶
安装后，micromamba 可以通过下面的方式更新：
micromamba self-update

可以指定显式版本：
micromamba self-update --version 1.4.6

手动更新¶
Linux 和 macOS¶
下载并解压可执行文件（来自官方 conda-forge 包）即可。

其实，这就等同于我们直接去 https://github.com/mamba-org/micromamba-releases/releases 下载对应平台的二进制文件，或者 tar.bz2 文件，然后解压缩，把 bin/micromamba 部分提出来使用。

确保安装了基本实用程序。我们需要 curl 和 tar 并支持 bzip2 。此外，您还需要一个基于 glibc 的系统，例如 Ubuntu、Fedora 或 Centos（Alpine Linux 本身无法运行）。
以下 magic URL 始终返回 micromamba 的最新可用版本，并且使用 tar 自动提取 bin/micromamba 部分。
# Linux Intel (x86_64):
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba
# Linux ARM64:
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-aarch64/latest | tar -xvj bin/micromamba
# Linux Power:
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-ppc64le/latest | tar -xvj bin/micromamba
# macOS Intel (x86_64):
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/osx-64/latest | tar -xvj bin/micromamba
# macOS Silicon/M1 (ARM64):
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/osx-arm64/latest | tar -xvj bin/micromamba

提取完成后，我们就可以使用 micromamba 二进制文件了。
如果您想在临时用例中快速使用 micromamba，您可以运行：
export MAMBA_ROOT_PREFIX=/some/prefix  # optional, defaults to ~/micromamba
eval "$(./bin/micromamba shell hook -s posix)"

这个 shell hook 会修改您的 shell 变量以包含 micromamba 命令。
如果您想保留这些更改，可以通过运行 ./micromamba shell init ... 自动将它们写入 .bashrc （或 .zshrc ）。这还允许您选择自定义 MAMBA_ROOT_ENVIRONMENT，这是包和 repodata 缓存所在的位置。
# Linux/bash:
./bin/micromamba shell init -s bash -p ~/micromamba  # this writes to your .bashrc file
# sourcing the bashrc file incorporates the changes into the running session.
# better yet, restart your terminal!
source ~/.bashrc

# macOS/zsh:
./micromamba shell init -s zsh -p ~/micromamba
source ~/.zshrc

现在您可以激活基本环境并安装新软件包，或创建其他环境。
micromamba activate  # this activates the base environment
micromamba install python=3.6 jupyter -c conda-forge
# or
micromamba create -n env_name xtensor -c conda-forge
micromamba activate env_name

专有的 conda-forge 设置可以配置为：
micromamba config append channels conda-forge
micromamba config append channels nodefaults
micromamba config set channel_priority strict




2023 年 Galaxy 社区大会会议报告
shenweiyan — Thu, 23 Nov 2023 00:00:00 +0000

作者：Natalie Whitaker  

编译：沈维燕  

时间：2023-08-14  

原文：2023 Galaxy Community Conference Meeting Report    



GCC 2023 会议纪要¶
概述¶
2023 年 Galaxy 社区会议（GCC2023）于7月10日至16日在澳大利亚昆士兰州布里斯班昆士兰科技大学举行。GCC 是 Galaxy 社区的年度会议，这是一个旨在在科学和技术层面展示过去一年内在 Galaxy 研究领域做出的令人惊叹的新工作，同时为与会者提供发现合作机会、加强联系、并开辟新的研究方向的大会。 GCC2023 由 Galaxy Australia 和 Australian BioCommons 主办，为期四天，包括了演讲、研讨会/培训、海报和演示等活动，还有三位主题演讲嘉宾和三天的协作节 (CoFest)。除了会议内容，整个 Galaxy 社区会议周还会举办网络交流和社交活动。总体而言，GCC2023 包括了 12.8 小时的长短演讲、37.5 小时的培训、3.3 小时的海报展示和演示，以及 10.6 小时的社交活动和交流。

GCC2023 共有 91 名现场参会者和 40 名虚拟参会者。来自 21 个不同国家的与会者出席了本次会议：澳大利亚、比利时、巴西、加拿大、捷克、丹麦、法国、德国、印度、爱尔兰、马耳他、摩洛哥、荷兰、新西兰、挪威、新加坡、韩国、斯里兰卡、瑞士、英国和美国（图1）。在总参会人数中，22.4% 是研究助理或技术人员，17.6% 是高级科学家或首席调查员，9.6% 是研究生，7.2% 是博士后，2.4% 是本科生，40% 是其他身份。

    
    Figure 1. Map of GCC2023 attendees’ countries of origin.


奖学金获得者¶
GCC2023 非常感谢能够利用一位匿名捐赠者的资金提供现场和虚拟参会的奖学金。作为奖学金的一部分，受奖者被要求通过演讲、海报或二者兼有的方式参与会议。
今年，一个现场奖学金授予了英国开放大学的一年级博士生 Marisa Loach（Twitter: @Marisa_Loach）。Marisa 进行了一次题为 “为什么使用 Galaxy？用户友好的生物信息学选项的初步结果” 的演讲并展示了一份海报。

GCC2023共颁发了六个虚拟奖学金。以下列出了每位受奖者及其角色、机构和对会议的贡献。
Coline Royaux¶
Twitter: @ColineRoyaux
研究生 (Graduate student)
巴黎索邦大学，法国自然历史博物馆，法国 (Sorbonne University, French Natural History Museum, France)
演讲标题 “Galaxy-E：基于生态学的 Galaxy 倡议，2022-2023 年更新！” 
Vajiha Hussain¶
高年级本科生 (Senior undergraduate student)
印度维尼昂大学 (Vignan University, India)
海报标题 “利用 RNASeq 分析识别棕榈蓟马中潜在的 GBNV 生物标志物”
Sudeepti Kulshrestha¶
研究生 (Graduate student)
印度阿米蒂大学 (Amity University, India)
海报标题为“使用基于网络的方法探索 Vaginal Microbiome 和先兆子痫的关联”
Jonas Bucher¶
研究生 (Graduate student)
瑞士苏黎世联邦理工学院，苏黎世大学，瑞士 (Swiss Federal Institute of Technology in Zurich (ETH Zurich), University of Zurich, Switzerland)
海报标题 “Methylator - DNA cytosine methylation pipeline”
Katarzyna Kamieniecka¶
Twitter: @katemurat
研究生 (Graduate student)
英国布拉德福德大学 (University of Bradford, United Kingdom)
海报标题 “Galaxy 中的 FAIR 数据管理”
Taoufik Bensellak¶
研究生 (Graduate student)
英国利物浦大学 (University of Liverpool, United Kingdom)
海报标题 “用于微阵列数据分析的 Galaxy 实例和工具”
主讲嘉宾¶
GCC2023 邀请了三位主题演讲嘉宾，分别就野生动物保护、结构生物学和生物安全等领域分享了他们的思考和研究成果。演讲者展示了他们团队如何通过使用 Galaxy 平台，以更易获取和可复现的方式完成工作。
三位主题发言人分别发表了内容丰富的演讲，讨论了各自前瞻性研究领域的进展，重点关注开放存取端到端生物信息学 (open-access end-to-end bioinformatics)。Galaxy 在每位主题发言人的最新研究进展中都发挥了重要作用，Galaxy 开发人员和 Galaxy 社区能够亲眼目睹 Galaxy 对科学界的影响。此外，每位主题发言人都为 Galaxy 的未来提供了灵感，并有时间与平台发展轨迹背后的开发人员直接交流。
Carolyn Hogg, PhD (University of Sydney，悉尼大学)¶
来自悉尼大学的 Carolyn Hogg 博士作为第一位主讲人拉开了 GCC2023 的序幕。霍格博士在 “拯救塔斯马尼亚袋獾计划 (Save the Tasmanian Devil Program)” 进行的研究中发挥了重要作用，此外还重点研究了其他澳大利亚物种，如橙腹鹦鹉、考拉、兔耳袋狸和袋鼠。她在 GCC2023 上的演讲题为 “走向无限和超越：结合基因组学和云技术来拯救我们的物种”，强调了自然资源保护主义者和基因组科学家之间合作研究的必要性。她的愿景是通过改变科学、管理和政策的整合方式，为澳大利亚创造保护遗产，而 Galaxy 的使用增强了她的这一愿景。通过使用像 Galaxy 这样的开源平台，Hogg 博士能够产生可重复的基因组科学，以帮助澳大利亚的物种保护和管理实践。

Kate Michie, PhD (University of New South Wales，新南威尔士大学)¶
来自新南威尔士大学的 Kate Michie 博士作为 GCC2023 的第二位主讲人发表了题为 “Alphafold2 和深度学习时代：结构生物学的最新进展” 的演讲。 Michie 博士在蛋白质结构生物学方面拥有二十多年的经验，并广泛使用 Alphafold2，并与众多研究人员密切合作，教他们如何使用这一强大的工具来推进他们的研究。在她的主题演讲中，Michie 博士呼吁关注 Galaxy 为结构生物学研究进展做好准备的迫切需要，这些进展肯定会伴随 Alphafold2 的巨大成功。 Michie 博士的演讲对 GCC2023 来说是一个有影响力的补充，因为 Galaxy 致力于保持竞争力并领先于社区的巨大研究需求。

Roberto Barrero, PhD (Queensland University of Technology，昆士兰科技大学)¶
GCC2023 的最后一位主讲人是来自昆士兰科技大学的 Roberto Barrero 博士。巴雷罗博士的演讲题为 “通过更快、更准确地诊断植物病毒和类病毒，改善植物行业获得新遗传学的机会”，重点讨论利用生物信息学解决农业、植物生物安全和人类健康方面的现实问题。最近，Barrero 博士在开发植物诊断工具包方面发挥了重要作用，该工具包可以在一次测试中准确检测一系列病毒和类病毒，并于 2018 年向他和他的团队授予生物安全影响奖。Barrero 博士的研究进展得到了 Galaxy 的支持通过 GA-VirReport 和高通量测序技术。访问开放式端到端生物信息学工作流程对于诊断植物病毒和类病毒至关重要，Galaxy 很高兴能在 GCC2023 上将这一主题置于前沿。

培训课程¶

培训是 Galaxy 社区的首要任务。让研究人员能够轻松学习使用该平台、如何进行新的分析或探索能够解决研究人员面临的实际需求的功能和工具，对于 Galaxy 的发展和可持续发展发挥了重要作用。本着这种精神，在 GCC2023 的三天里，共举办了 15 场不同的培训课程，供与会者与专家一起学习和实践生物信息学。专家包括主要研究员、Galaxy 开发人员、项目经理和 Galaxy 高级用户。培训课程主题多种多样，为 GCC2023 的所有与会者提供相关且实用的学习机会。从微生物学和人类遗传学到工作流程和工具开发，GCC2023 培训课程提供了扩大与会者特定研究兴趣和遇到新主题的机会。
每节课将近三个小时，让学员有时间充分沉浸在教材中，与培训师和其他学员交流，并与来自不同背景的人交流经验和方法。
Birds of a Feather (BoF)¶
Birds of a Feather (BoF) 会议是 GCC 期间的非正式聚会，参与者可以讨论感兴趣的话题。 BoF 每天在会议结束时举行，各小组分成焦点小组，与专家和其他与会者进行交流和讨论。
GCC2023 期间，与会者有九种不同的机会参加 BoF。今年的 BoF 提出了各种主题，包括备受期待的 Galaxy 高级用户与开发人员对话的机会。此外，BoF 还提供了举办迷你社交活动的机会，例如棋盘游戏、串酒吧和澳大利亚布里斯班徒步之旅！
CoFest¶
GCC2023 主会之后，举办了为期三天的协作节（CoFest）。 CoFest 是 Galaxy 成员的社区聚会，这些成员有兴趣为 Galaxy 的工具集、文档、培训材料、代码库以及扩展 Galaxy 生态系统的其他任何地方做出贡献。 CoFest 的目标是：

扩大贡献者社区。这次 CoFest 的首要目的是欢迎新的贡献者，帮助您学习资源并结识能够帮助您做出贡献的人。
扩大 Galaxy 生态系统。不仅仅是代码，而是整个生态系统。这包括培训、工具、最佳实践工作流程、文档、测试用例、翻译、基础设施，甚至代码。

CoFest 的参与者围绕着共同的兴趣，讨论与这些兴趣相关的共同话题。这些群组在 CoFest 开始前、开始时和整个过程中形成，旨在相互之间保持流动和高度互动。今年的 CoFest 分为九大主题：前端、后端、社区、设计、工具、工作流程、培训、测试和辅助项目。由于 CoFest 在整个活动期间都在不断变化和构建，因此主题被进一步细分，重点关注以下主题：交互式工具；升级 Vue3 和上传功能；吸引和保留社区参与活动、管理和领导力；ChatGXY；实施 Galaxy 工具健康审计服务；以及 Simon 的数据俱乐部。
社会事件¶
GCC2023 希望将 Galaxy 社区的成员联系在一起，因此在整个会议期间举办了不同的社交活动。今年的 GCC2023 社交活动包括为会议拉开序幕的欢迎晚宴、由 Galaxy 社区成员主持的布里斯班徒步游、带有街机游戏的酒馆爬行、桌游之夜、会议晚宴，以及广受好评的 Lone Pine 考拉保护区之行！
毫无疑问，Lone Pine 考拉保护区是今年社交活动的亮点！一大群 GCC2023 与会者参观了世界上最大的考拉保护区，度过了一个下午，与动物邂逅、野生动物表演，并了解一些澳大利亚最受欢迎的野生动物！

通过这些有组织的社交活动，Galaxy 社区的成员们在建立职业关系的同时，也建立了友谊。此外，许多社区成员还通过非组织活动，包括游览植物园、参观动物园医院和热带雨林，以及一日游等，彼此建立联系。
请参阅附录一，了解今年社交活动的更多照片以及遇到的所有令人惊叹的澳大利亚动物！
纪念 Simon Gladman¶
Simon 数据俱乐部¶
Simon Gladman 是 GCC2023 的最初发起者和组织者，如果看到他的伴侣和孩子参加这次会议，他一定会感到非常自豪。Simon 获得了多项荣誉，他作为创新者、榜样、支持者和社区联系者的遗产将继续受到表彰，“星际数据委员会 (Intergalactic Data Commission)” 更名为 “Simon 数据俱乐部 (Simon’s Data Club)”，并在他的组织中获得年度奖项。姓名。

Simon Gladman 旅行补助金¶
已故西蒙·格拉德曼 (Simon Gladman) 对 Galaxy 的贡献将获得以他名字命名的年度奖项。 Galaxy Australia 才华横溢的技术主管和大家的伙伴 Simon 在 GCC2023 上受到了人们的深深怀念，人们对他表示了许多敬意。
Simon 对 Galaxy 充满热情并与人交流，并且很高兴能够组织在澳大利亚举办的首届国际 Galaxy 社区会议 (GCC)。在 GCC2023 上，我们宣布了首届 Simon Gladman 旅行补助金，以此来庆祝他。每年将向参加 Galaxy 社区活动的澳大利亚公民颁发 5,000 澳元的补助金。
如果您与 Simon 一样充满热情并希望为 Galaxy 做出贡献，我们鼓励您申请 Simon Gladman 旅行补助金。
感言¶
Galaxy 执行董事会成员 Michael Schatz 是约翰·霍普金斯大学计算机科学和生物学的彭博杰出教授，他很高兴地看到：

“The keynotes really highlighted how Galaxy enables cutting edge science.”
“主题演讲真正强调了 Galaxy 如何实现尖端科学。”

来自 BioCommons、昆士兰网络基础设施基金会 (QCIF)、昆士兰大学、墨尔本生物信息学和 AARNet 的 Galaxy Australia 团队成员发表了从监测工具健康状况到开发最近发布的 Galaxy Australia 基因组实验室等主题。澳大利亚银河服务项目负责人 Gareth Price 博士表示：

“There was a fantastic exchange between our team and international colleagues and wonderful opportunities to engage with the global Galaxy community. GCC was an exhilarating experience, and it was inspiring to be surrounded by like-minded people. The team left full of energy to keep improving Galaxy Australia and strengthen their collaborations with the wider Galaxy community.”
“我们的团队与国际同事之间进行了精彩的交流，并有绝佳的机会与全球 Galaxy 社区互动。 GCC 是一次令人兴奋的经历，周围都是志趣相投的人，这很鼓舞人心。该团队充满活力地继续改进 Galaxy Australia，并加强与更广泛的 Galaxy 社区的合作。”

虽然我们是在昆士兰科技大学 (QUT) 的 The Cube 一流设施中举办的，但远程参与的能力是举办真正国际会议的关键因素。尽管 Amrita 大学系统基因组学首席科学家 Prash Suravajhala 博士是 GCC2023 组委会成员，但他无法从印度出发，但他：

“Very excited and happy to be a part of GCC2023 virtually. We witnessed scintillating talks and brainstorming sessions, and the virtual attendance was a treat. This was a cherishing moment for me as I guzzled the talks from early morning India time! It has created a great camaraderie.”
“能够以虚拟方式参加 GCC2023 感到非常兴奋和高兴。我们目睹了精彩的演讲和头脑风暴会议，虚拟出席是一种享受。这对我来说是一个珍贵的时刻，因为我沉迷于印度时间清晨的演讲！它创造了伟大的友情。”

Recognition¶
特别感谢 GCC2023 的赞助商：
白金赞助商¶
BizData (https://www.bizdata.com.au/)
银牌赞助商¶
Limagrain (https://www.limagrain.com/en)
GalaxyWorks (https://galaxyworks.io/)
铜牌赞助商¶
GIGA Science (https://academic.oup.com/gigascience?login=false)
非常感谢所有使 GCC2023 取得成功的个人：
组织和科学委员会¶
Andrew Lonie
Christina Hall
Enis Afgan
Gareth Price
Jenn Vessio
Margita Jadan
Prash Suravajhala
Roberto Barrero Gumiel
Ross Lazarus
Assunta DeSanto
Natalie Whitaker
Simon Gladman
Claudia Melogno de Sandoval 
培训协调员¶
Assunta DeSanto
Igor Makunin
Mark Crowe
在线支持¶
Melissa Burke
Patrick Capon
科学计划成员¶
Andrew Lonie
Anne Claire Fouilloux
Anna Syme
Anshu Bhardwaj
Bérénice Batut
Bryan Raubenolt
Cameron Hyde
Catherine Bromhead
Clare Sloggett
Cristóbal Gallardo
Dan Blankenberg
Davor Davidović
Enis Afgan
Frederik Coppens
Hans-Rudolf Hotz
Ivan Jakovlić
Jeremy Goecks
Justin Lee
Margita Jadan
Maria Doyle
Matthias Bernt
Natalie Kucher
Nicola Soranzo
Nuwan Goonasekera
Peter van Heusden
Ralf Weber
Ross Lazarus
Soyean Kim
Thomas Harrop
Timothy Griffin
Tyler Collins
Wendi Bacon
Yvan Le Bras
联合节主办方¶
Cameron Hyde
附录一¶








Notepad++ 在 GitHub 已经沦为战场了
shenweiyan — Thu, 23 Nov 2023 00:00:00 +0000
Notepad++ 这片瓜田的瓜都吃了好几年了，作者却一直还在死性不改 。。。。。
同样的 Notepad++ 在 GitHub 仓库 notepad-plus-plus 早已沦为反华辱华的垃圾场，群魔乱舞，简直惨不忍睹！



Add random characters¶
Twitter：https://twitter.com/Notepad_plus/status/1618276938342359042  

V2EX：https://www.v2ex.com/t/910777

Free Uyghur¶
不知道大家有没有留意，前两天（2019 年 10 月 29）开源文本编辑器 Notepad++ 发布了最新的  7.8.1  版本。
然而，软件新版本发布后，在该版本中 Notepad++ 的作者同时附加了一篇名为《Notepad++ v7.8.1 : Free Uyghur》抹黑中国的文章，具体的内容请大家自行百度（图片是文章部分截图）。而且这已经不是 Notepad++ 第一次这么干了！

Notepad++ 的 “Free Uyghur” 出来以后，Notepad++ 所在的 Github 瞬间被广大中国的开发者占领，他们用自己的方式进行了回击。小编也忍不住上去看一下，发现  GitHub 上面基本上都是骂 Notepad++ 作者的，不过也有少数支持作者。


起底一下开发者¶
后来查了一下，Notepad++ 的作者，原来名字叫做侯今吾（英语：DonHO，https://github.com/donho），是一个毕业于台湾淡江大学及巴黎第七大学的电脑工程师，作为一个台湾人，也是一个台独积极分子，侯今吾借助 Notepad++ 抹黑中国可谓由来已久。

我也来说几句¶
在这里我想说的是，Notepad++ 作为一款免费开源，深受国外编程爱好者赞扬，也为台湾开源界赢得好评，效率很高的文本编辑器，在早年间也是小编最喜欢常用的软件之一。但对于政见这件事情，小编觉得就像吃一道菜一样，你可以选择吃与不吃，不吃，你可以一笑而过，喜欢的人照常吃，与你无关，但你绝对不能吐一口脏东西上去。
软件本身是没什么问题的，要说软件和作者之间的关系，那就是爱用不用的关系了。同类软件，我不喜欢你作者，当然就不用了，当然我不用也不会对软件发展有什么影响，不过我想说，这就像是去餐馆吃饭。对于顾客来说，他吃与不吃，不会影响服务员的工资。但对于服务员来说，至少不能让顾客觉得你讨厌。
最后，有人说要抵制 Notepad++，但对我而言，小编是反对把开源与政治挂钩的，因此小编选择不用 Notepad++ —— 我有选择的权利，既然开源的编辑器那么多（我可以用 Sublime Text (虽然 Sublime Text 是非开源的)，可以用 Visual Studio Code，可以用 Github Atom，也可以用 BowPad、Editra，甚至是国人开发的 Notepad–），我又何必选择一个带政治倾向自己又不喜欢的编辑器呢！



兆碱基中关于 Kb、KB、Bps、bps 的区别
shenweiyan — Thu, 23 Nov 2023 00:00:00 +0000
生物信息很多文章都提到 DNA 序列的 100 万个碱基数据（兆碱基）大致相当于计算机 1 兆的存储空间。借着这个问题，我们今天来聊一聊计算机存储和数据传输中 Kb、KB、Bps、bps 的一些区别，分析一下所谓的兆碱基到底是使用哪一种标准（单位）怎么计算出来的。


计算机存储容量单位¶
Bit (binary digit)：亦称二进制位，指二进制中的一位，是信息的最小单位。位的值只会是 0 或 1。虽然计算机也提供对位的判断和操作，但是计算机指令一般以字节(Byte)为单位。在大多数的计算机系统中，八位是一个字节。一位的值通常以存储电容是否带电来衡量。
B (Byte)：字节。8 个二进制位构成 1 个”字节(Byte)”，它是电脑存储空间的基本计量单位。1 字节 (Byte)=8(bit) 位，就是有 8 个二进制数组成。1 个英文字符是 1 个字节,也就是 1B；1 个汉字为 2 个字符，也就是 2B。
GB (Gigabyte)：吉字节，是一种十进制的信息计量单位。Gibibyte（giga binary byte 的缩写）则是二进制信息计量的一个单位，简称 GiB。吉字节（Gigabyte）常容易和二进制的信息计量单位 Gibibyte 混淆。

Gibibyte 与 Gigabyte 常常被混淆，前者的计算方式是二进制，后者的计算方式是十进制。现今的计算上，常把 Gigabyte 以二进制的方式计算，即 \(2^{30} = 1,073,741,824\) 。(因为 Windows 对 GB 这个信息计量单位的误用，因此在 Windows 中显示的 “1GB”，其实应是指 “1GiB”，但 Windows 却显示为 “1GB”，而常造成误解。误用会普遍化的一大因素，是因为 Windows 的操作系统占有率高)，由于两种换算方法的不同，使容量在计算上相差了 7.3%，所以常有 Windows 系统报告的容量比硬盘标示的容量还要小的情况发生。但在苹果公司的 OS X 操作系统中，对于存储设备的容量计算方式与硬盘厂商一致，均为 1GB = 1,000,000,000 ( \(10^{9}\) ) 字节的十进制，避免了计算和使用上的麻烦。
—— 维基百科 - Gibibyte，https://zh.wikipedia.org/wiki/Gibibyte

K、M、G 都是 KB、MB、GB 的简称。由于混淆已经普遍化，Gigabyte 往往是指 Gibibyte，所以平时我们说的 1 兆存储就是 1M（MB），1G 存储就是 1GB）。我们的照片一般是 104KB、209KB、1.45MB、2.45MB、3.32MB 等等。
在说明其他储存单位的换算前，我们来看看两个标准：SI、IEC。
国际单位制（SI）¶
国际单位制(简称 SI，来自于法语 Système International d’Unités)，是世界上最普遍采用的标准度量系统。国际单位制以七个基本单位(米（m），千克（kg），秒（s），安培（A），开尔文（K），摩尔（mol），坎德拉（cd）)为基础，由此建立起一系列相互换算关系明确的”一致单位”。另有二十个基于十进制的词头，当加在单位名称或符号前的时候，可用于表达该单位的倍数或分数。
国际电工委员会（IEC）¶
国际电工委员会（IEC, International Electrotechnical Commission）成立于 1906 年，至今已有 90 多年的历史。它是世界上成立最早的国际性电工标准化机构，负责有关电气工程和电子工程领域中的国际标准化工作。
IEC 的宗旨是，促进电气、电子工程领域中标准化及有关问题的国际合作，增进国际间的相互了解。为实现这一目的，IEC 出版包括国际标准在内的各种出版物，并希望各成员在本国条件允许的情况下，在本国的标准化工作中使用这些标准。
目前 IEC 的工作领域已由单纯研究电气设备、电机的名词术语和功率等问题扩展到电子、电力、微电子及其应用、通讯、视听、机器人、信息技术、新型医疗器械和核仪表等电工技术的各个方面。IEC 标准的权威性是世界公认的，截止到 2008 年 12 月底，IEC 已制定了 5425 个国际标准。
不同标准下储存单位的次方单位 ( \(2^{10}=1024\) )：

比特率单位¶
在电信和计算领域，比特率（Bit rate）是指单位时间内传输送或处理的比特的数量。比特率经常在电信领域用作连接速度、传输速度、信息传输速率和数字带宽容量的同义词。
在数字多媒体领域，比特率是单位时间播放连续的媒体如压缩后的音频或视频的比特数量。在这个意义上讲，它相当于术语数字带宽消耗量，或吞吐量。
比特率规定使用”比特每秒”（bit/s 或 bps）为单位，经常和国际单位制词头关联在一起：


bps(bit/s)，即 bit pro second（位每秒）；


Kbps(Kbit/s)，即 Kilobit pro second(千位每秒)；


Mbps(Mbit/s)，即 Milionbit pro second(百万位每秒)。


其中，bit 即比特，通常用 b（小写）表示，指一位二进制位，Milionbit=1000Kilobit=1000 000bit，所以 1Mbps=1000 000bps；
bps 和 Bps¶
bps 是通常用来衡量带宽的单位，常见于表示数据机及网络通讯的传输速率，指每秒钟传输的二进制位数。例如 GigabitEthernet 端口。
5 minute input rate 38410000 bits/sec, 6344 packets/sec
382410000 bits/sec = 382.41Mbps

通常电脑(软件)上显示的上传下载速度（如下面的阿里云 OSSBrowser、Google Chrome 数据下载速度），则是指每秒种传输的字节数（Byte）通常用 B（大写）表示：MB 即百万字节也称兆字节；KB 即千字节；B 即字节。


1B=8b


1MB=1024KB=1024*1024B


1Mbps=1000Kbps=1000/8KBps=125KBps


我们通常说的 1M 带宽即指 1Mbps，因此 1M 的带宽下载的速度一般不会超过 125KB 每秒。2M、3M 带宽的下载速度分别不会超过 250KB、375KB 每秒。

数据传输速率的衡量单位 K 是十进制含义，但数据存储的 K 是 2 进制含义。
1kbit/s 就是 1000bit/s，而 KB 是 1024 个字节,注意 KB(KByte) 和 kbit 的区别，另外，数据传输速率的单位是 bit/s 记作：bps 。
在实际应用中：


1kbps=1000bps


1Mbps=1000,000bps


1bps=0.000001bps


1Mbps 与 1m/s 是有区别的，1m/s 指的是 1024KB/s，而 1Mbps 指的是(1000/8)KB/s 也就是 125KB/S。
记住 K 和 k 是没区别的  ，区别在于 bps 属于位每秒的单位，而 m/s ,KB/s 这两个属于字节每秒的单位，一字节等于 8 位，即 1k=8b。
兆碱基¶
所以，在文章开头提到的 DNA 序列的 100 万个碱基数据（兆碱基）大致相当于计算机 1 兆的存储空间。其实也就是这么计算来得：
一个碱基就是一个英文字母，而一个英文字母是 1 个字节（Byte），所以 100 万个碱基就是 1000,000 Byte。按照 SI 国际单位的十进制标准，正好相当于 1 MB，如果按照 IEC 国际电工委员会的二进制标准，应该为：1000,000 / 1024 /1024 ≈ 0.95 MB，则是大致相当于计算机 1 兆的存储空间。
参考资料¶

Wiki: Gibibyte，维基百科
Wiki：比特率，维基百科
沙翁，《什么是 Mbps、Kbps、bps、kb、mb 及其换算和区别》，博客园
大任 Dren，《bit、Byte、bps、Bps、pps、Gbps 的单位详细说明及换算》，CSDN-专业 IT 技术社区




大学计算机没有的一课
shenweiyan — Thu, 23 Nov 2023 00:00:00 +0000
今天是2023年1月19日，马上要过年了，在这里先提前给大家拜年了，祝大家新年快乐，阖家幸福安康！
今天来给大家推荐一个不错的开源项目。


大学里的计算机课程往往只专注于讲授数据结构、操作系统这些知识，对于编程开发中常用的工具则留给学生自行学习。在 MIT 这个课程中，你可以了解和掌握命令行(shell)、文本编辑器(Vim)、版本控制系统(Git)等强大的工具，越早接触越能更加熟练地使用它们，有助于未来的职业生涯。

地址：https://github.com/missing-semester/missing-semester
中文：https://missing-semester-cn.github.io/



沉浸式双语网页翻译扩展
shenweiyan — Thu, 23 Nov 2023 00:00:00 +0000
向大家极力推荐这个插件：沉浸式双语网页翻译扩展，浏览器翻译神器，而且完全免费！

GitHub： https://github.com/immersive-translate/immersive-translate
如果你是 Mac 系统，推荐：https://github.com/ripperhe/Bob




截图






跨端博客解决方案 Elog 使用
shenweiyan — Thu, 23 Nov 2023 00:00:00 +0000
Elog (https://github.com/LetTTGACO/elog) —— 开放式跨平台博客解决方案，随意组合写作平台 (语雀/Notion/FlowUs) 和部署平台 (Hexo/Vitepress 等 。


主要配置文件 elog.config.js：
module.exports = {
  write: {
    platform: "yuque",
    yuque: {
      token: process.env.YUQUE_TOKEN,
      baseUrl: "",
      login: process.env.YUQUE_LOGIN,
      repo: process.env.YUQUE_REPO,
      onlyPublic: false,
      onlyPublished: true,
    },
    notion: {
      token: process.env.NOTION_TOKEN,
      databaseId: process.env.NOTION_DATABASE_ID,
      filter: true, // {property: 'status', select: {equals: '已发布'}}
      sorts: true, // [{timestamp: 'created_time', direction: 'descending'}],
      catalog: false,
    },
    flowus: {
      tablePageId: process.env.FLOWUS_TABLE_PAGE_ID,
      filter: true, // {property: 'status',value: '已发布'}
      sort: true, // { property: 'createdAt', direction: 'descending' }
      catalog: false,
    },
  },
  deploy: {
    platform: "local",
    local: {
      outputDir: "./Cookbook",
      filename: "title", //生成文档的命名格式，取值 urlname|title
      format: "markdown",
      catalog: true, //是否按照目录生成文档
      formatExt: "",
    },
    confluence: {
      user: process.env.CONFLUENCE_USER,
      password: process.env.CONFLUENCE_PASSWORD,
      baseUrl: process.env.CONFLUENCE_BASE_URL,
      spaceKey: process.env.CONFLUENCE_SPACE_KEY,
      rootPageId: process.env.CONFLUENCE_ROOT_PAGE_ID, // 可选
      formatExt: "", // 可选
    },
  },
  image: {
    enable: true,
    platform: "local",
    local: {
      outputDir: "./Images", //本地图片保存目录
      prefixKey: "/cookbook", //替换图片的url前缀，如 ![image.png](/cookbook/xxxx.png)
    },
    oss: {
      secretId: process.env.OSS_SECRET_ID,
      secretKey: process.env.OSS_SECRET_KEY,
      bucket: process.env.OSS_BUCKET,
      region: process.env.OSS_REGION,
      host: process.env.OSS_HOST,
      prefixKey: "",
      secretExt: "", // 可选
    },
    cos: {
      secretId: process.env.COS_SECRET_ID,
      secretKey: process.env.COS_SECRET_KEY,
      bucket: process.env.COS_BUCKET,
      region: process.env.COS_REGION,
      host: process.env.COS_HOST,
      prefixKey: "",
      secretExt: "", // 可选
    },
    qiniu: {
      secretId: process.env.QINIU_SECRET_ID,
      secretKey: process.env.QINIU_SECRET_KEY,
      bucket: process.env.QINIU_BUCKET,
      region: process.env.QINIU_REGION,
      host: process.env.QINIU_HOST,
      prefixKey: "",
      secretExt: "", // 可选
    },
    upyun: {
      user: process.env.UPYUN_USER,
      password: process.env.UPYUN_PASSWORD,
      bucket: process.env.UPYUN_BUCKET,
      host: process.env.UPYUN_HOST,
      prefixKey: "",
      secretExt: "", // 可选
    },
    github: {
      user: process.env.GITHUB_USER,
      token: process.env.GITHUB_TOKEN,
      repo: process.env.GITHUB_REPO,
      branch: "",
      host: "",
      prefixKey: "",
      secretExt: "", // 可选
    },
  },
};

基于语雀 WebHook 实现实时同步：https://github.com/LetTTGACO/serverless-api



NCBI API 使用
shenweiyan — Tue, 21 Nov 2023 00:00:00 +0000

参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/

This chapter serves as a reference for all supported parameters for the E-utilities, along with accepted values and usage guidelines. This information is provided for each E-utility in sections below, and parameters and/or values specific to particular databases are discussed within each section. Most E-utilities have a set of parameters that are required for any call, in addition to several additional optional parameters that extend the tool’s functionality. These two sets of parameters are discussed separately in each section.





基于 GitHub Discussions 的博客与站点
shenweiyan — Thu, 09 Nov 2023 00:00:00 +0000
GitHub Discussions 是一个可以在每个 GitHub 仓库上启用的论坛。它使开发者能够轻松地讨论新功能，从社区获得反馈，创建投票，发布公告等。这里搜集了一些基于 GitHub Discussions 的博客与站点，以供参考。




Hakuba - 一个通过 Github Discussion 驱动的 Blog 启动器


GG - Gatsby + GitHub，好像不支持 MathJax，也不见怎么维护了

lencx.tech
gg-discussions，个人尝试对页面进行了一些调整



Pure 一个基于 Github Discussion 的极简博客





给作者留言
shenweiyan — Thu, 09 Nov 2023 00:00:00 +0000
2023-11-092025-12-29
如果你通过本人的博文/平台学到了一点东西，那么对我最好的奖赏就是请你也尝试教我些东西。你可以通过邮箱、微信，或者移步到 “GitHub Discussions” 写下您的建议，或者向我提问。
感谢你的一路支持！
📢 如果给我发邮件，或者通过微信添加好友，请写上您的真名实姓，让我感受到一个真实的人的气息。我不太愿意跟网名打交道，对于那些不知来路、上来就问问题的微信和邮件，我通常会直接忽略。

微信：ishenweiyan（请备注真实姓名，谢谢）
邮箱：shenweiyan@aliyun.com


    





基于 Mkdocs 的主题与站点
shenweiyan — Wed, 08 Nov 2023 00:00:00 +0000
鉴于 MkDocs 的诸多优点，让它被很多知名开源项目选中，用于搭建和项目相关的文档网站。比如 Python 里知名的 Web 圈里的 django-rest-framework、FastAPI 以及基于 Go 编写的云网关代理服务器 traefik 等项目的官方文档站点，都是通过 MkDocs 进行搭建。


下面列的是搜集的一些 Mkdocs 主题与站点，以供参考。

Hello 算法 - https://www.hello-algo.com/
FDU-MSC 论坛 - https://fdu-msc.github.io/forum/
Django REST framework - https://www.django-rest-framework.org/
FastAPI - https://fastapi.tiangolo.com/
Chrisjing 的运维之旅精选 - http://www.chrisjing.com/
艇仔粥 TingZaiZuk - https://herointene.github.io/
Arisa | Blog - https://blog.arisa.moe/
嬉戏实验室 - https://blog.xiiigame.com/
老胡的周刊 - weekly.howie6879.com
Wcowin’s Web - https://wcowin.work/
Jeremy Feng - https://fengchao.pro/
我的工作学习生活笔记 - https://hellowac.github.io/
Power’s Wiki - https://wiki-power.com/




Python 中 tkinter 源码安装使用与中文乱码
shenweiyan — Thu, 02 Nov 2023 00:00:00 +0000
主要是因为下面这两个原因，所以决定从源码编译安装去折腾一下 tkinter，以下是一些记录。
_tkinter not found¶
Python 3 源码编译安装，执行 make 过程中提示 _tkinter not found，如下：
$ make
......
Python build finished successfully!
The necessary bits to build these optional modules were not found:
_tkinter 



中文乱码¶
使用 Anaconda 3（conda 4.5.11）的 tkinter python 包（conda install -c conda-forge tk）开发 GUI 界面程序过程中，发现 UI 界面出现的中文 Unicode 乱码一直没办法解决。
#-*- coding: utf-8 -*-

import sys

from tkinter import *
top=Tk()
top.wm_title("菜单")
top.geometry("800x600+300+100") # 创建一个菜单项，类似于导航栏
menubar=Menu(top) # 创建菜单项
fmenu1=Menu(top)
# 如果该菜单时顶层菜单的一个菜单项，则它添加的是下拉菜单的菜单
for item in ['新建文件', '打开文件','结果保存']:
    fmenu1.add_command(label=item)

fmenu2=Menu(top)
for item in ['程序设置','程序运行']:
    fmenu2.add_command(label=item)

fmenu3=Menu(top)
for item in ['使用教程', '版权信息', '检查更新']:
    fmenu3.add_command(label=item)

# add_cascade 的一个很重要的属性就是 menu 属性，它指明了要把那个菜单级联到该菜单项上
# 当然，还必不可少的就是 label 属性，用于指定该菜单项的名称
menubar.add_cascade(label='文件', menu=fmenu1)
menubar.add_cascade(label="程序", menu=fmenu2)
menubar.add_cascade(label="帮助", menu=fmenu3)

# 最后可以用窗口的 menu 属性指定我们使用哪一个作为它的顶层菜单
top['menu']=menubar
top.mainloop()


我们也可以确认一下是不是 Tk 本身的问题：
echo 'pack [button .h -text "Hello, World! 显示中文" -command exit]' | wish

- 正常显示
  

中文乱码
  

一些参考资料：

Python 3.x 中文编码转换的问题：https://bbs.bccn.net/thread-479560-1-1.html
Python 2.6 Tk 中文乱码解決方法：http://blogkrogh.blogspot.com/2011/03/python-26-tk.html
tkinter 乱码，pyqt4 乱码：http://aboutweb.lofter.com/post/11743e_6f7e4a5

上面几种方法测试后，问题依然存在。在 google 上一番搜索和来回测试之后，发现了几点信息：

有人说，可能是 tcl/tk 安装不完整造成的。
tcl/tk 重装后需要对 Python 重新编译 tkinter 才能起作用。
conda install -c conda-forge tk，虽然没有任何报错，python2 中 import tkinter 也正常，但 conda 的软件安装就像一个黑盒子，无法确认 tcl/tk 是否完整安装。
python 的 PyPI 仓库中是没有 tkinter 包的，想要使用 pip install tkinter 卸载或者重装都是行不通的。
网上也有人说可以使用 yum install python3-tk/python-tk 解决，但对于本人来说，没用。

什么是 tcl, tk, tkinter¶

The tkinter package (“Tk interface”) is the standard Python interface to the Tk GUI toolkit. Both Tk and tkinter are available on most Unix platforms, as well as on Windows systems. (Tk itself is not part of Python; it is maintained at ActiveState.)
Running python -m tkinter from the command line should open a window demonstrating a simple Tk interface, letting you know that tkinter is properly installed on your system, and also showing what version of Tcl/Tk is installed, so you can read the Tcl/Tk documentation specific to that version.
From https://docs.python.org/3/library/tkinter.html

Tcl 是”工具控制语言（Tool Control Language）”的缩写。Tk 是 Tcl “图形工具箱” 的扩展，它提供各种标准的 GUI 接口项，以利于迅速进行高级应用程序开发。
tkinter 包（”Tk 接口”）是 Tk GUI 工具包的标准 Python 接口。 Tk 和  tkinter 在大多数 Unix 平台以及 Windows 系统上都可用（Tk 本身不是 Python 的一部分，它在 ActiveState 中维护）。您可以通过从命令行运行  python -m tkinter来检查  tkinter 是否已正确安装在系统上。如果已经安装该命令会打开一个简单的 Tk 界面，该界面除了让我们知道 tkinter 已正确安装，并且还显示安装了哪个版本的 Tcl/Tk，因此我们可以阅读特定于该版本的 Tcl/Tk 文档。

如果  tkinter  没有安装，则会提示找不到该包（注意在 Python 2 中该包包名为 Tkinter，Python 3 中为 tkinter）：

接下来我们将尝试在 Python 2/3 中安装 Tcl/Tk，并重新编译 Python 2/3，已完成 Tkinter 安装（tkinter 为 Python 的标准库，标准库的安装需要重新编译 Python ？）。
ActiveTcl 安装¶
ActiveTcl 是 ActiveState 发布的关于 Tcl/Tk 的发行版本，该发行版本包含了最新版本的 Tk 和 Tcl 程序，我们下载其免费的社区版本进行安装即可。
参考下载链接：https://www.activestate.com/products/activetcl/downloads/
参考安装教程：https://tkdocs.com/tutorial/install.html
以下为 CentOS 6.5 下 ActiveTcl-8.6.9 的一些安装记录，仅作参考。
$ curl -fL "https://shenweiyan-generic.pkg.coding.net/btscl/activetcl/ActiveTcl-8.6.9.8609.2-x86_64-linux-glibc-2.5-dcd3ff05d.tar.gz?version=8.6.9.8609.2" -o ActiveTcl-8.6.9.8609.2-x86_64-linux-glibc-2.5-dcd3ff05d.tar.gz
$ tar zvxf ActiveTcl-8.6.9.8609.2-x86_64-linux-glibc-2.5-dcd3ff05d.tar.gz
$ cd ActiveTcl-8.6.9.8609.2-x86_64-linux-glibc-2.5-dcd3ff05d
$ ./install.sh
......
Cancel         [no]  => [RET]
Accept License [yes] => 'A' >>A

Please specify the installation directory.
Path [/opt/ActiveTcl-8.6]: /home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9

Please specify the directory for the demos.
Path [/home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/demos]:

Please specify the runtime installation directory.

This is the directory the applications will see as their installation directory
when searching for packages and libraries, instead of the directory the files
were copied to. In most circumstances this is the same as the installation
directory chosen before.
Path [/home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9]:

Press return to begin installation
     Installation Directory:  /home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9
     Demos Directory:         /home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/demos
     Runtime Directory:       See Installation Directory
Cancel => C
Next   => [RET] >>

Installing ActiveTcl ...
        Creating directory /home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/share ...
        Creating directory /home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/share/man ...
        ......

Please do not forget to extend your PATH and MANPATH variables to
get access to the applications and manpages distributed with ActiveTcl.

For a csh or compatible perform
    setenv PATH "/home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/bin:$PATH"

For a sh or similar perform
    PATH="/home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/bin:$PATH"
    export PATH

Some shells (bash for example) allow
    export PATH="/home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/bin:$PATH"

Similar changes are required for MANPATH
Finish >>

ActiveTcl 安装完成后，需要把 path 添加至环境变量（\~/.bashrc）:
export PATH="/home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/bin:$PATH"

Tcl/Tk¶
我们也可以直接去 https://sourceforge.net/projects/tcl/files/Tcl/ 直接通过源码的方式去编译安装 Tcl/Tk，尤其是当你的系统版本比较低，需要低版本的 Tcl/Tk，这种方法会比较合适。
以 tcl8.5.19-src.tar.gz/tk8.5.19-src.tar.gz 为例，下载完成后，直接解压，然后执行常规安装即可。
cd tcl8.5.19/unix
./configure
make
make test
make install

Python 重新编译安装¶
参考：What’s New In Python 3.11 - doc.python.org

📢 注意：

Python 3.11.x 起（如 Python-3.11.3）中的 configure 已经把 --with-tcltk-includes和--with-tcltk-libs这两个参数移除！并使用 TCLTK_CFLAGS 和 TCLTK_LIBS 替代！！！
Python 3.10.x (及以下版本，如 Python-3.9.16) 以及 Python 2.x.x 在 configure 中 --with-tcltk-includes和--with-tcltk-libs都是有的，通过这两个参数可以解决 Tkinter 的问题！！！


Python 3¶
这里以 Python-3.11.6 为例，参考 Python 3.11.0 install doesn’t recognize homebrew Tcl/Tk due to –with-tcltk-libs, –with-tcltk-includes switches being removed from 3.11 - pyenv#2499，在编译安装过程中使用 TCLTK_CFLAGS 和 TCLTK_LIBS 解决 _tkinter 缺失的问题。
export TCLTK_LIBS="-L/home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/lib -ltcl8.6 -ltk8.6"  # 8.5.x 版本，需改为 -ltcl8.5 -ltk8.5
export TCLTK_CFLAGS="-I/home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/include"

cd Python-3.11.6
/configure --prefix=/home/shenweiyan/software/python-3.11.6 ......
make && make install


对于 Python 3.10.x (及以下版本，如 Python-3.9.18)，configure 中 --with-tcltk-includes 和 --with-tcltk-libs 的具体使用参考 https://bugs.python.org/issue21887：  

Python 2¶
想要在 Python 2.7 安装 Tkinter，需要在编译过程中通过 --with-tcltk-includes 和 --with-tcltk-libs 中指定 ActiveTcl 的头文件以及库所在路径。
如果在执行编译安装过程中，出现无法找到 libXss.so.1 共享动态库报错：
$ tar zvxf Python-2.7.15.tgz
$ cd Python-2.7.15
$ ./configure --prefix=/usr/local/software/python-2.7 --with-tcltk-includes='-I/usr/local/software/ActiveTcl-8.6/include' --with-tcltk-libs='-L/usr/local/software/ActiveTcl-8.6/lib -ltcl8.6 -ltk8.6' --enable-optimizations
$ make

......

warning: building with the bundled copy of libffi is deprecated on this platform.  It will not be distributed with Python 3.7
*** WARNING: renaming "_tkinter" since importing it failed: libXss.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

Python build finished successfully!
The necessary bits to build these optional modules were not found:
_dbm                  _gdbm
To find the necessary bits, look in setup.py in detect_modules() for the module's name.

The following modules found by detect_modules() in setup.py, have been
built by the Makefile instead, as configured by the Setup files:
atexit                pwd                   time

Following modules built successfully but were removed because they could not be imported:
_tkinter

running build_scripts

......

CentOS 下请参考以下解决方法：
$ sudo yum install libXScrnSaver libXScrnSaver-devel

调用 Tkinter¶
Python 2/3 重新编译完后，执行一下下面的命令即可显示 Tk 的 ui 界面，以及相应的 Tcl/Tk 版本。
python2 -m Tkinter   # python 2
python3 -m tkinter   # python 3


这时候，我们重新运行开头的 GUI 界面程序，可以看到中文已经正常显示：

参考资料¶

Download And Install Tcl: ActiveTcl，https://www.activestate.com/products/activetcl/downloads/
Installing Tk，https://tkdocs.com/tutorial/install.html
Python 下”No module named _tkinter”问题解决过程分析，https://www.jianshu.com/p/0baa9657377f
Python GUI 编程(Tkinter)文件对话框，https://my.oschina.net/u/2245781/blog/661533




Python3 源码安装
shenweiyan — Thu, 02 Nov 2023 00:00:00 +0000
编程，作为生物信息学的一个基础性技能，是任何一个生信工程师都无法绕开话题。也许有些人还在纠结 Perl 和 Python 到底应该学习哪一个，但作为目前最火最流行的编程语言 Python 还是非常值得尝试的。它不但可以进行文本处理，在统计、网站、游戏、爬虫、数据可视化等方面也有非常强大的应用，比起曾经的 Perl 真的强大和全面很多，且比 Perl 更容易入手。不管从长远发展，还是短期需要，学会 Python，看懂 Perl (或者先学   Python，后学 Perl) 应该是每一个生信工程必备的基础技能之一。
工欲善其事，必先利其器。关于 Python 安装教程在网上一搜一大把，但总感觉不够全面，尤其对于中间出现的一些问题的解决方法不尽如人意。鉴于此，本文基于  CentOS/RHEL Linux 对 Python 的源码编译安装进行了一下简单的总结，记录如下。


安装环境¶
Red Hat 6.5 + GCC 4.4.7（GCC-7.3.0 - 此版本 gcc 为手动安装）。
GCC 高级版本手动或者 yum 安装参考以下文章：
- SCL+Devtoolset 安装与使用笔记 · 语雀
- 非 root 用户手动编译安装 GCC · 语雀
$ lsb_release -a
LSB Version:    :base-4.0-amd64:base-4.0-noarch:core-4.0-amd64:core-4.0-noarch:graphics-4.0-amd64:graphics-4.0-noarch:printing-4.0-amd64:printing-4.0-noarch
Distributor ID: RedHatEnterpriseServer
Description:    Red Hat Enterprise Linux Server release 6.5 (Santiago)
Release:        6.5
Codename:       Santiago

$ gcc --version
gcc (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-4)
Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

解决依赖¶
如果您拥有 root 权限，请执以下依赖安装：
yum install zlib
yum install zlib-devel
yum install openssl
yum install openssl-devel
yum install libffi
yum install libffi-devel
yum install readline readline-devel sqlite sqlite-devel tk-devel




缺少库名称
安装命令




_uuid
yum install libuuid-devel


readline
yum install readline-devel


_tkinter
yum install tk-devel


_ffi
yum install libffi-devel


_curses
yum install ncurses-libs


_sqlite
yum install sqlite-devel


_bz2
yum install bzip2-devel


_ssl
yum install openssl-devel


_gdbm
yum install gdbm-devel


_dbi
yum install libdbi-devel


_zlib
yum install zlib-devel


lzma
yum install xz-devel (yum install python-backports-lzma)



如果您没有 root 权限，可以参考《手把手教你在 Linux 源码安装最新版本的 R》一文，手动一个个去解决以上的依赖。
_sqlite3¶
执行 make 过程中提示 _sqlite3 not found，如下：
$ make
......
Python build finished successfully!
The necessary bits to build these optional modules were not found:
_sqlite3              _ssl
To find the necessary bits, look in setup.py in detect_modules() for the module's name.

The following modules found by detect_modules() in setup.py, have been
built by the Makefile instead, as configured by the Setup files:
_abc                  atexit                pwd
time

系统已安装 sqlite3¶
如果执行 rpm -qa|grep sqlite 看到 sqlite 和 sqlite-devel 都已经安装（libsqlite3.so 默认保存在 /usr/lib64 下； sqlite3.h 默认保存在 /usr/include 下）。
$ sqlite3 -version
3.6.20

$ ll /usr/lib64/libsqlite3.so
lrwxrwxrwx 1 root root 19 Apr 23  2015 /usr/lib64/libsqlite3.so -> libsqlite3.so.0.8.6

$ ll /usr/include/sqlite3.h
-rw-r--r-- 1 root root 263K Nov 25  2009 /usr/include/sqlite3.h

但是，执行 make 依然出现以上报错，参考下面的方法《python build from source: cannot build optional module sqlite3 - Stack Overflow》。
手动安装 sqlite3¶
$ wget https://www.sqlite.org/2021/sqlite-autoconf-3360000.tar.gz --no-check-certificate
$ tar zvxf sqlite-autoconf-3360000.tar.gz
$ cd sqlite-autoconf-3360000
$ ./configure --prefix=/home/shenweiyan/software/sqlite-3.36.0
$ make
$ make install

配置 sqlite3¶

配置环境

$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/sqlite-3.36.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH

2. 调整源码或编译
对于 3.11.x 以上版本的 Python 可以在 configure 指定自定义安装的 sqlite3 路径解决 _sqlite3 依赖。
./configure ... \
    LDFLAGS="-L/home/shenweiyan/software/sqlite-3.36.0/lib" \
    CPPFLAGS="-I/home/shenweiyan/software/sqlite-3.36.0/include" 

有些低版本的 Python (如 3.7) 可能需要再源码文件中加入 sqlite3.h 的文件路径。

找到 sqlite3.h 文件的保存目录。
修改 setup.py 文件，在 sqlite_inc_paths 中加上 sqlite3.h 的文件路径。

sqlite_inc_paths = [ '/home/shenweiyan/software/sqlite-3.36.0/include',
                     '/usr/include',
                     '/usr/include/sqlite',
                     '/usr/include/sqlite3',
                     '/usr/local/include',
                     '/usr/local/include/sqlite',
                     '/usr/local/include/sqlite3',
                   ]

_ssl¶
Python3 需要引用 openssl  模块，但是 python3.7+ 在 CentOS 中要求的 openssl 版本最低为 1.0.2，而 CentOS 默认的为 1.0.1（CentOS-6.x 通过 yum  源安装的 openssl 的最高版本是 1.0.1），所以需要手动更新 openssl。
对于 openssl 版本的选择，建议至少选择 1.1.1+ 版本：

urllib3 v2.0 only supports OpenSSL 1.1.1+, currently the ‘ssl’ module is compiled with ‘OpenSSL 1.0.2k-fips  26 Jan 2017’. See: https://github.com/urllib3/urllib3/issues/2168
Python requires an OpenSSL 1.0.2 or 1.1 compatible libssl with X509_VERIFY_PARAM_set1_host().

# 下载
wget http://www.openssl.org/source/openssl-1.1.1.tar.gz

# 解压缩
tar -zxvf openssl-1.1.1.tar.gz

# 进入目录安装
cd openssl-1.1.1

# 进行配置下，自定义
./config --prefix=/home/shenweiyan/software/openssl-1.1.1 shared zlib

# 编译并安装
make && make install

# 配置到用户环境变量，随处使用
echo "export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/openssl-1.1.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH" >> $HOME/.bashrc

# 是环境变量配置生效
source $HOME/.bashrc

请注意：

openssl 编译（config）的时候 必须要加上 shared  参数，否者源码安装 Python 即使添加了 --with-openssl 的自定义路径，依然会导致 Could not build the ssl module! 报错！
从 https://www.openssl.org/source/ 下载的源码 openssl-1.0.2s、openssl-1.0.2m，包括  CentOS-7.5 使用 yum 安装的最高版本的 openssl-1.0.2k 目前发现依然会导致 Could not build the ssl module ，建议从 https://www.openssl.org/source/old/ 下载 1.1.1 的源码编译安装。

最后，在 Python 执行 configure 的时候指定 openssl 的相关参数：
./configure ... \
    --with-openssl=/home/shenweiyan/software/openssl-1.1.1 \
    --with-openssl-rpath=/home/shenweiyan/software/openssl-1.1.1/lib \

_tkinter¶
Tkinter 模块缺失是一个比较棘手的问题，为此专门写了一篇文章来介绍这个问题。
具体请参考：Python 中 tkinter 源码安装使用与中文乱码 - Knowledge-Garden#12
_dbm¶
_dbm 和 _gdbm 的模块缺失可以通过下面手动的方法解决。
wget https://ftp.gnu.org/gnu/gdbm/gdbm-1.23.tar.gz
tar -zxvf gdbm-1.23.tar.gz
./configure --prefix=/home/shenweiyan/software/gdbm-1.23 --enable-libgdbm-compat  --enable-debug
make && make install

最后，增加环境变量，并调整 Python 执行 configure 时的参数：
export PATH=/home/shenweiyan/software/gdbm-1.23/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/gdbm-1.23/lib:$LD_LIBRARY_PATH

./configure ... \
    LDFLAGS="-L/home/shenweiyan/software/gdbm-1.23/lib" \
    CPPFLAGS="-I/home/shenweiyan/software/gdbm-1.23/include"

_lzma¶
正常情况下，下面的方法可以解决该问题（如果您有 root 权限的话）。
# For ubuntu:
$ sudo apt-get install liblzma-dev

# For centos:
$ yum install xz-devel

普通用户可以手动安装解决：
$ wget https://tukaani.org/xz/xz-5.2.5.tar.gz --no-check-certificat
$ tar zvxf xz-5.2.5.tar.gz
$ cd xz-5.2.5
$ ./configure --prefix=/home/shenweiyan/software/xz-5.2.5
$ make
$ make install

最后，配置环境：
$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/xz-5.2.5/lib:$LD_LIBRARY_PATH

_ctypes¶
在 CentOS 6.x 安装 libffi-devel  的时候出现以下问题：
$ yum install libffi-devel
Loaded plugins: product-id, refresh-packagekit, search-disabled-repos, security, subscription-manager
This system is not registered to Red Hat Subscription Management. You can use subscription-manager to register.
Setting up Install Process
cdrom                                                                                                                                         | 4.1 kB     00:00 ...
No package libffi-devel available.
Error: Nothing to do

可以使用下面的方法安装：
[root@log01 ~]# rpm -ivh http://mirror.centos.org/centos/6/os/x86_64/Packages/libffi-devel-3.0.5-3.2.el6.x86_64.rpm
Retrieving http://mirror.centos.org/centos/6/os/x86_64/Packages/libffi-devel-3.0.5-3.2.el6.x86_64.rpm
warning: /var/tmp/rpm-tmp.V9ihbu: Header V3 RSA/SHA256 Signature, key ID c105b9de: NOKEY
Preparing...                ########################################### [100%]
   1:libffi-devel           ########################################### [100%]
[root@log01 ~]# rpm -qa|grep libffi
libffi-3.0.5-3.2.el6.x86_64
libffi-devel-3.0.5-3.2.el6.x86_64

手动的源码方法安装如下：
$ wget ftp://sourceware.org/pub/libffi/libffi-3.2.1.tar.gz
$ tar zvxf libffi-3.2.1.tar.gz
$ ./configure --prefix=/home/shenweiyan/software/libffi-3.2.1
$ make
$ make install

pygraphviz¶
如果你不需要使用 pygraphviz，可以不用管这个依赖。

PyGraphviz is a Python interface to the Graphviz graph layout and visualization package. With PyGraphviz you can create, edit, read, write, and draw graphs using Python to access the Graphviz graph data structure and layout algorithms.
PyGraphviz 是 Graphviz 图形布局和可视化包的 Python 接口。 借助 PyGraphviz，您可以使用 Python 创建、编辑、读取、写入和绘制图形，以访问 Graphviz 图形数据结构和布局算法。

$ /home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/bin/pip3 install pygraphviz
Collecting pygraphviz
  Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/7e/b1/d6d849ddaf6f11036f9980d433f383d4c13d1ebcfc3cd09bc845bda7e433/pygraphviz-1.5.zip
Installing collected packages: pygraphviz
  Running setup.py install for pygraphviz ... error
    Complete output from command /home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/bin/python3.7 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-install-_zdjdg0j/pygraphviz/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-record-g0mz7lrq/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile:
    running install
    Trying dpkg
    Failed to find dpkg
    Trying pkg-config
    Package libcgraph was not found in the pkg-config search path.
    Perhaps you should add the directory containing `libcgraph.pc'
    to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
    No package 'libcgraph' found
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/tmp/pip-install-_zdjdg0j/pygraphviz/setup.py", line 93, in <module>
        tests_require=['nose>=1.3.7', 'doctest-ignore-unicode>=0.1.2', 'mock>=2.0.0'],
      File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/site-packages/setuptools/__init__.py", line 145, in setup
        return distutils.core.setup(**attrs)
      File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/distutils/core.py", line 148, in setup
        dist.run_commands()
      File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/distutils/dist.py", line 966, in run_commands
        self.run_command(cmd)
      File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/distutils/dist.py", line 985, in run_command
        cmd_obj.run()
      File "/tmp/pip-install-_zdjdg0j/pygraphviz/setup_commands.py", line 44, in modified_run
        self.include_path, self.library_path = get_graphviz_dirs()
      File "/tmp/pip-install-_zdjdg0j/pygraphviz/setup_extra.py", line 162, in get_graphviz_dirs
        include_dirs, library_dirs = _try_configure(include_dirs, library_dirs, _pkg_config)
      File "/tmp/pip-install-_zdjdg0j/pygraphviz/setup_extra.py", line 117, in _try_configure
        i, l = try_function()
      File "/tmp/pip-install-_zdjdg0j/pygraphviz/setup_extra.py", line 72, in _pkg_config
        output = S.check_output(['pkg-config', '--libs-only-L', 'libcgraph'])
      File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/subprocess.py", line 395, in check_output
        **kwargs).stdout
      File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/subprocess.py", line 487, in run
        output=stdout, stderr=stderr)
    subprocess.CalledProcessError: Command '['pkg-config', '--libs-only-L', 'libcgraph']' returned non-zero exit status 1.

