用 AI 优化 mRNA 序列设计软件 LinearDesign 的一次尝试
在 OpenClaw 如火如荼，全民养虾的当下，聚焦一下自己更加关注的 AI 在编程中的应用场景 —— 在编程中如何让 AI 更好为自己服务。本次优化的 LinearDesign 代码也已经提交到 GitHub，感兴趣的小伙伴可以参考。
LinearDesign
LinearDesign 是百度自主研发的 mRNA 序列设计优化算法，其核心功能是同时优化 mRNA 的折叠自由能（MFE）和密码子适应指数（CAI），为研究人员提供专业的序列设计解决方案。
LinearDesign 项目的源代码托管在 GitHub 上，全球的开发者和研究人员都可以共同协作和改进。安装和使用过这个软件的小伙伴，都会发现几个问题：
- 默认仅支持 Python2 语法；
- 编译后的程序默认只能在当前目录执行，不支持绝对路径；
- LinearDesign 自 203 年 4 月开源发布以来，基本没有任何实际性的更新，各种 Issues 也是没有任何响应。
Qwen Code CLI
Qwen Code CLI 是阿里巴巴通义千问团队推出的一款，基于 Gemini CLI 改造、针对 Qwen3-Coder 模型优化的开源命令行工具，专为终端用户设计，能够实现自然语言生成代码、调试 bug、解释代码、文件操作及自动化工作流，显著提升开发效率。
虽然 Gemini CLI 能力更强（如联网搜索、长上下文），但 Qwen Code 在本地文件操作、代码生成方面更成熟，而且主打国产自主、每天 2000 次免费额度，适合中文社区和阿里生态。因此，我们在这里选择使用 Qwen Code CLI 对 LinearDesign 上面提到的两个尝试进行 AI 优化修复。