    ----------------------------------------
Command "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/bin/python3.7 -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-install-_zdjdg0j/pygraphviz/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-record-g0mz7lrq/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /tmp/pip-install-_zdjdg0j/pygraphviz/

参考：《Installation:fatal error: ‘graphviz/cgraph.h’ file not found》
$ wget https://graphviz.gitlab.io/pub/graphviz/stable/SOURCES/graphviz.tar.gz
$ tar zvxf graphviz.tar.gz
$ cd graphviz-2.40.1
$ ./configure --prefix=/home/shenweiyan/software/graphviz-2.40.1
$ make && make install

推荐把安装好的 graphviz 添加到环境变量，这样可以避免运行过程中出现：“pygraphviz/graphviz_wrap.c:2987:29: fatal error: graphviz/cgraph.h: No such file or directory” 无法找到头文件的异常。
export PKG_CONFIG_PATH=/home/shenweiyan/software/graphviz-2.40.1/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/graphviz-2.40.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export C_INCLUDE_PATH=/home/shenweiyan/software/graphviz-2.40.1/include:$C_INCLUDE_PATH
export CPLUS_INCLUDE_PATH=/home/shenweiyan/software/graphviz-2.40.1/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH

如果 graphviz 添加到环境变量， pygraphviz 的 python 包可以参考下面的方法安装：
$ /home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/bin/pip3 install --global-option=build_ext --global-option="-I/home/shenweiyan/software/graphviz-2.40.1/include" --global-option="-L/home/shenweiyan/software/graphviz-2.40.1/lib" pygraphviz
/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/site-packages/pip/_internal/commands/install.py:207: UserWarning: Disabling all use of wheels due to the use of --build-options / --global-options / --install-options.
  cmdoptions.check_install_build_global(options)
Collecting pygraphviz
  Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/7e/b1/d6d849ddaf6f11036f9980d433f383d4c13d1ebcfc3cd09bc845bda7e433/pygraphviz-1.5.zip
Installing collected packages: pygraphviz
  Running setup.py install for pygraphviz ... done
Successfully installed pygraphviz-1.5

编译安装¶
这里的编译安装，以 Python-3.11.6 为示例。
第一，下载 Python 源码，解压。
# 官网下载地址 https://www.python.org/downloads
wget https://www.python.org/ftp/python/3.11.6/Python-3.11.6.tgz

# 解压到指定目录
tar zvxf Python-3.11.6.tgz -C /usr/local/src

第二，进入解压的源码路径，编译 Python 源码。
$ export PKG_CONFIG_PATH=/home/shenweiyan/software/libffi-3.2.1/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
$ export PKG_CONFIG_PATH=/home/shenweiyan/software/graphviz-2.40.1/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH

$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/libffi-3.2.1/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/graphviz-2.40.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/openssl-1.1.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/sqlite-3.36.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/gdbm-1.23/lib:$LD_LIBRARY_PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/lib:$LD_LIBRARY_PATH

$ export TCLTK_LIBS="-L/home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/lib -ltcl8.6 -ltk8.6"
$ export TCLTK_CFLAGS="-I/home/shenweiyan/software/ActiveTcl-8.6.9/include"

$ ./configure \
--enable-optimizations \
--prefix=/home/shenweiyan/software/Python-3.11.6 \
--with-openssl=/home/shenweiyan/software/openssl-1.1.1 \
--with-openssl-rpath=/home/shenweiyan/software/openssl-1.1.1/lib \
CC=/home/shenweiyan/software/gcc-7.3.0/bin/gcc \
CXX=/home/shenweiyan/software/gcc-7.3.0/bin/c++ \
LDFLAGS="-L/home/shenweiyan/software/libffi-3.2.1/lib64 \
         -L/home/shenweiyan/software/graphviz-2.40.1/lib \
         -L/RiboBio/home/shenweiyan/software/sqlite-3.36.0/lib \
         -L/home/shenweiyan/software/gdbm-1.23/lib" \
CPPFLAGS="-I/home/shenweiyan/software/graphviz-2.40.1/include \
          -I/home/shenweiyan/software/sqlite-3.36.0/include \
          -I/home/shenweiyan/software/gdbm-1.23/include" \
PKG_CONFIG_PATH="/home/shenweiyan/software/libffi-3.2.1/lib/pkgconfig: \
                 /home/shenweiyan/software/graphviz-2.40.1/lib/pkgconfig"


--enable-optimizations  是优化选项（LTO，PGO  等）加上这个  flag  编译后，性能有  10%  左右的优化，但是这会明显的增加编译时间。建议使用这个参数；
--prefix  声明安装路径；
安装多个 python 的版本，如果不开启--enable-shared，指定不同路径即可。当开启--enable-shared 时，默认只有一个版本的 python。
Python 3 编译可以在 configure 或者环境变量中指定 OpenSSL 安装路径进行编译的方式解决 OpenSSL 依赖，否则 make  过程可能出错。

$ make
......
The following modules found by detect_modules() in setup.py, have been
built by the Makefile instead, as configured by the Setup files:
_abc                  atexit                pwd
time


Failed to build these modules:
_ctypes               _hashlib              _ssl


Could not build the ssl module!
Python requires an OpenSSL 1.0.2 or 1.1 compatible libssl with X509_VERIFY_PARAM_set1_host().
LibreSSL 2.6.4 and earlier do not provide the necessary APIs, https://github.com/libressl-portable/portable/issues/381

......


make 过程如果出现 ModuleNotFoundError: No module named '_ctypes' 或者 INFO: Could not locate ffi libs and/or headers 参考：https://groups.google.com/forum/#!topic/comp.lang.python/npv-wzmytzo



对于低版本的 Python 如果指定 --with-openssl=DIR 依然无法解决 ssl 模块的问题，可以参考修改 Modules/Setup.dist 文件（默认这块是注释的，放开注释即可。这块功能是开启 SSL 模块，不然会出现安装完毕后，提示找不到 ssl 模块的错误）再执行 configure，修改内容如下：

# Socket module helper for SSL support; you must comment out the other
# socket line above, and possibly edit the SSL variable:
SSL=/usr/local/ssl
_ssl _ssl.c \
    -DUSE_SSL -I$(SSL)/include -I$(SSL)/include/openssl \
    -L$(SSL)/lib -lssl -lcrypto

第三，Makefile 生后依次在当前路径执行编译和安装命令。
make && make install

第四，安装完成。以上命令执行完毕，且无报错的情况下，我们将默认 python 换将切换至 3.11.6（一般不建议替换，个人建议把自定义安装的 Python bin 路径添加到 PATH 环境变量即可）：
# 替换系统自带的 python（不建议）
mv /usr/bin/python /usr/bin/python2
ln -s /home/shenweiyan/software/Python-3.11.6/bin/python3 /usr/bin/python3

# 添加新 Python 到 PATH 环境变量（建议）
echo "export PATH=/home/shenweiyan/software/Python-3.11.6/bin:$PATH" >>~/.bashrc
source ~/.bashrc

运行命令 python -V ，查看是否出现 3.11.6  的版本，出现即为安装成功。
其他工具¶
Python >= 3.10 在安装时候，默认会同时安装 pip3！如果你的 python < 3.10，可以参考下面的方法安装 pip。
# 下载 setuptools 和 pip 安装程序
curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py
python3 get-pip.py

至此，CentOS Linux release 6.5 下的 python-3.11.6  全部安装完成。如果在安装过程中出现其他的报错，建议把 error 关键信息直接复制到 Google 进行检索，参考其他人的解决方法。
其他异常与解决¶
_bz2¶

系统：CentOS Linux release 7.7.1908 (Core)
GCC：gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39)

在 CentOS 7 中安装 Python-3.6.9 中发现 make 过程中一直提示：”ModuleNotFoundError: No module named ‘_bz2’“，尽管 sudo yum install bzip2 bzip2-devel  已经安装了 bzip2 的依赖，问题还是不得其解。最后参考 stackoverflow 上的《Correctly building local python3, with bz2 support》，终于解决问题，下面记录一下。
Correctly building local python3, with bz2 support
手动安装 bzip2：
wget https://nchc.dl.sourceforge.net/project/bzip2/bzip2-1.0.6.tar.gz
tar zvxf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile_libbz2_so  # 这一步是生成 libbz2.so.1.0.6 的动态库文件
make
make install PREFIX=/usr/local/software/bzip2-1.0.6
cp libbz2.so.1.0.6 /usr/local/software/bzip2-1.0.6/lib/

几点说明：

bzip2 的官网  http://www.bzip.org/  已经把 bzip2 的源码下载链接放到了  SourceForge，网络上一些从  http://www.bzip.org/1.0.6/bzip2-1.0.6.tar.gz  下载的做法已经失效。
SourceForge 上 bzip2 的最新版本还是 1.0.6（Last modified 2018-11-3），更高级版本的 bzip2 我也不知道是否存在，也不知道能不能用。


编译安装 Python-3.6.9：
$ wget https://www.python.org/ftp/python/3.6.9/Python-3.6.9.tgz
$ tar zvxf Python-3.6.9.tgz
$ cd Python-3.6.9
$ ./configure --enable-optimizations --prefix=/usr/local/software/python-3.6 CFLAGS="-I/usr/local/software/bzip2-1.0.6/include" LDFLAGS="-L/usr/local/software/bzip2-1.0.6/lib"
$ make
$ make install


Python-3.6.9 中的 ./configure --help 中没有 --with-openssl 参数！有点神奇，我也不知道原因。
安装完成可以用 from _bz2 import BZ2Compressor, BZ2Decompressor 测试一下 _bz2  是否可用。

参考资料¶

行者无疆-ITer,《python2.7 源码编译安装》, 博客园
Scott Frazer,《How do I compile Python 3.4 with custom OpenSSL?》, Stack Overflow




飞书文档初体验
shenweiyan — Tue, 24 Oct 2023 00:00:00 +0000
2023 年的 1024 程序员节前一天，语雀服务器崩溃长达 8 个小时的余温还没消，就迫不及待再去体验了一把飞书文档，说几点个人感受。




如何看待语雀因网络故障导致用户无法正常访问文档？在线文档的可靠性还值得信任吗？ - 知乎
鉴于昨天的语雀，有啥推荐的笔记软件么 -V2EX

首先，飞书文档国内版本和国际版本的区别可不是一般的大。


第二，书写体验相当不错。
第三，最然支持 Markdown 所见即所得的编辑模式，但没法查看单篇文档的 Markdown，这也是我最不满意的地方。
第四，API 很强大，文档很丰富，但没找到怎么通过 API 获取 wiki 知识库内容的介绍！
截止 2023.10.25 了解到飞书目前是没有 wiki 知识库内容的 API 接口，不清楚后面是否会有这方面的支持，且持续关注中。

事实上，飞书是支持 通过 API 接口获取 wiki 知识库内容的（上面截图中客服的回答并不准确），具体可以参考 Feishu Pages 实现 wiki 知识库的内容导出。
第五，经历语雀宕机事件，不得不考虑多平台备份的问题，对于飞书文档目前没发现比较好的方法。
经过了这个事件很多人都对在线文档产生了一些动摇，但总体来说在使用性和方便性上在线文档还是很有优势的，但值得注意的是不能把所有的鸡蛋都放到一个篮子 —— 备份很重要！通用格式 和 数据可控 或者可以成为一个评判的基础，那些过于封闭不支持导出(甚至是批量导出)的平台基本可以放弃了。



WebStack-Hugo | 一个静态响应式导航主题
shenweiyan — Mon, 23 Oct 2023 00:00:00 +0000

Via：我给自己做了一个导航网站 | BioIT爱好者    

📢 让更多人的人制作自己的导航网站。如果你觉得本主题对你有所帮助，欢迎请作者 喝杯咖啡 >.<
主题开源地址¶
GitHub | Gitee | GitCode
主题展示地址¶
WebStack-Hugo 网址导航 | 生信网址导航 


为什么做这个网站¶
之所以想着要给自己倒腾一个导航网站，主要有几个原因：

购买了一个域名，且也备案成功了，总想折腾点跟它有关的事情；
经常在公司、家里（有时候还有其他的临时场所）更换电脑，每次同步书签（或者登陆一些导航网站）需要各种登陆，麻烦。

说干就干，从 WebStack 的开源项目开始，断断续续的折腾了好几天，终于把轮子造起来了。




跟其他导航网站有什么区别¶
这是 Hugo 版 WebStack 主题。可以借助 Github/Gitee Pages 或者云平台直接托管部署，无需服务器。
本项目是基于纯静态的网址导航网站 webstack.cc 制作的 Hugo 主题，其中部分代码参考了以下几个开源项目：

https://github.com/WebStackPage/WebStackPage.github.io
https://github.com/liutongxu/liutongxu.github.io
https://github.com/iplaycode/webstack-hugo

总体说一下特点：

采用了一直以来最喜欢的 hugo 部署方式，方便高效。
主要的配置信息都集成到了 config.toml，一键完成各种自定义的配置。
导航的各个信息都集成在 data/webstack.yml 文件中，方便后续增删改动。

- taxonomy: 科研办公
  icon: fas fa-flask fa-lg
  list:
    - term: 生物信息
      links:
        - title: NCBI
          logo: n/ncbi.jpg
          url: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
          description: National Center for Biotechnology Information.
        - title: Bioconda
          logo: b/bioconda.jpg
          url: https://anaconda.org/bioconda/
          description: "Bioconda :: Anaconda.org."
    - term: 云服务器
      links:
        - title: 阿里云
          logo: a/aliyun.jpg
          url: https://www.aliyun.com/
          description: 上云就上阿里云。
        - title: 腾讯云
          logo: c/cloud-tencent.jpg
          url: https://cloud.tencent.com/
          description: 产业智变，云启未来。


做了手机电脑自适应以及夜间模式。
增加了搜索功能，以及下拉的热词选项（基于百度 API）。
增加了一言、和风天气的 API（和风天气 API 已经官方已经不再支持，目前还没到到替代）。

Windows 下安装部署¶
本安装部署在 Windows 7 x64 上测试没问题，相关操作同样适用于 Windows 10，如有任何问题，欢迎留言或者微信与我联系。
第一，下载 hugo¶
下载链接：https://github.com/gohugoio/hugo/releases，在这里我们下载 hugo_0.89.4_Windows-64bit.zip。

第二，解压¶
我们把 hugo_0.89.4_Windows-64bit.zip 下载到 F:\WebStack 目录下，然后解压到当前文件夹。
解压完成后，在该目录会多出 hugo.exe、LICENSE、README.md 三个文件：

第三，检测是否安装成功¶
通过下面的方法，检测 hugo 是否安装成功。

🏷️ 温馨提示：
Windows 命令运行窗口中可以使用 Tab 进行命令行补全，例如你当前目录下有一个 WebStack-Hugo 目录，你在命令行窗口中输入一个 w 后按下 Tab 键，命令行就会自动出现 WebStack-Hugo！
使用命令行补全，可以减少代码（或者文件名）的输入，方便快捷，又能减少错误！


在 Windows 中使用 Win+R 打开“运行”对话框，在对话框中输入“cmd”，点击确认。




在 Windows 运行窗口，先切换盘符到 F 盘，然后进入 hugo 的解压缩目录（F:\WebStack），具体操作如下。


在光标处输入 F:，然后按回车；



我们就将盘符切换为 F 盘；



接着输入 cd WebStack，回车，就进入了 F:\WebStack 目录；使用 ls 可以看到当前目录下的文件。



最后，输入 hugo.exe version，回车，如图所示，则代表安装成功。



第四，下载 WebStack-Hugo¶
浏览器打开 https://github.com/shenweiyan/WebStack-Hugo，点击 Code 下的 “Download ZIP”，把 WebStack-hugo-main.zip 下载到刚才 hugo 解压缩的目录（F:\WebStack）。


第五，解压和重命名¶
把 WebStack-Hugo-main.zip 解压到当前目录。


第六，安装主题¶
首先，进入 F:\WebStack 目录；
然后，创建一个 themes 的文件夹；

接着，把解压后的 WebStack-Hugo 整个文件夹移动到 themes 中。

第四，将 themes/WebStack-Hugo/exampleSite 目录下的所有文件复制到 hugo 站点根目录（即 F:\WebStack）。

第七，启动预览¶
在刚才已经打开的 Windows 命令运行窗口中，使用下面的命令执行 hugo server，启动站点——Hugo 可以启动一个 Web 服务器，同时构建站点内容到内存中并在检测到文件更改后重新渲染，方便我们在开发环境实时预览对站点所做的更改。
hugo.exe server


最后，在浏览器中打开 http://127.0.0.1:1313/，即可看到生成的站点。

Linux 下安装部署¶
安装完本 WebStack-Hugo 主题后，将 exampleSite 目录下的文件复制到 hugo 站点根目录，根据需要把 config.toml 的一些信息改成自己的，导航的网址信息可通过 data 目录下 webstack.yml 修改。
具体执行步骤如下：
mkdir /home/shenweiyan/mysite
cd /home/shenweiyan/mysite

# 安装 WebStack-Hugo 主题
git clone https://github.com/shenweiyan/WebStack-Hugo.git themes/WebStack-Hugo

# 将 exampleSite 目录下的文件复制到 hugo 站点根目录
cd /home/shenweiyan/mysite
cp -r themes/WebStack-Hugo/exampleSite/* ./

# 启动 hugo 站点
hugo server
# 如果你知道你的公网 ip, 如下面的 132.76.230.31, 可以使用下面的方式执行 hugo server
hugo server --baseUrl=132.76.230.31 --bind=0.0.0.0

也可以参考 @jetsung 在 pull 15 所用的方法安装部署：
# 创建项目
mkdir navsites
cd $_

# 初始化项目
git init

# 将 WebStack-Hugo 源下载到 themes/WebStack-Hugo 文件夹
git submodule add https://github.com/shenweiyan/WebStack-Hugo.git themes/WebStack-Hugo
cp -r themes/WebStack-Hugo/exampleSite/* ./

# 安装 hugo
go install github.com/gohugoio/hugo@latest

# 本地测试
hugo server

# 生成 docs 文件夹，将并静态内容生成至此处
hugo -D

导出 HTML 静态资源¶
Windows/Linux 下执行的 hugo server 命令将会通过热加载的方式临时启动一个 Hugo 服务器（Hugo 可以启动一个 Web 服务器，同时构建站点内容到内存中并在检测到文件更改后重新渲染，方便我们在开发环境实时预览对站点所做的更改），这个时候我们打开浏览器 http://127.0.0.1:1313/，就可以看到我们站点的样子了。
如果我们想要把我们的站点部署到 GitHub/Gitee Pages（或者本地的服务器），我们可以：
1. 生成静态页面内容¶
可以通过下面的命令，生成(构建)静态页面内容。
hugo -D 或者 hugo --minify

这个命令会默认在 public/ 目录中生成您的网站，当然您可以通过改变站点配置中的 publishDir 选项来配置这个输出目录。

🏷️ Hugo 小知识 - 草案、未来和过期内容
Hugo 允许您在网站内容的前言设定中设置文档的draft，publishdate甚至expirydate字段。默认情况下，Hugo 不会发布下面内容：

publishdate 发布日期值设定在未来的内容；
draft:true 草案状态设置为真的内容；
expirydate 过期日期值设置为过去某事件的内容。

这三个可以在本地开发和部署编译时通过对hugo和hugo server分别添加如下参数来重新设定，或者在配置文件中设定对应(不包含--)域的 boolean 值：

-F, –buildFuture include content with publishdate in the future
-D, –buildDrafts include content marked as draft
-E, –buildExpired include expired content


2. 部署站点¶
把生成的 public/ 静态内容目录上传到 GitHub，开启 GitHub/Gitee Pages，并且绑定 cname 域名即可。
使用说明与技巧¶
这是一个开源的公益项目，你可以拿来制作自己的网址导航，也可以做与导航无关的网站。
左导航栏图标¶
左侧、顶部导航栏图标用的都是 Font Awesome 图标库 v5 版本 Free 的图标。链接如下：
🔗 https://fontawesome.com/v5/search?o=r&m=free

调整头部搜索栏¶
头部搜索栏的默认位置可以通过下面的方法进行修改。

直接修改 layouts/partials/content_search.html，调整对应部分的位置。
调整默认的搜索（即点击”常用/搜索/工具 ....” 时下指箭头的指向），把对应的 id 添加到对应的 label 里面。



自定义头部导航¶
WebStack-Hugo 把头部的导航菜单的各个信息集成在了 data/header.yml 文件中，每个人可以根据自己的需要调整。
- item: 首页
  icon: fa fa-home
  link: "./"

- item: 作者
  icon: fa fa-book
  link: https://www.yuque.com/shenweiyan

- item: 配置
  icon: fa fa-cog
  link: ""
  list:
    - name: 源码
      url: "#"
    - name: 图标
      url: "#"

获取网站图标¶
Bio & IT 网址导航默认使用的是个人收集的网站图标，主要是查看网站源码、百度、谷歌等途径把对应导航的图标下载下来，这个方法比较原始繁琐，适合导航不是很多的情况。
一为¶
你也可以使用一为提供的的 Favicon 图标 API：获取网站 Favicon - 免费 API 数据接口调用服务平台。
使用方法：


获取 Favicon 图标
https://api.iowen.cn/favicon/www.iowen.cn.png



刷新缓存
https://api.iowen.cn/favicon/www.iowen.cn.png?refresh=true



将上方代码中的 www.iowen.cn 替换为你需要获取的网址域名。


Favicon.im¶
除了一为的 API，你也可以使用 https://favicon.im/ 来在网页中插入其他网站的 Favicon 图片，可以放大显示。

Favicon Extractor¶
类似网站 Favicon Downloader，代码开源。

已知问题¶

日间模式与夜间模式切换时候，头部搜索栏的背景图片切换不够流畅（个人的 js 知识有限，在 footer.html 做了一些简单的调整来实现），如果你有更好的想法，欢迎 PR 或者交流。

感谢墙¶
本主题的部分代码参考了以下几个开源项目，特此感谢。

WebStackPage/WebStackPage.github.io
liutongxu/liutongxu.github.io
iplaycode/webstack-hugo

感谢 WebStack 的作者 Viggo 的肯定和推广宣传。

感谢以下所有朋友对本主题所做出的贡献。     

@yanbeiyinhanghang    

@jetsung       
赞赏¶
如果你觉得本项目对你有所帮助，欢迎请作者喝杯热咖啡 >.<     

反馈与交流¶
最后，最重要的，秉承 WebStack 的宗旨，这是一个开源的公益项目，你可以拿来制作自己的网址导航，也可以做与导航无关的网站。
WebStack 有非常多的魔改版本，这是其中一个。
如果你对本主题进行了一些个性化调整，欢迎在本项目中 issues 中一起分享交流！
如果参考本主题构建了属于你自己的网址导航，欢迎在本评论区（或源码 issues 区）留下你网站的访问链接 >.<



个人域名跳转至语雀个人主页
shenweiyan — Mon, 23 Oct 2023 00:00:00 +0000
语雀的个人使用目前是不支持自定义域名的，虽然空间的使用可以自定义二级域名，如：weiyan.yuque.com，但是空间知识库必须要先登录，不方便其他人查看，尤其是对于没有注册语雀的用户。


现在的情况是，我有一个已经备案的个人域名 www.example.com，现在我想：

让所有 www.example.com 的访问地址都跳转到 https://www.yuque.com/shenweiyan，比如 https://www.example.com/cookbook 跳转到 https://www.yuque.com/shenweiyan/cookbook。
www.example.com 的访问地址跳转同时支持 http/https。
example.com/www.example.com 同时实现以上跳转。

反正就一句话，让下面的链接都跳转到 https://www.yuque.com/shenweiyan：

http://example.com
http://www.example.com
https://example.com
https://www.example.com

下面简单记录一下具体的实现过程。
背景知识¶
显性 URL 转发： 用的是 301 重定向技术，效果为浏览器地址栏输入 http://a.com 回车，打开网站内容是目标地址 http://cloud.baidu.com/ 的网站内容，且地址栏显示目标地址 http://cloud.baidu.com/ 。
隐性 URL 转发： 用的是 iframe 框架技术、非重定向技术，效果为浏览器地址栏输入 http://a.com 回车，打开网站内容是目标地址 http://cloud.baidu.com/ 的网站内容，但地址栏显示当前地址 http://a.com 。
301 重定向是什么？
301 重定向表示网页由一个地址永久地移动到了另外一个地址。这里中的 301 是被重定向网页的 HTTP 状态代码。
例如： blog.ahrefs.com 重定向到了 ahrefs.com/blog。
简单来说，301 重定向是在告诉浏览器：“这个页面已经永久迁移了。这个是新的地址，我们不打算把它移回去啦。”这时，浏览器会回复：“没问题！我现在（开始）就把用户引向这里！”
这就是为什么访问 blog.ahrefs.com 已经不可能了。你最后会去到的网页是 ahrefs.com/blog。
前提条件¶
前提条件可以分为有服务器和无服务器两种情况，下面具体说一下。


有服务器（可以考虑腾讯云或者阿里云的轻量云服务器，双十一优惠价一年也就几十块）；

阿里云轻量云服务器：购买链接
腾讯云轻量云服务器：购买链接
域名（域名需要已经完成备案）；
SSL 证书（可以使用阿里云或者腾讯云的免费域名证书）；



无服务器

可以考虑使用 Cloudflare Page Rules（页面规则）；当然，其他的平台也可以；
域名（有些域名可以不用备案）；
SSL 证书（如果你用的是 Cloudflare Page Rules，可以不用 SSL 证书 ）。



操作步骤：有服务器¶
本操作以 ncbix.com 域名为示例。
1. 域名解析¶
在你的域名供应商后台点击“添加记录”，分别输入 www 和 @，记录类型“A”，记录值就是你虚拟主机或 VPS 服务器的 IP 地址，最后保存。以 DNSPOD 为例。

2. SSL 证书¶
申请免费证书，具体操作可以自行百度。以腾讯云为例：https://console.cloud.tencent.com/ssl。

根据截图，一步步点击操作。申请完成后，把证书下载并上传到你的服务器。

3. 安装 Nginx¶
可以直接使用 yum/apt 的方式直接安装；源码方式的安装，参考：《CentOS 7 下编译安装 Nginx · 语雀》。
# Debian/Ubuntu
apt update
apt install nginx

# CentOS/RHEL
yum install nginx

4. 配置 Nginx¶
通过 yum/apt 安装的 Nginx 默认的置文件在 /etc/nginx/nginx.conf，编辑该文件。
http {
    ##
    # Basic Settings
    ##
    ......

    ##
    # Virtual Host Configs
    ##
server {
    listen 80;
    listen 443 ssl;
    server_name ncbix.com www.ncbix.com;
    ssl_certificate /etc/nginx/ssl/nginx/www.ncbix.com_bundle.crt;
    ssl_certificate_key /etc/nginx/ssl/nginx/www.ncbix.com.key;
    index  index.php index.html index.htm;

    if ( $scheme = "http" ) {
        return 301 https://www.yuque.com/shenweiyan$request_uri; #确保跳转到新域名HTTPS如果没有HTTPS可以去掉
    }
    location / {
        rewrite /.* https://www.yuque.com/shenweiyan$uri redirect; #跳转到新域名并重写为新域名
    }
  }

include /etc/nginx/conf.d/*.conf;
    include /etc/nginx/sites-enabled/*;
}

5. 重启 Nginx¶
最后，通过下面的命令重启 Nginx 服务即可。
service nginx restart

操作步骤：无服务器¶
我们以 Cloudflare Page Rules 为例，说明一下具体怎么操作。
1. Cloudflare 中添加站点¶

添加完站点后，可以选择 Free 计划，然后点击继续：

点击继续后，Cloudflare 会自动扫描你对应域名的一些解析记录：

我们可以直接选择 “继续”。

2. 修改域名 DNS¶
首先，我的域名是在腾讯云注册的，可以去腾讯云控制台 “我的域名” 中直接修改 DNS：
# 添加 Cloudflare 名称服务器
imani.ns.cloudflare.com
caroline.dnspod.net



3. 完成 Cloudflare 添加站点¶
可以把后面快速指南的这几个配置都勾选。

等待几分钟就可以看到你的域名站点已经添加到 Cloudflare 上了！

4. 设置 DNS 记录¶

The first thing you will need is a DNS record for @, www and any other subdomains you want to redirect, set to . This can point to any IP address as the redirection page rule will execute first. I would recommend pointing them to 192.0.2.1 , a dummy IP.
From：https://community.cloudflare.com/t/redirecting-one-domain-to-another/81960

在配置 Cloudflare 站点的页面规则前，你需要把该域名的 @，www 或者其他你想要进行重定向的子域名添加到 DNS 记录中，这个记录的值可以指向任何 IP 地址，因为重定向页面规则将首先执行。我建议将它们指向 192.0.2.1 ，一个虚拟 IP。
在这里，我们以 @ 和 note 子域名为例，添加 DNS 记录，先让它们指向一个虚拟 IP。

5. 配置 Cloudflare 站点页面规则¶
首先，在 Cloudflare 的主页上点击对应的站点，选择 “页面规则”，点击。

点击 “创建页面规则”：




什么是页面规则？¶

页面规则为 Cloudflare 设置提供基于 URL 的粒度控制。关于页面规则需要了解的最重要事情是，针对一个 URL 仅触发一个页面规则，因此一定要按照优先级顺序对页面规则进行排序并将最具体的页面规则放在顶部。

页面规则中允许哪些模式？¶

如果使用的是转发页面规则，则可以将这些通配符映射到变量。在转发 URL 中，可以按照从左到右的顺序指定与原始 URL 中的通配符相匹配的 \(1、\)2，以此类推。
例如，可以将 http://.example.com/ 转发到 http://$2.example.com/$1.jpg。此规则将与 http://cloud.example.com/flare 相匹配，这最终将转发到 http://flare.example.com/cloud.jpg。

一些有用的提示：¶


如果要同时匹配 http 和 https，只需编写 example.com 即可。无需编写 example.com。
如果要匹配域中的每个页面，则需要编写 example.com/，仅编写 example.com 是不够的。
请参阅 了解和配置 Cloudflare 页面规则 了解有关页面规则模式的更多详细信息。


6. 配置 SSL(不必要)¶
📢 Update 2022.09.05：这一步不是必要的，这里仅供参考！

申请 www.example.com 域名的 SSL 证书；
把 DNS 验证域名的记录添加到 Cloudfare 的 DNS 中；




注意：

参考资料¶

nginx 实现两个域名之间跳转配置 - SegmentFault 思否
智能云解析 DNS - 通过 Nginx 实现 URL 转发 | 百度智能云文档
SEO 的 301 重定向：你需要知道的一切




在 Linux 上给用户赋予指定目录的读写权限
shenweiyan — Mon, 23 Oct 2023 00:00:00 +0000
在 Linux 上指定目录的读写权限赋予用户，有两种方法可以实现这个目标：第一种是使用 ACL (访问控制列表)，第二种是创建用户组来管理文件权限，下面会一一介绍。为了完成这个教程，我们将使用以下设置：

操作系统：CentOS 7
测试目录：/data/share
测试用户：shenweiyan
文件系统类型：ext4

请确认所有的命令都是使用 root 用户执行的，或者使用 sudo 命令来享受与之同样的权限。让我们开始吧！下面，先使用 mkdir 命令来创建一个名为 share 的目录。
$ mkdir -p /data/share



1. ACL 权限设置¶
重要提示：     

打算使用此方法的话，您需要确认您的 Linux 文件系统类型（如 ext3 和 ext4, NTFS, BTRFS）支持 ACL。
1.1. 查看内核是否支持 ACL¶
依照以下命令在您的系统中检查当前文件系统类型，并且查看内核是否支持 ACL：**
$ df -T | awk '{print $1,$2,$NF}' | grep "^/dev"
$ grep -i acl /boot/config*

从下方的截屏可以看到，文件系统类型是 ext4，并且从 CONFIG_EXT4_FS_POSIX_ACL=y 选项可以发现内核是支持 POSIX ACL 的。

1.2. 挂载是否使用了 ACL¶
使用下面的命令，查看文件系统（分区）挂载时是否使用了 ACL 选项。
$ tune2fs -l /dev/vda1 | grep acl

    

通过上边的输出可以发现，默认的挂载项目中已经对 ACL 进行了支持。如果发现结果不如所愿，你可以通过以下命令对指定分区（此例中使用 /dev/sda3）开启 ACL 的支持）。
$ mount -o remount,acl /
$ tune2fs -o acl /dev/sda3

1.3. 设置 ACL 权限¶
setfacl -m m:rx 文件名    # 给 mask 的权限为 r-x ，使用 "m:rx"格式 

setfacl -m u:用户名:权限 -R 目录名   # 递归 ACL 权限(针对目录现有的文件设置 ACL) 

例如，指定目录 share 的读写权限分配给名为 shenweiyan 的用户了，依照以下命令执行即可。
# 检查目录默认的 ACL 设置（Check the default ACL settings for the directory）
$ getfacl /data/share

# 指定用户读写权限（Give rw access to user shenweiyan）
# 对于目录必须增加 x (执行)权限, 否则无法进入目录
$ setfacl -m user:shenweiyan:rwx /data/share

# 再次检查目录 ACL 设置（Check new ACL settings for the directory）
$ getfacl /data/share

    

在上方的截屏中，通过输出结果的第二行 getfacl 命令可以发现，用户 shenweiyan 已经成功的被赋予了 /data/share 目录的读写权限。
如果想要获取 ACL 列表的更多信息。请参考：

如何使用访问控制列表（ACL）为用户/组设置磁盘配额
如何使用访问控制列表（ACL）挂载网络共享

1.4. 删除 ACL 权限¶
如果用户名（组名）已经删除，可以使用 UID（GID）进行删除。
setfacl -x u:用户名 文件名     # 删除指定用户的 ACL 权限
setfacl -x g:组名   文件名     # 删除指定组的 ACL 权限 
setfacl -b 文件名              # 删除文件下所有的 ACL 权限 

2. 用户组权限设置¶
2.1. 变更属组¶
如果用户已经拥有了默认的用户组（通常组名与用户名相同），就可以简单的通过变更文件夹的所属用户组来完成。
$ chgrp shenweiyan /data/share

另外，我们也可以通过以下方法为多个用户（需要赋予指定目录读写权限的）新建一个用户组。如此一来，也就创建了一个共享目录。
$ groupadd dbshare

2.2. 把用户添加到属组¶
接下来将用户 shenweiyan 添加到 dbshare 组中：
# add user to projects
$ usermod -aG dbshare shenweiyan

# check users groups
$ groups tecmint

2.3. 变更属组¶
将目录的所属用户组变更为 dbshare：
$ chgrp projects /data/share

2.4. 设置组员权限¶
现在，给组成员设置读写权限。
$ chmod -R 0760 /data/share

# check new permissions
$ ls -l /data/share

ok，在 Linux 上给用户赋予指定目录的读写权限就介绍到这里 ！
3. 参考资料¶

高延斌，《Linux ACL 体验》，IBM Developer
Mr-Ping，《在 Linux 上给用户赋予指定目录的读写权限》，Linux 中国




Python 导出公众号文章为 Markdown
shenweiyan — Thu, 19 Oct 2023 00:00:00 +0000
记录一下个人使用 Python3 爬取个人公众号的所有文章，并把文章保存为 Markdown 格式的一些操作记录，主要介绍一下思路和一些简单的代码。


前提条件与思路¶

需要登录网页端微信公众号，获取对应 Cookies；
通过获取的 Cookies 爬取所有的文章 url 以及其他信息；
通过文章 url 获取对应文章的 HTML；
最后，把 HTML 转化为 Markdown。

之所以选择通过文章公开访问的 url 爬取对应文章的 HTML，而不是直接沿用 Cookies，主要是怕 Cookies 滥用导致其他不可预知的问题，例如封号之类。截止本文章发布前，个人公众号全部已发表的文章大约有 400 多篇，通过这个方法都能正常爬取下来。
获取已发表文章数¶
登录公众号，按下 F12 打开开发者工具，在 网络 栏中找到 appmsgpublish 名称的请求。


查看请求地址
  


获取 cookie
  


import requests, json

#注意把 <Your Cookie> 替换成你自己的 cookie
headers = {'Content-type': 'application/json', 'User-Agent': 'Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/117.0.0.0 Safari/537.36',
           'Cookie': <Your Cookie>}

#这个 url 即截图中的请求地址
url = 'https://mp.weixin.qq.com/cgi-bin/appmsgpublish?sub=list&search_field=null&begin=0&count=5&query=&type=101_1&free_publish_type=1&sub_action=list_ex&token=<token>&lang=zh_CN&f=json&ajax=1'
req = requests.get(url, headers=headers)
req_json = json.loads(req.content.decode("utf-8"))
req_json
# total_count 即为已发表文章的总数


获取所有的文章信息¶
以下程序的 mp.txt 就是得到的该公众号所有文章信息的列表。
allPostList = []

for number in range(0, 420, 20):
    #注意 begin={number}&count=20，即按照每页20篇文章，分页进行爬取
    #根据测试每页最多只支持20篇文章
    url = f"https://mp.weixin.qq.com/cgi-bin/appmsgpublish?sub=list&search_field=null&begin={number}&count=20&query=&type=101_1&free_publish_type=1&sub_action=list_ex&token=<token>&lang=zh_CN&f=json&ajax=1', headers=headers)"
    x = requests.get(url, headers=headers)
    posts_list  = json.loads(json.loads(x.content.decode("utf-8"))['publish_page'])["publish_list"]
    allPostList = allPostList + posts_list  
    time.sleep(5)

with open("mp.txt", "w") as OUT:
    OUT.write(str(allPostList))

HTML to Markdown¶
Python 导出公众号文章为 Markdown 最后的一步工作就是解析上一步骤得到的 mp.txt 文件，然后通过 url 去逐一爬取对应的文章 HTML，然后把 Html 转化成 Markdown 即可。
这些步骤都很简单，网上搜一下就有一大堆教程，感兴趣的可以去搜一下，这里文章就不写了。 



2023年下半年的一些乱弹
shenweiyan — Wed, 18 Oct 2023 00:00:00 +0000
其实写这边文章，主要是想着测试一下使用了 GitHub Actions 的 mkdocs 触发 Discussions to mkdocs blog posts 的一些效果。


今天的天气真好啊！阳光明媚，微风拂面，仿佛是一幅美丽的画卷。这样的天气让人心情愉悦，忍不住想要出去走走，感受大自然的美丽。无论是散步还是骑自行车，都是不错的选择。我享受着这美好的一天，也期待着未来更多美好的时光。
从 11 月起，公司也好，家庭也罢，陆陆续续的一些事情让生活变得此起彼伏。缺乏了一些码字的动力，整个人变得有点沮丧，空洞夹杂着混沌的状态让整个人都很显得颓废。生活需要激情，希望接下来的 12 月能回归一个更好的状态吧！



友情链接
shenweiyan — Mon, 16 Oct 2023 00:00:00 +0000
2023-10-162026-01-28



每一个独立博客都是一个信息孤岛。我们没有类似「你可能喜欢其他人写的这些文章」的推荐机制，所以除了搜索引擎、社交网络引荐之外，我们应该还需要通过某种方法将这些信息孤岛连接起来：交换友情链接就是一种很棒的架桥方式。

社交就是不断认识新的人、结交新的朋友，而友链也正是这样一种很棒的交朋友的方式，作为一个不太善于言辞的技术人，我希望结交更多的朋友，来丰富我的社交，一起成长。
站点信息¶
申请前记得先添加本站哦，站点信息如下。

站点名称: 维燕的数字花园
站点链接: https://shenwy.com
站点头像: https://shenwy.com/assets/logo.png
站点描述: BioIT 爱好者，沉淀生活，记录点滴。

交换友链¶
想和我交换友链的，没啥特别需求，只是希望你的博客有足够多的原创、有意义的内容，并且建站已满半年。

不接受商业性或包含侵入性广告的站点。
那种塞满了转载文章的采集站点暂时不考虑。
非常反感很多论坛上动不动就来交换友链的帖子，如果是出于 SEO 的一些目的来交换友链其实是没什么意义的。

友链说明¶
如需申请，在下方评论区提供你的「博客名称」和「博客地址」即可。或者参考以下格式：

博客名称：xxxxx
博客地址：https://xxxx.com
博客介绍：xxxxxxxx

友情站点¶
以下站点按照添加的时间顺序排列。



 JiaoYuan’s blog
思绪来得快去得也快，偶尔会在这里停留。


 1874’s Blog
有粤语歌就不会有世界末日。


 Jayden’s site
为天地立心，为生民立命，为往圣继绝学，为万世开太平。


 Shitao Wu | 吴诗涛
喜欢捣鼓电脑，UseR，喜欢阅读，重度使用 Kindle。甘愿做一个平庸的人，走在成为我自己的道路上。


 椒盐豆豉
一个写了二十年博客，现居美国西雅图的女博主+码农。


 Pepper 的博客
生命留给有价值的事物才能创造价值。


 Wanjin Hu (胡万金)
思考人生，探索世界，知行合一。


 Wcowin’s Blog
循此苦旅，以达星辰。


 Goslion 的博客
一个专注技术与写作的个人博客，记录日常与技术。


 博友圈
博客人的朋友圈，将一个个散落在各处的孤岛连接成一片广袤无垠的新大陆！


 极简主义
文档即产品。






数据可视化
沈维燕 — Tue, 25 Jul 2023 00:00:00 +0000
2023-07-252024-04-11
基于 R 和 Python 的数据可视化。


Development 和 Operations
沈维燕 — Tue, 25 Jul 2023 00:00:00 +0000
2023-07-252024-04-11
DevOps 将开发 (Dev) 和运营 (Ops) 相结合，从而在应用程序规划、开发、交付和运营中统一人员、流程和技术。


Linux 专栏
章鱼猫先生 — Tue, 25 Jul 2023 00:00:00 +0000
2023-07-252023-07-25
什么是 Linux？¶
Linux® 是一个开源的操作系统（OS）。它由 Linus Torvalds 于 1991 年构思设计而成，最初这只是他的一项兴趣爱好。当时还在读大学的 Linus 想要基于 Unix 的原则和设计来创建一个免费的开源系统，从而代替 MINIX 操作系统。自此，这项兴趣爱好便逐步演变成了拥有最大用户群的操作系统。如今，它不仅是公共互联网服务器上最常用的操作系统，还是速度排名前 500 的超级电脑上使用的唯一一款操作系统。


Tux，Linux 吉祥物，Larry Ewing 设计

Linux 最大的优势当属它的开源属性。Linux 是一款基于 GNU 通用公共许可证（GPL） 发布的操作系统。这意味着，所有人都能运行、研究、分享和修改这个软件。经过修改后的代码还能重新分发，甚至出售，但必须基于同一个许可证。这一点与传统操作系统（如 Unix 和 Windows）截然不同，因为传统操作系统都是锁定供应商、以原样交付且无法修改的专有系统。


数据库技术
沈维燕 — Tue, 25 Jul 2023 00:00:00 +0000
2023-07-252024-04-11
关于 MySQL、PostgreSQL，以及 SQLite 数据库的一些使用和介绍。


生物信息学
章鱼猫先生 — Tue, 25 Jul 2023 00:00:00 +0000
2023-07-252023-07-25
生物信息学（bioinformatics）利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。 生物信息学以各种各样的生物学数据为研究材料，通过计算机处理后再进行结果解读，处理方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）。


代码改变世界
沈维燕 — Tue, 25 Jul 2023 00:00:00 +0000
2023-07-252024-04-11
Write the Code. Change the World.


专题类知识文档
沈维燕 — Mon, 24 Jul 2023 00:00:00 +0000
2023-07-242023-07-24
这是作者关于特定方向的专题类的文档，如 Galaxy Project、Rocky Linux 等。目前正在努力更新中。
Galaxy Project¶
The Galaxy Project has produced numerous open source software offerings to help you build your science analysis infrastructure. Our software covers the gamut from helping you integrate new software into our platform, to a production-ready engine to run those programs in complex MapReduce workflows.



Galaxy Project 文档
章鱼猫先生 — Mon, 24 Jul 2023 00:00:00 +0000
2023-07-242023-07-24
Galaxy Project 中文版本文档。目前正在努力更新中。


语雀知识库
章鱼猫先生 — Mon, 24 Jul 2023 00:00:00 +0000
2023-07-242024-01-24

  "Real beauty comes from learning, growing, and loving in the ways of life. That is the Art of Life."
  "感谢你的支持，我们一定会越来越好"


语雀，是一个非常优秀的文档和知识库工具，也曾经是个人知识和文档记录的一个非常重要的平台。但由于工作和其他的一些原因，逐渐从语雀转移到了 GitHub，作为历史文章的一个备份，你可以通过下面的链接访问我的语雀花园主页。



  
      
      章鱼猫先生 - 语雀
  


这个节点的文章最初是保存在语雀的 “技术私房菜” 知识库，后来借助 LetTTGACO/elog 备份到了个人托管在 GitHub 的 Digital-Garden 仓库（对部分文章内容已经进行了更新），并最终基于 mkdocs-material 在这里展现了出来。



这个 R 包折腾了一天终于安装上了
章鱼猫先生 — Wed, 14 Jun 2023 00:00:00 +0000
2023-06-142023-08-24
事情起因于在推特看到关于ggVennDiagram这个 R 包教程的一条推文，想着去复现一下，于是开始去安装，不料安装过程中出现了sf这个依赖包始终安装不成功的一堆错误，于是有了这一篇文章，特此记录一下，也希望给遇到类似问题的小伙伴一个参考。
第一个错误¶
首先说明一下，我用的 R 版本是 4.3.0，Linux 系统是 Red Hat 6.5。
最开始安装sf这个 R 包遇到的第一个 error 是 GDAL/GEOS/Proj.4 版本不符合要求的提示。

于是，开始手动去安装 GDAL/GEOS/Proj.4，之所以选择基于普通用户手动去源码编译安装，主要一个原因是系统版本太老，第二出于安全考虑避免 root 带来的一系列麻烦。
一番折腾，把 gdal-2.2.3+geos-3.4.0+proj-4.9.1 都装好了，设置完 PATH+LD_LIBRARY_PATH 后，却悲催的出现类似这个的报错：https://github.com/r-spatial/sf/issues/678 —— 这是sf包的一个错误！
于是，问题变成了如何成功去安装sf包，或者说如何解决sf的 proj_conf_test.c:4:28: error: expected ‘)’ before ‘const’ 安装错误。
sf 包依赖与解决¶
在sf包的 https://github.com/r-spatial/sf#linux 中明确提到了这个包需要依赖 GDAL/GEOS/Proj.4，具体版本要求如下。

📢 For Unix-alikes, GDAL (>= 2.0.1), GEOS (>= 3.4.0) and Proj.4 (>= 4.8.0) are required.

后来经过一番的折腾尝试，才发现：

gdal-2.2.3+geos-3.4.0+proj-4.9.1 出现类似这个的报错 —— proj_conf_test.c:4:28: error: expected ‘)’ before ‘const’！
gdal-2.2.0+geos-3.4.0+proj-4.8.0 的组合可以解决以上遇到的问题！
手动源码安装的话，Proj.4 要先于 GDAL 安装，因为 GDAL 安装的时候需要指定 Proj.4 进行编译。

GEOS¶

要求 GEOS version >= 3.4.0；

export PATH=/home/shenweiyan/software/gcc-4.8.5/bin:$PATH
wget https://download.osgeo.org/geos/geos-3.4.0.tar.bz2
tar xvjf geos-3.4.0.tar.bz2 -C ../build/
cd ../build/geos-3.4.0
./configure --prefix=/home/shenweiyan/software/geos-3.4.0
make -j4 && make install

Proj.4¶

要求 Proj.4 (>= 4.8.0) ；
Proj.4 要先于 GDAL 安装！

export PATH=/home/shenweiyan/software/gcc-4.8.5/bin:$PATH
wget https://download.osgeo.org/proj/proj-4.8.0.tar.gz
tar zvxf proj-4.8.0.tar.gz -C ../build/
cd ../build/proj-4.8.0/
./configure --prefix=/home/shenweiyan/software/proj-4.8.0
make -j4 && make install

GDAL¶

要求 GDAL version >= 2.0.1；记住一定要加 –with-static-proj4 进行编译，否则 https://github.com/r-spatial/sf/issues/678 这个问题没法解决！！
尝试了一下 gdal-2.2.3+proj-4.9.1 组合，好像有问题（configure: error: GDALAllRegister not found in libgdal）；



但是 GDAL-2.2.0+proj-4.8.0 是可以的！

$enabledevtoolset4
wget http://download.osgeo.org/gdal/2.2.0/gdal-2.2.0.tar.gz
tar zvxf gdal-2.2.0.tar.gz -C ../build/
cd ../build/gdal-2.2.0
./configure --prefix=/home/shenweiyan/software/gdal-2.2.0 --with-static-proj4=/home/shenweiyan/software/proj-4.8.0/
make -j4 && make install

最终安装命令¶
export PATH=/home/shenweiyan/software/gdal-2.2.0/bin:/home/shenweiyan/software/geos-3.4.0/bin:/home/shenweiyan/software/proj-4.8.0/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/gdal-2.2.0/lib:/home/shenweiyan/software/geos-3.4.0/lib:/home/shenweiyan/software/proj-4.8.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH

出现 configure: error: libproj not found in standard or given locations. 异常，参考：https://github.com/r-spatial/sf/issues/1471 得到解决：
# configure: error: libproj not found in standard or given locations.
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
install.packages('sf', configure.args='--with-gdal-config=/home/shenweiyan/software/gdal-2.2.0/bin/gdal-config --with-geos-config=/home/shenweiyan/software/geos-3.4.0/bin/geos-config --with-proj-include=/home/shenweiyan/software/proj-4.8.0/include --with-proj-lib=/home/shenweiyan/software/proj-4.8.0/lib', configure.vars='GDAL_DATA=/home/shenweiyan/software/gdal-2.2.0/share/gdal')

使用说明¶
安装完sf和ggVennDiagram 后，如果要使用这两个包，则需要：
export LD_LIBRARY_PATH=/home/shenweiyan/software/gdal-2.2.0/lib:/home/shenweiyan/software/geos-3.4.0/lib:/home/shenweiyan/software/proj-4.8.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH




使用 John The Ripper 破解密码
章鱼猫先生 — Tue, 16 May 2023 00:00:00 +0000
2023-05-162023-05-16
越是简单的密码越容易破解。
$ /home/shenweiyan/john-1.9.0/run/john
John the Ripper password cracker, version 1.9.0
Copyright (c) 1996-2019 by Solar Designer
Homepage: http://www.openwall.com/john/

Usage: john [OPTIONS] [PASSWORD-FILES]
--single                   "single crack" mode
--wordlist=FILE --stdin    wordlist mode, read words from FILE or stdin
--rules                    enable word mangling rules for wordlist mode
--incremental[=MODE]       "incremental" mode [using section MODE]
--external=MODE            external mode or word filter
--stdout[=LENGTH]          just output candidate passwords [cut at LENGTH]
--restore[=NAME]           restore an interrupted session [called NAME]
--session=NAME             give a new session the NAME
--status[=NAME]            print status of a session [called NAME]
--make-charset=FILE        make a charset, FILE will be overwritten
--show                     show cracked passwords
--test[=TIME]              run tests and benchmarks for TIME seconds each
--users=[-]LOGIN|UID[,..]  [do not] load this (these) user(s) only
--groups=[-]GID[,..]       load users [not] of this (these) group(s) only
--shells=[-]SHELL[,..]     load users with[out] this (these) shell(s) only
--salts=[-]N               load salts with[out] at least N passwords only
--save-memory=LEVEL        enable memory saving, at LEVEL 1..3
--node=MIN[-MAX]/TOTAL     this node's number range out of TOTAL count
--fork=N                   fork N processes
--format=NAME              force hash type NAME: descrypt/bsdicrypt/md5crypt/
                           bcrypt/LM/AFS/tripcode/dummy/crypt

参考资料¶

使用 John The Ripper 破解密码 - 氢壳-HGOSTAND
/etc/shadow 文件破解，密码破解，md5，SHA256，SHA512 破解



[micro]mamba 学习笔记
章鱼猫先生 — Wed, 19 Apr 2023 00:00:00 +0000
2023-04-192023-04-19
由于 conda 的慢，现准备转移到 [micro]mamba，这是学习和使用过程中得一些笔记。
安装¶
官方的安装文档：https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html
mamba¶
Fresh install¶
We strongly recommend to start from Mambaforge, a community project of the conda-forge community.
You can download Mambaforge for Windows, macOS and Linux.
Mambaforge comes with the popular conda-forge channel preconfigured, but you can modify the configuration to use any channel you like.
micromamba¶
mkdir /ifs1/micromamba
cd /ifs1/micromamba
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba
sudo ln -s /ifs1/micromamba/bin/micromamba /usr/local/bin

使用¶
micromamba -r /ifs1/micromamba create -n singularity -c conda-forge singularity


$ export MAMBA_ROOT_PREFIX=/ifs1/micromamba
$ micromamba run -n singularity singularity



Singularity 初探之安装部署与避坑
章鱼猫先生 — Tue, 18 Apr 2023 00:00:00 +0000
2023-04-182023-04-26
背景¶

怎么样高效的搭建分析流程且能保证分析流程稳定运行的使用效果呢？目前主流的是 conda 和 容器技术(container)。
conda 在很多文章中中已经介绍，在这不再过多叙述。虽然 conda 能解决大部分生信软件安装问题，但是若软件安装多了，会出现兼容性问题以及 “臃肿” 现象，为此，引入容器技术 (container) 来解决这些问题。
在容器技术中，docker 和 singularity 是常用的容器软件。但 docker 不太适合 HPC 环境。因为在调度管理器上容器无法施加资源限制、多用户（非 root 用户）使用时会出现权限问题、而且 docker 会存在一些不必要的资源开销。
为此，引进 singularity 容器来解决 docker 的一些缺点。首先，singularity 可以兼容 docker 的镜像，同时构建出的镜像可以很容易进行拷贝和转移，且体积更小；此外 singularity 假设用户在一个有 root 权限的系统上构建容器，在一个没有 root 权限的系统上运行容器，兼顾了数据的安全性和便捷性，更加符合实际的应用场景。
🔗 来源：《Singularity——生信流程搭建的幸运儿——“生信小尧”公众号》




Singularity 是一种专为科学计算和 HPC 环境设计的容器技术，具有与 HPC 环境的无缝集成、高度的可移植性和兼容性、安全性和可控性等优势。在处理大规模数据、模拟和深度学习等领域中，具有广泛的应用价值。
🔗 来源：《Singularity 使用真简单！——“HPCLIB”公众号》

安装¶
最开始选择从 GitHub 的源码库 https://github.com/sylabs/singularity/ 中进行非 root 的普通用户手动安装。
服务器系统版本和内核版本：
$ lsb_release -a
LSB Version:    :base-4.0-amd64:base-4.0-noarch:core-4.0-amd64:core-4.0-noarch:graphics-4.0-amd64:graphics-4.0-noarch:printing-4.0-amd64:printing-4.0-noarch
Distributor ID: RedHatEnterpriseServer
Description:    Red Hat Enterprise Linux Server release 6.5 (Santiago)
Release:        6.5
Codename:       Santiago
$ uname -a
Linux log01 2.6.32-431.el6.x86_64 #1 SMP Sun Nov 10 22:19:54 EST 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

出现了几个问题：


singularity 2.5.0 及以上要求升级 Linux 内核，否则configure会出现错误：

   The NO_NEW_PRIVS bit is supported since Linux 3.5！
   
 
   
$ ./configure --prefix=/home/shenweiyan/software/Singularity-2.5.0
checking for feature: NO_NEW_PRIVS... no

ERROR!!!!!!

This host does not support the NO_NEW_PRIVS prctl functions!



singularity 2.4.6 虽然能在非 root 的普通用户手动安装下安装成功，但很多功能不支持，甚至导致错误：  

在 pull 下载一些镜像时，会引发 urllib2.URLError 的 ssl 异常：

$ singularity pull shub://vsoch/hello-world
测试在嵌套列表中插入代码

最后一行


build 时候，要求安装 squashfs-tools：



嵌套列表测试
$ singularity build hello-world.simg shub://vsoch/hello-world
ERROR: You must install squashfs-tools to build images
ABORT: Aborting with RETVAL=255



鉴于以上问题，最后选择了通过 mamba/conda 的方式安装，并最终安装成功 3.7.1 版本。
$ mamba create -n singularity -c conda-forge singularity
$ singularity version
3.7.1

测试了很多次才发现，基于 conda/mamba 安装的 singularity，使用上多少都会出现各种问题（如下面）。
SetUID¶
(singularity) bi.admin@log01 16:14:41 /home/bi.admin/Singularity
$ singularity build --sandbox lolcow/ library://sylabs-jms/testing/lolcow
INFO:    Starting build...
INFO:    Downloading library image
87.9MiB / 87.9MiB [==============================================================================] 100 % 214.0 KiB/s 0s
INFO:    Verifying bootstrap image /home/bi.admin/.singularity/cache/library/sha256.5022b5e7c7249c40119a875c1ace0700ced4099e077acc75d0132190254563a4
WARNING: integrity: signature not found for object group 1
WARNING: Bootstrap image could not be verified, but build will continue.
ERROR:   unpackSIF failed: root filesystem extraction failed: could not extract squashfs data, unsquashfs not found
FATAL:   While performing build: packer failed to pack: root filesystem extraction failed: could not extract squashfs data, unsquashfs not found

[root@log01 Singularity]# singularity build --sandbox lolcow/ library://sylabs-jms/testing/lolcow
INFO:    Starting build...
INFO:    Downloading library image
87.9MiB / 87.9MiB [==============================================================================] 100 % 205.2 KiB/s 0s
INFO:    Verifying bootstrap image /root/.singularity/cache/library/sha256.5022b5e7c7249c40119a875c1ace0700ced4099e077acc75d0132190254563a4
WARNING: integrity: signature not found for object group 1
WARNING: Bootstrap image could not be verified, but build will continue.
ERROR:   unpackSIF failed: root filesystem extraction failed: could not extract squashfs data, unsquashfs not found
FATAL:   While performing build: packer failed to pack: root filesystem extraction failed: could not extract squashfs data, unsquashfs not found

[root@log01 Singularity]# singularity exec ubuntu_20.04.sif date
WARNING: underlay of /etc/localtime required more than 50 (67) bind mounts
FATAL: kernel too old


root/sudo 用户才能 build 建立镜像沙箱？说好的不依赖于 root 呢？

以下链接内容说明了非 root 用户也可以安装和使用 singularity：

  https://docs.sylabs.io/guides/3.5/admin-guide/installation.html#install-nonsetuid
issues 1258: Does Singularity support installation by user without root privileges?
但有要求：


内核版本 >=3.8 - https://apptainer.org/docs/admin/main/user_namespace.html

To allow unprivileged creation of user namespaces a kernel >=3.8 is required, with >=4.18 being recommended due to support for unprivileged mounting of FUSE filesystems (needed for example for mounting SIF files). The equivalent recommendation on RHEL7 is >=3.10.0-1127 from release 7.8, where unprivileged mounting of FUSE filesystems was backported. To use unprivileged overlayFS for persistent overlays, kernel >=5.11 is recommended, but if that’s not available then Apptainer will use fuse-overlayfs instead. That feature has not been backported to RHEL7.


默认安装要求安装文件具备 SetUID 权限，这一点暂时没能理解！！！

Linux SetUID（SUID）文件特殊权限用法详解


User Namespace¶
Singularity 如果不适用 SetUID，那它通过普通用户安装运行是要求开启 User Namespace！

When singularity/SingularityCE does not use setuid all container execution will use a user namespace.
🔗 来源：https://docs.sylabs.io/guides/3.8/admin-guide/user_namespace.html



📢 知识点 - User namespace
User namespace 是 Linux 3.8 新增的一种 namespace，用于隔离安全相关的资源，包括 user IDs and group IDs，keys, 和 capabilities。同样一个用户的 user ID 和 group ID 在不同的 user namespace 中可以不一样(与 PID nanespace 类似)。换句话说，一个用户可以在一个 user namespace 中是普通用户，但在另一个 user namespace 中是超级用户。
User namespace 可以嵌套(目前内核控制最多 32 层)，除了系统默认的 user namespace 外，所有的 user namespace 都有一个父 user namespace，每个 user namespace 都可以有零到多个子 user namespace。 当在一个进程中调用 unshare 或者 clone 创建新的 user namespace 时，当前进程原来所在的 user namespace 为父 user namespace，新的 user namespace 为子 user namespace。
🔗 来源：《Linux Namespace: User - 博客园》
在 CentOS 内核 3.8 或更高版本中，添加了 user namespaces （户名命名空间）功能。但是，该功能默认情况下是禁用的，原因是 Red Hat 希望该功能在社区中孵化更长时间，以确保该功能的稳定性和安全性。目前越来越多的软件开始涉及该功能，例如 Docker 等。
🔗 来源：《CentOS 7 启用 user namespaces（用户命名空间）——123si 博客》

在 CentOS 7.7 + 3.10.0-1062.1.1.el7.x86_64 内核下使用conda create -n singularity -c conda-forge singularity安装了 singularity-3.8.6 后发现，pull/shell/exec 都没问题，但 build 会出现异常：
$ singularity pull docker://ubuntu:20.04
INFO:    Converting OCI blobs to SIF format
INFO:    Starting build...
Getting image source signatures
Copying blob ca1778b69356 done
Copying config 88bd689171 done
Writing manifest to image destination
Storing signatures
2023/04/19 09:59:37  info unpack layer: sha256:ca1778b6935686ad781c27472c4668fc61ec3aeb85494f72deb1921892b9d39e
INFO:    Creating SIF file...

$ singularity build --sandbox blast ubuntu_20.04.sif
INFO:    Starting build...
INFO:    Verifying bootstrap image ubuntu_20.04.sif
WARNING: integrity: signature not found for object group 1
WARNING: Bootstrap image could not be verified, but build will continue.
ERROR:   unpackSIF failed: root filesystem extraction failed: could not extract squashfs data, unsquashfs not found
FATAL:   While performing build: packer failed to pack: root filesystem extraction failed: could not extract squashfs data, unsquashfs not found

使用yum install squashfs-tools安装了unsquashfs并添加到 $PATH 中问题依然没法解决！！！

源码编译¶
最后还是选择从源码安装。
安装 Go¶
wget https://dl.google.com/go/go1.20.1.linux-amd64.tar.gz
tar -xzvf go1.20.1.linux-amd64.tar.gz
sudo ln -s go /usr/local/bin

安装 singularity¶
如果想要非 root 的普通用户也能正常使用，mconfig 时候需要加上 –without-suid。
$ wget https://github.com/apptainer/singularity/releases/download/v3.8.7/singularity-3.8.7.tar.gz
$ tar zvxf singularity-3.8.7.tar.gz
$ cd singularity-3.8.7
$ ./mconfig --prefix=/ifs1/singularity/singularity-3.8.7 --without-suid
$ make -C ./builddir
$ make -C ./builddir install

使用测试¶
初步测试 singularity build 也能正常使用了。



BLAT 和 UCSC 系列工具源码编译安装
章鱼猫先生 — Wed, 29 Mar 2023 00:00:00 +0000
2023-03-292023-03-29
在 https://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ 这个页面中，UCSC 官方已经提供了很多已经编译好可以直接在 Unix/Linux 直接使用的 UCSC Genome Browser 的 Utils 工具集。
但对于老旧的服务器，如 RHEL 6.X，这些编译好的工具可能会出现报错：

因此，可以通过源码编译安装的方法来解决。
源码文件¶
UCSC Genome Browser 工具集对应的源码放在 https://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/，对应于 jksrc.vNNN.zip 文件。

编译安装¶
编译安装可以参考 https://github.com/ucscGenomeBrowser/kent/blob/master/README 的说明。
个人在 RHEL 6.5 x86_64 服务器中编译 jksrc.v400，执行make utils一步无法最终成功(错误如下)，但至少能在安装目录下得到一堆包括 blat/twoBitToFa/bigWigToWig 在内的可执行程序(虽然不是完全成功，但至少得到想要的程序)。
$ unzip jksrc.v400.zip
$ cd kent/src
$ vi inc/common.mk  ##设置 BINDIR = /home/shenweiyan/software/UCSCSuite
$ echo $MACHTYPE
x86_64-redhat-linux-gnu
$ export MACHTYPE=x86_64
x86_64
$ make
......
../../lib/x86_64/jkweb.a(windowsToAscii.o): In function `windowsToAscii':
/Bioinfo/SRC/build/kent/src/lib/windowsToAscii.c:13: undefined reference to `libiconv_open'
/Bioinfo/SRC/build/kent/src/lib/windowsToAscii.c:19: undefined reference to `libiconv'
collect2: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [/home/shenweiyan/software/UCSCSuite/pslLiftSubrangeBlat] Error 1
make[2]: Leaving directory `/Bioinfo/SRC/build/kent/src/utils/pslLiftSubrangeBlat'
make[1]: *** [pslLiftSubrangeBlat.all] Error 2
make[1]: Leaving directory `/Bioinfo/SRC/build/kent/src/utils'
make: *** [utils] Error 2


Software Requirements 参考：Manual installation of the UCSC Genome Browser on a Unix server

BLAT 安装¶

📢 参考：《Installing BLAT and BLAST》

It’s been a while since I last installed BLAT and when I went to the download directory at UCSC: http://users.soe.ucsc.edu/~kent/src/ I found that the latest blast is now version 35 and that the code to download was: blatSrc35.zip. However, you can also get pre-compiled binaries at: http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/ and that there was a linux x86_64 executable for my architecture available at: http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/blat/. Though YYMV, BLAT can be a little bit of a tricky beast to get going, so I decided to download the source code and compile that.
I will be compiling this code as ‘root’ as a system tool in/usr/local/src, so do not scream at me for that.
First I created an/usr/local/src/blatdirectory and I copied the blatSrc35.zip file into that.
Next I used
unzip blatSrc35.zip

to unpack the archive. This gives a directory blatSrc now move into that directory.
#cd blatSrc

before you begin read the README file that comes with the source code.
One thing about building blat is that you need to set the MACHTYPE variable so that the BLAT sources know what type of machine you are compiling the software on.
on most *nix machines, typing
echo $MACHTYPE

will return the machine architecture type.
On my CentOS 6 based system this gave:
x86_64-redhat-linux-gnu

However, what BLAT requires is the ‘short value’ (ie the first part of the MACHTYPE). To correct this, in the bash shell type (change this to the correct MACHTYPE for your system)
MACHTYPE=x86_64
export MACHTYPE

now running the command:
echo $MACHTYPE

should give the correct short form of the MACHTYPE:
x86_64

now create the directorylib/$MACHTYPEin the source tree. ie:
mkdir lib/$MACHTYPE

For my machine, lib/x86_64already existed, so I did not have to do this, but this is not the case for all architectures.
The BLAT code assumes that you are compiling BLAT as a non-privileged (ie non-root) user. As a result, you must create the directory for the executables to go into:
mkdir ~/bin/$MACHTYPE

If you are installing as a normal user, edit your.bashrcto add the following (change the x86_64 to be your MACHTYPE):
export PATH=~/bin/x86_64::$PATH

For me, though, this was not good enough. I wanted the executables in/usr/local/binwhere all my other code goes. As a result I did some hackery…
There is a master make template in the inc directory called common.mk and I edited this file with the command:
vi inc/common.mk

I replaced the line
BINDIR=${HOME}/bin/${MACHTYPE}

with
BINDIR=/usr/local/bin

saved and quit (as this is in my path, I do not need to do anything else)
All the preparation is now done and you can create the blat executables by going into the toplevel of the blat source tree (for me it was /usr/local/src/blat/blatSrc, but change to wherever you unpacked blat into).
Now simply run the command:
make

to compile the code.
Blat installed cleanly and the executables were all neatly placed in/usr/local/bin/x86_64, just like I wanted.
now simply running the command:
blat

on the command line gives me information on blat and sample usage.
Blat is installed and it’s installed properly in my system code tree!!!


微信 | 解决企业微信启动报错 0x0000142
章鱼猫先生 — Tue, 28 Mar 2023 00:00:00 +0000
2023-03-282023-04-10
在公司 Win10 x64 的电脑使用企业微信，一直都被企业微信启动报错 0x0000142 无法打开这个问题困扰了很久。    
    
今天，终于找到了一个靠谱的解决方案。

📢 以下内容来源于《解决企业微信启动报错：0x0000142 无法打开 - CSDN》，作者李晋江    
操作系统： Win10 x64  

WXWork： 4.0.20.6020    

1. 问题描述¶
不知道从啥时候开始，打开企业微信会报错（见下图），报错代码是：0x0000142，不过我点击确定，多试几次也能正常打开，就是有点麻烦，今天突然要打开企业微信给同事远程操作，死活启动不了，一直报错，而我电脑开着一大堆编程软件，重启的话就非常麻烦，所以下定决心把这个 Bug 解决掉，后来花费一番功夫终于处理了，这里将处理过程记录下来，给大家一个参考。
2. 问题查找¶
这里我们的系统是 Windows 系统，直接打开事件管理器（鼠标右击 Win10 界面的“此电脑”图标。在右键菜单中，点击打开 “管理”，打开计算机管理，然后在左侧菜单中，就可以看到事件查看器了），在 “Windows 日志” 下的 “应用程序” 模块下找到该时间点对应的系统报错，这里我们看下错误应用程序，确认是 WXWork 报的错，那就定位没错。然后看下错误模块路径，这里给出的是 KernelEs.dll，这样我们基本确认了问题出在 KernelEs.dll 动态链接文件上，现在就简单了，我们只需要去搜索系统为什么会报这个错误以及如何解决这个问题即可。  


这里大致说一下为什么有这个错误，根据网上找到的资料，是说出现这个问题一般是单位的电脑或者是自己电脑安装过亿赛通的防泄密软件：数据安全卫士。正巧我们公司装了亿赛通软件，感觉就是他的锅！
3. 问题解决¶
Win10 根据处理器不同位数打开如下目录：    

32 位：C:\Windows\System32    
64 位：C:\Windows\SysWOW64    

我电脑是 64 位的，就打开：C:\Windows\SysWOW64 资源路径，然后搜索：kernel  

    
复制一份这个文件至桌面，然后重命名为：kernelEs.dll，再将这个 kernelEs.dll 文件，剪切到 C:\Windows\SysWOW64 目录下。
这时候再打开企业微信就能正常打开了！
4. 事后感悟¶
在解决这个问题的过程，我找到不少解决方案，然而这些解决方案要不就是使用 cmd 命名删一些东西，要不就是重装系统，这些方法根本不想试也没办法试，试出问题咋办嘞，然后更多的就是根本没用了，浪费了不少时间，不过可能他们遇到的问题和我的也有点区别，所以每次我能解决一些卡住自己很久的问题，我就会尽量写个详细的文章，希望对后人有益吧，可能多年之后，有个遇到同样问题的靓仔，正巧遇到同样的问题而搜到了我的文章从而解决了问题，那我也算做了一份贡献，诸君共勉，望我们的国家未来繁荣昌盛。


Python 均匀地分割字符串
章鱼猫先生 — Mon, 27 Mar 2023 00:00:00 +0000
2023-03-272023-03-27
对于一个长序列，如何通过 Python 按照一定的长度均匀的进行分割？
>>> seq='ATGAACCACTCGCCGCTCAAGACCGCCTTGGCGTACGAATGCTTCCAGGACCAGGACAACTCCACGTTGGCTTTGCCGTCGGACCAAAAGATGAAAACAGGCACGTCTGGCAGGCAGCGCGTGCAGGAGCAGGTGATGATGACCGTCAAGCGGCAGAAGTCCAAGTCTTCCCAGTCGTCCACCCTGAGCCACTCCAATCG'
>>> len(seq)
200

具体方法如下：
>>> n=90
>>> for i in range(0, len(seq), n): print(seq[i:i+n])
...
ATGAACCACTCGCCGCTCAAGACCGCCTTGGCGTACGAATGCTTCCAGGACCAGGACAACTCCACGTTGGCTTTGCCGTCGGACCAAAAG
ATGAAAACAGGCACGTCTGGCAGGCAGCGCGTGCAGGAGCAGGTGATGATGACCGTCAAGCGGCAGAAGTCCAAGTCTTCCCAGTCGTCC
ACCCTGAGCCACTCCAATCG
>>> print([seq[i:i+n] for i in range(0, len(seq), n)])
['ATGAACCACTCGCCGCTCAAGACCGCCTTGGCGTACGAATGCTTCCAGGACCAGGACAACTCCACGTTGGCTTTGCCGTCGGACCAAAAG', 'ATGAAAACAGGCACGTCTGGCAGGCAGCGCGTGCAGGAGCAGGTGATGATGACCGTCAAGCGGCAGAAGTCCAAGTCTTCCCAGTCGTCC', 'ACCCTGAGCCACTCCAATCG']


my_string = 'abcdefghijklmnopqrstuvwxyz'
n = 3
result = [my_string[i:i+n] for i in range(0, len(my_string), n)]
print(result)



ViennaRNA 安装使用
章鱼猫先生 — Thu, 23 Mar 2023 00:00:00 +0000
2023-03-232023-03-28
RNAfold 是 Vienna RNA Package 里的一种通过计算最小自由能 (MFE: minimum free energy) 来预测 RNA 二级结构的软件。它的算法和理论支持主要来源于 M. Zuker 和 P. Stiegler 在 1981 年发表的这篇 Optimal computer folding of large RNA sequences using thermodynamic and auxiliary information。想了解 Michael Zuker 教授小组的一系列研究情况和 MFE 算法计算依据的可以点这里。


主要参数¶
RNAfold -p -d2 --noLP < sequence1.fa > sequence1.out

详细的参数参考：https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/RNAfold.1.html。
本节部分内容来源于：RNAfold 介绍 - 360doc

-p, –partfunc[=INT] Calculate the partition function and base pairing probability matrix. (default=‘1’)
-noLP 表示不允许有孤立碱基对；
-noPS 表示不生成结构图（只计算结果，即不产生二级结构对应的 postscript 文件，这种文件可以转换为 PDF 格式）；
d1 指的是 “dangling end” (悬挂端)的能量计算按照 d1 模式（有且仅有未配对的碱基可以参与最多一个悬挂端），返回值就是“点-弧”结构图和预测的能量值。

关于 dangling end(dangling bases) 的中文翻译在国内未能查到，这里暂翻译为“悬挂端”。可以参考这篇 Long RNA Dangling End Has Large Energetic Contribution to Duplex Stability，dangling end 指的就是在双链中未配对、会参与旁边“链栈”(stacks) 能量增益的碱基。不同的悬挂组合产生的不同的能量增益，这在 RNAfold 计算中也会被考虑（寻求最好的 dangle）。
输出结果¶
默认参数会输出以下两种二级结构：

optimal secondary structure。最佳二级结构，保证对应的自由能最小，最小自由能简称 MFE，结果示意如下
centroid secondary structure。自由能表征改变这个结构需要注入的能量大小，对应的数值越小，该结构越稳定。

安装¶
ViennaRNA-2.5.x 要求 C++17 标准的更高版本的编译器，即 GCC 需要 5 及以上版本。

That is unfortunate! We added dlib to our source tree for version 2.5.0 to efficiently compute concentration dependencies upon multi-strand interactions. Apparently, dlib requires a more recent compiler that actually implements the C++17 standard, which is only available since GCC 5. —— From issues 146
我们在版本 2.5.0 中将 dlib 添加到了我们的源代码树中，以便高效地计算多股链交互的浓度依赖性。显然，dlib 需要一个实现了 C++17 标准的更高版本的编译器，这仅在 GCC 5 之后可用。

$ ./configure --prefix=/home/shenweiyan/software/ViennaRNA-2.4.11
......
configure:

======================================
    ViennaRNA Package 2.4.11
======================================

Sub Packages
------------
  * Kinfold                   : yes
  * RNAforester               : yes
  * Analyse{Dists,Seqs}       : no
  * RNAlocmin                 : yes
  * Kinwalker                 : no

Extra Libraries
---------------
  * Support Vector Machine    : yes
  * GNU Scientific Library    : no
  * GNU MPFR                  : no
  * JSON                      : yes

Features
--------
  * Boustrophedon             : yes
  * Use hash for NR Sampling  : no
  * C11 features              : yes
  * TTY colors                : yes
  * Float Precision(PF}       : no
  * Deprecation Warnings      : no

Optimizations
-------------
  * Auto Vectorization        : yes
  * Explicit SIMD Extension   : yes
  * Link Time Optimization    : yes
  * POSIX Threads             : yes
  * OpenMP                    : yes

Scripting Language Interfaces
-----------------------------
  * Perl 5                    : yes
  * Python 2                  : yes
  * Python 3                  : yes

Documentation
-------------
  * Reference Manual (PDF)    : yes
  * Reference Manual (HTML)   : yes
  * Tutorial (PDF)            : yes
  * Tutorial (HTML)           : no

Unit Tests
----------
  * Executable Programs       : yes
  * C-Library                 : no
  * Perl 5 Interface          : yes
  * Python 2 Interface        : yes
  * Python 3 Interface        : yes

MacOS X
-------
  * Universal Binary          : no
  * Installer                 : no
  * SDK                       : custom

Install Directories
-------------------
  * Executables               : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/bin
  * Libraries                 : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/lib
  * Header files              : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/include
  * Extra Data                : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/share
  * Man pages                 : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/share/man
  * Documentation             : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/share/doc/ViennaRNA
      (HTML)                  : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/share/doc/ViennaRNA/html
      (PDF)                   : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/share/doc/ViennaRNA
  * Perl5 Interface           :
      (binaries)              : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/lib/perl5/site_perl/5.26.1/x86_64-linux-thread-multi
      (scripts)               : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/lib/perl5/site_perl/5.26.1
  * Python2 Interface         :
      (binaries)              : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/lib/python2.7/site-packages
      (scripts)               : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/lib/python2.7/site-packages
  * Python3 Interface         :
      (binaries)              : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/lib/python3.6/site-packages
      (scripts)               : /galaxy-dist/software/ViennaRNA-2.4.11/lib/python3.6/site-packages

You can run 'make', 'make check' and 'make install' now!
$ make
$ make install

命令行使用示例。
RNAfold -p -d2 --noLP < sequence1.fa > sequence1.out

使用示例¶
RNAlib Python¶
参考教程：

https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/ViennaRNA/doc/html/helloworld_swig.html
https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/ViennaRNA/doc/html/examples_python.html

import RNA
seq = "GGGCUAUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGCACCCCUGAUAAGGGUGAGGUCGCUGAUUCGAAUUCAGCAUAGCCCA"
md = RNA.md()

# change temperature and dangle model
md.temperature = 20.0 # 20 Deg Celcius
md.dangles     = 1    # Dangle Model 1
md.noLP              = 1

fc = RNA.fold_compound(seq, md)
(ss, mfe) = fc.mfe()
print("{}\n{} ({:6.2f})".format(seq, ss, mfe))

GGGCUAUUAGCUCAGUUGGUUAGAGCGCACCCCUGAUAAGGGUGAGGUCGCUGAUUCGAAUUCAGCAUAGCCCA
(((((((..((((.........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (-28.90)

RNAfold web server¶
在线地址：http://rna.tbi.univie.ac.at//cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi
示例 1：

# Results have been computed using RNAfold 2.4.17. An equivalent command line call would have been
RNAfold -p -d0 --noClosingGU < test_sequenc.fa > test_sequenc.out

示例 2：

# Results have been computed using RNAfold 2.4.17. An equivalent command line call would have been
RNAfold -p -d0 --noLP --noClosingGU < test_sequenc.fa > test_sequenc.out

示例 3：

# Results have been computed using RNAfold 2.4.17. An equivalent command line call would have been
RNAfold -p -d0 --noLP < test_sequenc.fa > test_sequenc.out

示例 4：

# Results have been computed using RNAfold 2.4.17. An equivalent command line call would have been
RNAfold -d0 --noLP --noClosingGU < test_sequenc.fa > test_sequenc.out

参考资料¶

TBI - RNAfold - Manpage
TBI - ViennaRNA Package 2
Galaxy Tools - vienna_rna
Galaxy toolshed - viennarna_rnafold



Python 中添加环境变量
章鱼猫先生 — Tue, 14 Mar 2023 00:00:00 +0000
2023-03-142023-03-27
如何在 Python 中新增环境变量，或者从指定路径中加载模块。
临时添加¶
方法一：程序中添加
import sys
sys.path
sys.path.append(path)

方法二：在 shell 终端中添加
export PYTHONPATH=/home/shen/deptools/python:/home/shen/setup/mypy:$PYTHONPATH

环境变量配置文件中添加¶
添加 PYTHONPATH 的方法也是这样，在 ~/.bashrc中添加：
export PYTHONPATH=/home/shen/deptools/python:/home/shen/setup/mypy:$PYTHONPATH

保存后在终端输入**$ source ~/.bashrc**使环境变量立即生效。


终端 | Termius 使用体验
章鱼猫先生 — Tue, 21 Feb 2023 00:00:00 +0000
2023-02-212023-02-21
看到不少文章提到 Termius 终端（官网：https://termius.com/），说是适用于 macOS， Windows 和 Linux。
出于好奇个人在 Win10 上尝试了一下（版本 7.56.1.0），没有深入使用。

不能指定安装路径，exe 文件下载后点击安装，一顿刷新后安装好了，也不知道安装到了哪里。
官方不支持中文汉化，网上有一些其他的方法，可以自己折腾。
颜值还不错。
安装包比较大，7.56.1.0 版本的 “Install Termius.exe” 就有 153MB！



服务器显卡/显卡驱动/GPU/CUDA的一些理解
章鱼猫先生 — Mon, 13 Feb 2023 00:00:00 +0000
2023-02-132023-02-13
刚接触深度学习的童鞋经常会碰到这一堆的名词，记录一下。
GPU 和显卡的关系，参考资料【1】，总的来说即：GPU 是显卡上的一块芯片，就像 CPU 是主板上的一块芯片。

参考资料¶

GPU 和显卡是什么关系？ - 知乎
显卡，显卡驱动,nvcc, cuda driver,cudatoolkit,cudnn 到底是什么？
cuda 和 nvidia 显卡驱动版本关系及安装方法_软件教程-八分网



SOAPdenovo 使用备忘
章鱼猫先生 — Thu, 05 Jan 2023 00:00:00 +0000
2023-01-052023-01-05
一些有用的参考资料：

目前最好最完整的 SOAPdenovo 使用说明 - 黄树嘉个人博客
序列组装软件 SOAPdenovo2 目前最完整的使用说明和注意事项 - 碱基矿工微信公众号



新冠肺炎与疫苗的基本知识
章鱼猫先生 — Fri, 16 Dec 2022 00:00:00 +0000
2022-12-162022-12-16
新冠病毒疫苗接种免疫原理（通俗版）¶

灭活疫苗是一种由病毒颗粒、细菌或其他病原体组成的疫苗。制备疫苗时首先让这些病毒颗粒、细菌或其他病原体培养过程中生长，然后通过物理或化学方法（通常是利用加热或福尔马林处理）让其失去致病能力即可。
重组蛋白疫苗是利用基因工程，将编码一种抗原（如新冠病毒表面蛋白）的 DNA 插入细菌或哺乳动物细胞，在这些细胞中表达抗原，然后从细胞中纯化制备成疫苗的技术。
腺病毒载体疫苗是将新型冠状病毒中的一个基因传送到我们的身体中，之后我们自身的细胞将读取它并制造冠状病毒的蛋白质。就像其他所有的疫苗一样，这个想法是诱使我们的免疫系统认为我们已经被感染了。
mRNA 疫苗是以新冠病毒特异性抗原蛋白对应的 mRNA 为基础，通过某种方式递送至人体细胞内，经人体细胞自行反转录为 DNA 再翻译产生蛋白、诱导机体特异性免疫反应。

新冠肺炎 mRNA 疫苗原理揭秘¶
费尔法克斯县乃至全国民众都翘首期盼新冠肺炎(COVID-19)疫苗的到来。虽然疫苗如何分配尚待 披露，但我们已经得知，我们拿到的首批疫苗是 mRNA 疫苗。那麽我们现在来瞭解一下这类疫苗 的工作原理。
本文原载于疾病控制与预防中心(CDC)的网站。 
为了触发免疫反应，许多疫苗会向人体注入弱化或灭活处理的细菌。但 mRNA 疫苗不是这样。它们只是告诉细胞如何制造某种蛋白质，甚至是蛋白质片段，以触发人体的免疫反应。当真实的病 毒侵入人体时，这种免疫反应可以分泌抗体，保护我们不被感染。
新冠肺炎 mRNA 疫苗向细胞发出指令，要求制造一段无害的蛋白质，称为“棘蛋白”。引起新冠 肺炎的病毒表面也有这种棘蛋白。
新冠肺炎 mRNA 疫苗透过上臂肌肉注射植入。一旦指令(mRNA)进入肌肉细胞，细胞会根据指令制造蛋白质片段。产生这种蛋白质片段后，细胞会分解和消除该指令。
然后，该蛋白质片段会出现在细胞表面。免疫系统发现这裡不应该有这种蛋白质，于是开始启动 免疫反应，并分泌抗体，这个过程与抑制新冠肺炎的自然感染一样。
到这个过程结束时，人体便已经学会如何防止未来的感染。和所有其他疫苗一样，mRNA 疫苗的优势在于接种者可以获得免疫保护，而不用冒险，不会产生感染新冠肺炎的严重后果。
关于新冠肺炎 mRNA 疫苗的事实¶

它们不会导致接种者感染新冠肺炎。
mRNA 疫苗不使用引起新冠肺炎的活体病毒。
它们不影响人体 DNA 或以任何方式与其交互。
mRNA 绝不进入保存人体 DNA（遗传物质）的细胞核。
在 mRNA 按指令完成任务后，细胞很快会将其分解和消除。
与美国所有其他类型的疫苗一样，它们在安全和效力方面同样有严格的标准。

虽然 mRNA 疫苗在美国尚未取得使用许可，但研究人员对它们已进行了几十年的研究和工作。这 类疫苗可使用现成的材料在实验室开发，因此越来越受关注。这意味著可採用标准化流程大规模生产疫苗，速度比传统的疫苗生产方法更快。除了疫苗之外，癌症研究人员还使用 mRNA 针对特 定癌细胞触发免疫系统。
详情请浏览 CDC 网站。 


基于语雀 API 的文档管理探索
章鱼猫先生 — Fri, 02 Dec 2022 00:00:00 +0000
2022-12-022023-04-12
一直以来都有不少人在纠结语雀文档的批量导出，殊不知语雀本身提供了相当丰富的 API —— 这些 API 正好可以帮助我们实现个人知识库的批量化导入导出和备份的目的。
开发者文档
基于 API 的应用¶
语雀开发者文档 —— https://www.yuque.com/yuque/developer/api 的评论区列了不少基于 API 的应用和案例，感兴趣的可以去细看，这里简单列举几个个人觉得比较具有代表性的。

Node SDK：https://github.com/yuque/sdk
回馈一个 Python SDK & 命令行工具：juq
回馈一个同步仓库文章到本地的命令行工具：yuque-hexo
回馈一个 Py：https://github.com/Xarrow/simple-pyyuque
用 go 写的 SDK https://github.com/my-Sakura/go-yuque-api
语雀 Java sdk ：https://github.com/ryangsun/yuque-java-sdk
补充一个 Python 的导出本地备份：https://github.com/shenweiyan/YQExportMD

个人比较熟悉 Python，所以会对基于 Python 的一些 API 进行尝试和说明。
API 操作与说明¶
获取个人的所有知识库¶
import requests
headers = {
    "Content-Type": "application/json",
    "User-Agent": "Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/108.0.0.0 Safari/537.36",
    "X-Auth-Token": 'XJ..........PQCoJtjrIO'
}
response = requests.request(method='GET', url='https://www.yuque.com/api/v2/users/shenweiyan/repos', headers=headers)
response.json()

Out[16]:
{'data': [{'id': 227777,
   'type': 'Book',
   'slug': 'cookbook',
   'name': '技术私房菜',
   'user_id': 126032,
   'description': '原创技术文章，记录工作，学习的知识汇总。',
   'creator_id': 126032,
   'public': 1,
   'items_count': 218,
   'likes_count': 0,
   'watches_count': 182,
   'content_updated_at': '2022-12-02T07:27:32.714Z',
   'updated_at': '2022-12-02T07:27:33.000Z',
   'created_at': '2019-03-01T12:22:24.000Z',
   'namespace': 'shenweiyan/cookbook',
   'user': {'id': 126032,
    'type': 'User',
    'login': 'shenweiyan',
    'name': '章鱼猫先生',
    'description': '乐于分享，爱好码字，沉迷于折腾  | Bio & IT 爱好者',
    'avatar_url': 'https://cdn.yuque.com/yuque/0/2018/jpeg/126032/1526460304504-avatar/f6903e58-a5ec-4c79-9d61-f8c8e0e3f83c.jpeg',
    'followers_count': 765,
    'following_count': 95,
    'created_at': '2018-05-16T08:29:24.000Z',
    'updated_at': '2022-12-02T07:44:57.000Z',
    '_serializer': 'v2.user'},
   '_serializer': 'v2.book'},
  {'id': 174556,
   'type': 'Book',
   'slug': 'own',
   'name': '杂文私房菜',
   .....
  },
  ......
}

获取某个知识库内所有文档¶
url  = "https://www.yuque.com/api/v2/repos/227777/docs"  # 227777 为对应知识库的 repo_id
resp = requests.request("GET", url, headers=headers)
repo_docs = resp.json()     # 得到一个以 data 为 key 的字典
docs = repo_docs['data']    # 返回一个包含该知识库所有文档的 list

In [20]: docs[0].keys()     # 每个 list 是一个包含了 27 个 key 的字典
Out[20]: dict_keys(['id', 'slug', 'title', 'description', 'user_id', 'book_id', 'format', 'public', 'status', 'view_status', 'read_status', 'likes_count', 'read_count', 'comments_count', 'content_updated_at', 'created_at', 'updated_at', 'published_at', 'first_published_at', 'draft_version', 'last_editor_id', 'word_count', 'cover', 'custom_description', 'last_editor', 'book', '_serializer'])

获取某个指定文档的内容¶
基于 API¶
最终的doc['data']['body']即为对应文章正文内容。
repo_id, slug = "227777", "webstack-hugo"
url = "https://www.yuque.com/api/v2/repos/%s/docs/%s" % (repo_id, slug)
res = requests.request("GET", url, headers=headers)
doc = res.json()    # 返回一个包含 ['abilities', 'data'] 2 个 key 的字典

In [30]: doc.keys()
Out[30]: dict_keys( ['abilities', 'data']

In [31]: doc['data'].keys()
Out[31]: dict_keys(['id', 'slug', 'title', 'book_id', 'book', 'user_id', 'creator', 'format', 'body', 'body_draft', 'body_html', 'body_lake', 'body_draft_lake', 'public', 'status', 'view_status', 'read_status', 'likes_count', 'comments_count', 'content_updated_at', 'deleted_at', 'created_at', 'updated_at', 'published_at', 'first_published_at', 'word_count', 'cover', 'description', 'custom_description', 'hits', '_serializer'])

In [26]: doc
Out[26]:
{'abilities': {'update': True, 'destroy': True},
 'data': {'id': 49148406,
  'slug': 'webstack-hugo',
  'title': 'WebStack-Hugo | 一个静态响应式网址导航主题',
  'book_id': 227777,
  'book': {'id': 227777,
   'type': 'Book',
   'slug': 'cookbook',
   'name': '技术私房菜',
   'user_id': 126032,
   'description': '原创技术文章，记录工作，学习的知识汇总。',
   'creator_id': 126032,
   'public': 1,
   'items_count': 218,
   'likes_count': 0,
   'watches_count': 182,
   'content_updated_at': '2022-12-02T07:27:32.714Z',
   'updated_at': '2022-12-02T07:27:33.000Z',
   'created_at': '2019-03-01T12:22:24.000Z',
   'namespace': 'shenweiyan/cookbook',
   'user': {'id': 126032,
    'type': 'User',
    'login': 'shenweiyan',
    'name': '章鱼猫先生',
    'description': '乐于分享，爱好码字，沉迷于折腾  | Bio & IT 爱好者',
    'avatar_url': 'https://cdn.yuque.com/yuque/0/2018/jpeg/126032/1526460304504-avatar/f6903e58-a5ec-4c79-9d61-f8c8e0e3f83c.jpeg',
    'books_count': 27,
    'public_books_count': 12,
    'followers_count': 765,
    'following_count': 95,
    'created_at': '2018-05-16T08:29:24.000Z',
    'updated_at': '2022-12-02T07:44:57.000Z',
    '_serializer': 'v2.user'},
   '_serializer': 'v2.book'},
  'user_id': 126032,
  'creator': {'id': 126032,
   'type': 'User',
   'login': 'shenweiyan',
   'name': '章鱼猫先生',
   'description': '乐于分享，爱好码字，沉迷于折腾  | Bio & IT 爱好者',
   'avatar_url': 'https://cdn.yuque.com/yuque/0/2018/jpeg/126032/1526460304504-avatar/f6903e58-a5ec-4c79-9d61-f8c8e0e3f83c.jpeg',
   'books_count': 27,
   'public_books_count': 12,
   'followers_count': 765,
   'following_count': 95,
   'created_at': '2018-05-16T08:29:24.000Z',
   'updated_at': '2022-12-02T07:44:57.000Z',
   '_serializer': 'v2.user'},
  'format': 'lake',
  'body': ':::tips\n**📢 如果您参考本主题构建了属于你自己的网址导航，欢迎在评论区留下你网站的访问链接。**\n:::\......
   .....

不用 API¶
如果我们知道语雀某一篇公开文档的链接，如 https://www.yuque.com/yuque/developer/api，我们可以在该 url 后增加 “/markdown?plain=true\&linebreak=false\&anchor=false”，即可在浏览器直接查阅该文档的 markdown 格式内容。

https://www.yuque.com/yuque/developer/api/markdown?plain=true&linebreak=false&anchor=false


接下来的操作就很简单了，我们可以直接复制该 markdown 内容，或者用程序直接抓取下来。
In [46]: res = requests.request("GET", 'https://www.yuque.com/yuque/developer/api/markdown?plain=true&linebreak=false&anchor=false', headers=headers)

In [47]: res.text
Out[47]: '## 基本路径\n\n所有 API 的路径都以 `https://www.yuque.com/api/v2` 开头。\n空间下访问 API 的域名需要使用空间对应的域名，例如空间域名为 customspace.yuque.com， 则 API 的基础路径为 `https://customspace.yuque.com/api/v2`。\n\n建议开启 follow redirect 能力:\n```bash\n# -L To follow redirect with Curl\ncurl -L -X "POST" "https://www.yuque.com/api/v2/..." \\\n     -H \'User-Agent: your_name\' \\\n     -H \'X-Auth-Token: your_token\' \\\n     -H \'Content-Type: application/json\' \\\n     -d $\'{}\'\n```\n\n## HTTP Verbs\n\n| Verb | Description |\n| --- | --- |\n| GET | 用于获取数据 |\n| POST | 用于创建数据 |\n| PUT | 用于修改部分数据，例如一个文档标题，正文 |\n| DELETE | 用于删除数据 |\n\n\n## HTTP 提交数据说明\n\n当\xa0**POST**,\xa0**PUT**\xa0请求的时候，请确保 Request Content-Type 是 `application/json`\xa0类型。\n\n```json\nreq.Headers.Add("Content-Type", "application/json")\n```\n\n\n## User-Agent Header\n\n为了确保我们能知道访问者是谁，API 要求必须传递 `User-Agent` Header，否则将会拒绝请求。\n\n例如:\n```go\nreq.Headers.Add("User-Agent", "这里可以填应用名称")\n```\n\n## 用户认证\n\n:::info\n语雀所有的开放 API 都需要 Token 验证之后才能访问。\n:::\n\n语雀 API 目前使用 Token 机制来实现用户认证。\n\n你需要在请求的 HTTP Headers 传入 `X-Auth-Token` 带入用户的 Token 信息，用于认证。\n\n获取 Token 可通过点击语雀的个人头像，并进入\xa0[个人设置](/settings/tokens)\xa0页面拿到，如下图：\n![image.png](https://shub.weiyan.tech/yuque/elog-cookbook-img/Ftmao2sZGPlHd1zuq0XnqRycFqMh.png)\n\n\n**For example**\n```bash\ncurl -H "X-Auth-Token: gCmkIlgAtuc3vFwpLfeM1w==" https://www.yuque.com/api/v2/hello\n```\n\n**Response**\n```json\n{\n  "data":{\n    "message":"Hello 小明"\n  }\n}\n```\n\n`X-Auth-Token` 依据用户有的权限，决定了能获取到的数据，例如，假如 “小明” 这个账号是 “[语雀/帮助](/yuque/help)” 这个文档仓库的 `Owner`，那么通过他的 Token 可以获取到这个仓库的所有信息。\n\n其他情况由具体的功能权限设定来决定能获取到什么样的数据，以及那些数据有修改权限，详见后面 API 的具体接口返回的 `abilities` 描述。\n\n## HTTP 状态码\n\n- 200 - 成功\n- 400 - 请求的参数不正确，或缺少必要信息，请对比文档\n- 401 - 需要用户认证的接口用户信息不正确\n- 403 - 缺少对应功能的权限\n- 404 - 数据不存在，或未开放\n- 500 - 服务器异常\n\n## 参数说明\n| Name | Description | Example |\n| --- | --- | --- |\n| id | 数据的唯一编号/主键 | 1984 |\n| login | 用户／团队的唯一名称\n用户／团队编号 | 用户：用户个人路径\n团队：如[语雀团队](/yuque)，login 值为 `yuque` |\n| book_slug | 仓库唯一名称 | 如[语雀开发者文档](/yuque/developer)这个仓库，`book_slug` 值为 `developer`** ** |\n| namespace | 仓库的唯一名称\n需要组合\xa0`:login/:book_slug`\n或可以直接使用仓库编号 | `yuque/developer` |\n| slug | 文档唯一名称 | 如[当前这篇文档](/yuque/developer/api)的 slug 值为   `api` |\n\n## 返回数据格式\n\n- JSON 格式\n\n```json\n{\n  "data": {\n    "id": 10,\n    "slug": "weekly",\n    "name": "技术周刊",\n    "abilities": {\n      "update": false,\n      "destroy": false\n    }\n  },\n  "meta": {\n    "liked": false,\n    "followed": false,\n  }\n}\n```\n\n- id: 每个数据都会有的，Resource 的唯一编号，后续很多地方你可能需要用它查询\n- abilities: 表述当前登陆者对于此资源的权限\n- meta: 一些附加信息，例如是否赞过，是否关注过\n\n## Rate Limit 访问频率限制\n\n- 匿名请求，IP 限制, 200 次/小时\n- 传递 Token 的情况下，每个用户（基于 Token 关联到的账户），5000 次/小时；\n\n每次请求 `Response Header` 将会返回频率限制的信息，例如：\n\n```\nX-RateLimit-Limit: 100\nX-RateLimit-Remaining: 75\n```\n\n- `X-RateLimit-Limit` - 总次数\n- `X-RateLimit-Remaining` - 剩余次数\n\n如果超过限制，将会返回:\n\n```\nHTTP/1.1 429 Too Many Requests\n```\n\n## DateTime 格式\nDateTime 使用\xa0[ISO 8601](https://en.wikipedia.org/wiki/ISO_8601)\xa0标准格式，请按照标准方式进行转换。\n'

In [48]:

语雀图片备份处理¶
语雀的图片可以直接下载到本地（参考：https://github.com/shenweiyan/YQExportMD），或者使用镜像回源的方式直接转存到阿里云/腾讯云.....的对象存储中（参考：语雀图片的同步迁移解决方案），这里暂时不展开。
写在最后¶
基于 API 的语雀文章备份/导出，对于 markdown 的文档是一个不错的解决方案，但对于数据表、小记和其他一些记录则不适用，目前也暂时没有更好的方案。
所以，如果你使用语雀作为你的 markdown 博客平台，只要 API 还在备份目前是不需要担心的！


NCBI Blast 源码编译安装方法
章鱼猫先生 — Thu, 01 Dec 2022 00:00:00 +0000
2022-12-012024-08-30
CentOS 6.5 的老服务器没法直接使用官方提供的二进制版本，其中最要命的提示就是 Glibc 的版本太低，且非 root 用户手动升级 glibc 基本是个无解的难题。于是考虑从官方提供的 Blast+ 源码进行手动编译安装。
虽然 Blast 官网的帮助文档中没有提到如何从源代码编译出 Blast，但是却在 ncbi-blast-2.xx.x+-src/c++/src/algo/blast/core/README 里面交代了在各个平台下编译 Blast 的方式。这里就直接把它的内容转发如下，以作补充：
获取源代码¶
Download the source distribution of BLAST+:

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/

安装与构建说明¶
Unpack the source archive in its installation directory and change working directory to ncbi-blast-VERSION+-src/c++.
UNIX
To build these source files into a library without the rest of the NCBI BLAST+ applications/libraries, one should use the following commands:
./configure --with-projects=scripts/projects/blast_core_lib.lst \
            --without-debug --with-mt --with-build-root=ReleaseMT
cd ReleaseMT/build
make all_p

make 编译 blast 非常耗时间，大概 2 个小时后编译结束，在 ./ReleaseMT/bin 下会生成各种二进制可执行文件。把这个目录加入到 PATH 中，你就可以使用 Blast 的各种工具了。
This will configure and build an optimized library called blast, which can then be referenced in makefiles as follows:
NCBI_HOME=<installation directory of the NCBI C++ toolkit>
-I$NCBI_HOME/c++/ReleaseMT/inc -I$NCBI_HOME/c++/include
-L $NCBI_HOME/c++/ReleaseMT/lib

Windows

Open the ncbi_cpp.sln project/solution file c++/compilers/msvc800_prj/static/build/ncbi_cpp.sln.
Right click on the -CONFIGURE-DIALOG- project on the Solution Explorer and select “Build” from the context menu, which will bring up a window titled “Project Tree Builder”.
In the “Project Tree Builder” window’s first text box, enter scripts\projects\blast_core_lib.lst, click OK, and on the subsequent window click “Reload”.
After the environment reloads, right click on blast.lib and select “Build”.

The blast.lib library file will be found in c++\compilers\msvc800_prj\static\lib\CONF\blast.lib, where CONF represents the appropriate configuration (e.g.: debugdll, debugmt, releasedll, or releasemt), and the headers will be found in c++\compilers\msvc800_prj\static\inc and c++\include.
安装与说明¶
指定安装路径¶
在 configure 一步，我们可以使用 --with-build-root 指定 blast 的安装路径：


--with-build-root=ReleaseMT，将会安装到当前目录的 ReleaseMT 目录下；    




--with-build-root=/usr/local/shenweiyan/ncbi-blast-2.13.0+，将会安装到该指定的路径中。


GCC 版本与环境配置¶
ncbi-blast-2.13.0+ 的源码编译安装要求 GCC 7.1 or newer：
configure: error: Please upgrade to a compiler supporting C++ '17, such as GCC 7.1 or newer.

GCC 的手动编译安装还是挺简单的，参考：《非 root 用户手动编译安装 GCC》
GCC 安装完以后需要执行以下两步：

把可执行程序添加到 PATH 环境：export PATH=/Path/To/gcc-7.3.0/bin:$PATH。
解决 libstdc++.so.6: versionGLIBCXX_3.4.22’ not found`


export LD_LIBRARY_PATH=/Path/To/gcc-7.3.0/lib:/Path/To/gcc-7.3.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH



博客 | Hugo 博客使用 Fancybox
章鱼猫先生 — Mon, 07 Nov 2022 00:00:00 +0000
2022-11-072024-11-05
这本来是来自于 atpX 博客上的一篇文章——《Hugo 使用 Fancybox 实现图片灯箱/放大功能》，个人把它应用到了自己的 ICS-Hugo-Theme 小破主题之中，特意记录一下。

最开始的思路是通过 js 实现，但效率似乎不高，实现起来也麻烦。对于 Hugo 本身的 Markdown 渲染方式也没有过多的了解，网上的方法大多是引入 Fancybox 组件后通过 shortcode 的方式调用 html 实现，但这样的话以前文章的图片还得去一个一个修改，平时写起来也麻烦。
好在无意中看到了 Maupassant 主题的一个 PR，查阅文档后发现他的方法是新增一个 render-image.html 文件，通过 Markdown Render Hooks 的方式覆盖 Hugo 的 Markdown 渲染方式，就可以轻松的解析和处理图片内容，结构如下：

layouts
└── _default
    └── _markup
        ├── render-image.html
        ├── render-image.rss.xml
        └── render-link.html

官方解释可以通过该文件实现替换链接，修改img样式，例如添加target=_blank属性等功能。
因此，只要借助这个方法，就可以轻松的实现 Fancybox 的功能了，你只需要做以下三步：

修改网站根目录下的config.toml或者config.yaml文件，我的配置文件为 toml 格式，yaml 需要自行调整格式，在[param]参数下添加以下内容：

[param]
    fancybox = true


在你的主题目录下创建以下路径和文件：

/layouts/_default/_markup/render-image.html

编辑render-image.html添加以下内容：
{{if .Page.Site.Params.fancybox }}
<div class="post-img-view">
<a data-fancybox="gallery" href="{{ .Destination | safeURL }}">
<img src="{{ .Destination | safeURL }}" alt="{{ .Text }}" {{ with .Title}} title="{{ . }}"{{ end }} />
</a>
</div>
{{ end }}


在你主题layouts/partials目录下的head.html或者footer.html中添加：

{{if .Page.Site.Params.fancybox }}
<script src="https://cdn.jsdelivr.net/npm/jquery@3.5.1/dist/jquery.min.js"></script>
<link rel="stylesheet" href="https://cdn.jsdelivr.net/gh/fancyapps/fancybox@3.5.7/dist/jquery.fancybox.min.css" />
<script src="https://cdn.jsdelivr.net/gh/fancyapps/fancybox@3.5.7/dist/jquery.fancybox.min.js"></script>
{{ end }}


接下来就可以直接hugo server看看效果了，如果你后面不想在使用 Fancybox，只需要将第一步中的true改为 false即可。其实如果常态化使用的话，就不需要判断了，可以跳过第一步，把第二步和第三步中的{{if .Page.Site.Params.fancybox }}和{{ end }}去掉。
不过通过 Markdown hooks 的方式修改图片会有一个小问题，就是在图片的上面和下面会出现空白的<p></p>标签，如果你感兴趣的话可以看看这个具体讨论的 issue。



旧版 QQ 邮箱切换到新版本 UI
章鱼猫先生 — Thu, 13 Oct 2022 00:00:00 +0000
2022-10-132022-10-27
旧版本的 QQ 邮箱用的是：mail.qq.com，新版本 QQ 邮箱是：wx.mail.qq.com，一般现在新注册的 QQ 邮箱用的都是 wx.mail.qq.com，如果你想把旧版本的 QQ 邮箱也切换到新的 UI，可以参考这个方法。
Update：

截止 2022.10.13，本人测试该方法确实有效；如有失效，欢迎提醒。

❣️ 前提：
经测试，旧 QQ 邮箱如果设置了 “其他邮箱”，即使用 QQ 邮箱代收其他邮箱的功能，本方法无效！
登陆旧版本的 QQ 邮箱，把邮箱设置改成英语，保存，刷新，然后再改成中文，保存，刷新，就切换到新版 UI 了。



从新版本 QQ 邮箱切换回来旧版本：

参考资料

《腾讯为什么不把 qq 邮箱好好整一下？》，V2EX



Gnuplot：安装与使用备忘
章鱼猫先生 — Thu, 15 Sep 2022 00:00:00 +0000
2022-09-152022-09-15
异常信息¶
问题起源于 signalp-4.1 调用 gnuplot 进行画图，在画图的时候提示不支持 png 格式结果：
$ gnuplot

        G N U P L O T
        Version 5.0 patchlevel 0    last modified 2015-01-01

        Copyright (C) 1986-1993, 1998, 2004, 2007-2015
        Thomas Williams, Colin Kelley and many others

        gnuplot home:     http://www.gnuplot.info
        faq, bugs, etc:   type "help FAQ"
        immediate help:   type "help"  (plot window: hit 'h')

Terminal type set to 'x11'
gnuplot> set term png font "Helvetica,12"  # 您必须在绘图前设置终端和输出文件名
Terminal type set to 'unknown'
                  ^
         unknown or ambiguous terminal type; type just 'set terminal' for a list

gnuplot> set term png font "Helvetica,12";
Terminal type set to 'unknown'
                  ^
         unknown or ambiguous terminal type; type just 'set terminal' for a list

gnuplot> set terminal # 查看 gnuplot 支持的设置格式

Available terminal types:
           canvas  HTML Canvas object
              cgm  Computer Graphics Metafile
          context  ConTeXt with MetaFun (for PDF documents)
            corel  EPS format for CorelDRAW
             dumb  ascii art for anything that prints text
              dxf  dxf-file for AutoCad (default size 120x80)
            eepic  EEPIC -- extended LaTeX picture environment
              emf  Enhanced Metafile format
            emtex  LaTeX picture environment with emTeX specials
         epslatex  LaTeX picture environment using graphicx package
              fig  FIG graphics language for XFIG graphics editor
             hpgl  HP7475 and relatives [number of pens] [eject]
            latex  LaTeX picture environment
               mf  Metafont plotting standard
               mp  MetaPost plotting standard
             pcl5  HP Designjet 750C, HP Laserjet III/IV, etc. (many options)
             ......

因此考虑重装 gnuplot，以支持 png, jpeg, and gif terminals，具体步骤如下。
安装 GD library 库¶
GD （https://github.com/libgd/libgd）是一个用于程序员动态创建和处理图像的开源库。手动安装步骤如下。
$ curl -LjO https://github.com/libgd/libgd/releases/download/gd-2.2.5/libgd-2.2.5.tar.gz
$ tar zvxf libgd-2.2.5.tar.gz
$ cd libgd-2.2.5
$ ./configure --prefix=/Bioinfo/SoftWare/libgd-2.2.5
$ make
$ make install

安装 Gnuplot¶
官网：http://www.gnuplot.info/
注意：

configure 时需要把前一步安装好的 libgd 加进去；
make install 如遇一下类似 Permission denied, 可忽略，不影响使用。

$ wget http://ftp.cstug.cz/pub/CTAN/graphics/gnuplot/5.2.6/gnuplot-5.2.6.tar.gz
$ tar zvxf gnuplot-5.2.6.tar.gz
$ cd gnuplot-5.2.6
$ ./configure --prefix=/Bioinfo/SoftWare/gnuplot-5.2.6 --with-gd=/Bioinfo/SoftWare/libgd-2.2.5 LDFLAGS="-L/Bioinfo//SoftWare/libgd-2.2.5/lib" CPPFLAGS="-I/Bioinfo/SoftWare/libgd-2.2.5/include"
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c
checking whether build environment is sane... yes
checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p
checking for gawk... gawk
......
** Configuration summary for gnuplot 5.2.6:

gnuplot will be compiled with the following terminals:

  Standalone terminals: yes (always builtin)
    canvas, cgm, context, dumb, dxf, eepic, emf, emtex,
    epslatex, fig, hpgl, latex, metafont, metapost, mif, pcl5,
    postscript, pslatex, pstex, pstricks, qms, svg,
    tek40xx, tek410x, texdraw, tgif, tkcanvas, tpic, vttek

  dot-matrix terminals: no (use --with-bitmap-terminals to enable)
    epson, nec, okidata, tandy, and seiko dp414 printers
    hp500c, hpdj, hpljii, hppj, pbm, sixel, starc

  X Window System terminal: yes
    (with multi-byte fonts)
    (enable plotting to windows opened by external apps)
    (with application defaults, in /etc/X11/app-defaults/)
  linux terminal (vga console): no (use --with-linux-vga to enable)
  vgagl terminal ((s)vga console): no (use --with-linux-vga to enable)
  ggi terminal: no (use --with-ggi to enable, requires libggi)
  gpic terminal: no   (use --with-gpic to enable)
  mif terminal: no   (use --with-mif to enable)
  caca terminal: no (use --with-caca to enable)
  aqua terminal (OSX): no
  libgd-based png, jpeg, and gif terminals: yes (with animated gif)
  cairo-based terminals: no (requires cairo>=1.2, pango>=1.22, glib>=2.28)
  lua/TikZ terminal: no
  wxt terminal: no (requires C++, wxWidgets>2.6, cairo>0.9, pango>1.22)
  Qt terminal: yes (qt4)

  Additional platform-specific or older terminals omitted by default:
   gpic, mif (FrameMaker 3), hp2623a, hp2648, imagen, kyocera
   pm (makefile.os2), be (BeOS), svga (MSDOS/djgpp)
   windows (several options)

gnuplot will be compiled with the following configurable features:

  Mouse support in interactive terminals: yes
  Typing <space> in plot window raises console
  Placement of rectangles and other objects: yes
  Readline library: GNU readline library with  -lncurses
  Command-line history file: yes
  Check current directory for .gnuplot file: no (use --with-cwdrc to enable)
  Sort help/subtopic tables by column: no (use --without-row-help to enable)
  cerf() and other special functions: no (libcerf not found)
  plugin support for loading external functions: yes
  Use TeX kpsexpand to search for fonts: no (use --with-kpsexpand to enable)
  Hidden3d optimization (gridbox/quadtree/none): quadtree
  Allow deprecated syntax: no (use --enable-backwards-compatibility)
  Statistical summary of data ("stats" command): yes
......
$ make
$ make install
# 如遇一下 Permission denied, 可忽略，不影响使用
......
make[3]: Nothing to be done for `install-exec-am'.
 /bin/mkdir -p '/Bioinfo/APPS/texlive/texmf-local/tex/latex/gnuplot'
/bin/mkdir: cannot create directory `/Bioinfo/APPS/texlive/texmf-local/tex/latex/gnuplot': Permission denied
make[3]: *** [install-texDATA] Error 1
make[3]: Leaving directory `/Bioinfo/Pipeline/src/pkgs/gnuplot-5.2.6/share/LaTeX'
make[2]: *** [install-am] Error 2
make[2]: Leaving directory `/Bioinfo/Pipeline/src/pkgs/gnuplot-5.2.6/share/LaTeX'
make[1]: *** [install-recursive] Error 1
make[1]: Leaving directory `/Bioinfo/Pipeline/src/pkgs/gnuplot-5.2.6/share'
make: *** [install-recursive] Error 1



集群运行时，如遇上以下报错，执行一下**ldd /Bioinfo/SoftWare/gnuplot-5.2.6/bin/gnuplot**，把缺失的对应指向的 libQt*.so 拷贝到一个指定目录，然后增加一个**export LD_LIBRARY_PATH=/Bioinfo/SoftWare/gnuplot-5.2.6/customlib:$LD_LIBRARY_PATH**即可。

gnuplot: error while loading shared libraries: libQtNetwork.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory


简单绘图¶
安装完成后，进入 gnuplot 简单画图并保存为 plot.png。
gnuplot> set term png font "Helvetica,12"

Terminal type is now 'png'
Options are 'nocrop enhanced size 640,480 font "Helvetica,12.0" '
gnuplot> set output "plot.png"
gnuplot> plot sin(x)
gnuplot> exit




多重视窗管理程序 screen
章鱼猫先生 — Fri, 09 Sep 2022 00:00:00 +0000
2022-09-092023-07-19
当我们在使用 MobaXterm/XShell 进行远程访问服务器时，进行远程访问的界面往往不能关掉，否则，程序将不再运行。而且，程序在运行的过程中，还必须时刻保证网络的通常，这些条件都很难得到满足。
为了解决上述问题，可以使用 Linux 下的 screen 命令，即使网络连接中断，用户也不会失去对已经打开的命令行会话的控制。下面介绍一些常用的 screen 命令。
screen 为多重视窗管理程序。此处所谓的视窗，是指一个全屏幕的文字模式画面。通常只有在使用 telnet 登入主机或是使用老式的终端机时，才有可能用到 screen 程序。具体使用如下：
我们可以使用 screen -S name 创建一个叫做 name 的 session，这时我们要进入该 session，需要使用 screen -r name 进入到该 session 中，此时就可以在该 session 里进行操作了，如运行程序。之后我们可以使用 Ctrl + a + d 命令将该 session 丢到后台进行处理。
语法¶
screen [-AmRvx -ls -wipe][-d <作业名称>][-h <行数>][-r <作业名称>][-s <shell>][-S <作业名称>]

参数说明：

-A 将所有的视窗都调整为目前终端机的大小。
-d<作业名称> 将指定的 screen 作业离线。
-h<行数> 指定视窗的缓冲区行数。
-m 即使目前已在作业中的 screen 作业，仍强制建立新的 screen 作业。
-r<作业名称> 恢复离线的 screen 作业。
-R 先试图恢复离线的作业。若找不到离线的作业，即建立新的 screen 作业。
-s 指定建立新视窗时，所要执行的 shell。
-S<作业名称> 指定 screen 作业的名称。
-v 显示版本信息。
-x 恢复之前离线的 screen 作业。
-ls 或–list 显示目前所有的 screen 作业。
-wipe 检查目前所有的 screen 作业，并删除已经无法使用的 screen 作业。  



AlphaFold：安装与使用备忘
章鱼猫先生 — Thu, 08 Sep 2022 00:00:00 +0000
2022-09-082022-10-08
官方在 GitHub 给出的源码（https://github.com/deepmind/alphafold）默认是基于 Docker 环境安装的，非 Docker 环境的安装参考：

If you wish to run AlphaFold using Singularity (a common containerization platform on HPC systems) we recommend using some of the third party Singularity setups as linked in #10 or #24.


源码地址：https://github.com/deepmind/alphafold
非 Docker 环境下安装：https://github.com/kalininalab/alphafold_non_docker

问题一：
dm-tree 模块安装失败，需要把 alphafold-2.2.0/requirements.txt 中 dm-tree==0.1.6 调整为 dm-tree==0.1.7！
问题二：

sh download_db.sh -d \ 数据库比较大，需要很长时间下载！
如提示**realpath: command not found**，可以使用**readlink -f**进行替换！



RHEL6 ssh 到 RHEL9 的 no hostkey alg 错误
章鱼猫先生 — Thu, 18 Aug 2022 00:00:00 +0000
2022-08-182024-11-01
前一段时间把阿里云的一个轻量云服务器的系统升级到了 AlmaLinux release 9.0 (Emerald Puma)，开启 RHEL 9 系列的新体验。

发现的第一个比较直观的问题：
从 RHEL 6.x 的服务器 ssh 到 AlmaLinux 9 的轻量云服务器时候出现 no hostkey alg 错误！
$ ssh root@xxx.123.456.xx
no hostkey alg

一开始拿着这个错误去谷歌，看了一些回答（例如，KexAlgorithms 算法支持问题；权限问题，/etc/ssh/ssh_host_*key 问题；等等）都没办法解决，后来去 AlmaLinux 社区提问，并参考了一些官方的文档说明，才最终把这个问题解决了。

从 RHEL9 的官网文档《1.0.2. Crypto-policies, RHEL core cryptographic components, and protocols（加密策略、RHEL 核心加密组件和协议）》可以看到 SHA-1 已经在 RHEL9 中弃用了！

In RHEL 9, SHA-1 usage for signatures is restricted in the DEFAULT system-wide cryptographic policy. Except for HMAC, SHA-1 is no longer allowed in TLS, DTLS, SSH, IKEv2, DNSSEC, and Kerberos protocols. Individual applications not controlled by the RHEL system-wide crypto policies are also moving away from using SHA-1 hashes in RHEL 9.

在 RHEL 9 中，用于签名的 SHA-1 用法在 DEFAULT 系统范围的加密策略中受到限制。除 HMAC 外，TLS、DTLS、SSH、IKEv2、DNSSEC 和 Kerberos 协议中不再允许使用 SHA-1。不受 RHEL 系统范围的加密策略控制的单个应用程序在 RHEL 9 中也不再使用 SHA-1 hashes。

If your scenario requires the use of SHA-1 for verifying existing or third-party cryptographic signatures, you can enable it by entering the following command:

如果您的方案需要使用 SHA-1 来验证现有或第三方加密签名，您可以通过输入以下命令来启用它：
# update-crypto-policies --set DEFAULT:SHA1

或者，您可以将系统范围的加密策略切换到 LEGACY 策略。请注意，LEGACY还启用了许多其他不安全的算法。有关详细信息，请参阅 RHEL 9 Security hardening（RHEL 9 安全强化）文档中的 Re-enabling SHA-1（重新启用 SHA-1）部分。
参考资料¶

1.0.2. Crypto-policies, RHEL core cryptographic components, and protocols，RHEL9 官网文档（英文）
20.2. crypto-policies、RHEL 内核加密组件和协议，Red Hat Product Documentation（中文）
No hostkey alg error from RHEL6 ssh to AlmaLinux9，AlmaLinux 社区



使用 wget/curl 下载 GitHub Release 生信软件包
章鱼猫先生 — Thu, 11 Aug 2022 00:00:00 +0000
2022-08-112023-03-02
我们在 Linux 服务器上安装软件，有时候需要在服务器下载 GitHub 上 Release 的一些资源(软件包)，这时候我们可以使用 wget 或者 curl 进行处理，这里拿 htslib 开源的配置中心 HTSlib 为例，下载他的 Release 版本。

wget¶
wget --no-check-certificate --content-disposition https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.15.1/htslib-1.15.1.tar.bz2

wget 使用注意点，详细说说每个参数的含义，用法，并举例。
#https://blog.csdn.net/xiliunian/article/details/104313511
nohup wget -c --no-check-certificate --no-proxy https://figshare.com/ndownloader/files/30835246 &
nohup wget -c https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/pfigshare-u-files/30835246/ILD_alldataset_population_noSCT.rds?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKIAIYCSROOA/20230224/eu-west-1/s3/aws4_request&X-Amz-Date=20230224T170124Z&X-Amz-Expires=10&X-Amz-SignedHeaders=host&X-Amz-Signature=102d79611095e5cba52b2903044c2ba341c26 &

nohup wget -c --no-check-certificate --user-agent="Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/58.0.3029.110 Safari/537.3" https://figshare.com/ndownloader/files/30835246  &

nohup wget -c --no-check-certificate --user-agent="Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/58.0.3029.110 Safari/537.3" https://figshare.com/ndownloader/files/30836776  &

nohup curl https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/pfigshare-u-files/30835246/ILD_alldataset_population_noSCT.rds?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AV5JSSROOA/20230224/eu-west-1/s3/aws4_request&X-Amz-Date=20230224T170124Z&X-Amz-Expires=10&X-Amz-SignedHeaders=host&X-Amz-Signature=102fxxxxxxc2ba341c26 &
nohup curl -C https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/pfigshare-u-files/30835246/ILD_alldataset_population_noSCT.rds?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKI5JSSROOA/20230224/eu-west-1/s3/aws4_request&X-Amz-Date=20230224T170820Z&X-Amz-Expires=10&X-Amz-SignedHeaders=host&X-Amz-Signature=f786583xxxxxxxxxx2079467dac31498c8 &

nohup curl -C  https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/pfigshare-u-files/30835246/ILD_alldataset_population_noSCT.rds?X-Amz-Algorithm=AWS4-HMAC-SHA256&X-Amz-Credential=AKIAxxxxxJSSROOA/20230224/eu-west-1/s3/aws4_request&X-Amz-Date=20230224T184948Z&X-Amz-Expires=10&X-Amz-SignedHeaders=host&X-Amz-Signature=64sxxxxxxxx5120c937d4f7def &


参考：wget 小细节（geo 数据 ，figshare 数据）


-r, –recursive
  这个选项用于递归地下载整个网站或目录。例如：’,’wget -r http://www.example.com/
  这个命令将下载 www.example.com 网站的所有内容，包括子目录和链接。
-nH, –no-host-directories
  这个选项用于在下载时不创建目标文件夹的主机名目录。例如：
  wget -nH http://www.example.com/files/file.txt
  这个命令将在当前目录下创建一个名为 file.txt 的文件，而不是在 www.example.com/files/ 目录下创建。
-N, –timestamping
  这个选项用于只下载更新过的文件。例如：
  wget -N http://www.example.com/files/file.txt
  如果 file.txt 本地已经存在并且与远程文件的时间戳相同，那么 wget 将不会下载文件。如果本地文件的时间戳比远程文件的时间戳早，那么 wget 将下载文件。
-nd, –no-directories
  这个选项用于在下载时不创建目标文件夹。例如：
  wget -nd http://www.example.com/files/file.txt
  这个命令将在当前目录下创建一个名为 file.txt 的文件，而不是在 www.example.com/files/ 目录下创建。
-P, –directory-prefix
  这个选项用于指定要将文件下载到的目录。例如：
  wget -P /home/user/downloads/ http://www.example.com/files/file.txt
  这个命令将在 /home/user/downloads/ 目录下创建一个名为 file.txt 的文件。
-c, –continue
  这个选项用于在中断的地方继续下载文件。例如：
  wget -c http://www.example.com/files/file.txt
  如果文件下载已经开始，但由于某种原因中断了，那么 wget 将在中断的地方继续下载文件。
-O, –output-document
  这个选项用于将下载的文件保存为指定的文件名。例如：
  wget -O newfile.txt http://www.example.com/files/file.txt
  这个命令将下载文件 file.txt 并将其保存为名为 newfile.txt 的文件。
-q, –quiet
  这个选项用于静默下载，不输出下载进度信息。例如：
  wget -q http://www.example.com/files/file.txt
  这个命令将在后台下载文件 file.txt。
-t, –tries
  这个选项用于指定在下载过程中尝试重新连接的次数。例如：
  wget -t 5 http://www.example.com/files/file.txt
  这个命令将在下载过程中尝试重新连接 5 次。
-b, –background
  这个选项用于在后台下载文件。

curl¶
curl -LjO https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.15.1/htslib-1.15.1.tar.bz2


-L, –location

Follow redirects，如果服务器报告请求的页面已移动到不同的位置（用 Location: 标头和 3XX 响应代码指示），此选项将使 curl 在新位置重做请求，即重定向。)

-O, –remote-name

Write output to a file named as the remote file，把输出写到该文件中，保留远程文件的文件名。

-j, –junk-session-cookies

Ignore session cookies read from file


Htslib 软件库安装与注意
章鱼猫先生 — Thu, 11 Aug 2022 00:00:00 +0000
2022-08-112022-08-11
Htslib (官网：https://www.htslib.org/) 系列的软件主要包括：Samtools、BCFtools、HTSlib，其中 HTSlib 是前两个都需要用到的 C 语言依赖库。



其他的一些软件有时候也会用到 HTSlib，所以，有时候可以单独安装 HTSlib，主要步骤：
git clone https://github.com/samtools/htslib.git
git submodule update --init --recursive
autoconf -i  # Autoconf version 2.64 or higher is required
./configure --prefix=/PATH/TO/htslib

如果 configure 过程提示：error: cannot find input file: 'config.h.in'，参考 htslib - issues:1422 下载 htslib-1.15.1.tar.bz2，然后继续后面的操作。
wget --no-check-certificate --content-disposition https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.15.1/htslib-1.15.1.tar.bz2
tar -jxvf htslib-1.15.1.tar.bz2
cd htslib-1.15.1
autoconf -i  # Autoconf version 2.64 or higher is required
./configure --prefix=/PATH/TO/htslib
make
make install



将重点资源整理成一个生信导航网页
章鱼猫先生 — Thu, 26 May 2022 00:00:00 +0000
2022-05-262022-10-28
前不久在 @王诗翔(shixiangwang) GitHub 的讨论组上看到了类似的这个讨论 “将重点资源整理成一个生信导航网页”，加上 @郑宝童(btzheng) 曾经也做了一个生信极客部落网址导航（旨在搭建一个生信专属网址导航），好像也有一段时间没更新过了。


于是有了 生信重点资源+WebStack-Hugo=生信导航 的初步的想法。WebStackPage 本身是一个由 viggo 开发的一个网址导航开源项目，有许多的魔改版本，而 WebStack-Hugo 则是本人基于 Hugo 进行修改调整的其中一个主题。

有了现成的主题，又有了前人的一些资源整理（轮子都已经有了，就缺组装），于是在 GitHub 上开始了 BioWebStack 这一个将重点资源整理成一个生信导航网页的仓库（目前已初步把站点搭建了起来，资源内容还在更新中）。
:::success

GitHub 开源地址：https://github.com/bioitee/BioWebStack
BioWebStack 站点地址：https://bioit.top/（备用链接：https://hao.bioitee.com/）

:::


关于 BioWebStack 的一些特点和说明：

致力于将一些重点资源整理成一个生信导航网页。
该网站用于个人学习和科研。
长期开源，欢迎大家提交错误报告以及宝贵的资源。
采用了一直以来最喜欢的 Hugo 部署方式，方便高效。
主要的配置信息都集成到了 config.toml，一键完成各种自定义的配置。
导航的各个信息都集成在 data/webstack.yml 文件中，方便后续增删改动。
无需服务器，GitHub Pages/Webify Pages/Cloudfare Pages 均可部署。

如果你也是做生信研究，如果你也正好喜欢学习生信，如果你一直苦于收藏夹越来越多，很难找到某个不常用的网站，那希望这个网站能给你带来一些作用。


失控的 Python3 类型
章鱼猫先生 — Fri, 20 May 2022 00:00:00 +0000
2022-05-202023-09-08

作者 | James Somers 

编译 | 史提芬先森

原文 | Python 3 Types in the Wild




Python used to be the kind of language you could pick up in a couple of days, but “used to be” was many years ago. Coming back to developing products with it after 11 years away, I’ve been a little overwhelmed by how many features have been added, and how hard it is to make sense of a modern code base without understanding all of them.

Python 曾经是一种你可以在几天内学会的语言，但 “曾经是” 是很多年前的事了。最近，我相隔 11 年后重新用这门语言开发产品时，有点不知所措，它添加了太多的新功能，如果你不了解所有这些新功能，理解现代 Python 代码将是多么困难的一件事。

One of the biggest changes has been the addition of type annotations, which allow developers to say that a function returns Dict[List[Set[FrozenSet[int]]], str] (i.e., a dictionary that maps lists of sets of frozensets of integers onto strings). [RakAmnouykit2020] takes an empirical look at how programmers use these annotations, and turns up some surprising results. For one, the most common kind of type annotation is a user-defined type:

最大的变化之一是添加了类型注释，它允许开发人员通过一个函数返回 Dict[List[Set[FrozenSet[int]]], str]（即，一个映射一组整数的不可变集合列表到字符串的字典）。[RakAmnouykit2020] 对程序员如何使用这些注释进行了实证研究，并得出了一些令人惊讶的结果。一方面，最常见的类型注释是用户定义的类型。


What’s more interesting is that when the authors stripped annotations out of files and asked PyType to infer them, it failed to do so in 77% of cases, which means that the user-written annotations were capturing information that automatic tools couldn’t. On the other hand, MyPy found that only 15% of the 2,678 repositories examined were type-correct; this may be a result of MyPy being very conservative and producing false positives. More troubling are the disagreements between these different tools, but studies like these are exactly what we need to make those tools more consistent and more helpful.

更有趣的是，当作者从文件中剥离注释并要求 PyType 推断它们时，在 77% 的情况下它未能这样做，这意味着用户编写的注释正在捕获自动工具无法捕获的信息。另一方面，MyPy 发现在检查的 2,678 个存储库中，只有 15% 是类型正确的；这可能是因为 MyPy 非常保守并产生误报。更令人不安的是这些不同工具之间的分歧，但像这样的研究正是我们需要使这些工具更加一致和更有帮助的。
[RakAmnouykit2020] Ingkarat Rak-amnouykit, Daniel McCrevan, Ana Milanova, Martin Hirzel, and Julian Dolby: Python 3 types in the wild: a tale of two type systems. In Proc. ISDL 2020, doi:10.1145/3426422.3426981.

Python 3 is a highly dynamic language, but it has introduced a syntax for expressing types with PEP484. This paper ex- plores how developers use these type annotations, the type system semantics provided by type checking and inference tools, and the performance of these tools. We evaluate the types and tools on a corpus of public GitHub repositories. We review MyPy and PyType, two canonical static type checking and inference tools, and their distinct approaches to type analysis. We then address three research questions: (i) How often and in what ways do developers use Python 3 types? (ii) Which type errors do developers make? (iii) How do type errors from different tools compare? Surprisingly, when developers use static types, the code rarely type-checks with either of the tools. MyPy and PyType exhibit false positives, due to their static nature, but also flag many useful errors in our corpus. Lastly, MyPy and PyType embody two distinct type systems, flagging different errors in many cases. Understanding the usage of Python types can help guide tool-builders and researchers. Understanding the performance of popular tools can help increase the adoption of static types and tools by practitioners, ultimately leading to more correct and more robust Python code.

Python 3 是一种高度动态的语言，但它引入了一种用 PEP484 表达类型的语法。本文探讨了开发人员如何使用这些类型注释、类型检查和推理工具提供的类型系统语义以及这些工具的性能。我们评估公共 GitHub 存储库语料库中的类型和工具。我们回顾了 MyPy 和 PyType 这两个规范的静态类型检查和推理工具，以及它们不同的类型分析方法。然后我们解决三个研究问题：（i）开发人员使用 Python 3 类型的频率和方式是什么？ (ii) 开发人员会犯哪些类型的错误？ (iii) 来自不同工具的类型错误如何比较？令人惊讶的是，当开发人员使用静态类型时，代码很少使用任何一种工具进行类型检查。 MyPy 和 PyType 由于它们的静态性质而表现出误报，但也会在我们的语料库中标记出许多有用的错误。最后，MyPy 和 PyType 体现了两个不同的类型系统，在许多情况下标记不同的错误。了解 Python 类型的使用有助于指导工具构建者和研究人员。了解流行工具的性能有助于增加从业者对静态类型和工具的采用，最终导致更正确和更健壮的 Python 代码。


推荐 | 中国用户也能同步 Chrome 书签了
章鱼猫先生 — Wed, 11 May 2022 00:00:00 +0000
2022-05-112022-09-19
众所周知，Chrome 浏览器的书签的同步正常情况下需要连接 Google 账号才能进行，但由于某些原因这一点在国内正常情况下是不可用的。
之前也体验过一些通过 GitHub/Gitee 进行谷歌浏览器书签同步的小插件，但总体操作起来有点麻烦。

使用码云同步谷歌 Chrome 浏览器书签 · 语雀

今天推荐一款更加好用的 Chrome 书签同步小插件 —— Chrome™ 书签同步 ，截止 2022 年 5 月 11 日该插件最新版本为 1.4 。
它的功能和 Chrome 自带的同步功能完全一样，当用户添加、修改或删除了书签时，自动同步到云端。当不同电脑登录同一个账户时，它们的书签列表会自动合并。使用也很方便，安装好插件之后，微信扫一扫即可登录。

安装步骤¶
由于某些原因，国内无法访问 Chrome 应用商店，只能手动安装此扩展。安装步骤如下：

打开 Chrome 浏览器，访问官网 https://bm.famend.cn，点击首页右上方的 “下载” 按钮，将文件 chrome_sync.zip 下载到本地。



从浏览器的菜单中选择“扩展程序”，打开扩展程序页面（点击 菜单 -> 更多工具 -> 扩展程序 ），如下图。



在扩展程序页面中，打开“开发者模式”开关，点击“重新加载”按钮，然后把第 1 步下载的文件拖拽当前页面。



此时会弹出对话框，提示“添加 Chrome™ 书签同步”，点击“添加扩展程序”按钮，此时扩展程序页面中会多了一项：Chrome™ 书签同步。



此时扩展已经安装成功。为了方便使用，可以把它固定到工具栏中。选择“扩展程序”图标，选择 Chrome 书签同步 的“固定”按钮，此时工具栏中就会添加 Chrome 书签同步 的标签。


使用方法¶
使用方法非常简单，点击 Chrome 浏览器工具栏上的 Chrome 书签同步 图标，弹出登录框。使用微信扫一扫，即可登录，并自动同步数据到云端，无需手动干预。
即使换了电脑，安装 Chrome 书签同步 插件之后，微信扫一扫，书签就会自动下载到新电脑上。
说明：为了避免信息泄露，下图中的二维码做了特殊处理。

 



2020 年年终总结
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
2020 年，是一个不平凡的一年，在这里一年里，我们经历了新冠，见证了嫦五，看到动荡和不安，有经济熔断，有球王陨落，名人远去，有感动有泪水，我们也有收获。


✍️ 工作¶
作为一个科学民工，2020 年的工作重心依旧停留在 Bio 与 IT 交叉的那几块，集群、Galaxy、生信，闲暇之余记录一下工作生活中的点滴，有经验有吐槽，平淡而又繁杂。
😂 生活¶
这一年更多的精力放在了家庭，入户、社保、带娃，磕磕碰碰之中更加感受到琐事之于工作的一些无奈。但总相信，这个世界里美好总要多过阴暗，欢乐总要多过苦难，还有很多事，值得我们一如既往的相信。
2020 年最值得自豪的是，还有一个自己喜欢而且能一直坚持下来的运动——羽毛球。在新的场馆认识了另外一拨有着同样兴趣的球友，这样已经很满足！

✒️ 公众号¶
分享是一种态度，2020 年，我们不离不弃，在 “BioIT 爱好者” 公众号一共推出 39 篇原创文章。
这些文章，有生信的学习笔记，有集群服务器的运维经历，也有编程与可视化的一部分记录，甚至还有一部分热点与趣闻相关的科普。
这一年，公众号综合了语雀、博客、简书、CSDN 推送了不少其他作者贡献的优秀文字，源于热爱，源于分享，特别感谢给我们公众号贡献了这些优秀原创文章的可爱作者们：南希修炼中，小潤澤，biobin，佳名，......，同样也要感谢一路支持我们公众号可爱读者们，正是因为你们，我们更有动力。
▌2020  原创文章¶

使用 coding.net 发布你的个人博客
测序数据学习笔记：bcl2fastq 安装
Galaxy Release_20.09 发布，新增多个数据上传组件
一次 HPC 病毒感染与解决经历
腾讯云 cloudbase 云开发使用笔记
JupyterLab Server 搭建与使用笔记
R 语言中 X11 相关的一些问题
Linux 中多终端同步 history 记录
一个小清新的知识管理和问题讨论平台
在 RedHat 使用 gdc-client 下载 TCGA 数据
一个小团队使用的知识管理方案与工具
推荐一部青春搞笑悬疑电竞网络剧
吐槽 | 聊一聊公众号的那些事
ImageMagick 图像处理学习笔记
Galaxy Release 20.05 发布，新增多项可视化体验
一款强大而实用的图片去水印神器
在 Linux 和 Windows 下源码安装 Perl
R 语言关于 SSL 证书异常处理笔记
生信服务器入门级基本设置
如何在 5 分钟内建立一个数据驱动的新型冠状病毒肺炎应用程序
顶级生物信息学 RSS 订阅源
使用镜像加速 Rtools 下载与安装
ggplot2 调整绘图区域大小
远程挂载 NFS 共享目录引发死机问题
如何卸载 python setup.py install 安装的包？
小技巧 | 使用 mv 重命名文件无需两次键入文件名称
clusterProfiler 的 GO/KEGG 富集分析用法小结
R 语言绘制环状热图
温故而知新，ggplot2 饼图的几点笔记
预测 motif 的计算原理
R 语言柱状图示例笔记
UpSetR 关联的 venneuler 包安装笔记
R 语言画图中英文字体解决方案
Galaxy 生信平台(四)：邮件与管理员配置
一款英文文章阅读翻译精品工具
QQ 邮箱设置自定义域名邮箱
吐槽一下微信公众号的赞赏号
R EnhancedVolcano 绘制火山图
Galaxy 生信平台(三)：xlsx 上传与识别

▌2020  图文消息¶

一个  coding.net 的  DevOps 全流程操作任务
安利一个 10 个月的语雀个人会员 VIP
发现了阿里云 OSS 对象存储的一个小 BUG
感谢 preprocessCore 原作者的热心帮助
云筏服务器 + Galaxy Project 的一些体验
htop 和 bashtop 资源监视工具
Ensembl API 发现官网 MySQL server 异常
GitHub 经常看到 “WIP” 的分支是什么意思
推特用户做了一个实验，特拉普发什么推特，他就发一样的内容
Galaxy Project 每个人都可以参与，并提交 PR
Galaxy Project 开启无需重启持续开发和运维设置
NAR  上关于 Galaxy 平台在几个独立面上的最新发展

公众号运营从来都不是一件容易的事情，尤其在追求流量的今天，更不用目前只有一个人在运营的公众号。2020 年，做了一些公众号推广，有人的地方就有江湖，在公众号这个江湖里，做了一些妥协，但不忘初心：

商业化已经改变了写作的初衷。
当写文章变成盈利的手段，那么，写出来的东西是没有灵魂的。

人在看不见你更期望的路标时总是会变得消极。2021 年尚需更加努力，如果借用熊老师在 “素材学习分享周刊” 的三句话来总结一下今年，你的 2020 又是怎么样的呢？

今年我最大的收获是/最开心的是？
今年我最遗憾的是？
此时的我想对一年前的自己说什么？




2021 中秋之行
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
2021 年的中秋跟以往有点不一样，没有和国庆连在一起而是中间隔了将近一周多的时间。因此，对有些人九月份的假期安排可能有些尴尬。但是，对于不喜欢假期的我，还算不错。



出发前¶
差不多一个月前就收到了岳父岳母的提醒：今年中秋前后老家新房子入住，回家一趟。所以，今年的中秋基本没有什么额外的 Plan B，就是回家，回家，回家！
到了回家前一周（12 号）前后才最终确定新屋最终入住的日期，于是把回家时间成了 16 号返程，19 号回来。
于是，开始请假、约车、确定回去的人、收拾东西、准备红包等等。怕小孩子在家里无所事事还专门给她下了好几部动画片（现在回想起来还真有点想多了），甚至把她最喜欢的几个玩具都带上了！
出发¶
16 号一大早，坐上小舅子的车，一路狂奔，踏上归程。早 7:30 出发到下午 14:00 左右，终于回到。
月是故乡圆¶
回家的头天，除了认人打招呼就是准备晚上的入住。
顾不上归途的疲累，一切感觉还很新鲜。欣慰的是小孩子终于找到可以一起玩的小伙伴，对她来说这一次的回来，是会说话会走路后第一次回家见外公外婆，虽然认生，但总归是开心的。

挂大红花球、贴对联粘利是，凌晨 12 点 10 分整，新房子入住。老家的新房子入住很讲究仪式，拿锅、抬桌子、挑水、挑担、......，也算是再一次见识了。
第二天的入伙宴，认人打招呼、接待、聊天，真心是身心疲惫、忙碌又热闹的一天，整个人都快累趴了。
第三天，吃吃喝喝，终于可以歇歇！
 
第四天，带着一堆孩子浩浩荡荡出来高州县城逛了一天。又折回到现住的家休息了半天（相比老家的闷热，还是这里干净舒服）。
 
第五天，出发上来广州。同车是一个空军维修员的退伍老兵，一路听他讲了很多部队的事情，很是开眼界。
中秋前的这趟回家，算是极其疲惫的一次。不管怎么说，在家乡看到一些人，经历了一些事。相比城市的喧嚣，农村小县城的安静温馨很能勾起我们一些久远的往事，想起十几年前在一中读书的点滴，想起自己许久未曾回去过的老家，想起自己这些年来的经历，时光飞逝年轻不在，不免心生感叹！
值得一提的是，在老家接到了过过的电话，说通过了语雀天使计划的复试，后续会有专属礼物和官方认证聘书。除此以外，又收到了 CNGB 寄给我猛犸象信息（这里真心要感谢我曾经的同事小游姐给我送的这个这么有意义的礼物） ，心里很是高兴。
语雀作为我记录和沉淀生活使用最多的平台，走到今天，我接受了它，它也认可了我，通过语雀天使计划的复试是这个独特中秋佳节的最大惊喜。
我在 CNGB 从实习到工作呆了 4 年多，认识了一批非常可爱的华大人，度过了一段非常有意义和开心的时光，在这里祝福老东家的小伙伴们中秋节日快乐！



2021 年年终总结
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
如果说 2021 年发生的大事，除了中国共产党成立 100 周年印象最深，就是这一年来国内疫情的相对平缓——终于可以出门走走了。今天，是 2021 年的最后一天，恰好又是周五，盘点一下这一年自己的点滴。


工作¶
工作上这一年其实也没有什么太多的变化，内容上依然是离不开集群、数据、Galaxy，以及生信。在舒适区呆的久了，一叶障目，对机器学习、自动化部署/运维、药物开发蠢蠢欲动，做了一些尝试，接下来的一年应该会在这些赛道继续深耕吧。
生活¶
这一年终于可以带娃周围走走了，但也仅限于黄埔附近的一亩三分地，总归是快活的。其他人与人之间的琐事磕碰，难免有些想法，回想起来依旧心绪难平，情绪的把控尚需修炼。值得一提的是还清一些贷款，终于又可以轻装上路，继续努力。
自己喜欢的游戏，终于也有时间时不时的玩上几把了。
网易云音乐¶
这一年听得歌不多，偏爱粤语歌曲，用网易云的一句话总结：灵魂有点靓仔，梦回港风时代！

















写作¶
语雀¶
2022-01-10 语雀的年度总结上线。我手写我心，自己消化，自己懵懂，自己释然，语雀好像已经成为了调节负能量的一个途径！



公众号¶
有幸读到陈皓老师的《为什么我不在微信公众号上写文章》这篇文章，的确给了我很多的启发，在 2021 年，关于写作这件事情上，想通了不少事情，心态自然而然发生了一些变化，开始变得更加佛系。

我觉得一个人有一定的影响力，其中有很大一部份原因来自他的独立性，如果我开始写软文了，相当于我把自己卖了。
所以，我现在从来不通过写文章挣钱，因为我会写代码，我还是通过我的技能挣钱，通过给一些公司做咨询、培训、企业服务挣钱，老实说，靠自己的能力挣钱，比写文章挣钱挣得多多了，因为我觉得，像我写的这类的文章本来就是用来分享和传播的，不是用来挣钱的。写文章的目的是分享和影响，不是挣钱。

写作是一种心灵的舞蹈，大多数都是舞给自己看的。
回到公众号上，今年一共在公众号发了 68 篇推文（包括今天这篇），其中原创的 43 篇，转载的 7 篇，综合性文章 8 篇，图文记录 9 条，外加 1 个视频推文。
2021 原创¶


生物信息


12-17：生物科学数据分析和数据管理本体论

11-19：Bioconductor 中的 R 包安装教程(续一)
09-27：Python 获取 NCBI 基因名 SSL 证书异常？

06-12：使用 Docker 分析高通量测序数据


(云)服务器


10-16：服务器无法登录？教你如何解决 SSH Failed Permission Denied

09-30：腾讯云升级 Rocky Linux
09-29：后 CentOS 时代，作为服务器使用我们该选什么 Linux？
09-03：服务器崩溃日志 | 误删 OpenSSL 的那点事
08-03：服务器又中毒了，得治一治！
07-26：生信服务器 | 防火墙基本配置
05-27：生信服务器 | 更改 CentOS/RHEL 6/7 中的时区

01-21：生信服务器 | Linux 时间戳和标准时间


静态网站


12-24：腾讯云云开发 Webify 上手体验

02-05：阿里云证书 | 套路太深，还是我打开姿势不对？

01-08：自定义 coding.net 静态网站域名


版本控制


12-10：GitHub 代码实时同步 gitee 和 coding


Galaxy Project


11-04：Galaxy Release (v 21.09)，新的工具面板视图

06-17：Galaxy Release (v 21.05)，众多核心技术栈变更
05-19：Galaxy Project | 一些尝试与思考
04-02：Galaxy v-21.01 发布，新的流程和历史栏体验

01-13：Galaxy Project | 生信人最值得学习的开源项目之一


个人随笔


10-14：语雀天使

06-16：疫情下的广州

06-03：终于把 7 年前的 Docker Hub 账号恢复了


编程技术


08-09：Python Excel 操作 | xlrd+xlwt 模块笔记

04-16：Python 中常见的 TypeError 是什么？
04-09：R 语言中常见的 10 个错误，看到第 7 个会不会感觉很神奇？
03-30：Python 列表、字典、元组的一些小技巧

03-02：R 语言 download.file 的几点知识


科研见闻


07-21：沉痛悼念 pip search 一路走好

05-08：英伟达人工智能和处理器驱动的制药、生命科学合作

04-30：科研杂谈 | 全球最大的数字图书馆


软件应用

12-08：文件传输命令 rz 与 sz 安装与使用
11-02：微信 | PC 端使用 USB 共享网络备份
09-11：SCL+Devtoolset 安装与使用笔记
09-01：GLIBC 升级安装与 SCL 知识盲区
08-18：Python 包安装和 postgresql 的一些问题
07-17：我给自己做了一个导航网站
04-24：又爱又恨的 Microsoft Edge！
03-26：使用码云同步谷歌 Chrome 浏览器书签
02-26：Windows/Linux 下功能强大的桌面截图软件
02-19：为 Windows 系统替换优雅的苹果字体

2021 转载¶

10-20：我和语雀的小欢喜呀
07-06：RStuido Server 选择不同的 R 版本（conda 中的不同 R 版本）
06-19：Bash 编程
05-24：Docker 与 K8S 的区别与介绍
03-17：生信人实现“SCI 自由”的秘密竟然是…
03-04：图解三代测序（SMRT Sequencing）
01-06：深入浅出介绍聚类分析

2021 综合¶

11-11：一个专注于微信公众号 Markdown 排版的平台
10-22：服务器推荐 | 2 核 4G 云服务，首年只需要 70 元
09-07：收藏 | 服务器和存储技术知识
09-06：男女洗澡前后区别，太形象了！
03-29：Mdnice 简洁主题
03-05：肠道菌群机制研究及国自然课题设计专题会议
01-16：机房布线的最高境界……
01-02：一针重复 2 万亿段代码，我「逆向工程」了辉瑞疫苗！

2021 图文¶

11-08：Rocky Linux 阿里云镜像源来啦！
10-09：Google 是要放弃中文搜索了吗？
10-02：《鸟哥的 Linux 私房菜》第四版
09-24：浏览器标准被大公司左右 - 科技爱好者周刊（第 177 期）
09-21：祝所有的读者中秋节快乐！
09-09：语雀的用户创作指数默默上线了！
08-24：Edge 浏览器新标签页出现广告区
06-14：祝福所有的 Bio & IT 爱好者们，端午节安康！
04-20：阿里云网盘 PC 端内测版已经悄悄来了！

2021 视频¶

01-29：欢迎加入 Galaxy 2021 年管理员培训课程

最后¶
如果你通过这个平台学到了一点东西，那么对我最好的奖赏就是请你也尝试教我些东西(可以通过邮箱、微信，或者其他社交平台和我联系)。
希望所有读到此平台文章的读者都有所收获。
希望我自己在学习工作生活中尽心尽力有所收获，于人于己问心无愧。



2022 年卡塔尔世界杯
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
2022 年 12 月 18 日，有幸从头到尾看完了这一场精彩而刺激的世界杯决赛！！！



📢 阿根廷冠军！

当地时间 2022 年 12 月 18 日，卡塔尔卢塞尔城 2022 卡塔尔世界杯决赛，阿根廷 3-3 法国（点球 4-2）！
卡塔尔世界杯决赛算不算的上是有史以来最精彩的世界杯决赛？ - 知乎


诸神黄昏，众神谢幕，最后一舞！一代人终将老去，但总有人正年轻！
总裁 C 罗，内少内马尔，魔笛莫德里奇，武僧佩佩，梅老板梅西大，二娃穆勒，苏牙苏亚雷斯，大圣贝尔，本泽霸王龙本泽马，天使迪马利亚......
诸神的黄昏带走了我们终将逝去的青春，少壮派的崛起又将镌刻他们喷薄的青春。
冠军并不总是踢得漂亮华丽，而是摸爬滚打，瑕瑜互见磨出来的。所谓冠军，得能赢难看的比赛。
   
许多年之后，人们将会回想起，2022 年，卡塔尔卢塞尔球场，见证了第三代球王梅西一个英雄般伟大宏伟的登基仪式。






2022，虎年春节，吉祥团圆
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
大年初七，上班的第一天，终于也有时间可以把这几天春节的点滴记录一下了。之前在朋友圈分享过，但朋友圈是短暂的，而文章是长情的，我希望留住这份美好，能更久一点。    



年前¶
疫情反复，导致今年的春节是否回家过年略微带上了一些不确定性，幸好早早做了规划，一切都还在计划之内。
年廿五（1.27），老妈和老哥第一批返程，中午十二点半从广州出发经中山接上老爸。
年廿七（1.29），和老婆孩子第二批返程，小舅子一个人开车早上九点出发到下午四点左右，一共七个小时才回到。这一次的返程之行，除了沿途气温骤降外，小孩子在车上大吐了两次也有点猝不及防。
















年廿八（1.30），下午 16 点左右，从大姑家返回老家。
















除夕¶
年廿九（1.31）是除夕，烧纸拜神，放鞭炮，吃团年饭。今年的除夕全家人都回来了，算得上一个真正意义上的团圆，圆满且开心。
















年后¶
2022 年的春节是寒冷的，平均气温 10 度左右，加上小雨绵绵，把大家出行的欲望都冷成了蛰伏在家。雨停间隙的串门便成了唯一的消遣和娱乐。
最温馨的，有多年未见的亲朋邻居寒暄问候；最开心的，是小孩子间嬉闹玩耍的瞬间 —— 她们又有了新的玩伴，放鞭炮玩游戏总是人多才热闹。
















年初二，岳父岳母姑姑姐夫一行的到来，热热闹闹的感动。
















年初三，初四，在岳父岳母家玩了两天，各种好吃的好玩的。
















出发¶
开心的时光过的特别快，时至大年初五，山河远阔，人间烟火，再度出发！



















All in Yuque
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
语雀用了这么多年，有太多太多的东西保存在语雀了，这两天一直都在思考 All in Yuque 的这个问题。
想先聊一下，为什么不再折腾个人的独立博客了。    


首先，独立博客的选择可以有很多，WordPress、Hexo、Jeykll、Hugo ......，每一次都是先被某一个主题（自己也在 博客 | 那些好看有内涵的博客与模板 里面搜集了一些）吸引住，费了九牛二虎之力搭建起来，更新一段时间文章；然后又被其他的主题或者框架吸引，接着继续去折腾；反反复复，中间耗费了大量的时间，累计沉淀的文档知识反而不多，有种丢了西瓜拣芝麻的感觉。    
其次，独立博客本身的限制。主要在于没法满足私有+分享的需求，大多独立博客的功能在于公开分享，私有文档的功能极其薄弱甚至根本没有。     
第三，基本上从 2018 年以来，个人的所有知识文档就转移到语雀了。曾几何时，受谢益辉老师博客的影响，自己也折腾了一个 ICS-Hugo-Theme 的 Hugo 主题，而基于这个主题的个人独立博客现在基本变成存档的状态了，只是有空的时候会偶尔去折腾更新一下。     
第四，GitHub 上有一个中文独立博客列表的项目，很不错，也很佩服那些十年如一日更新的人——他们给我的一个启示就是专注积累和沉淀，主题框架还是相对次要的(不值得花太多时间去折腾)。十年之约 和 BlogFinder 是比较出名的社群，稳定且用户量大。这些社群有自己的交流平台，帮助作者认识更多的人。
也简单聊一下，为什么放弃了其他的一些如博客园、掘金之类的平台（CSDN 就算了，乌烟瘴气的）。     
这些平台很大的一个特色是社区氛围挺好，对于互联网搜索分享也有一定优势，但是对私有文档文档支持很差，这也是我放弃的主要原因；其次是编辑体验也一般。     
说到这里，顺便提一下博客园——个人加入博客园（https://www.cnblogs.com/shenweiyan/）也已经有 8 年多，对博客园的写作氛围和几十年如一日纯粹无广告的态度相当赞赏，但私有文档的支持的确也基本等于零（也许是我没有找到正确的打开方式吧）。
最后，回到今天的话题。     
All in Yuque 其实就目前来说是可以的，自己一直以来也基本上这么干了，只是还有些地方不够满意而已。
例如，小记，中规中矩但贵在编辑器支持的样式多；眼馋 Flomo 的 UI 简洁和逻辑清晰，但人家不支持插入代码。
例如，知识库，编辑体验已经很好了（虽然还有可以做得更好的细节，如 Web 端编辑同时展示左边大纲），但最大的遗憾还是互联网比较难搜索到语雀的内容（好像目前无能为力）。
还要吐槽一下知识库文档的段落距离——跟行距相似度太高了，简直分辨不出来——看的好难受！空一行行距又太高——我好难 😭
例如，存量的话题知识库，极好的一个知识库类型，可惜不能按照标题名称排序（相当简单的一个小功能，却一拖再拖，未能上线）；嵌入语雀内容在话题知识库知识库中也不如人意，最起码渲染速度就有点让人抓狂了；还有最坑的一点，话题知识库不能插入本地视频！
例如，逛逛，能看的东西好像太少了，也不能刷新换一批；另外还有一个感觉（不知道是不是我的错觉），就是语雀对于前端、设计、以及一些方法论的东西尤其看重，逛逛/推荐里面很多这些方面的文档内容，其他方向的内容极少。



一个纯粹的人
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000

Categories: 博客/语雀
我和白求恩同志只见过一面。后来他给我来过许多信。可是因为忙，仅回过他一封信，还不知他收到没有。对于他的死，我是很悲痛的。现在大家纪念他，可见他的精神感人之深。我们大家要学习他毫无自私自利之心的精神。从这点出发，就可以变为大有利于人民的人。一个人能力有大小，但只要有这点精神，就是一个高尚的人，一个纯粹的人，一个有道德的人，一个脱离了低级趣味的人，一个有益于人民的人。

这是毛泽东同志在《纪念白求恩》原文中的一句话，时至今天看起来，依然让很多自以为是的那些人汗颜。抛开“有益于人民”的大高度，生活中没有脱离低级趣味的人也有不少。



    

    切‧格瓦拉(Che Guevara)


一者，修养差且情绪管控弱，喜欢道德绑架。修养，指的是心境平和，度量大，成熟稳重等，那些动不动就看不惯别人的人，自然没有这些修养。这也跟性格和认知有关。只要等他知道了，别人怎样他是影响不了的，他也不需要去管，或许他就淡定了。
二者，敏感好为人师，缺乏自知之明。一个成年人，一个孩童，都有独立于他人的世界、价值观念，有一些非亲非故的陌生人，偏偏喜欢动不动对你指手画脚，一副高高在上的长者姿态。这些像猴子一样的人还不自知，可笑之极。



一些好玩的命名风格
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000

Categories: 博客/语雀

码云 gitee 名字的由来的一种解析：后缀 ee 附于动词后，表示动作的受动者。与之相应，动作的施动者则由后缀 er/or 表示。gitee 的意思就是“使用 git 的群体”，你懂了吗？ 反正我是懂了！


于是有了我的 bioitee：
一群从事与爱好 Bio IT 的群体。你懂了吗？反正我懂了！



不提供账号注销等于耍流氓
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000

Categories: 博客/语雀

作为一个生信工程师，不知道大家平时是怎么管理和备份自己的一些流程和脚本？而我个人则比较喜欢用 git。



说到 git 代码托管，国外的 GitHub、GitLab 相信大家都已经很熟悉；国内比较知名的，除了码云，CODING 应该也算得上一个。在最开始的前几年，甚至到 2017、2018 年，Coding.net 代码托管平台的用户体验都还挺不错的，但 2019 年和腾讯云开发者平台合并后，就开始变得越来越鸡肋了，合并后虽然说是不限存储不限项目提供代码托管。
CODING 个人版有几点不太友好的体检经历：


在同一个产品中过多的嵌套 coding.net 和 dev.tencent.com 两个域名的链接跳转，用着用着就让人有一种分不清楚这个到底是原来的 CODING 还是腾讯云开发者平台！


CODING 个人版个人主页，公开的项目却显示的是仓库名称！这样，在仓库中设置项目名称的意义是什么？




注销账号， CODING 只提供账号锁定功能！！！

《电信和互联网用户个人信息保护规定》（工业和信息化部令第 24 号）第九款第四款规定：“电信业务经营者、互联网信息服务提供者在用户终止使用电信服务或者互联网信息服务后，应当停止对用户个人信息的收集和使用，并为用户提供注销号码或账号的服务。”

最后只想说，如果不是出于墙内网络的考虑，很多人应该都会选择 Github、Gitlab 的代码托管服务。当然，或许也有些人出于对  Github 账户/开源项目是否会受到美国出口管理条例管制的担心，或者追求更高的速度体验，而转向国内的代码托管服务。
对于国内代码托管服务，开源中国旗下的 Gitee 应该是目前做的最好的，但对 git 空间和单个仓库都有一定限制。反观那些不限空间、不限项目的后来者，CODING 也好，腾讯云开发者平台也罢，用户体验不好，产品不过关，再多的免费空间也是白搭吧！
不管怎么说，对于一些重要的生信分析流程脚本选择 git 进行管理个人觉得还是非常有必要的。你可以选择自建服务进行托管，也可以选择付费进行托管，重要的一点，如果你是土豪，就当我什么都没说。



五一喜与乐
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
从 2020 年初到 2021 年年初，将近整整一年，受疫情影响，大多数人基本都没怎么出行，好不容易等到了今年的五一黄金周，国内疫情好转，于是”报复性出游”出来了。


第一天，打球喝酒¶
第一天，哪都没去。早上带着娃，把公交地铁超市都兜了一圈。

下午，羽毛球。完了，万达小聚，吃饭喝酒聊天，好久没喝的这么开心了 😆😍

第二天，万田生态公园¶
增城的这个生态公园，面积是挺大的，人也不是很多，环境还算可以。不足的是树木有点小，可以乘凉的地方也少，太阳晒天气热的时候让人很抓狂，此外，打车极其非常不方便！！！
地方还算可以，但如果搭上一个喜欢抬杠像麻雀一样吱吱不停的人，真心大煞风景！
第三天，广医¶
阴雨开始，一早陪老婆去广医五院开始 B 超+血检，从早上折腾到下午 2 点多，身心俱疲。整个五一假期最心塞的一天！！！
第四天，爬山打球¶
老婆一直叨念不休的火炉山之行终于成行。一路上吃吃玩玩走走停停，总算波澜不惊。天气阴晴，空气极好，路上人也不多。虽大多数时间抱着娃拾阶而上，体力相比上一次公司团建好上不少。

最后，虽然没吃上老婆最喜欢的羊排（一般秋冬季才有的吃），但烧鸡和开胃的酸萝卜也是蛮好吃的。
傍晚，晚来风急，一场昏天黑地的暴雨差点把既定的羽毛球活动给泡汤掉！球馆 PK，2:1 赢下了一场挑战赛，让人倍感开心和振奋！
第五天，充电休息¶
最后一天，回归充电学习，明天又是新的一天！
总的来说，今年的五一过的还算满意。五天的假期，时间说长不长说短不短，没有给高速公路添堵，没有挥霍浪费。难得的是，一家三口终于可以开开心心的出去走了几圈，老妈子也如愿以偿出去串了一下亲戚，波澜不惊，岁月安好。
平淡，简单，最好！



你若安好便是晴天
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000

Categories: 博客/语雀

这是一篇发布于 语雀·随笔与乱弹 的笔记，本文章已经更新。



昨天，7 月 7 日，挺顺口的一个日子。公司体检和家里小孩子咳嗽感冒撞到了一起。
关于体检¶
从早 7 点开始，从公司集合到体检地点，从领号、报到取表、开始体检到体检结束，3 个半小时的折腾好不容易把今年的这一次身体小检查给完成了。总结起来就是：

人多。从早八点半到爱康国宾（广州天河体检分院），再到拿到号，前面已经熙熙攘攘排了 100 多号人，而窗口叫号取体检表的人工服务通道就只有 3 个。
服务一般。窗口叫号取表和自助机刷身份证取表都是一样的，但是在服务指引上，工作人员的答复只有：等叫号办理取表。

关于感冒¶
儿科医生不足，在现在各大医院都很常见。在广州绝大部分的医院，不管是三甲还是二甲，基本上都要提前预约，或者预约当天号。
关于周末就医，还有一个问题就是很多医院，不管是三甲还是二甲，周末都不上班！例如距离我们家里最近的岭南医院（三甲）周六下午、周日都是不上班的。
这是我们第一次试图通过微信公众号预约广州医科大学第五附属医院，有很大的一个体验就是在 “广医五院” 的微信公众号进行预约时 “必须要先去医院办理诊疗卡，使用诊疗卡号才能在线预约”。这对于第一次想预约看病的人而言，体验很不友好！
从出生起，这一次也算是家里小孩第一次感冒的经历，在医院候诊遇到的各个奶爸宝妈、各种囧事锁事也算是另外一种体验吧！



公众号与语雀
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
首先，公众号发表后的文章是不支持大幅度和多次的修改的，作为技术类的很多文章，我希望我的文章能被修改，因为文章会有错误，也会需要时常更新。
第二，我希望我的文章能归档起来，方便检索。


出于以上考虑，我想把个人公众号的文章在语雀做一个归档，这就引发了一个问题：我是用存量的知识小组，还是用现在的知识库，还是用语雀空间？还是新创建一个语雀账号？

存量的知识小组，不支持插入本地视频！
语雀空间，子一级目录不能修改名称，还非得要登陆才能看！

创建一个语雀账号就有点把工作复杂化，这样一看来用现有的语雀知识库貌似是一个最好的选择。出于把个人知识笔记跟公众号分隔开的最初目录，对个人账号下新建一个知识库用于公众号文章归档这样的做法总感觉有点事与愿违，总感觉有点别扭，总觉得哪里不对劲。
心里总觉得语雀空间是理想的，现实告诉你个人知识库才是合适的，隐约有点理想被现实打脸的的错觉。
语雀空间作为团队、公司使用，总有一些提供给其他客户或者用户的对外公开文档吧，这些文档用户不需要登录可以直接查看也是合情合理（而且语雀空间貌似也有这样的设置项，但作为一个语雀个人长期用户，居然也搞不清楚具体要怎么设置——是需要先在空间管理设置，然后再去具体知识库设置？）    

      
后来才折腾明白 ——

📢 设置互联网所有人可以访问是语雀的付费权益！！！


如果知识库设置了公开到互联网可见，外部未注册的人拿到分享链接也可以查看。



如果想要对外分享整个公开的知识库，在知识库首页右上角可以分享。

      
好吧，算是折腾明白了！
最后就剩一个问题了——个人用户已经开通了超级会员，囊中羞涩已经折腾不起付费的空间了。
所以，写到最后，归根结底，还是 “钱” 的问题 😕😵🤑



写作与初衷
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
关于写作原本的想法，只是想写点自己在学习、工作、生活上的一些心得和体会，把一些知识点记录下来。



留言的初衷是，希望自己写下来的东西能够有人一起探讨。哪怕你把我的观点批评得一无是处也可以，哪怕你说我的句子狗屁不通也没关系，只要有评判，我相信总有一天我会变得更好。
关于部分平台商业化的写作，只说两点：

商业化已经改变了写作的初衷。
当写文章变成盈利的手段，那么，写出来的东西是没有灵魂的。




动了谁的奶酪
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
活在自媒体时代，每个人都在利用各种平台打造个人品牌，几乎每个人都在会选择微信公众号。流量为王的今天，粉丝就是一切，是动不得的奶酪。


个人觉得，不管任何平台，任何讨论组，个人宣传自己的文章都是可以被接受的，只要这些文章不是广告，只要不是恶意刷屏，只要没有明确的规则说禁止分享第三方的链接文章。
一亩三分地内，如果真的动了你的奶酪，如果在你看来这就是广告，在没有任何沟通的情况下直接踢人，个人觉得这是极其野蛮的做法。
现在的公众号都不容易，尤其是个人运营的公众号。奔着分享和交流学习的初心，内容至上，应该才是正道。
今天在某交流群分享了一篇转载的 R 语言文章，没有任何沟通情况下直接被踢，有点想法，唠叨几句。



只要能坚持下来就是好博客
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000

Categories: 博客/语雀

写博客、记录文字是一个好的习惯，相信很多人的初心都是很美好的。但是能真正坚持下来的，或许没有多少。

记得最早接触博客和云笔记，还是在大学刚毕业后，真正意义上开始使用编程语言学习项目分析的那段时间。作为一个菜鸟，在接受团队技术分享、在培训过程中接触到了各种各样的知识，出于知识梳理、快速查找原始需求，开始接触使用有道云笔记和印象笔记。但是让人失望的是，那时候的有道云和印象笔记都不支持代码插入，而且 UI  界面很 low，这对一个经常与代码打交道的人来说体验时非常糟糕的。
2014 年，YouDao + cnblogs¶
作为一个清爽、简洁、无广告的纯技术分享平台，博客园似乎是最好的。在博客园趟了趟水，稀稀拉拉写了几篇文章，那时候对文章的理解其实就是自己对一些经常使用知识的体会。使用了几个月，发现了几个问题：

博客园的定位是 IT 技术的分享平台，作为一个生信人而言，没太多共鸣。
平时工作中的记录大多数记录在有道云或者印象笔记，发表到博客园，需要再次排版整理，很麻烦。那时候虽然可以使用 Windows Live Writer，但无法做到随手编辑。

2015 年，oschina + wiznote¶
2015 年的开源中国的博客系统长的也并不好看，而且自定义支持也不好。现如今开源中国的博客系统经过改版后已经清爽了很多，但在浏览过程中头部的广告却让人很是不爽。
同年，接触到为知笔记，这是一款非常优秀的国产笔记。从功能和界面上来说，它可以说是国产笔记中做的最好的，各种插件能满足你日常工作和生活 99% 的需求。曾经在很长一段时间内，它一直是我作为个人知识管理最理想的工具之一。但有几个方面，仍有待完善：

万年不变的 web 端。为知笔记的 web 端很不好看，体验也很差，不支持 markdown 预览编辑模式。
建议反馈响应慢。为知笔记使用贴吧作为问题反馈平台，很多建议无法得到及时的响应。尤其是 web 端的问题，从 2015 到 2018 年一点变化都没有。
到了 2019 年 7 月，好奇心作祟回去看了一眼，居然发现为知笔记更新了一个 beta 版的 web 端，颜值还算可以，但列表栏自由宽度调整、主题、字体定义等还不够完善，md 在线编辑依然不支持！

2017 年，jekyll + leanote¶
jekyll 和 hexo 是一个功能强大的博客系统，所有人都可以利用免费代码托管平台部署属于自己的 jekyll 与 hexo 博客，如 github pages，coding pages 和 gitee pages。这种博客模式可以让用户更加关注写作，而不需要把大量的时候花费在界面样式的调整上。不可否认的是，基于 jekyll/hexo 的博客系统，在部署和自定义特定功能上是需要一定的前端或者后端技术作为支持的。
Leanote 的体验是非常好的，尤其是它附带的博客系统具有非常自由的可定制性，这一点也是最吸引我的地方。不足的是：

相比为知笔记的明文保存，Leanote 本地二进制的笔记保存方式很不利用笔记的迁移；
开发、维护人员不足，很多 github issues 都没有响应；
用户小众，更新及其缓慢。从 2019 年起基本没有任何的更新，很担心哪一天就跑路了。

2019 年，语雀：专业的云端知识库¶
2019 年，发现了语雀，被友好的编辑体验吸引，加上蚂蚁金服的加持，于是开始把所有积累的文档迁移了上来。希望能基于这样一个专注于知识的平台能越来越好。
总的来说，在坚持博客的道路上，有访问量的困惑，有不断追求其他一些博客简洁清爽页面样式的影响，有文字编辑时的体验需求，也有随着自媒体日趋发达多平台文章同步的需要，甚至博文多了网页加载的速度瓶颈等等，都会造成不断的更换博客的托管和部署平台，这对于很多喜欢折腾的人来说这应该是非常正常的一个事情。不管是 Github Pages，还是  WorldPress、Gitee Pages 这些托管平台，或者是对 Hexo、Jekyll、Hugo 搭建方式的选择，都足以让你眼花缭乱。
从根本上而言，博客的本质是记录，是与自己、他人的内心对话。对话是记录的延伸。产生对话，需要传播，需要消息机制。博客就三个关键词：记录、传播、对话。
所以，不管选择哪一种方式，只要能坚持下来就是好博客，专注才是硬道理，内容才是王道。
我个人的大部分文档目前都保存在语雀，部分公开文档也和本人托管在 Gihub 的 Jekyll 博客进行了自动同步，有兴趣的可以关注交流一下！

语雀：https://www.yuque.com/shenweiyan
博客：https://weiyan.cc

后记¶
今天看到几个使用 github issues 安家博客的人，看着底下一个个的评论，感觉很有意思，分享一下：

《个人博客，最终选择》：https://github.com/atian25/blog/issues/07.md
《博客是什么》：https://github.com/lifesinger/blog/issues/123




吐槽一下公众号的那些事
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
微信公众号一直标榜 “再小的个体，也有自己的品牌”，这个也许是微信公众号上线的初衷。然而，有人的地方就有江湖，这个曾经看起来是个非常美好的事情，发展到现在，似乎也不见得那么十全十美。



抛开一些大的槽点，今天要实锤几个公众号碰到的事情。


很多公众号为了阅读量，也有一些是出于专项问题处理，都创建了自己的讨论群，在讨论群明确规定不能发广告，可以理解；但是对转发其他公众号的非广告类文章却如临大敌，动不动踢人，自己却天天发本公众号的各种推文，着实有点小家子气！


对于一些从博客转载过来的文章，有一些公众号时不时玩小把戏，把转载声明藏到不起眼的文末；或者干脆迷迷糊糊的说什么文章来源于网络；甚至不做任何标注！如果文章的确是基于网络各种资料自己整理总结而来，还可以理解一下，如果的确有类似原文，却模糊化原创，这样的做法的确不可取。


最可恨的是，把一些未经原作者授权的文章标记为原创的侵权行为！前几天刚遇到类似的情况，本来已经跟原作者沟通过转载的事宜，却在转载那一刻发现被其他公众号把该文章标注为原创剽窃了过去，搞得所有想要转载该文章的人都要联系公众号开放白名单，真实可恨！欣慰的是，最后通过微信投诉成功，标记为原创的文章删稿。




关于写文章挣钱，不多说，摘录几点酷壳网陈浩老师的原话！


首先，如果你觉得在微信公众号上写技术文章是可以挣钱的，那么恐怕你搞错了，营销文是可以的，技术文章还是比较难的。
当然，你要挣点小钱是可以有的，但是，你需要写软文中植入广告，或是消费热点主题，比如前段时间的魏则西事件，有的公众号被打赏了一些钱。
老实说，这对我来说完全无感，因为，我的逻辑是这样的：我觉得一个人有一定的影响力，其中有很大一部份原因来自他的独立性，如果我开始写软文了，相当于我把自己卖了。
所以，我现在从来不通过写文章挣钱，因为我会写代码，我还是通过我的技能挣钱，通过给一些公司做咨询、培训、企业服务挣钱，老实说，靠自己的能力挣钱，比写文章挣钱挣得多多了，因为我觉得，像我写的这类的文章本来就是用来分享和传播的，不是用来挣钱的。写文章的目的是分享和影响，不是挣钱。



私以为对于文章转载，标明原出处和作者是对文章和作者的一个基本尊重，不要找理由说找不到原作者。我从来没有见过有人靠抄袭和盗用别人文章而成功的，无非就是收获几个赞罢了。


商业化已经改变了很多人写作的初衷。


分享是一种态度，不仅仅是停留在嘴上。


有的人认认真真花时间写了好的文章，不管付费打赏，还是点赞支持，都无可厚非。


如果你的文章对读者有用，何必担心自己的粉丝被人家带跑，圈个墙也不见得能增加几个阅读量，开放的心态总比整天的提防要好。


如果你是奔着钱去的，当我什么都没说。


最后，借用思考问题的熊赵老师的一句话，希望自己在学习工作生活中尽心尽力有所收获，于人于己问心无愧。



吐槽一下微信公众号的赞赏号
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
2018 年 6 月 6 号起，公众号每以同一作者名发表 3 篇或 3 篇以上的原创文章，即可创建一个赞赏账户，用于赞赏收款。同一公众号最多可以邀请开通 3 个赞赏账户。关于赞赏账户的创建和流程不多说，公众号平台官网的《公众平台赞赏和喜欢作者功能介绍》上面有很详细的介绍，有两点值得注意。


创建赞赏账户需要实名认证，实名信息需要填写作者真实的姓名、身份证号码（实名信息不会对外展示），且需与当前操作的个人微信实名信息一致，提交后实名信息不支持修改，每个人（以身份证统计）只能开通一个赞赏账户。
在“赞赏账户”小程序的管理端，点击名字 - “我的信息” - 名字，就可以进入改名流程。但是，请注意，跟微信号一样，每个赞赏帐号只有一次修改名字的机会，因此，再修改赞赏账户名称前请您慎重考虑！
其实，微信公众号赞赏号比较坑爹的地方也就在这里。一是一个身份证只能开通一个赞赏账户；二是跟微信号一样，只有一次修改名字的机会。第二点想必大家会很熟悉，但是对于第一点还有一个非常隐藏的坑。
就是，赞赏账户一旦创建，就无法关闭，也无法注销。至少目前是没办法注销和关闭的。就算你把你的微信号注销掉，已经创建的赞赏账号依然无法关闭和注销。
个人觉得，这其实是一个非常恶心的做法。原微信号申请注销不能用了，在新注册的微信号中，原赞赏账户不但无法移交，也不能注销，还占用了本人身份证信息，以至于新的微信号即不能创建新的赞赏账户，也不能沿用原来的赞赏账户。
我在《不提供账号注销等于耍流氓》中聊到过，在腾讯云开发者平台合并后的 CODING 代码管理平台也是不提供账号注销的功能。不知道这是腾讯一贯以来的作风，还是技术原因。
最后，贴个啪啪打脸的信息保护规定和上个图镇楼。顺便问一句，对于腾讯系的产品，大家都是怎么看的呢？
《电信和互联网用户个人信息保护规定》（工业和信息化部令第 24 号）第九款第四款规定：“电信业务经营者、互联网信息服务提供者在用户终止使用电信服务或者互联网信息服务后，应当停止对用户个人信息的收集和使用，并为用户提供注销号码或账号的服务。”





域名碎碎念
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
最近总想着注册域名，折腾完域名又想这去折腾 Foxmail 和 QQ 邮箱，简直魔障了！



顶级域名¶
顶级域名中四个纯字母以内的 com/net/org 之类顶级域名基本都被注册完了，好一点的四个字母的域名，如 top 虽然没有注册，但每年 4000 多大洋（白金域名），对于个人来说，真是望而却步！
BIO¶
看上一个 bio 的域名，但即使普通的 bio 域名，续费也要将近 400 大洋/年，真是搞不懂了，为什么这个域名会这么贵！

.bio 这个域名可以代表“生物”或“生物学”。






婚姻修养
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000

Categories: 博客/语雀

婚姻是一种修行，体现了个人的素质和修养；婚姻是否平静、长久，取决于双方或其中一方的修养程度，这种修养，不是指文化修养，而是指婚姻修养——当然，文化修养必不可少，却不是决定性的——所谓的婚姻修养，是指一个人对于自身和他人欲望、心理的认识程度，反省能力，特别是自我调整和适应能力。



婚姻修养好的人，善于控制自身的欲望，对人性，对自己，特别是爱人的心理、为人有不同程度的了解，情绪稳定，知足常乐，适应生活、爱人和婚姻的能力强。
与此相对应，不少人的婚姻修养相对较差，有如下几个表现：
第一，不容易满足。比如，有些女人，明明过得不差，却喜欢和周围的家庭（比如亲朋好友，尤其是闺蜜）进行地位和经济上的对比，比不上人家，就心生不满，意有不足，嫌弃自家男人不如别人家的男人能干；有些女人，虽然自家男人不错，但女人觉得自己够性感够漂亮，本该嫁个更有钱、有地位的男人才对。有些男人则习惯于拿别人的老婆来比对，觉得自己老婆土气，不够时髦，不够有魅力，甚至不新鲜，等等。这些不满和不足，通常是出轨的诱因，为婚姻破裂埋下了根由。
第二，偏执倾向明显。有些人经历过初恋，感觉刻骨铭心，惯于以初恋为参照系来衡量以后的感情，如果今后的感情不能重复初恋的美好，就心有缺憾。有些人经历过最好的异性，恋恋不舍，经常把他们当作择偶的标准。还有不少人脱离实际，在心里塑造了一个理想而完美的女神或男神形象（或性感或清纯的女人，或者花样美男、猛男、幽默风趣的才子）……这类人，比较自恋，具有不切合实际的完美主义倾向，婚后的感情和配偶如果和内心的期待、标准有差距，往往心有不足，落下心结，郁郁寡欢。有一种男人，有处女情结，和非处女的女人结婚后，很难投入感情，也很难爱上对方。还有一些人，遇不到自己爱的人，或者爱自己的人，宁可不结婚……这些都属于情感和婚姻上的偏执症状，对感情、婚姻和爱人都有很深的偏见和成见，难以消除。
第三，适应能力差。本来，婚姻就是一种既来之则安之的事情，不管遇到谁，只要走向了婚姻，就应该学会接受并习惯；但有些人，在婚姻和情感上具有很大的排他性，通常只喜欢某一种人或某一类人，只看得上他们，和他们说得来，合得来，也乐于投入感情，除此之外，他们对其他类型的异性几乎不来电，也没有感觉，爱理不理，很难沟通，更难喜欢上、爱上——如果婚后的配偶凑巧不是自己所喜欢的类型，这些人就很容易和配偶发生口角或冷战。在生活中，夫妻发生口角时，也不善于排解，只会积郁在内心，习惯于生闷气，很容易造成夫妻之间的交流障碍。不善于改变自己和配偶，以便让自己的婚姻和配偶变得更好。总之，他们的婚姻适应能力很差，不懂得如何调整自己，既不善于适应其他种类的异性，更不善于适应婚姻生活。
第四，反省能力不够。婚姻，意味着现状，只要你接受了现状，你就得学会接受配偶，适应婚姻，而适应婚姻的关键在于反省能力。一个人婚后有这样那样的不满，通常和自身的欲求有关，有些人对于配偶和婚姻的欲求过高，总认为自己应该和更好的人结婚，有更好的家庭，并且不知道修正、调整对于婚姻和配偶的期望值，也不知道放下过高的标准，排遣并清理内心的心结，导致自身长期处于对婚姻和配偶不满的状态。还有些人喜欢才子或佳人，配偶却不是，难免心怀不足，却不知道才子稀罕，佳人难得。有些人以初恋为情感的标准，却不明白一个人终其一生初恋只有一次，并且不可复制。有些人生活在幻想之中，虽然自身的相貌和各方面条件平平，却渴望遇上一个完美无缺的白马王子，拥有一段风花雪月的圆满爱情，明明不切合实际，然而始终难以放下这种幻想。有些人只渴望别人来疼，来爱，却不知道情感上也没有免费的午餐，只有付出才有收获。有些人的老婆或丈夫其实很不错了，但这些人这山望着那山高，总认为老婆或丈夫是别人家的好，始终不知道满足。
我在网络上帮人疏导，经常感到不少人对婚姻和人性的认识存在着偏见和误区，我想，这也就是为什么他们对婚姻有这么多疑惑和不解的原因，也是他们婚姻不幸的原因吧——非得遇上自己“喜欢”“爱”“有感觉”“来电”的才结婚，并且这些喜欢、爱、来电和感觉，往往都建立在对于情感和爱人偏执、成见甚至幻想的基础上，世界上哪有那么多的好事？可以想象，如果一个人预设一个标准，只“喜欢”某一类型的异性，那么，他（她）将失去很多的机会；实际上，“喜欢”带有很大的主观性，类似于人的口味，喜欢吃清淡的人，后来也可以喜欢上麻辣，对不对？如果你坚持你的清淡，你错过的将不仅仅是一道水煮鱼，而将错过整个川菜。
例如，有个女人明明遇到一个很好的男人，但仅仅因为这个男人不是她喜欢的版型——这个女人喜欢韩版的花样美男，皮肤白皙，腿长脸瘦，长相清秀——就放弃了；对另一半的偏见和成见如此之深，让我觉得这个女人根本就是一个幼稚的人，婚姻修养远远不够，尤其是婚姻适应能力极差，并不适合结婚。
《增广贤文》中说：“一日夫妻，百世姻缘。百世修来同船渡，千世修来共枕眠。”婚姻这些大学，更多需要夫妻双方相互理解、包容、扶持，才能长久经营，白头到老！



心灵鸡汤
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
现如今生活压力和成本越来越大，各种焦虑充斥，于是有了各种的心灵鸡汤，Chicken Soup。


三观正，内容积极的鸡汤偶尔看看未尝不可，但是每个人的经历不同，对鸡汤的解读也不一样。有一些你觉得很对你口味，可以让你瞬间能量满满的鸡汤，在别人眼里可能恰恰成了对他(她)含沙射影的矛头。
所以，心灵的鸡汤，有空的时候可以看一看，权当调节一下情绪。但是，请记住不要在公众场合轻易去转发，尤其是微信、朋友圈之类的社交平台。



心目中完美的知识管理工具
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
最近对于笔记和博客，内心又开始有点躁动了——语雀、Obsidian、Notion 是我最爱三个候选，有时候一直在它们之间摇摆不定。


V2EX 上《有没有一种知识管理工具，满足这些特性？》中作者列一些他心目中完美的知识管理工具，有一些共鸣：

树状结构，代表了自己的知识体系。
标签 tag，可以从不同的角度，组织自己的知识，作为树状知识体系的重要补充。
Markdown，编辑起来够方便，节约时间到知识管理上。
本地加解密，多端同步，既有不同客户端的同步便利，又有明文数据只存储在本地的安全。
笔记+博客，既可以满足私密的记录，又可以满足公开内容的分享和归档。
精准搜索，方便从几百上千笔记定位到想要的记录。

语雀很好，但非明文的数据存储总让我如履薄冰，另外一边 Obsidian/Notion 也还没有强大到让我立马转移阵地的欲望。
Mark 一下¶
看了一些工具，感觉还不错，先 Mark 一下，后续有需要可以研究一下。

Obsidian + Quartz Publish Web HomePage（Eg. https://notes.abser.top/）
NotionNext-快速免费搭建网站 | Tangly Blog
用 notion 搭建的博客上线，硬加一波友联 - V2EX




战地之王
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
作为战地之王《A.V.A》这一款游戏超过 10 年的老玩家，从国服于 2019 年 9 月 25 日 11:00:00 正式停止运营，到 2020 年开始进入台服，一直玩到现在，平淡无奇的生活也总能多了一点乐趣。









手续费和年利率
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
相信很多人在使用信用卡刷卡之后，都会收到银行的热心短信甚至是电话，提醒用户可以使用分期还款的服务。而银行给出的理由是，分期有很多好处，比如可以延长信用卡的还款期，减轻短期资金压力，避免造成信用卡逾期等等。



但是实际上银行也是无利不起早，如此热心肠的建议用户选择分期还款，显然没安好心。那么信用卡分期还款，对于银行来说究竟有什么好处呢?其实很简单，用户分期还款可以为银行带来收益，而最后还款日之前全额还款，银行从用户身上赚不到一毛钱。

从银行的角度来说，大力推广信用卡业务，最终还是为了实现盈利。而如果大部分的信用卡用户，都正常刷卡消费，按时还款，不超额不取现，也没有分期还款，一切都循规蹈矩，那么其中就不会产生任何费用，银行就真得成了慈善机构了。
因为用户从信用卡透支的资金额度，这些借出去的钱对于银行来说，是在不停产生利息费用的，如果不能从信用卡用户身上赚钱，那么银行实际上是在亏损的；除此之外，还要算上银行信用卡业务部门的运营费用等等，恐怕都是一笔不小的开支。
所以银行会想尽一切办法从信用卡用户身上获得收益，目前信用卡产生收益的途径，除了分期还款的手续费，还有信用卡提现手续费、信用卡年费、逾期利息和滞纳金。逾期产生的收益对于银行来说存在一定的风险，而年费和提现手续费的收入显然是非常有限的，因此分期还款收益，就成为了银行信用卡业务的最重要利润点。
错误的年利率计算¶
大多数银行信用卡账单分期，手续费约为 0.6%。一般人认为年利率也就是 0.6%*12=7.2%，乍一看不算高。以某银行信用卡 12000 元分 12 期为例，我们来看看信用卡分期手续费率到底有多高。

每期（月）应还款的金额：本金为 12000/12=1000 元，手续费为 72。
每月实际还款数：1000+120000.6%=1072，那么 12 期下来总共的利息就是 7212=864，银行所谓的年息(年利率)也就是 864÷12000=7.2％。

但是这样的计算方式是有问题的。这其中最重要的一点就是，持卡人并非一直欠银行 12000 元，而是随着每月的还款，资金占用是一直在降低的。最后一个月时，持卡人实际上只欠银行 1000 ，但是仍然要按照 12000 的全额的 0.6% 还手续费，仍须归还 1072 元。
正确的年化利率计算¶
假设贷款总额为 m，共分期 n 期，每期手续费 a%，实际年化利率为 b%。实际年化利率计算如下：

从最后一期到第一期，每期实际占用银行资金为 1m/n、2m/n、……、nm/n，共 n 期；
则总占用银行资金（以月为单位）为 m/n + 2m/n + …… + nm/n，为 (1+2+ …… +n)m/n，简单的数列求和，化简后为 (n+1)m/2；
n 期共还银行利息为 ma%n；
实际年化利率 b% = amn%/m(n+1) /2 /12，化简后为 b = 24 _ a _ n / (n+1)；

所以实际年化利率是：24 _ 每期手续费 a% _ 分期 n 期/(n+1) ；拿银行常见分期手续费每期 0.6% 来算，实际年利率：

3 期为： 24 _ 0.6 _ 3 / 4 = 10.8%；
6 期为： 24 _ 0.6 _ 6 / 7 = 12.34%；
12 期为：24 _ 0.6 _ 12 / 13 = 13.29%；
24 期为：24 _ 0.6 _ 24 / 25 = 13.82%；

所以银行总是想办法让顾客分期，最少的 3 期分期，实际年化利率也要在 10% 以上。当然，大多数情况下，信用卡用户在有能力全额还款的情况下，都不会选择分期还款，但是也有一部分用户即使还得起，也禁不住银行的三言两语，认为反正银行的钱，不欠白不欠，反正也没有多少手续费，这种想法显然是大错特错了。
息率和费率区别¶

对于消费者，每个月还给银行的钱是不是都一样，如果不一样，哪个更划算？

参考资料¶

银行利率小编，《银行贷款利息的把戏：你知道真正的银行贷款年化利率是多少吗？》，银行信息港
Quinn，《信用卡分期的实际利息是多少？具体怎么计算？》，知乎




搜狗拼音输入法
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
这是关于输入法的第二篇乱弹笔记。专门聊一下我和搜狗输入法的那些事情~    



收藏的皮肤¶
各大输入法的皮肤都很多，眼花缭乱。
个人比较喜欢搜狗输入法的一款皮肤：【鹿】四君子-兰 - 搜狗输入法 - 搜狗皮肤，简洁，最重要的是纵向排列形 的状态栏不会把 Windows 的任务栏挡住！
参考：https://pinyin.sogou.com/images/help/s_mkskin/makeskin(s).pdf    



皮肤无法解压¶
搜狗官网下载的皮肤基本都是没法用压缩软件打开的，具体原因参考《搜狗输入法 .ssf 格式皮肤无法解压的原因 | Linux 区》。

本来想给 Manjaro 的 fcitx 搜狗拼音多安装一些皮肤，结果发现从搜狗官方下载的大部分皮肤并不能如其所说修改为 zip 格式之后就可以用压缩软件打开。
后来探索发现原来是因为“.ssf”皮肤还有一种 Flash 格式的，搜狗官方说“为了防止作者辛苦制作的 Flash 被盗用，维护作者权利，不允许对官方审核通过的 Flash 皮肤进行解压缩和编辑。”真没想到 Flash 这种优秀的闭源软件能够通过这种方式生存下去，而且还被用之于反抄袭反侵权，心里莫名感动了一下。
再后来又发现，不能解压的 .ssf 皮肤不一定是 Flash 格式皮肤，就算普通 ssf 皮肤也受到了版权保护，有人在搜狗论坛上给出了答案：“为了防止作者的作品被修改盗用，官网下载的都是加密的”。
通过加密的方式来防止修改盗用、保护劳动者的著作权，这简直是肥佬斯托曼 GNU 思想的“死敌”啊，不得不表示支持！

异常问题处理¶
之前在《输入法，哪一个才是我的菜？ · 语雀》提到过搜狗中文输入法在 MobaXterm 异常的问题，有待修复。
札记 | 2021




新冠那点事
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
距离 2022 年的圣诞也只剩下 4 天了 —— 2022 年的最后一个月是一个充满纷扰和闹心的灰色月！家庭永远是主旋律，只是有时候点点滴滴的琐事真是让人头大，身心俱疲。
其次就是新冠放开后的一些经历。


珍惜¶
从 12 月 1 日广州开始解封不用核酸开始，从核酸难、抢药（虽然自己没有加入抢药大军）备药、接种第四针、被羊群包围 ...... 的一堆经历算起，看着周围一个个的同事亲友先后加入羊群，自己一家人依然坚挺，相安无事，作为天选打工人，心底多少还有些侥幸的心理——该打球的时候一场不落，在做足预防情况下该出去玩还是继续出去 —— 只是暂时放弃了那些人多风险又大的场所。



羊群小记¶
记录一下感染后的一些感受。
2022 年 12 月 21 日，星期三，冬至前一天
醒来发现老妈咳嗽好几天今天愈发严重，于是老婆把奶奶和孩子的样本拿回去核酸检测 —— 奶奶阳了。真是应了那句话 ——“最终大家其实都会被感染的，就是感染的时间长或早还是晚而已。”之前一直想着如果感染了，其实也没必要过分担心，就当普通感冒处理即可，但真到了那个点还是有点紧张。
2022 年 12 月 22 日，星期四，传统冬至
但不幸的是我们一家全阳了：老婆孩子从晚上开始发烧+咳嗽，我也在咳但症状相对轻一些。于是给媳妇和孩子湿毛巾敷头降温——

晚上睡觉总会惊醒——睡不踏实，小孩子每个 1、2 个小时就惊醒一次要起来喝水；
媳妇低烧，头痛，发冷，扁桃体发炎，还来 M；

2022 年 12 月 23 日，星期五
照顾着孩子折腾了大半夜，我迷迷糊糊的到了第二天，还能挣扎着勉强去上班，头晕，全身酸痛，发冷+发烧，虽然中午在公司做了一次核酸，但其实也心知肚明逃不掉了。。。整个人也还是没啥精神头，大部分时间就想躺着。反正今天正好周五了，等休整完这个周末再说吧。
到了晚上，实在扛不住头痛发烧头晕的滋味，吃了一片感康，才迷迷糊糊的睡去了。
2022 年 12 月 24 日，星期六，西方平安夜
周五在公司做的核酸结果出来了——正式加入羊群！
晚上不时惊醒+依然的怕冷，喉咙干+咳嗽+疼痛；白天虽然症状略好，但依旧有些许发烧头晕的感觉，也提不起什么精神，总想着躺下来休息。
相对前一天，喉咙的痰明显多了很多。
好吧，再来一片感康吧 😢
2022 年 12 月 25 日，星期天，圣诞
算起来，这是感染新冠的第三天了。
头痛发烧头晕的滋味终于是彻底消失了，喉咙干+咳嗽+痰多成了重点。
——从丈母娘那里要了个偏方：橘子肉上撒上少量的盐，蒸后吃——颇有效果。
2022 年 12 月 26 日，星期一
第四天。
依旧是喉咙干+咳嗽+痰多，但整个精神相对好很多了，明显感到好转。
2022 年 12 月 27 日，星期二
第五天。
偶尔的咳嗽，痰也少了很多，自行做了抗原，已经快要看到胜利的曙光了。

2022 年 12 月 28 日，星期三
第六天。
早上起来做了一次抗原，已经看到明显转阴！


——开始回去上班了。。。。。。
后话¶
虽说我也知道这个病毒有点狠，但是其传播范围和力度还是有点超乎自己的想象，几天时间就把全家老小都放倒了，实属匪夷所思。
大家还是要多多注意和防护吧，希望大家都能健健康康，我们都能尽早回归正常的生活。



沉默的大多数
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
一个人要有自己独立的思想，任何想将个人的思想凌驾于大众或迫使大众去遵从的都是不对的。



拿破仑说：一头狮子带领的一群羊可以打败一只羊带领的一群狮子。
在小区的业主群，群主却整天私推他个人合作的产品，霸占群主却毫无作为，不知道大家是什么感觉。
本来业主群就是一个团结广大业主，维护利益，促进交流的一个组织。当作为开发商、物业的服务性组织和业主群体出现利益冲突时，为争取广大业主的合法正当利益，很多时候都需要在这些群组织来集合众业主的力量，群策群力，努力去争取。比例小区停车收费，小区娱乐设施安全，环境卫生监督，......，等等，相信这一类事情上群体的意见总会比单个业主更有说服力，这时候，不管是信息传递公开，还是意见收集反馈，群主和群管理人员都是极其关键的。



清明节前，狂风暴雨时
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
距离 2022 年的清明节还有一周多的时间，时值星期五，而此刻窗外正大雨绵绵，人坐在办公室看着窗外人来人往，心中百感莫名。



最近的一段时间，工作上的事情乏陈可数，一切都按部就班，整天一股混吃等死的心态。

生活上越来越朝着问题叠着问题的常态化发展，大事没有小事不断。小区也在前几天刚经历了 3 天内两次被封的尴尬，第一次是在下午刚回到家就被告知整栋楼禁止出入，然后是核酸，第二天解封；第二次是周一刚起床想着去上班，到了楼下发现又被封掉了，到了九点多收到街道办通知解封。作为开放式小区，物业不作为，进出不管控，说封楼就封楼也没有任何官方文件通知，这样的物业难怪会被那么多租客业主骂。
 
关于工作，虽然每个人都很辛苦，但你又凭什么要求所有人都了解你的辛苦。关于生活，古语说：“辱不及父母，骂不及妻儿，纵言辞不敬，亦不失风度。”

有些事情，不必看的那么重，一场球的输赢不重要，有时候情商和宽心的话语可能更让人坦然，一些迟来才明白的道理，终归需要好好体会细品。

最近有些事情想的太多，有时候就是自己的一厢情愿。它就像一根救命稻草，横在你心里，让你还有念想，还心存侥幸！
胡言乱语的碎碎念无休无止，念念不忘的游戏跃然心头 —— 生活不休，至少还有游戏，还能写写文字。



热成狗
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
2023 年广州酷热的天气好像比以往都要更早一些，从 5 月中下旬气温就开始陡升，一直持续在 38° 左右 🌞🌞🌞
如此酷热的天气，让一切都变成了无精打采，就连写个文章记个小记都懒得动笔了；加上 5 月下旬又严重的病毒性感冒了两次，好不容易缓过来后，整个人感觉都要蔫掉了。



顶着酷热，参加了女儿在幼儿园的第一个六一儿童节亲子活动 🏃
顶着夕阳，陪着女儿开始轮滑从零到一的入门 🌞
夏天就这样悄然而至，我们就只想吹着空调，吃着冰镇西瓜，窝在家里，闻着花露水，穿着人字拖，晃悠，晃悠 。。。



电子产品魔怔
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
最近一段时间，对手机、耳机、笔记本、键盘......又开始有点走火入魔的感觉，总想着去逛闲鱼，刷 V2EX 的交易频道。作为一个家庭奶爸，奈何囊肿羞涩，也只能是看看。
发现几点有意思和诡异的事情。



2020 年 6 月 23 日，在华为商场入手了一台荣耀 20 PRO（8+128）才 2089 大洋，现在在荣耀商城（2020 年 11 月中，荣耀从华为拆分出售）反而需要 2699，而且没货！难道是因为 6.18 促销？




受美国制裁，感觉华为很多手机都处于缺货状态，甚至拆分出来后的荣耀很多手机也缺货。


3 月中，给老婆入手了一台 Redmi Note 9（8+128），发现 MINUI 在流畅度上跟华为的 EMUI 的确有一定差距，6000 毫安的电池居然比上一部荣耀 Play3 4000 毫安续航更差。第一次入手小米，体验略差。


Type-c 耳机有没有什么转接头可以插到 3.5mm 的手机耳机接口，发现目前貌似只有这一种的转接头，或者是 Type-c 转 USB 的！





对于手机，自己更愿意接受 2000 以内的，最多不超过 3000。更关心拍照好和长续航的表现。


上一部 iPhone 6S 用到最后，续航和信号都大打折扣，苹果好用是好用，贵！


对于耳机，半入耳最舒服，更喜欢长续航的蓝牙耳机，要求不高，了解不多，持续关注一下。





疫情下的广州
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
2021 年，从 5 月 21 号以来，新冠疫情开始在广州出现反弹并引起了广泛的关注。——广州本次疫情肇始于 5 月 21 日，广州荔湾区陆续出现确诊病例和无症状感染者，成为此次疫情复发的核心区域。



由于一直工作生活在黄埔区，对荔湾区、南沙区的新冠疫情也没有太大的关注。在 6 月 7 日前，遛娃、打球、逛逛万达，还是一切照旧，只是自觉的把活动范围缩小到了所在的小区附近。
到了 6 月 8 日，收到了通知，要严格公共文化旅游场所疫情防控，于是电影院、剧院、KTV、网吧都暂停了营业，各种吃饭的地方也开始限制堂食服务。  

    
最直观的影响是：

去楼下的肯德基，不能堂食了！
不可以去网吧玩自己最喜欢的游戏！
很多地方撤销了餐椅座位，像楼下的喜洋洋、旁边的肯德基、麦当劳等等！
孩子每天去的万达宝贝王、红孩子都暂停营业，现只能在家、楼下滑梯玩！

关于核酸检测，2021 年 6 月 4 日小区开始了第一轮全员核酸检测，由于缺乏排队经验+刚好是周五，从下班回到家 18 点开始排队折腾到 20 点以后才把一家 4 口的核酸搞完！


相比个人的辛苦，真心要感谢无私奉献帮助我们的广大医务工作者和那些志愿者们！
最后，想说一下的是端午节最后一天黄埔区联和社区临时通宵检测核酸！
事情缘由是小区附近的龙光峰景华庭、万科城科景路发现异常（具体什么情况众说纷纭，有人说是发现核酸阳性人员；有人说是密切接触者在其他区核酸检测阳性，出于安全考虑对原居住地封锁排查；......）。
后来才知道真实情况，其实是这样的：黄埔为何新增 2 个封闭重点场所？有病例发病前一周曾临时居住！联和街道管控区今开展第二轮核酸检测。


这是距离新冠战场最近的一次核酸排查，由于最早就看到了信息，一早就去楼下的核酸检测点排队去了。
本来通知的是 19 点开始，不知道什么原因一直等到差不多 19:40 左右才开始，而且这次的检测也由原来的 10 人一组调整为 5 人一组，所幸的是相比前两次，这一次临检增加了多个核酸的检测点，效率提升了很多！

关于广州的疫情反弹：


广东是疫情期间入境人数最多的省份，而境外输入是疫情传播的一个主要环境，恰恰很多境外游客的第一落地点广州，广东扛住了这大多数的风险。


广东疫情无症状感染者多，这些人往往不知道自己感染了病毒，但却有同样的传播能力，还有部分新增感染者曾隐瞒行程也让筛查难度加大，给疫情增添了难度。但是广东的防控一直做的很好，并且没有更进一步扩大传播范围。


专家研判分析认为，随着行之有效的聚集性疫情处置措施落实到位，本次广州疫情呈现阳性感染者逐渐减少的走势，疫情防控形势已经趋于缓和，在向着非常积极的方向发展，疫情处于可控状态，但不排除还会有散在病例发生的可能。


广东的防控一直做的很好，并且没有更进一步扩大传播范围。专家认为，广东疫情用不了多长时间，就会得到一个很好的控制。建议大家非必要不离穗，暂不外出旅游，减少疫情传播的风险，共同努力争取疫情早日结束。
感谢广大医务工作者和志愿者们，疫情期间不乱跑，减少出行，一起加油，一起努力！




笔记的那些事
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
这些年来笔记换的比较少——主要是从 2018 年以来，一直用语雀作为主力笔记懒得去折腾了。但是到了 2022 年，事情似乎出现了一些转变。



首先，是语雀的个人用户的话题知识库下线——并入了空间；
其次，语雀的问题反馈，由原来的公开可讨论转变成了类似私信一样的单向反馈；
第三，语雀 2022 年秋季知识库大会的会员收费风波！——语雀的定位改变为创作工具，而不在是内容社区，相应的新的付费策略，也会造成了免费用户无法继续用语雀作为自己的个人博客。这是最致命的一次信任危机。

语雀个人版新定价的细则和思考 - 境同
语雀个人定价调整的致歉 - 玉伯
如何看待语雀付费策略？ - 知乎

虽然个人的语雀付费已经到了 2037 年，但是随着越来越多的文档托管在了语雀，不支持批量 md 导出的确让人心生忧虑。

几经考虑之下，在开始 Plan B 前先明确一下个人使用云端笔记无非基于几点考虑：

同步方便，现在更加注重数据自己可控，最好笔记可以批量导出，或者直接本地保存；
同时支持私密、公开两种笔记模式；
支持 markdown 语法；
支持全文搜索；
最好支持 web 直接使用；
..............

现在 Obsidian 进行探索中，强悍的搜索，丰富的插件，算是吸引我的一个方面；如果不是官方提供的同步和发布插件价格相对贵了一些，或许早就从语雀开始往 Obsidian 进行迁移了吧！

Obsidian 也是书本式的文章结构，这一点跟语雀是一致的，但界面的设计和逻辑要比语雀要好太多太多了，退一万步来说语雀甚至可以参考一下 Obsidian 的一些界面设计！
Obsidian 结合一些插件使用，可谓事半功倍。

不得不说的一点体验。
使用语雀这么多年，转战其他笔记软件真是一件费心又纠结的事情——语雀的写作体验很好但界面逻辑和 UI 经常变，OBS 总体很完美但学习成本高。
作为知识沉淀和管理，更希望能做到开箱即用，免去各种折腾的时间让用者专注于文字的组织和写作，从这一点来说，或许可以再给语雀一点时间，如果依旧是失望和粗暴，再做 Plan B 迁移也来得及。
还是选择继续回到语雀，且看它接下来一年的表现吧！



精致
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
陆陆续续找回了一些失联许久老同学/朋友的联系方式。
打开他们的相册看曾经熟悉的面孔，感慨着那些没有被岁月这把杀猪刀蚀刻，不曾老去的容颜，脑海无缘由的就浮现出了这两个字。



精致可以指容颜，更多时候还可以指生活的精致。这就是让自己过得更有品味，更加开心、舒适。而一些隐藏在日常里的小事，足以让我们变得精致。
爱好独特、事业坚持、感情独立、居家讲究 ...... 可以说，追求精致生活是睿智的自然体现，注重低碳环保是一份博雅的情怀，更是一种静水深流的境界。
学会去发现身边的美，然后把它们整理好。
让自己有一种追求去做。



羽毛球
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
已经不记得自己最早接触羽毛球是什么时候了，但至少现在，它已经成为了我生命中最爱的运动之一。


初中的时候，学校的教师宿舍楼前刚好有一个露天羽毛球场——那应该是我第一次知道羽毛球这个运动，那时候偶尔看到有人在打也没有怎么太在意。
到了高中，尤其印象深刻的是一中游泳池旁边的那几个露天羽毛球场。由于寄宿住校，周末无聊的时候偶尔会约上同桌过来打上几场，那时候对羽毛球规则也不怎么了解，而且对于握拍基本也不得要领，更不要说步法、战术之类的，一切都是为了娱乐而娱乐。那个时候也不知道羽毛球还能双打，就只会一味的一对一在那里瞎挥拍。同桌那时候住在城区，家境比我好很多，见多识广的，前后吊球的打法经常把我打的上气不接下气——这一幕至今还历历在目。有时候遇上下雨，露天羽毛球馆用不了，球场的主席台有时候也能成为我们 “挥洒汗水” 的好去处。
到了大学，延续了高中时期的爱好（高二开始，毽子开始风靡校园，也是从那时候开始到高中生涯结束，毽子成为了我高中后半段生涯的最爱，并延续到了大学），为此还特意加入了学校的毽球社（虽然毽子在大学并不是那么的风靡，但也总能找到不少喜欢这项运动的同窗）。对于羽毛球大学时期见的最多的也还是室外的场地，也是在那时候才第一次知道羽毛球还有室内的场馆，但由于室内场馆不多（也就偶尔上体育课自由活动玩了几回）。
真正开始接触羽毛球是在华大实习的时候。主管领导们羽毛球都打的很好，于是提议部门组织经常打球，才真正开始接触并迷恋上这一项运动。有几点印象非常深刻。

第一次打球，不清楚大伙实力，私以为自己球技也能跟他们打上一打，没想到被啪啪啪打脸；
打球就要好好打，要有打球的态度，虽然我们技术是业余的，但至少装备是专业的——衣服、鞋子、拍子是必备。领导的这句话我到现在都还记得，并成为了我后面打球的一个标准。

由于当时华大是有工会，并且每周有两次内部员工的羽毛球组织，加上部门小组的组织，一路打过来让自己的球技不断的提升。
再后来，回到广州了。
值得庆幸的是把羽毛球的这项运动坚持了下来！而且兜兜转转认识了现在的这一群球友，从 2020 一直玩到今天，中间有一些球友小伙伴离开了这座城市却也有一些新认识的小伙伴加了进来。打球，吃饭，吹水，平淡无奇的生活平添了更多的人间烟火气息。
羽毛球是一项神奇的运动，也是一项比较烧钱的运动。人家说，没有一场球 (羽毛球) 是解决不了的，如果有那就再来一场。深以为然，羽毛球打多了会上瘾，打完了这一场总期待着下一场，有熟悉经常一起打的小伙伴更是一种幸福。从另外一方面说，羽毛球的衣服、拍子、鞋子、球都是比较烧钱的必需品，尤其是拍子和球。
个人最开始用的是胜利 CHA-9500C(挑战者 9500c) 这一款经典拍。


胜利羽毛球拍 9500 各版本区别
9500 一共有四款，也就是 9500C、9500D、9500F 和 9500S，这四个版本各有什么区别呢？

胜利 9500C 羽毛球拍和 9500D 羽毛球拍手感参数完全一致，只有涂装的不同！新涂装的 9500C，拍头涂装与 3 点 9 点与 9500 刚好相调换！其他地方几乎没有变化！
9500C 和 9500F 属于老款，相对来说中杆较粗，72 孔。
9500S 和 9500D 属于新款，中杆细，比较灵活，76 孔。
在胜利羽毛球拍 9500 中，9500D 和 9500S 是此系列里的最新款，相比 9500C 和 9500F 来说，中杆变的更细了，中杆更改为 6.8mm 纤细中杆，其他就是涂装上的改变了。


后来，用过一段时间时间尤尼克斯的 NR-D11（现在好像已经下架了）。

现在，用着这一个从 2021 年中从中羽 200 来块买来的尤尼克斯 AX69EX，太阳橙，3U，拉线 27 磅，95 线，打起来依旧杠杠！

如今，疫情远去，又到打球的好时机，以球会友，希望能越打越好，健康快乐。



肘关节骨折
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
小孩子玩蹦蹦床不小心把手摔伤了，X 光拍片后诊断为骨折，需要打石膏治疗处理，脑补一下已经远去的解剖学知识。


固定支架¶
关于骨折后的保守治疗是打石膏还是使用固定支架，可以参考这篇文章：
骨折后，保守治疗选择石膏固定，还是支具固定？

根据骨折的稳定程度决定，稳定性好的骨折，可以采取支具固定；需要手法复位后再固定的，或者容易发生移位的骨折，建议打石膏固定，但可以缩短石膏固定的时间。比如常规石膏固定一个半月，可以石膏固定 3 周后改成支具固定。


肘关节解剖图¶
肘关节（elbow joint）是由肱骨下端与桡骨上端构成的复关节，包括三个关节：
(1) 肱尺关节 （humeroulnar joint）：由肱骨滑车和尺骨滑车切迹构成。

(2) 肱桡关节（humeroradial joint）：由肱骨小头和桡骨关节凹构成。
(3) 桡尺近侧关节（proximal radioulnar joint）：由桡骨环状关节面和尺骨桡切迹构成。

上述 3 个关节包在一个关节囊内，肘关节囊前、后壁薄而松弛，两侧壁厚而紧张，并有韧带加强囊的后壁最薄弱，故常见桡、尺两骨向后脱位，移向肱骨的后上方。

人体全身骨骼挂图¶

骨折的一些基础知识¶
骨裂和骨折¶

按程度不同，骨折可以分为不全骨折（断裂一部分，没全断）和完全骨折（全部断了）。完全骨折又分为无移位骨折和有移位骨折。在很多人的认知中，不全骨折和无移位的完全骨折被归类为骨裂，但它们其实都是骨折。
骨裂往往由较小的暴力引起，没有明显移位，通常不需要手术治疗，只需要石膏、夹板、支具等外固定措施治疗就足够了。
来源：郭树章，人卫健康《骨折与骨裂有没有区别，骨裂是不是骨折？》

青枝骨折¶

青枝骨折多见于儿童，“青枝”两个是借用来的，在植物的青嫩枝条中，常常会见到折而不断的情况。儿童的骨骼中含有较多的有机物，外面包裹的骨外膜由特别的厚，因此在力学上就具有很好的弹性和韧性，不容易折断，遭受暴力发生骨折就会出现与植物青枝一样折而不断的情况，骨科医生就把这种特殊的骨折称之为青枝骨折。
由于青枝骨折时，骨骼虽“折”却仍然未“断”，因而一般都属于稳定骨折，通常是不需要手术治疗的。四肢骨的青枝骨折用石膏外固定治疗都有很好的效果。
来源：百度健康医典，《青枝骨折》

石膏后一些注意事项¶
青枝骨折常常发生在儿童，主要就是由于骨折之后骨折没有出现完全的断裂，就像植物的青嫩条枝一样，常常出现折而不断的情况，对于这种骨折一般积极的进行保守治疗就会得到很好的缓解。
需要积极的进行手法复位，然后进行石膏固定，一般固定的时间大约在 3-4 周。在进行石膏固定的时候，肢体要处于功能位。石膏固定之后要多注意休息 3-7 天，有利于骨折部位的固定和康复。
注意观察血液循环¶
因骨折或手术肢体肿胀，石膏弹性较差，肢体受到石膏压迫易出现循环障碍，所以石膏固定后患者及家属应严密观察石膏固定肢体末端(如手、足)的变化，如果肢体末端出现皮肤苍白、青紫或皮肤温度降低，应该及时返院复诊。


抬高患肢可促进血液回流，有利于消肿和缓解疼痛。适当地活动肢体末端，可以促进血液循环，缓解肿胀。同时，如果患肢出现麻木、疼痛加重、感觉减退、脉搏减弱等现象应及时复诊。


石膏固定期间，尽量减少出汗，生活在干燥、凉爽的环境中。石膏固定的肢体血液循环差，天气冷时要注意石膏固定部位保暖，以防冻伤。


别沾水¶
无论石膏支具是不是防水材料，都建议别沾水。因为，即便是防水的玻璃纤维材料，遇水多了也会可能影响其机械强度。更重要的是，水分一旦进入石膏和皮肤之间，就会引起各种不适，比如：瘙痒、有异味，而且很难再完全干燥。甚至还会出现：局部细菌感染、浸渍、溃疡、皮疹以及接触性皮炎等。
石膏过松及时更换¶
如出现石膏过松，应及时更换石膏。
没有被固定的部位适度活动¶
所有不能动的关节，医生已经使用石膏固定好了，你也动不了了。而那些可以活动的关节，骨科医生都会刻意的不固定，以方便患者活动。
比如脚踝扭伤，石膏一般都不会固定脚趾头和膝关节，这样患者可以通过活动脚趾头和膝关节来促进血液循环，并预防僵硬。
再比如，腕关节骨折，石膏一般不只固定手腕子，不会固定手指、胳膊肘和肩关节，这样就是为了让患者可以活动手指头、胳膊肘和肩关节。
需要立即去医院的情况¶
在医院用石膏、夹板、支具等固定后，一般医生会叮嘱一段时间后来复查，比如每周或每月。但是，如果出现以下 4 点，您可千万别等了，立即去医院吧：
（1）严重的肿胀疼痛，或肿胀疼痛逐渐加重；
（2）肢体远端（手指或足趾）无法活动，或者颜色、温度改变，比如变紫，发白，变冷等；
（3）出现了石膏松动、过紧、裂开或折断，石膏被浸湿且无法使之干燥；
（4）石膏下皮肤有溃疡或裂口。
参考资料¶

《打完石膏回家，要特别注意这 4 个细节》，玖玖骨科，微信公众号
《打了石膏想洗澡？如何保持石膏干燥》，骨科时间”，微信公众号
《骨折、骨裂傻傻分不清楚？一文教你区分！》，玖玖骨科，微信公众号
郭树章，《骨折与骨裂有没有区别，骨裂是不是骨折？》，人卫健康，微信公众号
《青枝骨折》，百度健康医典
张昶，《科普一下：骨折并不等于骨头断成两截！》，骨伤疼痛专家张昶博士，微信公众号
《儿童常见肘关节骨折》，玖玖骨科，微信公众号
《手把手教你看儿童肘关节骨折》，医学影像服务中心，微信公众号




语雀天使
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
从 2018 年开始接触语雀，一路走来把自己记过的各种文档都托管到了语雀，从原来的写给自己看方便自己查阅，到今天逐步面向大家公开交流，这是最大的变化。




一路走来，也折腾过语雀以外的很多笔记/在线文档平台，但最终还是选择了语雀。
只要能坚持下来就是好博客
语雀图片与七牛云之间的迁移同步
快速拥有自己的博客，语雀或许是不错的选择
到今天（2021 年 10 月 14 日）个人在语雀一共写了 700 多篇文档，400 多篇是公开的，300 多个关注者，很平淡的一些数据。
在 2021 年 9 月 26 日的语雀知识大会上收到了另外一个社会身份，叫首批语雀天使，成为了幸运的 1/15，算是对这些年默默码字的一个肯定。


今天，终于收到了官方送的礼物，上几张图~
 
未来不敢承诺什么，但至少还会坚持码码字，不管技术的还是生活，吐槽的还是失意的，若干年后当你回头看看你一路写过的东西，应该会有的心情吧。就好像你现在回去看看你当年 QQ 空间的日志一样，或许会有很多感触！
而且，最值得期待的语雀移动端 APP 在今年下半年也要出来了，你还有什么好犹豫呢？
和我一起，在语雀记录和沉淀你的点滴吧！



语雀目录的一些困惑
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000
语雀的目录应该是语雀的一大特色，像书本一样清晰明了的结构的确能解决一些问题，但是随着文档越来越多，使用起来感觉越来越臃肿——最起码会有目录编排的逻辑困惑（我应该怎么系统设置我的目录？）。


语雀知识库文档分类的纠结
还有的就是目录层级太多，上下滚动，或者在看某一篇文档时，有种不知道自己在哪里的错觉。不清楚整个目录的逻辑是什么样的。

所以，还是想要类似的一个目录，虽然觉得官方不可能会支持，但想想总是可以的。如果可以支持多种目录样式，这对于没有系统分类的人来说应该算一种福利吧。

回到现有目录结构，认真想一下，一旦你的知识库目录想好了（可能要花不少时间去思考：知识库核心是什么，放什么内容，按照什么标准来划分层级......），后面的书写就会很顺理成章。其实就是先想好大纲，理清思路，再进行写作。

对于现有的目录结构，更喜欢 Mybase 这种树形大纲、树形标签样式的。





输入法，哪一个才是我的菜？
shenweiyan — Sat, 30 Apr 2022 00:00:00 +0000

Categories: 博客/语雀

记录一下这些年来在电脑上使用的输入法的一些感受，以前在 Win10 使用自带微软拼音输入法倒也没发现什么问题，后来办公的 PC 变成了 Win7，强迫症作祟开始各种倒腾和记录。


20220112，修复¶
搜狗输入法（PC）对用户的反馈的问题还是比较重视的，终于把这一个问题给修复了。


20211018，删除操作¶
试了一下搜狗、百度和讯飞 PC 端的输入法，发现搜狗和百度在 Mobaxterm 中 Backspace 删除操作无法在候选区进行删除，只有讯飞可以正常使用！！！
百度搜狗在 Mobaxterm 中无法通过 Backspace 键删除.mp4
20211012，数据与账号同步¶
从 9 月中旬把移动端+PC 端的输入法从搜狗全线换成百度输入法后，一直在努力适应中，但今天居然发现账号/数据同步出现问题了！


而且发现：

百度 PC 端的输入法更新力度比不上搜狗 PC 端的输入法。百度 PC 输入法在 2020 年基本没有任何更新，直到 2021.06 月才开始有所动作。
问题反馈，都有微博，都有百度贴吧，搜狗有 QQ 群（虽然我没怎么用过）。个人试过微博反馈相关的问题，很快就收到了搜狗技术支持的回馈；百度输入法商务助手迟迟没有反应，反而是百度输入法小助手很快就反馈了。
在手机端百度输入法和搜狗输入法都感觉很顺畅，没什么大的问题；PC 端，百度输入法在切换不同的软件场景时会默认开启全角输入，非常不好。
搜狗输入法的账号系统，个人感觉不太好用，尤其的 web 端！百度输入法的账号系统相对好一些，但是稳定性不够。

搜狗输入法是搜狗(Sogou)公司于 2006 年 6 月推出的一款汉字输入法工具。2009 年 9 月开始，搜狗输入法陆续推出 Android、iOS 版本，成为智能手机时代最强大的第三方输入法之一。
百度拼音输入法是百度公司免费提供的输入软件。2010 年 10 月推出，拥有百度搜索和云端技术的支持，百度输入法很快成为了新一代的输入产品。
一点直观感受是，在流畅度上搜狗输入法要好一点点，但是百度输入法可能更值得期待。
20210913，使用百度¶
百度输入法也终于在安卓手机上支持左右滑动键盘来移动光标，我也把手机、PC 的输入法都换成百度了！
20200820，搜狗自定义并固定标点¶
问：安卓手机中搜狗输入法左边的标点符号怎样自定义并且固定？
答：设置 → 更多设置 → 输入习惯 → 自定义符号设置
20191016，左右滑动键盘来移动光标¶
现在移动端电脑端的输入法有很多。但有一个问题：安卓手机上哪个输入法可以左右滑动键盘来移动光标？

我用的是华为手机，经测试目前搜狗输入法是可以的，百度、讯飞暂不支持。
第二个问题，左右角引号（「」）怎么打在搜狗输入法中怎么打出来？ctrl+shift+z 快捷键弹出搜狗输入法特殊符号，在 “标点符号” 中选择。

艾媒咨询 (https://www.iimedia.cn/) 每年都有关于中国第三方手机输入法行业趋势研究报告，PC 端的不怎么看到，感兴趣的也可以去看看。




IPython 内置魔法命令
章鱼猫先生 — Thu, 21 Apr 2022 00:00:00 +0000
2022-04-212023-09-06

IPython 中有一些特有的魔法命令，如果能合理的利用这些魔法命令，会省去很多不必要的操作，为编程带来很大程度的便利，下面基于 IPytthon 官方的《Built-in magic commands》安利一下这些命令。
本文档涵盖 IPython 6.0 及更高版本。 从 6.0 版开始，IPython 停止支持与低于 3.3 的 Python 版本的兼容性，包括所有 Python 2.7 版本。
如果您正在寻找与 Python 2.7 兼容的 IPython 版本，请使用 IPython 5.x LTS 版本并参考其文档（LTS 是长期支持版本）。

基础知识¶
? 和 ??¶
例：%matplotlib?、%matplotlib??
后缀为 ? 可以获取一个对象的相关信息，比如描述一个方法该怎么用；后缀为 ?? 可以获取该对象更加详细的信息，比如源码。这个对象可以是 IPython 中自带的、也可以是导入的、也可以是自己定义的。
% 和 %%¶
例：%time、%%time
前缀为 % 被称作行魔法命令（line magics），只能在单个输入行上运行；前缀为 %% 被称作单元格魔法命令（cell magics），可以在多个输入行上运行。
更新中。。。
参考资料¶

佚名，《12 个常用的 IPython 魔法命令》，51CTO.COM



Python 类型与编码转换
章鱼猫先生 — Tue, 19 Apr 2022 00:00:00 +0000
2022-04-192022-04-19
一些类型与编码解码使用示例。
# xlrd 中 sheet0.row_values(n) 的每个元素都是 unicode;
# Python 中如果执行 str+unicode 拼接会出现 UnicodeDecodeError 错误.
geneid = str(line[2]) if isinstance(line[2], float) else line[2].encode("utf-8")



终端 | PortX 使用感受
章鱼猫先生 — Thu, 03 Mar 2022 00:00:00 +0000
2022-03-032022-03-03
我是在逛 V2EX 的时候（xshell 和 xftp 终于支持跨平台了 - V2EX）发现的这个终端应用，出于好奇去安装使用了一下。

PortX 官网：https://portx.online/。官网比较简洁，连具体的一些使用文档都没发现，全靠自己摸索。

优点：

颜值不错，而且是跨平台。
支持把文件拖到 terminal 上传到当前目录。

缺点：

没有具体文档，上手有点慢。
安装时候不能选择自定义安装目录！
文件上传下载目前没搞明白具体是怎么操作的，除了知道把文件拖到 terminal 上传到当前目录，但不清楚下载文件需要怎么操作。
Windows 10 中使用底部任务栏图标，无法切换其他 Tab，PortX 永远在永远在最上层，点击其他任务图标无法切换出去。

可能是 MobaXterm/XShell 用久了，对其他 terminal 显得有点挑剔，也不愿意用太多的时间去摸索，后面如有时间再去尝试吧！


Win10 | 隐藏图片视频文档等文件夹
章鱼猫先生 — Fri, 25 Feb 2022 00:00:00 +0000
2022-02-252022-02-25
Win10 系统刚安装后，打开“此电脑”，在资源管理器上面会有图片/文档/音乐/3D 对象视频等 7 个文件夹，对于有强迫症的朋友来说，第一件事就是将这几个文件夹删除。

① 红色框：右侧管理器窗口
② 绿色框：左侧栏


个人用的是 Win10 专业版（21H1），网上找了不少方法都没能解决想要删除/隐藏资源管理器中的 “图片/视频/文档/下载/音乐/桌面” 这些文件夹的方法。
有时候自己胡乱更改，甚至删除注册表，一不小心还会导致电脑出现各种异常，没有备份注册表的情况下就恢复不回来了！下面的解决方法，完整原文参考：《Win10 删除资源管理器“图片/视频/文档/下载/音乐/桌面”等文件夹方法 - 知乎》。
一、打开注册表编辑器¶
按下 Win+R，输入 regedit 回车，打开注册表。


二、删除红色框 ① 处的文件夹¶

定位到以下位置：

HKEY_LOCAL_MACHINE
|-SOFTWARE
|-Microsoft
|-Windows
|-CurrentVersion
|-Explorer
|-MyComputer
|-NameSpace
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\MyComputer\NameSpace




找到相应的键值进行删除操作（删除之前先做好备份），或者注释（推荐）。

删除【下载】文件夹： {088e3905-0323-4b02-9826-5d99428e115f}
删除【图片】文件夹： {24ad3ad4-a569-4530-98e1-ab02f9417aa8}
删除【音乐】文件夹： {3dfdf296-dbec-4fb4-81d1-6a3438bcf4de}
删除【文档】文件夹： {d3162b92-9365-467a-956b-92703aca08af}
删除【视频】文件夹： {f86fa3ab-70d2-4fc7-9c99-fcbf05467f3a}
删除【桌面】文件夹： {B4BFCC3A-DB2C-424C-B029-7FE99A87C641}
删除【3D 对象】文件夹： {0DB7E03F-FC29-4DC6-9020-FF41B59E513A}




如果不想删除，可以在每个注册表前边加一个减号“-”，同样起作用。

三、删除绿色框 ② 处的文件夹¶

定位以下位置：

HKEY_LOCAL_MACHINE
|-SOFTWARE
|-WOW6432Node
|-Microsoft
|-Windows
|-CurrentVersion
|-Explorer
|-MyComputer
|-NameSpace



找到相应的键值进行删除操作（删除之前先做好备份），或者注释（推荐）。

删除【下载】文件夹： {088e3905-0323-4b02-9826-5d99428e115f}
删除【图片】文件夹： {24ad3ad4-a569-4530-98e1-ab02f9417aa8}
删除【音乐】文件夹： {3dfdf296-dbec-4fb4-81d1-6a3438bcf4de}
删除【文档】文件夹： {d3162b92-9365-467a-956b-92703aca08af}
删除【视频】文件夹： {f86fa3ab-70d2-4fc7-9c99-fcbf05467f3a}
删除【桌面】文件夹： {B4BFCC3A-DB2C-424C-B029-7FE99A87C641}
删除【3D 对象】文件夹： {0DB7E03F-FC29-4DC6-9020-FF41B59E513A}



四、重启下 explorer 进程¶
打开任务管理器。


重新启动 “Windows 资源管理器”。


以上就是如何删除资源管理器中的图片/文档/音乐/视频等文件夹的操作方法，如果也有强迫症希望自己的资源管理器看着干干净净，可以试试这些方法。
五、参考资料¶

小马哥看世界，《Win10 删除资源管理器“图片/视频/文档/下载/音乐/桌面”等文件夹方法》，知乎



如何在 Python 中使用 ggplot2？
章鱼猫先生 — Thu, 24 Feb 2022 00:00:00 +0000
2022-02-242022-02-24
作者 | Lukas Frei
编译 | 史提芬先森
**原文 | **How to Use ggplot2 in Python
简介¶
由于严格执行图形语法，ggplot2 提供了一种极其直观且一致的数据绘制方式。 ggplot2 的绘图方法不仅确保每个绘图都包含某些基本元素，而且在很大程度上简化了代码的可读性。
但是，如果您是 Python 的频繁使用用户，那么由于 matplotlib 或 seaborn 等流行绘图库中缺乏标准化语法，因此实现图形语法可能会非常具有挑战性。 如果您仍想使用图形语法，那么 Python 包 plotnine 为您提供了另一种选择。
图形语法¶
如果您不熟悉图形的语法，这里有一个快速概述：

如您所见，从您的数据开始，有几个组件构成了图形的语法。在确定要可视化的数据后，您必须指定您感兴趣的变量。例如，您可能希望在 x 轴上显示一个变量，在 y 轴上显示另一个变量。第三，你必须定义你想使用什么类型的几何对象（geometric object，简称 geom）。这可以是从条形图到散点图或任何其他现有绘图类型的任何东西。
所有的组件中，前三个组件是强制性的。没有数据，就没有什么可绘制的。没有轴定义，也没有什么可以绘制的。最后，如果不定义几何对象，您只会看到一个空坐标系。构成图形语法的其余组件是可选的，可以它们的实现以改进可视化。分面（facet） 指的是子图（subplots）的规范，也就是说，在单独的图中，将数据中的几个变量挨个绘制出来。统计转换主要是指在绘图中包含汇总统计信息，例如中位数或百分位数。坐标描述了可供您使用的不同坐标系。最常用和默认的坐标系是笛卡尔坐标系。根据您要绘制的数据结构，较少使用的坐标系（例如极坐标系）可能会提供更好的数据可视化方式。最后，主题提供了多种选项来设计绘图的所有非数据元素，例如图例、背景或注释。
虽然有许多可视化图形语法的方法，但我特别喜欢我在上面创建的那个，因为它暗示了这些层的可加性以及它们相互构建的事实。如果您曾经使用过 ggplot2，那么您就会熟悉其语法中的“+”，它象征着上述相同的想法。
plotnine¶
plotnine 是一个 Python 包，允许您使用实现图形语法的类似 ggplot2 的代码。 通过这样做，就像在 ggplot2 中一样，您可以将数据专门映射到构成可视化的可视对象。 这使您能够提高代码的可读性和结构。 虽然您可以将 matplotlib 的样式设置为 ggplot，但您无法像在 ggplot2 中那样在 matplotlib 中实现图形语法。
安装¶
在开始之前，您必须安装 plotnine。 与往常一样，这样做有两个主要选项：pip 和 conda。
# Using pip
pip install plotnine

# Using conda
conda install -c conda-forge plotnine

绘图¶
安装了 plotnine 之后，就可以开始使用图形语法绘制图形了。让我们开始构建一个非常简单的绘图，只使用三个必不可少的组成部分：数据、aesthetics 组件和几何对象。

如您所见，语法非常类似于 ggplot2。首先，我们指定数据源。在我们的例子中，我们使用的数据是典型的 mpg 数据集。接下来，我们定义变量 “class” 将显示在 x 轴上。最后，我们说，我们想使用大小为 20 的条形图来可视化我们的数据。让我们来看看完整的代码和结果图：
import pandas as pd
import numpy as np
from pandas.api.types import CategoricalDtype
from plotnine import *
from plotnine.data import mpg
%matplotlib inline

(ggplot(mpg)         # defining what data to use
 + aes(x='class')    # defining what variable to use
 + geom_bar(size=20) # defining the type of plot to use
)

上面的代码将产生以下输出：

虽然这是一个好的开始，但看起来还不是很好。让我们用图形的语法的其他组成部分来美化我们的图形。
(ggplot(mpg)
 + aes(x='class')
 + geom_bar(size=20)
 + coord_flip()        # flipping the x- and y-axes
 + labs(title='Number of Vehicles per Class', x='Vehicle Class', y='Number of Vehicles') # customizing labels
)

例如，我们可以使用coord_flip()翻转坐标轴，并使用labs()自定义绘图和坐标轴标题以改进我们的绘图。使用上面的代码块，我们的绘图将如下所示：

绘制多维数据¶
除了基本的绘图之外，您还可以在 ggplot2 中完成几乎所有可以做的事情，比如绘制多维数据。如果你想将三个变量之间的关系可视化，你可以在平面图上添加美学元素：
(ggplot(mpg)
 + aes(x='displ', y='hwy', color='class')
 + geom_point()
 + labs(title='Engine Displacement vs. Highway Miles per Gallon', x='Engine Displacement, in Litres', y='Highway Miles per Gallon')
)

将 color 添加到 aesthetics 组件中将会促使 plotnine 呈现一个在 x 轴上使用 displ（发动机排量，以升为单位）和在 y 轴上使用 hwy（每加仑高速公路英里数），并根据 class 变量为数据着色的二维图。我们还可以将几何对象切换到 geom_point()，这将为我们提供散点图而不是条形图。 让我们来看看会是什么样子：

总结¶
如您所见，plotnine 为您提供了在 Python 中利用图形语法的能力。这增加了代码的可读性，并允许您将部分数据专门映射到可视对象。如果您已经熟悉 ggplot2，那么您无需学习任何新知识即可掌握 plotnine。如果没有，这里是 ggplot2 网站的链接，您可以在该网站上找到更多关于图形语法和所有类型的可用几何对象的信息。


Win10 | 微软输入法快速输入时间
章鱼猫先生 — Tue, 15 Feb 2022 00:00:00 +0000
2022-02-152022-02-15
2022 年开始，办公电脑终于更换成了一直念念不忘的 Windows10 专业版本了，记录一下一些常用设置和折腾的小技巧，以作备忘。
一个来源于网络的简单的教程分享：微软输入法快速输入时间的方法 给各位需要的小伙伴们！
1. 进入微软输入法¶
右键电脑右下角的微软输入法，选择“设置”；


2. 选择词库和自学习¶

3. 选择用户定义的短语¶
选择“用户定义的短语”，点击 “添加或编辑自定义短语”。

4. 选择添加¶

5. 输入短语和自定义的输入出¶
如下是 sj 的快速输入，把下面贴到短语里面，然后选择“添加”即可。
// sj的
%yyyy%-%MM%-%dd% %HH%:%mm%:%ss%

//rq的
%yyyy%年%MM%月%dd%日 %HH%:%mm%:%ss%

然后 你就可以看到如下界面：

接下来，小伙伴们再去实验一下 sj 和 rq 吧！
参考资料¶

https://blog.csdn.net/weixin_43949535/article/details/110315757



综合 | 我的常用工具和网站
章鱼猫先生 — Thu, 20 Jan 2022 00:00:00 +0000
2022-01-202022-12-05
很长一段时间没有更新啦（主要是说公众号）！
本期托一次家底，和大家分享几个自己日常工作学习过程中的常用在线工具和网站，希望能有帮助。
也欢迎小伙伴们分享和安利出你们觉得有用的工具，不要停啊。

网站与导航¶
一个导航走天下。
导航¶
个人最常用的一些站点都整合到 https://nav.bioitee.com/ 的网址导航上了，把它设置成浏览器主页，走到哪里都可以一键打开，再也不用担心是否跨浏览器和墙不墙的问题了。
更重要的是这是一个开源的公益项目，你可以拿来制作自己的网址导航，也可以做与导航无关的网站。你可以直接部署在 GitHub Pages/Gitee Pages/Cloudflare Pages，不用担心是否需要主机的问题。
浏览器¶
主力浏览器还是 Chrome，备用 Edge+Firefox。
文档与知识管理¶
文档也好，笔记也罢，目前我的主力是语雀，没有之一。
语雀¶
写博客、记录文字是一个好的习惯。在《只要能坚持下来就是好博客》记录了这些年依赖折腾过的笔记和博客软件。现在语雀成了我的主力，加上语雀天使的福利（10 年会员），我的语雀会员的已经续费到了 2034 年！

生活的，工作的，技术的，娱乐的，还有一些非公开的，都放在语雀了。语雀挺好，虽然有些细节的地方还需要继续打磨，但正如玉伯说的：面向星辰大海，语雀虽慢必至。

公众号¶
最近的公众号更新的没有以前那么频繁了。公众号作为一个相对封闭的内容平台，更多承载的是对外展示的内容，我个人的习惯一向都是在语雀完成原文，再通过 Md2X Editor 发布到公众号。

发布的文章由于时限性和公众号的局限性，偶尔需要内容更新调整，或者勘误，这些都是在语雀完成。
而且，对于公众号写文章，强烈推荐读一下这篇文章《为什么我不在微信公众号上写文章》！
博客¶
博客对我的作用，现在就像一张对外展示的名片 —— 内容很少更新了，但它就在那里，你可以通过它认识我，了解我，仅此而已。
对于博客的托管，我主要用 云开发 Webify、Cloudflare Pages，以及 GitHub Pages，所有代码都托管在 GitHub，然后通过 GitHub Actions 进行自动同步（包括同步到 Gitee/CODING）和自动化部署。
邮件与沟通¶
QQ 邮箱¶
主力邮箱用的是 QQ 的 foxmail 别名邮箱，把 gmail/outlook/aliyun/163 ...... 这些的邮件都统一转发到了 QQ，网页端也好移动端也罢，方便省事。QQ 邮箱的日历、记事本、文件中转站都是我的最爱。

微信¶
即时通讯，用的比较多的还是微信吧！QQ 偶尔还会登陆，只是频率少了很多。
代码与编辑器¶
编辑，托管，操作。
编辑¶
主力还是 Windows，本地的代码编辑主力当然是 Visual Studio Code，强大易用。

终端¶
尝试过 Putty/XShell/Tabby/SecureCRT，最终还是选择了 MobaXterm，不为别的，一个软件就包含了全部的功能，而且习惯了。

托管¶
目前还是选择 GitHub 吧！
国内虽然不少人都在使用 Gitee，但 Gitee 时不时恶心你一下（前不久就无缘无故把我的 oschina 的账号封了，而且要加 QQ 群去申诉，最后我是直接通过邮件反馈解封了），而且有时候有些资源用起来限制太多，很麻烦。

待续¶
先啰嗦这么多吧，后面遇到好玩的、有用的也会持续分享，也欢迎小伙伴们分享和安利出你们觉得有用的工具。


终端 | Tabby 使用笔记
章鱼猫先生 — Thu, 13 Jan 2022 00:00:00 +0000
2022-01-132022-04-22
尝试了一下 Tabby 终端（官网：https://github.com/Eugeny/tabby），虽然是开源的，速度和颜值都不错。Windows 7 下的体验目前感觉还不太好。

记录一下遇到的问题。

Win 7 下安装 tabby-1.0.169-setup.exe 和 tabby-1.0.169-portable.zip 会闪退；1.0.168 版本正常（issues/5465）。值得一提的是这个问题终于在 v1.0.175 中修复了！



SSH 设置的站点，再次连接经常会出现各种错误，连接不上。

后来个人更换 Win10 系统安装了最新的 v1.0.176 再也没有出现过这个问题。



配置了 SOCKET 的隧道连接，如果 SSH 终端断开，SOCKET 也会断掉（这一点 MobaXterm/Xshell 体验很好）。


SFTP 上传下载文件，只能一层一层去点开目录，不能直接粘贴路径，很不方便。


今天发现可以参考 Shell working directory reporting · Eugeny/tabby Wiki 实现 SFTP 打开当前目录：
# Bash
# ~/.bash_profile
export PS1="$PS1\[\e]1337;CurrentDir="'$(pwd)\a\]'

# ZSH
# ~/.zshrc
precmd () { echo -n "\x1b]1337;CurrentDir=$(pwd)\x07" }


终端记录太多，top 命令会导致没法上下滚动查看之前的终端记录。



生物科学数据分析和数据管理本体论
章鱼猫先生 — Thu, 16 Dec 2021 00:00:00 +0000
2021-12-162022-05-13
说到本体论，生信的同学估计第一个想到的就是基因本体论 ( Gene Ontology, GO ) 了，而基因本体论其实也是开放生物医学系统注释（Open Biomedical Ontologies (OBO)）下的一个分类项目。今天来说另外一个生物科学数据分析和数据管理本体论——EDAM - Bioscientific data analysis ontology。
背景知识¶
以下背景知识主要摘录于隔壁老湿在简书的《学习笔记：本体论与生物医学》一文。
本体论¶

本体论（Ontology）是个哲学的概念，作为一门学问起源于对万物本源的追问，最早这个词在 17 世纪诞生，从哲学意义上，本体论关注的是“存在”，即世界在本质上有什么样的东西存在，或者世界存在哪些类别的实体。
作者：隔壁老湿，链接：https://www.jianshu.com/p/b4d8922c9c42，来源：简书

本体论与信息科学¶

在人工智能领域，经历了 60 年代通用问题求解方法研究的困境，学者们开始研究通过专门领域的知识表达来支持自动推理，以 Dendral 为代表的知识库系统的成功确立了知识在解决人工智能问题方面的重要地位。为了减少构建知识库的代价，避免每次从头开始，有必要考虑知识的复用问题，通过复用，系统开发者可以在已有知识基础上更加专注于特定领域的知识构建，且新系统可以利用复用知识与现存其他系统进行交互。这样，描述性的知识、问题解决方法及推理服务都可以在系统中实现共享，从而可以方便的构建更大，更好的知识库。还为了解决数据库集成中专门化和不一致特征导致的实际问题。解决这些问题都需要对某个领域进行通用概念上的描述，就必须回答这样的问题：对于某个领域，本质上有些什么样的对象、过程、属性和关系？什么是一项事务、一个人及一个组织？它们之间的相互依赖关系如何？这就是本体论研究的内容。
AI 逻辑学家在 1980 年提出：以逻辑概念为基础的智能系统必须列出所有存在的事物，并构建一个本体描述我们的世界。
1993 年，斯坦福大学知识系统实验室的 Gruber 给出了第一个在信息科学领域广泛接受的 Ontology 定义： an ontology is an explicit specification of a conceptualization，概念化是从特定目的的出发对所表达的世界所进行的一种抽象的、简化的观察。本体论是对某一概念化所做的一种显式的解释说明。本体论是一个逻辑理论，用来说明一个正规（formal）词汇表的预定含义。因此本体是语言相关的，而概念化则是语言无关的，认清这一点对本体集成、融合和转换都非常重要。另外在上述定义中，概念化是比本体论（仅限于信息科学中）更为广泛的概念，前者更接近领域的事实和哲学上的本体论。
由于 Web 技术为全球信息共享提供了便捷手段，以共享为特征的本体论与 Web 技术结合是必然趋势。在此背景下，基于 Web 标准的本体描述语言成为本体论研究和运用的热点。在标准方面，由 W3C 主持制订的 RDF 和 RDF Schema 是建立在 XML 语法上，以语义网为理论基础，对信息资源进行语义描述的的语言规范，RDF 采用资源（Resource）、属性（Properties）、和声明（Statement）等三元组来描述事物。RDF schema 则做了进一步扩展。因此，RDF 成为一个能对本体进行初步描述的标准语言。
作者：隔壁老湿，链接：https://www.jianshu.com/p/b4d8922c9c42，来源：简书

本体论与语义 WEB¶

本体论在 WEP 上的应用导致了语义 WEP 的诞生，其目的是解决 Web 上信息共享时的语义问题，语义 WEP 被看做是当前本体论从学术研究走向实际应用的最重要的构想和研究计划。
从技术上讲，语义 Web 要提供足够而又合适的语义描述机制，然而，从整个应用构想来看，语义 Web 要实现的是信息在知识级的共享和语义上的互操作性，这需要不同系统间有一个语义上的“共同理解”才行。于是，本体论自然地成为指导语义 Web 发展的理论基础。
作者：隔壁老湿，链接：https://www.jianshu.com/p/b4d8922c9c42，来源：简书

本体论与生物医学¶

复杂的生物学知识常常是以一种相互关联且有层级（hierarchical）的方式存在，需要有某种途径和分子数据（例如测序产生的数据）进行整合，需要的领域很多，比如怎样在解剖，信号传导途径，和表型之间的知识和数据建立联系。“生物本体论”（Bio-ontologies）的方法是解决这个问题的一种方式。用本体论的方法来规范特定生物领域的知识，用基于特定规则的概念来来界定和描述概念之间的关系，基于本体论“结构化”后的知识就能和分子数据建立联系。以“肱”这个概念为例，来解释本体论就是，需要一系列“声明”（assertions）来定义“肱”的内涵和外延，比如它是手臂的一部分，含成骨细胞，有肌肉的粘附点，可以是骨头等。在生物本体论的定义里，它不仅仅被定义成一系列关系的集合，它也有一个唯一的识别代码（比如 GO:0019505)。
以生物本体论领域应用最广的 GO（基因本体论，Gene Ontology）为例，目前它已经积累了 16500 个概念，GO 连接了 12000 个基因来自 20 种模式生物，包含动物，植物，真菌，细菌和病毒，每个基因已经用唯一的 GOID 标记。就每一个基因而言，会对其功能（function）、参与的生物过程（biological process）和细胞定位（celluar localization）进行注释。
OBI（生物医学研究本体 Ontology for biomedical investigations）是本体论在生物医学研究的又一个例子。这是一个生物医学领域本体论学者自发形成的组织，其宗旨是构建和描述生命科学和临床研究相关的本体（An integrated ontology for the description of life-science and clinical investigations）。它涉及用本体论的方法对研究设计、方案、设备、研究数据、数据分析方法等进行注释。它源于功能基因组研究本体组织（FuGO），它们之间涉及的共同 Term 是共享且一致的。
作者：隔壁老湿，链接：https://www.jianshu.com/p/b4d8922c9c42，来源：简书

EDAM¶
EDAM 是生物医学领域研究除 GO、OBI 以外的又一个例子，个人最开始是从 Galaxy Project 了解得到，EDAM 在 Galaxy 项目中主要用于解决海量生物医学工具在 Galaxy 平台面板中分类不统一，用户难以查找的难题而被纳入使用。最早在 Galaxy Release 21.09 版本中上线（Galaxy Release (v 21.09)，新的工具面板视图）。    

简介¶
EDAM - Ontology of bioscientific data analysis and data management，是一个全面的本体论，包含了在生物科学数据分析和数据管理(包括计算生物学、生物信息学和生物图像信息学)中广泛存在的既定的、熟悉的概念。EDAM 包括与生命科学中的数据分析和数据管理相关的主题（topics）、操作（operations）、数据类型（types of data）和数据标识符（data identifiers）以及数据格式（data formats）。EDAM 提供了一组包含首选术语和同义词、相关术语、定义和其他信息的概念，组织成一个简单直观的层次结构，以方便使用（见下图）。  



Bio.Tools¶
EDAM 目前包含了一下几个子项目，Galaxy Project 的工具面板正好是使用了 Bio.Tools 这一本体库。

Bio.Tools
BioSimulations
BioSimulators
BioXSD
CEDAR FAIR Funder Form
Common Workflow Language
omputational Biology Institute of Montpellier
EMBOSS
eSysbio
runBioSimulations
SEQwiki

Bio.Tools 是一个致力于提供软件和数据库的全面登记册，以便来自生物和生物医学科学领域的研究人员寻找、理解、利用和引用他们日常工作所需的资源（software and databases）的服务。
Everything from simple command-line tools and online services, through to databases and complex, multi-functional analysis workflows is included. Resources are described in a rigorous semantics and syntax, providing end-users with the convenience of concise, consistent and therefore comparable information.
Each bio.tools entry is assigned a human-readable, unique identifier based on the resource name, e.g. biotools:signalp. These identifiers provide a persistent reference to our “Tool Cards” of essential information, as well as a means to trace resources and integrate bio.tools data with other resources.
每个 bio.tools 条目都会根据资源名称分配一个人类可读的唯一标识符，例如 biotools: signalp（或者 biotools: ssamtools）。这些标识符提供了对基本信息的“工具卡”的持久引用，以及跟踪资源并将 bio.tools 数据与其他资源集成的手段。  


All the bio.tools data and technical components are available under open license and we warmly welcome you to get involved.
所有的生物工具数据和技术组件都是开放许可的，此外，Bio.Tools 是由 ELIXIR 通过 ELIXIR-exgelerate 补助金支持的，该补助金由欧盟的 European Union Horizon 2020 项目根据补助金协议 676559 资助。
总结¶
简单总结一下，目前对 DEAM 了解不多，Bio.Tools 也只还在探索中，但个人的感觉这其实就是一个生物医学软件与数据库的标准化数据库，把那些杂乱无章的软件统计分类管理，结构化也好层次化也好，最起码能一定程度降低对海量软件和数据库的搜索成本，可以有助于更容易地找到所需的工具。
Galaxy Project 是一个相当活跃的生物医学开源项目，它的一些标准一些思想是值得借鉴的，项目中对于最新技术的考量和接纳整合，让它从一个生物领域的项目不断扩展到其他领域，如农业、制药。随着开源技术的兴起，希望能遇到更多对 Galaxy 也感兴趣的人，一起交流分享。


GitHub 代码实时同步至国内 GIT 站点
章鱼猫先生 — Fri, 10 Dec 2021 00:00:00 +0000
2021-12-102024-01-15
GitHub 是一个神奇而强大的社区，它作为全世界最大的代码集中地，在上面，我们可以随意地下载或者参与各种著名开源项目和开源开发框架。
使用 GitHub 至少有以下几个好处：

获取最新最热门最实用的开源组件，有助于开发公司项目；
获取最流行的技术相关源代码，有助于参考学习借鉴；
参与感兴趣的开源项目，增强与他人协作开发的能力；
创建属于自己的开源项目，提升编程能力，打造个人名片。

但由于一些大家都知道的原因，国内访问 GitHub 有时候会不太稳定，这就可能导致你在安装 GitHub 上的一些软件（或者拉取代码）的时候，由于网络问题而失败。这时候你就想：

把代码同步一份到 gitee/coding/gitcode 等托管平台，从这些托管平台进行拉取下载；
把代码同步一份到 gitee，使用 gitee 的网站托管/自动构建功能，实时部署你的站点应用。

虽然，gitee/coding/gitcode 等平台都提供了从 GitHub 导入项目和强制更新的选项（coding 还提供了可以通过触发时间来自动同步），但都比较繁琐，在这里介绍一种通过 GitHub Actions 的方法是一步实现 GitHub 代码实时同步 gitee/coding/gitcode 等。
使用秘钥的方式¶
本方法主要基于 https://github.com/Yikun/hub-mirror-action 提供的 Actions 实现。
1. 基于 SSH 配置公钥和私钥¶
这一步可以参考或网上N多资料，如《生成/添加SSH公钥 -Gitee》。    


2. 将私钥传到 GitHub 仓库¶
通过 “Settings → Secrets and variables → Actions → New repository secret“，创建一个 GITEE_PRIVATE_KEY 变量，将私钥(~/.ssh/id_ed25519)内容拷贝到值区域。   


3. 将公钥传到 Gitee¶
我们只需要把公钥 ~/.ssh/id_ed25519.pub 的内容，粘贴到 Gitee 即可。
这样一来，就可以实现 GitHub 和 Gitee 之间的通信。而对于不同的公钥配置，Github 可以在这里配置，Gitee 可以在这里配置，对于 GitHub → Giee 我们只需要配置 Giee 上配置公钥即可。  


4. 在 Gitee 上创建一个私人令牌¶
这个 token 记得保存，因为它只会出现一次。   


5. GitHub 目标仓库粘贴 Gitee 私人令牌¶
类似第 2 步，我们在想要同步到 Gitee 的 GitHub 源仓库中创建一个 GITEE_TOKEN 变量，将第 4 步生成的私人令牌作为值粘贴进去。   


6. 修改配置文件中的源和目标设置¶
最后，我们将配置文件中的源和目标设置为你自己的账号即可。
src: github/<这里改成自己的GitHub名字>
dst: gitee/<这里改成自己的Gitee名字>

这样配置就完成了。提交你的修改，GitHub Action 就会开始启动并工作了。

注意：   

Hub Mirror Action 默认会同步你个人账号(或者组织) 下的全部仓库，如果你只想同步当前一个仓库，可以参考 黑/白名单 和 静态名单（可用于单一仓库同步） 的配置。

使用账号密码的方式¶
这个方法参考的是 @abersheeran 的 push-to-mirror 方法，可以同步到 gitee 以及任何一个支持 git 的平台，其原理很简单，就拉取然后推送。
从 2024-01 起，发现通过这种方法同步到 gitee，会提示 Connection timed out，但是同步 GitCode.com 是正常的，目前暂时没找到解决方法。   


配置账号密码¶
首先，在 GitHub 项目的「Settings -> Secrets → New repository secret」路径下配置好你需要同步的 coding 和 gitee 账号密码（命名可以随便，只要求跟下面 sync.yml 的变量名称一致即可）。其中：

GITEE_USERNAME 存放 Gitee 的账号；
GITEE_PASSWORD 存放 Gitee 帐号的密码；
CODING_USERNAME 存放 Coding 的账号；
CODING_PASSWORD 存放 Coding 帐号的密码；



创建 workflow¶
在你的 GitHub 项目 .github/workflows/ 文件夹下创建一个 .yml 文件，如 sync.yml，内容如下：
name: Sync-To-Gitee-and-Coding

on:
  push:
    branches:
      - main

jobs:
  push-to-mirror:
    runs-on: ubuntu-latest
    steps:
      - name: Clone
        run: |
          git init
          git remote add origin https://github.com/${GITHUB_REPOSITORY}.git
          git fetch --all
          for branch in `git branch -a | grep remotes | grep -v HEAD`; do
            git branch --track ${branch##*/} $branch
          done
        env:
          GITHUB_REPOSITORY: shenweiyan/GitHub-SYNC

      - name: Push to Coding
        run: |
          remote_repo="https://${CODING_USERNAME}:${CODING_PASSWORD}@e.coding.net/${CODING_REPOSITORY}.git"

          git remote add coding "${remote_repo}"
          git show-ref # useful for debugging
          git branch --verbose

          # publish all
          git push --all --force coding
          git push --tags --force coding
        env:
          CODING_REPOSITORY: shenweiyan/devs/GitHub-SYNC
          CODING_USERNAME: ${{ secrets.CODING_USERNAME }}
          CODING_PASSWORD: ${{ secrets.CODING_PASSWORD }}

      - name: Push to Gitee
        run: |
          remote_repo="https://${GITEE_USERNAME}:${GITEE_PASSWORD}@gitee.com/${GITEE_REPOSITORY}.git"

          git remote add gitee "${remote_repo}"
          git show-ref # useful for debugging
          git branch --verbose

          # publish all
          git push --all --force gitee
          git push --tags --force gitee
        env:
          GITEE_REPOSITORY: shenweiyan/GitHub-SYNC
          GITEE_USERNAME: ${{ secrets.GITEE_USERNAME }}
          GITEE_PASSWORD: ${{ secrets.GITEE_PASSWORD }}

执行同步¶
最后，修改代码（如修改 README），提交，成功触发同步！




总结¶
文章中参考前人的一些成果成功把 GitHub 的代码同步到了 gitee 和 coding，可能还有可以改进的地方，但不管怎么说，基本满足了个人的需求。
最后，GitHub 是一个非常棒的平台，希望大家拥抱开源，多多分享。


Hugo 不解析 markdown 中的 html 标签
章鱼猫先生 — Thu, 09 Dec 2021 00:00:00 +0000
2021-12-092023-08-22
在 Hugo 中的 markdown 语法中插入 html 时候发现插入的 html 无法解析，但是标准 Markdown 语法仍然有效。

无效：

<a href="baidu.com">百度</a>


有效：

[Link to Google](https://www.google.com)

最佳答案¶
Hugo >=0.60 现在使用 Goldmark (见 https://gohugo.io/news/0.60.0-relnotes/)，所以为了在 Markdown 文件中使用 html 标签，你应该在您的 config.toml 文件中添加：
[markup.goldmark.renderer]
unsafe = true

关于 R - Blogdown 和 Hugo 不解析 markdown 中的 html 标签，在 Stack Overflow 上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/60329235/



Python Excel 操作 | Openpyxl 模块笔记
章鱼猫先生 — Tue, 07 Dec 2021 00:00:00 +0000
2021-12-072021-12-07
xlsx 是 Microsoft Excel 使用的开放 XML 电子表格文件格式的文件扩展名。xlsm 文件支持宏。xlsx 是专有的二进制格式，而 xlsx 是基于 Office Open XML 格式的。
Excel 文件处理¶
1. 打开 excel 文件¶
import openpyxl
book = openpyxl.load_workbook('sample.xlsx')

2. 获取并操作  sheet 工作表¶
#获取所有工作簿名称
sheets = book.sheetnames    # 返回 book 中所有工作表的名字, ['Sheet1', 'Sheet2']

# 以下三个函数都会返回一个 Worksheet 对象
sheet = book.active             # 获取 activate sheet 工作簿
sheet = book["sheet1"]          # 通过名称获取，如读取 sheet1 表单

# 获取所有行的数据
rows_g = sheet.rows                 # generator object
rows_l = list(sheet.rows)       # 把 generator 转换成 list

row0 = rows_l[0]                        # generator object
row0 = list(rows_l[0])          # generator object

# 打印第一行的所有列数据
for cell in rows_l[0]:
    print(str(cell.value))

遍历所有行¶
import openpyxl
book = openpyxl.load_workbook('sample.xlsx')

sheet = book.active

for rows in list(sheet.rows):
    for cell in list(rows):
        cell_value = str(cell.value)
                print(cell_value)

参考资料¶

openpyxl - A Python library to read/write Excel 2010 xlsx/xlsm files
Openpyxl 教程 | 极客教程



磁盘管理
章鱼猫先生 — Fri, 26 Nov 2021 00:00:00 +0000
2021-11-262021-11-26
开机自动挂载硬盘¶
1. 查看磁盘分区的 UUID¶
$ sudo blkid
/dev/sda1: UUID="8048997a-16c9-447b-a209-82e4d380326e" TYPE="ext4"
/dev/sda5: UUID="0c5f073a-ad3f-414f-85c2-4af83f6a437f" TYPE="swap"
/dev/sdb1: UUID="11263962-9715-473f-9421-0b604e895aaa" TYPE="ext4"
/dev/sr0: LABEL="Join Me" TYPE="iso9660"

2. 配置开机自动挂载¶
mount 命令重启后会失效，将分区信息写入 /etc/fstab 文件启动自动挂载：
sudo vim /etc/fstab


加入：
#<file system> <mount point>   <type>  <options>  <dump>  <pass>
UUID=11263962-9715-473f-9421-0b604e895aaa /data ext4 defaults 0 0

具体说明，以挂载 /dev/sdb1 为例：

file system

分区定位，可以给 UUID 或 LABEL，例如：UUID=6E9ADAC29ADA85CD 或 LABEL=software；

mount point

挂载路径，最终硬盘会被挂载到配置的这个路径下，但是这个路径必须先存在，提前创建好这个路径即可，例如：/data；

type

硬盘的文件系统类型，相应的有 ntfs，ext4，fat，vfat 等等，这里要根据实际情况设置，同样的也可以通过指令 blkid，查看硬盘的 TYPE；

options

挂载参数，一般为 defaults；



option
description




defaults
use default options: rw, suid, dev, exec, auto, nouser, and async.


noauto
do not mount when “mount -a” is given (e.g., at boot time)


user
allow a user to mount


owner
allow device owner to mount


comment or x-
for use by fstab-maintaining programs


nofail
do not report errors for this device if it does not exist.





dump
  这个参数用来检查文件系统以多快频率进行备份，系统将认为其值为 0，则不需要进行备份；设置成 1 暂时也没有实践过；


pass
  这个参数用来决定在启动时需要被 fsck 扫描的文件系统的顺序，根文件系统 “/” 对应该字段的值应该为 1，其他的应该逐渐递增，如果设置为 0 则表示不扫描。


3. 重启系统¶
修改完 /etc/fstab 文件后，运行：
sudo mount -a

验证配置是否正确，配置不正确可能会导致系统无法正常启动。


管理用户和用户组
章鱼猫先生 — Fri, 26 Nov 2021 00:00:00 +0000
2021-11-262021-11-26
普通用户无法查找和使用 useradd/groupad，你需要通过下面的命令切换成 root，才能查找和使用 useradd/groupadd。
sudo - root  # 不能直接 su root 切换


su：只能切换到管理员用户权限，不使用管理员的登陆脚本和搜索路径。
su -：不但能切换到管理员权限，而且使用管理员登陆脚本和搜索路径。


没有 home 目录¶
如果我们安装最常规的方法，直接使用 useradd username -g groupname 创建用户，Debian 中默认是没有 /home/username 目录的，以至于在登录时出现报错。

因此，需要通过下面的方式创建用户。
# 添加用户，参数-m，自动创建用户的家目录，注意一定要添加 -s /bin/bash，原因下面细说
useradd -m -s /bin/bash your_username -g your_groupname
# 或者
useradd -d /home/your_username -m -s /bin/bash your_username -g your_groupname

# 添加密码
passwd your_username

# 删除用户
userdel your_username

无法使用 tab 补全¶
这个问题，与其说有点坑爹。其实是不了解 Ubuntu 和 debian 的 shell 默认安装的是 dash，而不是 bash。参考网络《解决 debian 终端命令行无法自动补全 _杨圣亮的技术博客》的做法：

安装命令补全：



apt-get install bash-completion


在 /etc/profile 里追加：



if [ -f /etc/bash_completion ]; then
. /etc/bash_completion
fi


刷新 /etc/profile 配置文件，使其生效。



source /etc/profile


这是因为 Ubuntu 和 debian 的 shell 默认安装的是 dash，而不是 bash！解决方法如下：
root@VM-8-4-debian:~# usermod --shell /bin/bash shenweiyan
root@VM-8-4-debian:~# grep shenweiyan /etc/passwd
shenweiyan:x:1001:1001::/home/shenweiyan:/bin/bash

正确创建用户¶
CentOS 和 Debian 使用 useradd 命令的区别，以下面的命令举例：
useradd shenweiyan

这条命令在 Debian 下不会做如下几件事：

不会创建家目录；
默认 shell 是 /bin/sh；
而 /bin/sh 默认是软连接到 /bin/dash 解释器 /bin/sh -> dash。

如果需要创建这些内容则必须指定参数：
useradd -m -s /bin/bash shenweiyan

用 bash 作为默认 shell¶
Debian 中/bin/sh 是 dash 的链接，如果大家想用 bash 作为默认 shell 的话，可以用以下的办法修改：
# https://unix.stackexchange.com/questions/442510/how-to-use-bash-for-sh-in-ubuntu
sudo dpkg-reconfigure dash

然后在弹出来的界面中选择“yes” 来保持使用 dash 作为 /bin/sh 首选；或者选择“no” 把 /bin/sh 切换为 bash！

sudo 出现 unable to resolve host¶

/etc/hosts 内容修改成如下：
121.23.19.88(或者 127.0.0.1)    kvm-bioitee



基础配置
章鱼猫先生 — Fri, 26 Nov 2021 00:00:00 +0000
2021-11-262023-07-19
Hostname¶
新的服务器一般自带的 hostname 都是一串无规律的字符串，很难记也不好看（例如我们这个服务器的 r0sasd1bQi ），对于有强迫症的童鞋可以参考下面的方法去修改。

在 CentOS 7 中，有三种定义的主机名：静态的（static）、瞬态的（transient）、灵活的（pretty）。“静态”主机名也称为内核主机名，是系统在启动时从 /etc/hostname 自动初始化的主机名。“瞬态”主机名是在系统运行时临时分配的主机名，例如，通过 DHCP 或 mDNS 服务器分配。静态主机名和瞬态主机名都遵从作为互联网域名同样的字符限制规则。而另一方面，“灵活”主机名则允许使用自由形式（包括特殊/空白字符）的主机名，以展示给终端用户。

方法一，通过 hostnamectl  来修改主机名。修改后需要重启服务器。


[root@r0sasd1bQi ~]# hostnamectl   #查看一下当前主机名的情况
   Static hostname: r0sasd1bQi
         Icon name: computer-vm
           Chassis: vm
        Machine ID: b6302a1a586547a09aae75efbfa34901
           Boot ID: f75d72657c524500b47edc250c13c6f2
    Virtualization: kvm
  Operating System: CentOS Linux 7 (Core)
       CPE OS Name: cpe:/o:centos:centos:7
            Kernel: Linux 3.10.0-957.el7.x86_64
      Architecture: x86-64

[root@r0sasd1bQi ~]# hostnamectl set-hostname bioitee-server --static
[root@r0sasd1bQi ~]# hostnamectl status
   Static hostname: bioitee-server
         Icon name: computer-vm
           Chassis: vm
        Machine ID: b6302a1a586547a09aae75efbfa34901
           Boot ID: f75d72657c524500b47edc250c13c6f2
    Virtualization: kvm
  Operating System: CentOS Linux 7 (Core)
       CPE OS Name: cpe:/o:centos:centos:7
            Kernel: Linux 3.10.0-957.el7.x86_64
      Architecture: x86-64

[root@r0sasd1bQi ~]# reboot now    # 重启服务器



方法二，通过修改文件 /etc/hostname  来实现主机名的修改。把该文件内容替换成自己想要的主机名重启即可。


[root@r0sasd1bQi ~]# vim /etc/hostname      # 修改 hostname
[root@r0sasd1bQi ~]# reboot now                 # 重启服务器


————————————————
版权声明：本文为 CSDN 博主「点亮梦想那束光」的原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。
原文链接：https://blog.csdn.net/solaraceboy/java/article/details/78563537


命令行提示符¶
bash 中命令行提示符的格式是由 PS1 来控制的。 /etc/bashrc  中 PS1 的格式定义用于控制全局用户的命令行提示符样式；而针对个人用户的  PS1 设置，位于 ~/.bashrc  中。
我自己的 PS1 定义：
PS1='\033[35;1m\u@\h \[\e[m\]\t \[\033[36;1m\]$(pwd) \n$ \[\e[m\]'
cd /data; clear;


有关于 PS1 的格式介绍如下：
序列                  说明
\a          ASCII 响铃字符（也可以键入 \007）
\d          "Wed Sep 06" 格式的日期
\e          ASCII 转义字符（也可以键入 \033）
\h          主机名的第一部分（如 "mybox"）
\H          主机的全称（如 "mybox.mydomain.com"）
\j          在此 shell 中通过按 ^Z 挂起的进程数
\l          此 shell 的终端设备名（如 "ttyp4"）
\n          换行符
\r          回车符
\s          shell 的名称（如 "bash"）
\t          24 小时制时间（如 "23:01:01"）
\T          12 小时制时间（如 "11:01:01"）
\@          带有 am/pm 的 12 小时制时间
\u          用户名
\v          bash 的版本（如 2.04）
\V          Bash 版本（包括补丁级别）
\w          当前工作目录（如 "/home/shenweiyan"）
\W          当前工作目录的 "basename"（如 "shenweiyan"）
\!          当前命令在历史缓冲区中的位置
\#          命令编号（只要您键入内容，它就会在每次提示时累加）
\$          如果您不是超级用户 (root)，则插入一个 "$"；如果您是超级用户，则显示一个 "#"
\xxx        插入一个用三位数 xxx（用零代替未使用的数字，如 "\007"）表示的 ASCII 字符
\\          反斜杠
\[          这个序列应该出现在不移动光标的字符序列（如颜色转义序列）之前。它使 bash 能够正确计算自动换行。
\]          这个序列应该出现在非打印字符序列之后。

vim 中启用鼠标复制粘贴¶
Debian 10 操作系统中，使用 apt 安装的 vim 默认无法使用鼠标进行复制粘贴，很不方便。因此，介绍一下如何在 Debian 10 中恢复鼠标复制粘贴的功能。

创建 vimrc.local 文件。

touch /etc/vim/vimrc.local


编辑文件 /etc/vim/vimrc.local 加入下面的行：



source /usr/share/vim/vim81/defaults.vim  #这里根据你 vim 实际的目录填写
let skip_defaults_vim = 1
if has('mouse')
    set mouse=r
endif


也可以通过 curl 直接下载本人已经编辑好的 vimrc.local 文件。

# <VERSION> 为非必填项，默认为 latest
# https://shenweiyan.coding.net/public-artifacts/btscl/debian-ubuntu-config/packages

$ curl -fL "https://shenweiyan-generic.pkg.coding.net/btscl/debian-ubuntu-config/vimrc.local?version=latest" -o /etc/vim/vimrc.local

这个启用了鼠标的配置文件覆盖了 vim 的配置。这样，我们再使用 vim 的时候就可以使用鼠标来复制粘贴了。


GCC 套件
章鱼猫先生 — Fri, 26 Nov 2021 00:00:00 +0000
2021-11-262023-07-19
GCC¶
默认的 Ubuntu 软件源包含了一个软件包组，名称为 “build-essential”，它包含了 GNU 编辑器集合，GNU 调试器，和其他编译软件所必需的开发库和工具。
想要安装开发工具软件包，以 拥有 sudo 权限用户身份或者 root 身份运行下面的命令：
sudo apt update
sudo apt install build-essential

这个命令将会安装一系列软件包，包括 gcc，g++ 和 make。
你可能还想安装关于如何使用 GNU/Linux 开发的手册。
sudo apt install manpages-dev

通过运行下面的命令，打印 GCC 版本，来验证 GCC 编译器是否被成功地安装。
gcc --version

在 Ubuntu 20.04 软件源中 GCC 的默认可用版本号为 9.3.0：

就这些。GCC 已经在你的 Ubuntu 系统上安装好了，你可以开始使用它了。
参考资料¶

如何在 Ubuntu 20.04 上安装 GCC (build-essential) - 阿里云开发者社区



关于 RHEL
章鱼猫先生 — Fri, 26 Nov 2021 00:00:00 +0000
2021-11-262023-07-19
根据官网最新的产品规范，CentOS 7 在 2024 年停止支持，CentOS 8 将在今年年末停止支持。产品规范链接：https://wiki.centos.org/zh/About/Product

:::tips
Rocky Linux 8 (released June 2021, LTS EOL May 2029)
:::
论坛社区¶
官网：https://rockylinux.org/
中文社区：https://www.rockylinux.cn/
镜像源¶
官方源列表：https://mirror.rockylinux.org/mirrormanager/mirrors
阿里云源：https://developer.aliyun.com/mirror/rockylinux
资料文档¶
Rocky Linux 的基础知识，可以阅读下面三个 PDF。
RHEL 安装程序的引导选项.pdf
在 Red Hat Enterprise Linux 8 中配置 InfiniBand 和 RDMA 网络的指南.pdf
配置 Red Hat Enterprise Linux 9 中基本系统设置的指南.pdf


基础配置
章鱼猫先生 — Fri, 26 Nov 2021 00:00:00 +0000
2021-11-262023-07-19
Hostname¶
新的服务器一般自带的 hostname 都是一串无规律的字符串，很难记也不好看（例如我们这个服务器的 r0sasd1bQi ），对于有强迫症的童鞋可以参考下面的方法去修改。

在 CentOS 7 中，有三种定义的主机名：静态的（static）、瞬态的（transient）、灵活的（pretty）。“静态”主机名也称为内核主机名，是系统在启动时从 /etc/hostname 自动初始化的主机名。“瞬态”主机名是在系统运行时临时分配的主机名，例如，通过 DHCP 或 mDNS 服务器分配。静态主机名和瞬态主机名都遵从作为互联网域名同样的字符限制规则。而另一方面，“灵活”主机名则允许使用自由形式（包括特殊/空白字符）的主机名，以展示给终端用户。

方法一，通过 hostnamectl  来修改主机名。修改后需要重启服务器。


[root@r0sasd1bQi ~]# hostnamectl   #查看一下当前主机名的情况
 Static hostname: r0sasd1bQi
       Icon name: computer-vm
         Chassis: vm 🖴
      Machine ID: 5b87417f755c419bbacbb0a0f0f363e8
         Boot ID: 2ba10754ac064e6f9473ad579a5ba163
  Virtualization: kvm
Operating System: AlmaLinux 9.0 (Emerald Puma)
     CPE OS Name: cpe:/o:almalinux:almalinux:9::baseos
          Kernel: Linux 5.14.0-70.17.1.el9_0.x86_64
    Architecture: x86-64
 Hardware Vendor: Alibaba Cloud
  Hardware Model: Alibaba Cloud ECS

[root@r0sasd1bQi ~]# hostnamectl set-hostname shumlab-server --static
[root@r0sasd1bQi ~]# hostnamectl status
 Static hostname: shumlab-rhel9
       Icon name: computer-vm
         Chassis: vm 🖴
      Machine ID: 5b87417f755c419bbacbb0a0f0f363e8
         Boot ID: 2ba10754ac064e6f9473ad579a5ba163
  Virtualization: kvm
Operating System: AlmaLinux 9.0 (Emerald Puma)
     CPE OS Name: cpe:/o:almalinux:almalinux:9::baseos
          Kernel: Linux 5.14.0-70.17.1.el9_0.x86_64
    Architecture: x86-64
 Hardware Vendor: Alibaba Cloud
  Hardware Model: Alibaba Cloud ECS

[root@r0sasd1bQi ~]# reboot now    # 重启服务器



方法二，通过修改文件 /etc/hostname  来实现主机名的修改。把该文件内容替换成自己想要的主机名重启即可。


[root@r0sasd1bQi ~]# vim /etc/hostname      # 修改 hostname
[root@r0sasd1bQi ~]# reboot now                 # 重启服务器


**声明：**以上为 CSDN 博主「点亮梦想那束光」的原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。
原文：https://blog.csdn.net/solaraceboy/java/article/details/78563537

环境变量¶
常用的自定义环境变量配置。
# User Specific Alias
alias disp='display'
alias rm='rm -i'
alias la='ls -al'
alias ll='ls -lht'
alias le='less -S'

# Custom History setting
# HISTFILESIZE 定义了在 .bash_history 中保存命令的记录总数
HISTFILESIZE=3000000
# HISTSIZE 定义了 history 命令输出的记录数
HISTSIZE=3000
# 定义 History 输出格式
export HISTTIMEFORMAT='%F %T '
# 使用 HISTCONTROL 从命令历史中剔除连续重复的条目
HISTCONTROL=ignoredups
# 将 bash 内存中历史命令追加到 .bash_history 历史命令文件中， 默认只有退出 shell 是才会保存
PROMPT_COMMAND="history -a"

# Login Style
PS1='\033[35;1m\u@\h \[\e[m\]\t \[\033[36;1m\]$(pwd) \n$ \[\e[m\]'
clear;

命令行提示符¶
bash 中命令行提示符的格式是由 PS1 来控制的。 /etc/bashrc  中 PS1 的格式定义用于控制全局用户的命令行提示符样式；而针对个人用户的  PS1 设置，位于 ~/.bashrc  中。
我自己的 PS1 定义：
PS1='\033[35;1m\u@\h \[\e[m\]\t \[\033[36;1m\]$(pwd) \n$ \[\e[m\]'
cd /data; clear;


有关于 PS1 的格式介绍如下：
序列                  说明
\a          ASCII 响铃字符（也可以键入 \007）
\d          "Wed Sep 06" 格式的日期
\e          ASCII 转义字符（也可以键入 \033）
\h          主机名的第一部分（如 "mybox"）
\H          主机的全称（如 "mybox.mydomain.com"）
\j          在此 shell 中通过按 ^Z 挂起的进程数
\l          此 shell 的终端设备名（如 "ttyp4"）
\n          换行符
\r          回车符
\s          shell 的名称（如 "bash"）
\t          24 小时制时间（如 "23:01:01"）
\T          12 小时制时间（如 "11:01:01"）
\@          带有 am/pm 的 12 小时制时间
\u          用户名
\v          bash 的版本（如 2.04）
\V          Bash 版本（包括补丁级别）
\w          当前工作目录（如 "/home/shenweiyan"）
\W          当前工作目录的 "basename"（如 "shenweiyan"）
\!          当前命令在历史缓冲区中的位置
\#          命令编号（只要您键入内容，它就会在每次提示时累加）
\$          如果您不是超级用户 (root)，则插入一个 "$"；如果您是超级用户，则显示一个 "#"
\xxx        插入一个用三位数 xxx（用零代替未使用的数字，如 "\007"）表示的 ASCII 字符
\\          反斜杠
\[          这个序列应该出现在不移动光标的字符序列（如颜色转义序列）之前。它使 bash 能够正确计算自动换行。
\]          这个序列应该出现在非打印字符序列之后。



管理用户和用户组
章鱼猫先生 — Fri, 26 Nov 2021 00:00:00 +0000
2021-11-262023-07-19
openEuler-20.03 LTS 管理用户和用户组的官方文档，在这里。补充一下关于如何在 openeuler 上创建启用 sudo 新用户（无需修改服务器 /etc/sudoers 文件）的一个小知识点。
创建启用 sudo 新用户¶
该 sudo 命令提供了一种向普通用户授予管理员特权（通常仅对 root 用户可用）的机制。本指南将向您展示如何 sudo 在 openeuler 上创建具有访问权限的新用户，而无需修改服务器 /etc/sudoers 文件。
:::tips
注意：如果要 sudo 为现有的 openeuler 用户配置，请跳至步骤 3。
:::
第 1 步，登录到服务器¶
以 root 用户身份登录到服务器：
#使用服务器的IP地址或主机名代替your_server_ip_address上面的名称
ssh root@your_server_ip_address

第 2 步，将新用户添加到系统¶
使用 adduser 命令将新用户添加到系统中：
#确保sammy用您要创建的用户名替换
adduser sammy

使用 passwd 命令来更新新用户的密码：
passwd sammy

请记住 sammy 用您刚创建的用户替换。系统将提示您两次输入新密码：
Changing password for user developer.
New password:
Retype new password:

步骤 3，将用户添加到 wheel 组¶
使用 usermod 命令将用户添加到 wheel 组：
usermod -aG wheel sammy

再一次，请确保替换 sammy 为您要赋予 sudo 特权的用户名。默认情况下，在 CentOS 上，wheel 组的所有成员都具有完全 sudo 访问权限。
第 4 步，测试 sudo 访问权限¶
要测试新 sudo 权限是否正常运行，请首先使用以下 su 命令从 root 用户切换到新用户帐户：
su - sammy

作为新用户，sammy 通过 sudo 在要使用超级用户特权运行的命令之前添加验证您可以使用：
sudo command_to_run

例如，您可以列出目录的内容，该 /root 目录通常只有 root 用户可以访问：
sudo ls -la /root

第一次 sudo 在会话中使用时，系统将提示您输入该用户帐户的密码。输入密码以继续：
[sudo] password for sammy:

:::tips
注意：这不是要求输入 root 密码！输入启用了 sudo 的用户的密码，而不是 root 密码。
:::
如果您的用户在适当的组中，并且您正确输入了密码，则发出的命令 sudo 将以 root 特权运行。
总结¶
在本快速入门教程中，我们创建了一个新的用户帐户，并将其添加到 wheel 组以启用 sudo 访问权限。
¶


个人域名跳转至语雀个人主页
章鱼猫先生 — Tue, 16 Nov 2021 00:00:00 +0000
2021-11-162023-04-07

📢 域名 https://weiyan.cc 就是基于本文章中的 “无服务器” 步骤实现的个人域名跳转至语雀个人主页！因此，本篇文档你也可以通过以下的链接访问：https://weiyan.cc/cookbook/301-redirects！

语雀的个人使用目前是不支持自定义域名的，虽然空间的使用可以自定义二级域名，如：weiyan.yuque.com，但是空间知识库必须要先登录，不方便其他人查看，尤其是对于没有注册语雀的用户。
现在的情况是，我有一个已经备案的个人域名 www.example.com，现在我想：

让所有 www.example.com 的访问地址都跳转到 https://www.yuque.com/shenweiyan，比如 https://www.example.com/cookbook 跳转到 https://www.yuque.com/shenweiyan/cookbook。
www.example.com 的访问地址跳转同时支持 http/https。
example.com/www.example.com 同时实现以上跳转。

反正就一句话，让下面的链接都跳转到 https://www.yuque.com/shenweiyan：

http://example.com
http://www.example.com
https://example.com
https://www.example.com

下面简单记录一下具体的实现过程。
背景知识¶
显性 URL 转发： 用的是 301 重定向技术，效果为浏览器地址栏输入 http://a.com 回车，打开网站内容是目标地址 http://cloud.baidu.com/ 的网站内容，且地址栏显示目标地址 http://cloud.baidu.com/ 。
隐性 URL 转发： 用的是 iframe 框架技术、非重定向技术，效果为浏览器地址栏输入 http://a.com 回车，打开网站内容是目标地址 http://cloud.baidu.com/ 的网站内容，但地址栏显示当前地址 http://a.com 。
301 重定向是什么？
301 重定向表示网页由一个地址永久地移动到了另外一个地址。这里中的 301 是被重定向网页的 HTTP 状态代码。
例如： blog.ahrefs.com 重定向到了 ahrefs.com/blog。
简单来说，301 重定向是在告诉浏览器：“这个页面已经永久迁移了。这个是新的地址，我们不打算把它移回去啦。”这时，浏览器会回复：“没问题！我现在（开始）就把用户引向这里！”
这就是为什么访问 blog.ahrefs.com 已经不可能了。你最后会去到的网页是 ahrefs.com/blog。
前提条件¶
前提条件可以分为有服务器和无服务器两种情况，下面具体说一下。


有服务器（可以考虑腾讯云或者阿里云的轻量云服务器，双十一优惠价一年也就几十块）；

阿里云轻量云服务器：购买链接
腾讯云轻量云服务器：购买链接
域名（域名需要已经完成备案）；
SSL 证书（可以使用阿里云或者腾讯云的免费域名证书）；



无服务器

可以考虑使用 Cloudflare Page Rules（页面规则）；当然，其他的平台也可以；
域名（有些域名可以不用备案）；
SSL 证书（如果你用的是 Cloudflare Page Rules，可以不用 SSL 证书 ）。



操作步骤：有服务器¶
本操作以 ncbix.com 域名为示例。
1. 域名解析¶
在你的域名供应商后台点击“添加记录”，分别输入 www 和 @，记录类型“A”，记录值就是你虚拟主机或 VPS 服务器的 IP 地址，最后保存。以 DNSPOD 为例。

2. SSL 证书¶
申请免费证书，具体操作可以自行百度。以腾讯云为例：https://console.cloud.tencent.com/ssl。

根据截图，一步步点击操作。申请完成后，把证书下载并上传到你的服务器。

3. 安装 Nginx¶
可以直接使用 yum/apt 的方式直接安装；源码方式的安装，参考：《CentOS 7 下编译安装 Nginx · 语雀》。
# Debian/Ubuntu
apt update
apt install nginx

# CentOS/RHEL
yum install nginx

4. 配置 Nginx¶
通过 yum/apt 安装的 Nginx 默认的置文件在 /etc/nginx/nginx.conf，编辑该文件。
http {
    ##
    # Basic Settings
    ##
    ......

    ##
    # Virtual Host Configs
    ##
server {
    listen 80;
    listen 443 ssl;
    server_name ncbix.com www.ncbix.com;
    ssl_certificate /etc/nginx/ssl/nginx/www.ncbix.com_bundle.crt;
    ssl_certificate_key /etc/nginx/ssl/nginx/www.ncbix.com.key;
    index  index.php index.html index.htm;

    if ( $scheme = "http" ) {
        return 301 https://www.yuque.com/shenweiyan$request_uri; #确保跳转到新域名HTTPS如果没有HTTPS可以去掉
    }
    location / {
        rewrite /.* https://www.yuque.com/shenweiyan$uri redirect; #跳转到新域名并重写为新域名
    }
  }

include /etc/nginx/conf.d/*.conf;
    include /etc/nginx/sites-enabled/*;
}

5. 重启 Nginx¶
最后，通过下面的命令重启 Nginx 服务即可。
service nginx restart

操作步骤：无服务器¶
我们以 Cloudflare Page Rules 为例，说明一下具体怎么操作。
1. Cloudflare 中添加站点¶

添加完站点后，可以选择 Free 计划，然后点击继续：

点击继续后，Cloudflare 会自动扫描你对应域名的一些解析记录：

我们可以直接选择 “继续”。

2. 修改域名 DNS¶
首先，我的域名是在腾讯云注册的，可以去腾讯云控制台 “我的域名” 中直接修改 DNS：
# 添加 Cloudflare 名称服务器
imani.ns.cloudflare.com
caroline.dnspod.net



3. 完成 Cloudflare 添加站点¶
可以把后面快速指南的这几个配置都勾选。

等待几分钟就可以看到你的域名站点已经添加到 Cloudflare 上了！

4. 设置 DNS 记录¶

The first thing you will need is a DNS record for @, www and any other subdomains you want to redirect, set to . This can point to any IP address as the redirection page rule will execute first. I would recommend pointing them to 192.0.2.1 , a dummy IP.
From：https://community.cloudflare.com/t/redirecting-one-domain-to-another/81960

在配置 Cloudflare 站点的页面规则前，你需要把该域名的 @，www 或者其他你想要进行重定向的子域名添加到 DNS 记录中，这个记录的值可以指向任何 IP 地址，因为重定向页面规则将首先执行。我建议将它们指向 192.0.2.1 ，一个虚拟 IP。
在这里，我们以 @ 和 note 子域名为例，添加 DNS 记录，先让它们指向一个虚拟 IP。

5. 配置 Cloudflare 站点页面规则¶
首先，在 Cloudflare 的主页上点击对应的站点，选择 “页面规则”，点击。

点击 “创建页面规则”：




什么是页面规则？¶

页面规则为 Cloudflare 设置提供基于 URL 的粒度控制。关于页面规则需要了解的最重要事情是，针对一个 URL 仅触发一个页面规则，因此一定要按照优先级顺序对页面规则进行排序并将最具体的页面规则放在顶部。

页面规则中允许哪些模式？¶

如果使用的是转发页面规则，则可以将这些通配符映射到变量。在转发 URL 中，可以按照从左到右的顺序指定与原始 URL 中的通配符相匹配的 \(1、\)2，以此类推。
例如，可以将 http://.example.com/ 转发到 http://$2.example.com/$1.jpg。此规则将与 http://cloud.example.com/flare 相匹配，这最终将转发到 http://flare.example.com/cloud.jpg。

一些有用的提示：¶


如果要同时匹配 http 和 https，只需编写 example.com 即可。无需编写 example.com。
如果要匹配域中的每个页面，则需要编写 example.com/，仅编写 example.com 是不够的。
请参阅 了解和配置 Cloudflare 页面规则 了解有关页面规则模式的更多详细信息。


6. 配置 SSL(不必要)¶
📢 Update 2022.09.05：这一步不是必要的，这里仅供参考！

申请 www.example.com 域名的 SSL 证书；
把 DNS 验证域名的记录添加到 Cloudfare 的 DNS 中；




注意：

参考资料¶

nginx 实现两个域名之间跳转配置 - SegmentFault 思否
智能云解析 DNS - 通过 Nginx 实现 URL 转发 | 百度智能云文档
SEO 的 301 重定向：你需要知道的一切




Xmanager 7 客户端安装与使用说明
章鱼猫先生 — Fri, 12 Nov 2021 00:00:00 +0000
2021-11-122021-11-23
很长一段时间，都在使用 MobaXterm 作为 Windows 下的默认命令行终端，但是最近发现：

在中文输入的时候总会导致 Backspace 回格键无法删除候选区的文字（这一点让我非常不爽）。
不管是百度输入法还是搜狗输入法中都存在这样的问题，但讯飞输入法起码可以正常使用。
然而，讯飞输入法 PC 端每次开机的时候，图标总是会固定在右下角的任务栏上，把右下角的任务栏给挡住了。无力吐槽，也不知道什么时候会优化！
都向百度输入法、搜狗输入法反馈过相关问题，没有一个是认真去解决的！

无奈之下，回来 Xshell 吧，虽然 Xmanager 需要收费，但最起码也不会有那么多糟心的事情\~
软件介绍¶
Xmanager 7 全称叫做 Xmanager Power Suite 7，是专门为网络管理人员提供的一款功能强大专业的会话管理工具，同时也是 Win 一站式集成 UNIX/Linux 解决方案，不仅为用户提供了简洁明了的操作界面，还其内置了强大的会话管理器功能，并且可以同时进行多个会话的连接，从而利用它不仅有助于我们灵活管理和查看自己的连接会话，还可以轻轻松松的满足用户连接远程服务器时行各种操作，非常的强大。
而且在该软件中直接是集 Xmanager、Xshell、Xftp 和 Xlpd 于一体的，这样不管你是想要在系统之间安全地传输文件，还是使用一个安全终端管理远程 Unix/Linux 服务器、运行 X 个窗口应用程序、在其他系统上运行本地打印远程文档等需求在这里全部都可以一次性满足你的使用。
另外呢，在这个套件中还含的所有程序都共享一个通用的 SSH 安全模块，有了它就可以更好的方便彼此进行高效地互操作了，从而能够大大地提高了管理人员的效率，节省了对应的时间。
本次小编为用户们带来的是 Xmanager power suite 7 破解版，附带了相对应的注册机可完美的帮助用户解锁软件的全部功能，以及使用天数限制，亲测有效，并且软件还支持简体中文语言系统，十分适合国人的使用，欢迎有兴趣的用户们免费下载体验。

破解版安装教程¶

下载解压到，得到 Xmanager power suite 7 安装包和注册机；



运行 XmanagerPowerSuite-7.0.0004r.exe 开始安装软件，点击接受许可条款；



设置软件安装路径，默认即可；




等待软件安装完成，退出安装引导；



安装完成后，Xmanager Power Suite 7 包含了 Xhsell7、Xmanager7、Xftp7、Xlpd7 等工具；



打开注册机 netsarang_retail_v7.0.0004_patch_v1.1_by_crd_dfox.exe，点击 patch 开始破解；



随意打开一个 Xshell7 进入，即可发现已经授权，至此 xmanager power suite 7 破解版安装完成。



下载链接¶
下载链接这里就不贴了，如果您感兴趣，可以私信我（微信，邮件都可以），我发给你\~
唠叨一句，有能力的童鞋推荐购买官方正版软件 😃😃😃
使用与技巧¶
设置 XShell 显示的最大行数¶
用 Xshell 输出 log，有时候 log 行数很多的时候之前的 log 就被冲掉了，就算把滚动条拉到最顶部也无法查看之前的 log。这时可以把 XShell 的 Sroll Buffer size 调大一些，以显示更多的 log。
方法是：File –> Properties –> Terminal –> Scroll Buffer –> Buffer Size

可以看到默认的 Buffer Size 是 1024 行，把这个数字改大即可。
记得勾选 Push erased screen into Scroll Buffer，这样超过一屏的 log 就会写入到 Scroll Buffer 里，否则只能显示一屏的 log。




Md2X Editor | 一个专注于微信公众号 Markdown 排版的平台
章鱼猫先生 — Thu, 11 Nov 2021 00:00:00 +0000
2021-11-112021-11-12

本站点以颜家大少的 Md2All 为基础，进行了定制化修改和重新部署，是一个专注于解决微信公众号 Markdown 排版的平台。问题或建议，请关注 BioIT 爱好者 公众号，或者通过以下方式与我联系：

邮箱：ishenweiyan@foxmail.com
语雀：https://www.yuque.com/shenweiyan



如果你觉得 Md2X Editor 对你有帮助，欢迎赞赏[1]\~

关于 Md2X Editor 网站访问¶
有时网站的访问不稳定，可分别尝试不同的服务器：

服务器 1：https://mdx.bioitee.com

Md2X Editor | BioIT 爱好者

服务器 2：暂未上线

Md2X Editor 简介¶
由于 Md2All 很长一段时间都不再更新，加上有时候 Md2All 的访问不稳定，本项目在 Md2All 的基础上进行了一些调整和修改后的重新部署(包括把站点迁移至腾讯云等)。

Markdown 排版利器，支持 “一键排版” 、自定义 css、80 多种代码高亮。
能让 Markdown 内容，无需作任何调整就能一键复制到微信公众号、博客园、掘金、知乎、csdn、51cto、wordpress、hexo。。。等平台。
支持把图片自动上传到云图床;
支持 Latex 数学公式在公众号等平台完美显示;
支持生成带样式的 html 文件;
甚至支持直接用原生的 html, css 排版。



使用 rz 和 sz 实现文件传输
章鱼猫先生 — Mon, 08 Nov 2021 00:00:00 +0000
2021-11-082024-09-06
简介¶
rz，sz 是 GNU 免费工具 lrzsz 的两个子命令行程序，它们是 Linux/Unix 同 Windows 进行 ZModem 文件传输的命令行工具，但是 Windows 端需要支持 ZModem 的 telnet/ssh 客户端，比如 Xshell 或者 SecureCRT 下可以使用。
官网：https://www.gnu.org/software/lrzsz/
网络有些文章说 Putty 和 MobaXterm 无法使用 lrzsz，其实通过安装插件 MobaXterm 是可以使用的，但体验没有 Xshell 或者 SecureCRT 好。

lrzsz is a unix communication package providing the XMODEM, YMODEM ZMODEM file transfer protocols. lrzsz is a heavily rehacked version of the last public domain release of Omen Technologies rzsz package, and is now free software and released under the GNU General Public Licence.
lrzsz 是一个提供 XMODEM、YMODEM、ZMODEM 文件传输协议的 unix communication package。 lrzsz 是 Omen Technologies rzsz 软件包最后一个公共领域版本的重整版，现在是免费软件，并在 GNU 通用公共许可证下发布。

这两个命令也很好区分：

sz：将选定的文件发送 (send) 到本地机器，s 作为 send 的简写；
rz：运行该命令会弹出一个文件选择窗口，从本地选择文件上传 (receive) 到服务器，r 作为 receive 的简写。

特点¶
Features of lrzsz：

非常便携，使用 GNU autoconf 自动配置。
崩溃恢复（crash recovery）。
高达 8KB 的块大小 (ZMODEM8K)。
国际化（使用 GNU gettext）。德语翻译的程序输出（German translation of the programs output exists）。
远比原始来源更安全。
高性能。make vcheck-z 可以查看 BPS 速率 - 我最近看到每秒 1.4 MB 通过管道传输大文件 (on a I586/133 system. Beat that!)。
良好的块大小计算（尝试根据发生的错误数量计算最佳块大小）。
它是免费软件。

安装¶
安装也比较容易，这里以 openEuler 系统为例：
yum install lrzsz


也可以选择从源码安装：
$ wget https://ohse.de/uwe/releases/lrzsz-0.12.20.tar.gz
$ tar zvxf lrzsz-0.12.20.tar.gz
$ cd lrzsz-0.12.20
$ $ ./configure --prefix=/path/to/lrzsz-0.12.20
$ make
$ make install

使用¶
首先利用 Xshell 登录服务器，然后就可以直接使用 rz 与 sz 了。sz 与 rz 有很多选项参数，但是基本不用设置也可以。
$ sz --help
$ rz --help
-+, --append            #将文件内容追加到已存在的同名文件
-a, --ascii             #以文本方式传输
-b, --binary            #以二进制方式传输
--delay-startup N   #等待 N 秒
-e, --escape            #对字符转义
-E, --rename            #已存在同名文件则重命名新上传的文件，以点和数字作为后缀
-p, --protect           #对ZMODEM协议有效，如果目标文件已存在则跳过
-q, --quiet             #安静执行，不输出提示信息
-v, --verbose           #输出传输过程中的提示信息
-y, --overwrite     #存在同名文件则替换
-X, --xmodem            #使用XMODEM协议
-y, --overwrite     #Yes, clobber existing file if any
      --ymodem          #使用YMODEM协议
-Z, --zmodem            #使用ZMODEM协议

sz 下载案例¶
将两个文件传输到本地，直接 sz 发送，后面接文件名，回车之后就会弹出 Windows 对话框，选择要保存的位置即可，然后就开始传输了（一般传输小文件比较好）。

rz 上传案例¶
直接在命令行输入 rz 命令，稍后就会弹出 Windows 对话框，选择要上传的文件，确认之后就开始传输了。


MobaXterm 上使用¶
不是所有工具都支持 rz 与 sz，必须支持 ZModem 协议才行，例如 putty 不能使用 rz 与 sz。MobaXterm 默认也不支持 rz 与 sz，但可以通过安装插件实现。
首先，下载 CygUtils.plugin 和 lrzsz 插件，放到 mobaxterm.exe 目录。

网址：https://mobaxterm.mobatek.net/plugins.html
插件：CygUtils.plugin，Lrzsz

然后，在 Linux 下输入 rz/sz 命令，此时会出现一行类似乱码的东西，不要紧，我们操作第三步：

第三步，在界面当中使用 Ctrl+右键，打开选择框如下：

然后点击相应的按钮就可以了，现在就会弹出文件选择框了。


关于 openEuler
章鱼猫先生 — Wed, 27 Oct 2021 00:00:00 +0000
2021-10-272023-07-19
论坛社区¶
openEuler 官网：https://www.openeuler.org/
文档资料¶
openEuler 官方文档链接，相关的一系列操作可以直接参考官方文档。
openEuler documentation

¶


关于 Debian 和 Ubuntu
章鱼猫先生 — Thu, 21 Oct 2021 00:00:00 +0000
2021-10-212023-07-19
根据官网最新的产品规范，CentOS 7 在 2024 年停止支持，CentOS 8 将在今年年末停止支持。产品规范链接：https://wiki.centos.org/zh/About/Product

所以，想着要入手 Debian 学习和折腾一番，刚好腾讯云有个 2 核 4G，80GB SSD 盘的轻量云服务器，首年才 74 块，于是开始入手。
论坛社区¶
官网：https://www.debian.org/
文档资料¶

《Debian 用户手册》
《Debian 管理员手册》：一本介绍 Debian 发行版的书，从初始的安装过程到配置各种服务。

其他资料¶

张亚，《[Linux]-Debian10 基础使用》，博客园



SSH 登录与配置
章鱼猫先生 — Fri, 08 Oct 2021 00:00:00 +0000
解决 SSH Failed Permission Denied¶
2021-10-082022-08-18

在 SSH 服务器上修改了与权限相关的设置之后，会出现 SSH 权限拒绝错误（SSH Permission denied error）。通常的场景包括安装新的软件包或创建新用户。

在本教程中，您将学习如何排除 SSH Permission denied 错误并重新连接到 SSH 服务器。
前提条件¶

以本地计算机作为 SSH Client 客户机和远程系统作为 SSH server 服务器。
通过一个用户账号对远程服务器进行访问(用于基于密码的登录)。
需要一个具有 sudo 或 root 特权的用户帐户(用于修改 SSH 相关配置)。

SSH 权限拒绝¶
当尝试通过 SSH 进入服务器时，会出现 SSH 权限拒绝错误：
Permission denied (publickey,gssapi-keyex,gssapi-with-mic)


在 Permission denied 语句之后，括号里面包含了在连接启动时失败时尝试的身份验证方法。这个错误表明公钥才是问题所在，这其实是一种误导。
出现该错误的一个原因可能是与 sshd_config 的配置有关，这个文件包含了 SSH 服务器的配置。另一种可能性是授权的 authorized_keys 文件没有足够的权限，这个文件包含了允许从 Client 客户机 SSH 到远程服务器的公钥列表。因此，当系统无法正常读取文件就会导致“权限拒绝”错误。
修复 SSH Permission denied¶
两个解决方案都包含需要在服务器端执行的步骤。首先打开服务器上的终端，然后执行下面的解决方案之一。
解决方案 1：启用密码身份验证¶
如果您想使用密码访问 SSH 服务器，修复 Permission denied 错误的解决方案是在 sshd_config 文件中启用密码登录。
要做到这一点，在文本编辑器中打开文件：
sudo nano /etc/ssh/sshd_config


在文件中，找到 PasswordAuthentication 行，并确保它以 yes 结尾。
在文件中，找到 ChallengeResponseAuthentication 选项，并通过添加 no 来禁用它。
如果行被注释掉了，删除散列符号** #** 以取消注释。


保存文件并退出。
最后，通过输入以下命令重新启动 SSH 服务：
sudo systemctl restart sshd

解决方案 2：更改文件系统权限¶
出于安全考虑，不推荐使用基于密码的登录作为 SSH 身份验证方法。因此，下面的解决方案可能是可取的，因为它解决了公共密钥认证的方法。
首先，使用文本编辑器打开 sshd_config 文件：
sudo nano /etc/ssh/sshd_config

在文件中，确保下列选项设置如下：
PermitRootLogin no
PubkeyAuthentication yes


:::tips
**注意: **以上步骤被认为是最佳安全实践。如果需要使用 root 登录，请将相关行设置为 yes。
:::
注释掉与 gssapi 相关的选项，在行首添加 # 符号：
#GSSAPIAuthentication yes
#GSSAPICleanupCredentials no


另外，确保 UsePAM 行设置为 yes：
UsePAM yes


保存文件并重新启动 sshd 服务：
systemctl restart sshd

接下来，导航到你的主文件夹并检查权限：
ls -ld


如果您的所有者权限没有设置为读、写和执行(drwx------) ，请使用 chmod 命令更改它们：
chmod 0700 /home/[your-username]

现在进入 .ssh 文件夹，并重新检查该目录的权限：
ls -ld


这个目录还应该具有文件所有者的读、写和执行权限，如果没有，请使用 chmod 命令更改它们：
chmod 0700 /home/your_home/.ssh

接着，再来检查 .ssh 文件夹包含授权的 authorized_keys 文件的权限：
ls –ld authorized_keys


文件所有者应该具有该 authorized_keys 文件的读写权限。如果没有，请使用下面的方法修改：
chmod 0600 /home/[username]/.ssh/authorized_keys

现在再次尝试使用密钥对登录。下面的输出显示了一次成功的登录尝试。

:::tips
**注意：**有关 Linux 文件权限的详细信息，请阅读 Linux 文件权限教程。
:::
总结¶
本教程介绍了解决 SSH Permission denied (publikey、 gssapi-keyex、 gssapi-with-mic) 错误所需的步骤。通过完成指南中的步骤，您应该可以修复错误并成功地通过 SSH 连接到服务器。
解决 SSH 一段时间不操作就退出¶
在 CentOS/openEuler/Debian 系统上，发现了这个问题，SSH 登录后，一段时间吧不操作，SSH 就会自动退出。解决这个问题的办法，可以修改 SSH 服务器端的配置，也可以修改 SSH 客户端的配置。
修改 SSH 服务端的配置¶
sudo vim /etc/ssh/sshd_config
把下面这两行的注册打开，然后修改参数：
ClientAliveInterval 30 # 表示每 30 秒服务器向客户端发起一次心跳，如果客户端响应就保持连接
ClientAliveCountMax 5 # 如果连续 5 次服务器收不到心跳，就断开连接
以上两个参数，可以根据自己的情况来设置。
最后，配置要生效，需要重启 sshd 服务：
$ systemctl restart sshd.service

#或者
$ service sshd restart

正常情况，客户端不会不响应服务器的心跳，因此 SSH 客户端就不会再自动退出了。
修改 SSH 客户端的配置¶
修改客户端的配置的好处是，不需要重启服务端，如果你没有权限修改 SSH 服务器，也只能修改客户端的配置了。
sudo vim /etc/ssh/ssh_config
增加：
TCPKeepAlive yes # 据说这个配置项默认是开启的
ServerAliveInterval 30 #客户端主动向服务端请求响应的间隔
ServerAliveCountMax 5 # 连续 5 次客户端收不到服务器的响应，就是退出链接
好像大家都不太喜欢修改客户端的配置，而更新换直接在 ssh 命令行上输入这些配置项：
ssh -o TCPKeepAlive=yes -o ServerAliveInterval=30 -o ServerAliveCountMax=5 username\@serverip
使用的是 -o 参数。
SSH 断开链接原因，常常是因为长时间没有数据传输，被中间的路由器掐断的。有了心跳，就可以解决这个问题。


腾讯云/阿里云升级 Rocky Linux
章鱼猫先生 — Thu, 30 Sep 2021 00:00:00 +0000
2021-09-302022-05-27
昨天在语雀开了一个话题讨论《CentOS 7 和 8 不维护停止更新之后，服务器选择使用什么系统好？》，在 V2EX 收到不少回复。
在前几天正好入手了腾讯云/阿里云的一个 2 核 4G，80GB SSD 盘的轻量云服务器，首年才 74，作为尝鲜一开始装了个 Debian 10，不得不说，RH 系用久了，回到 Debian/Ubuntu 还真是一下子没适应过来。
也看到不少朋友都已经在生产环境用上了 Rocky Linux 和 CentOS 8 无缝对接，突发奇想也想体验一下，搜了一圈发现虽然 Rocky Linux 迁移和安装的教程不少，但唯独没找到在云服务上的迁移的，而且目前国内的阿里云/腾讯云/华为云都没有提供 Rocky Linux 的镜像，于是开始自己折腾。
安装前准备¶
步骤 1. 首先，把你的服务器变更成 CentOS 8.x 系统。


如果你用的是阿里云的 ECS（或者轻量云服务，个人用的是轻量云服务器），可以先升级到 CentOS 8.2 的系统。


步骤 2. 然后，让我们先确保您的系统是最新的（如果已经是 CentOS 8.0 及以上，可以不用执行这一步）。
# 这一步会把系统升级到最新的版本，如果你是 CentOS 8.0，可能会升级到 8.5
sudo dnf update
sudo dnf upgrade

步骤 3. 下载 Rocky Linux 8 到 CentOS 8 的迁移脚本。
Rocky Linux 提供了一个名为的工具 migrate2rocky，该工具已在许多 RHEL 变体（例如 CentOS、AlmaLinux 和 Oracle Linux）上成功测试：
curl https://raw.githubusercontent.com/rocky-linux/rocky-tools/main/migrate2rocky/migrate2rocky.sh -o migrate2rocky.sh

或者，可以通过 git 下载：
dnf install git
git clone https://github.com/rocky-linux/rocky-tools.git

安装¶
这可能是最简单的一点。 登录到您的服务器，然后使用命令放终端 cd 到包含 migrate2rocky.sh 文件的文件目录。
然后，确保文件是可执行的：
sudo chmod +x migrate2rocky.sh

接下来，执行脚本：
./migrate2rocky.sh -r


-r 选项告诉脚本继续安装所有内容 (That “-r” option tells the script to just go ahead and install everything.)。

$ ./migrate2rocky.sh -r
Preparing to migrate CentOS Linux 8 to Rocky Linux 8.

Determining repository names for CentOS Linux 8.....

Found the following repositories which map from CentOS Linux 8 to Rocky Linux 8:
CentOS Linux 8  Rocky Linux 8
appstream       appstream
baseos          baseos
extras          extras

Getting system package names for CentOS Linux 8.......

Found the following system packages which map from CentOS Linux 8 to Rocky Linux 8:
CentOS Linux 8        Rocky Linux 8
centos-backgrounds    rocky-backgrounds
centos-gpg-keys       rocky-gpg-keys
centos-logos          rocky-logos
centos-indexhtml      rocky-indexhtml
centos-linux-release  rocky-release
centos-linux-repos    rocky-repos
[...]


如果出现以下的报错信息，则参考 Invalid configuration value: failovermethod=priority in repo config files，把 failovermethod=priority 一行从 /etc/yum.repos.d/CentOS-epel.repo 中删除。

[root@iZ7xv4bbjwm8qgx8m72z68Z ~]# ./migrate2rocky.sh -r

Removing dnf cache
Preparing to migrate CentOS Linux 8 to Rocky Linux 8.

Determining repository names for CentOS Linux 8.Invalid configuration value: failovermethod=priority in /etc/yum.repos.d/CentOS-epel.repo; Configuration: OptionBinding with id "failovermethod" does not exist

成功迁移 Rocky Linux 后，您应该会看到以下输出：
...
Complete!

Done, please reboot your system.
A log of this installation can be found at /var/log/migrate2rocky.log



然后，运行以下命令来同步已安装的软件包，然后只需重新启动系统：
sudo dnf distro-sync -y
sudo reboot



检查操作系统版本¶
为了确认您已成功迁移到 Rocky Linux，请检查操作系统版本：
cat /etc/redhat-release

输出：
Rocky Linux release 8.4 (Green Obsidian)



参考资料¶

Migrating To Rocky Linux - Documentation，官方文档
如何从 CentOS 8 迁移到 Rocky Linux 8 - 统信 UOS 之家



Python 获取 NCBI 基因名 SSL 证书出现异常
章鱼猫先生 — Sun, 26 Sep 2021 00:00:00 +0000
2021-09-262021-11-06
源自于前几天对一批转录本的批量化操作的一些记录。
即想要通过 Python 在线获取某个转录本对应的基因 Symbol 时，发现出现 SSL 无法获取本地证书：unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1056)！
>>> from Bio import SeqIO
>>> from Bio import Entrez
>>> Entrez.email = "A.N.Other@example.com"
>>> records = SeqIO.parse(Entrez.efetch(id='NM_001009537.4', db="nucleotide", rettype="gb", retmode="text"), "gb")
Traceback (most recent call last):
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 1317, in do_open
    encode_chunked=req.has_header('Transfer-encoding'))
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/http/client.py", line 1229, in request
    self._send_request(method, url, body, headers, encode_chunked)
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/http/client.py", line 1275, in _send_request
    self.endheaders(body, encode_chunked=encode_chunked)
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/http/client.py", line 1224, in endheaders
    self._send_output(message_body, encode_chunked=encode_chunked)
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/http/client.py", line 1016, in _send_output
    self.send(msg)
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/http/client.py", line 956, in send
    self.connect()
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/http/client.py", line 1392, in connect
    server_hostname=server_hostname)
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/ssl.py", line 412, in wrap_socket
    session=session
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/ssl.py", line 853, in _create
    self.do_handshake()
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/ssl.py", line 1117, in do_handshake
    self._sslobj.do_handshake()
ssl.SSLCertVerificationError: [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1056)

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/site-packages/Bio/Entrez/__init__.py", line 184, in efetch
    return _open(cgi, variables, post=post)
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/site-packages/Bio/Entrez/__init__.py", line 543, in _open
    handle = _urlopen(cgi)
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 222, in urlopen
    return opener.open(url, data, timeout)
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 525, in open
    response = self._open(req, data)
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 543, in _open
    '_open', req)
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 503, in _call_chain
    result = func(*args)
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 1360, in https_open
    context=self._context, check_hostname=self._check_hostname)
  File "/home/shenweiyan/software/Python-3.7.3/lib/python3.7/urllib/request.py", line 1319, in do_open
    raise URLError(err)
urllib.error.URLError: <urlopen error [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1056)>

根据网络上的解析，当使用 urllib.urlopen 打开一个 https 链接时，会验证一次 SSL 证书。而当目标网站使用的是自签名的证书时就会抛出如下异常：
ssl.SSLCertVerificationError: [SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED] certificate verify failed: unable to get local issuer certificate (_ssl.c:1056)
解决方法也很简单，下面是个人简单总结的 3 种常用解决方法。
方法一，全局取消证书验证¶
>>> import ssl
>>> ssl._create_default_https_context = ssl._create_unverified_context

方法二，指定位置安装证书¶

查看证书默认位置。

>>> import ssl
>>> print(ssl.get_default_verify_paths())
DefaultVerifyPaths(cafile=None, capath='/home/shenweiyan/software/LibDependence/openssl-1.1.1/ssl/certs', openssl_cafile_env='SSL_CERT_FILE', openssl_cafile='/home/shenweiyan/software/LibDependence/openssl-1.1.1/ssl/cert.pem', openssl_capath_env='SSL_CERT_DIR', openssl_capath='/home/shenweiyan/software/LibDependence/openssl-1.1.1/ssl/certs')

由于在 openssl_cafile 中指定的 CA 文件（cert.pem）不存在，所以导致上面的错误。

下载 CA 文件，将下载的 CA 文件放到 openssl_cafile 指定位置。注意，如果放到 openssl_capath 目录下还会出现类似的问题，一定要放到 openssl_cafile 指定的位置。

$ cd /home/shenweiyan/software/LibDependence/openssl-1.1.1/ssl
$ wget http://curl.haxx.se/ca/cacert.pem -O cert.pem --no-check-certificate

方法三，设置环境变量¶
也可以参考 stackoverflow 上的做法，通过修改下面环境变量的方式解决（亲测可行）。
export SSL_CERT_FILE=/usr/local/etc/openssl/cert.pem
export REQUESTS_CA_BUNDLE=/usr/local/etc/openssl/cert.pem

最后，问题解决。
>>> from Bio import SeqIO
>>> from Bio import Entrez
>>> Entrez.email = "A.N.Other@example.com"
>>> records = SeqIO.parse(Entrez.efetch(id='NM_001009537.4', db="nucleotide", rettype="gb", retmode="text"), "gb")
>>> for record in records:
...     for feature in record.features:
...         if feature.type == "gene":
...             print(feature.qualifiers['gene'])
...
['Zfp799']



使用腾讯 CODING 托管并自动部署 Hugo 网站
章鱼猫先生 — Fri, 10 Sep 2021 00:00:00 +0000
2021-09-102022-11-25
一直以来，个人的很多应用站点，包括博客、MDX、BioIT 网址导航等，都托管和部署在了 Coding 上，而且用的基本都是网站托管服务中的**“静态网站”**（coding 新建网站没有 hugo 可以勾选）!

自己平时懒得去管主机的各种服务之类的，主机（尤其是云主机）在部署 Hugo 用的最多的是：

使用 hugo 来生成站点的静态网站文件；
把静态网站文件 push 到 coding，通过 coding 的静态网站服务进行自动部署。

今天，来解锁 coding 上的一个 “持续集成” 功能，通过它自动进行托管并部署 Hugo 网站（从此再也不用依赖主机了）。
CODING 和腾讯云关联¶
这边要打通两边，做一个关联，详细就不多说了，折腾一下都 OK 的。
创建项目¶
做了上面的事情后，你应该会有一个团队主体，然后用这个团队主体创建一个项目。


创建两个仓库¶
创建项目成功后进入项目。创建两个仓库，一个是存储源代码的文件，一个是放置生成的静态网站文件。

流程配置¶
创建完网站后，在左边导航栏选择”持续集成”→”构建计划”，选择自定义构建过程。



在自定义构建过程中点击确定后，进入创建构建计划设置——流程配置。

代码检出¶
代码检出保持原有的就可以，不用去设置什么。

执行 Hugo 构建¶
定义 2-1 步骤名称（我这里命名为：执行 Hugo 构建）。




# 这一步是下载 hugo 的执行程序，我是放在了 coding 的制品里面了；
# 外网下载好像速度有点慢，可以修改成其他版本或下载地址，下面需要对应修改文件名。
curl -fL "https://shenweiyan-generic.pkg.coding.net/btscl/tools/hugo_Linux-64bit.tar.gz?version=0.91.0" -o hugo_Linux-64bit-0.91.0.tar.gz

# 解压
tar -zvxf hugo_Linux-64bit-0.91.0.tar.gz
# 删除压缩包
rm -rf hugo_Linux-64bit-0.91.0.tar.gz

# 列出当前目录的文件
ls -hal

# 移动 hugo 到执行目录
mv hugo /usr/bin/hugo

# 由于前一步我们把代码检出了，所以我们目前是处于源代码目录下的；
# 执行 hugo 命令便可生成静态网站到 public 目录。
hugo -D

执行代码同步¶
点击”增加阶段”，增加一个”3-1 执行代码同步阶段”。


# 进入到网站目录
cd ./public
# 初始化仓库
git init
# 绑定public仓库，这边是可以用默认变量token来代替认证
git remote add origin https://${CODING_USER}:${CODING_TOKEN}@e.coding.net/shenweiyan/webstack/nav.bioitee.pub.git
git add --all
git commit -m "执行自动更新"
# 强制推送内容
git push --force origin master

添加环境变量¶

CODING_USER 和 CODING_TOKEN 的环境变量可以通过下面的方法获取（如下截图），也可以直接使用你个人的用户名和密码。

勾选以下权限：

project:depot，读/写，完整的仓库控制权限；
project:file，读/写，授权读取与操作文件；
project:deployment，读/写，授权用户持续部署；
project:ci，读/写，持续集成；



配置完成¶
配置完成后，点击保存。

立即构建¶
流程配置后立即构建，这个时候就会自动跑一遍这个流程了，基本上就完成了整个自动化构建部署。


简单总结¶
最后说几句，这边要注意流程计划的触发规则为当代码源触发时自动执行，这样的话当你源代码仓库有更新时就会执行这个流程更新 public 仓库，而当 public 仓库发生改动时，你可以结合腾讯云的云开发 Webify 触发静态网站自动部署，具体的 Webify 操作可以参考《腾讯云云开发 Webify 上手体验》。


服务器崩溃日志之误删 OpenSSL
章鱼猫先生 — Thu, 02 Sep 2021 00:00:00 +0000
2021-09-022021-10-29
最开始是想安装 Bioconductor 中的 minfi（https://github.com/hansenlab/minfi） 这个 R 包，但是发现不管是 conda 还是 BiocManager::install(“minfi”) 总不能成功，依赖包贼多不说，有些依赖包还特别坑爹。
首先要说的是 sparseMatrixStats（https://github.com/const-ae/sparseMatrixStats），虽然这个包比较坑，但作者起码在 GitHub 上给出了说明和解决方法。
最坑的应该是一个叫 rhdf5filters（https://github.com/grimbough/rhdf5filters）的 R 包，费劲了九牛二虎之力都搞不定，尤其是在 GCC-4.8.5 编译器下有人说 “assume it is just obsolete compiler”，让我感觉到我的 CentOS-6.5 +gcc-4.8.5 想要安装好它基本是没戏了！

几经折腾，虽然最终在 R-3.4 中倒腾成功了，但是对于 R>=3.5 总是耿耿于怀想再尝试一下（不见棺材不落泪 😭😭😭），结合到前几天看到的 devtoolset，于是想着去折腾一下。
有时候现实就是这么残酷，摩拳擦掌蠢蠢欲试，有时候结果会让你直接吐血——在安装 devtoolset 的时候总发现有这么一条重复出现且让人讨厌的 openssl 错误信息：
:::warning
**** Found 1 pre-existing rpmdb problem(s), ‘yum check’ output follows:**
openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 is a duplicate with openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
:::

初生牛犊不怕虎（其实当时应该先谷歌一下能不能卸载 😳😳😳），也没想太多于是就把重复的 openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 卸载了！！！
:::warning
$ rpm -e openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64
:::

接下来，惊魂的酸爽时刻来了：

yum 不能用了，开始提示 libssl.so.10 不存在！

:::warning
libssl.so.10: cannot open shared object file: No such file or directory
:::

新的 Terminal 想要通过 SSH 再次登陆 log01，提示网络被关闭，登陆不上去了！！

开始意识到出问题了，于是去谷歌，搜索完差点一口老血喷出来！但万幸的是 root 还没有退出来！！！
于是开始自救！
首先，下载对应版本的 rpm（这时候 wget/scp 都罢工了！），上传到服务器，然后 rpm 安装。
最先下载的是 openssl-1.0.0-27.el6.src.rpm，但 rpm 安装的时候又出现了新的问题。
[root@log01 lib64]# rpm -ivh /home/bioadmin/openssl-1.0.0-27.el6.src.rpm
warning: /home/bioadmin/openssl-1.0.0-27.el6.src.rpm: Header V3 RSA/SHA256 Signature, key ID fd431d51: NOKEY
   1:openssl                warning: user mockbuild does not exist - using root
warning: group mockbuild does not exist - using root
warning: user mockbuild does not exist - using root
warning: group mockbuild does not exist - using root
......
warning: group mockbuild does not exist - using root
########################################### [100%]
warning: user mockbuild does not exist - using root
warning: group mockbuild does not exist - using root
warning: user mockbuild does not exist - using root
warning: group mockbuild does not exist - using root

[root@log01 lib64]# sudo useradd -s /sbin/nologin mockbuild
[root@log01 lib64]# rpm -ivh /RiboBio/home/bi.chengnan/R/openssl-1.0.0-27.el6.src.rpm
warning: /RiboBio/home/bi.chengnan/R/openssl-1.0.0-27.el6.src.rpm: Header V3 RSA/SHA256 Signature, key ID fd431d51: NOKEY
   1:openssl                ########################################### [100%]

安装完，发现不起作用，/usr/lib64 下面缺失的 libssl.so.10 和 libcrypto.so.10 没有回来，SSH 依然无法登陆。
接着，下载卸载的 openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64.rpm，不出意外 rpm 安装又遇到新的问题（心底一万个草泥马飘过）！
[root@log01 usr]# rpm -ivh /home/bioadmin/openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64.rpm
warning: /home/bioadmin/openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64.rpm: Header V3 RSA/SHA1 Signature, key ID c105b9de: NOKEY
Preparing...                ########################################### [100%]
        file /usr/bin/openssl from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/.libcrypto.so.1.0.1e.hmac from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/.libssl.so.1.0.1e.hmac from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/libcrypto.so.1.0.1e from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/libssl.so.1.0.1e from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/lib4758cca.so from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libaep.so from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libatalla.so from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libcapi.so from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libchil.so from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libcswift.so from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libgmp.so from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libnuron.so from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libpadlock.so from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libsureware.so from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libubsec.so from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/doc/openssl-1.0.1e/README.FIPS from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/ca.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/ciphers.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/cms.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/ec.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/ocsp.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/openssl.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/req.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/s_client.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/s_server.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/s_time.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/smime.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/speed.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/ts.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/verify.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/x509.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64

第三，尝试 openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64.rpm，居然还是这个问题（。。。。。）！
[root@log01 usr]# rpm -ivh /home/bioadmin/openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64.rpm
warning: /home/bioadmin/R/openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64.rpm: Header V3 RSA/SHA1 Signature, key ID c105b9de: NOKEY
Preparing...                ########################################### [100%]
        package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 is already installed
        file /usr/bin/openssl from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/.libcrypto.so.1.0.1e.hmac from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/.libssl.so.1.0.1e.hmac from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/libcrypto.so.1.0.1e from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/libssl.so.1.0.1e from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/lib4758cca.so from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libaep.so from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libatalla.so from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libcapi.so from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libchil.so from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libcswift.so from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libgmp.so from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libnuron.so from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libpadlock.so from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libsureware.so from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/lib64/openssl/engines/libubsec.so from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/ca.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/cms.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/ec.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/ocsp.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/openssl.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/req.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/s_client.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/s_server.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/s_time.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/smime.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/ts.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/verify.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
        file /usr/share/man/man1/x509.1ssl.gz from install of openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64 conflicts with file from package openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64

第四，尝试下载 openssl-1.0.1e.tar.gz 源码包安装，但是 make 的时候却出现了 Perl 有关的 Error（注意这里是一个很关键的步骤），最开始也以为要凉凉了！！
虽然在《Centos6 卸载 OpenSSL 后重装提示 libssl.so.10: cannot open shared object file: No such file or directory》这篇文章中提到：”Make：通过 make 来生成生成 libssl.so.1.0.0 和 libcrypto.so.1.0.0“，对这句话一直不理解以为是要安装完成后，在目标目录才会生成 libssl.so.1.0.0 和 libcrypto.so.1.0.0！其实并非如此！
$ tar zvxf openssl-1.0.1e.tar.gz
$ cd openssl-1.0.1e
$ ./config shared zlib-dynamic
$ make
......
installing man1/asn1parse.1
installing man1/CA.pl.1
installing man1/ca.1
installing man1/ciphers.1
installing man1/cms.1
cms.pod around line 457: Expected text after =item, not a number
cms.pod around line 461: Expected text after =item, not a number
cms.pod around line 465: Expected text after =item, not a number
cms.pod around line 470: Expected text after =item, not a number
cms.pod around line 474: Expected text after =item, not a number
POD document had syntax errors at /RiboBio/Bioinfo/APPS/perl/bin/pod2man line 71.
make: *** [install_docs] Error 1

其实，make 这一步已经在当前目录（注意是当前执行编译的目录）生成我们想要的 libssl.so.1.0.0 和 libcrypto.so.1.0.0 了！！！

第五，把这两个文件 ln -s 到 /usr/lib64，神奇的发现 yum 居然恢复正常了，虽然 SSH 还是不能登录。
[root@log01 lib64]# ln -s /home/bioadmin/src/openssl-1.0.1e/libssl.so.1.0.0 /usr/lib64/libssl.so.10
[root@log01 lib64]# ln -s /home/bioadmin/src/openssl-1.0.1e/libcrypto.so.1.0.0 /usr/lib64/libcrypto.so.10


最后，尝试着使用 yum 把 openssl 重新安装一下。这一次发现，一切都恢复正常了！

参考资料：

程序员宅基地，《Centos6 卸载 OpenSSL 后重装提示 libssl.so.10: cannot open shared object file: No such file or directory》，程序员宝宝
augusite，《libssl.so.10: cannot open shared object file: No such file or directory - augusite - 博客园》
OpenSSL tar.gz 源码包下载地址：Index of /source/old/1.0.1
OpenSSL rpm 源码下载地址：https://mirrors.aliyun.com/centos-vault/6.5/updates/x86_64/Packages/



SCL 笔记之 Devtoolset 安装与使用
章鱼猫先生 — Thu, 02 Sep 2021 00:00:00 +0000
2021-09-022024-05-29
1. 背景¶

CentOS/RHEL Linux 发行版以稳定性著称，所有的软件都要尽可能 stable，导致的一个结果就是基础软件的版本非常的低，比如 CentOS 6.7（15 年发布） 中 gcc 版本还是 4.4.7（12 年的版本）。这对开发来说就不是很友好，比如我们想用 C++ 11 中的某个特性，就必须自己编译一个高版本的 gcc 出来，但是这会有另外一个问题，开发环境不好维护，如果自己有多台电脑或者多个人合作的项目，每台机器上都要自己编一份，维护起来就比较麻烦。

SCL¶
SCL(Software Collections)是一个 CentOS/RHEL Linux 平台的软件多版本共存解决方案，为 RHEL/CentOS Linux 用户提供一种方便、安全地安装和使用应用程序和运行时环境的多个版本的方式，同时避免把系统搞乱。
SCL 项目主页：https://www.softwarecollections.org
Devtoolset¶

不同平台的编译环境不一样，所以 RedHat 就推出了 scl (Software Collections) ，它可以根据 devtoolset 一起配合来快速统一开发环境，不用一个个的去找各个官网再去编译源码安装。

使用 scl 可以暂时的改变当前用户的编译工具，例如你的系统版本 gcc 4.4.7 但是你可以使用 scl 工具它可以临时的把你的 gcc 版本提升到 4.8。
其实，简单的来说，devtoolset 就是 SCL 提供的一套专门用于 CentOS 或 Red Hat Enterprise Linux 平台编译开发的一套工具集。

Developer Toolset is designed for developers working on CentOS or Red Hat Enterprise Linux platform. It provides current versions of the GNU Compiler Collection, GNU Debugger, and other development, debugging, and performance monitoring tools.


当然，除了 devtoolset 这些专门用于编译开发的工具集，SCL 上还有其他的很多工具集，如 Ruby，Redis，nginx 等等。

2. 安装¶
安装配置 SCL YUM 源¶
首先，要解决的第一个问题就是 yum 源的问题。尤其是在 CentOS 6 已经停止了维护（2020 年 11 月 30 日）的前提下，yum 源如果失效/错误，一切都将免谈。
CenOS 7¶
CentOS 7 最晚在 2024 年 6 月 30 后停止更新维护，在此之前在 CentOS 7 可以通过 yum 直接安装 SCL 源基本都是可以正常使用的。
yum install centos-release-scl centos-release-scl-rh


安装完成后，会默认在 /etc/yum.repos.d 下生成 2 个 repo 源文件：


CentOS-SCLo-scl.repo
  
# CentOS-SCLo-sclo.repo
#
# Please see http://wiki.centos.org/SpecialInterestGroup/SCLo for more
# information

[centos-sclo-sclo]
name=CentOS-7 - SCLo sclo
# baseurl=http://mirror.centos.org/centos/7/sclo/$basearch/sclo/
mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org?arch=$basearch&release=7&repo=sclo-sclo
gpgcheck=1
enabled=1
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo

[centos-sclo-sclo-testing]
name=CentOS-7 - SCLo sclo Testing
baseurl=http://buildlogs.centos.org/centos/7/sclo/$basearch/sclo/
gpgcheck=0
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo

[centos-sclo-sclo-source]
name=CentOS-7 - SCLo sclo Sources
baseurl=http://vault.centos.org/centos/7/sclo/Source/sclo/
gpgcheck=1
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo

[centos-sclo-sclo-debuginfo]
name=CentOS-7 - SCLo sclo Debuginfo
baseurl=http://debuginfo.centos.org/centos/7/sclo/$basearch/
gpgcheck=1
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo



CentOS-SCLo-scl-rh.repo
   
# CentOS-SCLo-rh.repo
#
# Please see http://wiki.centos.org/SpecialInterestGroup/SCLo for more
# information

[centos-sclo-rh]
name=CentOS-7 - SCLo rh
#baseurl=http://mirror.centos.org/centos/7/sclo/$basearch/rh/
mirrorlist=http://mirrorlist.centos.org?arch=$basearch&release=7&repo=sclo-rh
gpgcheck=1
enabled=1
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo

[centos-sclo-rh-testing]
name=CentOS-7 - SCLo rh Testing
baseurl=http://buildlogs.centos.org/centos/7/sclo/$basearch/rh/
gpgcheck=0
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo

[centos-sclo-rh-source]
name=CentOS-7 - SCLo rh Sources
baseurl=http://vault.centos.org/centos/7/sclo/Source/rh/
gpgcheck=1
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo

[centos-sclo-rh-debuginfo]
name=CentOS-7 - SCLo rh Debuginfo
baseurl=http://debuginfo.centos.org/centos/7/sclo/$basearch/
gpgcheck=1
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo



CentOS 6¶
如果您使用 yum 安装 centos-release-SCL/centos-release-scl 时遇到 Error: Nothing to do 异常（尤其是在已经停止维护的 CentOS 6 的系统中）：
[root@log01 ~]# yum install centos-release-SCL
Loaded plugins: product-id, refresh-packagekit, security, subscription-manager
This system is not registered to Red Hat Subscription Management. You can use subscription-manager to register.
Setting up Install Process
No package centos-release-SCL available.
Error: Nothing to do

这种情况下，您可以参考 https://github.com/sclorg/centos-release-scl 提供的方法进行安装（或者参考本文下面提到的手动创建 CentOS-SCLo-scl.repo 和 CentOS-SCLo-scl-rh.repo 的方式进行安装）：
# CentOS 6
sudo yum-config-manager --add-repo=https://copr.fedoraproject.org/coprs/rhscl/centos-release-scl/repo/epel-6/rhscl-centos-release-scl-epel-6.repo
sudo yum install centos-release-scl

# CentOS 7
sudo yum-config-manager --add-repo=https://copr.fedoraproject.org/coprs/rhscl/centos-release-scl/repo/epel-7/rhscl-centos-release-scl-epel-7.repo
sudo yum install centos-release-scl


**Important: **Please, mind, that packages build by SCLo SIG are not supported and are not part of the supported Red Hat portfolio. For installing supported Software Collections packages, install packages from official RHSCL repository only.

手动调整 SCL YUM 源¶
如果您通过 rpm（或者其他的方式）成功安装了 centos-release-scl，但是安装 devtoolset（或者其他工具集时）提示 404 异常。
[root@log01 ~]# yum install devtoolset-3
Loaded plugins: product-id, refresh-packagekit, security, subscription-manager
This system is not registered to Red Hat Subscription Management. You can use subscription-manager to register.
http://mirror.centos.org/centos/6/sclo/x86_64/sclo/repodata/repomd.xml: [Errno 14] PYCURL ERROR 7 - "Failed to connect to mirror.centos.org port 80: Connection refused"
Trying other mirror.
Error: Cannot retrieve repository metadata (repomd.xml) for repository: centos-sclo-sclo. Please verify its path and try again

[root@log01 ~]# yum install devtoolset-7-gcc*
Loaded plugins: product-id, refresh-packagekit, security, subscription-manager
This system is not registered to Red Hat Subscription Management. You can use subscription-manager to register.
http://mirror.centos.org/centos/6/sclo/x86_64/sclo/repodata/repomd.xml: [Errno 14] PYCURL ERROR 22 - "The requested URL returned error: 404 Not Found"
Trying other mirror.
Error: Cannot retrieve repository metadata (repomd.xml) for repository: centos-sclo-sclo. Please verify its path and try again

主要原因可能在于：

由于 CentOS 6 已经停止了维护，但 CentOS 6 对应的 centos-release-scl repo 中 baseurl 指向的链接可能已经弃用失效（deprecated），尤其是 baseur 指向 http://mirror.centos.org/centos/6/ 的链接。

针对以上的情况，可以按照以下步骤，手动进行处理（本文章中使用的阿里云的 YUM 源）。

提示：
通过 https://github.com/sclorg/centos-release-scl（或者其他方式）安装了 centos-release-scl 的童鞋，如果想要获取更好的下载体验，也可以根据需要手动调整对应 repo 的 baseurl 地址。
目前，可以的 CentOS 6 源地址（CentOS 7 还在维护周期内，大部分源均可用）：

https://mirrors.aliyun.com/centos-vault/
http://vault.centos.org/centos/
https://download.copr.fedorainfracloud.org/results/rhscl/centos-release-scl/


第一，在 /etc/yum.repos.d 手动创建 CentOS-SCLo-scl.repo 和 CentOS-SCLo-scl-rh.repo 文件。


CentOS-SCLo-scl.repo
   
# CentOS-SCLo-sclo.repo
#
# Please see http://wiki.centos.org/SpecialInterestGroup/SCLo for more
# information

[centos-sclo-sclo]
name=CentOS-6 - SCLo sclo
#baseurl=http://vault.centos.org/centos/6/sclo/$basearch/sclo/
baseurl=https://mirrors.aliyun.com/centos-vault/6.9/sclo/x86_64/sclo/
gpgcheck=1
enabled=1
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo

[centos-sclo-sclo-testing]
name=CentOS-6 - SCLo sclo Testing
baseurl=http://buildlogs.centos.org/centos/6/sclo/$basearch/sclo/
gpgcheck=0
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo

[centos-sclo-sclo-source]
name=CentOS-6 - SCLo sclo Sources
baseurl=http://vault.centos.org/centos/6/sclo/Source/sclo/
gpgcheck=1
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo

[centos-sclo-sclo-debuginfo]
name=CentOS-6 - SCLo sclo Debuginfo
baseurl=http://debuginfo.centos.org/centos/6/sclo/$basearch/
gpgcheck=1
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo



CentOS-SCLo-scl-rh.repo
   
# CentOS-SCLo-rh.repo
#
# Please see http://wiki.centos.org/SpecialInterestGroup/SCLo for more
# information

[centos-sclo-rh]
name=CentOS-6 - SCLo rh
#baseurl=http://vault.centos.org/centos/6/sclo/$basearch/rh/
baseurl=https://mirrors.aliyun.com/centos-vault/6.9/sclo/x86_64/rh/
gpgcheck=1
enabled=1
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo

[centos-sclo-rh-testing]
name=CentOS-6 - SCLo rh Testing
baseurl=http://buildlogs.centos.org/centos/6/sclo/$basearch/rh/
gpgcheck=0
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo

[centos-sclo-rh-source]
name=CentOS-6 - SCLo rh Sources
baseurl=http://vault.centos.org/centos/6/sclo/Source/rh/
gpgcheck=1
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo

[centos-sclo-rh-debuginfo]
name=CentOS-6 - SCLo rh Debuginfo
baseurl=http://debuginfo.centos.org/centos/6/sclo/$basearch/
gpgcheck=1
enabled=0
gpgkey=file:///etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-CentOS-SIG-SCLo



第二，更新 yum 源的缓存。
$ cd /etc/yum.repos.d
$ yum clean all
$ yum makecache

第三，yum 源更新完后，就可以使用以下的命令查看对应源的软件包信息。
# 查看 centos-sclo-rh 源所有可用的软件包
$ yum list all --enablerepo='entos-sclo-rh'

# 查看 centos-sclo-rh 源中名为 scl-utils 的软件包
$ yum search scl-utils --enablerepo='centos-sclo-rh'

安装 scl-utils¶
scl-utils 是管理 SCL (Software Collection) 环境设置和运行软件的一套软件工具。
yum install scl-utils

个人在 CentOS 6.5 中安装 devtoolset-4 就遇到 scl-utils 版本太低，要求 scl-utils >= 20120927-11 的报错。

解决方法如下：
# centos-scl 参考 Devtoolset 一节中的 /etc/yum.repos.d/centos-scl.repo 文件
yum install scl-utils --enablerepo=centos-scl


安装 Devtoolset¶
不同的 devtoolset 对应了不同的 gcc 版本，如：

devtoolset-1 是 gcc 4.7
devtoolset-2 是 gcc 4.8
devtoolset-3 是 gcc 4.9
devtoolset-4 是 gcc 5.2/5.3
devtoolset-6 是 gcc 6.2/6.3
devtoolset-7 是 gcc 7.2/7.3


CentOS 7 的 centos-sclo-rh/centos-sclo 默认支持 devtoolset-7 及以上，如果想要使用 devtoolset-3 到 7 之间的版本，可以参考下面的做法：

创建一个 /etc/yum.repos.d/centos-scl.repo 文件，内容如下：

[centos-scl]

name=centos-scl
baseurl=http://vault.centos.org/6.5/SCL/$basearch/
gpgcheck=0
enabled=0


创建完了以后，安装 scl-utils，如果你前面已经安装这一步可以跳过：

$ yum install scl-utils --enablerepo=centos-scl


创建一个 /etc/yum.repos.d/centos-devtools.repo，内容如下：

[centos-devtools]
name=centos-devtools
#baseurl=http://vault.centos.org/centos/6/sclo/$basearch/rh/
baseurl=https://mirrors.aliyun.com/centos-vault/6.9/sclo/x86_64/rh/
gpgcheck=1
enabled=1


安装 devtools：

yum install devtoolset-4 --enablerepo='centos-devtools'

3. 使用¶
激活与切换¶
可以使用下面的命令查看通过 scl 安装了哪些软件：
$ scl -l
devtoolset-3
devtoolset-4

激活 scl 安装的软件：
$ scl enable devtoolset-4 bash

# 如果 scl enable 不起作用，可使用 source 激活
$ source /opt/rh/devtoolset-4/enable

$ gcc --version
gcc (GCC) 5.3.1 20160406 (Red Hat 5.3.1-6)
Copyright (C) 2015 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.


卸载¶
可能大家用完开发工具集后就会想要删除它，其实很简单，输入以下命令：
yum remove devtoolset-3\*

然后也可以删除 SCL 管理工具：
yum remove scl-utils\*

3. 参考资料¶

Installing node.js v8.11.1 to centos 6.5 server. - kakts-log
RedHat6 系列 Devtool-Set - SegmentFault 思否
Software Collections — Software Collections，SCL 官网
Product Documentation for Red Hat Developer Toolset 4 | Red Hat Customer Portal
Fedora copr Rhscl’s Projects Project List，Fedora copr Rhscl’s Projects 官网
Index - Developer Toolset，devtoolset1-3，Linux @ CERN



GLIBC 笔记 | 安装与使用
章鱼猫先生 — Tue, 31 Aug 2021 00:00:00 +0000
2021-08-312022-04-13

前言¶
如果你不太了解 glibc，请不要随便升级，请不要随便升级，请不要随便升级！重要的事情说三遍！！！

Glibc 是 GNU 发布的 libc 库，即 c 运行库。glibc 是 linux 系统中最底层的 api，几乎其它任何运行库都会依赖于 glibc。glibc 除了封装 linux 操作系统所提供的系统服务外，它本身也提供了许多其它一些必要功能服务的实现。由于 glibc 囊括了几乎所有的 UNIX 通行的标准，可以想见其内容包罗万象。而就像其他的 UNIX 系统一样，其内含的档案群分散于系统的树状目录结构中，像一个支架一般撑起整个作业系统。在 GNU/Linux 系统中，其 C 函式库发展史点出了 GNU/Linux   演进的几个重要里程碑，用 glibc 作为系统的 C 函式库，是 GNU/Linux 演进的一个重要里程碑。

由于 Glibc 是一个比较底层的依赖库，为了 CentOS 6 安全，你可能不太想冒着风险直接升级，特别是对于一些运行这其他业务的服务器。前车之鉴就在这里！
一次”胆战心惊”的真实集群运维经历
安装¶
CentOS 6.5，最高支持 glibc 的版本为 2.12，而有些程序要 2.14 或者更高版本，所以需要升级或者额外安装。
$ strings /lib64/libc.so.6 |grep GLIBC_
GLIBC_2.2.5
GLIBC_2.2.6
GLIBC_2.3
GLIBC_2.3.2
GLIBC_2.3.3
GLIBC_2.3.4
GLIBC_2.4
GLIBC_2.5
GLIBC_2.6
GLIBC_2.7
GLIBC_2.8
GLIBC_2.9
GLIBC_2.10
GLIBC_2.11
GLIBC_2.12
GLIBC_2.13
GLIBC_2.14
GLIBC_PRIVATE

常规的安装方法如下：
$ mkdir ~/glibc_install; cd ~/glibc_install
$ wget http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-2.14.tar.gz
$ tar zxvf glibc-2.14.tar.gz
$ cd glibc-2.14
$ mkdir build
$ cd build
$ ../configure --prefix=/opt/glibc-2.14
$ make -j4
$ sudo make install
$ export LD_LIBRARY_PATH="/opt/glibc-2.14/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

安装过程中如果出现以下 LD_LIBRARY_PATH shouldn’t contain the current directory when building glibc 提示，可以按照下面的方法处理：
configure: WARNING:
*** These auxiliary programs are missing or incompatible versions: makeinfo
*** some features will be disabled.
*** Check the INSTALL file for required versions.
checking LD_LIBRARY_PATH variable... contains current directory
configure: error:
*** LD_LIBRARY_PATH shouldn't contain the current directory when
*** building glibc. Please change the environment variable
*** and run configure again.


先 echo $LD_LIBRARY_PATH 先看一下结果；
确保结果中不包含了 “:” 的结尾！

unset LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/path/to/prefix/dir/lib

使用¶
Segmentation fault¶
很多人喜欢在手动安装完以后，通过设置 LD_LIBRARY_PATH 环境，然后进行使用，但是这样的用法很容易会导致 **Segmentation fault (core dumped) **的异常。折中的解决方法如下：
/path/to/newglibc/lib/ld-linux-x86-64.so.2 /path/to/your_app

如：
/path/to/newglibc/lib/ld-linux-x86-64.so.2 /bin/ls


PatchELF¶
在同一台服务器上安装并使用多个版本的 GLIBC，StackOverflow 上很多人都在推荐使用 PatchELF 这个工具，PatchELF 是一个用于修改现有 ELF 可执行文件和库的简单实用程序。

ELF: 可执行与可链接格式（Executable and Linkable Format），常被称为 ELF 格式。

StackOverflow 上关于在同一台服务器上安装并使用多个版本的 GLIBC 的讨论可以参考：
Multiple glibc libraries on a single host
PatchELF 是一个开源的工具，GitHub 链接：https://github.com/NixOS/patchelf，用法可以参考：
找不到动态链接库？
Please Wait… | Cloudflare
参考资料¶

Haidar Ali，《Multiple glibc on a Single Linux Machine》，Baeldung on Linux
名本无名，《找不到动态链接库？》，知乎专栏
Unix & Linux，《如何在 CentOS 6.5 中将 glibc 更新到 2.14》，QA Stack
試毅-思伟，《Linux 下安装 GLIBC_2.15》，云+社区 - 腾讯云
caosiyang，《SCL 基本用法》，一个单板滑雪爱好者的编程笔记
zzhongcy，《CentOS/RHEL 开发环境之 devtoolset》，CSDN 博客 - 专业 IT 技术发表平台



Perl 程序编写101
章鱼猫先生 — Fri, 27 Aug 2021 00:00:00 +0000
2021-08-272021-10-02
参数传递¶
#!/usr/bin/perl
use strict;
use Getopt::Long;
use Smart::Comments;

my @libs    = ();
my %flags   = ();
my ( $verbose, $all, $more, $diam, $debug, $test, $step);

GetOptions(
        'verbose+'  => \$verbose,
        'more!'     => \$more,
        'debug:i'   => \$debug,
        'lib=s'     => \@libs,
        'flag=s'    => \%flags,
        'test|t'    => \$test,
        'all|everything|universe' => $all,
);

### $verbose
### $more
### $debug
### $test
### @libs;
### %flags

这就是使用的方法,下面是详细解释,注意看 GetOptions 中的 => 前面的部分.下面是详解

‘verbose+’ 接有 + 的选项不接收变量,后面不需要加内容.直接使用就行了,会在每次出现时增加一次变量,就是讲命行时在参数中 -verbose -verbose 出现二次时 verbose 的值就会变成 2。
‘more!’’ 接有 ! 的选项不接收变量(也就是讲后面不需要加参数 –more 来使用就行了),只要命令行中出现了这个参数,就会默认是 1 ,是用来设置打开和关掉一个功能的>.可以在参数前加 no 变成负的例如-nomore.
‘flag=s’ 接有 = 的字符串要求接字符串（s）、整数（i）,或者浮点（f）等类型的变量.
‘debug:i’ 接有 : 的选项会接受缺省为 0 或者为空字符串的可选变量
‘test|t’ 接有 | 的选项表示可以给 –test 简写为 -t.
‘lib=s’ => @libs 如果相关联的变量是个数组, 如这个地方的 @libs, 那么选项可以多次出现, 值可以被推到数组里.
‘flag=s’ => %flags 如果相关联的变量是个散列, 那么就要求一个键=值（key=value）对, 并被插入到散列里.

备注:
在匹配参数名的时候,GetOptions 在缺省设置下会忽略大小写,默认参数被简写为唯一的最短字符串(首字母)（例如,-m 代表 -more. 相同的首字母时,会加上第二个字母来区分)
未完待续。。。。


Microsoft Edge 的那些事
章鱼猫先生 — Wed, 25 Aug 2021 00:00:00 +0000
2021-08-252021-10-31
2021 年 8 月 24 日，新版 edge 浏览器新标签页出现“中国特供”且无法关闭的广告登上知乎热搜，在 V2EX 上也被广泛吐槽！
关于下载¶
常规下载（https://www.microsoft.com/zh-cn/edge），下载的是 MicrosoftEdgeSetup.exe 文件，大小约 10MB 以内，在安装过程中会执行 edge 实际文件的下载和后续安装。
商业版本下载（https://www.microsoft.com/zh-cn/edge/business/download），下载的是 MicrosoftEdgeEnterpriseX64.msi 文件，大小超过 100MB，安装过程中不会执行其他下载，等同于源码包。
新标签页设置¶




Python 包安装和 postgresql 的一些问题
章鱼猫先生 — Wed, 18 Aug 2021 00:00:00 +0000
2021-08-182022-09-29
今天安装 hgvs 这个 python 包的时候，遇到几个比较有代表性的问题，记录分享一下。

hgvs is a Python package to parse, format, validate, normalize, and map biological sequence variants according to recommendations of the Human Genome Variation Society.

怎么查看 python 未安装包的依赖¶
我们知道的 pip show hgvs 和 pipdeptree -p hgvs 都只能看到已安装 Python 包的依赖，但是未安装的 Python 包依赖目前通过 pip 应该是暂时没法看的。stackoverflow 上看到一个折中的方法，比较繁琐。
In [1]: import requests

In [2]: url = 'https://pypi.org/pypi/{}/json'

In [3]: json = requests.get(url.format('hgvs')).json()

In [4]: json['info']['requires_dist']
Out[4]:
['attrs (>=17.4.0)',
 'biocommons.seqrepo (<1.0)',
 'bioutils (<1.0,>=0.4.0)',
 'configparser (>=3.3.0)',
 'ipython',
 'parsley',
 'psycopg2-binary',
 'six']

In [5]: json['info']['requires_python']
Out[5]: ''

除此之外，可以通过 conda 的方式查看（conda search hgvs –info）。

Psycopg requires libpq >= 9.1¶
hgvs 的安装依赖于 psycopg2-binary，而 psycopg2-binary 又依赖于 psycopg2。

$ pip install psycopg2
Collecting psycopg2
  Downloading psycopg2-2.9.1.tar.gz (379 kB)
     |████████████████████████████████| 379 kB 133 kB/s
Using legacy 'setup.py install' for psycopg2, since package 'wheel' is not installed.
Installing collected packages: psycopg2
    Running setup.py install for psycopg2 ... error
    ERROR: Command errored out with exit status 1:
    ......
    In file included from psycopg/psycopgmodule.c:28:0:
    ./psycopg/psycopg.h:31:2: error: #error "Psycopg requires PostgreSQL client library (libpq) >= 9.1"
     #error "Psycopg requires PostgreSQL client library (libpq) >= 9.1"
     ......

CentOS 6 默认的 PostgreSQL 最高版本为 8.4.18，需要安装 9.1 以上版本的 postgresql 才可以解决以上出现的 “Psycopg requires PostgreSQL client library (libpq) >= 9.1” 问题。
CentOS/Red Hat 安装 PostgreSQL¶
使用 yum list postgresql* 命令可以看到：

CentOS 6 默认的 PostgreSQL 最高版本为 8.4.18；
CentOS 7 默认的 PostgreSQL 最高版本为 9.2.24。

如果需要在 CentOS/Red Hat Enterprise Linux 中安装 PostgreSQL 9/10 以上版本，需要：
1. 配置 yum 源¶
该步骤安装完成后，会在 /etc/yum.repos.d 目录下生成一个 pgdg-redhat-all.repo，里面为 PostgreSQL 各个版本的源信息。
# Red Hat Enterprise Linux 7 - x86_64
yum install -y https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-7-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm

# CentOS 7 - x86_64
yum install -y https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-7-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm

# Red Hat Enterprise Linux 6 - x86_64
yum install -y https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-6-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm

# CentOS 6 - x86_64
yum install -y https://download.postgresql.org/pub/repos/yum/reporpms/EL-6-x86_64/pgdg-redhat-repo-latest.noarch.rpm

最新的 yum 源 rpm 包可以在这里找到：https://yum.postgresql.org/repopackages/
2. 安装¶
yum 源安装完成后，再次执行 yum list postgresql* 命令可以看到 postgresql*、postgresql10*、postgresql11*、.... 各个版本的 PostgreSQL 列表，选择需要的版本安装。
yum install -y postgresql10 postgresql10-devel

yum 的方式安装的 PostgreSQL 默认保存在 /usr/pgsql-10（/usr/pgsql-9.6）下面。
3. 初始化与启动¶
具体自己去谷歌，或者参考：《Linux 下 PostgreSQL 源码编译安装》。
undefined symbol: PQescapeIdentifier¶
安装完 psycopg2 和 hgvs 后，如果 import 过程中出现类似于 _psycopg.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: PQescapeIdentifier 的异常，可以查看一下 _psycopg.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so 的对应的动态库链接 libpq.so 是否正确。
$ ldd /SoftWare/Python-3.7.3/lib/python3.7/site-packages/psycopg2/_psycopg.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fff65bff000)
        libpq.so.5 => /usr/lib64/libpq.so.5 (0x00007fbe7bb03000)
        libpthread.so.0 => /lib64/libpthread.so.0 (0x00007fbe7b8e6000)
        libc.so.6 => /lib64/libc.so.6 (0x00007fbe7b551000)
        libssl.so.10 => /usr/lib64/libssl.so.10 (0x00007fbe7b2e5000)
        libcrypto.so.10 => /usr/lib64/libcrypto.so.10 (0x00007fbe7af00000)
        libgssapi_krb5.so.2 => /lib64/libgssapi_krb5.so.2 (0x00007fbe7acbb000)
        libldap_r-2.4.so.2 => /lib64/libldap_r-2.4.so.2 (0x00007fbe7aa67000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000003636a00000)
        libkrb5.so.3 => /lib64/libkrb5.so.3 (0x00007fbe7a781000)
        libcom_err.so.2 => /lib64/libcom_err.so.2 (0x00007fbe7a57c000)
        libk5crypto.so.3 => /lib64/libk5crypto.so.3 (0x00007fbe7a350000)
        libdl.so.2 => /lib64/libdl.so.2 (0x00007fbe7a14c000)
        libz.so.1 => /RiboBio/Bioinfo/APPS/R-3.3.2/lib/libz.so.1 (0x00007fbe79f34000)
        libkrb5support.so.0 => /lib64/libkrb5support.so.0 (0x00007fbe79d29000)
        libkeyutils.so.1 => /lib64/libkeyutils.so.1 (0x00007fbe79b26000)
        libresolv.so.2 => /lib64/libresolv.so.2 (0x00007fbe7990b000)
        liblber-2.4.so.2 => /lib64/liblber-2.4.so.2 (0x00007fbe796fc000)
        libssl3.so => /usr/lib64/libssl3.so (0x00007fbe794bf000)
        libsmime3.so => /usr/lib64/libsmime3.so (0x00007fbe79292000)
        libnss3.so => /usr/lib64/libnss3.so (0x00007fbe78f54000)
        libnssutil3.so => /usr/lib64/libnssutil3.so (0x00007fbe78d28000)
        libplds4.so => /lib64/libplds4.so (0x00007fbe78b23000)
        libplc4.so => /lib64/libplc4.so (0x00007fbe7891e000)
        libnspr4.so => /lib64/libnspr4.so (0x00007fbe786e1000)
        libsasl2.so.2 => /usr/lib64/libsasl2.so.2 (0x00007fbe784c6000)
        libselinux.so.1 => /lib64/libselinux.so.1 (0x00007fbe782a7000)
        librt.so.1 => /lib64/librt.so.1 (0x00007fbe7809e000)
        libcrypt.so.1 => /lib64/libcrypt.so.1 (0x00007fbe77e67000)
        libfreebl3.so => /lib64/libfreebl3.so (0x00007fbe77bf0000)

正常情况下，/usr/lib64/libpq.so.5 应该对应于 /usr/pgsql-10/lib/libpq.so.5，如果不是，可以参考下面两种方法：

通过设置 LD_LIBRARY_PATH，使其链接正确的动态库。

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/pgsql-10/lib:$LD_LIBRARY_PAT

先备份重命名 /usr/lib64/libpq.so.5，再把正确的 libpq.so.5 软连接过去。

$ mv /usr/lib64/libpq.so.5 /usr/lib64/libpq.so.5.old
$ ln -s /usr/pgsql-10/lib/libpq.so.5 /usr/lib64/libpq.so.5



服务器又中毒了，得治一治！
章鱼猫先生 — Tue, 03 Aug 2021 00:00:00 +0000
2021-08-032021-08-03
今年 5 月 20 日左右，第一次从 kswapd0 占用这系统的资源，I/O 持续过高且极其内存中发现服务器被植入了挖矿病毒。

直到今天，crontab -l 再次发现另外一个账号出现类似异常。


Outlaw 攻击¶
其实，我们只要把 kswapd0、.X25-unix 直接谷歌，不难发现其实这就是一个挖矿的病毒，认真看一下它植入的一些代码，基本就可以确定它就是腾讯安全威胁情报中心曾经提到的国内大量企业遭遇亡命徒（Outlaw）僵尸网络攻击。

腾讯安全威胁情报中心检测到国内大量企业遭遇亡命徒（Outlaw）僵尸网络攻击。亡命徒（Outlaw）僵尸网络最早于 2018 年被发现，其主要特征为通过 SSH 爆破攻击目标系统，同时传播基于 Perl 的 Shellbot 和门罗币挖矿木马。腾讯安全威胁情报中心安全大数据显示，亡命徒（Outlaw）僵尸网络已造成国内约 2 万台 Linux 服务器感染，影响上万家企业。
此次攻击传播的母体文件为 dota3.tar.gz，可能为亡命徒（Outlaw）僵尸网络的第 3 个版本，母体文件释放 shell 脚本启动对应二进制程序，kswapd0 负责进行门罗币挖矿，tsm32、tsm64 负责继续 SSH 爆破攻击传播病毒。
亡命徒（Outlaw）僵尸网络之前通过利用 Shellshock 漏洞进行分发，因此被命名为 “Shellbot”。Shellbot 利用物联网（IoT）设备和 Linux 服务器上的常见命令注入漏洞进行感染。Shellshock 漏洞 (CVE-2014-7169) 是 2014 年在 Bash command shell 中发现的一个严重的漏洞，大多数 Linux 发行版通常会使用到该功能，攻击者可以在这些受影响的 Linux 服务器上远程执行代码。
来源：《亡命徒（Outlaw）僵尸网络感染约 2 万台 Linux 服务器，腾讯安全提醒企业及时清除》


安全建议¶
建议企业 Linux 服务器管理员检查服务器资源占用情况，及时修改弱密码，避免被暴力破解。若发现服务器已被入侵安装挖矿木马，可参考以下步骤手动检查、清除：

删除以下文件，杀死对应进程（杀死 kswapd0 进程，如果 tsm32、tsm64 进程也存在的话也杀死）：

/tmp/*-unix/.rsync/a/kswapd0
*/.configrc/a/kswapd0
md5: 84945e9ea1950be3e870b798bd7c7559
/tmp/*-unix/.rsync/c/tsm64
md5: 4adb78770e06f8b257f77f555bf28065
/tmp/*-unix/.rsync/c/tsm32
md5: 10ea65f54f719bffcc0ae2cde450cb7a


检查 cron.d 中是否存在包含以下内容的定时任务，如有进行删除：

/a/upd
/b/sync
/c/aptitude


通过 crontab -e 命令删除相关的定时任务。

1 1 */2 * * /RiboBio/home/lsfadmin/.configrc/a/upd>/dev/null 2>&1
@reboot /RiboBio/home/lsfadmin/.configrc/a/upd>/dev/null 2>&1
5 8 * * 0 /RiboBio/home/lsfadmin/.configrc/b/sync>/dev/null 2>&1
@reboot /RiboBio/home/lsfadmin/.configrc/b/sync>/dev/null 2>&1
0 0 */3 * * /tmp/.X25-unix/.rsync/c/aptitude>/dev/null 2>&1


如果发现存在通过在授权的 ssh 密钥文件中安装 ssh 指纹来设置 ssh 后门，请删除：

$ cat ~/.ssh/authorized_keys
ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAABJQAAAQEArDp4cun2lhr4KUhBGE7VvAcwdli2a8dbnrTOrbMz1+5O73fcBOx8NVbUT0bUanUV9tJ2/9p7+vD0EpZ3Tz/+0kX34uAx1RV/75GVOmNx+9EuWOnvNoaJe0QXxziIg9eLBHpgLMuakb5+BgTFB+rKJAw9u9FSTDengvS8hX1kNFS4Mjux0hJOK8rvcEmPecjdySYMb66nylAKGwCEE6WEQHmd1mUPgHwGQ0hWCwsQk13yCGPK5w6hYp5zYkFnvlC8hGmd4Ww+u97k6pfTGTUbJk14ujvcD9iUKQTTWYYjIIu5PmUux5bsZ0R4WFwdIe6+i6rBLAsPKgAySVKPRK+oRw== mdrfckr
$ rm -rf ~/.ssh/authorized_keys


更新 ssh 的账号密码，因为该木马就是通过爆破 ssh 账号进来的。



常用物种拉丁名
章鱼猫先生 — Tue, 03 Aug 2021 00:00:00 +0000
2021-08-032021-09-15



1
Homo sapiens
human
人
9606




2
Mus musculus
mouse
小鼠
10090


3
Rattus norvegicus
rat
大鼠
10116


4
Xenopus laevis
frog
爪蟾



5
Drosophila melanogaster
fruit fly
果蝇



6
Caenorhabditis elegans
nematode
线虫



7
Arabidopsis thaliana
thale cress
拟南芥



8
Escherichia coli
colibacillus
大肠杆菌



9
Saccharomyces cerevisiae
yeast
酵母



10
Sus scrofa
pig
猪



11
Bos taurus
cow
牛



12
Gallus gallus
chicken
鸡



13
Danio rerio
zebrafish
斑马鱼



14
Hordeum vulgare
barley
大麦



15
Triticum aestivum
wheat
小麦



16
Oryza sativa
rice
水稻



17
Zea mays
maize
玉米



18
Oryctolagus cuniculus
rabbit
家兔



19
Ciona intestinalis
sea squirt
海胆



20
Anopheles gambiae
malaria mosquito
按蚊



21
Glycine max
soybean
大豆



22
Lycopersicon esculentum
tomato
番茄



23
Medicago truncatula
barrel medic
蒺藜状苜蓿



24
Chlamydomonas reinhardtii
Chlorophyta
莱因哈德衣藻



25
Takifugu rubripes
pufferfish
河豚



26
Macaca mulatta
monkey
恒河猴



27
Mesocricetus auratus
hamster
仓鼠



28
Ciona intestinalis
sea squirt
海鞘



29
Sorghum bicolor
sorghum
高粱



30
Ovis aries
sheep
绵羊



31
Capra hircus
goat
山羊






生信服务器基础配置：启动服务
章鱼猫先生 — Mon, 19 Jul 2021 00:00:00 +0000
2021-07-192021-07-19
关于开机启动服务，CentOS 6 的命令是 chkconfig，CentOS 7 是 systemctl。
CentOS 6 中的 chkconfig 命令主要用来更新（启动或停止）和查询系统服务的运行级信息。谨记 chkconfig 不是立即自动禁止或激活一个服务，它只是简单的改变了符号连接。
CentOS 7 中如果要让任务开机自启动，需将对应的 Unit 文件存放于 /etc/systemd/system 下。即 systemctl 将服务加入开机自启动的操作，实际上是在 /etc/systemd/system 某个 target.wants 目录下创建服务配置文件的软链接文件。而显然的，禁用服务开机自启动的操作是移除软链接。
$ systemctl enable rsyncd.service
Created symlink from /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/rsyncd.service to /usr/lib/systemd/system/rsyncd.service.

$ systemctl disable rsyncd.service
Removed symlink /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/rsyncd.service.

Linux OS 将操作环境分为以下 7 个等级，即：
0：关机
1：单用户模式（单用户、无网络）
2：无网络支持的多用户模式（多用户、无网络）
3：有网络支持的多用户模式（多用户、有网络）
4：保留，未使用
5：有网络支持有 X-Window 支持的多用户模式（多用户、有网络、X-Window 界面）
6：重新引导系统，即重启
查看自启动服务¶
# CentOS 6
chkconfig --list        # 显示开机启动服务列表

# CentOS 7
systemctl list-unit-files --type service | grep enabled

查看某服务的开机启动状态¶
# CentOS 6
chkconfig --list servicename
# 例如
# chkconfig --list httpd
# 输出：httpd 0:off 1:off 2:off 3:off 4:off 5:off 6:off
# 说明：默认情况下，on 和 off 开关只对运行级 2，3，4，5 有效。
# 说明：上面的输出 0-6 都为 off，表示没有自动启动。

# CentOS 7
systemctl list-unit-files --type service | grep service_name

启动（关闭，重启，查看）某个服务¶
# CentOS 6
service  service_name   (start|stop|restart|status)

# CentOS 7
systemctl (start|stop|restart|status) service_name

设置开机启动或者关闭某个服务¶
# CentOS 6
# 1. 服务脚本必须存放在 /etc/ini.d/ 目录下
cp xxx /etc/ini.d/
# 2. 增加/删除所指定的系统服务，让 chkconfig 指令得以管理它
chkconfig --add/--del service_name
# 3. 开启/关闭服务，不指定任何运行级别的 chkconfig on 将启用运行级别 2、3、4 和 5上 的服务。
chkconfig  service_name  on/off

# CentOS 7
systemctl enable  service_name      # 开机启动
systemctl disable  service_name     # 开机关闭


以下内容节选自《systemd 时代的开机自启动任务 | 骏马金龙》，供参考。
systemd 中自定义开机自启动命令/脚本¶


在 SysV 系统中，要让某个命令或者某个脚本开机自启动，可以将命令或者脚本的命令行写入 /etc/rc.d/rc.local 文件中。


在 systemd 中，要让命令或者某个脚本开机自启动，要么将其编写成一个开机自启动服务，要么通过兼容的 /etc/rc.d/rc.local。


但更建议的方案是编写开机自启动服务，后面会专门介绍服务管理配置文件如何编写。
下面是一个简单的让命令(脚本)开机自启动的配置文件：
$ cat /usr/lib/systemd/system/mycmd.service
[Unit]
Description = some shell script
# 要求脚本具有可执行权限
ConditionFileIsExecutable=/usr/bin/some.sh

# 指定要运行的命令、脚本
[Service]
ExecStart = /usr/bin/some.sh

# 下面这段不能少
[Install]
WantedBy = multi-user.target

$ systemctl daemon-reload
$ systemctl enable mycmd.service

如果要使用 /etc/rc.local 的方式呢？systemd 提供了 rc-local.service 服务来加载 /etc/rc.d/rc.local 文件中的命令。
$ cat /usr/lib/systemd/system/rc-local.service
# This unit gets pulled automatically into multi-user.target by
# systemd-rc-local-generator if /etc/rc.d/rc.local is executable.
[Unit]
Description=/etc/rc.d/rc.local Compatibility
ConditionFileIsExecutable=/etc/rc.d/rc.local
After=network.target

[Service]
Type=forking
ExecStart=/etc/rc.d/rc.local start
TimeoutSec=0
RemainAfterExit=yes

这个文件缺少了 [Install] 段且没有 WantedBy，后面将会解释 Install 中的 WantedBy 表示设置该服务开机自启动时，该服务加入到哪个『运行级别』中启动。
但这个文件的注释中说明了，如果 /etc/rc.d/rc.local 文件存在且具有可执行权限，则 systemd-rc-local-generator 将会自动添加到 multi-user.target 中，所以，即使没有 Install 和 WantedBy 也无关紧要。
另一方面需要注意，和 SysV 系统在系统启动的最后阶段运行 rc.local 不太一样，systemd 兼容的 rc.local 是在 network.target 即网络相关服务启动完成之后就启动的，这意味着 rc.local 可能在开机启动过程中较早的阶段就开始运行。
如果想要将命令加入到 /etc/rc.local 中实现开机自启动，直接写入该文件，并设置该文件可执行权限即可。
例如：
echo -e '#!/bin/bash\ndate +"%F %T" >/tmp/a.log' >>/etc/rc.d/rc.local
chmod +x /etc/rc.d/rc.local



挂载对象存储到 Linux 当本地磁盘
章鱼猫先生 — Wed, 07 Jul 2021 00:00:00 +0000
2021-07-072021-07-14
最近在使用云筏的服务器倒腾一个用于方便自己日常工作的导航网站，免得经常在公司、家之间切换电脑时找不到一些常用的网站（虽然可以保存为书签进行同步，但在同步前也要账号登陆，甚至如果用的是某台临时 PC，浏览器登陆同步也是极为麻烦）。
遇到一个问题，就是想把国外服务器的一些文件拷贝到阿里云 OSS（腾讯云 COS） 上，又不想使用国外服务器 → 本地电脑 →OSS 的拷贝路线，于是把之前用过的 ossfs（cosfs） 挂载在云筏服务器上又折腾了一次。
阿里云¶
关于 OSS，阿里云 OSS 是对象存储服务，价格也比较便宜，算得上是一个免费的 CDN，我们可以利用 OSSFS 这个工具，将 OSS 挂载到阿里云 ECS 服务器上，可以达到存储、备份的目的。当然，最主要的是可以减轻服务器的压力。
使用此工具之前，如果你手里没有阿里云的 ECS（或者你想经常从 OSS 拷贝数据到其他服务器） 那么我觉得没啥看下去的必要，因为目前阿里云 OSS 下行流量没有免费额度，都需要收费。这样进行数据传输的时候就会产生流量费用，而且速度可能也不是特别理想。如果有 ECS 那么可以进行内网数据传输，既保证了速度又省去了流量费用，岂不是美滋滋。

ossfs¶
其实 ossfs 这个工具就是将你的 oss 存储桶 (bucket) 挂载成一个 linux 可以识别的分区，从而可以看成像系统上的一块本地磁盘。
安装¶
第一步，解决依赖。

Ubuntu 14.04

sudo apt-get install automake autotools-dev g++ git libcurl4-gnutls-dev \
                     libfuse-dev libssl-dev libxml2-dev make pkg-config


CentOS 7.0

sudo yum install automake gcc-c++ git libcurl-devel libxml2-devel \
                 fuse-devel make openssl-devel

第二步，到官方仓库下载最新的压缩包就成。本地比如我下载的为 ossfs_1.80.5_centos7.0_x86_64.rpm，尽量选择和你系统相匹配的包，这样可以直接用包管理工具进行安装。
yum -y localinstall ossfs_1.80.5_centos7.0_x86_64.rpm

或者，直接通过下载源码的方式安装：
$ git clone https://github.com/aliyun/ossfs.git
$ cd ossfs
$ ./autogen.sh
$ ./configure
$ make
$ sudo make install

不出意外，ossfs 就这样被安装成功了，是不是非常的简单。接下来就是要配置的部分了。
配置¶
在配置之前我们首先需要拿到阿里云的 AccesskeyID 和 Accesskeysecret。登录阿里云账号，然后打开密钥管理页面，然后在列表里随便选择一个并记录下来。然后还需要去 oss 控制台创建一个 bucket，我这里 bucket 的名称叫做 disk-db。

为了演示假如我的 AccessKey ID 为 key123， Access Key Secret 为 secret456，接下来继续执行。
echo disk-db:key123:secret456 > /etc/passwd-ossfs

#修改文件权限
chmod 640 /etc/passwd-ossfs

在系统上创建一个系统目录比如为 /mnt/disk-db , 将此目录作为 ossfs 的挂载目录：
# 如果你的服务器不是阿里云的 ECS 服务器，使用外网访问的 Endpoint
ossfs disk-db /mnt/disk-db -ourl=oss-cn-shenzhen.aliyuncs.com -o allow_other

# 如果你的服务器是阿里云的 ECS 服务器，使用内网访问的 Endpoint
ossfs vmfs /mnt/disk-db -ourl=oss-cn-shenzhen-internal.aliyuncs.com -o allow_other


-ourl 表示的是 oss 的 EndPoint 地址，这个地址如果你手持 ECS 那么强烈建议你使用和你 ECS 同区域的内网地址。
-o 表示运行非 root 用户使用此目录。


设置开机自动挂载¶
通过 fstab 的方式自动 mount，在 /etc/fstab 中加入下面的类似的命令：
ossfs#your_bucket_name your_mount_point fuse_netdev,url=your_url,allow_other 0 0

上面的根据提示替换成你自己的配置，比如我的为：
ossfs#disk-db /mnt/disk-db fuse_netdev,url=oss-cn-shenshen.aliyuncs.com,allow_other 0 0

效果¶
到此，所有的操作就基本上结束了。想要看一下效果可以到 /mnt/disk-db 目录下新创建一个文件比如叫 ossfs_test.txt，然后我们再去阿里云的 oss 控制台就可以看到 ossfs_test.txt 已经创建成功的效果。
腾讯云¶
COSFS 工具支持将腾讯云的对象存储（Cloud Object Storage，COS）存储桶挂载到本地，像使用本地文件系统一样直接操作腾讯云对象存储中的对象， COSFS 提供的主要功能包括：

支持 POSIX 文件系统的大部分功能，如：文件读写、目录操作、链接操作、权限管理、uid/gid 管理等功能。
大文件分块传输功能。
MD5 数据校验功能。
将本机数据上传至 COS，建议使用 COS Migration 工具 或 COSCMD 工具。

腾讯云完整 COSFS 挂载文档，参考：
对象存储 COSFS 工具 - 工具指南 - 文档中心 - 腾讯云


个人网址导航折腾备忘
章鱼猫先生 — Tue, 06 Jul 2021 00:00:00 +0000
2021-07-062021-07-06
闲来无事，折腾一下。
WebStack 是一个开源的网址导航，非常不错的项目。一为倒腾的付费 WordPress 版本（One Nav 正版主题）功能相当完善和强悍。除此以外，还有增加了搜索功能的 Hexo 版本，以及不带搜索功能的 Jekyll 版本和 Hugo 版本。
个人比较喜欢 Hugo，记录一下折腾的记录。
去除 tooltip 效果¶
把 layouts/index.html 的 data-toggle=”tooltip” data-placement=”bottom” 内容直接去掉。
增加搜索功能¶
借鉴 Hexo 版本的以下几个文件：

source/js/header.js——>assets/js/search.js
source/css/hclonely.css——>assets/css/search.css
layout/index.ejs

第一步，把 layout/index.ejs 关于搜索部分 html 代码直接拷贝至 layouts/index.html 的 
 一节内容之后。
第二步，把  添加到 layouts/index.html 的 header 中。
简化 logo 链接¶
在 layouts/index.html 中判断 logo 是否以 http 开头，如果是，src 直接使用 data-src=”{{ .logo }}”；如果不是，src 设置为：data-src=”assets/images/logos/{{ .logo }}”。
默认折叠左侧栏¶
在 layouts/index.html 中的 
 直接增加一个 collapsed 样式。


使用 Docker 分析高通量测序数据
章鱼猫先生 — Thu, 10 Jun 2021 00:00:00 +0000
2021-06-102021-06-25
做生信的童鞋想要学习 Docker，或者使用 Docker+Pipeline 封装自己的一套数据分析流程，相信一定不能错过胡博强老师在 2017 年写这篇《[Docker]使用阿里云 + Docker 分析高通量测序数据——RNA-Seq 与 ChIP-Seq. - Boqiang Hu》教程，这个教程同时也以推文的方式发布在了 2017-03-21 生信技能树公众号上，感兴趣的同学可以自己去翻一下。
根据教程+tangEpiNGSInstall 仓库提供的原始测试数据，本人这两天测试跑了一下，发现了一点点小问题。
$ git clone https://github.com/shenweiyan/tangEpiNGSInstall.git
$ tree
.
└── tangEpiNGSInstall
    ├── Dockerfile
    ├── README.md
    ├── settings
    │   ├── run_chipseq.py
    │   ├── run_chipseq.sh
    │   ├── run_mRNA.py
    │   ├── run_mRNA.sh
    │   ├── scripts_chipseq.py
    │   └── scripts_mRNA.py
    ├── src
    │   └── run_sample.sh
    ├── test_fq
    │   ├── H3K4me3
    │   │   ├── test.1.fq.gz
    │   │   └── test.2.fq.gz
    │   ├── Input
    │   │   ├── test.1.fq.gz
    │   │   └── test.2.fq.gz
    │   └── sample.tab.xls
    └── test_fq_RNA
        ├── SampleA1
        │   ├── test.1.fastq.gz
        │   └── test.2.fastq.gz
        └── sample.tab.xls

8 directories, 17 files

$ mkdir -p results database_ChIP/mm10
$ chmod 777 results database_ChIP/mm10    # avoiding Permission issue
$ tree
.
├── database_ChIP
│   └── mm10
├── results
└── tangEpiNGSInstall
    ├── Dockerfile
    ├── README.md
    ├── settings
    │   ├── run_chipseq.py
    │   ├── run_chipseq.sh
    │   ├── run_mRNA.py
    │   ├── run_mRNA.sh
    │   ├── scripts_chipseq.py
    │   └── scripts_mRNA.py
    ├── src
    │   └── run_sample.sh
    ├── test_fq
    │   ├── H3K4me3
    │   │   ├── test.1.fq.gz
    │   │   └── test.2.fq.gz
    │   ├── Input
    │   │   ├── test.1.fq.gz
    │   │   └── test.2.fq.gz
    │   └── sample.tab.xls
    └── test_fq_RNA
        ├── SampleA1
        │   ├── test.1.fastq.gz
        │   └── test.2.fastq.gz
        └── sample.tab.xls

11 directories, 17 files

$ docker pull hubq/tanginstall:latest

$ docker run -v /data/docker/train/tangEpiNGSInstall/test_fq:/fastq -v /data/docker/train/results:/home/analyzer/project -v /data/docker/train/database_ChIP/mm10:/home/analyzer/database_ChIP/mm10 -v /data/docker/train/tangEpiNGSInstall/settings/:/settings/ --env ref=mm10 --env type=ChIP hubq/tanginstall:latest
INFO  @ 2021-06-10 03:29:48,154: Begin checking input files.
INFO  @ 2021-06-10 03:29:48,154: Input database files were all put in /home/analyzer/database_ChIP/mm10.
INFO  @ 2021-06-10 03:29:48,154: Input fasta /home/analyzer/database_ChIP/mm10/mm10.fa not find. Now download from UCSC
INFO  @ 2021-06-10 03:45:01,604: /home/analyzer/database_ChIP/mm10/mm10.fa generation done!
INFO  @ 2021-06-10 03:45:01,605: Fasta were not indexed.
INFO  @ 2021-06-10 03:45:02,105: Now build index using bwa.
INFO  @ 2021-06-10 03:48:20,683: Building index done!
INFO  @ 2021-06-10 03:48:20,683: Genome GTF file were not found.
INFO  @ 2021-06-10 03:48:21,184: Now download refGene file from UCSC.
INFO  @ 2021-06-10 05:03:38,768: Generate refGene done!
INFO  @ 2021-06-10 05:03:38,768: RepeatMask file were not found.
INFO  @ 2021-06-10 05:03:39,269: Now download rmsk file from UCSC.
INFO  @ 2021-06-10 05:06:03,592: Generate RepeatMask done!
Traceback (most recent call last):
  File "/home/analyzer/module/ChIP/run_chipseq.py", line 148, in <module>
    main()
  File "/home/analyzer/module/ChIP/run_chipseq.py", line 126, in main
    samp_peak.get_idr_stat()
  File "/home/analyzer/module/ChIP/frame/module02_call_peaks.py", line 244, in get_idr_stat
    mod_Stat.IDR_Stat()
  File "/home/analyzer/module/ChIP/frame/module00_StatInfo.py", line 113, in IDR_Stat
    f_idr_out   = open(file_idr_out,"w")
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/analyzer/project/ChIP_test/StatInfo/IDR_result./home/analyzer/project/ChIP_test/sample.tab.xls'
cp: cannot stat `03.2.Peak_mrg/*/*_treat_minus_control.sort.norm.bw': No such file or directory
cp: cannot stat `03.3.Peak_idr/*/*.conservative.regionPeak.gz*': No such file or directory
cp: cannot stat `StatInfo/*': No such file or directory


出于学习和折腾，针对这个问题，个人在 hubq/tanginstall:latest 的镜像基础上做了一点小调整，并重新打包成一个名为 shenweiyan/tanginstall:latest 的新镜像 push 到了 Docker Hub，抛砖引玉，供大家学习参考。

简单说一下这个镜像的几点细节。


整个镜像体积比较大，总共约 7.37GB，pull 下来可能比较慢。



如果没有 ref（hg19/hg38 or mm9/mm10），镜像执行过程中会首先执行下载，然后拆分合并，建立 index。


db01.DownloadRef.sh




$ cat db01.DownloadRef.sh
ref=$1
dir_database=/home/analyzer/database_ChIP/$ref
dir_path=/home/analyzer/module/ChIP

cd $dir_database

wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/${ref}/bigZips/chromFa.tar.gz

tar -zxvf $dir_database/chromFa.tar.gz

for i in {1..22} X Y M
do
    cat $dir_database/chr$i.fa
done  >$dir_database/${ref}.fa && rm $dir_database/chr*fa


db02.RefIndex.sh



$ cat db02.RefIndex.sh
ref=$1
dir_database=/home/analyzer/database_ChIP/$ref
bwa_exe=/software/install_packages/bwa-0.7.5a/bwa
samtools_exe=/software/install_packages/samtools-0.1.18/samtools
div_bins_exe=/home/analyzer/module/ChIP/bin/div_bins/bed_read

$samtools_exe faidx $dir_database/${ref}.fa

$bwa_exe index $dir_database/${ref}.fa

$dix_bins_exe -b 100  $dir_database/${ref}.fa.fai $dir_database/columns.100.bed
$dix_bins_exe -b 1000 $dir_database/${ref}.fa.fai $dir_database/columns.1kb.bed

cut -f 1-2 $dir_database/${ref}.fa.fai >$dir_database/${ref}.fa.len


db03.RefGene.sh



$ cat db03.RefGene.sh
ref=$1
dir_database=/home/analyzer/database_ChIP/$ref
bedtools_exe=/software/install_packages/bedtools2/bin/bedtools
ucsc_dir=/software/install_packages/UCSC
bin=/home/analyzer/module/ChIP/bin
dir_path=/home/analyzer/module/ChIP

cd $dir_database
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/${ref}/database/refGene.txt.gz

### remove chromosome fragments(unassembled).
for i in {1..22} X Y M
do
    zcat $dir_database/refGene.txt.gz | grep -w chr$i
done >$dir_database/tmp
mv $dir_database/tmp    $dir_database/refGene.txt

# refGene.bed
cat $dir_database/refGene.txt                                              |\
awk '{
    tag="noncoding";
    if($4~/^NM/){tag="protein_coding"};
    OFS="\t";
    print $3,$5,$6,$2,$4,$10,$11,tag,$13
}' /dev/stdin                                                              |\
python $bin/s03_genePred2bed.py /dev/stdin                                 |\
$bedtools_exe sort -i /dev/stdin >$dir_database/refGene.bed               &&\

# region.Intragenic.bed
# For novo lncRNA detection
$bin/find_ExonIntronIntergenic/find_ExonIntronIntergenic                    \
    $dir_database/refGene.bed                                               \
    $dir_database/${ref}.fa.fai >$dir_database/pos.bed                    &&\

grep -v "Intergenic" $dir_database/pos.bed                                 |\
    awk '{OFS=" ";print $1,$2,$3,"Intragenic"}' /dev/stdin                 \
    >$dir_database/region.Intragenic.bed                                  &&\

# refGene.gtf
# For mapping
zcat $dir_database/refGene.txt.gz                                          |\
cut -f 2-                                                                  |\
$ucsc_dir/genePredToGtf file stdin /dev/stdout                             |\
grep -w exon                                                               |\
$bedtools_exe sort -i /dev/stdin >$dir_database/refGene.gtf               &&\
cat $dir_path/database/ERCC.gtf >>$dir_database/refGene.gtf


db04.rmsk.sh



$ cat db04.rmsk.sh
ref=$1
dir_database=/home/analyzer/database_ChIP/$ref
bedtools_exe=/software/install_packages/bedtools2/bin/bedtools
ucsc_dir=/software/install_packages/UCSC
bin=/home/analyzer/module/ChIP/bin
dir_path=/home/analyzer/module/ChIP

cd $dir_database
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/${ref}/database/rmsk.txt.gz

zcat $dir_database/rmsk.txt.gz                                             |\
awk '{
    OFS="\t";
    print $6,$7,$8,$2,".",".",".","("$9")",$10,$11,$12 "/" $13,$14,$15,$16,$17
}' /dev/stdin                                                              |\
tail -n +2  /dev/stdin >$dir_database/chrom.bed

for i in {1..22} X Y M
do
    grep -w chr$i $dir_database/chrom.bed
done >$dir_database/tmp
mv $dir_database/tmp $dir_database/chrom.bed

$bedtools_exe sort -i   $dir_database/chrom.bed >$dir_database/chrom.sort.bed


为节省下载时间，建议事先准备好 ${ref}.fa，如果没有，也可以先下载好以下文件。



# db01.DownloadRef.sh:
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/${ref}/bigZips/chromFa.tar.gz

# db03.RefGene.sh:
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/${ref}/database/refGene.txt.gz

#db04.rmsk.sh:
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/${ref}/database/rmsk.txt.gz


bwa index（db02.RefIndex.sh）非常耗时，个人一个 4 核 16G 配置的服务器也跑了大约 2.5 小时。



终于把 7 年前的 Docker Hub 账号恢复了
章鱼猫先生 — Thu, 03 Jun 2021 00:00:00 +0000
2021-06-032021-06-25
折腾 docker，向 Docker Hub 提交镜像的时候发现原来自己在 2014 年就已经注册过 Docker Hub 的账号了，而且在 https://hub.docker.com/u/shenweiyan 也看到了自己在 Docker Hub 的一些镜像信息。

悲催的是，自己把密码给忘记了，找回密码甚至发现连注册邮箱都忘记了！！！
于是回去翻历史邮件（个人一直以来都喜欢把所有的邮箱 163、outlook、gmail ...... 都是设置自动转发到 QQ 邮箱，或者通过 QQ 邮箱代收代发！）感谢这个好习惯！！终于让我找到了线索！！！

由于注册的 gmail 账号很早前就已经被自己注销删除了，于是想着去恢复（或者重新注册）！

自己操作恢复不了，于是参考了 YouTube 的 《Couldn’t find your google account But username is taken | How to resolve?》的视频教程给 Google Team 求助。

Gmail 恢复无望！
接着，通过 Email 和 Recover your Docker Hub account | Docker Documentation 中的 Contact Support form 给 Docker Hub 发送求助！

等待了 1 到 2 天，终于收到 Docker Hub 的答复，根据链接，重置密码成功！

最后，简单总结一下。


找回来 Docker Hub 的账号，本来没抱多大希望，但试试也无妨，努力一下或许就会有好结果。


有些人可能有多个邮箱账号在使用，如 QQ/163/gmail/outlook 等等，可以把这些邮箱的邮件通过转发（或设置代收/代发）的方式，在一个常用的主邮箱里面进行统一管理，一来省心省力，二来方便检索。


个人比较喜欢 QQ 邮箱（可以设置成 foxmail 作为你的 QQ 主显邮箱），配合日历、记事本、在线文档使用，简直不要太爽！




更改 RHEL 6/7 中的时区
章鱼猫先生 — Thu, 27 May 2021 00:00:00 +0000
2021-05-272021-06-25
这几天在学习折腾 docker 的时候遇到一个很常见的问题，就是 run container 的时候发现大部分 image 默认使用的时间都是 UTC  (Universal Time Coordinated,UTC）世界协调时间，跟平时中使用的 CST  (China Standard Time UTC+8:00) 中国沿海时间(北京时间) 差别有点大，很不适应。
每次去修改的时候又有点不太记得 timedatectl 的具体命令，甚至跑一些基于 CentOS/RHEL 6 镜像的流程时发现根本没有 timedatectl 这个命令！
虽然之前在《【原】生信服务器 | Linux 时间戳和标准时间 · 语雀》这个推文专门写了一些 timedatectl 命令的具体用法，基本都是针对 CentOS/RHEL 7 的系统，不适用于已经停止维护的 CentOS/RHEL 6。
所以，后来专门谷歌了一下，发现除了 timedatectl，还有更加简便的一些修改方法，记录一下。
在 CentOS/RHEL 6 中改变时区¶
在 CentOS 6 中，时区文件位于 /usr/share/zoneinfo 下。所以，如果你的区域是美国/芝加哥(UTC-6) ，它应该是 /usr/share/zoneinfo/America/Chicago 等等。
CentOS 6 使用位于 /etc 下的一个名为 “localtime” 的文件来确定当前设置的时区。
$ ls -la /etc/localtime

这个文件，要么是移动到这个位置的实际时区文件，要么是 zoneinfo 目录下时区的符号链接（即软链接文件）。因此，如果您想要更改时区，首先需要确定使用哪个时区，然后将其符号链接到本地时间。你可以使用以下方法：
$ rm -f /etc/localtime
$ ln -s /usr/share/zoneinfo/Asia/Shanghai /etc/localtime
$ date

这将把当前时区设置为 CST 亚洲/上海时区，我所属的时区。
在 CentOS/RHEL 7 中改变时区¶
CentOS 7 附带了一个叫做 timedatectl 的命令工具。这可以用来为您查找和设置符号链接，而不是完成 CentOS 6 中要求的工作。
若要列出可用的时区，请运行：
$ timedatectl list-timezones

你可以找到你想要的时区，如下：
$ timedatectl list-timezones | grep Shanghai

现在，要设置一个时区，使用命令set-timezone和timedatectl命令。例如，如果我想将时区设置为 Asia/Shanghai，我会运行以下命令：
$ timedatectl set-timezone Asia/Shanghai
$ date

上面的这个操作跟上面提到的 CentOS 6 修改时区一样，会创建一个链接到 zoneinfo 目录的 locatime 文件符号链接：
$ ls -l /etc/localtime
lrwxrwxrwx 1 root root 35 Apr  1 15:10 /etc/localtime -> ../usr/share/zoneinfo/Asia/Shanghai



又爱又恨的 Microsoft Edge！
章鱼猫先生 — Wed, 21 Apr 2021 00:00:00 +0000
2021-04-212021-06-25
早在《使用码云同步谷歌 Chrome 浏览器书签 · 语雀》中就吐槽过 win7 下安装 Microsoft Edge 一大堆错误代码的问题，一直都折腾不出个所以然。然而公司的 PC 一直都是 Windowns 7，又不想重装 Windows 10。

既然和 Google Chrome 一样基于 Chroumium 内核，Google Chrome 可以有便携版本，Microsoft Edge 应该也可以有。于是，开始各种谷歌+百度搜索，终于发现 https://shuax.com/project/edge/ 这个可爱曲线救国的项目。
使用¶

把下载下来的 MicrosoftEdge_X64_90.0.818.39_shuax.com.7z 解压后运行 App/msedge.exe 即可。
由于是便携版，不会和其它版本冲突，不想用了可以直接删掉整个文件夹。

更新¶

升级先把老版本 App 重命名为 App2。（程序放在 App 目录，数据放在 Data 目录）
然后把新下载/安装的所有文件覆盖到老文件夹内。
如果在 win7 中安装最新的 Microsoft Edge，如 90.818.42，安装后在更新中提示错误代码。
把最新安装的 Microsoft Edge 的 Application 整个目录拷贝到当前目录，重命名为 App。
把 App2 旧目录内的 version.dll 拷贝到 App 内。





运行测试正常后可以安全删除 App2 老版本。
建议保留上个版本压缩包以便出问题时还原。
最后，双击 mesedge.exe，发现已经移除更新错误警告（因为是绿色版没有自动更新功能）。


最后说一下，Microsoft Edge 虽然比较符合国人使用习惯，也不需要搭梯子，要是折腾成本太高，Google Chrome 也是很香的。


使用码云同步谷歌 Chrome 浏览器书签
章鱼猫先生 — Tue, 16 Mar 2021 00:00:00 +0000
2021-03-162021-10-31
由于东方的神秘力量，国内正常情况下是连不上 Google 账号的，所以平时使用 Chrome 经常会头疼书签同步问题。  由于魔法力量的不稳定，有时候不同步，有时还会同步错乱导致书签丢失。
针对这个问题，这两天尝试了一下微软最新版本的 Edge，不得不说 Edge 很多地方的确很符合国人的使用习惯，尤其无需梯子即可进行书签同步，真心香！但唯一有点坑的地方是对 Windows 7 的支持还不够友好。

虽然现在的 Edge 提供了 Windows 7 版本，但是安装过程中需要把 IE 升级到最新的 IE11，就算你好不容易把 IE11 升级好的，Edge 在获取更新说不定还会遇到其他更加难搞的事情。

回到 Chrome，介绍一下这个偶然发现的插件：书签同步码云。这个工具可以把谷歌浏览器书签同步至码云
在国内码云平台是访问速度比较快的，平时用着也比较方便。

1. 安装插件¶
如果有条件用谷歌商店的可以直接去谷歌商店中搜索安装，当然也有同步在 Github 中的插件，也是类似，应用商店也可以找到。
如果无法使用谷歌商店，我上传到天翼云盘，有需要的可以关注** “BioIT 爱好者**” 公众号后台回复  “码云书签”  关键字，即可获取下载链接。

下载解压后，把里面 .crx 文件直接拖到浏览器，应该就可以加载，如果提示无效或者错误的话，可以把后缀名改成 .zip 或者 .rar，然后找个目录解压了，在打开开发者模式：


然后点击加载已解压的扩展程序，选择你解压的目录，注意是目录，不是具体的文件，点击确定就可以，应该就可以见扩展程序页面的插件了，如下：

插件打开长这样子：

2. 添加码云仓库使用¶
2.1 新建仓库¶
打开码云，新建仓库。

2.2 填写插件信息¶
access_token¶
首先，在码云中点击设置：

第二，进去之后，点击  **私人令牌 -> 生成新令牌  **：
点击生成令牌之后，在页面中填写 私人令牌描述，下面权限要全选：

然后点击提交，会验证当前账户密码，验证之后会弹出令牌页面。

注意：这个令牌只显示一次，建议复制保存到本地记事本或者其他地方之后再确认关闭！！！

然后再将该该令牌复制到 插件的 access_token 位置就好。
owner¶
回到我们刚才创建的仓库，例如 https://gitee.com/shenweiyan/bookmarks，owner 就是 shenweiyan，把这个信息复制到插件的 owner 位置就好。

repo¶
以我们刚才创建的 https://gitee.com/shenweiyan/bookmarks 仓库为例，repo 就是 bookmarks，把这个信息复制到插件的 repo 位置就好。
path¶
注意，这里写的是相对 repo 仓库的 path 信息，如果你想直接把文件保存的仓库根目录，path 就可以写 chrome.html 或者 chrome.json，名称可以随便写，以 html/json 作为格式后缀即可。
branch¶
分支(通常是写 master)。
以 https://gitee.com/shenweiyan/bookmarks 仓库为例的最终插件信息如下：

3. 使用事项¶
注意，如果是第一次添加使用，在填写完信息之后，需要先在仓库中创建一个 path 的文件（例如，这里的 chrome.json，需要先创建）。
然后，直接点 Upload 把当前浏览器的书签上传到 gitee 仓库中。

最后，就可以通过点击 Download 把云端（即仓库）的书签信息同步到其他电脑的当前浏览器。
:::success
注意，注意，注意！！！
如果是两个电脑用这个同步，建议先把当前浏览器的书签线导出到本地，因为这个 Download 会用云端（即仓库）的书签把当前浏览器（即本地）的书签覆盖。如果直接把当前浏览器（即本地）的书签 Upload，则会把云端（即仓库）的书签覆盖。
:::
我就是这么操作之后才知道，不过还好本地覆盖云端还有救，因为码云可以看历史版本，恢复一下就好了。
正常操作应该是：
1）先将当前浏览器书签导出到本地电脑。
2）然后点击 Download 把云端仓库的书签信息同步到当前浏览器。
3）然后再将本地书签导入到当前浏览器，再自己将书签整理下，把当前浏览器的书签和云端仓库的书签整合。
4）整理完毕再上传（Upload）就 OK。
3. 参考资料¶

谷歌浏览器书签同步工具 - 知乎



Windows/Linux 下功能强大的桌面截图软件
章鱼猫先生 — Fri, 26 Feb 2021 00:00:00 +0000
2021-02-262021-06-25

说到桌面截图软件，很多人首先想到的是 QQ 自带的截图，或者更高级功能更强大的 Snipaste 截图工具。
独立版本的 QQ 截图至少我目前没找到官方正式的下载链接，默认需要安装和打开 QQ 才能使用，而且貌似只能在 windows 下使用。功能强悍的 Snipaste 目前主要支持 windows，Mac 版本的正在公测中，不支持其他 Linux 平台的使用。
今天给大家推荐一款开源的功能很强的桌面截图软件：Flameshot，它可以同时支持 Windows 和 Linux 平台。

官网：https://flameshot.org/
GitHub：https://github.com/flameshot-org/flameshot


介绍¶
Flameshot 是一个 Linux 发行版中完全免费且开源的截图工具。Flameshot 简单易用并有一个 CLI 版本，所以你也可以从命令行来进行截图。
通常 Linux 发行版中会默认自带一个截图工具，但功能有限，往往只能单纯的截图截屏，无法完成对截图的编辑、涂画、标记文本等功能。Flameshot 强大之处在于它不仅能截图，更能对截图进行充分的编辑、涂画、标记、具备的功能更强于 QQ 截图。
Flameshot 自带一系列非常好的功能，例如：
**

可自定义各个功能对应的键盘快捷方式；
可以进行手写；
可以划直线；
可以画长方形或者圆形框；
可以进行长方形区域选择；
可以画箭头；
可以对要点进行标注；
可以添加文本；
可以对图片或者文字进行模糊处理；
可以展示图片的尺寸大小；
在编辑图片是可以进行撤销和重做操作；
可以将选择的东西复制到剪贴板；
可以保存选区；
可以离开截屏；
可以选择另一个 app 来打开图片；
可以上传图片到 imgur 网站；
可以将图片固定到桌面上；

看一下操作的的 GIF 动画效果：

安装与使用¶
Flameshot 的官网提供了各个平台下详细的安装说明，感兴趣的可以去看一下。

对于 Windows 用户，只要把安装包下载下来，解压，即可免安装直接使用。



快捷键¶
Frameshot 支持快捷键。在 Flameshot 的托盘图标上右击并点击 “配置” 窗口便可以看到在 GUI 模式下所有可用的设置。配置 →Shortcuts，即可看到所有快捷键的设置页面。下面是在 GUI 模式下可用的快捷键清单。



高级用法¶
Flameshot 还有一些命令行选项，如通过一系列的命令行选项来延时截图和保存图片到自定义的路径；CLI configuration；Linux 对应发行版本高级使用配置，等等。这不一一列举，感兴趣的童鞋可以去官网或者 GitHub 研究折腾一下。
一句话¶
Flameshot 几乎拥有截屏的所有功能：添加注释、编辑图片、模糊处理，或者对要点做高亮等等功能。可以尝试一下它，相信你不会失望的。
获取软件¶
文章最后，小编把截止 2021-02-26（元宵节）前 flameshot 在 Windows 32/64、AppImage 的最新版本免安装包都打包好放在了云盘上，喜欢的童鞋欢迎关注 “BioIT 爱好者” 公众号，后台回复** “截图”** 关键字，即可获取。



R 语言 download.file 的几点知识
章鱼猫先生 — Sat, 20 Feb 2021 00:00:00 +0000
2021-02-202021-12-07
R 语言中，不管是安装包，还是下载数据，很多时候都会用到 download.file 这个函数。如果你在安装包或者下载数据过程中出现中断，或者异常，想要判断是远程源服务器的问题，还是自身服务器的问题，还是网络故障，甚至于你想要换一种方法去继续你的下载，了解一下 download.file 还是很有帮助的。
download.file: Download File from the Internet
上面的链接是关于 download.file 函数非常详细的一个文档，个人非常关注就是它关于 **method **参数设置和理解。

If method = "auto" is chosen (the default), the behavior depends on the platform:

On a Unix-alike method "libcurl" is used except "internal" for file:// URLs, where "libcurl" uses the library of that name (https://curl.se/libcurl/).
On Windows the "wininet" method is used apart from for ftps\:// URLs where "libcurl" is tried. The "wininet" method uses the WinINet functions (part of the OS).

Support for method "libcurl" is optional on Windows: use capabilities("libcurl") to see if it is supported on your build. It uses an external library of that name (https://curl.se/libcurl/) against which R can be compiled.

关于 download.file 的几点理解和值得注意的地方：


download.file 是来源于 R 自带的 utils  包的一个函数，使用 packageVersion("utils") 可以查看该包的版本。


在类 Unix 系统中，默认使用 "libcurl" 的方法，而对 file:// 的链接会使用 "internal" 的下载方法。


在 windows 中，默认使用 "wininet" 的方法，对于 ftps\:// 的资源会尝试使用 "libcurl" 的下载方法。


Method to be used for downloading files. Current download methods are  "internal"， "wininet" (Windows only) "libcurl", "wget" and "curl", and there is a value "auto" .


注意 "libcurl" 和  "curl" 的区别，严格意义上，两者不是同一个东西。


相同点：

curl 和 libcurl 都可以利用多种多样的协议来传输文件，包括 HTTP, HTTPS, FTP, FTPS, GOPHER, LDAP, DICT, TELNET and FILE 等。



不同点

curl 是命令行工具，可以通过 shell 或脚本来运行 curl。curl 底层所使用的库是 libcurl。
libcurl 是一个库，通常与别的程序绑定在一起使用，如命令行工具 curl 就是封装了 libcurl 库。所以我们也可以在你自己的程序或项目中使用 libcurl 以获得类似 CURL 的强大功能。



The method can also be set through the option "download.file.method": see options().


可以使用 **options(download.file.method = “libcurl”) **的方式指定全局下载的方法。

参考：https://stackoverflow.com/a/63104633

install.packages("devtools", method = "libcurl", extra = " --insecure --user")

libcurl_opts <- list(
  download.file.method = "libcurl",
  download.file.extra = " --insecure --user"
)
old_opt <- options(libcurl_opts)

getOption("download.file.method")

options(old_opt)
getOption("download.file.method")



使用 curl 方法时，通常需要加上 -L 参数。这时候 R 会自动调用系统的 curl 命令在后台执行对应包的下载。

# For method "curl" use argument extra = "-L".
options(download.file.method = "curl", extra = "-L")




服务器关于 OpenSSL/SSL 的异常处理备忘
章鱼猫先生 — Sat, 20 Feb 2021 00:00:00 +0000
2021-02-202021-06-25
1. OpenSSL: error:100AE081¶
这个问题其实是我在 CentOS 6.5 中安装 “packagefinder” R 包的时候遇到的一个问题（其实 wget 下载 https 资源的时候也出现了这个问题）。
> install.packages("packagefinder")
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
Warning: failed to download mirrors file (cannot open URL 'https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv'); using local file '/RiboBio/home/shenweiyan/software/R/R-4.0.3/lib64/R/doc/CRAN_mirrors.csv'
trying URL 'https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/src/contrib/packagefinder_0.3.2.tar.gz'
Content type 'application/octet-stream' length 433718 bytes (423 KB)
==================================================
downloaded 423 KB

* installing *source* package ‘packagefinder’ ...
** package ‘packagefinder’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
*** copying figures
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
Warning in url(sprintf("%s/%s", cran, path), open = "rb") :
  URL 'https://CRAN.R-project.org/web/packages/packages.rds': status was 'SSL connect error'
Error: package or namespace load failed for ‘packagefinder’:
 .onAttach failed in attachNamespace() for 'packagefinder', details:
  call: url(sprintf("%s/%s", cran, path), open = "rb")
  error: cannot open the connection to 'https://CRAN.R-project.org/web/packages/packages.rds'
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/Bioinfo/SoftWare/R/R-4.0.3/lib64/R/library/packagefinder’

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/RtmpTjsgn2/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done
Warning messages:
1: In download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) :
  URL 'https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv': status was 'SSL connect error'
2: In install.packages("packagefinder") :
  installation of package ‘packagefinder’ had non-zero exit status
>

[root@log01 ~]# wget https://cran.r-project.org/src/contrib/packagefinder_0.3.2.tar.gz --no-check-certificate
--2021-02-20 11:50:14--  https://cran.r-project.org/src/contrib/packagefinder_0.3.2.tar.gz
Resolving cran.r-project.org... 137.208.57.37
Connecting to cran.r-project.org|137.208.57.37|:443... connected.
OpenSSL: error:100AE081:elliptic curve routines:EC_GROUP_new_by_curve_name:unknown group
OpenSSL: error:1408D010:SSL routines:SSL3_GET_KEY_EXCHANGE:EC lib
Unable to establish SSL connection.

拿着这个问题，谷歌了一下，发现有些人说需要升级 wget（configure 的时候增加一个 –with-ssl=openssl 选项），个人尝试了一下，其实解决不了问题。
个人比较信服的一个解析：

参考 https://www.centos.org/forums/viewtopic.php?f=14&t=43803 这个连接的解释，说这是 CentOS 6.5 的一个 bug，不过已经修复了。如果是使用在线的 yum 源的话，应该是不会出现这个问题的。不过我使用的是本地源，所以就出现了这个问题，这个应该是版本兼容性不行导致的。
由于 CentOS 6.5 自带的 OpenSSL 最高版本是 openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64，因此我们可以通过升级 openssl 到 openssl-1.0.1e-16 及以上，比如：openssl-1.0.1e-16.el6_5.x86_64.rpm，或者 openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64.rpm。
由于 CentOS 已经含有 openssl-1.0.1e-15.el6_5.x86_64 这个软件，所以需要使用命令：

rpm -ivh --replacefiles openssl-*.rpm

:::tips
温馨提示：
谷歌搜索 openssl-1.0.1e-16 及以上的 rpm 时，在 https://centos.pkgs.org/6/centos-x86_64/ 中找到的 rpm 下载包下载链接基本都会指向 404 错误，无法下载！！！
最后在 http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/centos-vault/6.8/cr/x86_64/Packages/ 才找到 openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64.rpm 的一个可用下载链接。
:::
最终解决方法：
[root@log01 pkgs]# wget http://ftp.iij.ad.jp/pub/linux/centos-vault/6.8/cr/x86_64/Packages/openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64.rpm
[root@log01 pkgs]# rpm -ivh --replacefiles openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64.rpm
warning: openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64.rpm: Header V3 RSA/SHA1 Signature, key ID c105b9de: NOKEY
Preparing...                ########################################### [100%]
   1:openssl                ########################################### [100%]
[root@log01 pkgs]# rpm -qa|grep openssl
openssl-1.0.1e-15.el6.x86_64
openssl-1.0.1e-57.el6.x86_64
openssl-devel-1.0.1e-15.el6.x86_64

安装完成后，通过 wget 再次下载 https 资源，重新安装 “packagefinder” R 包都显示一切正常！


为 Windows 系统替换优雅的苹果字体
章鱼猫先生 — Fri, 19 Feb 2021 00:00:00 +0000
2021-02-192021-06-25

使用 Windows 的童鞋，大家估计都用惯了默认的微软雅黑字体，字体本身也很不错，但使用久了也该换个别的字体了，换个字体换个心情嘛。
今天给大家推荐一款非常棒的一键更换 Windows 系统字体的软件工具：noMeiryoUI！
noMeiryoUI 是一款在 GitHub 开源的字体修改软件，当你需要修改字体的时候就可以选择这款软件，该软件是默认是英文的，你也可以选择中文的，也可以选择韩文的，提供多个设置功能，在软件界面就可以找到你需要编辑的字体，可以在一个查找界面查看系统全部字体，支持对标题、图标、调色板、菜单等进行选择，可以对全部项目设置，可以对单个项目修改，帮助用户轻松修改字体基础信息，不会对原来的字体样式修改，如果你需要修改系统字体，可以选择 noMeiryoUI 这款软件！
除此以外，noMeiryoUI 还有一个优点，就是体积小巧，几乎不占用内存，官网版解压后的全部文件总共也就 600K 左右！
项目地址：https://github.com/Tatsu-syo/noMeiryoUI
下载地址：https://github.com/Tatsu-syo/noMeiryoUI/releases
软件下载解压¶
官方版本的 noMeiryoUI-2.41 是在 2021.01.10 发布的，大家可以直接通过下面的链接在 GitHub 上下载。
https://github.com/Tatsu-syo/noMeiryoUI/releases

下载完成后，直接解压即可。

切换中文版本¶
官方版本的 noMeiryoUI-2.41 默认是英文版本的，如果想要切换为中文版本的界面，只需要简单的三步。

把默认的 default.chm 和 default.lng 这两个文件删除；
把 Chinese (Simplified)_China.chm 和 Chinese (Simplified)_China.lng 分别重命名为 default.chm 和 default.lng。



重新打开 noMeiryoUI.exe，即可。


软件使用¶
1. 安装字体¶
网络搜索你喜欢的字体文件，把对应字体的 tff 文件下载下来，打开下载下来的字体文件，点击左上角的安装即可。或者直接将字体文件复制到此文件件下：C:\Windows\Fonts。

2. 利用工具一键替换字体¶
打开软件，自动显示主题选用的字体。

选择自己需要更换的字体。

一般字体默认大小为 9pt。选择字体之后，如果想要应用到其他单项，点击“统一设定”即可。当然，你也可以选择更个性化的字体，自定义字号。

最后，附上 windows 7 上统一次修改为苹方 9pt 字体前后的效果图。

修改前：微软雅黑 9pt

修改后：苹方 9pt
获取软件¶
文章最后，小编把 noMeiryoUI-2.41 和一些常用的字体，包括苹果常用的苹方黑体、OPPO 字体等，都打包好放在了云盘上。

喜欢的童鞋欢迎关注 “BioIT 爱好者” 公众号，后台回复** “美化”** 关键字，即可获取。



阿里云证书套路太深，还是我打开姿势不对？
章鱼猫先生 — Thu, 04 Feb 2021 00:00:00 +0000
2021-02-042023-08-30
一、阿里云证书资源包初体验¶
2021 年 1 月 13 左右，收到阿里云提示个人 SSL 证书即将过期，需要续费。于是登陆阿里云，在更新个人域名的 SSL 证书的时候发现，阿里云的 SSL 证书貌似都已经找不到了！取而代之的是出现了一个叫 “证书资源包” 的玩意。

自 2021 年 1 月 1 日起，每个经过实名认证的个人或企业主体可以在一个自然年内，通过 SSL 证书服务提供的免费证书扩容包，一次性领取 20 张免费 DV 证书。获取免费 DV 证书申请额度后，您需要通过 SSL 证书控制台提交证书申请，申请审核通过后，您将获得 CA 中心签发的证书。
SSL 证书服务的 20 张免费证书资源包主要以公益目的，提供给阿里云用户使用，便于个人或企业用户在网站建设之初或业务需要使用 HTTPS 通信时进行测试。

第一次用，简直是不知道云里雾里，摸索半天，好不容易购买了全年 20 个免费证书后，然后去证书申请，居然还申请不了（“证书申请”的“确定”按钮没法使用）！一开始以为是要购买托管服务才能申请证书!!!


一年几百大洋的托管服务，真心表示不香！于是开始辗转腾讯云。
时隔将近一个月，再次回来看了一下阿里云的证书服务，发现免费证书居然可以不用选择托管服务去申请了！

我不知道我在 2021 年 1 月 13 登陆阿里云申请免费证书时，无法正常申请到底是一个 BUG，还是阿里云团队故意为之，经历这个事情后，对阿里云的好感的确不如以前。

阿里云有不少产品，新产品也好，老产品也罢，细分太深，用户很多时候不知道怎么去操作！
阿里云有不少优惠活动，但对于老用户，很不友好！


二、阿里云证书资源包申请免费 SSL 流程¶
2021 阿里云 SSL 免费证书购买地址又变了，为了解决免费证书近期存在的吊销、统计等问题，自 2021 年起，免费证书申请将切换到证书资源包下。阿里云 SSL 免费证书申请分为两个步骤，先支付 0 元购买免费证书扩容包，然后在证书资源包控制台申请，新手站长网来详细说下：
2.1 购买证书资源包中的免费证书扩容包¶
阿里云免费 SSL 证书需要支付 0 元，购买云盾证书资源包中的免费证书扩容包：

打开阿里云 SSL 证书选购页面，点击“选购证书”；
商品类型选择“云盾证书资源包”；
资源包规格选择“免费证书扩容包”；
资源包个数选择“20”。


如上图，选择完毕后总配置费用为 0 元，然后点“立即购买”支付 0 元即可。至此完成了阿里云 SSL 免费证书资源包的购买，之后还要在控制台输入域名等信息来申请 SSL 证书文件。
2.2 控制台证书申请¶
1. 登录到 SSL 证书管理控制台¶
2. 选择左侧栏“证书资源包”¶
可以看刚刚 0 元购买的证书资源包，免费证书资源包可申请 20 个证书，如下图：

3. 点击“证书申请”¶
在”证书资源包”页面，点击“证书申请”，如下图：

目前阿里云免费证书是 DigiCert 品牌的，之前是赛门铁克（Symantec）
4. 证书申请¶
规格选择“单域名”，然后点“确定”，可以看到证书状态为“待申请”。

5. 填写“证书申请”申请表单¶


证书绑定域名：填写你要申请 SSL 的域名，如 www.bioitee.com
域名验证方式：如果你的域名在本账号下，可以选择自动 DNS 验证，阿里云系统会为你的域名添加_dnsauth 的 TXT 解析记录；如果域名不在本账号下，可以选择手工 DNS 验证或文件验证。详细教程参考：阿里云 SSL 证书申请域名验证选择及操作流程
联系人：填写联系人信息，可以新建也可以选择之前保存的
所在地：根据实际情况选择即可
CSR 生成方式：CSR 文件是您的公钥证书原始文件，包含了您的服务器信息和您的单位信息，需要提交给 CA 认证中心审核。建议默认即可，使用系统创建的 CSR，避免因内容不正确而导致的审核失败。

6. 域名验证，提交审核¶
SSL 证书验证可选择域名 DNS 解析验证，也可以选择文件验证，bioitee 网以域名解析验证为例：

bioitee.com 的域名在阿里云账号下，所以阿里云系统会自动添加 TXT 记录。如果你的域名不在当前阿里云账号下，可以根据提示手动添加 DNS 域名解析记录。SSL 证书域名验证记录类型为 TXT，主机记录_dnsauth，记录值根据提示复制填写。
然后点“验证”，争取无误的话会提示“域名验证成功，域名验证记录在证书签发后再删除，否则会因没有解析记录导致证书签发失败。”

验证通过后，点“提交审核”等待。会提示“已经成功提交到 CA 公司，请您保持电话畅通，并及时查阅邮箱中来自 CA 公司的电子邮件。”如下图：

一般等待几秒钟即可颁发证书。
7. SSL 证书下载¶
SSL 证书管理控制台的证书资源包中，点“下载”，如下图：

阿里云提供不同服务器类型证书，如 Tomcat、Apache、Nginx、IIS、JKS、其他及根证书下载，根据你的云服务器 Web 服务器环境来选择对应的证书下载：

根据服务器类型选择证书下载
bioitee 选择的是 Nginx 证书，SSL 证书文件自动下载保存到本地电脑中，然后在相应的地方复制粘贴或上传使用证书文件。

以上内容来源于新手站长网分享的2021 年最新的阿里云 SSL 免费证书申请教程，部分截图根据实际情况以作调整。

最后，再强调一下，目前免费证书在云盾证书资源包的免费证书扩容包中获取，每个阿里云账号限制 20 个免费证书。
三、参考资料¶

2021 阿里云 SSL 免费证书申请教程（云盾证书资源包） - 新手站长网
申请免费 DV 证书 - SSL 证书 - 阿里云



配置 SpliceSeq DB，忘记了 MySQL root 密码怎么办？
章鱼猫先生 — Tue, 19 Jan 2021 00:00:00 +0000
2021-01-192021-06-25
SpliceSeq 是研究 mRNA 测序数据中 mRNA 可变剪切的一个工具集。该工具集由 3 个组件构成，即 SpliceSeq Viewer，SpliceSeq DB 和 SpliceSeq Analyzer。
SpliceSeq Viewer 是基于 Java 的应用程序，可以通过 webstart 启动或在本地计算机上安装并运行。SpliceSeq DB 是一个基于 MySQL 的数据库，其中包含基因结构和样本读取统计数据。SpliceSeq Viewer 访问 SpliceSeq DB 以检索剪接分析结果。SpliceSeq Analyzer 执行 RNASeq 数据的比对和分析，并将结果加载到 SpliceSeq DB 中。
在未安装自己的 SpliceSeq DB 数据库的情况下安装和启动 SpliceSeq Viewer 时，您仍然可以从我们的服务器或您有权访问的其他数据库中浏览数据。
1. MySQL 密码的恢复方法一¶
1.1 切换到 root 下¶
su - root

1.2 KILL 掉系统里的 MySQL 进程¶
killall -TERM mysqld        # 方法一
service mysqld stop         # 方法二

1.3 用以下命令启动 MySQL，以不检查权限的方式启动¶
mysqld_safe --skip-grant-tables &

1.4 然后用空密码方式使用 root 用户登录 MySQL¶
mysql -u root

1.5 修改 root 用户的密码¶
mysql> update mysql.user set password=PASSWORD('123456') where User='root';
mysql> flush privileges;
mysql> quit

重新启动 MySQL，就可以使用新密码登录了。
mysqld_safe &           # 启动 MySQL 服务
mysql -u root -p        # 使用密码的方式登陆 MySQL

2. MySQL 密码的恢复方法二¶
有可能你的系统没有 mysqld_safe 程序(如 ubuntu 操作系统中使用 apt-get 安装的 mysql) , 下面方法可以恢复。
2.1 切换到 root 下¶
su - root

2.2 停止 MySQL¶
/etc/init.d/mysql stop

2.3 用以下命令启动 MySQL，以不检查权限的方式启动¶
mysqld --skip-grant-tables &

2.4 然后用空密码方式使用 root 用户登录 MySQL¶
mysql -u root

2.5 修改 root 用户的密码¶
# 修改 root 用户的密码为 abc123 (当然，你需要将 abc123 改成你要设置的密码)
mysql> update mysql.user set password=PASSWORD('abc123') where User='root';
mysql> flush privileges;
mysql> quit

重新启动 MySQL，就可以使用新密码登录了。
/etc/init.d/mysql restart           # 启动 MySQL 服务
mysql -u root -p                                # 使用密码的方式登陆 MySQL



自定义 coding.net 静态网站域名
章鱼猫先生 — Wed, 23 Dec 2020 00:00:00 +0000
2020-12-232021-06-30

上一篇文章，我们介绍了怎么在 coding.net 部署个人的静态网站/博客站点，今天我们聊一下怎么来自定义已经部署好站点的域名地址。
基于腾讯云的自定义域名示例站点预览：
Creative - Start Bootstrap Theme
基于非腾讯云的自定义域名示例站点预览：
Creative - Start Bootstrap Theme
第一步，进入部署好站点的”静态网站”基本信息页面。

第二步，从”静态网站”基本信息页面进入”自定义域名”页面。

第三步，选择”新建域名”。

新建域名，有两种情况，我们先介绍第一种情况：你的域名是在腾讯云注册的。

新建自定义域名，点击“确定”后，会自动生成一个 CNAME 记录。



点击”审核中”，可以看到对应证书在腾讯云中的详细信息。等待约 10 分钟，”审核中”的状态会自动变更为”待验证”。再过约 10 分钟，对应证书状态将会由”待验证” 变更为”已签发”，即表示证书已经申请成功。




添加 CNAME 记录。登陆腾讯云域名解析中心，添加一个 CNAME 记录。





配置证书。选择腾讯云产品里面的”CDN 与加速”→“内容分发网络”，选择“证书管理”→“配置证书”。




自定义域名完成，开启 https 访问。


接下来，我们来看另外一种情况：新建非腾讯云注册的域名应该怎么处理。

新建自定义域名，点击“确定”后，自动生成一个 CNAME 记录。



点击”审核中”，可以看到对应证书在腾讯云中的详细信息。添加非腾讯云注册的自定义域名，证书的状态不会自动由”审核中”更为”待验证” 和 “已签发”，需要一些额外的配置步骤。



添加 CNAME 记录。登陆域名供应商的解析中心，添加一个 CNAME 记录。



获取 DNS 验证记录。




在对应域名的供应商添加 TXT 解析记录。


回到腾讯云”我的证书”，等待几分钟，证书状态将会由”待验证” 自动变更为”已签发”，即表示证书已经申请成功。

coding.net 自定义域名的证书状态，在几分钟后，也会变更为”已颁发”。


配置证书。选择腾讯云产品里面的”CDN 与加速”→“内容分发网络”，选择“证书管理”→“配置证书”。




自定义域名完成，开启 https 访问。




使用 coding.net 发布你的个人博客
章鱼猫先生 — Wed, 23 Dec 2020 00:00:00 +0000
2020-12-232021-06-30
很多人喜欢在 github pages / gitee pages 发布自己的个人博客，前者由于服务器位于国外可能会导致国内的访问有时候很慢（你也可以使用 CDN 进行加速），后者如果想要配置自定义域名需要开通 Gitee Pages Pro 付费服务。

Gitee Pages Pro 暂时关闭个人用户购买入口
这里介绍一下，由腾讯云提供支持的 coding.net 代码托管平台提供的静态网站功能，为免费博客、静态站点提供一个解决方法，以供参考。

本文章最后搭建完成的示例静态站点，可以点击这里进行预览：
Creative - Start Bootstrap Theme
首先，进入你的 coding.net 主页，选择组边导航栏的”项目”，然后”创建项目”。

选择“代码托管项目”。

填写项目基本信息，点击”完成创建”。

第二步，创建完成项目后，进入创建好的项目，在”代码仓库”中”新建代码仓库”。

填写新建代码仓库信息。

第三步，在创建好的代码仓库中，选择”新建/上传”，或者通过 git 的方式，上传文件或文件夹。


第四步，开启项目设置中的“持续部署”功能。


第五步，构建”静态网站”。



第六步，部署成功，访问站点。


到这里，你在 coding.net 上的静态网站（博客）就已经部署完成，部署完成后 coding.net 会自动生成一个很长的 url，你可以通过这个 URL 访问你的站点。
附上本文章最后搭建完成的示例静态站点：
Creative - Start Bootstrap Theme
当然，你也可以配置一个更加容易访问的自定义域名，我们在下一篇推文中再详细如何配置，敬请期待。


测序数据学习笔记：bcl2fastq 安装
章鱼猫先生 — Tue, 15 Dec 2020 00:00:00 +0000
2020-12-152021-11-24
相比二进制的 bcl2fastq2，基于 Perl 语言的 bcl2fastq-1.8.4 或许是从源码层面学习了解 Illumina 测序数据处理一个不错的选择。源码版本的 bcl2fastq-1.8.4.tar.bz2 目前没能安装成功，这是基于 bcl2fastq-1.8.4-Linux-x86_64.rpm 的一些折腾记录。
安装前准备¶

操作系统：CentOS Linux release 7.8.2003
GCC 版本：gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39)

安装前需要解决的依赖：
yum install -y doxygen texlive texlive-latex readline-devel gd-devel lua-devel cairo-devel pango-devel wxGTK-devel libcaca-devel svgalib-devel

参考 Illumina 官方提供的 bcl2fastq Conversion User Guide 文档 Appendix: Requirements and Software Installation on page 26 部分的内容，安装以下依赖：
libxslt libxslt-devel libxml2 libxml2-devel bzip2 bzip2-devel bzip2-devel-zlib zlib zlib-devel


bcl2fastq has been primarily developed and tested on CentOs 5, Illumina’s recommended
and supported platform. It may be possible to install and run bcl2fastq on other 64-bit
Linux distributions (particularly on similar distributions such as RedHat and Fedora) or
on other Unix variants, if all of the prerequisites described in this section are met.
The following software is required to run bcl2fastq; check whether it has been installed:

GNU make (3.81 recommended)
Perl (>= 5.8)
libxslt
libxslt-devel
libxml2
libxml2-devel
gcc (4.0.0 or newer, except 4.0.2), with c++
ImageMagick
bzip2
bzip2-devel
zlib
zlib-devel


安装过程异常解决¶
安装过程中出现的异常：

ImageMagick 的坑¶
服务器本来就通过源码的方式安装了 ImageMagick 7.0.10-23，但是不管是命令行还是在 \~/.bashrc 中设置 PATH 环境变量，bcl2fastq 的 rpm 就是无法识别。
# 命令行还是在 ~/.bashrc 中设置 PATH, bcl2fastq 的 rpm 就是无法识别
export PATH=/data/software/imagemagick-7.0.10-23/bin:$PATH

最后的解决方法：
yum install ImageMagick

gnuplot 的坑¶
源码的方式安装 gunplot 比较繁琐，懒得去折腾，使用 yum 的方式安装。
yum install gnuplot

boost 的坑¶
考虑最简单的安装方式：
yum install cmake boost boost-thread boost-thread-devel boost-devel

现问题还是没解决，最终通过 Bing 找到了正确的答案，还要继续安装：
yum install gcc-c++.x86_64 gperf

Qt5 的坑¶
源码安装 bcl2fastq-1.8.4.tar.bz2，configure 时遇到 Qt 的一系列错误。
Package requirements (Qt5Core Qt5Gui Qt5Network Qt5Svg Qt5PrintSupport) were not met...

使用 yum 的方式安装 Qt 相关依赖：
yum install -y qt qt-devel qt5-qtbase qt5-qtbase-devel qt5-qtsvg qt5-qtsvg-devel

安装成功¶

后话¶
RTA（Real Time Analysis），是指 Illumina 测序在边合成边测序化学过程中，仪器上的实时分析（RTA）软件对每个簇的每个循环进行碱基检出和存储。RTA 以单个读取碱基（base call，或称 BCL）文件的形式存储碱基检出数据。测序完成后，必须将 BCL 文件中的测定的碱基转换为序列数据。 此过程称为 BCL 到 FASTQ 的转换。



The bcl2fastq2 Conversion Software v2.18 can be used to convert BCL files from MiniSeq, MiSeq, NextSeq, and HiSeq sequening systems. For conversion of data generated on Illumina sequencing systems using versions of RTA earlier than RTA 1.18.54, use bcl2fastq v1.8.4.

如果你的 RTA 版本大于 1.18.54，可以考虑安装 bcl2fastq2，我在这里安装了 bcl2fastq v1.8.4 主要是想从源码层面对 Illumina 测序数据的转化作进一步了解学习。
从信号处理到 basecalling 每一步都是一个大工程，路漫漫其修远兮，还需要继续努力搬砖！


NFS 挂载与异常处理知识整理
章鱼猫先生 — Thu, 03 Dec 2020 00:00:00 +0000
2020-12-032021-06-25

NFS 挂载常用参数
nfs(5) - Linux man page
When nfs server is stopped how long does the client retry ?
NFS 服务常见故障排查和解决方法
鸟哥的 Linux 私房菜：第十三章、文件服务器之一：NFS  服务器



Linux fuser 命令详解
章鱼猫先生 — Thu, 03 Dec 2020 00:00:00 +0000
2020-12-032021-06-30

Linux 系统如何使用 Fuser 命令
fuse 命令

# 杀掉占用此设备的进程
$ sudo fuser -m -v -k /mnt/textlive/



一文掌握 conda 安装配置生物信息软件
章鱼猫先生 — Fri, 27 Nov 2020 00:00:00 +0000
2020-11-272023-04-23

📢 本文以生信宝典的《一文掌握 Conda 软件安装：虚拟环境、软件通道、加速 solving、跨服务器迁移** 》为基础，对部分内容进行了扩展和部分调整，希望能形成一个更加系统化完善化的 Conda 生信软件安装配置指南!**

更新历史：


2021.10.25 - 增加第三章 Conda 加速器之 Mamba 操作 - by shenweiyan
2021.04.20 - 增加第二章 conda 常见异常与解决 - by shenweiyan


1. Conda 安装配置生物信息软件¶
Conda 是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与 Anaconda 和 Miniconda 一起发放。

Anaconda：https://www.anaconda.com/products/individual)，集成了更多软件包。
Miniconda：https://conda.io/miniconda.html)，只包含基本功能软件包。

最初接触到 Anaconda 是用于 Python 包的安装。Anaconda 囊括了 100 多个常用的 Python 包，一键式安装，解决 Python 包安装的痛苦。
但后来发现，其还有更多的功能，尤其是其增加了 bionconda （https://bioconda.github.io/index.html）通道后，生物信息分析的 7925 多个软件都可以一键安装了（具体列表在：https://anaconda.org/bioconda/repo），免去了编译时间浪费和解决库文件安装的问题。

另外其最有吸引力的是它的虚拟软件环境概念，可以简单的配置不同 Python 版本的环境、不同 Python 包的环境、不同 R 环境和 R 包的环境，对于生物信息软件繁杂的应用和频繁的更新提供了很大的便利。

1.1 Conda 安装和配置¶
在链接 https://www.anaconda.com/products/individual 下载 Anaconda 或 Miniconda 对应版本的分发包之后，安装就是运行下面的命令，根据提示一步步操作，主要是修改安装路径：

如果是根用户，可以安装到 /anaconda  下，或者其它任意目录都可以，但路径短还是有好处的；
普通用户可安装到自己有权限的目录下，如 ~/miniconda2 。

# soft目录为conda安装的目录，可自己修改
soft=~/miniconda2
echo 'export PATH="'${soft}'/bin:$PATH"' >>~/.bash_profile
export PATH="${soft}/bin:$PATH"
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh -b -f -p ${soft}

安装完成之后，记得把安装路径下的 bin 文件夹加入到环境变量中（上面命令中我们已经帮您加进去了）。
1.2 Conda 基本使用¶
在 conda 安装配置好之后，就可以使用了。
conda list # 列出安装的软件包
# conda所有软件名都是小写
conda search <package ambigious name> # 搜索需要安装的软件包，获取其完成名字

以搜索 numpy 为例：
$ conda search numpy    # * 表示对于版本的包已安装
Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel
numpy                          1.5.1          py26_1  free
numpy                          1.5.1          py26_3  free
numpy                          1.5.1          py26_4  free
numpy                          1.5.1          py26_6  free
numpy                          1.5.1        py26_ce0  free
numpy                          1.5.1          py27_1  free
numpy                          1.5.1          py27_3  free
numpy                          1.5.1          py27_4  free
numpy                          1.5.1          py27_6  free
numpy                          1.5.1        py27_ce0  free

# 安装包, -y 是同意安装，不写的话会弹出提示，需要再次确认
conda install <package name> # 安装软件包
conda install numpy=1.7.2 -y # 安装特定版本的软件包
conda remove <package name>  # 移除软件包

安装 R：
# 具体见下面
# 安装 R,及 80 多个常用的数据分析包, 包括 idplyr, shiny, ggplot2, tidyr, caret 和 nnet
conda install -c r r-base=4.0.2 r-essentials
# 安装单个包
# conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot

更新包：
# 更新基础 conda，新版本 conda 使用起来更快
conda update -n base -c defaults conda

conda update r-base

获取帮助信息：
conda -h                    # 查看 conda 可用的命令
conda install -h    # 查看 install 子命令的帮助

只是这些命令就可以省去不少安装的麻烦了，但是如果软件没搜索到呢？
1.3 Conda 的 channel¶
Conda 默认的源访问速度有些慢，可以增加国内的源；另外还可以增加几个源，以便于安装更多的软件，尤其是：

bioconda 安装生信类工具；
conda-forge 通道是 Conda 社区维护的包含很多不在默认通道里面的通用型软件；
r 通道是向后兼容性通道，尤其是使用 R-3.3.1 版本时会用到，现在则不需要单独添加了。

后加的通道优先级更高，因此一般用下面列出的顺序添加。清华镜像具体见 《Anaconda 镜像使用帮助》，有时清华镜像也不稳定，不稳定时直接用官方镜像，早上下载速度还是好的。
conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
# Anocanda 清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/cond-forge
# 清华通道, 最高优先级
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

注意通道的顺序是会影响 **solving environment** 和软件包下载的速度的。
# 显示已有的通道
conda config --get channels

conda 通道的配置文件一般在 ~/.condarc 里面，内容如下。全局控制 conda 的安装在conda_path/.condarc，具体操作见：

https://conda.io/docs/user-guide/configuration/admin-multi-user-install.html

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/cond-forge
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ # Anocanda清华镜像
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
  - bioconda
  - conda-forge
  - r

1.4 创建不同的软件运行环境¶
这是 conda 最有特色的地方，可以通过创建不同的环境，同时运行不同软件的多个版本。
新创建的软件环境的目录为 anaconda_path/envs/enrironment_name，具体见下面的 3 个例子。
1.4.1 创建一个环境 transcriptome 安装常用转录组分析软件¶
# 新建一个环境，命名为 transcriptome
# 环境名字为 transcriptome
# 环境中安装 samtools multiqc rseqc
conda create -n transcriptome samtools multiqc rseqc

# 如果还想继续安装
conda install -n transcriptome fastqc salmon star stringtie sra-tools trimmomatic rmats rmats2sashimiplot

# 启动新环境
source activate transcriptome
salmon -h

# 默认安装到了 anaconda_path 下面的 envs/transcriptome 目录下（在屏幕输出也会有显示）
# 这个目录下存在bin文件夹，一般使用全路径就可以调用，如下
# anaconda_path/envs/transcriptome/bin/salmon -h    # 但有时会因为依赖关系而失败

source deactivate transcriptome

不少软件不激活环境也可以使用全路径调用，比如 anaconda_path/envs/transcriptome/bin/salmon  就可以直接使用 salmon  程序，这样我们就可以根据前面的 PATH 介绍，我们把目录 anaconda_path/envs/transcriptome/bin/  放入环境变量，就可以直接调用这个环境中的大部分程序了。
新版的 conda 默认会使用 conda activate transcriptome  来激活环境。
初次使用时会弹出一个提示，需要运行 conda init ：
conda activate qiime2-2020.6

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

不过，个人更喜欢用source anaconda_path/bin/activate transcriptome 激活环境，用起来更灵活一些。而且如果是根用户安装时，**不建议把 ****conda** 环境默认加到环境变量中，会引起不必要的系统冲突。可以给个用户自己使用是自己配置对应的环境变量。
激活环境后，会看到命令行提示前多了一个环境名字，比如下面激活 qiime2-2020.6 环境后的展示。
ct@ehbio:~# source /anaconda3/bin/activate qiime2-2020.6
(qiime2-2020.6) ct@ehbio:~# which python
/anaconda3/envs/qiime2-2020.6/bin/python
(qiime2-2020.6) ct@ehbio:~# source /anaconda3/bin/deactivate
DeprecationWarning: 'source deactivate' is deprecated. Use 'conda deactivate'.
ct@ehbio:~# which python
/usr/bin/python

1.4.2 在环境 phylo 中安装 ete3¶
起因是使用官方的推荐命令安装时出了问题，py3.5 的包装到了 py2.7 环境下。解决办法，新建一个 py2.7 的环境，然后安装。
# 新建一个环境，命名为phylo，指定其内安装的python版本为2.7
conda create -n phylo python=2.7

# 在phylo环境中安装 ete3
# ete3存在于2个通道中，官方推荐使用自己的通道，但没有成功
# -n 指定安装环境  -c 指定下载通道
# conda install -n phylo -c etetoolkit ete3 ete3_external_apps

# bioconda通道里面也有ete3, 下面的安装未指定具体通道，
# 将在前面设定的几个通道里面按先后顺序查找安装
conda install -n phylo ete3 ete3_external_apps

# 默认安装到了anaconda_path下面的envs/phylo目录下（在屏幕输出也会有显示）
# 这个目录下存在bin文件夹，一般使用全路径就可以调用，如下
# anaconda_path/envs/phylo/bin/ete3 -h # 但有时会因为依赖关系而失败

# 所以激活本次安装环境是比较不容易出问题的使用方式
source activate phylo

# 在新环境里面执行命令操作
ete3 -h
# 其它操作

# 退出新环境
source deactivate phylo

1.4.3 创建 R 环境 Reference1¶
# Create a new conda environment called r,并且在里面安装anaconda
conda create -n r anaconda

# Switch to r environment
source activate r

# 在新环境里面安装R Installs R
conda install -c r r

# Install R kernel for IPython notebook
conda install -c r r-irkernel

# Install ggplot
conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot

# 最后退出新环境
source deactivate r

列出所有的环境：
$ conda env list
# conda environments:
#
base                      *  /anaconda2
lefse                        /anaconda2/envs/lefse
metagenome_env               /anaconda2/envs/metagenome_env
metawrap                     /anaconda2/envs/metawrap
prokka_env                   /anaconda2/envs/prokka_env
py3                          /anaconda2/envs/py3
r-environment                /anaconda2/envs/r-environment
reseq                        /anaconda2/envs/reseq
sourmash_env                 /anaconda2/envs/sourmash_env
qiime2-2020.6                /anaconda3/envs/qiime2-2020.6

1.5 移除某个 Conda 环境¶
如果环境不需要了，或出了错，则可以移除。比如需要移除 phylo 环境，执行 conda remove -n phylo --all。
1.6 Conda 配置 R¶
在添加了不同的源之后，有些源更新快，有些更新慢，经常会碰到版本不一的问题。而且软件版本的优先级，低于源的优先级。保险期间，先做下搜索，获得合适的版本号，然后再选择安装。
conda search r-essentials
Loading channels: done
# Name                   Version           Build  Channel
r-essentials                 1.0        r3.2.1_0  r
r-essentials                 1.0       r3.2.1_0a  r
r-essentials                 1.1        r3.2.1_0  r
r-essentials                 1.1        r3.2.2_0  r
r-essentials                 1.1       r3.2.1_0a  r
r-essentials                 1.1       r3.2.2_0a  r
r-essentials                 1.1        r3.2.2_1  r
r-essentials                 1.1       r3.2.2_1a  r
r-essentials                 1.4               0  r
r-essentials                 1.4.1      r3.3.1_0  r
r-essentials                 1.4.2             0  r
r-essentials                 1.4.2      r3.3.1_0  r
r-essentials                 1.4.3      r3.3.1_0  r
r-essentials                 1.5.0             0  r
r-essentials                 1.5.1             0  r
r-essentials                 1.5.2      r3.3.2_0  r
r-essentials                 1.5.2      r3.4.1_0  r
r-essentials                 1.6.0      r3.4.1_0  r
r-essentials                 1.0        r3.2.1_0  defaults
r-essentials                 1.0       r3.2.1_0a  defaults
r-essentials                 1.1        r3.2.1_0  defaults
r-essentials                 1.1        r3.2.2_0  defaults
r-essentials                 1.1       r3.2.1_0a  defaults
r-essentials                 1.1       r3.2.2_0a  defaults
r-essentials                 1.1        r3.2.2_1  defaults
r-essentials                 1.1       r3.2.2_1a  defaults
r-essentials                 1.4               0  defaults
r-essentials                 1.4.1      r3.3.1_0  defaults
r-essentials                 1.4.2             0  defaults
r-essentials                 1.4.2      r3.3.1_0  defaults
r-essentials                 1.4.3      r3.3.1_0  defaults
r-essentials                 1.5.0             0  defaults
r-essentials                 1.5.1             0  defaults
r-essentials                 1.5.2      r3.3.2_0  defaults
r-essentials                 1.5.2      r3.4.1_0  defaults
r-essentials                 1.6.0      r3.4.1_0  defaults
r-essentials                 1.5.2      r3.3.2_0  conda-forge
r-essentials                 1.5.2      r3.3.2_0  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge

从上面可以看到清华的源版本同步于conda-forge, 都比较老，还是指定 r 通道安装。
conda install -c r -n r r-essentials=1.6.0

R 会安装于 conda_path/envs/r/bin 中，软链到位于环境变量的目录中即可正常使用。这就是环境变量的活学活用。
1.7 Conda 环境简化运行¶
为了方便不同环境里面程序的运行，我写了一个 shell 脚本 (conda_env_run.sh)，具体运行如下：
# -c: 表示实际需要运行的命令
# -e: 表示需要启动的软件环境，也就是上面conda create建立的环境
# -b：一般不需要指定，如果conda没在环境变量中需要给出conda的安装路径
conda_env_run.sh -c  'ete3 -h mod' -e phylo
conda_env_run.sh -c  'bwa mem -h' -e aligner -b "/usr/local/anaconda2/bin"

conda_env_run.sh 内容如下：
#!/bin/bash

#set -x

usage()
{
cat <<EOF
${txtcyn}

***CREATED BY Chen Tong (chentong_biology@163.com)***

Usage:

$0 options${txtrst}

${bldblu}Function${txtrst}:

This is designed to run conda program in given environment.
It will automatically activate the environment, run the program and
deactivate the environment.

Thress commands from conda, 'activate', 'conda', 'deactivate' must
be in PATH or you should spcify <-b> parameter.

${txtbld}OPTIONS${txtrst}:
    -c    Full command to be run ${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
    -e    Environment name${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
    -b    Conda path${bldred}[NECESSARY]${txtrst}
EOF
}

command_cmd=''
environment=''
conda_path=''

while getopts "hc:e:b:" OPTION
do
    case $OPTION in
        h)
            echo "Help mesage"
            usage
            exit 1
            ;;
        c)
            command_cmd=$OPTARG
            ;;
        e)
            environment=$OPTARG
            ;;
        b)
            conda_path=$OPTARG
            ;;
        ?)
            usage
            echo "Unknown parameters"
            exit 1
            ;;
    esac
done

if [ -z ${environment} ]; then
    echo 1>&2 "Please give command and environment."
    usage
    exit 1
fi

if ! [ -z ${conda_path} ]; then
    export PATH=${conda_path}:${PATH}
fi

source activate ${environment}
${command_cmd}
source deactivate ${environment}

1.8 Conda 环境备份¶
有的时候会出现装一个新包，装着装着就把当前环境搞装崩了的情况，所以备份一个环境还是必要的，conda create -n python35copy --clone python35，把 python35 备份为 python35copy。
1.9 Conda 环境导出和导入¶
做培训时需要给参加培训的老师提供配置环境的脚本，之前都是提供一个 Bash 文件全部运行下来就可以完成整个环境的配置，更简单的方式是可以导出环境，自己配置时再导入就好了。
# 假设我们有一个环境叫 ehbio，可以导出为一个yml文件
conda env export --file ehbio_env.yml --name ehbio

# 然后换一台电脑，就可以完全重现这个环境了
# 这么做的另一个优势是yml中明确列出了软件的版本，
# 使用 conda solving environment时速度会快很多
conda env create -f ehbio_env.yml

1.10 core dump error/Segment fault/段错误¶
如果 conda 在软件安装中出现 “core dump error/Segment fault/段错误” 怎么办？
# 清空缓存
# https://github.com/conda/conda/issues/7815
conda clean -a

‘
1.11 Conda 为什么越来越慢？¶
Conda 中包含的软件越来越多，而且软件的不同版本都保留了下来，软件的索引文件越来越大，安装一个新软件时搜索满足环境中所有软件依赖的软件的搜索空间也会越来越大，导致 solving environment 越来越慢。
1.12 Conda 是如何工作的¶

从设定的通道（channel）处下载通道中所有软件的索引信息 (repodata.json) (Collecting package metadata (repodata.json))。

"packages" : {
  "moto-1.3.7-py_0.tar.bz2" : {
    "build" : "py_0",
    "build_number" : 0,
    "depends" : [ "aws-xray-sdk !=0.96,>=0.93", "backports.tempfile", "boto >=2.36.0", "boto3 >=1.6.15", "botocore >=1.12.13", "cookies", "dicttoxml", "docker-py", "flask", "jinja2 >=2.7.3", "jsondiff 1.1.1.*", "mock", "pyaml", "python", "python-dateutil", "python-jose <3.0.0", "pytz", "requests >=2.5", "responses >=0.9.0", "six", "werkzeug", "xmltodict" ],
    "license" : "Apache-2.0",
    "md5" : "17b424658cd07e678b5feebdc932eb52",
    "name" : "moto",
    "sha256" : "5924666f8c1758472dc4c3d22b270b46cd1c4b66c50a9ba50d5c636d2237bdd1",
    "size" : 399973,
    "subdir" : "noarch",
    "timestamp" : 1552438392680,
    "version" : "1.3.7"
  }
}
~~


解析 repodata 中的信息获取所有依赖的包的信息。
采用 SAT-solver 算法决定需要下载包的哪个版本和它们的安装顺序。
下载并安装包。

1.13 Conda 哪一步慢？¶
主要是第 3 步，确定待安装包的依赖包之间的兼容和已安装软件之间的兼容，获得需要下载的包和对应版本。
1.14 如何提速 Conda¶


采用最新版的conda （Conda 4.7 相比 Conda 4.6 提速 **3.5 **倍，Conda 4.8 应该不会比 4.7 慢）。


安装时指定版本减少搜索空间 conda install python=3.7.4 。


安装 R 包时指定 R 的版本也会极大减小搜索空间（R 包因其数目众多，也是生物类软件依赖解析较慢的原因之一），如 conda install r-base=4.0.2 r-ggplot2=3.3.2。


采用 mamba 加速软件依赖解析 [mamba 采用 c++ 重写了部分解析过程，这个提速效果是很明显的]（安装好 mamba 后就可以用 mamba 替换 conda 进行安装了）。


conda install mamba -c conda-forge
mamba install python=3.7.4



默认 conda 解析软件依赖时优先考虑允许的最高版本，设置通道优先级权限高于软件版本新旧后，conda 会能更快的解决依赖关系，避免 defaults 和 conda-forge 通道的奇怪组合导致软件依赖解析迟迟不能将结束的问题： conda config --set channel_priority strict （这个命令只需要运行一次）。


创建一个新环境（ conda env create -n env_name）再安装软件，这样就不用考虑与已有的软件的兼容问题了，也可以大大降低搜索空间和提高解析软件依赖的速度。


如果安装的软件提供了 environment.yaml 那么用起来，文件中对应的软件版本都很明确，解析依赖关系时更快。也可以按前面提供的方式导出一个已经配置好的环境的 yaml 文件，在其它电脑配置时直接读取。(具体导出方式见《Bioconda 软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出》。


channels:
 - qiime2/label/r2020.6
 - conda-forge
 - bioconda
 - defaults
dependencies:
 - _libgcc_mutex=0.1
 - _openmp_mutex=4.5
 - _r-mutex=1.0.1
 - alsa-lib=1.1.5
 - arb-bio-tools=6.0.6
 - attrs=19.3.0
 - backcall=0.2.0
 - bibtexparser=1.1.0
 - binutils_impl_linux-64=2.34
 - binutils_linux-64=2.34
 - bioconductor-biobase=2.42.0
 - bioconductor-biocgenerics=0.28.0
 - bioconductor-biocparallel=1.16.6
 - bioconductor-biostrings=2.50.2
 - bioconductor-dada2=1.10.0


添加 bioconda 通道时，注意顺序，给予 conda-forge 最高优先级，其次是 bioconda。如果之前已经添加好了通道，自己在 ~/.condarc 中调整顺序。

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

综合以上组合，之前尝试多次都没安装好的工具，直接搞定。
1.15 下载提速¶

国内镜像，见《软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew 等国内镜像大全拿走不谢\~\~》。
换个网或从朋友处拷贝已经下载好的压缩包一般在anaconda_root_dir/pkgs下，拷贝放在自己的anaconda3/pkgs 下面，再次下载时系统会识别已经下载好的包而跳过（并不总是有效）。
获取所有相关包的名字，从朋友处拷贝下载好的安装包。如果拷贝过来未能自动识别，可手动安装 conda install --offline local_path。

mamba install r-base=4.0.2 r-ggplot2=3.3.2 --dry-run >package_solving_result

# _anaconda_depends  pkgs/main/linux-64::_anaconda_depends-2020.07-py37_0
# _r-mutex           conda-forge/noarch::_r-mutex-1.0.1-anacondar_1
# binutils_impl_lin~ pkgs/main/linux-64::binutils_impl_linux-64-2.33.1-he6710b0_7
# binutils_linux-64  conda-forge/linux-64::binutils_linux-64-2.33.1-h9595d00_17
# brotlipy           conda-forge/linux-64::brotlipy-0.7.0-py37h516909a_1000
# bwidget            conda-forge/linux-64::bwidget-1.9.14-0
# gcc_impl_linux-64  pkgs/main/linux-64::gcc_impl_linux-64-7.3.0-habb00fd_1
# gcc_linux-64       conda-forge/linux-64::gcc_linux-64-7.3.0-h553295d_17

# 获取所有包的名字
grep '::' a | sed 's/.*:://' | sed 's/$/.tar.bz2/'

# 手动安装
for i in `grep '::' a | sed 's/.*:://' | sed 's/$/.tar.bz2/'`; do conda install --offline /anaconda3/pkgs/$i; done

1.16 使用 conda-pack 直接从已经安装好的地方拷贝一份(同一操作系统)¶
安装 conda-pack：
conda install -c conda-forge conda-pack
# pip install git+https://github.com/conda/conda-pack.git

打包已经安装好的环境：
conda pack -n my_env_name -o my_env_name.tar.gz

拷贝打包好的环境my_env_name.tar.gz到目标机器，并解压到任何目录，一般推荐放到envs目录下( anaconda_root/envs)。(注意：_anaconda_root _改为自己的 conda 安装路径。)
# 解压打包好的环境
# 默认是全都解压到当前目录，场面很壮观
# -C 一定要指定
mkdir -p anaconda_root/envs/my_env
tar -xzf my_env.tar.gz -C anaconda_root/envs/my_env

# 激活环境
source my_env/bin/activate

# Unpack
conda-unpack

# 至此环境就完全拷贝过来了
source deactivate

2. Conda 常见异常与解决¶
2.1 json.decoder.JSONDecodeError¶
conda 在安装或者导入某些包/环境过程中出现 json.decoder.JSONDecodeError: Expecting value: line 478921 column 32 (char 14428018) 异常，具体可以参考 https://github.com/conda/conda/issues/9590 的解决方法：

方法一：删除 \~/.conda 和 \~/.condarc。
方法二：编辑 \~/.condarc，把其他的 channels 删除，只保留 ‘defaults’ channel。
方法三：使用 conda clean -i 命令移除 index cache。

个人在重装导出的环境文件时遇到类似的问题（conda/4.10.1，json.decoder.JSONDecodeError: Expecting value: line 478921 column 32 (char 14428018)），发现单纯的方法一，或者方法二、方法三都不能很好的解决问题。需要三个方法加起来才可以。
个人用的是清华大学的镜像，除了上面提到的 json.decoder.JSONDecodeError 以外，在安装过程中还引发了 **ReadTimeoutError: HTTPSConnectionPool(host=’pypi.tuna.tsinghua.edu.cn’, port=443): Read timed out **异常，后来把默认的 pip 镜像换成阿里云的源，问题才得以解决。
2.2 CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED¶
通过 conda update conda 的方式把 base 环境的 conda 升级到 4.10.3 后，使用 conda create/install 等命令安装软件时发现一直提示 CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED！

在 https://github.com/conda/conda/issues/9746 上有这个问题的一些讨论和解决方法，个人尝试过都没办法解决！最后，重装 conda 后，问题解决。
# If you want to update an existing installation, use the -u option.
$ sh /Bioinfo/Pipeline/src/pkgs/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -u

3. Conda 加速器之 Mamba 操作¶
几年前，生物信息数据分析，一个最大的问题即生物信息学软件安装。但现在绝大多数安装问题都可以通过使用 conda，一键解决。如果要挑 conda 的毛病，那么就是速度不够快。于是就有了 Mamba。
Mamba 主页：https://quantstack.net/mamba.html
Mamba Github 地址：https://github.com/QuantStack/mamba
Mamba 是在 C++ 中对 conda 的重新实现,可以认为是更高级的 conda。有以下特点：

使用多线程并行下载数据和 package，实现更高效的安装。
libsolv 能够更快地解决依赖关系，这是一个最先进的库，用于 Red Hat、Fedora 和 OpenSUSE 的 RPM 包管理器中。
mamba 的核心部分是用 C++ 实现的，以获得最大的效率。
当我们使用 conda 进行安装时，如果速度太慢，可以改用 mamba 进行安装。

3.1 安装与更新¶
mamba 的官方文档 (https://mamba.readthedocs.io/en/latest/installation.html) 中提供了 2 中得安装方式。
Fresh install¶
官方强烈建议用户从 Mambaforge 开始，这是 conda-forge 社区的一个社区项目。
Mambaforge 预设了流行的 conda-forge 频道，但你可以修改配置以使用你喜欢的任何频道。

We strongly recommend to start from Mambaforge, a community project of the conda-forge community.
Mambaforge comes with the popular conda-forge channel preconfigured, but you can modify the configuration to use any channel you like.

curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"
bash Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh

或者：
wget "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"
bash Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh

Existing conda install¶
官网并不推荐基于已有 conda 的方式去安装 mamba。

This way of installing Mamba is not recommended. We strongly recommend to use the Mambaforge method (see above).

# 安装
conda install mamba -n base -c conda-forge

# 更新
mamba update mamba -n base -c conda-forge


参考：mamba upgrade to 1.x - stackoverflow

3.2 mamba 的使用¶
安装完成之后，当你运行 mamba -V 查看其版本时会发现返回的是 Conda 的版本信息，这是因为 Mamba 的本质是对 Conda 功能的覆盖，因此我们在使用 Mamba 时其实只要将原有的 Conda 语句中的 conda 替换为 mamba 即可，譬如我们常用的 conda clean –all，即清空本地缓存安装包：

很有意思的是 Mamba 在执行命令时会先打印出 logo 等信息，对应其名称黑曼巴\~
当然 Mamba 并不是重写了 Conda 所有的功能，只是针对一些 Conda 低效的功能进行重写，并添加了一些实用的新功能，接下来我们来对这些知识进行学习。
1. 加速下载¶
作为 Mamba 最核心的功能，Mamba 对 conda install 语句进行并行化改造，达到加速下载过程的目的。
以下载 qgis 为例，使用 mamba install -c conda-forge qgis -y 代替以前的安装方式，执行命令后，Mamba 会在短暂获取资源下载链接之后，以并行的方式按计划同时下载多个资源，比老方法要快很多。

对于其他涉及下载资源的命令譬如 conda update 同样适用，你可以自行体验。
2. 查看指定库所有可用版本¶
这是 Mamba 异于 Conda 的新功能，使用 mamba repoquery search 库名可以查看指定库全部所有可用版本，以 pandas 为例：

3. 查看依赖关系¶
Mamba 中还提供了 mamba repoquery depends 和 mamba repoquery whoneeds，分别用于查看指定库依赖哪些库，以及指定库被哪些库依赖，如官方文档的示例：

参考资料¶

费弗里，《Conda 太慢？试试这个加速工具！》，Python 大数据分析
郑淇，《生信软件安装神器 Mamba [conda 加速器\~]》，生信药丸
kaopubear，《极速安装软件的升级版 conda》，生信媛



腾讯云 cloudbase 云开发使用笔记
章鱼猫先生 — Wed, 21 Oct 2020 00:00:00 +0000
2020-10-212021-06-30

产品概述
云开发（Tencent CloudBase，TCB）是腾讯云提供的云原生一体化开发环境和工具平台，为开发者提供高可用、自动弹性扩缩的后端云服务，包含计算、存储、托管等 serverless 化能力，可用于云端一体化开发多种端应用（小程序、公众号、Web 应用、Flutter 客户端等），帮助开发者统一构建和管理后端服务和云资源，避免了应用开发过程中繁琐的服务器搭建及运维，开发者可以专注于业务逻辑的实现，开发门槛更低，效率更高。

使用场景¶

您可以使用云开发，轻松开发多种端应用，包括小程序、公众号、Web 应用、Flutter 客户端等：

构建属于您的博客：将您的静态网站文件部署到云开发静态托管中，您的用户可以随时随地通过域名访问您的博客。
分析海量图片：将您的照片存储在云开发云存储中，使用图像标签扩展能力，轻松完成图片标签识别，帮您实现相册分类。
构建运营管理后台：使用 CMS 扩展功能，帮您完成文章编辑和发布、素材管理等数据和内容的管理，省去您手动线上修改数据库数据或者开发管理后台的麻烦。



腾讯云最近在官网上线了一个静态网站托管的产品，结合腾讯云提供的 CloudBase CLI 工具，可以实现的第三方的任意一个服务器快速持续部署自己的 Hexo、VuePress、Hugo。
# 安装 cloudbase cli
npm install -g @cloudbase/cli

# 执行登录命令，登录腾讯云开发 CLI
tcb login --apiKeyId xxxxx --apiKey xxxxx

# 在 hugo-site 中将 public 目录中的文件给部署上去, EnvID 替换为在腾讯云中已经创建好的环境 ID
cloudbase hosting:deploy ./public  -e EnvID

# 打开腾讯云 云开发控制台，单击左侧菜单栏中的【静态网站托管】>【设置】，进入设置页面，
# 可以找到默认的域名，单击域名，就可以看到您刚部署的 Hugo。



腾讯云静态网站下 cloudbase CLI 详细操作：
403 Forbidden
阿里云有阿里云的 oss 静态网站产品，如果你的域名是在阿里云注册备案的，可以考虑使用阿里云自家的产品。如果你的域名是在腾讯云注册备案的，你又想在微信、QQ 这些平台快速预览你的博客或者其他 web 应用，cloudbase CLI +静态网站也算是一个挺不错的选择。
腾讯云域名注册优惠¶
**
最后，安利一个腾讯云 .COM .Net 域名只要 20 元，每周四域名注册优惠价的活动：
403 Forbidden

本活动自本日起到 2020 年 12 月 31 日期间 每个周四当天 0:00-24:00，原价 55 元的 COM 优惠价 20 元可注册。不可再使用其他优惠券等再次优惠。
有的周四只有 20 元的 COM，有的周四 COM NET 域名都有优惠。


腾讯云域名续费优惠券¶
腾讯云域名续费优惠券满 20 减 10 ：
腾讯云活动推荐
通过云开发  CloudBase Framework  框架将静态网站一键部署云开发环境，提供生产环境可用的 CDN 加速、自动弹性伸缩的高性能网站服务。可以搭配其他插件如 Node 插件、函数插件实现云端一体开发。


CentOS 7 下 Jekyll 环境搭建与应用
章鱼猫先生 — Thu, 24 Sep 2020 00:00:00 +0000
2020-09-242021-11-06
需要先明确几个概念：

Jekyll 是由 Ruby 语言编写的。Jekyll 是基于 Ruby Gem 的解析引擎，能够将模板、Liquid 语言、markdown 转换为”静态网页”的产生器。
Ruby 是一种开源的面向对象程序设计的服务器端脚本语言，在 20 世纪 90 年代中期由日本的松本行弘（まつもとゆきひろ/Yukihiro Matsumoto）设计并开发。
Gem 是 Ruby 模块 (叫做 Gems) 的包管理器。其包含包信息，以及用于安装的文件。gem 命令用于构建、上传、下载以及安装 Gem 包。
RVM 能在系统中安装和管理多个 Ruby 版本。同时还能管理不同的 gem 集。支持 OS X、Linux 和其它类 UNIX 操作系统。

一些教程参考资料：
Ruby、RVM 的安装与简单使用参考：
Ruby 安装 – Linux | 菜鸟教程
1. RVM 指定路径安装¶
# 参考：https://stackoverflow.com/questions/15282509/how-to-change-rvm-install-location
curl -sSL https://get.rvm.io | bash -s -- --path /path/you/want/rvm/installed/to

2. 安装指定版本 ruby¶
# 列出已知的 ruby 版本:
rvm list known

# 可以选择现有的 rvm 版本来进行安装（下面以 rvm 2.6.6 版本的安装为例）
# 同样继续等待漫长的下载，编译过程，完成以后，Ruby, Ruby Gems 就安装好了。
rvm install 2.6.6

这样安装的 ruby 位于 rvm 对应安装目录下载 rubies 中（/data/software/rvm/rubies/ruby-2.6.6/bin）！

rvm 常用命令

# 查询已经安装的 ruby
rvm list

# 卸载一个已安装版本
rvm remove 1.9.2


设置 Ruby 版本

RVM 装好以后，需要执行下面的命令将指定版本的 Ruby 设置为系统默认版本
$ rvm 2.0.0 --default

同样，也可以用其他版本号，前提是你有用 rvm install 安装过那个版本
这个时候你可以测试是否正确
$ ruby -v
ruby 2.0.0p247 (2013-06-27 revision 41674) [x86_64-darwin13.0.0]

$ gem -v
2.1.6

这有可能是因为 Ruby 的默认源使用的是 cocoapods.org，国内访问这个网址有时候会有问题，网上的一种解决方案是将远替换成 ruby-china 的，替换方式如下：
$ gem source -r https://rubygems.org/
$ gem source -a https://gems.ruby-china.com/

要想验证是否替换成功了，可以执行：
$ gem sources -l

正常的输出结果（请确保只有 gems.ruby-china.com）：
*** CURRENT SOURCES ***

https://gems.ruby-china.com/

3. 安装 Jekyll¶
使用 RubyGems 安装 jekyll。安装了 Ruby 之后，默认会自动安装 RubyGems，也可以单独安装 RubyGems。
使用 RubyGems 安装 jekyll 很简单，命令如下：
gem install jekyll

安装玩的 jekyll 可执行程序位于对应 ruby 的 bin 目录下，如 /data/software/rvm/rubies/ruby-2.6.6/bin/jekyll。
如果使用的标记语言是 Markdown，则需要另外安装：
gem install rdiscount

如果使用的标记语言是 Textile,则需要另外安装：
gem install RedCloth

上面三个可以一次性安装，如下：
gem install jekyll rdiscount RedCloth

另外，如需安装和 github pages 相同版本的 jekyll，那么不需要安装上面这几个，直接用下面命令安装
gem install github-pages



Enembl VEP 安装备忘
章鱼猫先生 — Thu, 10 Sep 2020 00:00:00 +0000
2020-09-102021-06-25

Use VEP to analyse your variation data locally. No limits, powerful, fast and extendable, command line VEP is the way to get the most out of VEP and Ensembl.
VEP is a powerful and highly configurable tool - have a browse through the documentation. You might also like to read up on the data formats that VEP uses, and the different ways you can access genome data. The VEP script can annotate your variants with custom data, be extended with plugins, and use powerful filtering to find biologically interesting results.


VEP 的安装需要 HTSLIB 的各种依赖，在 CentOS 6 的集群环境下目前没有安装成功。
Perl-5.26.1 下使用 perl INSTALL.pl –NO_HTSLIB 可以正常安装。
cpan 和 cpanm 安装 DBD::mysql 都会出现各种异常；下载 DBD-mysql-4.050.tar.gz 手动安装时，make test 可能会出现失败，是因为当前用户可能没有创建、删除 test 数据库的权限，因此可以忽略 make test 这一步，make 后直接执行 make isntall 安装即可。



Bio::DB:HTS 包的安装比较繁琐，问题也有点多。



Linux 中多终端同步 history 记录
章鱼猫先生 — Fri, 04 Sep 2020 00:00:00 +0000
2020-09-042021-06-25
基本认识¶
Linux 默认配置是当打开一个 shell 终端后，执行的所有命令均不会写入到 ~/.bash_history  文件中，只有当前用户退出后才会写入，这期间发生的所有命令其它终端是感知不到的。
问题场景¶
在网络上看到 2 个问题，有点意思：
假若之前 history  命令记录为 c0，用户先打开了 shell 终端 a，执行了一部分命令 c1，又打开了一个 shell 终端 b，又执行了一部分命令 c2。

**问题 1：**终端 a 执行的这部分命令终端 b 上看不到。
**问题 2：**终端 a 正常退出，相关命令会写入到 ~/.bash_history  文件中（c1 命令也会写入，即 c0+c1），等到终端 b 正常退出后，相关命令也会写入到 ~/.bash_history  文件中，注意这个时候终端 b 写入的内容为 c0+c2，也即 c1 记录会丢失！！！

问题 1 的确会出现！
但是问题 2 貌似不会出现，个人在 CentOS 7 中测试了一下，发现终端 a 正常退出，相关命令的确会写入到 ~/.bash_history  文件中，即 c0+c1；但终端 b 也正常退出后，终端 b 的相关命令是会自动追加到 ~/.bash_history  文件，这时候 ~/.bash_history  的文件内容 = c0 + c1 + c2！造成这样的原因，刚开始以为是受 /etc/bashrc  的这一段配置的影响，后来把这两句注释，重新测试发现问题 2 貌似也不会出现。
# Turn on parallel history
shopt -s histappend
history -a

如果在多个打开的终端中实时同步 history（例如，如果我 ls 在一个终端中，切换到另一个已经运行的终端，然后按向上， ls  出现）的确也是有一定的使用需求，但真正的需求个人觉得更应该是这样的：

我可以看到多终端实时同步 history 的优点，但是就我个人而言，我会讨厌它。我通常在终端中打开 3 或 4 个选项卡以用于非常特定的用途：一个用于运行 “make”，一个用于 vi，一个用于运行东西，等等。因此，当我编译时，我转到选项卡 1，单击并显示 “make”。依此类推。这对我非常有帮助。因此，如果突然我进入我的 “make” 选项卡并点击弹出，并且出现一些随机的 grep 命令，我会很生气！

所以，我们增加一个问题 3：当打开一个 shell 终端后，不管是正常退出还是非正常退出，执行的所有命令均实时追加到 ~/.bash_history  文件中，但当前终端不会实时同步其他终端的 history，除非我重新开启了一个新终端。
解决方案¶
**问题一：**实时同步多个终端的 history 记录。
# Avoid duplicates
export HISTCONTROL=ignoredups:erasedups
# When the shell exits, append to the history file instead of overwriting it
shopt -s histappend

# After each command, append to the history file and reread it
export PROMPT_COMMAND="${PROMPT_COMMAND:+$PROMPT_COMMAND$'\n'}history -a; history -c; history -r"

**
**问题二：**多个终端执行的所有命令均实时追加到 ~/.bash_history  文件中。
shopt -s histappend
PROMPT_COMMAND="history -a"

参数解析¶
贴上一些 history 的参数解析。

history [n]
history -c
history -d offset
history -anrw [filename]
history -p arg [arg ...]
history -s arg [arg ...]
       With no options, display the command history list with line numbers.  Lines listed with  a  *
       have  been  modified.   An  argument of n lists only the last n lines.  If the shell variable
       HISTTIMEFORMAT is set and not null, it is used as a format string for strftime(3) to  display
       the time stamp associated with each displayed history entry.  No intervening blank is printed
       between the formatted time stamp and the history line.  If filename is supplied, it  is  used
       as  the  name  of  the history file; if not, the value of HISTFILE is used.  Options, if sup‐
       plied, have the following meanings:
       -c     Clear the history list by deleting all the entries.
       -d offset
              Delete the history entry at position offset.
       -a     Append the ``new'' history lines (history lines entered since  the  beginning  of  the
              current bash session) to the history file.
       -n     Read the history lines not already read from the history file into the current history
              list.  These are lines appended to the history file since the beginning of the current
              bash session.
       -r     Read the contents of the history file and use them as the current history.
       -w     Write  the  current  history  to the history file, overwriting the history file's con‐
              tents.
       -p     Perform history substitution on the following args and display the result on the stan‐
              dard output.  Does not store the results in the history list.  Each arg must be quoted
              to disable normal history expansion.
       -s     Store the args in the history list as a single entry.  The last command in the history
              list is removed before the args are added.

       If  the  HISTTIMEFORMAT variable is set, the time stamp information associated with each his‐
       tory entry is written to the history file, marked with the history comment  character.   When
       the history file is read, lines beginning with the history comment character followed immedi‐
       ately by a digit are interpreted as timestamps for the previous  history  line.   The  return
       value  is 0 unless an invalid option is encountered, an error occurs while reading or writing
       the history file, an invalid offset is supplied as an argument to -d, or the  history  expan‐       sion supplied as an argument to -p fails.

常用配置¶
1. 设置历史记录的时间¶
export HISTTIMEFORMAT='%F %T '     # 注意有个空格, 这样在显示时日期与命令之间会有空格分隔

HISTTIMEFORMAT %F %T 代表意义：

%F – expands to full date same, as %Y-%m-%d (year-month-date).
%T – expands to time; same as %H:%M:%S (hour:minute:seconds).

2. 控制历史命令记录的总个数¶
export HISTSIZE=1000         # 设置内存中的history命令的个数
export HISTFILESIZE=1000     # 设置文件中的history命令的个数

简单说明：

HISTFILESIZE：定义了在 .bash_history  中保存命令的记录总数，可以理解为 .bash_history  文件中最多只有 HISTFILESIZE 行。默认值是 500。
HISTSIZE：定义了 history  命令输出的记录数，即输出 .bash_history  文件中的最后 HISTSIZE 行。默认值是 500。

**
**
3. 更换历史命令的存储位置¶
一般情况下，历史命令会被存储在 ~/.bash_history  文件中。如果不想存储在这个文件中，而想存储在其他文件中，那么可以通过下面的方式来更改：
export HISTFILE=~/history.log

4. 其他个性化的配置¶
export HISTCONTROL=erasedups    # 清除整个命令历史中的重复条目
export HISTCONTROL=ignoredups   # 忽略记录命令历史中连续重复的命令
export HISTCONTROL=ignorespace  # 忽略记录空格开始的命令
export HISTCONTROL=ignoreboth   # 等价于ignoredups和ignorespace

尊重重要命令的隐私¶
以下内容节选自：编程帮《history 命令 Linux history 命令：查看和执行历史命令》。

试想一下，我们操作 Linux 系统，如果把所有的命令都记录到 .bash_history 中，会不会有风险呢？
当然有风险啦，如果哪一天我们不幸中招，黑客攻入了我们的系统，他只要查看一下 history 就能知道我们的很多秘密，比如一些登录密码。为了避免该类事情的发生，我们希望 history 不要显示含有隐私信息的历史命令，只显示不含有隐私信息的命令。这个需求太个性化，但 history 仍然能够实现，下面我们就为大家介绍两种行之有效的解决方案。
第一种靠谱的解决方案：

第 1 步：设置 HISTCONTROL 环境变量：export HISTCONTROL=ignorespace。
第 2 步：输入重要命令时，记得在输入命令前加上空格。
第 3 步：执行 history，可以看到刚输入的重要命令没有出现在 history 中。

通过设置 HISTCONTROL=ignorespace，可以让 history 不记录你的特殊输入（命令前加空格），这样可以在一定程度上有效地保护我们的系统。
第二种靠谱的解决方案：

第 1 步：设置 HISTIGNORE 环境变量 export HISTIGNORE=*。
第 2 步：输入重要命令，比如 mysql-uroot-p123。
第 3 步：查看你的 history，可以看到刚输入的 mysql 命令没有记录在 history 中。
第 4 步：恢复命令的记录 export HISTIGNORE=。
第 4 步后，系统又恢复正常，输入的命令又能被正常记录了。

这个方法虽然略显烦琐，需要你每次在输入重要命令时都要先设置 HISTIGNORE=*，执行完命令后再设置 HISTIGNORE=，但是，这种方法能规避由于你的粗心大意（忘记命令前加空格）带来的巨大安全隐患，确保机密信息不会被泄露出去。

参考资料¶

脚本小娃子，《linux 的 history 命令设置》，博客园
toy，《增强 Bash 的功能》，LINUXTOY 个人博客
toy，《History（历史）命令用法 15 例》，LINUXTOY 个人博客
明月 Alioo，《Linux 多个会话同时执行命令后 history 记录不全的解决方案》，CSDN
whatday，《linux shell 日志环境变量 HISTFILESIZE 和 HISTSIZE 的区别》，CSDN
Unix & Linux，《在多个终端窗口中保留 bash 历史记录》，QA Stack
Tsung，《Bash history 加上 日期和時間》，WordPress 个人博客



RepeatModeler 安装及使用
章鱼猫先生 — Thu, 27 Aug 2020 00:00:00 +0000
2020-08-272021-06-25
1. 安装依赖¶
RepeatModeler 安装之前需要安装以下软件：

perl （Unix system with perl 5.8.0 or higher installed）
RECON - De Novo Repeat Finder;   鉴定重复家族
RepeatScout - De Novo Repeat Finder; 从基因组中鉴定重复序家族序列
TRF - Tandem Repeat Finder
RMBlast - A modified version of NCBI Blast for use with RepeatMasker and RepeatModeler. 或者 ABBlast - Sequence Search Engine     任一一款搜索引擎
RepeatMasker & Libraries

各个软件详细安装方法如下。
1.1 RECON¶
#下载后
tar -zxf RECON-1.08.tar.gz
cd RECON-1.08/src
make
make install
#给recon.pl脚本中添加路径，第三行
$path = "*/RECON-1.08/bin"

1.2 RepeatScout¶
#下载后
tar -zxf RepeatScout-1.0.6.tar.gz
cd RepeatScout-1.0.6
make
##会生成build_lmer_table， RepeatScout-###两个程序

1.3 TRF¶
选择 Linux command line 64-bit ，下载后，直接使用，不需要解压缩。Release
$ wget https://github.com/Benson-Genomics-Lab/TRF/releases/download/v4.09.1/trf409.linux64 -O trf
$ chmod a+x trf

1.4 RMBlast¶
# 下载
wget http://www.repeatmasker.org/rmblast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
#下载后，直接解压即可
tar zvxf rmblast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz

2. 安装¶
2.1 RepeatMasker 安装¶
事先必须安装 TRF，RMblast。
#下载后
tar -zxf RepeatMasker-4.1.0.tar.gz
cd RepeatMasker
chmod -R 755 *
./configure. 执行后一步一步来，输入需要的路径

#首先是perl环境，默认自动检测，或者手动更改perl主程序路径后回车继续
#然后是TRF， 输入包含TRF的路径
#序列搜索引擎，刚才安装了RMblast，先选择RMblast，然后回车，然后选择5 done
#提示 完成安装，将RepeatMasker设置到环境变量即可

2.2 RepeatModeler 安装¶
#下载后
tar. -zxf RepeatModeler-2.0.1.tar.gz
cd RepeatModeler-2.0.1
chmod -R 755 *
perl ./configure  根据提示，一步一步来，和上面repeatmasker类似

参考：http://www.meiyoubug.com/article/21937.html

参数名称	说明
io	表示 Excel 文件的存储路径。
sheet_name	要读取的工作表名称，默认0，即读取第一个工作表作为 DataFrame(一定要加`sheet_name=None`，才能读取出所有的 sheet，否则默认读取第一个 sheet)。
header	指定作为列名的行，默认0，即取第一行的值为列名；若数据不包含列名，则设定 header = None。若将其设置为 header=2，则表示将前两行作为多重索引。
names	一般适用于Excel缺少列名，或者需要重新定义列名的情况；names的长度必须等于Excel表格列的长度，否则会报错。
index_col	用做行索引的列，可以是工作表的列名称，如 index_col = ‘列名’，也可以是整数或者列表。
usecols	int或list类型，默认为None，表示需要读取所有列。
squeeze	boolean，默认为False，如果解析的数据只包含一列，则返回一个Series。
converters	规定每一列的数据类型。
skiprows	接受一个列表，表示跳过指定行数的数据，从头部第一行开始。
nrows	需要读取的行数。
skipfooter	接受一个列表，省略指定行数的数据，从尾部最后一行开始。

缺少库名称	安装命令
_uuid	yum install libuuid-devel
readline	yum install readline-devel
_tkinter	yum install tk-devel
_ffi	yum install libffi-devel
_curses	yum install ncurses-libs
_sqlite	yum install sqlite-devel
_bz2	yum install bzip2-devel
_ssl	yum install openssl-devel
_gdbm	yum install gdbm-devel
_dbi	yum install libdbi-devel
_zlib	yum install zlib-devel
lzma	yum install xz-devel (yum install python-backports-lzma)

option	description
defaults	use default options: rw, suid, dev, exec, auto, nouser, and async.
noauto	do not mount when “mount -a” is given (e.g., at boot time)
user	allow a user to mount
owner	allow device owner to mount
comment or x-	for use by fstab-maintaining programs
nofail	do not report errors for this device if it does not exist.

1	Homo sapiens	human	人	9606
2	Mus musculus	mouse	小鼠	10090
3	Rattus norvegicus	rat	大鼠	10116
4	Xenopus laevis	frog	爪蟾
5	Drosophila melanogaster	fruit fly	果蝇
6	Caenorhabditis elegans	nematode	线虫
7	Arabidopsis thaliana	thale cress	拟南芥
8	Escherichia coli	colibacillus	大肠杆菌
9	Saccharomyces cerevisiae	yeast	酵母
10	Sus scrofa	pig	猪
11	Bos taurus	cow	牛
12	Gallus gallus	chicken	鸡
13	Danio rerio	zebrafish	斑马鱼
14	Hordeum vulgare	barley	大麦
15	Triticum aestivum	wheat	小麦
16	Oryza sativa	rice	水稻
17	Zea mays	maize	玉米
18	Oryctolagus cuniculus	rabbit	家兔
19	Ciona intestinalis	sea squirt	海胆
20	Anopheles gambiae	malaria mosquito	按蚊
21	Glycine max	soybean	大豆
22	Lycopersicon esculentum	tomato	番茄
23	Medicago truncatula	barrel medic	蒺藜状苜蓿
24	Chlamydomonas reinhardtii	Chlorophyta	莱因哈德衣藻
25	Takifugu rubripes	pufferfish	河豚
26	Macaca mulatta	monkey	恒河猴
27	Mesocricetus auratus	hamster	仓鼠
28	Ciona intestinalis	sea squirt	海鞘
29	Sorghum bicolor	sorghum	高粱
30	Ovis aries	sheep	绵羊
31	Capra hircus	goat	山羊